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EMDB EMD-75978 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-09-30 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-09-30 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 11RL _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2026-03-10 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'CryoEM structure of the human origin recognition complex with DNA and CDC6 protein' _pdbx_database_related.db_id EMD-75978 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email leemor@cshl.edu _pdbx_contact_author.name_first Leemor _pdbx_contact_author.name_last Joshua-Tor _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-8185-8049 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Chouhan, O.P.' 1 0009-0009-6564-1427 'Joshua Tor, L.' 2 0000-0001-8185-8049 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Evolution of Origin Sequence and Recognition for Licensing of Eukaryotic DNA Replication' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Bauer, J.' 1 0000-0002-0771-0932 primary 'Zali, N.' 2 ? primary 'Chouhan, O.P.' 3 0009-0009-6564-1427 primary 'El Demerdash, O.' 4 ? primary 'Loell, K.' 5 ? primary 'Kinney, J.' 6 0000-0003-1897-3778 primary 'Joshua-Tor, L.' 7 0000-0001-8185-8049 primary 'Stillman, B.' 8 0000-0002-9453-4091 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Origin recognition complex subunit 2' 66063.375 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'Origin recognition complex subunit 4' 50443.266 1 ? ? ? 'No Tag, Native protein' 3 polymer syn 'DNA (29-MER)' 18630.834 1 ? ? ? ? 4 polymer syn 'DNA (29-MER)' 18364.727 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'Origin recognition complex subunit 1' 97556.914 1 ? ? ? ;N-terminal TwinStrep-SUMOstar-TEV tag, which was cleaved off using TEV protease, and G remained at the N-terminal after TEV cleavage. ; 6 polymer man 'Origin recognition complex subunit 3' 82422.109 1 ? ? ? ;N-terminal TwinStrep-SUMOstar-TEV tag, which was cleaved off using TEV protease, and G remained at the N-terminal after TEV cleavage. ; 7 polymer man 'Origin recognition complex subunit 5' 50349.934 1 ? ? ? ? 8 polymer man 'Cell division control protein 6 homolog' 62877.402 1 ? ? ? 'N-terminal 8XHis-SUMOstar-TEV tag, which was cleaved off using TEV protease, and G remained at the N-terminal after TEV cleavage.' 9 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 4 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 5 'Replication control protein 1' 6 'Origin recognition complex subunit Latheo' 8 'CDC6-related protein,Cdc18-related protein,HsCdc18,p62(cdc6),HsCDC6' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSKPELKEDKMLEVHFVGDDDVLNHILDREGGAKLKKERAQLLVNPKKIIKKPEYDLEEDDQEVLKDQNYVEIMGRDVQE SLKNGSATGGGNKVYSFQNRKHSEKMAKLASELAKTPQKSVSFSLKNDPEITINVPQSSKGHSASDKVQPKNNDKSEFLS TAPRSLRKRLIVPRSHSDSESEYSASNSEDDEGVAQEHEEDTNAVIFSQKIQAQNRVVSAPVGKETPSKRMKRDKTSDLV 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;MSSRKSKSNSLIHTECLSQVQRILRERFCRQSPHSNLFGVQVQYKHLSELLKRTALHGESNSVLIIGPRGSGKTMLINHA LKELMEIEEVSENVLQVHLNGLLQINDKIALKEITRQLNLENVVGDKVFGSFAENLSFLLEALKKGDRTSSCPVIFILDE FDLFAHHKNQTLLYNLFDISQSAQTPIAVIGLTCRLDILELLEKRVKSRFSHRQIHLMNSFGFPQYVKIFKEQLSLPAEF PDKVFAEKWNENVQYLSEDRSVQEVLQKHFNISKNLRSLHMLLMLALNRVTASHPFMTAVDLMEASQLCSMDSKANIVHG LSVLEICLIIAMKHLNDIYEEEPFNFQMVYNEFQKFVQRKAHSVYNFEKPVVMKAFEHLQQLELIKPMERTSGNSQREYQ LMKLLLDNTQIMNALQKYPNCPTDVRQWATSSLSWL ; ;MSSRKSKSNSLIHTECLSQVQRILRERFCRQSPHSNLFGVQVQYKHLSELLKRTALHGESNSVLIIGPRGSGKTMLINHA LKELMEIEEVSENVLQVHLNGLLQINDKIALKEITRQLNLENVVGDKVFGSFAENLSFLLEALKKGDRTSSCPVIFILDE FDLFAHHKNQTLLYNLFDISQSAQTPIAVIGLTCRLDILELLEKRVKSRFSHRQIHLMNSFGFPQYVKIFKEQLSLPAEF PDKVFAEKWNENVQYLSEDRSVQEVLQKHFNISKNLRSLHMLLMLALNRVTASHPFMTAVDLMEASQLCSMDSKANIVHG LSVLEICLIIAMKHLNDIYEEEPFNFQMVYNEFQKFVQRKAHSVYNFEKPVVMKAFEHLQQLELIKPMERTSGNSQREYQ LMKLLLDNTQIMNALQKYPNCPTDVRQWATSSLSWL ; D NP_859525.1 3 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG) (DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC) ; GGGCTGCTGCTGCGGAGAGTGCGCTGGGTCTCTCCCGTGGTATGCGCGCGGGGACCATAC H ? 