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'Contained N-terminal TwinStrep-SUMOstar-TEV tag which was left on to improve solubility of complex during concentration.' 2 polymer man 'Origin recognition complex subunit 2' 57479.059 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'Origin recognition complex subunit 3 (Orc3)' 78749.531 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Origin recognition complex subunit 4 (Orc4)' 57684.289 1 ? ? ? 'Author provided reference is GenBank XP_504002.3' 5 polymer man 'Origin recognition complex subunit 5 (Orc5)' 52939.547 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'Origin recognition complex subunit 6 (Orc6)' 41218.355 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Cell division control protein 6 (Cdc6)' 66907.148 3 ? ? ? ;Originally contained an N-terminal 8xHis-TEV tag for purification, which was subsequently cleaved using TEV protease. A leftover glycine (residue 0) can be seen in the map. Chains K and L are N-terminal regions of Cdc6. ; 8 polymer syn 'DNA (54-MER)' 16551.680 1 ? ? ? ? 9 polymer syn 'DNA (54-MER)' 16719.715 1 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 3 ? ? ? ? 11 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 3 ? ? ? ? 12 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 1 ? ? ? ? 13 water nat water 18.015 22 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 3 YALI0F14773p 5 YALI0B01452p 6 YALI0F31647p 7 YALI0C00671p # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKTGSLQDSEVNQEAKPEVKPEVKPETHINLKVSDGSSEIFFKIKKTTPLR RLMEAFAKRQGKEMDSLTFLYDGIEIQADQTPEDLDMEDNDIIEAHREQIGGIPTTENLYFQGMTKEYTAIYSPEAKSAP KNKKKAAVRAIRDQDNVEISAGDVVLLKDDPDVEGKEFALIQGLKHGDQGLEAKCVLMKLFNDAEALTPKHVIPNTNKNR 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TDTEATREAFKQRALQLTRRAGMPEDRVEEWIGWTETILKDQMWVKILEQKSGIAPGVIQRQLDRQTSKSSFSGIGNMIP ASFAFNSYRKRNDYHNWKASMLVKMKELKGQEGLEESGTIKVQGE ; F ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GMAVATPKRPQKRVRREPIRVPLKELEVNKGEDMGGQQVGEVDRGVSTEPLCLKRRKVECFEDDSVRVLSPPRESCDPFT DSSATSGSSFASPPPLHPHLVELNKIKSMFSRGSKGHILAADQEMVGRQVEEATLLRYFEGRLQAKYSQPGAALYVSGPP GTGKTALLQRVMDKVFRGKEGIKVASINCMLAPSARAIMNLIYKQLSGVEENEALSADISFDKSVAKLEELFMCQTSKEF AERGTSIVVLDEIDHIMTRDQDILFRIFEWAFCKGSRLILVGIANALDLTDRFLPRLKANNFYPQLLKFKPYDAVQIASI IKSRIVKASDEFSREHSSLKKEVVVKKEEDLILSPLNTPKKTQIDPTTLTLTPPHTPTDKTPAVAPTTMAIHPAAIQLCA RKASANTGDLRKAFDICRKALEISEQEFIQKLAQNDPSTVSKPVVSIATMARVCSQVFGGNNSQRIKMLNLQQKAVLCTV ASAEKQLSIEAITSGVDVPLTIQRLFDHYTSSCKKHRMLSPLPFNEFLDVCSALESYSVINITGICGKKNLGINGKGRAS KGGTGASKGEVYGIRDDYVQRKVTLNVQRMDIASAIEVEWLQKYL ; ;GMAVATPKRPQKRVRREPIRVPLKELEVNKGEDMGGQQVGEVDRGVSTEPLCLKRRKVECFEDDSVRVLSPPRESCDPFT DSSATSGSSFASPPPLHPHLVELNKIKSMFSRGSKGHILAADQEMVGRQVEEATLLRYFEGRLQAKYSQPGAALYVSGPP 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'expression tag' 0 147 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'electron microscopy' 'not applicable' 2 1 'gel filtration' ;Sample was generated from gel filtration run, runs at expected size, with a higher 260/280 than ORC or Cdc6 alone, indicating bound DNA. SDS-PAGE of sample clearly displays all ORC proteins in addition to Cdc6 co-eluting. ; 3 1 'light scattering' ;Mass photometry analysis indicated the presence of a complex estimated to be 487 plus/minus 35 kDa, near the expected size of 486 kDa. ; # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 469 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OG1 ? 