data_10LM # _entry.id 10LM # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.416 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 10LM pdb_000010lm 10.2210/pdb10lm/pdb WWPDB D_1000304555 ? ? EMDB EMD-75270 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-09-02 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-09-02 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 10LM _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2026-01-26 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Native flagellar filament from Leptospira biflexa' _pdbx_database_related.db_id EMD-75270 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email alebus@pasteur.edu.uy _pdbx_contact_author.name_first Alejandro _pdbx_contact_author.name_last Buschiazzo _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-2509-6526 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Brady, M.R.' 1 ? 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'San Martin, F.' 1 ? primary 'Brady, M.R.' 2 ? primary 'Fule, L.' 3 ? primary 'Nouchikian, L.' 4 ? primary 'Rodriguez, A.' 5 ? primary 'Duchateau, M.' 6 0000-0001-5475-3065 primary 'Mondino, S.' 7 0009-0002-8637-2210 primary 'Larrieux, N.' 8 0000-0002-8027-9544 primary 'Wunder Jr., E.A.' 9 0000-0002-5239-8511 primary 'Ko, A.I.' 10 0000-0001-9023-2339 primary 'Rey, M.' 11 0000-0002-7378-1106 primary 'Chamot-Rooke, J.' 12 0000-0002-9427-543X primary 'Duran, R.' 13 0000-0002-8575-9651 primary 'Trajtenberg, F.' 14 0000-0003-0427-5549 primary 'Picardeau, M.' 15 0000-0002-5338-5579 primary 'Sindelar, C.V.' 16 0000-0002-6646-7776 primary 'Buschiazzo, A.' 17 0000-0002-2509-6526 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat Flagellin 31415.635 70 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Flagellar 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;MIINHNVSAIFAHRTLKSNDANLSKDIEKLSSGMRINKAGDDASGLAVSEKMRTQIAGLRRAEQNTEDGMSLIQTAEGYL QETHEIVQRVRVLAVQAANGIYSEEDRQQIQVEVSQLVDEIDRIASQAEFNKMKLLTGAFARLNPTASMWFHIGANMHQR ERVYIETMNTAALGLRNPTVLTFISLSTAGKANSVIGLCDDALRVISKQRADLGAYYNRMEHAAKGLMNAYENTQASESR IRDTDMAEQMTSFTRYQILTQAATSMLAQANMKSQSVMRLLQ ; ;MIINHNVSAIFAHRTLKSNDANLSKDIEKLSSGMRINKAGDDASGLAVSEKMRTQIAGLRRAEQNTEDGMSLIQTAEGYL QETHEIVQRVRVLAVQAANGIYSEEDRQQIQVEVSQLVDEIDRIASQAEFNKMKLLTGAFARLNPTASMWFHIGANMHQR ERVYIETMNTAALGLRNPTVLTFISLSTAGKANSVIGLCDDALRVISKQRADLGAYYNRMEHAAKGLMNAYENTQASESR