data_SJT
#

_chem_comp.id                                   SJT
_chem_comp.name                                 "spliceostatin A (form II)"
_chem_comp.type                                 non-polymer
_chem_comp.pdbx_type                            HETAIN
_chem_comp.formula                              "C28 H45 N O8"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id              ?
_chem_comp.pdbx_synonyms                        "[(~{Z},2~{S})-5-[[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{S})-6-[(2~{E},4~{E})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-methoxy-4,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-penta-2,4-dienyl]-2,5-dimethyl-oxan-3-yl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ethanoate"
_chem_comp.pdbx_formal_charge                   0
_chem_comp.pdbx_initial_date                    2020-11-20
_chem_comp.pdbx_modified_date                   2021-07-30
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                  N
_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       523.659
_chem_comp.one_letter_code                      ?
_chem_comp.three_letter_code                    SJT
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       7B0I
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list               ?
_chem_comp.pdbx_processing_site                 PDBE
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
SJT  C9   C1   C  0  1  N  N  N  -21.946  36.541  -35.081   -2.452   2.893   0.122  C9   SJT   1  
SJT  C8   C2   C  0  1  N  N  R  -21.693  35.399  -34.127   -2.266   1.584  -0.649  C8   SJT   2  
SJT  C5   C3   C  0  1  N  N  N  -28.954  31.116  -35.103   -9.329  -0.491  -0.952  C5   SJT   3  
SJT  C6   C4   C  0  1  N  N  N  -30.386  30.709  -35.173  -10.012  -1.612  -1.692  C6   SJT   4  
SJT  C2   C5   C  0  1  N  N  N  -27.031  33.229  -36.086   -7.425  -0.032   2.069  C2   SJT   5  
SJT  C4   C6   C  0  1  N  N  N  -26.597  31.476  -37.846   -9.397   1.398   1.607  C4   SJT   6  
SJT  N    N1   N  0  1  N  N  N  -23.801  34.341  -34.809   -4.210   0.652   0.509  N    SJT   7  
SJT  C    C7   C  0  1  N  N  N  -24.621  33.417  -35.334   -5.517   0.342   0.618  C    SJT   8  
SJT  O    O1   O  0  1  N  N  N  -24.238  32.266  -35.600   -6.208   0.261  -0.380  O    SJT   9  
SJT  C1   C8   C  0  1  N  N  N  -25.997  33.896  -35.600   -6.108   0.102   1.943  C1   SJT  10  
SJT  C10  C9   C  0  1  N  N  S  -21.875  34.888  -31.797   -1.113  -0.517  -0.577  C10  SJT  11  
SJT  C11  C10  C  0  1  N  N  S  -22.536  33.531  -32.012   -2.422  -1.296  -0.737  C11  SJT  12  
SJT  C12  C11  C  0  1  N  N  N  -24.040  33.562  -31.748   -3.003  -1.607   0.644  C12  SJT  13  
SJT  C13  C12  C  0  1  N  N  N  -22.223  33.031  -33.424   -3.419  -0.446  -1.531  C13  SJT  14  
SJT  C14  C13  C  0  1  N  N  N  -22.263  35.552  -30.479   -0.133  -1.334   0.267  C14  SJT  15  
SJT  C15  C14  C  0  1  N  N  N  -21.741  34.808  -29.285    1.195  -0.625   0.322  C15  SJT  16  
