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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0035 ? 6334 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.5968 ? 8623 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0450 ? 960 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0054 ? 1101 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.8329 ? 865 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # _struct.entry_id 10FT _struct.title 'Cryo-EM structure of receptor tyrosine kinase ROS1 in complex with NELL2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 10FT _struct_keywords.text 'Receptor tyrosine kinase ROS1, ROS1-NELL2 complex, TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN complex, TRANSFERASE' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 3 ? E N N 3 ? F N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP NELL2_HUMAN Q99435 ? 1 ;LGVDPSLQIDVLTELELGESTTGVRQVPGLHNGTKAFLFQDTPRSIKASTATAEQFFQKLRNKHEFTILVTLKQTHLNSG VILSIHHLDHRYLELESSGHRNEVRLHYRSGSHRPHTEVFPYILADDKWHKLSLAISASHLILHIDCNKIYERVVEKPST DLPLGTTFWLGQRNNAHGYFKGIMQDVQLLVMPQGFIAQCPDLNRTCPTCNDFHGLVQKIMELQDILAKTSAKLSRAEQR MNRLDQCYCERTCTMKGTTYREFESWIDGCKNCTCLNGTIQCETLICPNPDCPLKSALAYVDGKCCKECKSICQFQGRTY FEGERNTVYSSSGVCVLYECKDQTMKLVESSGCPALDCPESHQITLSHSCCKVCKGYDFCSERHNCMENSICRNLNDRAV CSCRDGFRALREDNAYCEDIDECAEGRHYCRENTMCVNTPGSFMCICKTGYIRIDDYSCTEHDECITNQHNCDENALCFN TVGGHNCVCKPGYTGNGTTCKAFCKDGCRNGGACIAANVCACPQGFTGPSCETDIDECSDGFVQCDSRANCINLPGWYHC ECRDGYHDNGMFSPSGESCEDIDECGTGRHSCANDTICFNLDGGYDCRCPHGKNCTGDCIHDGKVKHNGQIWVLENDRCS VCSCQNGFVMCRRMVCDCENPTVDLFCCPECDPRLSSQCLHQNGETLYNSGDTWVQNCQQCRCLQGEVDCWPLPCPDVEC EFSILPENECCPRCVTDPCQADTIRNDITKTCLDEMNVVRFTGSSWIKHGTECTLCQCKNGHICCSVDPQCLQEL ; 22 2 UNP ROS1_MOUSE Q78DX7 ? 2 ;QSTVLSSCLTSCVTNLGRQLDSGTRYNLSEACIHGCQFWNSVDQETCALKCNDTYATICERESCEVGCSNAEGSYEEEVL ESTELPTAPFASSIGSHGVTLRWNPANISGVKYIIQWKYAQLPGSWTFTETVSKLSYTVEPLHPFTEYIFRVVWIFTAQL HLYSPPSPSYRTHPYGVPETAPLILNMESWSPDTVEVSWAPPHFPGGPILGYNLRLISKNQKLDSGTQRTSFQFYSTLPN TTYRFSIAAVNEVGEGPEAESTVTTPSPSVQEEEQWLFLSRKTSLRKRSLKYLVDEAHCLWSDAIHHNITGISVYAQQQV VYFSEGTVIWMKGAANMSDVSDLRIFYQGSGLVSSISIDWLYQRMYFIMDKLVYVCELKNCSNLEEITPFSLIAPQKVVV DSYNGYLFYLLRDGIYRVNLPLPSGRDTKAVRIVESGTLKDFAVKPQSKRIIYFNDTMQLFMSTFLDGSAFHRVLPWVPL VTVKSFACENNDFLITDGKAIFQQDSLSFNEFIVGCDLSHIEEFGFGNLVIFGSSVQSYPLPGHPQEVSVLFGSREALIQ WTPPALAIGASPSAWQNWTYEVKVYSQDILEITQVFSNISGTMLNVPELQSSTKYTVSVRASSPKGPGPWSAPSVGTTLV PATEPPFIMAVKEDGLWSKPLCSFGPGEFLSSDVGNVSDMDWYNNSLYYSDTKGNVYVRPLNGMDISENYHIPSIVGAGA LAFEWLGHFLYWAGKTYVIQRQSVLTGHTDIVTHVKLLVNDMAVDSVGGYLYWTTLYSVESTRLNGESSLVLQAQPWLSG KKVIALTLDLSDGLLYWLVQDNQCIHLYTAVLRGWSGGDATITEFAAWSTSEISQNALMYYSGRLFWINGFRIITAQEIG QRTSVSVSEPAKFNQFTIIQTSLKPLPGNFSSTPKVIPDPVQESSFRIEGHTSSFQILWNEPPAVDWGIVFYSVEFSTHS KFLIIEQQSLPIFTVEGLEPYTLFNLSVTPYTYWGKGQKTSLSFRAPE ; 27 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 10FT B 1 ? 795 ? Q99435 22 ? 816 ? 22 816 2 2 10FT A 4 ? 1011 ? Q78DX7 27 ? 1034 ? 27 1034 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 10FT GLY B 796 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 817 1 1 10FT GLY B 797 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 818 2 1 10FT GLY B 798 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 819 3 1 10FT GLY B 799 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 820 4 1 10FT SER B 800 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 821 5 1 10FT ILE B 801 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 822 6 1 10FT GLU B 802 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 823 7 1 10FT GLY B 803 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 824 8 1 10FT ARG B 804 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 825 9 1 10FT SER B 805 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 826 10 1 10FT LEU B 806 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 827 11 1 10FT ASP B 807 