data_A1D5E
# 
_chem_comp.id                                    A1D5E 
_chem_comp.name                                  "(2~{S},4~{R})-4-(2-azanylethylcarbamoyloxy)pyrrolidine-2-carboxylic acid" 
_chem_comp.type                                  "L-peptide linking" 
_chem_comp.pdbx_type                             ATOMP 
_chem_comp.formula                               "C8 H15 N3 O4" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               PRO 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         "4-((((2-AMINOETHYL)AMINO)CARBONYL)OXY)-L-PROLINE, (4R)-" 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2024-01-04 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2024-06-28 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        217.222 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     A1D5E 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        8XIP 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  PDBC 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
A1D5E CB  C1  C 0 1 N N N N N N 142.265 106.278 80.166 1.822  -0.702 -0.419 CB  A1D5E 1  
A1D5E CG  C2  C 0 1 N N R N N N 142.554 105.022 80.395 0.655  0.299  -0.295 CG  A1D5E 2  
A1D5E CD  C3  C 0 1 N N N N N N 142.689 104.923 81.980 1.137  1.352  0.726  CD  A1D5E 3  
A1D5E CA  C4  C 0 1 N N S N Y N 143.014 107.158 81.362 2.910  -0.171 0.538  CA  A1D5E 4  
A1D5E C   C5  C 0 1 N N N N Y Y 142.176 108.490 81.633 4.280  -0.382 -0.054 C   A1D5E 5  
A1D5E C72 C6  C 0 1 N N N N N N 143.765 104.692 78.339 -1.723 0.122  -0.204 C72 A1D5E 6  
A1D5E C75 C7  C 0 1 N N N N N N 145.417 106.646 78.278 -4.159 0.082  -0.219 C75 A1D5E 7  
A1D5E C76 C8  C 0 1 N N N N N N 146.689 106.845 77.418 -5.289 -0.748 0.394  C76 A1D5E 8  
A1D5E N   N1  N 0 1 N N N Y Y N 143.087 106.371 82.459 2.619  1.281  0.666  N   A1D5E 9  
A1D5E N74 N2  N 0 1 N N N N N N 144.466 105.779 77.588 -2.867 -0.454 0.215  N74 A1D5E 10 
A1D5E N77 N3  N 0 1 N N N N N N 147.860 106.948 78.266 -6.584 -0.210 -0.041 N77 A1D5E 11 
A1D5E O   O1  O 0 1 N N N N Y Y 142.537 109.498 81.166 4.851  0.534  -0.597 O   A1D5E 12 
A1D5E O71 O2  O 0 1 N N N N N N 143.800 104.671 79.770 -0.535 -0.372 0.195  O71 A1D5E 13 
A1D5E O73 O3  O 0 1 N N N N N N 143.175 103.827 77.738 -1.763 1.086  -0.942 O73 A1D5E 14 
A1D5E HB3 H1  H 0 1 N N N N N N 142.642 106.581 79.178 1.501  -1.698 -0.111 HB3 A1D5E 15 
A1D5E HB2 H2  H 0 1 N N N N N N 141.176 106.431 80.206 2.196  -0.724 -1.442 HB2 A1D5E 16 
A1D5E HG2 H3  H 0 1 N N N N N N 141.755 104.339 80.071 0.456  0.769  -1.258 HG2 A1D5E 17 
A1D5E HD2 H4  H 0 1 N N N N N N 141.732 104.619 82.429 0.792  2.345  0.439  HD2 A1D5E 18 
A1D5E HD3 H5  H 0 1 N N N N N N 143.470 104.199 82.255 0.784  1.100  1.726  HD3 A1D5E 19 
A1D5E HA  H6  H 0 1 N N N N Y N 144.010 107.443 80.993 2.836  -0.662 1.509  HA  A1D5E 20 
A1D5E H8  H8  H 0 1 N N N N N N 145.697 106.186 79.237 -4.225 0.038  -1.306 H8  A1D5E 21 
A1D5E H9  H9  H 0 1 N N N N N N 144.948 107.624 78.463 -4.251 1.118  0.108  H9  A1D5E 22 
A1D5E H10 H10 H 0 1 N N N N N N 146.587 107.767 76.827 -5.197 -1.784 0.067  H10 A1D5E 23 
A1D5E H11 H11 H 0 1 N N N N N N 146.806 105.987 76.740 -5.223 -0.703 1.482  H11 A1D5E 24 
A1D5E H   H12 H 0 1 N N N Y Y N 144.017 106.372 82.827 3.034  1.660  1.505  H   A1D5E 25 