SJT  C16  C15  C  0  1  N  N  N  -22.382  34.730  -28.117    2.309  -1.273  -0.003  C16  SJT  17  
SJT  C17  C16  C  0  1  N  N  N  -23.710  35.381  -27.845    2.250  -2.734  -0.370  C17  SJT  18  
SJT  C18  C17  C  0  1  N  N  N  -21.769  33.970  -27.043    3.598  -0.565  -0.004  C18  SJT  19  
SJT  C19  C18  C  0  1  N  N  N  -22.234  33.786  -25.821    4.712  -1.214  -0.329  C19  SJT  20  
SJT  C20  C19  C  0  1  N  N  R  -21.553  32.987  -24.759    6.033  -0.488  -0.330  C20  SJT  21  
SJT  C21  C20  C  0  1  N  N  R  -22.273  31.684  -24.412    7.023  -1.231   0.571  C21  SJT  22  
SJT  C22  C21  C  0  1  N  N  S  -21.562  30.927  -23.280    8.344  -0.455   0.612  C22  SJT  23  
SJT  C23  C22  C  0  1  N  N  N  -22.367  29.726  -22.803    9.314  -1.147   1.572  C23  SJT  24  
SJT  C24  C23  C  0  1  N  N  N  -21.276  31.897  -22.127    8.071   0.971   1.099  C24  SJT  25  
SJT  C25  C24  C  0  1  N  N  S  -20.541  33.154  -22.578    7.040   1.628   0.178  C25  SJT  26  
SJT  C26  C25  C  0  1  N  N  N  -20.355  34.162  -21.473    6.717   3.032   0.693  C26  SJT  27  
SJT  C27  C26  C  0  1  N  N  N  -18.371  33.727  -23.460    6.683   2.318  -2.089  C27  SJT  28  
SJT  C3   C27  C  0  1  N  N  S  -27.051  31.773  -36.436   -8.342   0.479   0.988  C3   SJT  29  
SJT  C7   C28  C  0  1  N  N  R  -22.394  34.096  -34.510   -3.621   0.891  -0.811  C7   SJT  30  
SJT  O1   O2   O  0  1  N  N  N  -28.451  31.331  -36.337   -8.998  -0.643   0.340  O1   SJT  31  
SJT  O2   O3   O  0  1  N  N  N  -28.311  31.243  -34.102   -9.078   0.544  -1.522  O2   SJT  32  
SJT  O3   O4   O  0  1  N  N  N  -22.229  35.796  -32.850   -1.377   0.729   0.071  O3   SJT  33  
SJT  O4   O5   O  0  1  N  N  N  -22.390  30.870  -25.571    7.255  -2.541   0.049  O4   SJT  34  
SJT  O5   O6   O  0  1  N  N  N  -20.308  30.450  -23.803    8.915  -0.414  -0.697  O5   SJT  35  
SJT  O6   O7   O  0  1  N  N  N  -21.367  33.784  -23.572    5.847   0.840   0.161  O6   SJT  36  
SJT  O7   O8   O  0  1  N  N  N  -19.333  32.713  -23.151    7.571   1.717  -1.145  O7   SJT  37  
SJT  H1   H1   H  0  1  N  N  N  -21.408  37.436  -34.734   -1.487   3.386   0.238  H1   SJT  38  
SJT  H2   H2   H  0  1  N  N  N  -21.590  36.266  -36.085   -3.130   3.546  -0.428  H2   SJT  39  
SJT  H3   H3   H  0  1  N  N  N  -23.024  36.754  -35.120   -2.871   2.679   1.105  H3   SJT  40  
SJT  H4   H4   H  0  1  N  N  N  -20.611  35.219  -34.050   -1.847   1.799  -1.633  H4   SJT  41  
SJT  H5   H5   H  0  1  N  N  N  -30.770  30.540  -34.156  -10.200  -1.307  -2.721  H5   SJT  42  
SJT  H6   H6   H  0  1  N  N  N  -30.970  31.505  -35.658   -9.373  -2.495  -1.685  H6   SJT  43  
SJT  H7   H7   H  0  1  N  N  N  -30.475  29.781  -35.757  -10.958  -1.846  -1.203  H7   SJT  44  
SJT  H8   H8   H  0  1  N  N  N  -27.943  33.785  -36.245   -7.838  -0.508   2.947  H8   SJT  45  
