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Chains K and L are N-terminal regions of Cdc6. ; 8 polymer syn 'DNA (60-MER)' 18255.709 1 ? ? ? ? 9 polymer syn 'DNA (60-MER)' 18730.945 1 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 4 ? ? ? ? 11 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 4 ? ? ? ? 12 water nat water 18.015 55 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 3 YALI0F14773p 5 YALI0B01452p 6 YALI0F31647p # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKTGSLQDSEVNQEAKPEVKPEVKPETHINLKVSDGSSEIFFKIKKTTPLR RLMEAFAKRQGKEMDSLTFLYDGIEIQADQTPEDLDMEDNDIIEAHREQIGGIPTTENLYFQGMTKEYTAIYSPEAKSAP KNKKKAAVRAIRDQDNVEISAGDVVLLKDDPDVEGKEFALIQGLKHGDQGLEAKCVLMKLFNDAEALTPKHVIPNTNKNR YSKGQELVMMNSIVDVLVEELHLPVNCYSFAEFEALSREDKKGDNVYFCRYVFDNDANKTSVEFDWQDITKDMCGFIDIL 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'polypeptide(L)' no no ;MESEFPEIGGEITPTGDEMDVEIVEEVVEPAAPVLPPPQVPKPEAVSETMIDTIKSRTLSILTGKSIPEPIFLDGEKARV YSLMENAIRFGEGNSCIIVGPRGTGKTLIVESALTELEEKYNSAGSQNNFITIRLSGYAQTDDKMAVREIARQLDTVLLN QGQLIENKSISETLNQILSLFDRADIDESEKETVSLVFILDEFDRFCSTTKQTLLYTLFDVAQSSRAPIAVIGLTPRINA RELLEKRVRSRFSQRVVQVKRQHGMNDFWAILRNAVIYPENLLTMVKEEGGNKTALHTDVDLDTVRYWNWHWESMFQAGP LRDHVERLFHTTKSCREFFTSAILAVSQANPWINPNDFVTDVFERGVADTESFIEGLSDLELSLIICAAKVEVMFEVDQV NFNLAYEEYIKTAKEQREALRAVDLEGMATGTVAGFRIWSRGVARAAWEKLESLNLLSPVEKSAKRVAKQLASDTSLDDE IRMTRVDVSLQELTNMLGNSHHLIQWTKIRR ; ;MESEFPEIGGEITPTGDEMDVEIVEEVVEPAAPVLPPPQVPKPEAVSETMIDTIKSRTLSILTGKSIPEPIFLDGEKARV YSLMENAIRFGEGNSCIIVGPRGTGKTLIVESALTELEEKYNSAGSQNNFITIRLSGYAQTDDKMAVREIARQLDTVLLN QGQLIENKSISETLNQILSLFDRADIDESEKETVSLVFILDEFDRFCSTTKQTLLYTLFDVAQSSRAPIAVIGLTPRINA RELLEKRVRSRFSQRVVQVKRQHGMNDFWAILRNAVIYPENLLTMVKEEGGNKTALHTDVDLDTVRYWNWHWESMFQAGP LRDHVERLFHTTKSCREFFTSAILAVSQANPWINPNDFVTDVFERGVADTESFIEGLSDLELSLIICAAKVEVMFEVDQV 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;GMAVATPKRPQKRVRREPIRVPLKELEVNKGEDMGGQQVGEVDRGVSTEPLCLKRRKVECFEDDSVRVLSPPRESCDPFT DSSATSGSSFASPPPLHPHLVELNKIKSMFSRGSKGHILAADQEMVGRQVEEATLLRYFEGRLQAKYSQPGAALYVSGPP GTGKTALLQRVMDKVFRGKEGIKVASINCMLAPSARAIMNLIYKQLSGVEENEALSADISFDKSVAKLEELFMCQTSKEF AERGTSIVVLDEIDHIMTRDQDILFRIFEWAFCKGSRLILVGIANALDLTDRFLPRLKANNFYPQLLKFKPYDAVQIASI IKSRIVKASDEFSREHSSLKKEVVVKKEEDLILSPLNTPKKTQIDPTTLTLTPPHTPTDKTPAVAPTTMAIHPAAIQLCA RKASANTGDLRKAFDICRKALEISEQEFIQKLAQNDPSTVSKPVVSIATMARVCSQVFGGNNSQRIKMLNLQQKAVLCTV ASAEKQLSIEAITSGVDVPLTIQRLFDHYTSSCKKHRMLSPLPFNEFLDVCSALESYSVINITGICGKKNLGINGKGRAS KGGTGASKGEVYGIRDDYVQRKVTLNVQRMDIASAIEVEWLQKYL ; ;GMAVATPKRPQKRVRREPIRVPLKELEVNKGEDMGGQQVGEVDRGVSTEPLCLKRRKVECFEDDSVRVLSPPRESCDPFT DSSATSGSSFASPPPLHPHLVELNKIKSMFSRGSKGHILAADQEMVGRQVEEATLLRYFEGRLQAKYSQPGAALYVSGPP GTGKTALLQRVMDKVFRGKEGIKVASINCMLAPSARAIMNLIYKQLSGVEENEALSADISFDKSVAKLEELFMCQTSKEF AERGTSIVVLDEIDHIMTRDQDILFRIFEWAFCKGSRLILVGIANALDLTDRFLPRLKANNFYPQLLKFKPYDAVQIASI 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'expression tag' 0 147 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'electron microscopy' 'not applicable' 2 1 'gel filtration' ;Replicates