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'principal investigator/group leader' 0000-0001-9535-0369 4 geeta.narlikar@ucsf.edu Geeta Narlikar J 'principal investigator/group leader' 0000-0002-1920-0147 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Chio, U.S.' 1 0000-0002-5295-2690 'Palovcak, E.' 2 ? 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;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA) (DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) ; ;AGAGTGGGAGCTCGGAACACTATCCGACTGGCACCGGCAAGGTCGCTGTTCAATACATGCACAGGATGTATATATCTGAC 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(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT) ; ;CTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTATTGAAC AGCGACCTTGCCGGTGCCAGTCGGATAGTGTTCCGAGCTCCCACTCT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MSSAAEPPPPPPPESAPSKPAASIASGGSNSSNKGGPEGVAAQAVASAASAGPADAEMEEIFDDASPGKQKEIQEPDPTY EEKMQTDRANRFEYLLKQTELFAHFIQPAAQKTPTSPLKMKPGRPRIKKDEKQNLLSVGDYRHRRTEQEEDEELLTESSK ATNVCTRFEDSPSYVKWGKLRDYQVRGLNWLISLYENGINGILADEMGLGKTLQTISLLGYMKHYRNIPGPHMVLVPKST LHNWMSEFKRWVPTLRSVCLIGDKEQRAAFVRDVLLPGEWDVCVTSYEMLIKEKSVFKKFNWRYLVIDEAHRIKNEKSKL SEIVREFKTTNRLLLTGTPLQNNLHELWSLLNFLLPDVFNSADDFDSWFDTNNCLGDQKLVERLHMVLRPFLLRRIKADV EKSLPPKKEVKIYVGLSKMQREWYTRILMKDIDILNSAGKMDKMRLLNILMQLRKCCNHPYLFDGAEPGPPYTTDMHLVT NSGKMVVLDKLLPKLKEQGSRVLIFSQMTRVLDILEDYCMWRNYEYCRLDGQTPHDERQDSINAYNEPNSTKFVFMLSTR AGGLGINLATADVVILYDSDWNPQVDLQAMDRAHRIGQTKTVRVFRFITDNTVEERIVERAEMKLRLDSIVIQQGRLVDQ 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X . n L 7 977 ILE 977 977 ? ? ? X . n L 7 978 ARG 978 978 ? ? ? X . n L 7 979 ASN 979 979 ? ? ? X . n L 7 980 SER 980 980 ? ? ? X . n L 7 981 PRO 981 981 ? ? ? X . n L 7 982 GLN 982 982 ? ? ? X . n L 7 983 PHE 983 983 ? ? ? X . n L 7 984 ARG 984 984 ? ? ? X . n L 7 985 PHE 985 985 ? ? ? X . n L 7 986 ASP 986 986 ? ? ? X . n L 7 987 TRP 987 987 ? ? ? X . n L 7 988 PHE 988 988 ? ? ? X . n L 7 989 LEU 989 989 ? ? ? X . n L 7 990 LYS 990 990 ? ? ? X . n L 7 991 SER 991 991 ? ? ? X . n L 7 992 ARG 992 992 ? ? ? X . n L 7 993 THR 993 993 ? ? ? X . n L 7 994 ALA 994 994 ? ? ? X . n L 7 995 MET 995 995 ? ? ? X . n L 7 996 GLU 996 996 ? ? ? X . n L 7 997 LEU 997 997 ? ? ? X . n L 7 998 GLN 998 998 ? ? ? X . n L 7 999 ARG 999 999 ? ? ? X . n L 7 1000 ARG 1000 1000 ? ? ? X . n L 7 1001 CYS 1001 1001 ? ? ? X . n L 7 1002 ASN 1002 1002 ? ? ? X . n L 7 1003 THR 1003 1003 ? ? ? X . n L 7 1004 LEU 1004 1004 ? ? ? X . n L 7 1005 ILE 1005 1005 ? ? ? X . n L 7 1006 THR 1006 1006 ? ? ? 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N 9 MG 1 1102 802 MG MG W . O 8 ADP 1 1101 801 ADP ADP X . P 9 MG 1 1102 802 MG MG X . # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8V6V _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8V6V _struct.title 'Cryo-EM structure of doubly-bound SNF2h-nucleosome complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8V6V _struct_keywords.text 'nucleosome, chromatin remodeler, ISWI, SNF2h, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? 