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ARG G 580 LEU G 584 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N VAL A 549 ? N VAL A 406 O VAL A 598 ? O VAL A 455 AA1 2 3 N LEU A 597 ? N LEU A 454 O ILE A 630 ? O ILE A 487 AA1 3 4 O ALA A 633 ? O ALA A 490 N VAL A 515 ? N VAL A 372 AA1 4 5 N SER A 516 ? N SER A 373 O PHE A 660 ? O PHE A 517 AA2 1 2 N ASP A 774 ? N ASP A 631 O VAL A 838 ? O VAL A 695 AA2 2 3 O ARG A 839 ? O ARG A 696 N ILE A 826 ? N ILE A 683 AA3 1 2 O VAL B 359 ? O VAL B 359 N LEU B 210 ? N LEU B 210 AA3 2 3 N LEU B 209 ? N LEU B 209 O ALA B 337 ? O ALA B 337 AA3 3 4 O VAL B 336 ? O VAL B 336 N CYS B 307 ? N CYS B 307 AA3 4 5 O VAL B 304 ? O VAL B 304 N LEU B 236 ? N LEU B 236 AA3 5 6 N VAL B 237 ? N VAL B 237 O TYR C 17 ? O TYR C 17 AA4 1 2 N VAL C 177 ? N VAL C 177 O ILE C 246 ? O ILE C 246 AA4 2 3 N LEU C 247 ? N LEU C 247 O VAL C 277 ? O VAL C 277 AA4 3 4 O PHE C 278 ? O PHE C 278 N ALA C 146 ? N ALA C 146 AA4 4 5 N LEU C 147 ? N LEU C 147 O ARG C 302 ? O ARG C 302 AA5 1 2 N ILE C 608 ? N ILE C 608 O VAL C 677 ? O VAL C 677 AA5 2 3 O GLU C 678 ? O GLU C 678 N ARG C 668 ? N ARG C 668 AA6 1 2 N LEU D 135 ? N LEU D 135 O ILE D 199 ? O ILE D 199 AA6 2 3 N LEU D 200 ? N LEU D 200 O ILE D 232 ? O ILE D 232 AA6 3 4 O GLY D 233 ? O GLY D 233 N ILE D 98 ? N ILE D 98 AA6 4 5 N VAL D 99 ? N VAL D 99 O VAL D 257 ? O VAL D 257 AA7 1 2 N SER D 458 ? N SER D 458 O ARG D 485 ? O ARG D 485 AA8 1 2 N SER E 65 ? N SER E 65 O VAL E 128 ? O VAL E 128 AA8 2 3 N ILE E 127 ? N ILE E 127 O SER E 159 ? O SER E 159 AA8 3 4 O PHE E 162 ? O PHE E 162 N VAL E 41 ? N VAL E 41 AA8 4 5 N HIS E 42 ? N HIS E 42 O PHE E 182 ? O PHE E 182 AA9 1 2 N VAL E 423 ? N VAL E 423 O LYS E 437 ? O LYS E 437 AB1 1 2 N ALA G 185 ? N ALA G 184 O ILE G 247 ? O ILE G 246 AB1 2 3 N LEU G 250 ? N LEU G 249 O VAL G 281 ? O VAL G 280 AB1 3 4 O GLY G 282 ? O GLY G 281 N VAL G 156 ? N VAL G 155 AB1 4 5 N ALA G 153 ? N ALA G 152 O GLN G 305 ? O GLN G 304 AB2 1 2 N ASN G 541 ? N ASN G 540 O THR G 584 ? O THR G 583 # _pdbx_entry_details.entry_id 11ST _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 "O4'" Y DT 16 ? ? "C1'" Y DT 16 ? ? N1 Y DT 16 ? ? 110.24 108.30 1.94 0.30 N 2 1 "O4'" Y DT 25 ? ? "C1'" Y DT 25 ? ? N1 Y DT 25 ? ? 110.66 108.30 2.36 0.30 N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LYS A 412 ? ? -99.61 35.29 2 1 ASP A 496 ? ? -98.00 32.09 3 1 SER B 139 ? ? 62.15 -154.05 4 1 PRO B 345 ? ? -63.20 0.16 5 1 ASN D 350 ? ? -153.87 89.57 6 1 TYR E 241 ? ? -93.40 -60.24 7 1 SER E 244 ? ? -141.74 12.53 8 1 THR G 542 ? ? -126.91 -165.97 9 1 ARG G 574 ? ? -101.90 -169.00 10 1 ASP G 575 ? ? -94.49 37.88 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 11ST _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;AlphaFold 2 models for each subunit were docked into the density individually using the "fit to map" functionality in ChimeraX, then refined using Coot. The density for the DNA was sharp enough to allow us to discern purines and pyrimidines, allowing us to produce a generic DNA-B form model of the respective DNA sequence and manually rebuild it in Coot. PHENIX Real Space Refine functionality was used to further process and finalize the structure. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 . . . ? ? ? AlphaFold 'in silico model' ? ? 2 1 . . . 'Generic B-DNA used as template, generated in Coot.' ? ? Other 'in silico model' ? ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 11ST _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details 'Non-uniform refinement was used for the final reconstruction.' _em_3d_reconstruction.resolution 2.73 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 51599 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '25 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.05% LMNG' _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'ORC-Cdc6 complex of Yarrowia lipolytica bound to a 54bp DNA segment of OriC-061' _em_entity_assembly.details ;Purified YlORC1-6 was mixed with glycerol-free buffer containing ATP and magnesium acetate, a 54 bp OriC-061 fragment, and YlCdc6 at an ORC:DNA:Cdc6 molar ratio of 1:1.5:4 in a stepwise fashion, followed by gel filtration. Final protein concentration of 1-1.25 mg/mL, with 0.05% lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG). Blotted using a Leica EM GP2 automatic plunge freezer. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,6,7,8,9 # _em_imaging.entry_id 11ST _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 600 _em_imaging.nominal_defocus_max 2200 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details 'ethyl acetate wash' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 11ST _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 298 _em_vitrification.instrument 'LEICA EM GP' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ;Sample was applied to a non-glow discharged Quantifoil R 1.2/1.3 300 mesh copper grid (previously washed with ethyl acetate), incubated for 10 seconds, blotted for 2.9 seconds, and plunged into liquid ethane using a Leica Automatic Plunge Freezer EM GP2. ; # _em_experiment.entry_id 11ST _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -142 ? A MET 1 2 1 Y 1 A SER -141 ? A SER 2 3 1 Y 1 A ALA -140 ? A ALA 3 4 1 Y 1 A TRP -139 ? A TRP 4 5 1 Y 1 A SER -138 ? A SER 5 6 1 Y 1 A HIS -137 ? A HIS 6 7 1 Y 1 A PRO -136 ? A PRO 7 8 1 Y 1 A GLN -135 ? A GLN 8 9 1 Y 1 A PHE -134 ? A PHE 9 10 1 Y 1 A GLU -133 ? A GLU 10 11 1 Y 1 A LYS -132 ? A LYS 11 12 1 Y 1 A GLY -131 ? A GLY 12 13 1 Y 1 A GLY -130 ? A GLY 13 14 1 Y 1 A GLY -129 ? A GLY 14 15 1 Y 1 A SER -128 ? A SER 15 16 1 Y 1 A GLY -127 ? A GLY 16 17 1 Y 1 A GLY -126 ? A GLY 17 18 1 Y 1 A GLY -125 ? A GLY 18 19 1 Y 1 A SER -124 ? A SER 19 20 1 Y 1 A GLY -123 ? A GLY 20 21 1 Y 1 A GLY -122 ? A GLY 21 22 1 Y 1 A SER -121 ? A SER 22 23 1 Y 1 A ALA -120 ? A ALA 23 24 1 Y 1 A TRP -119 ? A TRP 24 25 1 Y 1 A SER -118 ? A SER 25 26 1 Y 1 A HIS -117 ? A HIS 26 27 1 Y 1 A PRO -116 ? A PRO 27 28 1 Y 1 A GLN -115 ? A GLN 28 29 1 Y 1 A PHE -114 ? A PHE 29 30 1 Y 1 A GLU -113 ? A GLU 30 31 1 Y 1 A LYS -112 ? A LYS 31 32 1 Y 1 A THR -111 ? A THR 32 33 1 Y 1 A GLY -110 ? A GLY 33 34 1 Y 1 A SER -109 ? A SER 34 35 1 Y 1 A LEU -108 ? A LEU 35 36 1 Y 1 A GLN -107 ? A GLN 36 37 1 Y 1 A ASP -106 ? A ASP 37 38 1 Y 1 A SER -105 ? A SER 38 39 1 Y 1 A GLU -104 ? A GLU 39 40 1 Y 1 A VAL -103 ? A VAL 40 41 1 Y 1 A ASN -102 ? A ASN 41 42 1 Y 1 A GLN -101 ? A GLN 42 43 1 Y 1 A GLU -100 ? A GLU 43 44 