data_KTO
# 
_chem_comp.id                                    KTO 
_chem_comp.name                                  "(2~{S})-2-azanyl-3-[(2~{R},3~{S})-2-oxidanyl-3-[[(1~{S},5~{R})-3-oxidanylidene-9-azabicyclo[3.3.1]nonan-9-yl]oxy]-1,2-dihydroindol-3-yl]propanal" 
_chem_comp.type                                  NON-POLYMER 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C19 H25 N3 O5" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2016-05-12 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2024-07-03 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        375.419 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     KTO 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   Y 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        5B59 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  RCSB 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
KTO O20 O1  O 0 1 N N N N N N -5.816 -20.757 19.152 -4.250 2.434  0.769  O20 KTO 1  
KTO C17 C1  C 0 1 N N N N N N -5.844 -21.085 17.969 -3.232 1.869  0.447  C17 KTO 2  
KTO C15 C2  C 0 1 N N N N N N -4.738 -21.985 17.456 -2.318 1.248  1.484  C15 KTO 3  
KTO C14 C3  C 0 1 N N R N N N -5.267 -22.979 16.426 -1.999 -0.184 1.049  C14 KTO 4  
KTO C11 C4  C 0 1 N N N N N N -6.990 -20.615 17.074 -2.826 1.751  -1.007 C11 KTO 5  
KTO C13 C5  C 0 1 N N S N N N -7.310 -21.649 15.990 -2.476 0.288  -1.292 C13 KTO 6  
KTO C12 C6  C 0 1 N N N N N N -8.227 -22.764 16.492 -3.740 -0.568 -1.229 C12 KTO 7  
KTO C16 C7  C 0 1 N N N N N N -7.505 -23.684 17.478 -4.311 -0.530 0.191  C16 KTO 8  
KTO C10 C8  C 0 1 N N N N N N -6.101 -24.126 17.015 -3.254 -1.049 1.154  C10 KTO 9  
KTO N18 N1  N 0 1 N N N N N N -6.070 -22.238 15.426 -1.490 -0.190 -0.325 N18 KTO 10 
KTO O19 O2  O 0 1 N N N N N N -5.347 -21.272 14.831 -0.242 0.566  -0.432 O19 KTO 11 
KTO C1  C9  C 0 1 N N S N N N -4.925 -21.492 13.475 0.897  -0.234 -0.754 C1  KTO 12 
KTO C23 C10 C 0 1 N N N N N N -4.340 -20.210 12.903 2.144  0.642  -0.886 C23 KTO 13 
KTO C22 C11 C 0 1 N N S N Y N -5.204 -18.971 13.247 2.395  1.374  0.435  C22 KTO 14 
KTO N21 N2  N 0 1 N N N Y Y N -6.524 -18.938 12.596 1.254  2.249  0.735  N21 KTO 15 
KTO C24 C12 C 0 1 N N N N Y Y -4.447 -17.732 12.888 3.648  2.204  0.319  C24 KTO 16 
KTO O25 O3  O 0 1 N N N N Y Y -3.537 -17.466 13.649 3.568  3.391  0.109  O25 KTO 17 
KTO C2  C13 C 0 1 N N R N N N -6.060 -22.093 12.614 0.651  -1.020 -2.052 C2  KTO 18 
KTO O49 O4  O 0 1 N N N N N N -5.925 -21.580 11.265 1.656  -0.708 -3.019 O49 KTO 19 
KTO N3  N3  N 0 1 N N N N N N -5.920 -23.564 12.732 0.735  -2.431 -1.669 N3  KTO 20 
KTO C4  C14 C 0 1 Y N N N N N -4.666 -23.862 13.168 1.001  -2.542 -0.303 C4  KTO 21 
KTO C5  C15 C 0 1 Y N N N N N -3.981 -22.649 13.600 1.109  -1.298 0.299  C5  KTO 22 
KTO C6  C16 C 0 1 Y N N N N N -3.992 -25.075 13.227 1.161  -3.689 0.477  C6  KTO 23 
KTO C7  C17 C 0 1 Y N N N N N -2.669 -25.069 13.726 1.423  -3.581 1.827  C7  KTO 24 
KTO C8  C18 C 0 1 Y N N N N N -2.029 -23.890 14.159 1.528  -2.336 2.418  C8  KTO 25 