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P N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_XENLA P84233 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 3 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 3 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 2 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 5 PDB 8V6V 8V6V ? 5 ? 1 6 PDB 8V6V 8V6V ? 6 ? 1 7 UNP SMCA5_HUMAN O60264 ? 7 ;MSSAAEPPPPPPPESAPSKPAASIASGGSNSSNKGGPEGVAAQAVASAASAGPADAEMEEIFDDASPGKQKEIQEPDPTY EEKMQTDRANRFEYLLKQTELFAHFIQPAAQKTPTSPLKMKPGRPRIKKDEKQNLLSVGDYRHRRTEQEEDEELLTESSK ATNVCTRFEDSPSYVKWGKLRDYQVRGLNWLISLYENGINGILADEMGLGKTLQTISLLGYMKHYRNIPGPHMVLVPKST LHNWMSEFKRWVPTLRSVCLIGDKEQRAAFVRDVLLPGEWDVCVTSYEMLIKEKSVFKKFNWRYLVIDEAHRIKNEKSKL SEIVREFKTTNRLLLTGTPLQNNLHELWSLLNFLLPDVFNSADDFDSWFDTNNCLGDQKLVERLHMVLRPFLLRRIKADV EKSLPPKKEVKIYVGLSKMQREWYTRILMKDIDILNSAGKMDKMRLLNILMQLRKCCNHPYLFDGAEPGPPYTTDMHLVT NSGKMVVLDKLLPKLKEQGSRVLIFSQMTRVLDILEDYCMWRNYEYCRLDGQTPHDERQDSINAYNEPNSTKFVFMLSTR AGGLGINLATADVVILYDSDWNPQVDLQAMDRAHRIGQTKTVRVFRFITDNTVEERIVERAEMKLRLDSIVIQQGRLVDQ NLNKIGKDEMLQMIRHGATHVFASKESEITDEDIDGILERGAKKTAEMNEKLSKMGESSLRNFTMDTESSVYNFEGEDYR EKQKIAFTEWIEPPKRERKANYAVDAYFREALRVSEPKAPKAPRPPKQPNVQDFQFFPPRLFELLEKEILFYRKTIGYKV PRNPELPNAAQAQKEEQLKIDEAESLNDEELEEKEKLLTQGFTNWNKRDFNQFIKANEKWGRDDIENIAREVEGKTPEEV IEYSAVFWERCNELQDIEKIMAQIERGEARIQRRISIKKALDTKIGRYKAPFHQLRISYGTNKGKNYTEEEDRFLICMLH KLGFDKENVYDELRQCIRNSPQFRFDWFLKSRTAMELQRRCNTLITLIERENMELEEKEKAEKKKRGPKPSTQKRKMDGA PDGRGRKKKLKL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8V6V A 1 ? 135 ? P84233 2 ? 136 ? 1 135 2 2 8V6V B 1 ? 102 ? P62799 2 ? 103 ? 1 102 3 3 8V6V C 1 ? 129 ? P06897 2 ? 130 ? 1 129 4 4 8V6V D 1 ? 122 ? P02281 5 ? 126 ? 1 122 5 1 8V6V E 1 ? 135 ? P84233 2 ? 136 ? 1 135 6 2 8V6V F 1 ? 102 ? P62799 2 ? 103 ? 1 102 7 3 8V6V G 1 ? 129 ? P06897 2 ? 130 ? 1 129 8 4 8V6V H 1 ? 122 ? P02281 5 ? 126 ? 1 122 9 5 8V6V I 1 ? 207 ? 8V6V 1 ? 207 ? 1 207 10 6 8V6V J 1 ? 207 ? 8V6V 1 ? 207 ? 1 207 11 7 8V6V W 1 ? 1052 ? O60264 1 ? 1052 ? 1 1052 12 7 8V6V X 1 ? 1052 ? O60264 1 ? 1052 ? 1 1052 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8V6V ALA A 102 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 1 1 8V6V ALA A 110 ? UNP P84233 CYS 111 'engineered mutation' 110 2 3 8V6V ARG C 99 ? UNP P06897 GLY 100 'engineered mutation' 99 3 3 8V6V SER C 123 ? UNP P06897 ALA 124 'engineered mutation' 123 4 4 8V6V THR D 29 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 29 5 5 8V6V ALA E 102 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 6 5 8V6V ALA E 110 ? UNP P84233 CYS 111 'engineered mutation' 110 7 7 8V6V ARG G 99 ? UNP P06897 GLY 100 'engineered mutation' 99 8 7 8V6V SER G 123 ? UNP P06897 ALA 124 'engineered mutation' 123 9 8 8V6V THR H 29 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 29 10 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 44 ? 