SJT  H9   H9   H  0  1  N  N  N  -25.550  31.791  -37.969  -10.060   1.768   0.825  H9   SJT  46  
SJT  H10  H10  H  0  1  N  N  N  -26.680  30.396  -38.038   -9.977   0.842   2.343  H10  SJT  47  
SJT  H11  H11  H  0  1  N  N  N  -27.231  32.025  -38.558   -8.904   2.240   2.094  H11  SJT  48  
SJT  H12  H12  H  0  1  N  N  N  -24.175  35.247  -34.612   -3.659   0.716   1.304  H12  SJT  49  
SJT  H13  H13  H  0  1  N  N  N  -26.182  34.934  -35.365   -5.472   0.036   2.814  H13  SJT  50  
SJT  H14  H14  H  0  1  N  N  N  -20.785  34.740  -31.797   -0.679  -0.331  -1.560  H14  SJT  51  
SJT  H15  H15  H  0  1  N  N  N  -22.086  32.823  -31.300   -2.230  -2.227  -1.269  H15  SJT  52  
SJT  H16  H16  H  0  1  N  N  N  -24.226  33.925  -30.727   -2.968  -0.711   1.264  H16  SJT  53  
SJT  H17  H17  H  0  1  N  N  N  -24.525  34.235  -32.471   -4.037  -1.935   0.538  H17  SJT  54  
SJT  H18  H18  H  0  1  N  N  N  -24.452  32.548  -31.857   -2.418  -2.397   1.115  H18  SJT  55  
SJT  H19  H19  H  0  1  N  N  N  -22.897  32.192  -33.652   -3.027  -0.266  -2.532  H19  SJT  56  
SJT  H20  H20  H  0  1  N  N  N  -21.181  32.680  -33.444   -4.371  -0.972  -1.602  H20  SJT  57  
SJT  H21  H21  H  0  1  N  N  N  -21.854  36.573  -30.465   -0.528  -1.445   1.277  H21  SJT  58  
SJT  H22  H22  H  0  1  N  N  N  -23.360  35.595  -30.416   -0.001  -2.319  -0.181  H22  SJT  59  
SJT  H23  H23  H  0  1  N  N  N  -20.789  34.305  -29.376    1.242   0.411   0.625  H23  SJT  60  
SJT  H24  H24  H  0  1  N  N  N  -24.020  35.166  -26.812    1.999  -2.833  -1.426  H24  SJT  61  
SJT  H25  H25  H  0  1  N  N  N  -23.620  36.469  -27.982    3.220  -3.194  -0.182  H25  SJT  62  
SJT  H26  H26  H  0  1  N  N  N  -24.462  34.985  -28.543    1.489  -3.230   0.233  H26  SJT  63  
SJT  H27  H27  H  0  1  N  N  N  -20.823  33.501  -27.270    3.640   0.481   0.259  H27  SJT  64  
SJT  H28  H28  H  0  1  N  N  N  -23.178  34.248  -25.571    4.670  -2.260  -0.592  H28  SJT  65  
SJT  H29  H29  H  0  1  N  N  N  -20.559  32.712  -25.142    6.425  -0.449  -1.346  H29  SJT  66  
SJT  H30  H30  H  0  1  N  N  N  -23.280  31.945  -24.055    6.614  -1.306   1.578  H30  SJT  67  
SJT  H31  H31  H  0  1  N  N  N  -21.822  29.216  -21.995    9.501  -2.165   1.228  H31  SJT  68  
SJT  H32  H32  H  0  1  N  N  N  -23.344  30.065  -22.429   10.253  -0.595   1.600  H32  SJT  69  
SJT  H33  H33  H  0  1  N  N  N  -22.517  29.029  -23.641    8.878  -1.176   2.571  H33  SJT  70  
SJT  H34  H34  H  0  1  N  N  N  -22.233  32.194  -21.672    7.682   0.940   2.117  H34  SJT  71  
SJT  H35  H35  H  0  1  N  N  N  -20.659  31.379  -21.378    8.997   1.546   1.080  H35  SJT  72  
SJT  H36  H36  H  0  1  N  N  N  -19.726  33.728  -20.682    7.626   3.632   0.707  H36  SJT  73  
SJT  H37  H37  H  0  1  N  N  N  -19.867  35.062  -21.876    5.982   3.500   0.037  H37  SJT  74  
SJT  H38  H38  H  0  1  N  N  N  -21.336  34.433  -21.055    6.311   2.964   1.703  H38  SJT  75  
