data_wwPDB_remediated_restraints_file_for_PDB_entry_2srt # This wwPDB archive file contains, for PDB entry 2srt: # # - Sequence information from the PDB mmCIF file # - NMR restraints from the PDB MR file # # In this file, the NMR restraints share the same atom names as in the coordinate # file, and in this way can differ from the data deposited at the wwPDB. To achieve # this aim, the NMR restraints were parsed from their original format files, and # the coordinates and NMR restraints information were subsequently harmonized. # # Due to the complexity of this harmonization process, minor modifications could # have occurred to the NMR restraints information, or data could have been lost # because of parsing or conversion errors. The PDB file remains the # authoritative reference for the atomic coordinates and the originally deposited # restraints files remain the primary reference for these data. # # This file is generated as part of the wwPDB at the BioMagResBank (BMRB) in # collaboration with the PDBe (formerly MSD) group at the European # Bioinformatics Institute (EBI) and the CMBI/IMM group at the Radboud # University of Nijmegen. # # Several software packages were used to produce this file: # # - Wattos (BMRB and CMBI/IMM). # - FormatConverter and NMRStarExport (PDBe). # - CCPN framework (http://www.ccpn.ac.uk/). # # More information about this process can be found in the references below. # Please cite the original reference for this PDB entry. # # JF Doreleijers, A Nederveen, W Vranken, J Lin, AM Bonvin, R Kaptein, JL # Markley, and EL Ulrich (2005). BioMagResBank databases DOCR and FRED # containing converted and filtered sets of experimental NMR restraints and # coordinates from over 500 protein PDB structures. J. Biomol. NMR 32, 1-12. # # WF Vranken, W Boucher, TJ Stevens, RH Fogh, A Pajon, M Llinas, EL Ulrich, JL # Markley, J Ionides, ED Laue (2005). The CCPN data model for NMR spectroscopy: # development of a software pipeline. Proteins 59, 687-696. # # JF Doreleijers, WF Vranken, C Schulte, J Lin, JR Wedell, CJ Penkett, GW Vuister, # G Vriend, JL Markley, and EL Ulrich (2009). The NMR Restraints Grid at BMRB for # 5,266 Protein and Nucleic Acid PDB Entries. J Biomol. NMR 45, 389-396. ####################### # Entry information # ####################### save_entry_information _Entry.Sf_category entry_information _Entry.Sf_framecode entry_information _Entry.ID rr_2srt _Entry.Title 'wwPDB remediated NMR restraints for PDB entry 2srt' _Entry.Version_type original _Entry.NMR_STAR_version 3.1.0.8 _Entry.Experimental_method NMR _Entry.Experimental_method_subtype solution _Entry.Details 'Contains the remediated restraint lists and coordinates for PDB entry 2srt' _Entry.PDB_coordinate_file_version 3.20 loop_ _Related_entries.Database_name _Related_entries.Database_accession_code _Related_entries.Relationship _Related_entries.Entry_ID PDB 2srt 'Master copy' rr_2srt stop_ save_ ############################################# # Molecular system (assembly) description # ############################################# save_assembly _Assembly.Sf_category assembly _Assembly.Sf_framecode assembly _Assembly.Entry_ID rr_2srt _Assembly.ID 1 _Assembly.Name 2srt _Assembly.Number_of_components 4 _Assembly.Organic_ligands 1 _Assembly.Metal_ions 2 _Assembly.Non_standard_bonds no _Assembly.Paramagnetic