data_6G4
#

_chem_comp.id                                   6G4
_chem_comp.name                                 "4-oxononanoyl lysine"
_chem_comp.type                                 "peptide linking"
_chem_comp.pdbx_type                            ATOMP
_chem_comp.formula                              "C15 H28 N2 O4"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id              Lys
_chem_comp.pdbx_synonyms                        Nepsilon
_chem_comp.pdbx_formal_charge                   0
_chem_comp.pdbx_initial_date                    2016-05-12
_chem_comp.pdbx_modified_date                   2021-03-01
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                  N
_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       300.394
_chem_comp.one_letter_code                      K
_chem_comp.three_letter_code                    6G4
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       5g4c
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list               ?
_chem_comp.pdbx_processing_site                 EBI
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
6G4  N    N1   N  0  1  N  N  N  -18.044  -14.782  -40.510    6.922   1.446  -0.816  N    6G4   1  
6G4  CA   C1   C  0  1  N  N  S  -18.215  -15.665  -39.351    6.813   0.369   0.177  CA   6G4   2  
6G4  C    C2   C  0  1  N  N  N  -19.651  -15.478  -38.959    7.992  -0.560   0.042  C    6G4   3  
6G4  CB   C3   C  0  1  N  N  N  -17.247  -15.250  -38.253    5.519  -0.413  -0.057  CB   6G4   4  
6G4  CG   C4   C  0  1  N  N  N  -15.947  -14.740  -38.866    4.318   0.500   0.203  CG   6G4   5  
6G4  CD   C5   C  0  1  N  N  N  -14.772  -14.946  -37.919    3.024  -0.281  -0.032  CD   6G4   6  
6G4  CE   C6   C  0  1  N  N  N  -13.485  -14.368  -38.496    1.823   0.631   0.228  CE   6G4   7  
6G4  NZ   N2   N  0  1  N  N  N  -12.444  -15.174  -37.880    0.584  -0.117   0.003  NZ   6G4   8  
6G4  O1   O1   O  0  1  N  N  N  -20.348  -14.758  -39.711    8.630  -0.581  -0.984  O1   6G4   9  
6G4  O11  O2   O  0  1  N  N  N   -7.679  -15.628  -38.323   -4.312  -1.297  -0.367  O11  6G4  10  
6G4  C5   C7   C  0  1  N  N  N   -7.863  -15.827  -37.136   -4.359  -0.138  -0.029  C5   6G4  11  
6G4  C6   C8   C  0  1  N  N  N   -6.820  -16.546  -36.318   -5.692   0.538   0.161  C6   6G4  12  
6G4  C7   C9   C  0  1  N  N  N   -5.452  -15.929  -36.580   -6.816  -0.457  -0.135  C7   6G4  13  
6G4  C8   C10  C  0  1  N  N  N   -4.374  -16.724  -35.854   -8.169   0.229   0.058  C8   6G4  14  
6G4  C9   C11  C  0  1  N  N  N   -2.985  -16.158  -36.121   -9.293  -0.766  -0.238  C9   6G4  15  
6G4  C10  C12  C  0  1  N  N  N   -1.945  -16.927  -35.336  -10.646  -0.079  -0.045  C10  6G4  16  
6G4  C4   C13  C  0  1  N  N  N   -9.141  -15.366  -36.483   -3.084   0.631   0.202  C4   6G4  17  
6G4  C3   C14  C  0  1  N  N  N  -10.322  -16.035  -37.172   -1.883  -0.281  -0.058  C3   6G4  18  
6G4  C1   C15  C  0  1  N  N  N  -11.127  -15.005  -37.926   -0.608   0.488   0.173  C1   6G4  19  
6G4  O2   O3   O  0  1  N  N  N  -10.579  -14.092  -38.525   -0.655   1.652   0.512  O2   6G4  20  
