data_YHT # _chem_comp.id YHT _chem_comp.name "5'-O-{(S)-hydroxy[(prop-2-yn-1-yl)oxy]phosphoryl}adenosine" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C13 H16 N5 O7 P" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2023-02-03 _chem_comp.pdbx_modified_date 2023-02-10 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 385.269 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code YHT _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 8G0V _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal YHT C1 C1 C 0 1 N N S 15.433 -24.504 9.168 -0.270 -2.659 -0.332 C1 YHT 1 YHT C2 C2 C 0 1 N N R 16.424 -25.672 9.155 -1.709 -2.118 -0.179 C2 YHT 2 YHT C3 C3 C 0 1 N N R 16.575 -25.881 7.649 -1.521 -0.726 0.464 C3 YHT 3 YHT C4 C4 C 0 1 Y N N 17.602 -24.093 6.153 -2.291 1.085 -1.115 C4 YHT 4 YHT C5 C5 C 0 1 Y N N 19.673 -24.421 6.498 -4.327 1.418 -0.449 C5 YHT 5 YHT C6 C6 C 0 1 Y N N 19.007 -25.342 7.282 -3.782 0.407 0.361 C6 YHT 6 YHT C12 C7 C 0 1 N N N 15.134 -21.649 4.306 6.671 2.325 1.331 C12 YHT 7 YHT C13 C8 C 0 1 N N N 16.133 -21.095 4.585 6.970 3.056 2.200 C13 YHT 8 YHT C10 C9 C 0 1 N N N 13.715 -23.755 7.414 1.909 -1.408 -0.582 C10 YHT 9 YHT C11 C10 C 0 1 N N N 13.865 -22.283 3.951 6.297 1.408 0.243 C11 YHT 10 YHT C7 C11 C 0 1 Y N N 20.892 -26.160 8.070 -5.774 0.267 1.498 C7 YHT 11 YHT C8 C12 C 0 1 Y N N 21.077 -24.435 6.532 -5.656 1.812 -0.213 C8 YHT 12 YHT C9 C13 C 0 1 N N R 14.493 -24.893 8.024 0.621 -1.531 0.235 C9 YHT 13 YHT N1 N1 N 0 1 Y N N 17.671 -25.126 7.049 -2.495 0.223 -0.079 N1 YHT 14 YHT N2 N2 N 0 1 Y N N 18.777 -23.639 5.788 -3.367 1.785 -1.331 N2 YHT 15 YHT N3 N3 N 0 1 Y N N 19.567 -26.252 8.098 -4.534 -0.135 1.313 N3 YHT 16 YHT N4 N4 N 0 1 Y N N 21.666 -25.330 7.362 -6.331 1.211 0.762 N4 YHT 17 YHT N5 N5 N 0 1 N N N 21.834 -23.608 5.813 -6.247 2.802 -0.978 N5 YHT 18 YHT O1 O1 O 0 1 N N N 14.755 -24.368 10.411 -0.103 -3.858 0.427 O1 YHT 19 YHT O2 O2 O 0 1 N N N 15.358 -25.476 7.024 -0.178 -0.332 0.105 O2 YHT 20 YHT O3 O3 O 0 1 N N N 15.848 -26.835 9.705 -2.475 -2.966 0.679 O3 YHT 21 YHT O4 O4 O 0 1 N N N 12.977 -24.243 6.292 2.768 -0.442 0.026 O4 YHT 22 YHT O5 O5 O 0 1 N N N 11.160 -22.526 6.629 4.033 0.645 -2.006 O5 YHT 23 YHT O6 O6 O 0 1 N N N 12.892 -22.051 4.982 4.953 0.961 0.437 O6 YHT 24 YHT O7 O7 O 0 1 N N N 11.322 -23.963 4.491 5.029 -1.283 -0.717 O7 YHT 25 YHT P1 P1 P 0 1 N N N 11.974 -23.207 5.590 4.214 -0.057 -0.568 P1 YHT 26 YHT H1 H1 H 0 1 N N N 15.961 -23.575 8.906 -0.038 -2.837 -1.382 H1 YHT 27 YHT H2 H2 H 0 1 N N N 17.380 -25.394 9.622 -2.189 -2.028 -1.154 H2 YHT 28 YHT H3 H3 H 0 1 N N N 16.739 -26.954 7.468 -1.620 -0.792 1.547 H3 YHT 29 YHT H4 H4 H 0 1 N N N 16.670 -23.691 5.783 -1.370 1.177 -1.673 H4 YHT 30 YHT H5 H5 H 0 1 N N N 17.034 -20.596 4.836 7.237 3.711 2.976 H5 YHT 31 YHT H6 H6 H 0 1 N N N 14.410 -22.969 7.084 2.413 -2.374 -0.613 H6 YHT 32 YHT H7 H7 H 0 1 N N N 13.021 -23.342 8.160 1.667 -1.092 -1.596 H7 YHT 33 YHT