of sample were run on Superose 6 increase 3.2/300 column, runs at expected size, with a higher 260/280 than ORC or Cdc6 alone, indicating bound DNA. SDS-PAGE of sample clearly displays all ORC proteins in addition to Cdc6 co-eluting. ; 3 1 'light scattering' ;Mass photometry analysis indicated the presence of a complex estimated to be 488 plus/minus 35 kDa, near the expected size of 489 kDa. ; # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 469 ? 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AB2 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? parallel AA3 4 5 ? parallel AA3 5 6 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? parallel AA4 4 5 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? parallel AA6 3 4 ? parallel AA6 4 5 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? parallel AA8 3 4 ? parallel AA8 4 5 ? parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 547 ? ASN A 552 ? LEU A 404 ASN A 409 AA1 2 LEU A 597 ? ASP A 602 ? LEU A 454 ASP A 459 AA1 3 LEU A 629 ? ILE A 634 ? LEU A 486 ILE A 491 AA1 4 THR A 511 ? GLY A 517 ? THR A 368 GLY A 374 AA1 5 ARG A 657 ? PHE A 660 ? ARG A 514 PHE A 517 AA2 1 ASP A 774 ? SER A 775 ? ASP A 631 SER A 632 AA2 2 GLN A 837 ? LEU A 840 ? GLN A 694 LEU A 697 AA2 3 ILE A 825 ? GLN A 827 ? ILE A 682 GLN A 684 AA3 1 PHE B 358 ? ASP B 362 ? PHE B 358 ASP B 362 AA3 2 SER B 208 ? TYR B 212 ? SER B 208 TYR B 212 AA3 3 ILE B 333 ? SER B 338 ? ILE B 333 SER B 338 AA3 4 LEU B 303 ? HIS B 308 ? LEU B 303 HIS B 308 AA3 5 ILE B 235 ? ASN B 239 ? ILE B 235 ASN B 239 AA3 6 SER C 16 ? PHE C 18 ? SER C 16 PHE C 18 AA4 1 VAL C 174 ? LEU C 179 ? VAL C 174 LEU C 179 AA4 2 ARG C 242 ? LEU C 247 ? ARG C 242 LEU C 247 AA4 3 PHE C 274 ? GLY C 279 ? PHE C 274 GLY C 279 AA4 4 ILE C 143 ? PHE C 149 ? ILE C 143 PHE C 149 AA4 5 LEU C 299 ? ASP C 305 ? LEU C 299 ASP C 305 AA5 1 TYR C 607 ? ASN C 609 ? TYR C 607 ASN C 609 AA5 2 SER C 676 ? LYS C 679 ? SER C 676 LYS C 679 AA5 3 VAL C 667 ? ASP C 669 ? VAL C 667 ASP C 669 AA6 1 PHE D 130 ? SER D 136 ? PHE D 130 SER D 136 AA6 2 SER D 195 ? ASP D 201 ? SER D 195 ASP D 201 AA6 3 ILE D 229 ? THR D 235 ? ILE D 229 THR D 235 AA6 4 ASN D 94 ? VAL D 99 ? ASN D 94 VAL D 99 AA6 5 VAL D 256 ? GLN D 258 ? VAL D 256 GLN D 258 AA7 1 LEU D 457 ? PRO D 459 ? LEU D 457 PRO D 459 AA7 2 THR D 484 ? VAL D 486 ? THR D 484 VAL D 486 AA8 1 ASN E 63 ? LEU E 68 ? ASN E 63 LEU E 68 AA8 2 HIS E 125 ? ASP E 130 ? HIS E 125 ASP E 130 AA8 3 VAL E 158 ? ILE E 164 ? VAL E 158 ILE E 164 AA8 4 SER E 38 ? GLY E 43 ? SER E 38 GLY E 43 AA8 5 HIS E 179 ? PHE E 182 ? HIS E 179 PHE E 182 AA9 1 LEU E 422 ? ARG E 424 ? LEU E 422 ARG E 424 AA9 2 TRP E 436 ? VAL E 438 ? TRP E 436 VAL E 438 AB1 1 ILE G 182 ? ASN G 188 ? ILE G 181 ASN G 187 AB1 2 THR G 245 ? ASP G 251 ? THR G 244 ASP G 250 AB1 3 LEU G 278 ? ILE G 283 ? LEU G 277 ILE G 282 AB1 4 ALA G 153 ? SER G 157 ? ALA G 152 SER G 156 AB1 5 GLN G 305 ? LYS G 308 ? GLN G 304 LYS G 307 AB2 1 ILE G 540 ? ILE G 545 ? ILE G 