6G4  O3   O4   O  0  1  N  Y  N  -20.450  -16.513  -39.196    8.333  -1.365   1.061  O3   6G4  21  
6G4  H1   H1   H  0  1  N  N  N  -17.102  -14.844  -40.841    6.934   1.073  -1.753  H1   6G4  22  
6G4  H2   H2   H  0  1  N  N  N  -18.672  -15.061  -41.237    6.177   2.118  -0.703  H2   6G4  23  
6G4  H4   H4   H  0  1  N  N  N  -18.033  -16.713  -39.633    6.802   0.798   1.179  H4   6G4  24  
6G4  H5   H5   H  0  1  N  N  N  -17.702  -14.451  -37.649    5.490  -0.767  -1.087  H5   6G4  25  
6G4  H6   H6   H  0  1  N  N  N  -17.031  -16.117  -37.611    5.481  -1.265   0.622  H6   6G4  26  
6G4  H7   H7   H  0  1  N  N  N  -15.753  -15.285  -39.801    4.347   0.854   1.233  H7   6G4  27  
6G4  H8   H8   H  0  1  N  N  N  -16.049  -13.666  -39.082    4.356   1.352  -0.476  H8   6G4  28  
6G4  H9   H9   H  0  1  N  N  N  -14.991  -14.448  -36.963    2.995  -0.636  -1.062  H9   6G4  29  
6G4  H10  H10  H  0  1  N  N  N  -14.635  -16.024  -37.748    2.986  -1.133   0.647  H10  6G4  30  
6G4  H11  H11  H  0  1  N  N  N  -13.465  -14.470  -39.591    1.852   0.985   1.258  H11  6G4  31  
6G4  H12  H12  H  0  1  N  N  N  -13.374  -13.308  -38.224    1.861   1.483  -0.451  H12  6G4  32  
6G4  H13  H13  H  0  1  N  N  N  -12.762  -15.961  -37.351    0.621  -1.048  -0.268  H13  6G4  33  
6G4  H15  H15  H  0  1  N  N  N   -7.065  -16.454  -35.250   -5.779   0.888   1.189  H15  6G4  34  
6G4  H16  H16  H  0  1  N  N  N   -6.802  -17.609  -36.600   -5.769   1.386  -0.520  H16  6G4  35  
6G4  H17  H17  H  0  1  N  N  N   -5.248  -15.941  -37.661   -6.729  -0.808  -1.164  H17  6G4  36  
6G4  H18  H18  H  0  1  N  N  N   -5.445  -14.891  -36.217   -6.738  -1.305   0.545  H18  6G4  37  
6G4  H19  H19  H  0  1  N  N  N   -4.572  -16.689  -34.773   -8.256   0.580   1.086  H19  6G4  38  
6G4  H20  H20  H  0  1  N  N  N   -4.407  -17.768  -36.199   -8.247   1.077  -0.623  H20  6G4  39  
6G4  H21  H21  H  0  1  N  N  N   -2.761  -16.237  -37.195   -9.207  -1.116  -1.267  H21  6G4  40  
6G4  H22  H22  H  0  1  N  N  N   -2.960  -15.101  -35.818   -9.216  -1.614   0.442  H22  6G4  41  
6G4  H23  H23  H  0  1  N  N  N   -0.948  -16.508  -35.538  -10.724   0.769  -0.726  H23  6G4  42  
6G4  H24  H24  H  0  1  N  N  N   -2.165  -16.848  -34.261  -11.447  -0.788  -0.256  H24  6G4  43  
6G4  H25  H25  H  0  1  N  N  N   -1.966  -17.985  -35.638  -10.733   0.271   0.983  H25  6G4  44  
6G4  H26  H26  H  0  1  N  N  N   -9.230  -14.274  -36.578   -3.046   1.483  -0.477  H26  6G4  45  
6G4  H27  H27  H  0  1  N  N  N   -9.131  -15.642  -35.418   -3.055   0.985   1.232  H27  6G4  46  
6G4  H28  H28  H  0  1  N  N  N  -10.961  -16.516  -36.416   -1.921  -1.134   0.621  H28  6G4  47  
6G4  H29  H29  H  0  1  N  N  N   -9.951  -16.795  -37.876   -1.913  -0.636  -1.088  H29  6G4  48  
6G4  H30  H30  H  0  1  N  N  N  -21.142  -16.250  -39.791    9.096  -1.944   0.927  H30  6G4  49  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
6G4  N    CA   SING  N  N   1  
6G4  O1   C    DOUB  N  N   2  
6G4  CA   C    SING  N  N   3  
6G4  CA   CB   SING  N  N   4  