1 Y 1 A ALA -99 ? A ALA 44 45 1 Y 1 A LYS -98 ? A LYS 45 46 1 Y 1 A PRO -97 ? A PRO 46 47 1 Y 1 A GLU -96 ? A GLU 47 48 1 Y 1 A VAL -95 ? A VAL 48 49 1 Y 1 A LYS -94 ? A LYS 49 50 1 Y 1 A PRO -93 ? A PRO 50 51 1 Y 1 A GLU -92 ? A GLU 51 52 1 Y 1 A VAL -91 ? A VAL 52 53 1 Y 1 A LYS -90 ? A LYS 53 54 1 Y 1 A PRO -89 ? A PRO 54 55 1 Y 1 A GLU -88 ? A GLU 55 56 1 Y 1 A THR -87 ? A THR 56 57 1 Y 1 A HIS -86 ? A HIS 57 58 1 Y 1 A ILE -85 ? A ILE 58 59 1 Y 1 A ASN -84 ? A ASN 59 60 1 Y 1 A LEU -83 ? A LEU 60 61 1 Y 1 A LYS -82 ? A LYS 61 62 1 Y 1 A VAL -81 ? A VAL 62 63 1 Y 1 A SER -80 ? A SER 63 64 1 Y 1 A ASP -79 ? A ASP 64 65 1 Y 1 A GLY -78 ? A GLY 65 66 1 Y 1 A SER -77 ? A SER 66 67 1 Y 1 A SER -76 ? A SER 67 68 1 Y 1 A GLU -75 ? A GLU 68 69 1 Y 1 A ILE -74 ? A ILE 69 70 1 Y 1 A PHE -73 ? A PHE 70 71 1 Y 1 A PHE -72 ? A PHE 71 72 1 Y 1 A LYS -71 ? A LYS 72 73 1 Y 1 A ILE -70 ? A ILE 73 74 1 Y 1 A LYS -69 ? A LYS 74 75 1 Y 1 A LYS -68 ? A LYS 75 76 1 Y 1 A THR -67 ? A THR 76 77 1 Y 1 A THR -66 ? A THR 77 78 1 Y 1 A PRO -65 ? A PRO 78 79 1 Y 1 A LEU -64 ? A LEU 79 80 1 Y 1 A ARG -63 ? A ARG 80 81 1 Y 1 A ARG -62 ? A ARG 81 82 1 Y 1 A LEU -61 ? A LEU 82 83 1 Y 1 A MET -60 ? A MET 83 84 1 Y 1 A GLU -59 ? A GLU 84 85 1 Y 1 A ALA -58 ? A ALA 85 86 1 Y 1 A PHE -57 ? A PHE 86 87 1 Y 1 A ALA -56 ? A ALA 87 88 1 Y 1 A LYS -55 ? A LYS 88 89 1 Y 1 A ARG -54 ? A ARG 89 90 1 Y 1 A GLN -53 ? A GLN 90 91 1 Y 1 A GLY -52 ? A GLY 91 92 1 Y 1 A LYS -51 ? A LYS 92 93 1 Y 1 A GLU -50 ? A GLU 93 94 1 Y 1 A MET -49 ? A MET 94 95 1 Y 1 A ASP -48 ? A ASP 95 96 1 Y 1 A SER -47 ? A SER 96 97 1 Y 1 A LEU -46 ? A LEU 97 98 1 Y 1 A THR -45 ? A THR 98 99 1 Y 1 A PHE -44 ? 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N N 117 ATP O2G HOG2 sing N N 118 ATP O3G HOG3 sing N N 119 ATP PB O1B doub N N 120 ATP PB O2B sing N N 121 ATP PB O3B sing N N 122 ATP PB O3A sing N N 123 ATP O2B HOB2 sing N N 124 ATP PA O1A doub N N 125 ATP PA O2A sing N N 126 ATP PA O3A sing N N 127 ATP PA "O5'" sing N N 128 ATP O2A HOA2 sing N N 129 ATP "O5'" "C5'" sing N N 130 ATP "C5'" "C4'" sing N N 131 ATP "C5'" "H5'1" sing N N 132 ATP "C5'" "H5'2" sing N N 133 ATP "C4'" "O4'" sing N N 134 ATP "C4'" "C3'" sing N N 135 ATP "C4'" "H4'" sing N N 136 ATP "O4'" "C1'" sing N N 137 ATP "C3'" "O3'" sing N N 138 ATP "C3'" "C2'" sing N N 139 ATP "C3'" "H3'" sing N N 140 ATP "O3'" "HO3'" sing N N 141 ATP "C2'" "O2'" sing N N 142 ATP "C2'" "C1'" sing N N 143 ATP "C2'" "H2'" sing N N 144 ATP "O2'" "HO2'" sing N N 145 ATP "C1'" N9 sing N N 146 ATP "C1'" "H1'" sing N N 147 ATP N9 C8 sing Y N 148 ATP N9 C4 sing Y N 149 ATP C8 N7 doub Y N 150 ATP C8 H8 sing N N 151 ATP N7 C5 sing Y N 152 ATP C5 C6 sing Y N 153 ATP C5 C4 doub Y N 154 ATP C6 N6 sing N N 155 ATP C6 N1 doub Y N 156 ATP N6 HN61 sing N N 157 ATP N6 HN62 sing N N 158 ATP N1 C2 sing Y N 159 ATP C2 N3 doub Y N 160 ATP C2 H2 sing N N 161 ATP N3 C4 sing Y N 162 CYS N CA sing N N 163 CYS N H sing N N 164 CYS N H2 sing N N 165 CYS CA C sing N N 166 CYS CA CB sing N N 167 CYS CA HA sing N N 168 CYS C O doub N N 169 CYS C OXT sing N N 170 CYS CB SG sing N N 171 CYS CB HB2 sing N N 172 CYS CB HB3 sing N N 173 CYS SG HG sing N N 174 CYS OXT HXT sing N N 175 DA OP3 P sing N N 176 DA OP3 HOP3 sing N N 177 DA P OP1 doub N N 178 DA P OP2 sing N N 179 DA P "O5'" sing N