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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 3397 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.501 ? 4621 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.926 ? 498 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.043 ? 490 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 590 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 11HM _struct.title '1332D4-RBD KP3.1.1 Complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 11HM _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, KP3.1.1, Antibody, Complex, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 11HM 11HM ? 1 ? 1 2 PDB 11HM 11HM ? 2 ? 1 3 PDB 11HM 11HM ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 11HM B 1 ? 1258 ? 11HM 13 ? 1271 ? 13 1271 2 2 11HM D 1 ? 240 ? 11HM -18 ? 221 ? -18 221 3 3 11HM E 1 ? 234 ? 11HM -18 ? 214 ? -18 214 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PHE A 326 ? ASN A 331 ? PHE B 338 ASN B 343 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 337 ? TRP A 341 ? SER B 349 TRP B 353 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 TYR A 353 ? PHE A 359 ? TYR B 365 PHE B 371 1 ? 7 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 371 ? LEU A 375 ? SER B 383 LEU B 387 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 GLU A 394 ? ILE A 398 ? GLU B 406 ILE B 410 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY A 404 ? ASN A 410 ? GLY B 416 ASN B 422 1 ? 7 HELX_P HELX_P7 AA7 SER A 426 ? SER A 431 ? SER B 438 SER B 443 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO B 81 ? GLN B 84 ? PRO D 63 GLN D 66 5 ? 4 HELX_P HELX_P9 AA9 LYS B 106 ? THR B 110 ? LYS D 88 THR D 92 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 AB1 ASP B 119 ? TRP B 124 ? ASP D 101 TRP D 106 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 GLN C 98 ? PHE C 102 ? GLN E 79 PHE E 83 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 324 SG ? ? ? 1_555 A CYS 349 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 367 SG ? ? ? 1_555 A CYS 420 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 468 SG ? ? ? 1_555 A CYS 475 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 41 SG ? ? ? 1_555 B CYS 115 SG ? ? D CYS 22 D CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf5 disulf ? ? C CYS 42 SG ? ? ? 1_555 C CYS 107 SG ? ? E CYS 23 E CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? covale1 covale one ? A ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? B ASN 343 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 342 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? B ASN 354 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG D . ? ASN A 331 ? NAG B 1301 ? 1_555 ASN B 343 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 2 NAG E . ? ASN A 342 ? NAG B 1302 ? 1_555 ASN B 354 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 3 CYS A 324 ? CYS A 349 ? CYS B 336 ? 1_555 CYS B 361 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS A 367 ? CYS A 420 ? CYS B 379 ? 1_555 CYS B 432 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS A 468 ? CYS A 475 ? CYS B 480 ? 1_555 CYS B 488 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS B 41 ? CYS B 115 ? CYS D 22 ? 1_555 CYS D 97 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 7 CYS C 42 ? CYS C 107 ? CYS E 23 ? 1_555 CYS E 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id ALA _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 360 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id A _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id ALA _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 372 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id B _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 361 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 373 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 4.27 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASN A 342 ? ILE A 346 ? ASN B 354 ILE B 358 AA1 2 ASN A 382 ? LYS A 391 ? ASN B 394 LYS B 403 AA1 3 PRO A 494 ? GLU A 503 ? PRO B 507 GLU B 516 AA1 4 GLY A 419 ? ASN A 425 ? GLY B 431 ASN B 437 AA1 5 ALA A 364 ? CYS A 367 ? ALA B 376 CYS B 379 AA2 1 TRP A 440 ? ARG A 442 ? TRP B 452 ARG B 454 AA2 2 LEU A 479 ? SER A 481 ? LEU B 492 SER B 494 AA3 1 GLN B 22 ? GLN B 25 ? GLN D 3 GLN D 6 AA3 2 LEU B 37 ? SER B 44 ? LEU D 18 SER D 25 AA3 3 THR B 97 ? TRP B 102 ? THR D 79 TRP D 84 AA3 4 THR B 88 ? ASP B 92 ? THR D 70 ASP D 74 AA4 1 VAL B 30 ? LYS B 31 ? VAL D 11 LYS D 12 AA4 2 THR B 134 ? VAL B 138 ? THR D 115 VAL D 119 AA4 3 ALA B 111 ? VAL B 116 ? ALA D 93 VAL D 98 AA4 4 ILE B 53 ? GLN B 58 ? ILE D 35 GLN D 40 AA4 5 GLU B 65 ? ILE B 70 ? GLU D 47 ILE D 52 AA4 6 ARG B 78 ? TYR B 79 ? ARG D 60 TYR D 61 AA5 1 LEU C 23 ? THR C 24 ? LEU E 4 THR E 5 AA5 2 ALA C 38 ? ALA C 44 ? ALA E 19 ALA E 25 AA5 3 GLU C 89 ? ILE C 94 ? GLU E 70 ILE E 75 AA5 4 PHE C 81 ? SER C 86 ? PHE E 62 SER E 67 AA6 1 THR C 29 ? SER C 31 ? THR E 10 SER E 12 AA6 2 THR C 122 ? GLU C 125 ? THR E 102 GLU E 105 AA6 3 LEU C 104 ? GLN C 109 ? LEU E 85 GLN E 90 AA6 4 LEU C 52 ? GLN C 57 ? LEU E 33 GLN E 38 AA6 5 ARG C 64 ? ILE C 67 ? ARG E 45 ILE E 48 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N THR A 344 ? 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