4 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA) (DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC) ; GTATGGTCCCCGCGCGCATACCACGGGAGAGACCCAGCGCACTCTCCGCAGCAGCAGCCC I ? 5 'polypeptide(L)' no no ;GMAHYPTRLKTRKTYSWVGRPLLDRKLHYQTYREMCVKTEGCSTEIHIQIGQFVLIEGDDDENPYVAKLLELFEDDSDPP PKKRARVQWFVRFCEVPACKRHLLGRKPGAQEIFWYDYPACDSNINAETIIGLVRVIPLAPKDVVPTNLKNEKTLFVKLS WNEKKFRPLSSELFAELNKPQESAAKCQKPVRAKSKSAESPSWTPAEHVAKRIESRHSASKSRQTPTHPLTPRARKRLEL 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TRIAASKTIDIREERTLTPISGGQRSSVVPSVILKPENIKKRDAKEAKAQNEATSTPHRIRRKSSVLTMNRIRQQLRFLG NSKSDQEEKEILPAAEISDSSSDEEEASTPPLPRRAPRTVSRNLRSSLKSSLHTLTKVPKKSLKPRTPRCAAPQIRSRSL AAQEPASVLEEARLRLHVSAVPESLPCREQEFQDIYNFVESKLLDHTGGCMYISGVPGTGKTATVHEVIRCLQQAAQAND VPPFQYIEVNGMKLTEPHQVYVQILQKLTGQKATANHAAELLAKQFCTRGSPQETTVLLVDELDLLWTHKQDIMYNLFDW PTHKEARLVVLAIANTMDLPERIMMNRVSSRLGLTRMCFQPYTYSQLQQILRSRLKHLKAFEDDAIQLVARKVAALSGDA RRCLDICRRATEICEFSQQKPDSPGLVTIAHSMEAVDEMFSSSYITAIKNSSVLEQSFLRAILAEFRRSGLEEATFQQIY SQHVALCRMEGLPYPTMSETMAVCSHLGSCRLLLVEPSRNDLLLRVRLNVSQDDVLYALKDE ; A NP_004144.2 6 'polypeptide(L)' no no ;GMATSSMSKGCFVFKPNSKKRKISLPIEDYFNKGKNEPEDSKLRFETYQLIWQQMKSENERLQEELNKNLFDNLIEFLQK SHSGFQKNSRDLGGQIKLREIPTAALVLGVNVTDHDLTFGSLTEALQNNVTPYVVSLQAKDCPDMKHFLQKLISQLMDCC VDIKSKEEESVHVTQRKTHYSMDSLSSWYMTVTQKTDPKMLSKKRTTSSQWQSPPVVVILKDMESFATKVLQDFIIISSQ HLHEFPLILIFGIATSPIIIHRLLPHAVSSLLCIELFQSLSCKEHLTTVLDKLLLTTQFPFKINEKVLQVLTNIFLYHDF SVQNFIKGLQLSLLEHFYSQPLSVLCCNLPEAKRRINFLSNNQCENIRRLPSFRRYVEKQASEKQVALLTNERYLKEETQ 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SRLINLVDWSEAFATVVTAAEKMDANSATSEEMNEIIHARFIRAVSELELLGFIKPTKQKTDHVARLTWGGC ; C NP_862820.1 7 'polypeptide(L)' no no ;MPHLENVVLCRESQVSILQSLFGERHHFSFPSIFIYGHTASGKTYVTQTLLKTLELPHVFVNCVECFTLRLLLEQILNKL NHLSSSEDGCSTEITCETFNDFVRLFKQVTTAENLKDQTVYIVLDKAEYLRDMEANLLPGFLRLQELADRNVTVLFLSEI VWEKFRPNTGCFEPFVLYFPDYSIGNLQKILSHDHPPEYSADFYAAYINILLGVFYTVCRDLKELRHLAVLNFPKYCEPV VKGEASERDTRKLWRNIEPHLKKAMQTVYLREISSSQWEKLQKDDTDPGQLKGLSAHTHVELPYYSKFILIAAYLASYNP ARTDKRFFLKHHGKIKKTNFLKKHEKTSNHLLGPKPFPLDRLLAILYSIVDSRVAPTANIFSQITSLVTLQLLTLVGHDD QLDGPKYKCTVSLDFIRAIARTVNFDIIKYLYDFL ; ;MPHLENVVLCRESQVSILQSLFGERHHFSFPSIFIYGHTASGKTYVTQTLLKTLELPHVFVNCVECFTLRLLLEQILNKL NHLSSSEDGCSTEITCETFNDFVRLFKQVTTAENLKDQTVYIVLDKAEYLRDMEANLLPGFLRLQELADRNVTVLFLSEI VWEKFRPNTGCFEPFVLYFPDYSIGNLQKILSHDHPPEYSADFYAAYINILLGVFYTVCRDLKELRHLAVLNFPKYCEPV VKGEASERDTRKLWRNIEPHLKKAMQTVYLREISSSQWEKLQKDDTDPGQLKGLSAHTHVELPYYSKFILIAAYLASYNP ARTDKRFFLKHHGKIKKTNFLKKHEKTSNHLLGPKPFPLDRLLAILYSIVDSRVAPTANIFSQITSLVTLQLLTLVGHDD QLDGPKYKCTVSLDFIRAIARTVNFDIIKYLYDFL ; E NP_002544.1 8 'polypeptide(L)' no no ;GMPQTRSQAQATISFPKRKLSRALNKAKNSSDAKLEPTNVQTVTCSPRVKALPLSPRKRLGDDNLCNTPHLPPCSPPKQG KKENGPPHSHTLKGRRLVFDNQLTIKSPSKRELAKVHQNKILSSVRKSQEITTNSEQRCPLKKESACVRLFKQEGTCYQQ AKLVLNTAVPDRLPAREREMDVIRNFLREHICGKKAGSLYLSGAPGTGKTACLSRILQDLKKELKGFKTIMLNCMSLRTA QAVFPAIAQEICQEEVSRPAGKDMMRKLEKHMTAEKGPMIVLVLDEMDQLDSKGQDVLYTLFEWPWLSNSHLVLIGIANT LDLTDRILPRLQAREKCKPQLLNFPPYTRNQIVTILQDRLNQVSRDQVLDNAAVQFCARKVSAVSGDVRKALDVCRRAIE IVESDVKSQTILKPLSECKSPSEPLIPKRVGLIHISQVISEVDGNRMTLSQEGAQDSFPLQQKILVCSLMLLIRQLKIKE VTLGKLYEAYSKVCRKQQVAAVDQSECLSLSGLLEARGILGLKRNKETRLTKVFFKIEEKEIEHALKDKALIGNILATGL P ; ;GMPQTRSQAQATISFPKRKLSRALNKAKNSSDAKLEPTNVQTVTCSPRVKALPLSPRKRLGDDNLCNTPHLPPCSPPKQG KKENGPPHSHTLKGRRLVFDNQLTIKSPSKRELAKVHQNKILSSVRKSQEITTNSEQRCPLKKESACVRLFKQEGTCYQQ AKLVLNTAVPDRLPAREREMDVIRNFLREHICGKKAGSLYLSGAPGTGKTACLSRILQDLKKELKGFKTIMLNCMSLRTA QAVFPAIAQEICQEEVSRPAGKDMMRKLEKHMTAEKGPMIVLVLDEMDQLDSKGQDVLYTLFEWPWLSNSHLVLIGIANT LDLTDRILPRLQAREKCKPQLLNFPPYTRNQIVTILQDRLNQVSRDQVLDNAAVQFCARKVSAVSGDVRKALDVCRRAIE