SJT  H39  H39  H  0  1  N  N  N  -17.476  33.262  -23.899    7.160   2.348  -3.069  H39  SJT  76  
SJT  H40  H40  H  0  1  N  N  N  -18.805  34.438  -24.179    5.765   1.733  -2.150  H40  SJT  77  
SJT  H41  H41  H  0  1  N  N  N  -18.092  34.261  -22.539    6.446   3.333  -1.769  H41  SJT  78  
SJT  H42  H42  H  0  1  N  N  N  -26.428  31.212  -35.724   -7.761   1.035   0.252  H42  SJT  79  
SJT  H43  H43  H  0  1  N  N  N  -21.909  33.717  -35.421   -4.287   1.524  -1.398  H43  SJT  80  
SJT  H44  H44  H  0  1  N  N  N  -22.838  30.063  -25.348    6.459  -3.087  -0.010  H44  SJT  81  
SJT  H45  H45  H  0  1  N  N  N  -19.842  29.975  -23.125    9.108  -1.285  -1.070  H45  SJT  82  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
SJT  C4   C3   SING  N  N   1  
SJT  C3   O1   SING  N  N   2  
SJT  C3   C2   SING  N  N   3  
SJT  O1   C5   SING  N  N   4  
SJT  C2   C1   DOUB  N  Z   5  
SJT  C1   C    SING  N  N   6  
SJT  O    C    DOUB  N  N   7  
SJT  C    N    SING  N  N   8  
SJT  C6   C5   SING  N  N   9  
SJT  C5   O2   DOUB  N  N  10  
SJT  C9   C8   SING  N  N  11  
SJT  N    C7   SING  N  N  12  
SJT  C7   C8   SING  N  N  13  
SJT  C7   C13  SING  N  N  14  
SJT  C8   O3   SING  N  N  15  
SJT  C13  C11  SING  N  N  16  
SJT  O3   C10  SING  N  N  17  
SJT  C11  C10  SING  N  N  18  
SJT  C11  C12  SING  N  N  19  
SJT  C10  C14  SING  N  N  20  
SJT  C14  C15  SING  N  N  21  
SJT  C15  C16  DOUB  N  E  22  
SJT  C16  C17  SING  N  N  23  
SJT  C16  C18  SING  N  N  24  
SJT  C18  C19  DOUB  N  E  25  
SJT  C19  C20  SING  N  N  26  
SJT  O4   C21  SING  N  N  27  
SJT  C20  C21  SING  N  N  28  
SJT  C20  O6   SING  N  N  29  
SJT  C21  C22  SING  N  N  30  
SJT  O5   C22  SING  N  N  31  
SJT  O6   C25  SING  N  N  32  
SJT  C27  O7   SING  N  N  33  
SJT  C22  C23  SING  N  N  34  
SJT  C22  C24  SING  N  N  35  
SJT  O7   C25  SING  N  N  36  
SJT  C25  C24  SING  N  N  37  
SJT  C25  C26  SING  N  N  38  
SJT  C9   H1   SING  N  N  39  
SJT  C9   H2   SING  N  N  40  
SJT  C9   H3   SING  N  N  41  
SJT  C8   H4   SING  N  N  42  
SJT  C6   H5   SING  N  N  43  
SJT  C6   H6   SING  N  N  44  
SJT  C6   H7   SING  N  N  45  
SJT  C2   H8   SING  N  N  46  
SJT  C4   H9   SING  N  N  47  
SJT  C4   H10  SING  N  N  48  
SJT  C4   H11  SING  N  N  49  
SJT  N    H12  SING  N  N  50  
SJT  C1   H13  SING  N  N  51  
SJT  C10  H14  SING  N  N  52  
SJT  C11  H15  SING  N  N  53  
SJT  C12  H16  SING  N  N  54  
SJT  C12  H17  SING  N  N  55  
SJT  C12  H18  SING  N  N  56  
SJT  C13  H19  SING  N  N  57  
SJT  C13  H20  SING  N  N  58  
SJT  C14  H21  SING  N  N  59  
SJT  C14  H22  SING  N  N  60  
SJT  C15  H23  SING  N  N  61  
SJT  C17  H24  SING  N  N  62  
SJT  C17  H25  SING  N  N  63  
SJT  C17  H26  SING  N  N  64  
SJT  C18  H27  SING  N  N  65  
SJT  C19  H28  SING  N  N  66  
SJT  C20  H29  SING  N  N  67  
SJT  C21  H30  SING  N  N  68  
SJT  C23  H31  SING  N  N  69  
