data_QOJ # _chem_comp.id QOJ _chem_comp.name "4,4'-(decane-1,10-diyl)bis(9-amino-2,3-dihydro-1H-cyclopenta[b]quinolin-4-ium)" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C34 H44 N4" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 2 _chem_comp.pdbx_initial_date 2019-12-03 _chem_comp.pdbx_modified_date 2024-05-08 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 508.740 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code QOJ _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 6V4T _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal QOJ C1 C1 C 0 1 Y N N N N N 89.492 -5.367 2.772 -6.739 2.249 0.729 C1 QOJ 1 QOJ N1 N1 N 1 1 Y N N N N N 90.047 -6.458 5.063 -6.784 -0.136 0.640 N1 QOJ 2 QOJ C2 C2 C 0 1 Y N N N N N 89.904 -4.518 1.679 -7.356 3.431 0.456 C2 QOJ 3 QOJ N2 N2 N 1 1 Y N N N N N 81.437 -14.363 4.967 6.810 -0.118 -0.697 N2 QOJ 4 QOJ C3 C3 C 0 1 Y N N N N N 91.186 -3.877 1.644 -8.605 3.465 -0.158 C3 QOJ 5 QOJ N3 N3 N 0 1 N N N N N N 77.148 -14.243 3.779 10.531 -0.220 1.137 N3 QOJ 6 QOJ C4 C4 C 0 1 Y N N N N N 92.121 -4.048 2.695 -9.244 2.312 -0.504 C4 QOJ 7 QOJ N4 N4 N 0 1 N N N N N N 94.047 -4.507 5.040 -10.507 -0.159 -1.194 N4 QOJ 8 QOJ C5 C5 C 0 1 Y N N N N N 90.334 -5.642 3.922 -7.368 1.039 0.388 C5 QOJ 9 QOJ C6 C6 C 0 1 Y N N N N N 91.746 -4.943 3.898 -8.637 1.077 -0.238 C6 QOJ 10 QOJ C7 C7 C 0 1 Y N N N N N 92.706 -5.158 5.044 -9.264 -0.144 -0.579 C7 QOJ 11 QOJ C8 C8 C 0 1 Y N N N N N 92.285 -6.047 6.200 -8.601 -1.325 -0.281 C8 QOJ 12 QOJ C9 C9 C 0 1 Y N N N N N 90.991 -6.664 6.182 -7.357 -1.284 0.334 C9 QOJ 13 QOJ C10 C10 C 0 1 Y N N N N N 79.345 -15.589 4.157 8.654 1.056 0.247 C10 QOJ 14 QOJ C11 C11 C 0 1 Y N N N N N 80.863 -15.617 4.580 7.387 1.045 -0.383 C11 QOJ 15 QOJ C12 C12 C 0 1 Y N N N N N 80.682 -13.087 4.985 7.381 -1.278 -0.439 C12 QOJ 16 QOJ C13 C13 C 0 1 Y N N N N N 79.300 -13.023 4.606 8.626 -1.345 0.173 C13 QOJ 17 QOJ C14 C14 C 0 1 Y N N N N N 78.584 -14.286 4.176 9.289 -0.178 0.522 C14 QOJ 18 QOJ C15 C15 C 0 1 Y N N N N N 78.660 -16.905 3.729 9.252 2.278 0.586 C15 QOJ 19 QOJ C16 C16 C 0 1 Y N N N N N 79.411 -18.104 3.728 8.605 3.444 0.305 C16 QOJ 20 QOJ C17 C17 C 0 1 Y N N N N N 80.791 -18.119 4.115 7.368 3.438 -0.335 C17 QOJ 21 QOJ C18 C18 C 0 1 Y N N N N N 81.494 -16.926 4.524 6.756 2.268 -0.668 C18 QOJ 22 QOJ C19 C19 C 0 1 N N N N N N 82.843 -14.328 5.370 5.496 -0.104 -1.345 C19 QOJ 23 QOJ C20 C20 C 0 1 N N N N N N 83.736 -14.059 4.137 4.400 -0.125 -0.277 C20 QOJ 24 QOJ C21 C21 C 0 1 N N N N N N 84.460 -12.704 4.269 3.028 -0.111 -0.954 C21 QOJ 25 QOJ C22 C22 C 0 1 N N N N N N 85.701 -12.662 3.355 1.933 -0.131 0.114 C22 QOJ 26 QOJ C23 C23 C 0 1 N N N N N N 86.086 -11.193 3.039 0.561 -0.117 -0.563 C23 QOJ 