IVESDVKSQTILKPLSECKSPSEPLIPKRVGLIHISQVISEVDGNRMTLSQEGAQDSFPLQQKILVCSLMLLIRQLKIKE VTLGKLYEAYSKVCRKQQVAAVDQSECLSLSGLLEARGILGLKRNKETRLTKVFFKIEEKEIEHALKDKALIGNILATGL P ; G HGNC-1744 # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 9 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP 10 'MAGNESIUM ION' MG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 LYS n 1 4 PRO n 1 5 GLU n 1 6 LEU n 1 7 LYS n 1 8 GLU n 1 9 ASP n 1 10 LYS n 1 11 MET n 1 12 LEU n 1 13 GLU n 1 14 VAL n 1 15 HIS n 1 16 PHE n 1 17 VAL n 1 18 GLY n 1 19 ASP n 1 20 ASP n 1 21 ASP n 1 22 VAL n 1 23 LEU n 1 24 ASN n 1 25 HIS n 1 26 ILE n 1 27 LEU n 1 28 ASP n 1 29 ARG n 1 30 GLU n 1 31 GLY n 1 32 GLY n 1 33 ALA n 1 34 LYS n 1 35 LEU n 1 36 LYS n 1 37 LYS n 1 38 GLU n 1 39 ARG n 1 40 ALA n 1 41 GLN n 1 42 LEU n 1 43 LEU n 1 44 VAL n 1 45 ASN n 1 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 577 human ? 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'expression tag' 0 3 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 268 ? 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ASP D 259 SER D 273 1 ? 15 HELX_P HELX_P30 AD3 ASN B 275 ? ASN B 288 ? ASN D 275 ASN D 288 1 ? 14 HELX_P HELX_P31 AD4 THR B 298 ? SER B 310 ? THR D 298 SER D 310 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP B 312 ? GLY B 320 ? ASP D 312 GLY D 320 1 ? 9 HELX_P HELX_P33 AD6 SER B 322 ? TYR B 339 ? SER D 322 TYR D 339 1 ? 18 HELX_P HELX_P34 AD7 ASN B 345 ? ARG B 359 ? ASN D 345 ARG D 359 1 ? 15 HELX_P HELX_P35 AD8 GLU B 368 ? LEU B 382 ? GLU D 368 LEU D 382 1 ? 15 HELX_P HELX_P36 AD9 ASP B 407 ? LYS B 417 ? ASP D 407 LYS D 417 1 ? 11 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO B 422 ? SER B 431 ? PRO D 422 SER D 431 1 ? 10 HELX_P HELX_P38 AE2 SER E 487 ? HIS E 497 ? SER A 486 HIS A 496 1 ? 11 HELX_P HELX_P39 AE3 ARG E 508 ? ASP E 525 ? ARG A 507 ASP A 524 1 ? 18 HELX_P HELX_P40 AE4 GLY E 540 ? ALA E 558 ? GLY A 539 ALA A 557 1 ? 19 HELX_P HELX_P41 AE5 MET E 572 ? LEU E 574 ? MET A 571 LEU A 573 5 ? 3 HELX_P HELX_P42 AE6 GLU E 576 ? HIS E 578 ? GLU A 575 HIS A 577 5 ? 3 HELX_P HELX_P43 AE7 GLN E 579 ? THR E 589 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog66 hydrog ? ? C DT 41 N3 ? ? ? 1_555 D DA 20 N1 ? ? H DT 25 I DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog67 hydrog ? ? C DT 41 O4 ? ? ? 1_555 D DA 20 N6 ? ? H DT 25 I DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog68 hydrog ? ? C DA 42 N1 ? ? ? 1_555 D DT 19 N3 ? ? H DA 26 I DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog69 hydrog ? ? C DA 42 N6 ? ? ? 1_555 D DT 19 O4 ? ? H DA 26 I DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog70 hydrog ? ? C DT 43 N3 ? ? ? 1_555 D DA 18 N1 ? ? H DT 27 I DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog71 hydrog ? ? C DT 43 O4 ? ? ? 1_555 D DA 18 N6 ? ? H DT 27 I DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog72 hydrog ? ? C DG 44 N1 ? ? ? 1_555 D DC 17 N3 ? ? H DG 28 I DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog73 hydrog ? ? C DG 44 N2 ? ? ? 1_555 D DC 17 O2 ? ? H DG 28 I DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog74 hydrog ? ? C DG 44 O6 ? ? ? 1_555 D DC 17 N4 ? ? H DG 28 I DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? 