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VAL W 282 SER W 286 AB2 3 HIS K 232 ? VAL K 236 ? HIS W 232 VAL W 236 AB2 4 TYR K 304 ? ASP K 308 ? TYR W 304 ASP W 308 AB2 5 ARG K 332 ? LEU K 335 ? ARG W 332 LEU W 335 AB2 6 ILE K 202 ? LEU K 203 ? ILE W 202 LEU W 203 AB2 7 LEU K 392 ? LEU K 393 ? LEU W 392 LEU W 393 AB3 1 LYS K 408 ? VAL K 414 ? LYS W 408 VAL W 414 AB3 2 ARG K 603 ? THR K 609 ? ARG W 603 THR W 609 AB3 3 VAL K 573 ? LEU K 576 ? VAL W 573 LEU W 576 AB3 4 VAL K 502 ? SER K 506 ? VAL W 502 SER W 506 AB3 5 VAL K 554 ? SER K 558 ? VAL W 554 SER W 558 AB3 6 TYR K 526 ? LEU K 529 ? TYR W 526 LEU W 529 AB4 1 SER L 257 ? LEU L 260 ? SER X 257 LEU X 260 AB4 2 VAL L 282 ? SER L 286 ? VAL X 282 SER X 286 AB4 3 HIS L 232 ? VAL L 236 ? HIS X 232 VAL X 236 AB4 4 TYR L 304 ? ASP L 308 ? TYR X 304 ASP X 308 AB4 5 ARG L 332 ? LEU L 335 ? ARG X 332 LEU X 335 AB4 6 ILE L 202 ? LEU L 203 ? ILE X 202 LEU X 203 AB4 7 LEU L 392 ? LEU L 393 ? LEU X 392 LEU X 393 AB5 1 LYS L 408 ? VAL L 414 ? LYS X 408 VAL X 414 AB5 2 ARG L 603 ? THR L 609 ? ARG X 603 THR X 609 AB5 3 VAL L 573 ? LEU L 576 ? VAL X 573 LEU X 576 AB5 4 VAL L 502 ? SER L 506 ? VAL X 502 SER X 506 AB5 5 VAL L 554 ? SER L 558 ? VAL X 554 SER X 558 AB5 6 TYR L 526 ? LEU L 529 ? TYR X 526 LEU X 529 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ARG A 83 ? N ARG A 83 O VAL B 81 ? O VAL B 81 AA2 1 2 N ILE A 119 ? N ILE A 119 O ARG B 45 ? O ARG B 45 AA3 1 2 N TYR B 98 ? N TYR B 98 O THR G 101 ? O THR G 101 AA4 1 2 N ARG C 42 ? N ARG C 42 O ILE D 86 ? O ILE D 86 AA5 1 2 N ILE C 78 ? N ILE C 78 O GLY D 50 ? O GLY D 50 AA6 1 2 N THR C 101 ? N THR C 101 O TYR F 98 ? O TYR F 98 AA7 1 2 N ARG E 83 ? N ARG E 83 O VAL F 81 ? O VAL F 81 AA8 1 2 N ILE E 119 ? N ILE E 119 O ARG F 45 ? O ARG F 45 AA9 1 2 N ARG G 42 ? N ARG G 42 O ILE H 86 ? O ILE H 86 AB1 1 2 N ILE G 78 ? N ILE G 78 O GLY H 50 ? O GLY H 50 AB2 1 2 N VAL K 258 ? N VAL W 258 O VAL K 284 ? O VAL W 284 AB2 2 3 O THR K 285 ? O THR W 285 N VAL K 236 ? N VAL W 236 AB2 3 4 N LEU K 235 ? N LEU W 235 O VAL K 306 ? O VAL W 306 AB2 4 5 N ILE K 307 ? N ILE W 307 O LEU K 333 ? O LEU W 333 AB2 5 6 O LEU K 334 ? O LEU W 334 N LEU K 203 ? N LEU W 203 AB2 6 7 N ILE K 202 ? N ILE W 202 O LEU K 393 ? O LEU W 393 AB3 1 2 N VAL K 410 ? N VAL W 410 O VAL K 604 ? O VAL W 604 AB3 2 3 O PHE K 605 ? O PHE W 605 N LEU K 576 ? N LEU W 576 AB3 3 4 O ILE K 575 ? O ILE W 575 N PHE K 505 ? N PHE W 505 AB3 4 5 N ILE K 504 ? N ILE W 504 O PHE K 555 ? O PHE W 555 AB3 5 6 O MET K 556 ? O MET W 556 N CYS K 527 ? N CYS W 527 AB4 1 2 N VAL L 258 ? N VAL X 258 O VAL L 284 ? O VAL X 284 AB4 2 3 O THR L 285 ? O THR X 285 N VAL L 236 ? N VAL X 236 AB4 3 4 N LEU L 235 ? N LEU X 235 O VAL L 306 ? O VAL X 306 AB4 4 5 N ILE L 307 ? N ILE X 307 O LEU L 333 ? O LEU X 333 AB4 5 6 O LEU L 334 ? O LEU X 334 N LEU L 203 ? N LEU X 203 AB4 6 7 N ILE L 202 ? N ILE X 202 O LEU L 393 ? O LEU X 393 AB5 1 2 N VAL L 410 ? N VAL X 410 O VAL L 604 ? O VAL X 604 AB5 2 3 O PHE L 605 ? O PHE X 605 N LEU L 576 ? N LEU X 576 AB5 3 4 O ILE L 575 ? O ILE X 575 N PHE L 505 ? N PHE X 505 AB5 4 5 N ILE L 504 ? N ILE X 504 O PHE L 555 ? O PHE X 555 AB5 5 6 O MET L 556 ? O MET X 556 N CYS L 527 ? N CYS X 527 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 THR B 96 ? ? -37.25 130.20 2 1 ASN C 110 ? ? -172.81 129.00 3 1 ARG E 40 ? ? 68.04 109.61 4 1 THR F 96 ? ? -37.27 130.27 5 1 LYS W 176 ? ? -100.02 -67.87 6 1 ASN W 200 ? ? -101.75 -72.15 7 1 ARG W 256 ? ? -108.57 79.17 8 1 VAL W 274 ? ? -137.18 -55.02 9 1 GLN W 341 ? ? -119.94 -72.76 10 1 SER W 367 ? ? 84.73 -50.94 11 1 HIS W 385 ? ? 71.40 -1.58 12 1 LYS W 430 ? ? 73.15 33.76 13 1 ASP W 431 ? ? -118.11 50.22 14 1 ASP W 433 ? ? 68.29 -114.86 15 1 ILE W 434 ? ? 55.94 102.54 16 1 ALA W 438 ? ? 45.82 -122.99 17 1 MET W 441 ? ? 70.96 -8.35 18 1 ASP W 442 ? ? 43.34 -131.96 19 1 TYR W 472 ? ? 99.24 -60.37 20 1 THR W 473 ? ? 68.04 -35.03 21 1 THR W 474 ? ? 61.39 -148.56 22 1 ASP W 475 ? ? 80.98 177.36 23 1 ASP W 489 ? ? -58.95 -7.64 24 1 GLN W 498 ? ? 54.81 -166.75 25 1 ASN W 611 ? ? -109.18 59.57 26 1 GLN W 633 ? ? 59.00 -176.69 27 1 LYS X 176 ? ? -99.98 -62.72 28 1 ASN X 200 ? ? -101.78 -72.17 29 1 ARG X 256 ? ? -108.55 79.19 30 1 VAL X 274 ? ? -137.19 -54.99 31 1 GLN X 341 ? ? -128.34 -84.63 32 1 SER X 367 ? ? 84.72 -50.86 33 1 HIS X 385 ? ? 71.50 -1.60 34 1 LYS X 430 ? ? 73.11 33.73 35 1 ASP X 431 ? ? -118.06 50.17 36 1 ASP X 433 ? ? 68.29 -114.89 37 1 ILE X 434 ? ? 55.94 102.50 38 1 ALA X 438 ? ? 45.80 -123.00 39 1 MET X 441 ? ? 70.96 -8.38 40 1 ASP X 442 ? ? 43.39 -131.66 41 1 TYR X 472 ? ? 63.06 -133.77 42 1 THR X 473 ? ? 71.98 -55.84 43 1 ASP X 475 ? ? -130.38 -35.46 44 1 ASP X 489 ? ? -58.95 -7.60 45 1 GLN X 498 ? ? 54.77 -166.74 46 1 ASN X 611 ? ? -109.25 59.62 47 1 GLN X 633 ? ? 58.95 -176.71 # _pdbx_entry_details.entry_id 8V6V _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.has_protein_modification ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8V6V _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8V6V _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details 'Map generated using cryoSPARC local refinement. Gold-standard FSC determined by cryoSPARC using auto FSC mask generation.' _em_3d_reconstruction.resolution 2.8 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 107768 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol' _em_buffer.pH 7.5 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'ATP-dependent chromatin remodeler SNF2h in complex with nucleosome' ;Human SNF2h recombinantly expressed and purified from E. coli. Nucleosome reconstituted with Xenopus laevis histones. ; ? ? 