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SA 5 NAG 1 1307 2709 NAG NAG C . # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8VKM _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8VKM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.8729 ? 42168 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0563 ? 4894 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0072 ? 5373 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.1890 ? 11218 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 8VKM _struct.title 'Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike protein in complex with mouse ACE2 (conformation 1)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8VKM _struct_keywords.text 'Complex, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? 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B CYS 1028 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1039 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf28 disulf ? ? B CYS 1078 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1122 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 15 SG ? ? ? 1_555 C CYS 133 SG ? ? C CYS 15 C CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 128 SG ? ? ? 1_555 C CYS 162 SG ? ? C CYS 131 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 287 SG ? ? ? 1_555 C CYS 297 SG ? ? C CYS 291 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf32 disulf ? ? C CYS 332 SG ? ? ? 1_555 C CYS 357 SG ? ? C CYS 336 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf33 disulf ? ? C CYS 375 SG ? ? ? 1_555 C CYS 428 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf34 disulf ? ? C CYS 387 SG ? ? ? 1_555 C CYS 521 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf35 disulf ? ? C CYS 476 SG ? ? ? 1_555 C CYS 484 SG ? ? C CYS 480 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf36 disulf ? ? C CYS 534 SG ? ? ? 1_555 C CYS 586 SG ? ? C CYS 538 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf37 disulf ? ? C CYS 613 SG ? ? ? 1_555 C CYS 645 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf38 disulf ? ? C CYS 658 SG ? ? ? 1_555 C CYS 667 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf39 disulf ? ? C CYS 734 SG ? ? ? 1_555 C CYS 756 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf40 disulf ? ? C CYS 739 SG ? ? ? 1_555 C CYS 745 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf41 disulf ? ? C CYS 1028 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1039 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf42 disulf ? ? C CYS 1078 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1122 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf43 disulf ? ? D CYS 133 SG ? ? ? 1_555 D CYS 141 SG ? ? D CYS 133 D CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf44 disulf ? ? D CYS 530 SG ? ? ? 1_555 D CYS 542 SG ? ? D CYS 530 D CYS 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? covale1 covale one ? A ASN 58 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? A ASN 61 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 119 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 122 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 161 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? A ASN 165 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 230 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? A ASN 234 A NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? A ASN 282 A NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 327 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? A ASN 331 A NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 339 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? A ASN 343 A NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? 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J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale48 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale49 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale50 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale51 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale52 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale53 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale54 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale55 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale56 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . 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