SJT  C23  H32  SING  N  N  70  
SJT  C23  H33  SING  N  N  71  
SJT  C24  H34  SING  N  N  72  
SJT  C24  H35  SING  N  N  73  
SJT  C26  H36  SING  N  N  74  
SJT  C26  H37  SING  N  N  75  
SJT  C26  H38  SING  N  N  76  
SJT  C27  H39  SING  N  N  77  
SJT  C27  H40  SING  N  N  78  
SJT  C27  H41  SING  N  N  79  
SJT  C3   H42  SING  N  N  80  
SJT  C7   H43  SING  N  N  81  
SJT  O4   H44  SING  N  N  82  
SJT  O5   H45  SING  N  N  83  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
SJT  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C28H45NO8/c1-17(10-13-24-26(32)27(6,33)16-28(7,34-8)37-24)9-12-23-18(2)15-22(20(4)36-23)29-25(31)14-11-19(3)35-21(5)30/h9-11,13-14,18-20,22-24,26,32-33H,12,15-16H2,1-8H3,(H,29,31)/b13-10+,14-11-,17-9+/t18-,19-,20+,22+,23-,24+,26+,27-,28-/m0/s1"  
SJT  InChIKey          InChI                 1.03   KFBJURVXOOMXKK-GSHHMAPISA-N  
SJT  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.385  "CO[C@]1(C)C[C@](C)(O)[C@H](O)[C@H](O1)/C=C/C(C)=C/C[C@@H]2O[C@H](C)[C@@H](C[C@@H]2C)NC(=O)\C=C/[C@H](C)OC(C)=O"  
SJT  SMILES            CACTVS                3.385  "CO[C]1(C)C[C](C)(O)[CH](O)[CH](O1)C=CC(C)=CC[CH]2O[CH](C)[CH](C[CH]2C)NC(=O)C=C[CH](C)OC(C)=O"  
SJT  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  2.0.7  "C[C@H]1C[C@H]([C@H](O[C@H]1C/C=C(\C)/C=C/[C@@H]2[C@H]([C@@](C[C@@](O2)(C)OC)(C)O)O)C)NC(=O)/C=C\[C@H](C)OC(=O)C"  
SJT  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  2.0.7  "CC1CC(C(OC1CC=C(C)C=CC2C(C(CC(O2)(C)OC)(C)O)O)C)NC(=O)C=CC(C)OC(=O)C"  
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id          SJT
_pdbx_chem_comp_identifier.type             "SYSTEMATIC NAME"
_pdbx_chem_comp_identifier.program          "OpenEye OEToolkits"
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version  2.0.7
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier       "[(~{Z},2~{S})-5-[[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{S})-6-[(2~{E},4~{E})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-methoxy-4,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-penta-2,4-dienyl]-2,5-dimethyl-oxan-3-yl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ethanoate"
#
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal     1
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id     SJT
_pdbx_chem_comp_synonyms.name        "[(~{Z},2~{S})-5-[[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{S})-6-[(2~{E},4~{E})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-methoxy-4,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-penta-2,4-dienyl]-2,5-dimethyl-oxan-3-yl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ethanoate"
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance  PDB
_pdbx_chem_comp_synonyms.type        ?
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
SJT  "Create component"  2020-11-20  PDBE  
SJT  "Modify synonyms"   2021-03-13  RCSB  
SJT  "Initial release"   2021-08-04  RCSB  
##
