data_CQ1
#

_chem_comp.id                                   CQ1
_chem_comp.name                                 "[(4Z)-2-[(1R,2R)-1-amino-2-hydroxypropyl]-4-(4-azidobenzylidene)-5-oxo-4,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl]acetic acid"
_chem_comp.type                                 "PEPTIDE LINKING"
_chem_comp.pdbx_type                            ATOMP
_chem_comp.formula                              "C15 H16 N6 O4"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id              "THR, TYR, GLY"
_chem_comp.pdbx_synonyms                        "PEPTIDE DERIVED CHROMOPHORE"
_chem_comp.pdbx_formal_charge                   0
_chem_comp.pdbx_initial_date                    2013-02-21
_chem_comp.pdbx_modified_date                   2021-03-01
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                  N
_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       344.325
_chem_comp.one_letter_code                      ?
_chem_comp.three_letter_code                    CQ1
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       4J88
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list               ?
_chem_comp.pdbx_processing_site                 RCSB
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
CQ1  NY   NY   N  -1  1  N  N  N  -22.447   6.981   8.803  -7.573   0.223   0.487  NY   CQ1   1  
CQ1  NX   NX   N   1  1  N  N  N  -21.568   6.286   7.944  -6.601  -0.338   0.425  NX   CQ1   2  
CQ1  NW   NW   N   0  1  N  N  N  -20.752   5.650   7.123  -5.629  -0.899   0.363  NW   CQ1   3  
CQ1  CZ   CZ   C   0  1  Y  N  N  -20.445   6.124   5.846  -4.502  -0.244   0.159  CZ   CQ1   4  
CQ1  CE1  CE1  C   0  1  Y  N  N  -21.213   7.080   5.186  -3.225  -0.962   0.075  CE1  CQ1   5  
CQ1  CD1  CD1  C   0  1  Y  N  N  -20.845   7.507   3.929  -2.085  -0.263  -0.135  CD1  CQ1   6  
CQ1  CE2  CE2  C   0  1  Y  N  N  -19.333   5.628   5.244  -4.501   1.214   0.005  CE2  CQ1   7  
CQ1  CD2  CD2  C   0  1  Y  N  N  -18.967   6.053   4.015  -3.328   1.858  -0.203  CD2  CQ1   8  
CQ1  CG2  CG2  C   0  1  Y  N  N  -19.690   6.987   3.344  -2.116   1.140  -0.272  CG2  CQ1   9  
CQ1  CB2  CB2  C   0  1  N  N  N  -19.232   7.393   2.064  -0.911   1.839  -0.490  CB2  CQ1  10  
CQ1  CA2  CA2  C   0  1  N  N  N  -19.698   8.248   1.168   0.304   1.178  -0.382  CA2  CQ1  11  
CQ1  N2   N2   N   0  1  N  N  N  -20.763   9.035   1.320   0.508  -0.092   0.039  N2   CQ1  12  
CQ1  C2   C2   C   0  1  N  N  N  -19.120   8.494   0.008   1.643   1.714  -0.709  C2   CQ1  13  
CQ1  O2   O2   O   0  1  N  N  N  -18.032   7.926  -0.587   1.913   2.825  -1.124  O2   CQ1  14  
CQ1  N3   N3   N   0  1  N  N  N  -19.805   9.407  -0.636   2.501   0.703  -0.447  N3   CQ1  15  
CQ1  CA3  CA3  C   0  1  N  N  N  -19.258   9.442  -1.794   3.956   0.747  -0.614  CA3  CQ1  16  
CQ1  C3   C3   C   0  1  N  N  N  -19.447  10.660  -2.542   4.594   1.227   0.664  C3   CQ1  17  
CQ1  O3   O3   O   0  1  N  Y  N  -18.460  11.086  -3.283   5.929   1.346   0.744  O3   CQ1  18  
CQ1  C1   C1   C   0  1  N  N  N  -20.881   9.673   0.154   1.780  -0.362   0.006  C1   CQ1  19  
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CQ1  CB1  CB1  C   0  1  N  N  R  -22.510  11.255   1.136   2.320  -2.651  -0.780  CB1  CQ1  22  
CQ1  CG1  CG1  C   0  1  N  N  N  -23.441  12.320   0.750   2.812  -4.031  -0.339  CG1  CQ1  23  
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CQ1  H3   H3   H   0  1  N  N  N  -21.444   8.236   3.403  -1.141  -0.785  -0.197  H3   CQ1  26  
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CQ1  H5   H5   H   0  1  N  N  N  -18.080   5.641   3.556  -3.320   2.932  -0.316  H5   CQ1  28  
CQ1  H7   H7   H   0  1  N  N  N  -18.318   6.905   1.759  -0.934   2.890  -0.741  H7   CQ1  29  
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CQ1  H9   H9   H   0  1  N  N  N  -18.176   9.292  -1.661   4.208   1.430  -1.425  H9   CQ1  31  
CQ1  O1   O1   O   0  1  N  N  N  -19.536  11.410  -1.785   3.905   1.504   1.617  O1   CQ1  32  
CQ1  H12  H12  H   0  1  N  N  N  -18.133  11.907  -2.934   6.292   1.658   1.584  H12  CQ1  33  