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O TYR B 446 N VAL A 312 ? N VAL B 312 AA1 2 3 N LEU A 313 ? N LEU B 313 O ILE A 424 ? O ILE B 424 AA1 3 4 O TYR A 419 ? O TYR B 419 N LEU A 388 ? N LEU B 388 AA1 4 5 O PHE A 389 ? O PHE B 389 N VAL A 337 ? N VAL B 337 AA1 5 6 N VAL A 338 ? N VAL B 338 O PHE F 12 ? O PHE C 11 AA2 1 2 N LEU A 511 ? N LEU B 511 O LEU A 557 ? O LEU B 557 AA2 2 3 O LEU A 558 ? O LEU B 558 N ARG A 546 ? N ARG B 546 AA3 1 2 N LEU B 95 ? N LEU D 95 O ILE B 155 ? O ILE D 155 AA3 2 3 N LEU B 158 ? N LEU D 158 O ILE B 190 ? O ILE D 190 AA3 3 4 O GLY B 191 ? O GLY D 191 N ILE B 65 ? N ILE D 65 AA3 4 5 N LEU B 64 ? N LEU D 64 O ILE B 215 ? O ILE D 215 AA4 1 2 N VAL B 124 ? N VAL D 124 O LYS B 127 ? O LYS D 127 AA5 1 2 N LYS B 386 ? N LYS D 386 O LYS B 403 ? O LYS D 403 AA6 1 2 N VAL E 569 ? N VAL A 568 O LEU E 619 ? O LEU A 618 AA6 2 3 N LEU E 618 ? N LEU A 617 O VAL E 649 ? O VAL A 648 AA6 3 4 O VAL E 650 ? O VAL A 649 N GLY E 529 ? N GLY A 528 AA6 4 5 N TYR E 532 ? N TYR A 531 O MET E 677 ? O MET A 676 AA7 1 2 N ALA E 794 ? N ALA A 793 O VAL E 846 ? O VAL A 845 AA7 2 3 O ARG E 847 ? O ARG A 846 N LEU E 834 ? N LEU A 833 AA8 1 2 N LEU F 137 ? N LEU C 136 O ILE F 219 ? O ILE C 218 AA8 2 3 N VAL F 218 ? N VAL C 217 O ILE F 248 ? O ILE C 247 AA8 3 4 O PHE F 251 ? O PHE C 250 N ALA F 104 ? N ALA C 103 AA8 4 5 N ILE F 101 ? N ILE C 100 O CYS F 273 ? O CYS C 272 AA9 1 2 N LYS F 302 ? N LYS C 301 O PHE F 582 ? O PHE C 581 AB1 1 2 N ILE F 644 ? N ILE C 643 O VAL F 704 ? O VAL C 703 AB1 2 3 O ALA F 705 ? O ALA C 704 N LYS F 695 ? N LYS C 694 AB2 1 2 N VAL G 59 ? N VAL E 59 O VAL G 123 ? O VAL E 123 AB2 2 3 N LEU G 124 ? N LEU E 124 O LEU G 155 ? O LEU E 155 AB2 3 4 O PHE G 156 ? O PHE E 156 N ILE G 35 ? N ILE E 35 AB2 4 5 N PHE G 34 ? N PHE E 34 O LEU G 177 ? O LEU E 177 AB3 1 2 N PHE G 357 ? N PHE E 357 O TYR G 407 ? O TYR E 407 AB3 2 3 O LYS G 408 ? O LYS E 408 N THR G 394 ? N THR E 394 AB4 1 2 N ILE H 230 ? N ILE G 229 O VAL H 283 ? O VAL G 282 AB4 2 3 N ILE H 280 ? N ILE G 279 O VAL H 313 ? O VAL G 312 AB4 3 4 O LEU H 314 ? O LEU G 313 N LEU H 199 ? N LEU G 198 AB4 4 5 N SER H 202 ? N SER G 201 O PHE H 344 ? O PHE G 343 AB5 1 2 N VAL H 481 ? N VAL G 480 O VAL H 533 ? O VAL G 532 AB5 2 3 O LYS H 532 ? O LYS G 531 N LYS H 523 ? N LYS G 522 # _pdbx_entry_details.entry_id 11RL _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # _pdbx_validate_rmsd_angle.id 1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 "O4'" _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 H _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 DG _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 10 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 "C1'" _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 H _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 DG _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 10 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 N9 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 H _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 DG _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 10 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value 110.25 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value 108.30 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation 1.95 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation 0.30 _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASN B 428 ? ? -98.65 33.02 2 1 GLU D 89 ? ? 46.16 28.38 3 1 ASN D 169 ? ? 65.08 -0.03 4 1 ASP D 197 ? ? -99.69 33.13 5 1 LEU D 217 ? ? -93.58 53.88 6 1 ALA D 361 ? ? 57.51 -137.01 7 1 ASP A 840 ? ? 57.62 -119.17 8 1 PRO C 15 ? ? -69.77 -174.57 9 1 THR C 254 ? ? -128.68 -166.11 10 1 PRO C 427 ? ? -81.34 41.46 11 1 LYS C 445 ? ? 55.96 -148.55 12 1 PRO E 167 ? ? -69.46 -177.70 13 1 LEU G 164 ? ? -96.39 59.43 14 1 TRP G 305 ? ? -93.67 54.90 15 1 ASP G 321 ? ? 