data_ZNA
#

_chem_comp.id                                   ZNA
_chem_comp.name                                 "[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(3-aminocarbonylpyridin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)thiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate"
_chem_comp.type                                 NON-POLYMER
_chem_comp.pdbx_type                            HETAIN
_chem_comp.formula                              "C21 H28 N7 O13 P2 S"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id              ?
_chem_comp.pdbx_synonyms                        ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge                   0
_chem_comp.pdbx_initial_date                    2018-08-15
_chem_comp.pdbx_modified_date                   2018-11-16
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                  N
_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       680.499
_chem_comp.one_letter_code                      ?
_chem_comp.three_letter_code                    ZNA
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  Y
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       6EDR
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list               ?
_chem_comp.pdbx_processing_site                 RCSB
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
ZNA  N01  N1   N  0  1  N  N  N  -17.634  -0.787  -1.646  ?  ?  ?  N01  ZNA   1  
ZNA  C02  C1   C  0  1  N  N  N  -16.549  -0.012  -1.822  ?  ?  ?  C02  ZNA   2  
ZNA  O03  O1   O  0  1  N  N  N  -16.462   1.083  -1.260  ?  ?  ?  O03  ZNA   3  
ZNA  C04  C2   C  0  1  Y  N  N  -15.493  -0.477  -2.644  ?  ?  ?  C04  ZNA   4  
ZNA  C44  C3   C  0  1  Y  N  N  -15.331  -1.827  -3.004  ?  ?  ?  C44  ZNA   5  
ZNA  C05  C4   C  0  1  Y  N  N  -14.533   0.431  -3.130  ?  ?  ?  C05  ZNA   6  
ZNA  C06  C5   C  0  1  Y  N  N  -13.466   0.008  -3.931  ?  ?  ?  C06  ZNA   7  
ZNA  C07  C6   C  0  1  Y  N  N  -13.323  -1.332  -4.284  ?  ?  ?  C07  ZNA   8  
ZNA  N08  N2   N  0  1  Y  N  N  -14.268  -2.256  -3.832  ?  ?  ?  N08  ZNA   9  
ZNA  C09  C7   C  0  1  N  N  R  -14.204  -3.716  -4.127  ?  ?  ?  C09  ZNA  10  
ZNA  S10  S1   S  0  1  N  N  N  -13.417  -4.399  -2.643  ?  ?  ?  S10  ZNA  11  
ZNA  C42  C8   C  0  1  N  N  R  -13.289  -4.268  -5.274  ?  ?  ?  C42  ZNA  12  
ZNA  O43  O2   O  0  1  N  N  N  -13.908  -5.453  -5.793  ?  ?  ?  O43  ZNA  13  
ZNA  C40  C9   C  0  1  N  N  S  -11.903  -4.676  -4.705  ?  ?  ?  C40  ZNA  14  
ZNA  O41  O3   O  0  1  N  N  N  -11.194  -5.499  -5.658  ?  ?  ?  O41  ZNA  15  
ZNA  C11  C10  C  0  1  N  N  R  -12.208  -5.496  -3.449  ?  ?  ?  C11  ZNA  16  
ZNA  C12  C11  C  0  1  N  N  N  -10.982  -5.704  -2.555  ?  ?  ?  C12  ZNA  17  
ZNA  O13  O4   O  0  1  N  N  N  -11.049  -4.944  -1.333  ?  ?  ?  O13  ZNA  18  
ZNA  P14  P1   P  0  1  N  N  N  -11.447  -5.586   0.108  ?  ?  ?  P14  ZNA  19  