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 828 12 1 10FT HIS B 808 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 829 13 1 10FT HIS B 809 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 830 14 1 10FT HIS B 810 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 831 15 1 10FT HIS B 811 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 832 16 1 10FT HIS B 812 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 833 17 1 10FT HIS B 813 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 834 18 1 10FT HIS B 814 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 835 19 1 10FT HIS B 815 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 836 20 1 10FT HIS B 816 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 837 21 1 10FT HIS B 817 ? UNP Q99435 ? ? 'expression tag' 838 22 2 10FT SER A 1 ? UNP Q78DX7 ? ? 'expression tag' 24 23 2 10FT LEU A 2 ? UNP Q78DX7 ? ? 'expression tag' 25 24 2 10FT ASP A 3 ? UNP Q78DX7 ? ? 'expression tag' 26 25 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 359 ? 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ASP A 365 LEU A 369 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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A CYS 380 SG ? ? ? 1_555 A CYS 392 SG ? ? B CYS 401 B CYS 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 386 SG ? ? ? 1_555 A CYS 401 SG ? ? B CYS 407 B CYS 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf12 disulf ? ? A CYS 403 SG ? ? ? 1_555 A CYS 417 SG ? ? B CYS 424 B CYS 438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf13 disulf ? ? A CYS 423 SG ? ? ? 1_555 A CYS 436 SG ? ? B CYS 444 B CYS 457 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf14 disulf ? ? A CYS 430 SG ? ? ? 1_555 A CYS 445 SG ? ? B CYS 451 B CYS 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf15 disulf ? ? A CYS 447 SG ? ? ? 1_555 A CYS 459 SG ? ? B CYS 468 B CYS 480 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 302 SG ? ? ? 1_555 B CYS 519 SG ? ? A CYS 325 A CYS 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 379 SG ? ? ? 1_555 B CYS 384 SG ? ? A CYS 402 A CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? covale1 covale one ? B ASN 243 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 266 A NAG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 311 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 334 A NAG 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 339 ND2 ? ? ? 1_555 C NAG . C1 ? ? A ASN 362 A NAG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? B ASN 458 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 481 A NAG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG C . ? 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None 'Disulfide bridge' 11 CYS A 335 ? CYS A 370 ? CYS B 356 ? 1_555 CYS B 391 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 12 CYS A 353 ? CYS A 371 ? CYS B 374 ? 1_555 CYS B 392 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 13 CYS A 358 ? CYS A 374 ? CYS B 379 ? 1_555 CYS B 395 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 14 CYS A 380 ? CYS A 392 ? CYS B 401 ? 1_555 CYS B 413 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 15 CYS A 386 ? CYS A 401 ? CYS B 407 ? 1_555 CYS B 422 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 16 CYS A 403 ? CYS A 417 ? CYS B 424 ? 1_555 CYS B 438 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 17 CYS A 423 ? CYS A 436 ? CYS B 444 ? 1_555 CYS B 457 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 18 CYS A 430 ? CYS A 445 ? CYS B 451 ? 1_555 CYS B 466 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 19 CYS A 447 ? CYS A 459 ? CYS B 468 ? 1_555 CYS B 480 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 20 CYS B 302 ? CYS B 519 ? CYS A 325 ? 1_555 CYS A 542 ? 1_555 SG SG . . . 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