39.10 50.02 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 11RL _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details 'Initial local fitting was done using Chimera, and then Coot was used for flexible fitting and model building.' _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 7JPS _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 7JPS _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 # _em_3d_reconstruction.entry_id 11RL _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.8 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.5 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 130819 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '25 mM HEPES pH 7.5, 100 mM KCl, 2 mM DTT, 0.05% LMNG' _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Human ORC subunits (1-5) and Human CDC6 protein complex with 60bp DNA' _em_entity_assembly.details ;Purified proteins were mixed with 60bp DNA in glycerol-free buffer containing ATP analogs and magnesium acetate. ORC:CDC6:DNA molar ratio of 1:2:3. Final protein concentration of 1 mg/mL, with 0.05% lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG). Blotted using a Leica EM GP2 automatic plunge freezer. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8' # _em_imaging.entry_id 11RL _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 600 _em_imaging.nominal_defocus_max 2200 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R0.6/1' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 11RL _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 90 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 298 _em_vitrification.instrument 'LEICA EM GP' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ;The sample was applied to a glow-discharged Quantifoil R 0.6/1 300 mesh copper grid (previously washed with ethyl acetate), incubated for 10 seconds, blotted for 3 seconds, and plunged into liquid ethane using a Leica Automatic Plunge Freezer EM GP2. ; # _em_experiment.entry_id 11RL _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 B MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 B SER 2 ? A SER 2 3 1 Y 1 B LYS 3 ? A LYS 3 4 1 Y 1 B PRO 4 ? A PRO 4 5 1 Y 1 B GLU 5 ? A GLU 5 6 1 Y 1 B LEU 6 ? A LEU 6 7 1 Y 1 B LYS 7 ? A LYS 7 8 1 Y 1 B GLU 8 ? A GLU 8 9 1 Y 1 B ASP 9 ? A ASP 9 10 1 Y 1 B LYS 10 ? A LYS 10 11 1 Y 1 B MET 11 ? A MET 11 12 1 Y 1 B LEU 12 ? A LEU 12 13 1 Y 1 B GLU 13 ? A GLU 13 14 1 Y 1 B VAL 14 ? A VAL 14 15 1 Y 1 B HIS 15 ? A HIS 15 16 1 Y 1 B PHE 16 ? A PHE 16 17 1 Y 1 B VAL 17 ? A VAL 17 18 1 Y 1 B GLY 18 ? A GLY 18 19 1 Y 1 B ASP 19 ? A ASP 19 20 1 Y 1 B ASP 20 ? A ASP 20 21 1 Y 1 B ASP 21 ? A ASP 21 22 1 Y 1 B VAL 22 ? A VAL 22 23 1 Y 1 B LEU 23 ? A LEU 23 24 1 Y 1 B ASN 24 ? A ASN 24 25 1 Y 1 B HIS 25 ? A HIS 25 26 1 Y 1 B ILE 26 ? A ILE 26 27 1 Y 1 B LEU 27 ? A LEU 27 28 1 Y 1 B ASP 28 ? A ASP 28 29 1 Y 1 B ARG 29 ? A ARG 29 30 1 Y 1 B GLU 30 ? A GLU 30 31 1 Y 1 B GLY 31 ? A GLY 31 32 1 Y 1 B GLY 32 ? A GLY 32 33 1 Y 1 B ALA 33 ? A ALA 33 34 1 Y 1 B LYS 34 ? A LYS 34 35 1 Y 1 B LEU 35 ? A LEU 35 36 1 Y 1 B LYS 36 ? A LYS 36 37 1 Y 1 B LYS 37 ? A LYS 37 38 1 Y 1 B GLU 38 ? A GLU 38 39 1 Y 1 B ARG 39 ? A ARG 39 40 1 Y 1 B ALA 40 ? A ALA 40 41 1 Y 1 B GLN 41 ? A GLN 41 42 1 Y 1 B LEU 42 ? A LEU 42 43 1 Y 1 B LEU 43 ? A LEU 43 44 1 Y 1 B VAL 44 ? A VAL 44 45 1 Y 1 B ASN 45 ? A ASN 45 46 1 Y 1 B PRO 46 ? A PRO 46 47 1 Y 1 B LYS 47 ? A LYS 47 48 1 Y 1 B LYS 48 ? A LYS 48 49 1 Y 1 B ILE 49 ? A ILE 49 50 1 Y 1 B ILE 50 ? A ILE 50 51 1 Y 1 B LYS 51 ? A LYS 51 52 1 Y 1 B LYS 52 ? A LYS 52 53 1 Y 1 B PRO 53 ? A PRO 53 54 1 Y 1 B GLU 54 ? A GLU 54 55 1 Y 1 B TYR 55 ? A TYR 55 56 1 Y 1 B ASP 56 ? A ASP 56 57 1 Y 1 B LEU 57 ? A LEU 57 58 1 Y 1 B GLU 58 ? A GLU 58 59 1 Y 1 B GLU 59 ? A GLU 59 60 1 Y 1 B ASP 60 ? A ASP 60 61 1 Y 1 B ASP 61 ? A ASP 61 62 1 Y 1 B GLN 62 ? A GLN 62 63 1 Y 1 B GLU 63 ? A GLU 63 64 1 Y 1 B VAL 64 ? A VAL 64 65 1 Y 1 B LEU 65 ? A LEU 65 66 1 Y 1 B LYS 66 ? A LYS 66 67 1 Y 1 B ASP 67 ? A ASP 67 68 1 Y 1 B GLN 68 ? A GLN 68 69 1 Y 1 B ASN 69 ? A ASN 69 70 1 Y 1 B TYR 70 ? 