ZNA  O15  O5   O  0  1  N  N  N  -10.420  -5.151   1.075  ?  ?  ?  O15  ZNA  20  
ZNA  O16  O6   O  0  1  N  N  N  -11.764  -7.032  -0.014  ?  ?  ?  O16  ZNA  21  
ZNA  O17  O7   O  0  1  N  N  N  -12.852  -4.831   0.415  ?  ?  ?  O17  ZNA  22  
ZNA  P18  P2   P  0  1  N  N  N  -13.044  -3.502   1.308  ?  ?  ?  P18  ZNA  23  
ZNA  O19  O8   O  0  1  N  N  N  -12.361  -3.688   2.604  ?  ?  ?  O19  ZNA  24  
ZNA  O20  O9   O  0  1  N  N  N  -14.489  -3.194   1.299  ?  ?  ?  O20  ZNA  25  
ZNA  O21  O10  O  0  1  N  N  N  -12.224  -2.326   0.498  ?  ?  ?  O21  ZNA  26  
ZNA  C22  C12  C  0  1  N  N  N  -12.795  -1.529  -0.561  ?  ?  ?  C22  ZNA  27  
ZNA  C23  C13  C  0  1  N  N  R  -12.435  -0.029  -0.435  ?  ?  ?  C23  ZNA  28  
ZNA  O24  O11  O  0  1  N  N  N  -12.544   0.527   0.894  ?  ?  ?  O24  ZNA  29  
ZNA  C38  C14  C  0  1  N  N  S  -10.975   0.228  -0.776  ?  ?  ?  C38  ZNA  30  
ZNA  O39  O12  O  0  1  N  N  N  -10.710   0.046  -2.188  ?  ?  ?  O39  ZNA  31  
ZNA  C36  C15  C  0  1  N  N  R  -10.869   1.688  -0.370  ?  ?  ?  C36  ZNA  32  
ZNA  O37  O13  O  0  1  N  N  N  -11.315   2.544  -1.442  ?  ?  ?  O37  ZNA  33  
ZNA  C25  C16  C  0  1  N  N  R  -11.829   1.800   0.836  ?  ?  ?  C25  ZNA  34  
ZNA  N26  N3   N  0  1  Y  N  N  -11.085   2.046   2.118  ?  ?  ?  N26  ZNA  35  
ZNA  C27  C17  C  0  1  Y  N  N  -10.391   1.107   2.757  ?  ?  ?  C27  ZNA  36  
ZNA  N28  N4   N  0  1  Y  N  N   -9.858   1.649   3.848  ?  ?  ?  N28  ZNA  37  
ZNA  C29  C18  C  0  1  Y  N  N  -10.215   2.931   3.900  ?  ?  ?  C29  ZNA  38  
ZNA  C35  C19  C  0  1  Y  N  N  -10.982   3.180   2.821  ?  ?  ?  C35  ZNA  39  
ZNA  N34  N5   N  0  1  Y  N  N  -11.490   4.415   2.614  ?  ?  ?  N34  ZNA  40  
ZNA  C33  C20  C  0  1  Y  N  N  -11.217   5.448   3.533  ?  ?  ?  C33  ZNA  41  
ZNA  N32  N6   N  0  1  Y  N  N  -10.412   5.154   4.649  ?  ?  ?  N32  ZNA  42  
ZNA  C30  C21  C  0  1  Y  N  N   -9.939   3.900   4.793  ?  ?  ?  C30  ZNA  43  
ZNA  N31  N7   N  0  1  N  N  N   -9.171   3.564   5.831  ?  ?  ?  N31  ZNA  44  
ZNA  H1   H1   H  0  1  N  N  N  -18.379  -0.477  -1.055  ?  ?  ?  H1   ZNA  45  
ZNA  H2   H2   H  0  1  N  N  N  -17.696  -1.673  -2.106  ?  ?  ?  H2   ZNA  46  
ZNA  H3   H3   H  0  1  N  N  N  -16.038  -2.556  -2.638  ?  ?  ?  H3   ZNA  47  
ZNA  H4   H4   H  0  1  N  N  N  -14.622   1.478  -2.879  ?  ?  ?  H4   ZNA  48  
ZNA  H5   H5   H  0  1  N  N  N  -12.743   0.731  -4.280  ?  ?  ?  H5   ZNA  49  
ZNA  H6   H6   H  0  1  N  N  N  -12.494  -1.652  -4.898  ?  ?  ?  H6   ZNA  50  
ZNA  H7   H7   H  0  1  N  N  N  -15.210  -4.155  -4.198  ?  ?  ?  H7   ZNA  51  
ZNA  H8   H8   H  0  1  N  N  N  -13.164  -3.500  -6.052  ?  ?  ?  H8   ZNA  52  
ZNA  H9   H9   H  0  1  N  N  N  -14.761  -5.235  -6.150  ?  ?  ?  H9   ZNA  53  
ZNA  H10  H10  H  0  1  N  N  N  -11.326  -3.777  -4.442  ?  ?  ?  H10  ZNA  54  
ZNA  H11  H11  H  0  1  N  N  N  -10.348  -5.742  -5.300  ?  ?  ?  H11  ZNA  55  