no _Assembly.Thiol_state 'not present' _Assembly.Molecular_mass 19997.7947 loop_ _Entity_assembly.ID _Entity_assembly.Entity_assembly_name _Entity_assembly.Entity_ID _Entity_assembly.Entity_label _Entity_assembly.Asym_ID _Entity_assembly.PDB_chain_ID _Entity_assembly.Experimental_data_reported _Entity_assembly.Physical_state _Entity_assembly.Conformational_isomer _Entity_assembly.Chemical_exchange_state _Entity_assembly.Magnetic_equivalence_group_code _Entity_assembly.Role _Entity_assembly.Details _Entity_assembly.Entry_ID _Entity_assembly.Assembly_ID 1 'STROMELYSIN 1' 1 $STROMELYSIN_1 A . no . . . . . . rr_2srt 1 2 'ZINC ION' 2 $ZINC_ION B . no . . . . . . rr_2srt 1 3 'ZINC ION' 2 $ZINC_ION C . no . . . . . . rr_2srt 1 4 'N R CARBOXY ETHYL ALPHA S 2 PHENYLETHYL GLYCYL L ARGININE N PHENYLAMIDE' 3 $N__R_CARBOXY_ETHYL__ALPHA__S___2_PHENYLETHYL_GLYCYL_L_ARGININE_N_PHENYLAMIDE D . no . . . . . . rr_2srt 1 stop_ save_ #################################### # Biological polymers and ligands # #################################### save_STROMELYSIN_1 _Entity.Sf_category entity _Entity.Sf_framecode STROMELYSIN_1 _Entity.Entry_ID rr_2srt _Entity.ID 1 _Entity.Name STROMELYSIN_1 _Entity.Type polymer _Entity.Polymer_type polypeptide(L) _Entity.Polymer_strand_ID A _Entity.Polymer_seq_one_letter_code ; FRTFPGIPKWRKTHLTYRIV NYTPDLPKDAVDSAVEKALK VWEEVTPLTFSRLYEGEADI MISFAVREHGDFYPFDGPGN VLAHAYAPGPGINGDAHFDD DEQWTKDTTGTNLFLVAAHE IGHSLGLFHSANTEALMYPL YHSLTDLTRFRLSQDDINGI QSLYGPPPDSPET ; _Entity.Ambiguous_conformational_states no _Entity.Ambiguous_chem_comp_sites no _Entity.Nstd_monomer no _Entity.Nstd_chirality no _Entity.Nstd_linkage no _Entity.Number_of_monomers 173 _Entity.Paramagnetic no _Entity.Thiol_state 'not present' _Entity.Parent_entity_ID 1 _Entity.Formula_weight 19383.4454 loop_ _Entity_comp_index.ID _Entity_comp_index.Auth_seq_ID _Entity_comp_index.Comp_ID _Entity_comp_index.Comp_label _Entity_comp_index.Entry_ID _Entity_comp_index.Entity_ID 1 . 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'MR format' 1 comment 'Not applicable' 'Not applicable' 0 rr_2srt 1 1 2srt.mr . . DYANA/DIANA 2 distance 'general distance' simple 1834 rr_2srt 1 1 2srt.mr . . n/a 3 comment 'Not applicable' 'Not applicable' 0 rr_2srt 1 1 2srt.mr . . 'MR format' 4 'nomenclature mapping' 'Not applicable' 'Not applicable' 0 rr_2srt 1 stop_ save_ save_DYANA/DIANA_distance_constraints_2 _Gen_dist_constraint_list.Sf_category general_distance_constraints _Gen_dist_constraint_list.Sf_framecode DYANA/DIANA_distance_constraints_2 _Gen_dist_constraint_list.Entry_ID rr_2srt _Gen_dist_constraint_list.ID 1 _Gen_dist_constraint_list.Constraint_type 'general distance' _Gen_dist_constraint_list.Details 'Generated by Wattos' _Gen_dist_constraint_list.Constraint_file_ID 1 _Gen_dist_constraint_list.Block_ID 2 loop_ _Gen_dist_constraint_software.Software_ID _Gen_dist_constraint_software.Software_label _Gen_dist_constraint_software.Method_ID _Gen_dist_constraint_software.Method_label _Gen_dist_constraint_software.Entry_ID _Gen_dist_constraint_software.Gen_dist_constraint_list_ID . . . . rr_2srt 1 stop_ loop_ _Gen_dist_constraint.ID _Gen_dist_constraint.Member_ID _Gen_dist_constraint.Member_logic_code _Gen_dist_constraint.Assembly_atom_ID_1 _Gen_dist_constraint.Entity_assembly_ID_1 _Gen_dist_constraint.Entity_ID_1 _Gen_dist_constraint.Comp_index_ID_1 _Gen_dist_constraint.Seq_ID_1 _Gen_dist_constraint.Comp_ID_1 _Gen_dist_constraint.Atom_ID_1 _Gen_dist_constraint.Atom_type_1 _Gen_dist_constraint.Atom_isotope_number_1 _Gen_dist_constraint.Resonance_ID_1 _Gen_dist_constraint.Assembly_atom_ID_2 _Gen_dist_constraint.Entity_assembly_ID_2 _Gen_dist_constraint.Entity_ID_2 _Gen_dist_constraint.Comp_index_ID_2 _Gen_dist_constraint.Seq_ID_2 _Gen_dist_constraint.Comp_ID_2 _Gen_dist_constraint.Atom_ID_2 _Gen_dist_constraint.Atom_type_2 _Gen_dist_constraint.Atom_isotope_number_2 _Gen_dist_constraint.Resonance_ID_2 _Gen_dist_constraint.Intensity_val _Gen_dist_constraint.Intensity_lower_val_err _Gen_dist_constraint.Intensity_upper_val_err _Gen_dist_constraint.Distance_val _Gen_dist_constraint.Distance_lower_bound_val _Gen_dist_constraint.Distance_upper_bound_val _Gen_dist_constraint.Contribution_fractional_val _Gen_dist_constraint.Spectral_peak_ID _Gen_dist_constraint.Spectral_peak_list_ID _Gen_dist_constraint.PDB_record_ID_1 _Gen_dist_constraint.PDB_model_num_1 _Gen_dist_constraint.PDB_strand_ID_1 _Gen_dist_constraint.PDB_ins_code_1 _Gen_dist_constraint.PDB_residue_no_1 _Gen_dist_constraint.PDB_residue_name_1 _Gen_dist_constraint.PDB_atom_name_1 _Gen_dist_constraint.PDB_record_ID_2 _Gen_dist_constraint.PDB_model_num_2 _Gen_dist_constraint.PDB_strand_ID_2 _Gen_dist_constraint.PDB_ins_code_2 _Gen_dist_constraint.PDB_residue_no_2 _Gen_dist_constraint.PDB_residue_name_2 _Gen_dist_constraint.PDB_atom_name_2 _Gen_dist_constraint.Auth_entity_assembly_ID_1 _Gen_dist_constraint.Auth_asym_ID_1 _Gen_dist_constraint.Auth_chain_ID_1 _Gen_dist_constraint.Auth_seq_ID_1 _Gen_dist_constraint.Auth_comp_ID_1 _Gen_dist_constraint.Auth_atom_ID_1 _Gen_dist_constraint.Auth_alt_ID_1 _Gen_dist_constraint.Auth_atom_name_1 _Gen_dist_constraint.Auth_entity_assembly_ID_2 _Gen_dist_constraint.Auth_asym_ID_2 _Gen_dist_constraint.Auth_chain_ID_2 _Gen_dist_constraint.Auth_seq_ID_2 _Gen_dist_constraint.Auth_comp_ID_2 _Gen_dist_constraint.Auth_atom_ID_2 _Gen_dist_constraint.Auth_alt_ID_2 _Gen_dist_constraint.Auth_atom_name_2 _Gen_dist_constraint.Entry_ID _Gen_dist_constraint.Gen_dist_constraint_list_ID 1 1 . . 1 1 1 1 PHE HA H . . . 1 1 127 127 LEU MD2 H . . . . . . . 5.60 . . . . . 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A . 129 PRO HB3 . . . 167 PRO QD . . . . . 47 PRO QB . . rr_2srt 1 773 4 OR . 1 1 47 47 PRO HB2 H . . . 1 1 167 167 PRO HD2 H . . . . . . . 6.15 . . . . . A . 129 PRO HB2 . . A . 249 PRO HD2 . . . 47 PRO QB . . . . . 167 PRO QD . . rr_2srt 1 774 1 . . 1 1 48 48 LEU H H . . . 1 1 48 48 LEU HB2 H . . . . . . . 3.00 . . . . . A . 130 LEU H . . A . 130 LEU HB2 . . . 48 LEU HN . . . . . 48 LEU HB2 . . rr_2srt 1 775 1 . . 1 1 48 48 LEU H H . . . 1 1 48 48 LEU HG H . . . . . . . 3.00 . . . . . A . 130 LEU H . . A . 130 LEU HG . . . 48 LEU HN . . . . . 48 LEU HG . . rr_2srt 1 776 1 . . 1 1 48 48 LEU MD2 H . . . 1 1 48 48 LEU HA H . . . . . . . 3.40 . . . . . A . 130 LEU MD2 . . A . 130 LEU HA . . . 48 LEU QD2 . . . . . 48 LEU HA . . rr_2srt 1 777 1 . . 1 1 48 48 LEU HA H . . . 1 1 49 49 THR H H . . . . . . . 2.80 . . . . . A . 130 LEU HA . . A . 131 THR H . . . 48 LEU HA . . . . . 49 THR HN . . rr_2srt 1 778 1 . . 1 1 49 49 THR H H . . . 1 1 48 48 LEU HB2 H . . . . . . . 3.70 . . . . . 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