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270 DT N3 C4 sing N N 271 DT N3 H3 sing N N 272 DT C4 O4 doub N N 273 DT C4 C5 sing N N 274 DT C5 C7 sing N N 275 DT C5 C6 doub N N 276 DT C7 H71 sing N N 277 DT C7 H72 sing N N 278 DT C7 H73 sing N N 279 DT C6 H6 sing N N 280 GLN N CA sing N N 281 GLN N H sing N N 282 GLN N H2 sing N N 283 GLN CA C sing N N 284 GLN CA CB sing N N 285 GLN CA HA sing N N 286 GLN C O doub N N 287 GLN C OXT sing N N 288 GLN CB CG sing N N 289 GLN CB HB2 sing N N 290 GLN CB HB3 sing N N 291 GLN CG CD sing N N 292 GLN CG HG2 sing N N 293 GLN CG HG3 sing N N 294 GLN CD OE1 doub N N 295 GLN CD NE2 sing N N 296 GLN NE2 HE21 sing N N 297 GLN NE2 HE22 sing N N 298 GLN OXT HXT sing N N 299 GLU N CA sing N N 300 GLU N H sing N N 301 GLU N H2 sing N N 302 GLU CA C sing N N 303 GLU CA CB sing N N 304 GLU CA HA sing N N 305 GLU C O doub N N 306 GLU C OXT sing N N 307 GLU CB CG sing N N 308 GLU CB HB2 sing N N 309 GLU CB HB3 sing N N 310 GLU CG CD sing N N 311 GLU CG HG2 sing N N 312 GLU CG HG3 sing N N 313 GLU CD OE1 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sing N N 357 ILE CB HB sing N N 358 ILE CG1 CD1 sing N N 359 ILE CG1 HG12 sing N N 360 ILE CG1 HG13 sing N N 361 ILE CG2 HG21 sing N N 362 ILE CG2 HG22 sing N N 363 ILE CG2 HG23 sing N N 364 ILE CD1 HD11 sing N N 365 ILE CD1 HD12 sing N N 366 ILE CD1 HD13 sing N N 367 ILE OXT HXT sing N N 368 LEU N CA sing N N 369 LEU N H sing N N 370 LEU N H2 sing N N 371 LEU CA C sing N N 372 LEU CA CB sing N N 373 LEU CA HA sing N N 374 LEU C O doub N N 375 LEU C OXT sing N N 376 LEU CB CG sing N N 377 LEU CB HB2 sing N N 378 LEU CB HB3 sing N N 379 LEU CG CD1 sing N N 380 LEU CG CD2 sing N N 381 LEU CG HG sing N N 382 LEU CD1 HD11 sing N N 383 LEU CD1 HD12 sing N N 384 LEU CD1 HD13 sing N N 385 LEU CD2 HD21 sing N N 386 LEU CD2 HD22 sing N N 387 LEU CD2 HD23 sing N N 388 LEU OXT HXT sing N N 389 LYS N CA sing N N 390 LYS N H sing N N 391 LYS N H2 sing N N 392 LYS CA C sing N N 393 LYS CA CB sing N N 394 LYS CA HA sing N N 395 LYS C O doub N N 396 LYS C OXT sing N N 397 LYS CB CG sing N N 398 LYS CB HB2 sing N N 399 LYS CB HB3 sing N N 400 LYS CG CD sing N N 401 LYS CG HG2 sing N N 402 LYS CG HG3 sing N N 403 LYS CD CE sing N N 404 LYS CD HD2 sing N N 405 LYS CD HD3 sing N N 406 LYS CE NZ sing N N 407 LYS CE HE2 sing N N 408 LYS CE HE3 sing N N 409 LYS NZ HZ1 sing N N 410 LYS NZ HZ2 sing N N 411 LYS NZ HZ3 sing N N 412 LYS OXT HXT sing N N 413 MET N CA sing N N 414 MET N H sing N N 415 MET N H2 sing N N 416 MET CA C sing N N 417 MET CA CB sing N N 418 MET CA HA sing N N 419 MET C O doub N N 420 MET C OXT sing N N 421 MET CB CG sing N N 422 MET CB HB2 sing N N 423 MET CB HB3 sing N N 424 MET CG SD sing N N 425 MET CG HG2 sing N N 426 MET CG HG3 sing N N 427 MET SD CE sing N N 428 MET CE HE1 sing N N 429 MET CE HE2 sing N N 430 MET CE HE3 sing N N 431 MET OXT HXT sing N N 432 PHE N CA sing N N 433 PHE N H sing N N 434 PHE N H2 sing N N 435 PHE CA C sing N N 436 PHE CA CB sing N N 437 PHE CA HA sing N N 438 PHE C O doub N N 439 PHE C OXT sing N N 440 PHE CB CG sing N N 441 PHE CB HB2 sing N N 442 PHE CB HB3 sing N N 443 PHE CG CD1 doub Y N 444 PHE CG CD2 sing Y N 445 PHE CD1 CE1 sing Y N 446 PHE CD1 HD1 sing N N 447 PHE CD2 CE2 doub Y N 448 PHE CD2 HD2 sing N N 449 PHE CE1 CZ doub Y N 450 PHE CE1 HE1 sing N N 451 PHE CE2 CZ sing Y N 452 PHE CE2 HE2 sing N N 453 PHE CZ HZ sing N N 454 PHE OXT HXT sing N N 455 PRO N CA sing N N 456 PRO N CD sing N N 457 PRO N H sing N N 458 PRO CA C sing N N 459 PRO CA CB sing N N 460 PRO CA HA sing N N 461 PRO C O doub N N 462 PRO C OXT sing N N 463 PRO CB CG sing N N 464 PRO CB HB2 sing N N 465 PRO CB HB3 sing N N 466 PRO CG CD sing N N 467 PRO CG HG2 sing N N 468 PRO CG HG3 sing N N 469 PRO CD HD2 sing N N 470 PRO CD HD3 sing N N 471 PRO OXT HXT sing N N 472 SER N CA sing N N 473 SER N H sing N N 474 SER N H2 sing N N 475 SER CA C sing N N 476 SER CA CB sing N N 477 SER CA HA sing N N 478 SER C O doub N N 479 SER C OXT