CQ1  H14  H14  H   0  1  N  N  N  -21.534  11.456  -0.773   3.417  -1.540   0.705  H14  CQ1  34  
CQ1  H15  H15  H   0  1  N  N  N  -23.723  10.574  -1.085   0.653  -2.391   1.280  H15  CQ1  35  
CQ1  H16  H16  H   0  1  N  N  N  -22.606   9.559  -1.706   2.039  -3.102   1.860  H16  CQ1  36  
CQ1  H18  H18  H   0  1  N  N  N  -21.691  11.663   1.747   2.955  -2.278  -1.583  H18  CQ1  37  
CQ1  H19  H19  H   0  1  N  N  N  -23.870  12.778   1.653   2.177  -4.404   0.465  H19  CQ1  38  
CQ1  H20  H20  H   0  1  N  N  N  -22.903  13.085   0.171   2.770  -4.719  -1.183  H20  CQ1  39  
CQ1  H21  H21  H   0  1  N  N  N  -24.249  11.896   0.135   3.840  -3.954   0.017  H21  CQ1  40  
CQ1  H22  H22  H   0  1  N  N  N  -23.608  10.642   2.684   0.860  -3.349  -1.998  H22  CQ1  41  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
CQ1  O3   C3   SING  N  N   1  
CQ1  C3   CA3  SING  N  N   2  
CQ1  CA3  N3   SING  N  N   3  
CQ1  N1   CA1  SING  N  N   4  
CQ1  N3   C2   SING  N  N   5  
CQ1  N3   C1   SING  N  N   6  
CQ1  O2   C2   DOUB  N  N   7  
CQ1  CA1  C1   SING  N  N   8  
CQ1  CA1  CB1  SING  N  N   9  
CQ1  C2   CA2  SING  N  N  10  
CQ1  C1   N2   DOUB  N  N  11  
CQ1  CG1  CB1  SING  N  N  12  
CQ1  CB1  OG1  SING  N  N  13  
CQ1  CA2  N2   SING  N  N  14  
CQ1  CA2  CB2  DOUB  N  Z  15  
CQ1  CB2  CG2  SING  N  N  16  
CQ1  CG2  CD1  DOUB  Y  N  17  
CQ1  CG2  CD2  SING  Y  N  18  
CQ1  CD1  CE1  SING  Y  N  19  
CQ1  CD2  CE2  DOUB  Y  N  20  
CQ1  CE1  CZ   DOUB  Y  N  21  
CQ1  CE2  CZ   SING  Y  N  22  
CQ1  CZ   NW   SING  N  N  23  
CQ1  NW   NX   DOUB  N  N  24  
CQ1  NX   NY   DOUB  N  N  25  
CQ1  CE1  H2   SING  N  N  26  
CQ1  CD1  H3   SING  N  N  27  
CQ1  CE2  H4   SING  N  N  28  
CQ1  CD2  H5   SING  N  N  29  
CQ1  CB2  H7   SING  N  N  30  
CQ1  CA3  H8   SING  N  N  31  
CQ1  CA3  H9   SING  N  N  32  
CQ1  C3   O1   DOUB  N  N  33  
CQ1  O3   H12  SING  N  N  34  
CQ1  CA1  H14  SING  N  N  35  
CQ1  N1   H15  SING  N  N  36  
CQ1  N1   H16  SING  N  N  37  
CQ1  CB1  H18  SING  N  N  38  
CQ1  CG1  H19  SING  N  N  39  
CQ1  CG1  H20  SING  N  N  40  
CQ1  CG1  H21  SING  N  N  41  
CQ1  OG1  H22  SING  N  N  42  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
CQ1  SMILES            ACDLabs               12.01  "O=C1C(\N=C(N1CC(=O)O)C(N)C(O)C)=C\c2ccc(/N=[N+]=[N-])cc2"  
CQ1  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C15H16N6O4/c1-8(22)13(16)14-18-11(15(25)21(14)7-12(23)24)6-9-2-4-10(5-3-9)19-20-17/h2-6,8,13,22H,7,16H2,1H3,(H,23,24)/b11-6-/t8-,13+/m1/s1"  
CQ1  InChIKey          InChI                 1.03   DTMONCBSKCLGRG-NGDPAIJVSA-N  
CQ1  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.370  "C[C@@H](O)[C@H](N)C1=N\C(=C/c2ccc(cc2)N=[N+]=[N-])C(=O)N1CC(O)=O"  
CQ1  SMILES            CACTVS                3.370  "C[CH](O)[CH](N)C1=NC(=Cc2ccc(cc2)N=[N+]=[N-])C(=O)N1CC(O)=O"  
CQ1  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  1.7.6  "C[C@H]([C@@H](C1=N/C(=C\c2ccc(cc2)N=[N+]=[N-])/C(=O)N1CC(=O)O)N)O"  
CQ1  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  1.7.6  "CC(C(C1=NC(=Cc2ccc(cc2)N=[N+]=[N-])C(=O)N1CC(=O)O)N)O"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
CQ1  "SYSTEMATIC NAME"  ACDLabs               12.01  "[(4Z)-2-[(1R,2R)-1-amino-2-hydroxypropyl]-4-(4-azidobenzylidene)-5-oxo-4,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl]acetic acid"  
CQ1  "SYSTEMATIC NAME"  "OpenEye OEToolkits"  1.7.6  "2-[(4Z)-2-[(1R,2R)-1-azanyl-2-oxidanyl-propyl]-4-[(4-azidophenyl)methylidene]-5-oxidanylidene-imidazol-1-yl]ethanoic acid"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
CQ1  "Create component"          2013-02-21  RCSB  
CQ1  "Modify parent residue"     2013-04-12  RCSB  
CQ1  "Modify leaving atom flag"  2013-05-08  RCSB  
CQ1  "Initial release"           2013-06-26  RCSB  
CQ1  "Modify synonyms"           2021-03-01  PDBE  
#
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal     1
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id     CQ1
_pdbx_chem_comp_synonyms.name        "PEPTIDE DERIVED CHROMOPHORE"
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance  ?
_pdbx_chem_comp_synonyms.type        ?
##