27 QOJ C24 C24 C 0 1 N N N N N N 87.614 -11.015 3.068 -0.535 -0.138 0.505 C24 QOJ 28 QOJ C25 C25 C 0 1 N N N N N N 88.103 -10.892 4.521 -1.907 -0.123 -0.172 C25 QOJ 29 QOJ C26 C26 C 0 1 N N N N N N 87.839 -9.473 5.049 -3.003 -0.144 0.896 C26 QOJ 30 QOJ C27 C27 C 0 1 N N N N N N 88.868 -8.501 4.458 -4.375 -0.130 0.220 C27 QOJ 31 QOJ C28 C28 C 0 1 N N N N N N 88.754 -7.131 5.138 -5.470 -0.150 1.287 C28 QOJ 32 QOJ C29 C29 C 0 1 N N N N N N 81.132 -11.755 5.353 6.879 -2.682 -0.714 C29 QOJ 33 QOJ C30 C30 C 0 1 N N N N N N 90.824 -7.456 7.388 -6.851 -2.699 0.543 C30 QOJ 34 QOJ C31 C31 C 0 1 N N N N N N 92.089 -7.326 8.206 -8.097 -3.599 0.410 C31 QOJ 35 QOJ C32 C32 C 0 1 N N N N N N 92.993 -6.419 7.408 -9.010 -2.762 -0.519 C32 QOJ 36 QOJ C33 C33 C 0 1 N N N N N N 79.964 -10.809 5.193 7.733 -3.602 0.183 C33 QOJ 37 QOJ C34 C34 C 0 1 N N N N N N 78.815 -11.661 4.715 9.036 -2.791 0.348 C34 QOJ 38 QOJ H11 H1 H 0 1 N N N N N N 88.512 -5.818 2.732 -5.768 2.240 1.202 H11 QOJ 39 QOJ H21 H2 H 0 1 N N N N N N 89.221 -4.360 0.857 -6.869 4.358 0.722 H21 QOJ 40 QOJ H31 H3 H 0 1 N N N N N N 91.444 -3.253 0.801 -9.073 4.416 -0.363 H31 QOJ 41 QOJ HN32 H4 H 0 0 N N N N N N 76.810 -13.305 3.852 10.977 0.605 1.385 HN32 QOJ 42 QOJ HN31 H5 H 0 0 N N N N N N 77.054 -14.559 2.835 10.953 -1.074 1.319 HN31 QOJ 43 QOJ H41 H6 H 0 1 N N N N N N 93.083 -3.559 2.656 -10.212 2.349 -0.981 H41 QOJ 44 QOJ HN42 H7 H 0 0 N N N N N N 94.543 -4.759 5.871 -10.959 0.675 -1.395 HN42 QOJ 45 QOJ HN41 H8 H 0 0 N N N N N N 94.562 -4.811 4.239 -10.925 -1.004 -1.422 HN41 QOJ 46 QOJ H151 H9 H 0 0 N N N N N N 77.621 -16.910 3.434 10.218 2.295 1.067 H151 QOJ 47 QOJ H161 H10 H 0 0 N N N N N N 78.935 -19.026 3.430 9.066 4.386 0.566 H161 QOJ 48 QOJ H171 H11 H 0 0 N N N N N N 81.325 -19.058 4.100 6.875 4.375 -0.548 H171 QOJ 49 QOJ H181 H12 H 0 0 N N N N N N 82.535 -17.009 4.801 5.790 2.280 -1.149 H181 QOJ 50 QOJ H192 H13 H 0 0 N N N N N N 83.119 -15.295 5.816 5.398 0.798 -1.949 H192 QOJ 51 QOJ H191 H14 H 0 0 N N N N N N 82.991 -13.527 6.109 5.397 -0.982 -1.985 H191 QOJ 52 QOJ H202 H15 H 0 0 N N N N N N 83.109 -14.046 3.234 4.498 -1.028 0.326 H202 QOJ 53 QOJ H201 H16 H 0 0 N N N N N N 84.484 -14.861 4.052 4.499 0.752 0.362 H201 QOJ 54 QOJ H212 H17 H 0 0 N N N N N N 84.775 -12.562 5.313 2.930 0.792 -1.558 H212 QOJ 55 QOJ H211 H18 H 0 0 N N N N N N 83.771 -11.896 3.981 2.929 -0.988 -1.593 H211 QOJ 56 QOJ H222 H19 H 0 0 N N N N N N 85.478 -13.189 2.416 2.031 -1.034 0.717 H222 QOJ 57 QOJ H221 H20 H 0 0 N N N N N N 86.542 -13.157 3.862 2.032 0.746 0.753 H221 QOJ 58 QOJ H232 H21 H 0 0 N N N N N N 85.631 -10.530 3.790 0.463 0.785 -1.166 H232 QOJ 59 QOJ H231 H22 H 0 0 N N N N N N 85.710 -10.928 2.040 0.461 -0.994 -1.202 H231 QOJ 