sing N N 480 SER CB OG sing N N 481 SER CB HB2 sing N N 482 SER CB HB3 sing N N 483 SER OG HG sing N N 484 SER 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sing N N 569 VAL CG2 HG23 sing N N 570 VAL OXT HXT sing N N 571 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2026-03-10 _em_admin.deposition_site RCSB _em_admin.entry_id 11RL _em_admin.last_update 2026-09-30 _em_admin.map_release_date 2026-09-30 _em_admin.title 'CryoEM structure of the human origin recognition complex with DNA and CDC6 protein' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 100 mM KCl 1 'Pottesium chloride' 1 25 mM C8H18N2O4S 2 HEPES 1 2 mM C4H10O2S2 3 DTT # _em_ctf_correction.details ;CTF correction was done first in WARP during exposure/micrograph pre-processing, and re-corrected during the final refinements/reconstruction of the map in cryoSPARC ; _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.408 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 7108 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Spodoptera frugiperda' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid 'DH10 MultiBac' _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 43.2 _em_image_recording.details ;Cryo-electron microscopy data were collected using an FEI/ThermoFisher Titan Krios TEM operating at 300 keV. A Gatan K3 direct electron detector, equipped with a BioQuantum energy filter, was utilized to semi-automatically collect dose-fractionated movies using ThermoFisher EPU data collection software. ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images 7088 # _em_particle_selection.details ;Particle picking used a BoxNet pre-trained neural network implemented in TensorFlow, with a particle diameter of 180 angstrom and a threshold score of 0.5 ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected ? _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version _em_software.reference_DOI 'PARTICLE SELECTION' 'BoxNet functionality was used to pick particles.' 1 1 ? ? Warp 1.0.9 ? 'PARTICLE SELECTION' 'cryoSPARC was used for 2D classification and sorting of WARP-picked particle sets.' 2 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? 'IMAGE ACQUISITION' 'WARP was utilized for motion correction, CTF estimation, micrograph generation, particle picking, and particle stack generation' 3 ? ? 1 Warp 1.0.9 ? 'IMAGE ACQUISITION' 'EPU was used for semi-automatic collection of exposures from chosen grid squares.' 4 ? ? 1 EPU ? ? MASKING ? 5 ? ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' 'WARP did inital CTF estimation and correction to whole micrographs and particle stacks' 6 1 ? ? Warp 1.0.9 ? 'LAYERLINE INDEXING' ? 7 ? ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 8 ? ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 9 ? 1 ? Coot 0.9.8.95 ? OTHER ? 10 ? ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' 'cryoSPARC heterogeneous refinement was used for initial angular assignment' 11 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 12 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? CLASSIFICATION 'Non-uniform refinement was carried out for the final reconstruction.' 13 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? RECONSTRUCTION ? 14 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? 'MODEL REFINEMENT' ? 15 ? 1 ? PHENIX 1.21.2_5419 ? # _em_specimen.concentration 1.0 _em_specimen.details 'Pre-incubated in assembly buffer (50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM KCl, 5 mM Mg(OAc)2, 2 mM DTT) for 20 minutes' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 11RL 'double helix' 11RL 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 C DG 17 1_555 D DC 44 1_555 -0.245 -0.209 -0.705 -5.862 -7.872 2.030 1 H_DG1:DC29_I H 1 ? I 29 ? 