IRDTDMAEQMTSFTRYQILTQAATSMLAQANMKSQSVMRLLQ ; ;A3,A4,A5,A6,A7,A8,B3,B4,B5,B6,B7,B8,C2,C3,C4,C5,C6,C7,C8,D2,D3,D4,D5,D6,D7,E1,E2,E3,E4,E5,E6,E7,F1,F2,F3,F4,F5,F6,G1,G2,G5,G6,G7,G8,G9,H5,H6,H7,H8,H9,I4,I5,I6,I7,I8,I9,J4,J5,J6,J7,J8,J9,K3,K4,K5,K6,K7,K8,h0,i0 ; ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MKIIKYLLILQLVSGFSVLFAQTQPANAQESQAAKDQVDELLKGELVPENDDAELTEDQKKKKKEIMEQESLWKNPDFKG YNKTFQELHQLSKTFANNQFRLALSNYQSGVNTIMKNRDWVEQYRKEEAEKKRLDEKWYWQKVDRKAREERVVYREKMKA 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KGKPSADGERCEAADKQEAQDNTCLHLEVFDFVGSEDGKSSKNLGAKFKKMELFFEGSNNADPDPRKEQPRNLTKIRTYI YQNNFLLEDKVISVIADVAPNGEPAHNDKIELFYQHDDYPVWGTPETPSEKGVGKYILSNVENTKSNPIRNNFKKQFYFK NLDYFDKLFTKIFDYNDRDSNKHYKKNVEALKGSLKY ; Q1,Q2,Q3,Q4,R1,R2,R3,R4,R5,S2,S3,S4,S5,S6 ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MQWLWVISHTSTQCLQNKRIWGILIFENKENLNFINVALSNLAPSQEEAQTTAQPGAETPPQDPSKKNLDFDYFKLLKAA NQSDFSGNMWYLQSNYVYGFRQLRQAQGELKNIFEIVLQKYIEDARALLEAAAPTIIRSNDSNAKALLRLGFRDLRSSED LYTTGLNSSPHQYRYKLTLYKEGILTLRRAKRFAILAMIYSKTPDEDKPEYQYRSNEDLKEARNEEKQRNYEKVRDTLIN FIENKRMERTVVPPGNPDAKPLDLLEQHDDNYGFITSKKLDLLLEANAQIKETEGARRESVPPTPKFDENGKAIYPEEKK K ; ;MQWLWVISHTSTQCLQNKRIWGILIFENKENLNFINVALSNLAPSQEEAQTTAQPGAETPPQDPSKKNLDFDYFKLLKAA NQSDFSGNMWYLQSNYVYGFRQLRQAQGELKNIFEIVLQKYIEDARALLEAAAPTIIRSNDSNAKALLRLGFRDLRSSED LYTTGLNSSPHQYRYKLTLYKEGILTLRRAKRFAILAMIYSKTPDEDKPEYQYRSNEDLKEARNEEKQRNYEKVRDTLIN FIENKRMERTVVPPGNPDAKPLDLLEQHDDNYGFITSKKLDLLLEANAQIKETEGARRESVPPTPKFDENGKAIYPEEKK K ; U3,U4,U5,U6 ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSFMGKLGMTKLLLGLFLSIGMLYAQADTGGQNTANTANDEDSPLRKIVLDDFEEAEDWRVKATTPLGETRTLKLVQRGL IKDVFDEKTVPEDGGDKIEKNHILGVKTHFAAKGLDRVELYPPHEYIIKGKVRQISVWVLGRKYRHTLFAKFRDYKDVTH NIRLGRLDFFGWRKLTATVPGFIPQSTRFALLDKNLHFVSLFVTSDVHEVAGDFYFYVDDLQVRTDRSEAKYPGSEIKDN W ; ;MSFMGKLGMTKLLLGLFLSIGMLYAQADTGGQNTANTANDEDSPLRKIVLDDFEEAEDWRVKATTPLGETRTLKLVQRGL IKDVFDEKTVPEDGGDKIEKNHILGVKTHFAAKGLDRVELYPPHEYIIKGKVRQISVWVLGRKYRHTLFAKFRDYKDVTH NIRLGRLDFFGWRKLTATVPGFIPQSTRFALLDKNLHFVSLFVTSDVHEVAGDFYFYVDDLQVRTDRSEAKYPGSEIKDN W ; V0,V1,V2,V3,V4,X0,X1,X2,X3,X4 ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MNKTIFALSFTLLSFALFAQESGNPQGTQVSAASSKDNRDLYPLSMYDARIRLKNVTFVRRHADTGKGEFLDVQVEIESR VPEDHEYSIFVLAGFEGDRVNKDERKLVPYPAWRKADPEKDERTLYFSNIMPTPFTAKEIWGEETYAKKKEEMEKRHYAG FEAAMPEPTFTEVVDYLCKNNAKALPFTLFGETGPSKEKQVIYNYVGQTADEKKRQVHETLPKHTYTIYNNKYKTTITSH