N 180 DA OP2 HOP2 sing N N 181 DA "O5'" "C5'" sing N N 182 DA "C5'" "C4'" sing N N 183 DA "C5'" "H5'" sing N N 184 DA "C5'" "H5''" sing N N 185 DA "C4'" "O4'" sing N N 186 DA "C4'" "C3'" sing N N 187 DA "C4'" "H4'" sing N N 188 DA "O4'" "C1'" sing N N 189 DA "C3'" "O3'" sing N N 190 DA "C3'" "C2'" sing N N 191 DA "C3'" "H3'" sing N N 192 DA "O3'" "HO3'" sing N N 193 DA "C2'" "C1'" sing N N 194 DA "C2'" "H2'" sing N N 195 DA "C2'" "H2''" sing N N 196 DA "C1'" N9 sing N N 197 DA "C1'" "H1'" sing N N 198 DA N9 C8 sing Y N 199 DA N9 C4 sing Y N 200 DA C8 N7 doub Y N 201 DA C8 H8 sing N N 202 DA N7 C5 sing Y N 203 DA C5 C6 sing Y N 204 DA C5 C4 doub Y N 205 DA C6 N6 sing N N 206 DA C6 N1 doub Y N 207 DA N6 H61 sing N N 208 DA N6 H62 sing N N 209 DA N1 C2 sing Y N 210 DA C2 N3 doub Y N 211 DA C2 H2 sing N N 212 DA N3 C4 sing Y N 213 DC OP3 P sing N N 214 DC OP3 HOP3 sing N N 215 DC P OP1 doub N N 216 DC P OP2 sing N N 217 DC P "O5'" sing N N 218 DC OP2 HOP2 sing N N 219 DC "O5'" "C5'" sing N N 220 DC "C5'" "C4'" sing N N 221 DC "C5'" "H5'" sing N N 222 DC "C5'" "H5''" sing N N 223 DC "C4'" "O4'" sing N N 224 DC "C4'" "C3'" sing N N 225 DC "C4'" "H4'" sing N N 226 DC "O4'" "C1'" sing N N 227 DC "C3'" "O3'" sing N N 228 DC "C3'" "C2'" sing N N 229 DC "C3'" "H3'" sing N N 230 DC "O3'" "HO3'" sing N N 231 DC "C2'" "C1'" sing N N 232 DC "C2'" "H2'" sing N N 233 DC "C2'" "H2''" sing N N 234 DC "C1'" N1 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315 DT N3 H3 sing N N 316 DT C4 O4 doub N N 317 DT C4 C5 sing N N 318 DT C5 C7 sing N N 319 DT C5 C6 doub N N 320 DT C7 H71 sing N N 321 DT C7 H72 sing N N 322 DT C7 H73 sing N N 323 DT C6 H6 sing N N 324 GLN N CA sing N N 325 GLN N H sing N N 326 GLN N H2 sing N N 327 GLN CA C sing N N 328 GLN CA CB sing N N 329 GLN CA HA sing N N 330 GLN C O doub N N 331 GLN C OXT sing N N 332 GLN CB CG sing N N 333 GLN CB HB2 sing N N 334 GLN CB HB3 sing N N 335 GLN CG CD sing N N 336 GLN CG HG2 sing N N 337 GLN CG HG3 sing N N 338 GLN CD OE1 doub N N 339 GLN CD NE2 sing N N 340 GLN NE2 HE21 sing N N 341 GLN NE2 HE22 sing N N 342 GLN OXT HXT sing N N 343 GLU N CA sing N N 344 GLU N H sing N N 345 GLU N H2 sing N N 346 GLU CA C sing N N 347 GLU CA CB sing N N 348 GLU CA HA sing N N 349 GLU C O doub N N 350 GLU C OXT sing N N 351 GLU CB CG sing N N 352 GLU CB HB2 sing N N 353 GLU CB HB3 sing N N 354 GLU CG CD sing N N 355 GLU CG HG2 sing N N 356 GLU CG HG3 sing N N 357 GLU CD OE1 doub N N 358 GLU CD OE2 sing N N 359 GLU OE2 HE2 sing N N 360 GLU OXT HXT sing N N 361 GLY N CA sing N N 362 GLY N H sing N N 363 GLY N H2 sing N N 364 GLY CA C sing N N 365 GLY CA HA2 sing N N 366 GLY CA HA3 sing N N 367 GLY C O doub N N 368 GLY C OXT sing N N 369 GLY OXT HXT sing N N 370 HIS N CA sing N N 371 HIS N H sing N N 372 HIS N H2 sing N N 373 HIS CA C sing N N 374 HIS CA CB sing N N 375 HIS CA HA sing N N 376 HIS C O doub N N 377 HIS C OXT sing N N 378 HIS CB CG sing N N 379 HIS CB HB2 sing N N 380 HIS CB HB3 sing N N 381 HIS CG ND1 sing Y N 382 HIS CG CD2 doub Y N 383 HIS ND1 CE1 doub Y N 384 HIS ND1 HD1 sing N N 385 HIS CD2 NE2 sing Y N 386 HIS CD2 HD2 sing N N 387 HIS CE1 NE2 sing Y N 388 HIS CE1 HE1 sing N N 389 HIS NE2 HE2 sing N N 390 HIS OXT HXT sing N N 391 HOH O H1 sing N N 392 HOH O H2 sing N N 393 ILE N CA sing N N 394 ILE N H