60 QOJ H241 H23 H 0 0 N N N N N N 88.091 -11.886 2.596 -0.437 -1.040 1.109 H241 QOJ 61 QOJ H242 H24 H 0 0 N N N N N N 87.885 -10.104 2.514 -0.436 0.739 1.144 H242 QOJ 62 QOJ H251 H25 H 0 0 N N N N N N 87.566 -11.619 5.148 -2.005 0.779 -0.775 H251 QOJ 63 QOJ H252 H26 H 0 0 N N N N N N 89.182 -11.100 4.560 -2.006 -1.000 -0.811 H252 QOJ 64 QOJ H262 H27 H 0 0 N N N N N N 87.921 -9.470 6.146 -2.905 -1.046 1.500 H262 QOJ 65 QOJ H261 H28 H 0 0 N N N N N N 86.827 -9.156 4.756 -2.904 0.733 1.536 H261 QOJ 66 QOJ H271 H29 H 0 0 N N N N N N 89.880 -8.902 4.617 -4.473 0.773 -0.384 H271 QOJ 67 QOJ H272 H30 H 0 0 N N N N N N 88.683 -8.388 3.380 -4.474 -1.007 -0.420 H272 QOJ 68 QOJ H281 H31 H 0 0 N N N N N N 87.992 -6.526 4.625 -5.371 0.727 1.927 H281 QOJ 69 QOJ H282 H32 H 0 0 N N N N N N 88.467 -7.264 6.192 -5.372 -1.053 1.891 H282 QOJ 70 QOJ H291 H33 H 0 0 N N N N N N 81.475 -11.752 6.398 5.825 -2.766 -0.447 H291 QOJ 71 QOJ H292 H34 H 0 0 N N N N N N 81.957 -11.444 4.695 7.023 -2.936 -1.764 H292 QOJ 72 QOJ H301 H35 H 0 0 N N N N N N 89.965 -7.082 7.965 -6.118 -2.954 -0.222 H301 QOJ 73 QOJ H302 H36 H 0 0 N N N N N N 90.657 -8.510 7.123 -6.415 -2.802 1.536 H302 QOJ 74 QOJ H311 H37 H 0 0 N N N N N N 91.868 -6.882 9.188 -7.841 -4.548 -0.062 H311 QOJ 75 QOJ H312 H38 H 0 0 N N N N N N 92.559 -8.311 8.346 -8.561 -3.764 1.383 H312 QOJ 76 QOJ H322 H39 H 0 0 N N N N N N 93.922 -6.948 7.150 -10.057 -2.907 -0.249 H322 QOJ 77 QOJ H321 H40 H 0 0 N N N N N N 93.234 -5.520 7.994 -8.846 -3.035 -1.561 H321 QOJ 78 QOJ H332 H41 H 0 0 N N N N N N 80.199 -10.031 4.452 7.250 -3.759 1.148 H332 QOJ 79 QOJ H331 H42 H 0 0 N N N N N N 79.718 -10.337 6.155 7.926 -4.554 -0.311 H331 QOJ 80 QOJ H342 H43 H 0 0 N N N N N N 78.467 -11.306 3.734 9.757 -3.075 -0.419 H342 QOJ 81 QOJ H341 H44 H 0 0 N N N N N N 77.986 -11.614 5.437 9.456 -2.948 1.341 H341 QOJ 82 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal QOJ C3 C2 DOUB Y N 1 QOJ C3 C4 SING Y N 2 QOJ C2 C1 SING Y N 3 QOJ C4 C6 DOUB Y N 4 QOJ C1 C5 DOUB Y N 5 QOJ C23 C24 SING N N 6 QOJ C23 C22 SING N N 7 QOJ C24 C25 SING N N 8 QOJ C22 C21 SING N N 9 QOJ C16 C15 DOUB Y N 10 QOJ C16 C17 SING Y N 11 QOJ C15 C10 SING Y N 12 QOJ N3 C14 SING N N 13 QOJ C6 C5 SING Y N 14 QOJ C6 C7 SING Y N 15 QOJ C5 N1 SING Y N 16 QOJ C17 C18 DOUB Y N 17 QOJ C20 C21 SING N N 18 QOJ C20 C19 SING N N 19 QOJ C10 C14 DOUB Y N 20 QOJ C10 C11 SING Y N 21 QOJ C14 C13 SING Y N 22 QOJ C27 C26 SING N N 23 QOJ C27 C28 SING N N 24 QOJ C25 C26 SING N N 25 QOJ C18 C11 SING Y N 26 QOJ C11 N2 DOUB Y N 27 QOJ C13 C34 SING N N 28 QOJ C13 C12 DOUB Y N 29 QOJ C34 C33 SING N N 30 QOJ N2 C12 SING Y N 31 QOJ N2 C19 SING N N 32 QOJ C12 C29 SING N N 33 QOJ N4 C7 SING N N 34 QOJ C7 C8 DOUB Y N 35 