539 ILE G 544 AB2 2 ARG G 581 ? LEU G 585 ? ARG G 580 LEU G 584 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N LEU A 551 ? N LEU A 408 O VAL A 600 ? O VAL A 457 AA1 2 3 N LEU A 597 ? N LEU A 454 O ILE A 630 ? O ILE A 487 AA1 3 4 O ALA A 633 ? O ALA A 490 N VAL A 515 ? N VAL A 372 AA1 4 5 N SER A 516 ? N SER A 373 O PHE A 660 ? O PHE A 517 AA2 1 2 N ASP A 774 ? N ASP A 631 O VAL A 838 ? O VAL A 695 AA2 2 3 O ARG A 839 ? O ARG A 696 N ILE A 826 ? N ILE A 683 AA3 1 2 O VAL B 359 ? O VAL B 359 N LEU B 210 ? N LEU B 210 AA3 2 3 N LEU B 209 ? N LEU B 209 O ALA B 337 ? O ALA B 337 AA3 3 4 O VAL B 336 ? O VAL B 336 N VAL B 305 ? N VAL B 305 AA3 4 5 O VAL B 304 ? O VAL B 304 N LEU B 236 ? N LEU B 236 AA3 5 6 N VAL B 237 ? N VAL B 237 O TYR C 17 ? O TYR C 17 AA4 1 2 N VAL C 177 ? N VAL C 177 O ILE C 246 ? O ILE C 246 AA4 2 3 N LEU C 247 ? N LEU C 247 O VAL C 277 ? O VAL C 277 AA4 3 4 O PHE C 278 ? O PHE C 278 N ALA C 146 ? N ALA C 146 AA4 4 5 N LEU C 147 ? N LEU C 147 O ARG C 302 ? O ARG C 302 AA5 1 2 N ILE C 608 ? N ILE C 608 O VAL C 677 ? O VAL C 677 AA5 2 3 O GLU C 678 ? O GLU C 678 N ARG C 668 ? N ARG C 668 AA6 1 2 N LEU D 135 ? N LEU D 135 O ILE D 199 ? O ILE D 199 AA6 2 3 N PHE D 198 ? N PHE D 198 O ILE D 232 ? O ILE D 232 AA6 3 4 O GLY D 233 ? O GLY D 233 N ILE D 98 ? N ILE D 98 AA6 4 5 N ILE D 97 ? N ILE D 97 O VAL D 257 ? O VAL D 257 AA7 1 2 N SER D 458 ? N SER D 458 O ARG D 485 ? O ARG D 485 AA8 1 2 N SER E 65 ? N SER E 65 O VAL E 128 ? O VAL E 128 AA8 2 3 N ILE E 127 ? N ILE E 127 O SER E 159 ? O SER E 159 AA8 3 4 O PHE E 162 ? O PHE E 162 N VAL E 41 ? N VAL E 41 AA8 4 5 N HIS E 42 ? N HIS E 42 O PHE E 182 ? O PHE E 182 AA9 1 2 N VAL E 423 ? N VAL E 423 O LYS E 437 ? O LYS E 437 AB1 1 2 N ALA G 185 ? N ALA G 184 O ILE G 247 ? O ILE G 246 AB1 2 3 N LEU G 250 ? N LEU G 249 O VAL G 281 ? O VAL G 280 AB1 3 4 O GLY G 282 ? O GLY G 281 N VAL G 156 ? N VAL G 155 AB1 4 5 N ALA G 153 ? N ALA G 152 O GLN G 305 ? O GLN G 304 AB2 1 2 N ASN G 541 ? N ASN G 540 O THR G 584 ? O THR G 583 # _pdbx_entry_details.entry_id 11SU _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 "O4'" X DA 9 ? ? "C1'" X DA 9 ? ? N9 X DA 9 ? ? 110.12 108.30 1.82 0.30 N 2 1 "O4'" X DC 35 ? ? "C1'" X DC 35 ? ? N1 X DC 35 ? ? 110.49 108.30 2.19 0.30 N 3 1 "O4'" Y DG 41 ? ? "C1'" Y DG 41 ? ? N9 Y DG 41 ? ? 110.14 108.30 1.84 0.30 N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 VAL A 559 ? ? -92.94 -61.75 2 1 SER A 646 ? ? -96.61 57.10 3 1 ASN A 649 ? ? -94.83 31.41 4 1 SER B 139 ? ? 59.99 -153.13 5 1 PRO B 345 ? ? -65.13 4.45 6 1 ALA C 306 ? ? -93.35 53.80 7 1 PHE C 515 ? ? -96.10 32.08 8 1 ASP C 582 ? ? -92.42 52.77 9 1 ASN D 350 ? ? -155.30 75.95 10 1 SER E 243 ? ? 58.99 -100.51 11 1 ARG G 516 ? ? 58.29 14.68 12 1 THR G 542 ? ? -126.49 -168.01 13 1 ASP G 575 ? ? -95.68 39.98 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 11SU _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;The YlODC54bpOriC-061 structure was docked into the map using ChimeraX and used as a starting point, with the DNA sequences substituted and manual refinement in Coot used to build the model. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details 'The initial model came from the experimental structure of YlODC54bpOriC-061' _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name Other _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 11SU _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details 'Non-uniform refinement was used for the final reconstruction.' _em_3d_reconstruction.resolution 2.64 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 125267 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 2 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM ATP, 1 mM DTT' _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'ORC-Cdc6 complex of Yarrowia lipolytica bound to a 60bp DNA segment of OriA-006' _em_entity_assembly.details ;Purified YlORC1-6 was mixed with glycerol-free buffer containing ATP and magnesium acetate, a 60 bp OriA-006 fragment, and YlCdc6 at an ORC:DNA:Cdc6 molar ratio of 1:1.5:4 in a stepwise fashion. Final protein concentration of 1 mg/mL, with 0.05% lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG). Blotted using a Leica EM GP2 automatic plunge freezer. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,6,7,8,9 # _em_imaging.entry_id 11SU _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 600 _em_imaging.nominal_defocus_max 2200 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'EMS Lacey Carbon' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 11SU _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 298 _em_vitrification.instrument 'LEICA EM GP' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ;Sample was applied to a glow-discharged lacey carbon grid and blotted for 3.0 seconds, and plunged into liquid ethane using a Leica Automatic Plunge Freezer EM GP2. ; # _em_experiment.entry_id 11SU _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -142 ? 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396 LYS CA HA sing N N 397 LYS C O doub N N 398 LYS C OXT sing N N 399 LYS CB CG sing N N 400 LYS CB HB2 sing N N 401 LYS CB HB3 sing N N 402 LYS CG CD sing N N 403 LYS CG HG2 sing N N 404 LYS CG HG3 sing N N 405 LYS CD CE sing N N 406 LYS CD HD2 sing N N 407 LYS CD HD3 sing N N 408 LYS CE NZ sing N N 409 LYS CE HE2 sing N N 410 LYS CE HE3 sing N N 411 LYS NZ HZ1 sing N N 412 LYS NZ HZ2 sing N N 413 LYS NZ HZ3 sing N N 414 LYS OXT HXT sing N N 415 MET N CA sing N N 416 MET N H sing N N 417 MET N H2 sing N N 418 MET CA C sing N N 419 MET CA CB sing N N 420 MET CA HA sing N N 421 MET C O doub N N 422 MET C OXT sing N N 423 MET CB CG sing N N 424 MET CB HB2 sing N N 425 MET CB HB3 sing N N 426 MET CG SD sing N N 427 MET CG HG2 sing N N 428 MET CG HG3 sing N N 429 MET SD CE sing N N 430 MET CE HE1 sing N N 431 MET CE HE2 sing N N 432 MET CE HE3 sing N N 433 MET OXT HXT sing N N 434 PHE N CA sing N N 435 PHE N H sing N N 436 PHE N H2 sing