sing N N 395 ILE N H2 sing N N 396 ILE CA C sing N N 397 ILE CA CB sing N N 398 ILE CA HA sing N N 399 ILE C O doub N N 400 ILE C OXT sing N N 401 ILE CB CG1 sing N N 402 ILE CB CG2 sing N N 403 ILE CB HB sing N N 404 ILE CG1 CD1 sing N N 405 ILE CG1 HG12 sing N N 406 ILE CG1 HG13 sing N N 407 ILE CG2 HG21 sing N N 408 ILE CG2 HG22 sing N N 409 ILE CG2 HG23 sing N N 410 ILE CD1 HD11 sing N N 411 ILE CD1 HD12 sing N N 412 ILE CD1 HD13 sing N N 413 ILE OXT HXT sing N N 414 LEU N CA sing N N 415 LEU N H sing N N 416 LEU N H2 sing N N 417 LEU CA C sing N N 418 LEU CA CB sing N N 419 LEU CA HA sing N N 420 LEU C O doub N N 421 LEU C OXT sing N N 422 LEU CB CG sing N N 423 LEU CB HB2 sing N N 424 LEU CB HB3 sing N N 425 LEU CG CD1 sing N N 426 LEU CG CD2 sing N N 427 LEU CG HG sing N N 428 LEU CD1 HD11 sing N N 429 LEU CD1 HD12 sing N N 430 LEU CD1 HD13 sing N N 431 LEU CD2 HD21 sing N N 432 LEU CD2 HD22 sing N N 433 LEU CD2 HD23 sing N N 434 LEU OXT HXT sing N N 435 LYS N CA sing N N 436 LYS N H sing N N 437 LYS N H2 sing N N 438 LYS CA C sing N N 439 LYS CA CB sing N N 440 LYS CA HA sing N N 441 LYS C O doub N N 442 LYS C OXT sing N N 443 LYS CB CG sing N N 444 LYS CB HB2 sing N N 445 LYS CB HB3 sing N N 446 LYS CG CD sing N N 447 LYS CG HG2 sing N N 448 LYS CG HG3 sing N N 449 LYS CD CE sing N N 450 LYS CD HD2 sing N N 451 LYS CD HD3 sing N N 452 LYS CE NZ sing N N 453 LYS CE HE2 sing N N 454 LYS CE HE3 sing N N 455 LYS NZ HZ1 sing N N 456 LYS NZ HZ2 sing N N 457 LYS NZ HZ3 sing N N 458 LYS OXT HXT sing N N 459 MET N CA sing N N 460 MET N H sing N N 461 MET N H2 sing N N 462 MET CA C sing N N 463 MET CA CB sing N N 464 MET CA HA sing N N 465 MET C O doub N N 466 MET C OXT sing N N 467 MET CB CG sing N N 468 MET CB HB2 sing N N 469 MET CB HB3 sing N N 470 MET CG SD sing N N 471 MET CG HG2 sing N N 472 MET CG HG3 sing N N 473 MET SD CE sing N N 474 MET CE HE1 sing N N 475 MET CE HE2 sing N N 476 MET CE HE3 sing N N 477 MET OXT HXT sing N N 478 PHE N CA sing N N 479 PHE N H sing N N 480 PHE N H2 sing N N 481 PHE CA C sing N N 482 PHE CA CB sing N N 483 PHE CA HA sing N N 484 PHE C O doub N N 485 PHE C OXT sing N N 486 PHE CB 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CZ3 CH2 sing Y N 572 TRP CZ3 HZ3 sing N N 573 TRP CH2 HH2 sing N N 574 TRP OXT HXT sing N N 575 TYR N CA sing N N 576 TYR N H sing N N 577 TYR N H2 sing N N 578 TYR CA C sing N N 579 TYR CA CB sing N N 580 TYR CA HA sing N N 581 TYR C O doub N N 582 TYR C OXT sing N N 583 TYR CB CG sing N N 584 TYR CB HB2 sing N N 585 TYR CB HB3 sing N N 586 TYR CG CD1 doub Y N 587 TYR CG CD2 sing Y N 588 TYR CD1 CE1 sing Y N 589 TYR CD1 HD1 sing N N 590 TYR CD2 CE2 doub Y N 591 TYR CD2 HD2 sing N N 592 TYR CE1 CZ doub Y N 593 TYR CE1 HE1 sing N N 594 TYR CE2 CZ sing Y N 595 TYR CE2 HE2 sing N N 596 TYR CZ OH sing N N 597 TYR OH HH sing N N 598 TYR OXT HXT sing N N 599 VAL N CA sing N N 600 VAL N H sing N N 601 VAL N H2 sing N N 602 VAL CA C sing N N 603 VAL CA CB sing N N 604 VAL CA HA sing N N 605 VAL C O doub N N 606 VAL C OXT sing N N 607 VAL CB CG1 sing N N 608 VAL CB CG2 sing N N 609 VAL CB HB sing N N 610 VAL CG1 HG11 sing N N 611 VAL CG1 HG12 sing N N 612 VAL CG1 HG13 sing N N 613 VAL CG2 HG21 sing N N 614 VAL CG2 HG22 sing N N 615 VAL CG2 HG23 sing N N 616 VAL OXT HXT sing N N 617 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2026-03-11 _em_admin.deposition_site RCSB _em_admin.entry_id 11ST _em_admin.last_update 2026-09-30 _em_admin.map_release_date 2026-09-30 _em_admin.title 'Cryo-EM map of Yarrowia lipolytica ORC-Cdc6 bound to 54bp segment of OriC-061 DNA' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 25 mM ? 