HYTQYRPNFLSFNKVAILVFDTKKPTNSLLFRKFIDISDLKITY ; ;MNKTIFALSFTLLSFALFAQESGNPQGTQVSAASSKDNRDLYPLSMYDARIRLKNVTFVRRHADTGKGEFLDVQVEIESR VPEDHEYSIFVLAGFEGDRVNKDERKLVPYPAWRKADPEKDERTLYFSNIMPTPFTAKEIWGEETYAKKKEEMEKRHYAG FEAAMPEPTFTEVVDYLCKNNAKALPFTLFGETGPSKEKQVIYNYVGQTADEKKRQVHETLPKHTYTIYNNKYKTTITSH HYTQYRPNFLSFNKVAILVFDTKKPTNSLLFRKFIDISDLKITY ; Y1,Y2,Y3,Y4 ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MKQSLLILMMSLVMQAPMFAESVSSKSYQKRIELLTYLRELEPIVKNFRGEDPEGKPSELNAPEGKEGFRMKKYLEAKRI YQEGLQYHFEGNFSSAFQRFLECQLAIEKMTEELSQLYILRAEEMMKTAMERKNPNNPMDKALLDISIEYGKGSYFRQDV MDLPREAPYQRRMYDPKEAHYSYNKYDIEKNMELGYKHLGLAKEARANALKVERNLEKHQKLQPSHRKYRIELYFGAINL ARDSKANAVNIYKLKYPYDNYYLNNSQAKTEASKDETGASVEGQPVKIDGVTYDFTKNPYIKYDNRLQAMFDVRVPEEYR VDHADVRGRVYELDSNNMVFMKYDQERKKALNVPPKPAQGSTTTPQQ ; ;MKQSLLILMMSLVMQAPMFAESVSSKSYQKRIELLTYLRELEPIVKNFRGEDPEGKPSELNAPEGKEGFRMKKYLEAKRI YQEGLQYHFEGNFSSAFQRFLECQLAIEKMTEELSQLYILRAEEMMKTAMERKNPNNPMDKALLDISIEYGKGSYFRQDV MDLPREAPYQRRMYDPKEAHYSYNKYDIEKNMELGYKHLGLAKEARANALKVERNLEKHQKLQPSHRKYRIELYFGAINL ARDSKANAVNIYKLKYPYDNYYLNNSQAKTEASKDETGASVEGQPVKIDGVTYDFTKNPYIKYDNRLQAMFDVRVPEEYR VDHADVRGRVYELDSNNMVFMKYDQERKKALNVPPKPAQGSTTTPQQ ; Z0,Z1,Z2,Za ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MRTSFVLIFTFLFTVGLFAADEKNESVSQSDATKLNPDGSIALIPYNAKQQQKIERIGKEVDDYHAMINEKVKFLSFEKK IKDSRYGQVTSAREIHLPYEPSYVMHSRFVMKLKGGGGAEGGGFSLDEISFWSRKSLTEKGKDPVTTYRELKNNTTGGVK GLVLSVRTVTNADDNTLNFELEKIQSPWERLRLATAYRDRLREVARTIDRYIQAKGNLETKMISDTVMEVSVSGDFEEP ; ;MRTSFVLIFTFLFTVGLFAADEKNESVSQSDATKLNPDGSIALIPYNAKQQQKIERIGKEVDDYHAMINEKVKFLSFEKK IKDSRYGQVTSAREIHLPYEPSYVMHSRFVMKLKGGGGAEGGGFSLDEISFWSRKSLTEKGKDPVTTYRELKNNTTGGVK GLVLSVRTVTNADDNTLNFELEKIQSPWERLRLATAYRDRLREVARTIDRYIQAKGNLETKMISDTVMEVSVSGDFEEP ; a1,a2,a3,a4,a5 ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MMLRFSILLCYLLGMTALFAEKPASATLKERESQKQIDLQRKNGFGDNEIDTLHANIIGNLRKIKKLQDLGVDKTAAQYL AQTPQEHKELYKKDKDGKPYLEIKLPQGQSYIDYPSVFLYDGIAYIYPKEDYSDLDKIILSFRRVNADGTIHVKEMRRLI NPTPKSEGTEKDEKGEARLDTNSDIRLEYFRSLTSDTIWPNDPVQPAEADIAMVLNDEKDPLPYDKQKHIMMSYKKMLRK IAKQTAFKLRSVELDQKQMITKILDYNTN ; ;MMLRFSILLCYLLGMTALFAEKPASATLKERESQKQIDLQRKNGFGDNEIDTLHANIIGNLRKIKKLQDLGVDKTAAQYL AQTPQEHKELYKKDKDGKPYLEIKLPQGQSYIDYPSVFLYDGIAYIYPKEDYSDLDKIILSFRRVNADGTIHVKEMRRLI NPTPKSEGTEKDEKGEARLDTNSDIRLEYFRSLTSDTIWPNDPVQPAEADIAMVLNDEKDPLPYDKQKHIMMSYKKMLRK IAKQTAFKLRSVELDQKQMITKILDYNTN ; b2,b3,b4 ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MELSKKSLLFILMFSLAVFSISAQDTKPQSTSTDVTQENHDAKEGQDKELFEYYYKTRPENLPPNKAKLEYNLIKTLKKE IMSRDYSKESAESIKKIDATNIQYERVYRDSKWLRGFMTQNTHLNYMEFMYVVKYDKYMCFVTFDVNPENYLQQSRQSHL VFSGKDKFEITIPKP ; ;MELSKKSLLFILMFSLAVFSISAQDTKPQSTSTDVTQENHDAKEGQDKELFEYYYKTRPENLPPNKAKLEYNLIKTLKKE IMSRDYSKESAESIKKIDATNIQYERVYRDSKWLRGFMTQNTHLNYMEFMYVVKYDKYMCFVTFDVNPENYLQQSRQSHL VFSGKDKFEITIPKP ; c1,c2,c3 ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 11 'CALCIUM ION' CA 12 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ILE n 1 3 ILE n 1 4 ASN n 1 5 HIS n 1 6 ASN n 1 7 VAL n 1 8 SER n 1 9 ALA n 1 10 ILE n 1 11 PHE n 1 12 ALA n 1 13 HIS n 1 14 ARG n 1 15 THR n 1 16 LEU n 1 17 LYS n 1 18 SER n 1 19 ASN n 1 20 ASP n 1 21 ALA n 1 22 ASN n 1 23 LEU n 1 24 SER n 1 25 LYS n 1 26 ASP n 1 27 ILE n 1 28 GLU n 1 29 LYS n 1 30 LEU n 1 31 SER n 1 32 SER n 1 33 GLY n 1 34 MET n 1 35 ARG n 1 36 ILE n 1 37 ASN n 1 38 LYS n 1 39 ALA n 1 40 GLY n 1 41 ASP n 1 42 ASP n 1 43 ALA n 1 44 SER n 1 45 GLY n 1 46 LEU n 1 47 ALA n 1 48 VAL n 1 49 SER n 1 50 GLU n 1 51 LYS n 1 52 MET n 1 53 ARG n 1 54 THR n 1 55 GLN n 1 56 ILE n 1 57 ALA n 1 58 GLY n 1 59 LEU n 1 60 ARG n 1 61 ARG n 1 62 ALA n 1 63 GLU n 1 64 GLN n 1 65 ASN n 1 66 THR n 1 67 GLU n 1 68 ASP n 1 69 GLY n 1 70 MET n 1 71 SER n 1 72 LEU n 1 73 ILE n 1 74 GLN n 1 75 THR n 1 76 ALA n 1 77 GLU n 1 78 GLY n 1 79 TYR n 1 80 LEU n 1 81 GLN n 1 82 GLU n 1 83 THR n 1 84 HIS n 1 85 GLU n 1 86 ILE n 1 87 VAL n 1 88 GLN n 1 89 ARG n 1 90 VAL n 1 91 ARG n 1 92 VAL n 1 93 LEU n 1 94 ALA n 1 95 VAL n 1 96 GLN n 1 97 ALA n 1 98 ALA n 1 99 ASN n 1 100 GLY n 1 101 ILE n 1 102 TYR n 1 103 SER n 1 104 GLU n 1 105 GLU n 1 106 ASP n 1 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? 49.47 72.45 323 1 PRO Z2 156 ? ? -69.98 -173.98 324 1 LYS Z2 157 ? ? 74.21 -14.02 325 1 TYR Z2 323 ? ? -133.08 -39.89 326 1 ASP Za 155 ? ? 41.27 76.74 327 1 ASP a1 127 ? ? -92.06 -60.01 328 1 SER a2 28 ? ? -33.93 138.65 329 1 ASP a2 127 ? ? -141.49 43.38 330 1 ASP a4 127 ? ? -143.52 22.57 331 1 SER a5 28 ? ? -65.56 80.73 332 1 GLN b2 107 ? ? -105.11 56.09 333 1 SER b2 166 ? ? -68.53 -165.79 334 1 ASN b2 182 ? ? 44.57 22.61 335 1 GLU b3 86 ? ? -69.85 66.31 336 1 SER b3 166 ? ? -75.25 -164.43 337 1 GLU b3 167 ? ? -46.68 109.27 338 1 ALA b3 177 ? ? -69.07 78.90 339 1 ASN b3 182 ? ? 48.17 21.37 340 1 ASN b3 201 ? ? -77.40 49.26 341 1 SER b4 166 ? ? -72.77 -166.70 342 1 ASN b4 182 ? ? 