KTO C9  C19 C 0 1 Y N N N N N -2.697 -22.669 14.114 1.370  -1.195 1.652  C9  KTO 26 
KTO H1  H1  H 0 1 N N N N N N -4.306 -22.540 18.302 -1.396 1.825  1.554  H1  KTO 27 
KTO H2  H2  H 0 1 N N N N N N -3.959 -21.365 16.989 -2.818 1.235  2.453  H2  KTO 28 
KTO H3  H3  H 0 1 N N N N N N -4.402 -23.424 15.914 -1.230 -0.592 1.705  H3  KTO 29 
KTO H4  H4  H 0 1 N N N N N N -6.704 -19.668 16.593 -3.653 2.062  -1.645 H4  KTO 30 
KTO H5  H5  H 0 1 N N N N N N -7.885 -20.456 17.693 -1.957 2.381  -1.198 H5  KTO 31 
KTO H6  H6  H 0 1 N N N N N N -7.838 -21.125 15.180 -2.046 0.213  -2.290 H6  KTO 32 
KTO H7  H7  H 0 1 N N N N N N -9.096 -22.313 16.994 -4.479 -0.176 -1.928 H7  KTO 33 
KTO H8  H8  H 0 1 N N N N N N -8.569 -23.359 15.633 -3.497 -1.596 -1.496 H8  KTO 34 
KTO H9  H9  H 0 1 N N N N N N -7.401 -23.151 18.435 -4.577 0.494  0.451  H9  KTO 35 
KTO H10 H10 H 0 1 N N N N N N -8.120 -24.584 17.624 -5.197 -1.163 0.246  H10 KTO 36 
KTO H11 H11 H 0 1 N N N N N N -6.216 -24.905 16.247 -3.006 -2.081 0.904  H11 KTO 37 
KTO H12 H12 H 0 1 N N N N N N -5.563 -24.541 17.880 -3.642 -1.004 2.171  H12 KTO 38 
KTO H13 H13 H 0 1 N N N N N N -4.277 -20.306 11.809 3.004  0.017  -1.124 H13 KTO 39 
KTO H14 H14 H 0 1 N N N N N N -3.331 -20.065 13.317 1.993  1.372  -1.682 H14 KTO 40 
KTO H15 H15 H 0 1 N N N N Y N -5.357 -18.971 14.336 2.515  0.645  1.237  H15 KTO 41 
KTO H16 H16 H 0 1 N N N Y Y N -7.034 -19.765 12.833 1.366  2.694  1.633  H16 KTO 42 
KTO H17 H17 H 0 1 N Y N Y Y N -7.029 -18.134 12.908 1.122  2.933  0.006  H17 KTO 43 
KTO H22 H22 H 0 1 N N N N N N -7.026 -21.781 13.039 -0.339 -0.794 -2.449 H22 KTO 44 
KTO H23 H23 H 0 1 N N N N N N -6.027 -20.635 11.273 1.577  -1.206 -3.844 H23 KTO 45 
KTO H24 H24 H 0 1 N N N N N N -6.592 -23.912 13.385 0.623  -3.180 -2.276 H24 KTO 46 
KTO H25 H25 H 0 1 N N N N N N -4.462 -25.992 12.903 1.079  -4.665 0.022  H25 KTO 47 
KTO H26 H26 H 0 1 N N N N N N -2.129 -26.003 13.777 1.545  -4.472 2.424  H26 KTO 48 
KTO H27 H27 H 0 1 N N N N N N -1.015 -23.934 14.528 1.733  -2.254 3.475  H27 KTO 49 
KTO H18 H18 H 0 1 N N N N N N -2.226 -21.764 14.470 1.453  -0.222 2.112  H18 KTO 50 
KTO OXT OXT O 0 1 N Y N N Y Y ?      ?       ?      4.851  1.624  0.450  O1  KTO 51 
KTO HXT HXT H 0 1 N Y N N Y Y ?      ?       ?      5.626  2.197  0.368  H19 KTO 52 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
KTO O49 C2  SING N N 1  
KTO N21 C22 SING N N 2  
KTO C2  N3  SING N N 3  
KTO C2  C1  SING N N 4  
KTO N3  C4  SING N N 5  
KTO C24 C22 SING N N 6  
KTO C24 O25 DOUB N N 7  
KTO C23 C22 SING N N 8  
KTO C23 C1  SING N N 9  
KTO C4  C6  DOUB Y N 10 
KTO C4  C5  SING Y N 11 
KTO C6  C7  SING Y N 12 
KTO C1  C5  SING N N 13 
KTO C1  O19 SING N N 14 
KTO C5  C9  DOUB Y N 15 
KTO C7  C8  DOUB Y N 16 
KTO C9  C8  SING Y N 17 
KTO O19 N18 SING N N 18 
KTO N18 C13 SING N N 19 
KTO N18 C14 SING N N 20 
KTO C13 C12 SING N N 21 
KTO C13 C11 SING N N 22 
KTO C14 C10 SING N N 23 