ZNA  H12  H12  H  0  1  N  N  N  -12.708  -6.446  -3.689  ?  ?  ?  H12  ZNA  56  
ZNA  H13  H13  H  0  1  N  N  N  -10.908  -6.772  -2.302  ?  ?  ?  H13  ZNA  57  
ZNA  H14  H14  H  0  1  N  N  N  -10.084  -5.397  -3.112  ?  ?  ?  H14  ZNA  58  
ZNA  H15  H15  H  0  1  N  N  N  -10.069  -5.909   1.527  ?  ?  ?  H15  ZNA  59  
ZNA  H16  H16  H  0  1  N  N  N  -12.986  -3.577   3.311  ?  ?  ?  H16  ZNA  60  
ZNA  H17  H17  H  0  1  N  N  N  -13.890  -1.633  -0.529  ?  ?  ?  H17  ZNA  61  
ZNA  H18  H18  H  0  1  N  N  N  -12.419  -1.902  -1.525  ?  ?  ?  H18  ZNA  62  
ZNA  H19  H19  H  0  1  N  N  N  -13.068   0.541  -1.131  ?  ?  ?  H19  ZNA  63  
ZNA  H20  H20  H  0  1  N  N  N  -10.316  -0.396  -0.154  ?  ?  ?  H20  ZNA  64  
ZNA  H21  H21  H  0  1  N  N  N   -9.791   0.214  -2.363  ?  ?  ?  H21  ZNA  65  
ZNA  H22  H22  H  0  1  N  N  N   -9.841   1.928  -0.060  ?  ?  ?  H22  ZNA  66  
ZNA  H23  H23  H  0  1  N  N  N  -11.243   3.452  -1.173  ?  ?  ?  H23  ZNA  67  
ZNA  H24  H24  H  0  1  N  N  N  -12.536   2.624   0.656  ?  ?  ?  H24  ZNA  68  
ZNA  H25  H25  H  0  1  N  N  N  -10.280   0.080   2.443  ?  ?  ?  H25  ZNA  69  
ZNA  H26  H26  H  0  1  N  N  N  -11.616   6.441   3.384  ?  ?  ?  H26  ZNA  70  
ZNA  H27  H27  H  0  1  N  N  N   -9.036   4.362   6.419  ?  ?  ?  H27  ZNA  71  
ZNA  H28  H28  H  0  1  N  N  N   -9.616   2.837   6.353  ?  ?  ?  H28  ZNA  72  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
ZNA  O43  C42  SING  N  N   1  
ZNA  O41  C40  SING  N  N   2  
ZNA  C42  C40  SING  N  N   3  
ZNA  C42  C09  SING  N  N   4  
ZNA  C40  C11  SING  N  N   5  
ZNA  C07  C06  DOUB  Y  N   6  
ZNA  C07  N08  SING  Y  N   7  
ZNA  C09  N08  SING  N  N   8  
ZNA  C09  S10  SING  N  N   9  
ZNA  C06  C05  SING  Y  N  10  
ZNA  N08  C44  DOUB  Y  N  11  
ZNA  C11  S10  SING  N  N  12  
ZNA  C11  C12  SING  N  N  13  
ZNA  C05  C04  DOUB  Y  N  14  
ZNA  C44  C04  SING  Y  N  15  
ZNA  C04  C02  SING  N  N  16  
ZNA  C12  O13  SING  N  N  17  
ZNA  O39  C38  SING  N  N  18  
ZNA  C02  N01  SING  N  N  19  
ZNA  C02  O03  DOUB  N  N  20  
ZNA  O37  C36  SING  N  N  21  
ZNA  O13  P14  SING  N  N  22  
ZNA  C38  C23  SING  N  N  23  
ZNA  C38  C36  SING  N  N  24  
ZNA  C22  C23  SING  N  N  25  
ZNA  C22  O21  SING  N  N  26  
ZNA  C23  O24  SING  N  N  27  
ZNA  C36  C25  SING  N  N  28  
ZNA  O16  P14  DOUB  N  N  29  
ZNA  P14  O17  SING  N  N  30  
ZNA  P14  O15  SING  N  N  31  
ZNA  O17  P18  SING  N  N  32  
ZNA  O21  P18  SING  N  N  33  
ZNA  C25  O24  SING  N  N  34  
ZNA  C25  N26  SING  N  N  35  
ZNA  O20  P18  DOUB  N  N  36  
ZNA  P18  O19  SING  N  N  37  
ZNA  N26  C27  SING  Y  N  38  
ZNA  N26  C35  SING  Y  N  39  
ZNA  N34  C35  DOUB  Y  N  40  
ZNA  N34  C33  SING  Y  N  41  
ZNA  C27  N28  DOUB  Y  N  42  
ZNA  C35  C29  SING  Y  N  43  
ZNA  C33  N32  DOUB  Y  N  44  
ZNA  N28  C29  SING  Y  N  45  
ZNA  C29  C30  DOUB  Y  N  46  