49.70 20.24 343 1 PRO c1 64 ? ? -66.70 69.01 344 1 ASN c1 121 ? ? -111.43 64.11 345 1 SER c2 163 ? ? -141.31 -22.18 346 1 ASN c3 121 ? ? -110.50 64.46 347 1 LEU h0 181 ? ? -67.11 94.76 # loop_ _pdbx_validate_planes.id _pdbx_validate_planes.PDB_model_num _pdbx_validate_planes.auth_comp_id _pdbx_validate_planes.auth_asym_id _pdbx_validate_planes.auth_seq_id _pdbx_validate_planes.PDB_ins_code _pdbx_validate_planes.label_alt_id _pdbx_validate_planes.rmsd _pdbx_validate_planes.type 1 1 ARG A5 240 ? 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? 0.073 'SIDE CHAIN' 55 1 ARG I8 219 ? ? 0.093 'SIDE CHAIN' 56 1 ARG I9 176 ? ? 0.078 'SIDE CHAIN' 57 1 ARG I9 219 ? ? 0.101 'SIDE CHAIN' 58 1 ARG I9 242 ? ? 0.071 'SIDE CHAIN' 59 1 ARG J4 14 ? ? 0.078 'SIDE CHAIN' 60 1 ARG J5 14 ? ? 0.075 'SIDE CHAIN' 61 1 ARG J6 176 ? ? 0.110 'SIDE CHAIN' 62 1 ARG J7 14 ? ? 0.096 'SIDE CHAIN' 63 1 ARG J7 219 ? ? 0.099 'SIDE CHAIN' 64 1 ARG J8 219 ? ? 0.095 'SIDE CHAIN' 65 1 ARG J9 91 ? ? 0.082 'SIDE CHAIN' 66 1 ARG J9 210 ? ? 0.082 'SIDE CHAIN' 67 1 ARG K4 53 ? ? 0.121 'SIDE CHAIN' 68 1 ARG K4 61 ? ? 0.111 'SIDE CHAIN' 69 1 ARG K4 219 ? ? 0.101 'SIDE CHAIN' 70 1 ARG K5 61 ? ? 0.137 'SIDE CHAIN' 71 1 ARG K7 53 ? ? 0.084 'SIDE CHAIN' 72 1 ARG K7 204 ? ? 0.077 'SIDE CHAIN' 73 1 ARG K7 210 ? ? 0.121 'SIDE CHAIN' 74 1 ARG K8 53 ? ? 0.106 'SIDE CHAIN' 75 1 ARG K8 219 ? ? 0.121 'SIDE CHAIN' 76 1 ARG L2 261 ? ? 0.075 'SIDE CHAIN' 77 1 ARG L2 270 ? ? 0.090 'SIDE CHAIN' 78 1 ARG M2 191 ? ? 0.094 'SIDE CHAIN' 79 1 ARG N2 270 ? ? 0.091 'SIDE CHAIN' 80 1 ARG O2 145 ? 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_em_3d_fitting.ref_space RECIPROCAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details ;we used comparative proteomics (wt and mutants) plus cross-linked+MS data; AlphaFold-redicted Initial models; and crystallographic structures ; _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name Other _em_3d_fitting_list.type 'integrative model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 10LM _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;Further Density Modification with Phenix Resolve increased resolution to 3.2 angstroems and better resolved features in the cryoEM map ; _em_3d_reconstruction.resolution 3.5 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? 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