1,2,3,4,5,6,7 2 1 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'Nucleosome with Xenopus laevis histones' ;Histones recombinantly expressed in E. coli. DNA generated by PCR. ; ? ? 1,2,3,4,5,6 3 1 RECOMBINANT COMPLEX SNF2h ? ? ? 7 # _em_imaging.entry_id 8V6V _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_defocus_max 1800 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 8V6V _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8V6V _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8V6V _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A ALA 1 ? 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N 531 TYR C OXT sing N N 532 TYR CB CG sing N N 533 TYR CB HB2 sing N N 534 TYR CB HB3 sing N N 535 TYR CG CD1 doub Y N 536 TYR CG CD2 sing Y N 537 TYR CD1 CE1 sing Y N 538 TYR CD1 HD1 sing N N 539 TYR CD2 CE2 doub Y N 540 TYR CD2 HD2 sing N N 541 TYR CE1 CZ doub Y N 542 TYR CE1 HE1 sing N N 543 TYR CE2 CZ sing Y N 544 TYR CE2 HE2 sing N N 545 TYR CZ OH sing N N 546 TYR OH HH sing N N 547 TYR OXT HXT sing N N 548 VAL N CA sing N N 549 VAL N H sing N N 550 VAL N H2 sing N N 551 VAL CA C sing N N 552 VAL CA CB sing N N 553 VAL CA HA sing N N 554 VAL C O doub N N 555 VAL C OXT sing N N 556 VAL CB CG1 sing N N 557 VAL CB CG2 sing N N 558 VAL CB HB sing N N 559 VAL CG1 HG11 sing N N 560 VAL CG1 HG12 sing N N 561 VAL CG1 HG13 sing N N 562 VAL CG2 HG21 sing N N 563 VAL CG2 HG22 sing N N 564 VAL CG2 HG23 sing N N 565 VAL OXT HXT sing N N 566 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula 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J 146 ? I 63 ? J 145 ? 1 I DA 63 1_555 J DT 145 1_555 I DG 64 1_555 J DC 144 1_555 0.479 0.774 3.371 -0.268 -9.618 40.795 2.094 -0.699 3.115 -13.571 0.378 41.867 2 II_DA63DG64:DC144DT145_JJ I 63 ? J 145 ? I 64 ? J 144 ? 1 I DG 64 1_555 J DC 144 1_555 I DG 65 1_555 J DC 143 1_555 -0.971 -0.723 3.165 0.200 7.013 27.160 -3.049 2.049 2.884 14.625 -0.416 28.035 3 II_DG64DG65:DC143DC144_JJ I 64 ? J 144 ? I 65 ? J 143 ? 1 I DG 65 1_555 J DC 143 1_555 I DA 66 1_555 J DT 142 1_555 0.411 -0.109 3.068 -10.178 -10.103 36.555 0.962 -1.747 2.794 -15.399 15.512 39.178 4 II_DG65DA66:DT142DC143_JJ I 65 ? J 143 ? I 66 ? J 142 ? 1 I DA 66 1_555 J DT 142 1_555 I DT 67 1_555 J DA 141 1_555 0.041 -0.163 4.263 -3.558 -17.753 41.317 1.908 -0.479 3.993 -23.831 4.776 44.951 5 II_DA66DT67:DA141DT142_JJ I 66 ? J 142 ? I 67 ? J 141 ? 1 I DT 67 1_555 J DA 141 1_555 I DT 69 1_555 J DA 139 1_555 -0.029 -1.496 6.614 20.131 7.405 68.703 -1.786 1.404 6.238 6.405 -17.414 71.579 6 II_DT67DT69:DA139DA141_JJ I 67 ? J 141 ? 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