ZNA  N32  C30  SING  Y  N  47  
ZNA  C30  N31  SING  N  N  48  
ZNA  N01  H1   SING  N  N  49  
ZNA  N01  H2   SING  N  N  50  
ZNA  C44  H3   SING  N  N  51  
ZNA  C05  H4   SING  N  N  52  
ZNA  C06  H5   SING  N  N  53  
ZNA  C07  H6   SING  N  N  54  
ZNA  C09  H7   SING  N  N  55  
ZNA  C42  H8   SING  N  N  56  
ZNA  O43  H9   SING  N  N  57  
ZNA  C40  H10  SING  N  N  58  
ZNA  O41  H11  SING  N  N  59  
ZNA  C11  H12  SING  N  N  60  
ZNA  C12  H13  SING  N  N  61  
ZNA  C12  H14  SING  N  N  62  
ZNA  O15  H15  SING  N  N  63  
ZNA  O19  H16  SING  N  N  64  
ZNA  C22  H17  SING  N  N  65  
ZNA  C22  H18  SING  N  N  66  
ZNA  C23  H19  SING  N  N  67  
ZNA  C38  H20  SING  N  N  68  
ZNA  O39  H21  SING  N  N  69  
ZNA  C36  H22  SING  N  N  70  
ZNA  O37  H23  SING  N  N  71  
ZNA  C25  H24  SING  N  N  72  
ZNA  C27  H25  SING  N  N  73  
ZNA  C33  H26  SING  N  N  74  
ZNA  N31  H27  SING  N  N  75  
ZNA  N31  H28  SING  N  N  76  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
ZNA  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C21H28N7O13P2S/c22-17-12-19(25-7-24-17)28(8-26-12)20-15(31)13(29)10(40-20)5-38-42(34,35)41-43(36,37)39-6-11-14(30)16(32)21(44-11)27-3-1-2-9(4-27)18(23)33/h1-4,7-8,10-11,13-16,20-21,29-32H,5-6H2,(H2,23,33)(H,34,35)(H,36,37)(H2,22,24,25)/t10-,11-,13-,14-,15-,16-,20-,21-/m1/s1"  
ZNA  InChIKey          InChI                 1.03   XQRIZGZMBOXBTO-NNYOXOHSSA-N  
ZNA  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.385  "NC(=O)c1ccc[n](c1)[C@@H]2S[C@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)OC[C@H]3O[C@H]([C@H](O)[C@@H]3O)n4cnc5c(N)ncnc45)[C@@H](O)[C@H]2O"  
ZNA  SMILES            CACTVS                3.385  "NC(=O)c1ccc[n](c1)[CH]2S[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)OC[CH]3O[CH]([CH](O)[CH]3O)n4cnc5c(N)ncnc45)[CH](O)[CH]2O"  
ZNA  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  2.0.6  "c1nc(c2c(n1)n(cn2)[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OC[C@@H]4[C@H]([C@H]([C@@H](S4)[N]5=CC(=CC=C5)C(=O)N)O)O)O)O)N"  
ZNA  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  2.0.6  "c1nc(c2c(n1)n(cn2)C3C(C(C(O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OCC4C(C(C(S4)[N]5=CC(=CC=C5)C(=O)N)O)O)O)O)N"  
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id          ZNA
_pdbx_chem_comp_identifier.type             "SYSTEMATIC NAME"
_pdbx_chem_comp_identifier.program          "OpenEye OEToolkits"
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version  2.0.6
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier       "[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(3-aminocarbonylpyridin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)thiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate"
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
ZNA  "Create component"  2018-08-15  RCSB  
ZNA  "Initial release"   2018-11-21  RCSB  
##