H8 H8 H 0 1 N N N 13.499 -21.860 3.004 6.372 1.928 -0.713 H8 YHT 34 YHT H9 H9 H 0 1 N N N 14.020 -23.366 3.834 6.969 0.550 0.243 H9 YHT 35 YHT H10 H10 H 0 1 N N N 21.419 -26.853 8.709 -6.359 -0.195 2.280 H10 YHT 36 YHT H11 H11 H 0 1 N N N 13.786 -25.651 8.392 0.853 -1.721 1.283 H11 YHT 37 YHT H12 H12 H 0 1 N N N 22.799 -23.784 6.008 -5.744 3.232 -1.687 H12 YHT 38 YHT H13 H13 H 0 1 N N N 21.658 -23.756 4.840 -7.164 3.065 -0.805 H13 YHT 39 YHT H14 H14 H 0 1 N N N 15.377 -24.127 11.087 -0.661 -4.591 0.133 H14 YHT 40 YHT H15 H15 H 0 1 N N N 15.745 -26.725 10.643 -2.573 -3.871 0.351 H15 YHT 41 YHT H16 H16 H 0 1 N N N 10.237 -22.667 6.452 3.508 1.457 -1.984 H16 YHT 42 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal YHT C11 C12 SING N N 1 YHT C11 O6 SING N N 2 YHT C12 C13 TRIP N N 3 YHT O7 P1 DOUB N N 4 YHT O6 P1 SING N N 5 YHT P1 O4 SING N N 6 YHT P1 O5 SING N N 7 YHT N2 C4 DOUB Y N 8 YHT N2 C5 SING Y N 9 YHT N5 C8 SING N N 10 YHT C4 N1 SING Y N 11 YHT O4 C10 SING N N 12 YHT C5 C8 SING Y N 13 YHT C5 C6 DOUB Y N 14 YHT C8 N4 DOUB Y N 15 YHT O2 C3 SING N N 16 YHT O2 C9 SING N N 17 YHT N1 C6 SING Y N 18 YHT N1 C3 SING N N 19 YHT C6 N3 SING Y N 20 YHT N4 C7 SING Y N 21 YHT C10 C9 SING N N 22 YHT C3 C2 SING N N 23 YHT C9 C1 SING N N 24 YHT C7 N3 DOUB Y N 25 YHT C2 C1 SING N N 26 YHT C2 O3 SING N N 27 YHT C1 O1 SING N N 28 YHT C1 H1 SING N N 29 YHT C2 H2 SING N N 30 YHT C3 H3 SING N N 31 YHT C4 H4 SING N N 32 YHT C13 H5 SING N N 33 YHT C10 H6 SING N N 34 YHT C10 H7 SING N N 35 YHT C11 H8 SING N N 36 YHT C11 H9 SING N N 37 YHT C7 H10 SING N N 38 YHT C9 H11 SING N N 39 YHT N5 H12 SING N N 40 YHT N5 H13 SING N N 41 YHT O1 H14 SING N N 42 YHT O3 H15 SING N N 43 YHT O5 H16 SING N N 44 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor YHT SMILES ACDLabs 12.01 "O=P(O)(OCC#C)OCC1OC(n2cnc3c(N)ncnc32)C(O)C1O" YHT InChI InChI 1.06 "InChI=1S/C13H16N5O7P/c1-2-3-23-26(21,22)24-4-7-9(19)10(20)13(25-7)18-6-17-8-11(14)15-5-16-12(8)18/h1,5-7,9-10,13,19-20H,3-4H2,(H,21,22)(H2,14,15,16)/t7-,9-,10-,13-/m1/s1" YHT InChIKey InChI 1.06 JGOCYNVVFDYFDU-QYVSTXNMSA-N YHT SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "Nc1ncnc2n(cnc12)[C@@H]3O[C@H](CO[P](O)(=O)OCC#C)[C@@H](O)[C@H]3O" YHT SMILES CACTVS 3.385 "Nc1ncnc2n(cnc12)[CH]3O[CH](CO[P](O)(=O)OCC#C)[CH](O)[CH]3O" YHT SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C#CCOP(=O)(O)OC[C@@H]1[C@H]([C@H]([C@@H](O1)n2cnc3c2ncnc3N)O)O" YHT SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C#CCOP(=O)(O)OCC1C(C(C(O1)n2cnc3c2ncnc3N)O)O" # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier YHT "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 12.01 "5'-O-{(S)-hydroxy[(prop-2-yn-1-yl)oxy]phosphoryl}adenosine" YHT "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl prop-2-ynyl hydrogen phosphate" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site YHT "Create component" 2023-02-03 RCSB YHT "Initial release" 2023-02-15 RCSB #