A1D5E H14 H14 H 0 1 N N N N N N 144.284 105.912 76.614 -2.835 -1.224 0.804  H14 A1D5E 26 
A1D5E H15 H15 H 0 1 N N N N N N 148.673 107.076 77.698 -7.347 -0.742 0.351  H15 A1D5E 27 
A1D5E H16 H16 H 0 1 N N N N N N 147.758 107.729 78.882 -6.667 0.768  0.194  H16 A1D5E 28 
A1D5E OXT O4  O 0 1 N Y N N Y Y 140.923 108.464 82.481 4.865  -1.587 0.023  OXT A1D5E 29 
A1D5E HXT H7  H 0 1 N Y N N Y Y 140.557 109.339 82.532 5.744  -1.675 -0.371 HXT A1D5E 30 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
A1D5E C76 N77 SING N N 1  
A1D5E C76 C75 SING N N 2  
A1D5E N74 C75 SING N N 3  
A1D5E N74 C72 SING N N 4  
A1D5E O73 C72 DOUB N N 5  
A1D5E C72 O71 SING N N 6  
A1D5E O71 CG  SING N N 7  
A1D5E CB  CG  SING N N 8  
A1D5E CB  CA  SING N N 9  
A1D5E CG  CD  SING N N 10 
A1D5E O   C   DOUB N N 11 
A1D5E CA  C   SING N N 12 
A1D5E CA  N   SING N N 13 
A1D5E CD  N   SING N N 14 
A1D5E CB  HB3 SING N N 15 
A1D5E CB  HB2 SING N N 16 
A1D5E CG  HG2 SING N N 17 
A1D5E CD  HD2 SING N N 18 
A1D5E CD  HD3 SING N N 19 
A1D5E CA  HA  SING N N 20 
A1D5E C75 H8  SING N N 21 
A1D5E C75 H9  SING N N 22 
A1D5E C76 H10 SING N N 23 
A1D5E C76 H11 SING N N 24 
A1D5E N   H   SING N N 25 
A1D5E N74 H14 SING N N 26 
A1D5E N77 H15 SING N N 27 
A1D5E N77 H16 SING N N 28 
A1D5E C   OXT SING N N 29 
A1D5E OXT HXT SING N N 30 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
A1D5E InChI            InChI                1.06  "InChI=1S/C8H15N3O4/c9-1-2-10-8(14)15-5-3-6(7(12)13)11-4-5/h5-6,11H,1-4,9H2,(H,10,14)(H,12,13)/t5-,6+/m1/s1" 
A1D5E InChIKey         InChI                1.06  JPXWXGCURGFPEP-RITPCOANSA-N                                                                                  
A1D5E SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "NCCNC(=O)O[C@H]1CN[C@@H](C1)C(O)=O"                                                                         
A1D5E SMILES           CACTVS               3.385 "NCCNC(=O)O[CH]1CN[CH](C1)C(O)=O"                                                                            
A1D5E SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C1[C@H](CN[C@@H]1C(=O)O)OC(=O)NCCN"                                                                         
A1D5E SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C1C(CNC1C(=O)O)OC(=O)NCCN"                                                                                  
# 
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id           A1D5E 
_pdbx_chem_comp_identifier.type              "SYSTEMATIC NAME" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program           "OpenEye OEToolkits" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version   2.0.7 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier        "(2~{S},4~{R})-4-(2-azanylethylcarbamoyloxy)pyrrolidine-2-carboxylic acid" 
# 
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal      1 
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id      A1D5E 
_pdbx_chem_comp_synonyms.name         "4-((((2-AMINOETHYL)AMINO)CARBONYL)OXY)-L-PROLINE, (4R)-" 
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance   PUBCHEM 
_pdbx_chem_comp_synonyms.type         ? 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
A1D5E "Create component" 2024-01-04 PDBC 
A1D5E "Initial release"  2024-07-03 RCSB 
# 