KTO C14 C15 SING N N 24 
KTO C12 C16 SING N N 25 
KTO C10 C16 SING N N 26 
KTO C11 C17 SING N N 27 
KTO C15 C17 SING N N 28 
KTO C17 O20 DOUB N N 29 
KTO C15 H1  SING N N 30 
KTO C15 H2  SING N N 31 
KTO C14 H3  SING N N 32 
KTO C11 H4  SING N N 33 
KTO C11 H5  SING N N 34 
KTO C13 H6  SING N N 35 
KTO C12 H7  SING N N 36 
KTO C12 H8  SING N N 37 
KTO C16 H9  SING N N 38 
KTO C16 H10 SING N N 39 
KTO C10 H11 SING N N 40 
KTO C10 H12 SING N N 41 
KTO C23 H13 SING N N 42 
KTO C23 H14 SING N N 43 
KTO C22 H15 SING N N 44 
KTO N21 H16 SING N N 45 
KTO N21 H17 SING N N 46 
KTO C2  H22 SING N N 47 
KTO O49 H23 SING N N 48 
KTO N3  H24 SING N N 49 
KTO C6  H25 SING N N 50 
KTO C7  H26 SING N N 51 
KTO C8  H27 SING N N 52 
KTO C9  H18 SING N N 53 
KTO C24 OXT SING N N 54 
KTO OXT HXT SING N N 55 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
KTO InChI            InChI                1.06  "InChI=1S/C19H25N3O5/c20-15(17(24)25)10-19(14-6-1-2-7-16(14)21-18(19)26)27-22-11-4-3-5-12(22)9-13(23)8-11/h1-2,6-7,11-12,15,18,21,26H,3-5,8-10,20H2,(H,24,25)/t11-,12+,15-,18+,19-/m0/s1" 
KTO InChIKey         InChI                1.06  DAGIMLIXPYMDAL-UMJFATCLSA-N                                                                                                                                                               
KTO SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "N[C@@H](C[C@@]1(ON2[C@H]3CCC[C@@H]2CC(=O)C3)[C@@H](O)Nc4ccccc14)C(O)=O"                                                                                                                  
KTO SMILES           CACTVS               3.385 "N[CH](C[C]1(ON2[CH]3CCC[CH]2CC(=O)C3)[CH](O)Nc4ccccc14)C(O)=O"                                                                                                                           
KTO SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1ccc2c(c1)[C@]([C@H](N2)O)(C[C@@H](C(=O)O)N)ON3[C@@H]4CCC[C@H]3CC(=O)C4"                                                                                                                
KTO SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1ccc2c(c1)C(C(N2)O)(CC(C(=O)O)N)ON3C4CCCC3CC(=O)C4"                                                                                                                                     
# 
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id           KTO 
_pdbx_chem_comp_identifier.type              "SYSTEMATIC NAME" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program           "OpenEye OEToolkits" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version   2.0.7 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier        "(2~{S})-2-azanyl-3-[(2~{R},3~{S})-2-oxidanyl-3-[[(1~{S},5~{R})-3-oxidanylidene-9-azabicyclo[3.3.1]nonan-9-yl]oxy]-1,2-dihydroindol-3-yl]propanoic acid" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
KTO "Create component"   2016-05-12 RCSB 
KTO "Initial release"    2016-09-14 RCSB 
KTO "Other modification" 2024-07-03 PDBE 
# 