N N 437 PHE CA C sing N N 438 PHE CA CB sing N N 439 PHE CA HA sing N N 440 PHE C O doub N N 441 PHE C OXT sing N N 442 PHE CB CG sing N N 443 PHE CB HB2 sing N N 444 PHE CB HB3 sing N N 445 PHE CG CD1 doub Y N 446 PHE CG CD2 sing Y N 447 PHE CD1 CE1 sing Y N 448 PHE CD1 HD1 sing N N 449 PHE CD2 CE2 doub Y N 450 PHE CD2 HD2 sing N N 451 PHE CE1 CZ doub Y N 452 PHE CE1 HE1 sing N N 453 PHE CE2 CZ sing Y N 454 PHE CE2 HE2 sing N N 455 PHE CZ HZ sing N N 456 PHE OXT HXT sing N N 457 PRO N CA sing N N 458 PRO N CD sing N N 459 PRO N H sing N N 460 PRO CA C sing N N 461 PRO CA CB sing N N 462 PRO CA HA sing N N 463 PRO C O doub N N 464 PRO C OXT sing N N 465 PRO CB CG sing N N 466 PRO CB HB2 sing N N 467 PRO CB HB3 sing N N 468 PRO CG CD sing N N 469 PRO CG HG2 sing N N 470 PRO CG HG3 sing N N 471 PRO CD HD2 sing N N 472 PRO CD HD3 sing N N 473 PRO OXT HXT sing N N 474 SER N CA sing N N 475 SER N H sing N N 476 SER N H2 sing N N 477 SER CA C sing N N 478 SER CA CB sing N N 479 SER CA HA sing N N 480 SER C O doub N N 481 SER C OXT sing N N 482 SER CB OG sing N N 483 SER CB HB2 sing N N 484 SER CB HB3 sing N N 485 SER OG HG sing N N 486 SER OXT HXT sing N N 487 THR N CA sing N N 488 THR N H sing N N 489 THR N H2 sing N N 490 THR CA C sing N N 491 THR CA CB sing N N 492 THR CA HA sing N N 493 THR C O doub N N 494 THR C OXT sing N N 495 THR CB OG1 sing N N 496 THR CB CG2 sing N N 497 THR CB HB sing N N 498 THR OG1 HG1 sing N N 499 THR CG2 HG21 sing N N 500 THR CG2 HG22 sing N N 501 THR CG2 HG23 sing N N 502 THR OXT HXT sing N N 503 TRP N CA sing N N 504 TRP N H sing N N 505 TRP N H2 sing N N 506 TRP CA C sing N N 507 TRP CA CB sing N N 508 TRP CA HA sing N N 509 TRP C O doub N N 510 TRP C OXT sing N N 511 TRP CB CG sing N N 512 TRP CB HB2 sing N N 513 TRP CB HB3 sing N N 514 TRP CG CD1 doub Y N 515 TRP CG CD2 sing Y N 516 TRP CD1 NE1 sing Y N 517 TRP CD1 HD1 sing N N 518 TRP CD2 CE2 doub Y N 519 TRP CD2 CE3 sing Y N 520 TRP NE1 CE2 sing Y N 521 TRP NE1 HE1 sing N N 522 TRP CE2 CZ2 sing Y N 523 TRP CE3 CZ3 doub Y N 524 TRP CE3 HE3 sing N N 525 TRP CZ2 CH2 doub Y N 526 TRP CZ2 HZ2 sing N N 527 TRP CZ3 CH2 sing Y N 528 TRP CZ3 HZ3 sing N N 529 TRP CH2 HH2 sing N N 530 TRP OXT HXT sing N N 531 TYR N CA sing N N 532 TYR N H sing N N 533 TYR N H2 sing N N 534 TYR CA C sing N N 535 TYR CA CB sing N N 536 TYR CA HA sing N N 537 TYR C O doub N N 538 TYR C OXT sing N N 539 TYR CB CG sing N N 540 TYR CB HB2 sing N N 541 TYR CB HB3 sing N N 542 TYR CG CD1 doub Y N 543 TYR CG CD2 sing Y N 544 TYR CD1 CE1 sing Y N 545 TYR CD1 HD1 sing N N 546 TYR CD2 CE2 doub Y N 547 TYR CD2 HD2 sing N N 548 TYR CE1 CZ doub Y N 549 TYR CE1 HE1 sing N N 550 TYR CE2 CZ sing Y N 551 TYR CE2 HE2 sing N N 552 TYR CZ OH sing N N 553 TYR OH HH sing N N 554 TYR OXT HXT sing N N 555 VAL N CA sing N N 556 VAL N H sing N N 557 VAL N H2 sing N N 558 VAL CA C sing N N 559 VAL CA CB sing N N 560 VAL CA HA sing N N 561 VAL C O doub N N 562 VAL C OXT sing N N 563 VAL CB CG1 sing N N 564 