6G4  CG   CB   SING  N  N   5  
6G4  CG   CD   SING  N  N   6  
6G4  O2   C1   DOUB  N  N   7  
6G4  CE   CD   SING  N  N   8  
6G4  CE   NZ   SING  N  N   9  
6G4  O11  C5   DOUB  N  N  10  
6G4  C1   NZ   SING  N  N  11  
6G4  C1   C3   SING  N  N  12  
6G4  C3   C4   SING  N  N  13  
6G4  C5   C4   SING  N  N  14  
6G4  C5   C6   SING  N  N  15  
6G4  C7   C6   SING  N  N  16  
6G4  C7   C8   SING  N  N  17  
6G4  C9   C8   SING  N  N  18  
6G4  C9   C10  SING  N  N  19  
6G4  C    O3   SING  N  N  20  
6G4  N    H1   SING  N  N  21  
6G4  N    H2   SING  N  N  22  
6G4  CA   H4   SING  N  N  23  
6G4  CB   H5   SING  N  N  24  
6G4  CB   H6   SING  N  N  25  
6G4  CG   H7   SING  N  N  26  
6G4  CG   H8   SING  N  N  27  
6G4  CD   H9   SING  N  N  28  
6G4  CD   H10  SING  N  N  29  
6G4  CE   H11  SING  N  N  30  
6G4  CE   H12  SING  N  N  31  
6G4  NZ   H13  SING  N  N  32  
6G4  C6   H15  SING  N  N  33  
6G4  C6   H16  SING  N  N  34  
6G4  C7   H17  SING  N  N  35  
6G4  C7   H18  SING  N  N  36  
6G4  C8   H19  SING  N  N  37  
6G4  C8   H20  SING  N  N  38  
6G4  C9   H21  SING  N  N  39  
6G4  C9   H22  SING  N  N  40  
6G4  C10  H23  SING  N  N  41  
6G4  C10  H24  SING  N  N  42  
6G4  C10  H25  SING  N  N  43  
6G4  C4   H26  SING  N  N  44  
6G4  C4   H27  SING  N  N  45  
6G4  C3   H28  SING  N  N  46  
6G4  C3   H29  SING  N  N  47  
6G4  O3   H30  SING  N  N  48  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
6G4  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C15H28N2O4/c1-2-3-4-7-12(18)9-10-14(19)17-11-6-5-8-13(16)15(20)21/h13H,2-11,16H2,1H3,(H,17,19)(H,20,21)/t13-/m0/s1"  
6G4  InChIKey          InChI                 1.03   DRLGGTGYYIGHGQ-ZDUSSCGKSA-N  
6G4  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.385  "CCCCCC(=O)CCC(=O)NCCCC[C@H](N)C(O)=O"  
6G4  SMILES            CACTVS                3.385  "CCCCCC(=O)CCC(=O)NCCCC[CH](N)C(O)=O"  
6G4  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  2.0.5  "CCCCCC(=O)CCC(=O)NCCCC[C@@H](C(=O)O)N"  
6G4  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  2.0.5  "CCCCCC(=O)CCC(=O)NCCCCC(C(=O)O)N"  
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id          6G4
_pdbx_chem_comp_identifier.type             "SYSTEMATIC NAME"
_pdbx_chem_comp_identifier.program          "OpenEye OEToolkits"
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version  2.0.5
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier       "(2~{S})-2-azanyl-6-(4-oxidanylidenenonanoylamino)hexanoic acid"
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
6G4  "Create component"    2016-05-12  EBI   
6G4  "Other modification"  2016-06-07  EBI   
6G4  "Initial release"     2017-05-03  RCSB  
6G4  "Other modification"  2019-04-12  EBI   
6G4  "Modify synonyms"     2021-03-01  PDBE  
#
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal     1
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id     6G4
_pdbx_chem_comp_synonyms.name        Nepsilon
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance  ?
_pdbx_chem_comp_synonyms.type        ?
##