1 HEPES 1 100 mM NaCl 2 'sodium chloride' 1 1 mM ? 3 dithiothreitol 1 0.05 % ? 4 'lauryl maltose neopentyl glycol' # _em_ctf_correction.details ;CTF correction was done first in WARP during exposure/micrograph pre-processing, and re-corrected during the final refinements/reconstruction of the map in cryoSPARC ; _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 NO 1 MEGADALTONS 0.4858 1 NO 2 MEGADALTONS 0.384 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 4952 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Yarrowia lipolytica' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 7108 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Spodoptera frugiperda' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid 'DH10 MultiBac' _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 43.2 _em_image_recording.details ;Cryo-electron microscopy data were collected using an FEI/ThermoFisher Titan Krios TEM operating at 300 keV. A Gatan K3 direct electron detector equipped with a BioQuantum energy filter was utilized to semi-automatically collect dose-fractionated movies with ThermoFisher EPU data collection software. For the YlODC54bpOriC-061 data collection, 30-frame movies were collected over three consecutive days, resulting in 9309, 8758, and 2274 exposures taken, respectively, at a dose rate of 1.44 e/A^2 per frame, totaling a cumulative dose of 43.2 e/A^2. ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 3 _em_image_recording.num_real_images 20341 # _em_particle_selection.details ;Particle picking used a BoxNet pre-trained neural network implemented in TensorFlow, with a particle diameter of 180 angstrom and a threshold score of 0.5 ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 3805196 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version _em_software.reference_DOI 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? Warp ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 2 ? ? ? PHENIX 2.0_5885 ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 3 1 1 1 ? ? ? MASKING ? 4 1 1 1 ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 5 1 ? ? ? ? ? 'LAYERLINE INDEXING' ? 6 1 1 1 ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 7 1 1 1 ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 8 1 1 1 ? ? ? OTHER ? 9 1 1 1 ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? ? ? ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? ? ? ? CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? ? ? ? RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? cryoSPARC 4.7 ? # _em_specimen.concentration 1.2 _em_specimen.details ;Pre-incubated in assembly buffer (50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM ATP, 1 mM DTT, 10% glycerol) for 10 minutes before size exclusion chromatography. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 11ST 'double helix' 11ST 'a-form double helix' 11ST 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DG 8 1_555 J DC 47 1_555 -0.204 -0.151 0.103 0.155 -8.502 -0.391 1 X_DG8:DC47_Y X 8 ? Y 47 ? 