VAL CB CG2 sing N N 565 VAL CB HB sing N N 566 VAL CG1 HG11 sing N N 567 VAL CG1 HG12 sing N N 568 VAL CG1 HG13 sing N N 569 VAL CG2 HG21 sing N N 570 VAL CG2 HG22 sing N N 571 VAL CG2 HG23 sing N N 572 VAL OXT HXT sing N N 573 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2026-03-11 _em_admin.deposition_site RCSB _em_admin.entry_id 11SU _em_admin.last_update 2026-09-30 _em_admin.map_release_date 2026-09-30 _em_admin.title 'Cryo-EM map of Yarrowia lipolytica ORC-Cdc6 bound to 60bp segment of OriA-006 DNA' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 50 mM ? 1 HEPES 1 150 mM KOAc 2 'potassium acetate' 1 10 mM MgOAc 3 'magnesium acetate' 1 1 mM ATP 4 'adenosine triphosphate' 1 1 mM DTT 5 dithiothreitol 1 0.05 % ? 6 'lauryl maltose neopentyl glycol' # _em_ctf_correction.details ;CTF correction was done first in WARP during initial screening, and re-corrected in cryoSPARC during the re-picking of particles from micrographs and during the refinements/reconstruction of the map in cryoSPARC ; _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.4895 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 4952 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Yarrowia lipolytica' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 7108 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Spodoptera frugiperda' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid 'DH10 MultiBac' _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 78.8 _em_image_recording.details ;Cryo-electron microscopy data were collected using an FEI/ThermoFisher Titan Krios TEM operating at 300 keV. A Gatan K3 direct electron detector equipped with a BioQuantum energy filter was utilized to semi-automatically collect dose-fractionated movies with ThermoFisher EPU data collection software. For the YlODC60bpOri-A006-WT data collection, a single session was used to collect 8340 exposures, with movies containing 40 frames at a dose rate of 1.97 e/A^2 per frame, totaling 78.8 e/A^2 in cumulative dose. ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 8340 # _em_particle_selection.details ;Particle picking used a BoxNet pre-trained neural network implemented in TensorFlow, with a particle diameter of 180 angstrom and a threshold score of 0.4 ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 793509 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version _em_software.reference_DOI 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? Warp ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 2 ? ? ? PHENIX 2.0_5885 ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 3 1 1 1 ? ? ? MASKING ? 4 1 1 1 ? ? ? 'CTF CORRECTION' ;cryoSPARC Patch CTF Refinement and final CTF refinement in the Non-Uniform refinement job provided final CTF estimation/corrections. ; 5 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? 'LAYERLINE INDEXING' ? 6 1 1 1 ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 7 1 1 1 ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 8 1 1 1 ? ? ? OTHER ? 