QOJ N1 C28 SING N N 36 QOJ N1 C9 DOUB Y N 37 QOJ C33 C29 SING N N 38 QOJ C9 C8 SING Y N 39 QOJ C9 C30 SING N N 40 QOJ C8 C32 SING N N 41 QOJ C30 C31 SING N N 42 QOJ C32 C31 SING N N 43 QOJ C1 H11 SING N N 44 QOJ C2 H21 SING N N 45 QOJ C3 H31 SING N N 46 QOJ N3 HN32 SING N N 47 QOJ N3 HN31 SING N N 48 QOJ C4 H41 SING N N 49 QOJ N4 HN42 SING N N 50 QOJ N4 HN41 SING N N 51 QOJ C15 H151 SING N N 52 QOJ C16 H161 SING N N 53 QOJ C17 H171 SING N N 54 QOJ C18 H181 SING N N 55 QOJ C19 H192 SING N N 56 QOJ C19 H191 SING N N 57 QOJ C20 H202 SING N N 58 QOJ C20 H201 SING N N 59 QOJ C21 H212 SING N N 60 QOJ C21 H211 SING N N 61 QOJ C22 H222 SING N N 62 QOJ C22 H221 SING N N 63 QOJ C23 H232 SING N N 64 QOJ C23 H231 SING N N 65 QOJ C24 H241 SING N N 66 QOJ C24 H242 SING N N 67 QOJ C25 H251 SING N N 68 QOJ C25 H252 SING N N 69 QOJ C26 H262 SING N N 70 QOJ C26 H261 SING N N 71 QOJ C27 H271 SING N N 72 QOJ C27 H272 SING N N 73 QOJ C28 H281 SING N N 74 QOJ C28 H282 SING N N 75 QOJ C29 H291 SING N N 76 QOJ C29 H292 SING N N 77 QOJ C30 H301 SING N N 78 QOJ C30 H302 SING N N 79 QOJ C31 H311 SING N N 80 QOJ C31 H312 SING N N 81 QOJ C32 H322 SING N N 82 QOJ C32 H321 SING N N 83 QOJ C33 H332 SING N N 84 QOJ C33 H331 SING N N 85 QOJ C34 H342 SING N N 86 QOJ C34 H341 SING N N 87 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor QOJ SMILES ACDLabs 12.01 "Nc1c2ccccc2[n+](CCCCCCCCCC[n+]2c3ccccc3c(N)c3CCCc23)c2CCCc12" QOJ InChI InChI 1.06 "InChI=1S/C34H42N4/c35-33-25-15-7-9-19-29(25)37(31-21-13-17-27(31)33)23-11-5-3-1-2-4-6-12-24-38-30-20-10-8-16-26(30)34(36)28-18-14-22-32(28)38/h7-10,15-16,19-20,35-36H,1-6,11-14,17-18,21-24H2/p+2" QOJ InChIKey InChI 1.06 MEFIQYBUDHNVHT-UHFFFAOYSA-P QOJ SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "Nc1c2CCCc2[n+](CCCCCCCCCC[n+]3c4CCCc4c(N)c5ccccc35)c6ccccc16" QOJ SMILES CACTVS 3.385 "Nc1c2CCCc2[n+](CCCCCCCCCC[n+]3c4CCCc4c(N)c5ccccc35)c6ccccc16" QOJ SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1ccc2c(c1)c(c3c([n+]2CCCCCCCCCC[n+]4c5ccccc5c(c6c4CCC6)N)CCC3)N" QOJ SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1ccc2c(c1)c(c3c([n+]2CCCCCCCCCC[n+]4c5ccccc5c(c6c4CCC6)N)CCC3)N" # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier QOJ "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 12.01 "4,4'-(decane-1,10-diyl)bis(9-amino-2,3-dihydro-1H-cyclopenta[b]quinolin-4-ium)" QOJ "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "4-[10-(9-azanyl-2,3-dihydro-1~{H}-cyclopenta[b]quinolin-4-ium-4-yl)decyl]-2,3-dihydro-1~{H}-cyclopenta[b]quinolin-4-ium-9-amine" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site QOJ "Create component" 2019-12-03 RCSB QOJ "Initial release" 2020-04-01 RCSB QOJ "Other modification" 2024-05-08 RCSB #