19 1 1 C DA 18 1_555 D DT 43 1_555 0.187 -0.442 -1.499 -10.372 -7.142 1.031 2 H_DA2:DT28_I H 2 ? I 28 ? 20 1 1 C DG 19 1_555 D DC 42 1_555 -0.184 -0.342 -1.273 -12.032 -3.180 0.346 3 H_DG3:DC27_I H 3 ? I 27 ? 19 1 1 C DT 20 1_555 D DA 41 1_555 -0.089 -0.217 -0.637 -5.358 0.373 -2.076 4 H_DT4:DA26_I H 4 ? I 26 ? 20 1 1 C DG 21 1_555 D DC 40 1_555 -0.197 -0.129 0.050 -4.367 0.850 0.357 5 H_DG5:DC25_I H 5 ? I 25 ? 19 1 1 C DC 22 1_555 D DG 39 1_555 0.193 -0.156 0.384 -0.976 0.546 -0.451 6 H_DC6:DG24_I H 6 ? I 24 ? 19 1 1 C DG 23 1_555 D DC 38 1_555 -0.202 -0.207 0.601 0.478 1.464 0.764 7 H_DG7:DC23_I H 7 ? I 23 ? 19 1 1 C DC 24 1_555 D DG 37 1_555 0.196 -0.163 0.409 -0.198 1.955 0.530 8 H_DC8:DG22_I H 8 ? I 22 ? 19 1 1 C DT 25 1_555 D DA 36 1_555 -0.067 -0.205 0.621 1.071 1.329 1.780 9 H_DT9:DA21_I H 9 ? I 21 ? 20 1 1 C DG 26 1_555 D DC 35 1_555 -0.196 -0.229 0.779 1.824 1.991 1.365 10 H_DG10:DC20_I H 10 ? I 20 ? 19 1 1 C DG 27 1_555 D DC 34 1_555 -0.177 -0.222 0.764 2.686 0.104 -0.666 11 H_DG11:DC19_I H 11 ? I 19 ? 19 1 1 C DG 28 1_555 D DC 33 1_555 -0.198 -0.239 0.747 -0.706 -0.993 -0.039 12 H_DG12:DC18_I H 12 ? I 18 ? 19 1 1 C DT 29 1_555 D DA 32 1_555 -0.120 -0.226 0.693 -1.263 -0.980 -0.249 13 H_DT13:DA17_I H 13 ? I 17 ? 20 1 1 C DC 30 1_555 D DG 31 1_555 0.201 -0.240 0.735 1.272 0.691 0.479 14 H_DC14:DG16_I H 14 ? I 16 ? 19 1 1 C DT 31 1_555 D DA 30 1_555 -0.154 -0.303 0.936 1.311 -0.229 -1.733 15 H_DT15:DA15_I H 15 ? I 15 ? 20 1 1 C DC 32 1_555 D DG 29 1_555 0.178 -0.277 0.814 2.586 0.127 -0.766 16 H_DC16:DG14_I H 16 ? I 14 ? 19 1 1 C DT 33 1_555 D DA 28 1_555 -0.083 -0.231 0.685 3.284 -1.716 -0.454 17 H_DT17:DA13_I H 17 ? I 13 ? 20 1 1 C DC 34 1_555 D DG 27 1_555 0.192 -0.245 0.758 3.442 -1.951 -0.362 18 H_DC18:DG12_I H 18 ? I 12 ? 19 1 1 C DC 35 1_555 D DG 26 1_555 0.173 -0.202 0.593 0.834 -5.001 -1.018 19 H_DC19:DG11_I H 19 ? 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I 29 ? H 2 ? I 28 ? 1 C DA 18 1_555 D DT 43 1_555 C DG 19 1_555 D DC 42 1_555 -0.356 1.389 3.415 -3.974 2.305 33.171 2.008 -0.079 3.518 4.013 6.919 33.478 2 HH_DA2DG3:DC27DT28_II H 2 ? I 28 ? H 3 ? I 27 ? 1 C DG 19 1_555 D DC 42 1_555 C DT 20 1_555 D DA 41 1_555 0.362 -0.252 3.426 -6.592 3.080 36.090 -0.834 -1.502 3.280 4.910 10.508 36.792 3 HH_DG3DT4:DA26DC27_II H 3 ? I 27 ? H 4 ? I 26 ? 1 C DT 20 1_555 D DA 41 1_555 C DG 21 1_555 D DC 40 1_555 -0.004 -0.148 3.220 -2.415 4.192 28.848 -1.185 -0.506 3.157 8.340 4.805 29.242 4 HH_DT4DG5:DC25DA26_II H 4 ? I 26 ? H 5 ? I 25 ? 1 C DG 21 1_555 D DC 40 1_555 C DC 22 1_555 D DG 39 1_555 -0.019 -0.361 3.205 -0.464 1.798 38.789 -0.757 -0.027 3.186 2.705 0.698 38.832 5 HH_DG5DC6:DG24DC25_II H 5 ? I 25 ? H 6 ? I 24 ? 1 C DC 22 1_555 D DG 39 1_555 C DG 23 1_555 D DC 38 1_555 0.957 -0.279 3.081 1.683 1.566 32.848 -0.746 -1.417 3.108 2.765 -2.971 32.926 6 HH_DC6DG7:DC23DG24_II H 6 ? I 24 ? H 7 ? I 23 ? 1 C DG 23 1_555 D DC 38 1_555 C DC 24 1_555 D DG 37 1_555 -0.096 -0.259 3.445 0.756 -1.388 35.500 -0.211 0.273 3.450 -2.276 -1.239 35.534 7 HH_DG7DC8:DG22DC23_II H 7 ? I 23 ? H 8 ? I 22 ? 1 C DC 24 1_555 D DG 37 1_555 C DT 25 1_555 D DA 36 1_555 -0.006 -0.947 3.337 0.224 1.683 29.196 -2.245 0.061 3.279 3.335 -0.443 29.245 8 HH_DC8DT9:DA21DG22_II H 8 ? I 22 ? H 9 ? I 21 ? 1 C DT 25 1_555 D DA 36 1_555 C DG 26 1_555 D DC 35 1_555 0.684 0.181 3.193 0.850 0.672 35.359 0.201 -1.002 3.210 1.106 -1.400 35.376 9 HH_DT9DG10:DC20DA21_II H 9 ? I 21 ? H 10 ? I 20 ? 1 C DG 26 1_555 D DC 35 1_555 C DG 27 1_555 D DC 34 1_555 -0.066 -0.161 3.287 -0.283 0.377 32.309 -0.357 0.068 3.285 0.678 0.509 32.312 10 HH_DG10DG11:DC19DC20_II H 10 ? I 20 ? H 11 ? I 19 ? 1 C DG 27 1_555 D DC 34 1_555 C DG 28 1_555 D DC 33 1_555 0.652 -0.426 3.313 -0.503 -1.032 35.254 -0.547 -1.151 3.314 -1.703 0.830 35.272 11 HH_DG11DG12:DC18DC19_II H 11 ? I 19 ? H 12 ? 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