19 1 1 I DA 9 1_555 J DT 46 1_555 -0.001 -0.186 -0.462 -6.005 -8.300 4.560 2 X_DA9:DT46_Y X 9 ? Y 46 ? 20 1 1 I DT 10 1_555 J DA 45 1_555 -0.086 -0.164 -0.483 -6.207 -6.456 0.472 3 X_DT10:DA45_Y X 10 ? Y 45 ? 20 1 1 I DC 11 1_555 J DG 44 1_555 0.167 -0.197 -0.541 -3.113 0.114 -1.172 4 X_DC11:DG44_Y X 11 ? Y 44 ? 19 1 1 I DC 12 1_555 J DG 43 1_555 0.210 -0.139 -0.097 0.672 0.319 0.557 5 X_DC12:DG43_Y X 12 ? Y 43 ? 19 1 1 I DC 13 1_555 J DG 42 1_555 0.199 -0.148 0.128 -0.574 -4.173 -0.479 6 X_DC13:DG42_Y X 13 ? Y 42 ? 19 1 1 I DA 14 1_555 J DT 41 1_555 0.075 -0.142 0.332 -3.327 -2.665 2.248 7 X_DA14:DT41_Y X 14 ? Y 41 ? 20 1 1 I DA 15 1_555 J DT 40 1_555 -0.033 0.174 0.384 -3.841 -3.404 14.516 8 X_DA15:DT40_Y X 15 ? Y 40 ? 20 1 1 I DT 16 1_555 J DA 39 1_555 -0.068 -0.138 0.262 -0.670 2.269 1.476 9 X_DT16:DA39_Y X 16 ? Y 39 ? 20 1 1 I DA 17 1_555 J DT 38 1_555 0.049 -0.145 0.340 -0.542 1.371 2.753 10 X_DA17:DT38_Y X 17 ? 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Y 29 ? 20 1 1 I DA 27 1_555 J DT 28 1_555 0.136 -0.146 0.396 4.174 -11.402 2.915 20 X_DA27:DT28_Y X 27 ? Y 28 ? 20 1 1 I DG 28 1_555 J DC 27 1_555 -0.245 -0.127 -0.048 -3.328 -14.571 1.981 21 X_DG28:DC27_Y X 28 ? Y 27 ? 19 1 1 I DT 29 1_555 J DA 26 1_555 -0.037 -0.137 -0.234 -4.564 -13.850 1.173 22 X_DT29:DA26_Y X 29 ? Y 26 ? 20 1 1 I DA 30 1_555 J DT 25 1_555 0.007 -0.141 -0.199 -7.889 -4.462 5.970 23 X_DA30:DT25_Y X 30 ? Y 25 ? 20 1 1 I DG 31 1_555 J DC 24 1_555 -0.221 -0.124 -0.155 -7.297 -2.747 0.902 24 X_DG31:DC24_Y X 31 ? Y 24 ? 19 1 1 I DC 32 1_555 J DG 23 1_555 0.225 -0.137 0.108 -3.222 0.674 0.854 25 X_DC32:DG23_Y X 32 ? Y 23 ? 19 1 1 I DA 33 1_555 J DT 22 1_555 0.116 -0.141 0.601 4.532 -1.274 -2.726 26 X_DA33:DT22_Y X 33 ? Y 22 ? 20 1 1 I DT 34 1_555 J DA 21 1_555 -0.052 -0.232 0.681 3.418 -3.869 -0.028 27 X_DT34:DA21_Y X 34 ? Y 21 ? 20 1 1 I DG 35 1_555 J DC 20 1_555 -0.207 -0.173 0.553 0.395 -0.923 -0.450 28 X_DG35:DC20_Y X 35 ? 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Y 13 ? 19 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DG 8 1_555 J DC 47 1_555 I DA 9 1_555 J DT 46 1_555 -0.216 0.342 3.516 -1.470 -1.204 44.833 0.566 0.140 3.511 -1.578 1.926 44.871 1 XX_DG8DA9:DT46DC47_YY X 8 ? Y 47 ? X 9 ? Y 46 ? 1 I DA 9 1_555 J DT 46 1_555 I DT 10 1_555 J DA 45 1_555 -0.370 -0.430 3.355 -2.124 -0.313 30.256 -0.757 0.267 3.377 -0.599 4.062 30.330 2 XX_DA9DT10:DA45DT46_YY X 9 ? Y 46 ? X 10 ? Y 45 ? 1 I DT 10 1_555 J DA 45 1_555 I DC 11 1_555 J DG 44 1_555 -0.421 0.192 3.293 -3.264 2.712 36.622 -0.070 0.217 3.323 4.298 5.174 36.858 3 XX_DT10DC11:DG44DA45_YY X 10 ? Y 45 ? X 11 ? Y 44 ? 1 I DC 11 1_555 J DG 44 1_555 I DC 12 1_555 J DG 43 1_555 0.545 0.072 3.395 -1.321 4.419 31.268 -0.716 -1.254 3.348 8.143 2.434 31.598 4 XX_DC11DC12:DG43DG44_YY X 11 ? Y 44 ? X 12 ? Y 43 ? 1 I DC 12 1_555 J DG 43 1_555 I DC 13 1_555 J DG 42 1_555 -0.179 -0.741 3.356 -2.928 2.687 31.866 -1.831 -0.212 3.287 4.871 5.308 32.106 5 XX_DC12DC13:DG42DG43_YY X 12 ? Y 43 ? X 13 ? Y 42 ? 1 I DC 13 1_555 J DG 42 1_555 I DA 14 1_555 J DT 41 1_555 0.213 -1.413 3.031 0.205 11.673 31.257 -4.123 -0.343 2.368 20.779 -0.365 33.315 6 XX_DC13DA14:DT41DG42_YY X 13 ? Y 42 ? X 14 ? 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