9 1 1 1 ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' 'cryoSPARC heterogeneous refinement was used for initial angular assignment' 10 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' 'Non-uniform refinement was carried out for the final angle assignment.' 11 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? CLASSIFICATION 'Non-uniform refinement was carried out for the final 3D classification.' 12 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? RECONSTRUCTION 'Non-uniform refinement was carried out for the final reconstruction.' 13 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? # _em_specimen.concentration 1 _em_specimen.details 'Pre-incubated in assembly buffer (50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM ATP, 1 mM DTT) for 10 minutes.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 11SU 'double helix' 11SU 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 H DA 5 1_555 I DT 56 1_555 -0.001 -0.257 -0.009 -0.700 -3.893 2.561 1 X_DA5:DT56_Y X 5 ? Y 56 ? 20 1 1 H DC 6 1_555 I DG 55 1_555 0.210 -0.189 0.081 1.683 -6.145 0.389 2 X_DC6:DG55_Y X 6 ? Y 55 ? 19 1 1 H DC 7 1_555 I DG 54 1_555 0.157 -0.202 -0.151 -1.538 -5.543 0.196 3 X_DC7:DG54_Y X 7 ? Y 54 ? 19 1 1 H DC 8 1_555 I DG 53 1_555 0.165 -0.232 -0.252 1.745 -3.572 -1.526 4 X_DC8:DG53_Y X 8 ? Y 53 ? 19 1 1 H DA 9 1_555 I DT 52 1_555 0.137 -0.202 -0.038 5.326 -9.870 0.771 5 X_DA9:DT52_Y X 9 ? Y 52 ? 20 1 1 H DA 10 1_555 I DT 51 1_555 -0.018 -0.093 0.008 1.417 -16.702 1.739 6 X_DA10:DT51_Y X 10 ? Y 51 ? 20 1 1 H DT 11 1_555 I DA 50 1_555 -0.032 -0.125 0.096 -1.101 -14.356 4.299 7 X_DT11:DA50_Y X 11 ? Y 50 ? 20 1 1 H DA 12 1_555 I DT 49 1_555 0.087 0.121 0.158 -9.471 -15.079 14.981 8 X_DA12:DT49_Y X 12 ? Y 49 ? 20 1 1 H DT 13 1_555 I DA 48 1_555 -0.024 -0.101 0.040 -4.521 -6.235 2.797 9 X_DT13:DA48_Y X 13 ? Y 48 ? 20 1 1 H DG 14 1_555 I DC 47 1_555 -0.228 -0.144 0.062 -2.540 -5.977 1.353 10 X_DG14:DC47_Y X 14 ? Y 47 ? 19 1 1 H DC 15 1_555 I DG 46 1_555 0.208 -0.233 -0.098 -0.312 -3.464 -0.927 11 X_DC15:DG46_Y X 15 ? Y 46 ? 19 1 1 H DC 16 1_555 I DG 45 1_555 0.209 -0.233 -0.163 0.018 -4.993 0.081 12 X_DC16:DG45_Y X 16 ? Y 45 ? 19 1 1 H DC 17 1_555 I DG 44 1_555 0.233 -0.230 -0.216 0.562 -3.998 0.630 13 X_DC17:DG44_Y X 17 ? Y 44 ? 19 1 1 H DC 18 1_555 I DG 43 1_555 0.236 -0.248 -0.044 -0.247 -5.656 0.056 14 X_DC18:DG43_Y X 18 ? Y 43 ? 19 1 1 H DT 19 1_555 I DA 42 1_555 0.007 -0.240 -0.048 1.891 -6.423 -1.022 15 X_DT19:DA42_Y X 19 ? Y 42 ? 20 1 1 H DC 20 1_555 I DG 41 1_555 0.186 -0.280 -0.214 1.157 -8.015 -0.379 16 X_DC20:DG41_Y X 20 ? Y 41 ? 19 1 1 H DC 21 1_555 I DG 40 1_555 0.215 -0.238 -0.291 0.349 -3.628 -0.642 17 X_DC21:DG40_Y X 21 ? Y 40 ? 19 1 1 H DA 22 1_555 I DT 39 1_555 0.089 -0.168 -0.235 4.550 -11.857 1.515 18 X_DA22:DT39_Y X 22 ? Y 39 ? 20 1 1 H DA 23 1_555 I DT 38 1_555 0.073 -0.115 -0.110 1.691 -13.980 1.466 19 X_DA23:DT38_Y X 23 ? 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