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Chains K and L are N-terminal regions of Cdc6. ; 8 polymer syn 'DNA (60-MER)' 18335.758 1 ? ? ? ? 9 polymer syn 'DNA (60-MER)' 18650.898 1 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 4 ? ? ? ? 11 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 4 ? ? ? ? 12 water nat water 18.015 16 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 3 YALI0F14773p 5 YALI0B01452p 6 YALI0F31647p 7 YALI0C00671p # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKTGSLQDSEVNQEAKPEVKPEVKPETHINLKVSDGSSEIFFKIKKTTPLR RLMEAFAKRQGKEMDSLTFLYDGIEIQADQTPEDLDMEDNDIIEAHREQIGGIPTTENLYFQGMTKEYTAIYSPEAKSAP KNKKKAAVRAIRDQDNVEISAGDVVLLKDDPDVEGKEFALIQGLKHGDQGLEAKCVLMKLFNDAEALTPKHVIPNTNKNR 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UNP Q6C5R0 LYS 18 conflict 18 144 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'electron microscopy' 'not applicable' 2 1 'gel filtration' ;Replicates of sample were run on Superose 6 increase 3.2/300 column for a separate experiment, runs at expected size, with a higher 260/280 than ORC or Cdc6 alone, indicating bound DNA. SDS-PAGE of sample clearly displays all ORC proteins in addition to Cdc6 co-eluting. ; # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 469 ? 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LYS B 217 VAL B 229 1 ? 13 HELX_P HELX_P30 AD3 GLN B 246 ? HIS B 262 ? GLN B 246 HIS B 262 1 ? 17 HELX_P HELX_P31 AD4 HIS B 262 ? LYS B 269 ? HIS B 262 LYS B 269 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 VAL B 273 ? LEU B 277 ? VAL B 273 LEU B 277 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 ASP B 280 ? ILE B 295 ? ASP B 280 ILE B 295 1 ? 16 HELX_P HELX_P34 AD7 ILE B 317 ? SER B 329 ? ILE B 317 SER B 329 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 AD8 MET B 343 ? TRP B 348 ? MET B 343 TRP B 348 5 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 ASP B 349 ? ASN B 357 ? ASP B 349 ASN B 357 1 ? 9 HELX_P HELX_P37 AE1 TYR B 369 ? SER B 374 ? TYR B 369 SER B 374 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 PHE B 375 ? ASP B 376 ? PHE B 375 ASP B 376 5 ? 2 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP B 377 ? LEU B 381 ? ASP B 377 LEU B 381 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 GLY B 382 ? GLN B 388 ? GLY B 382 GLN B 388 5 ? 7 HELX_P HELX_P41 AE5 THR B 401 ? GLU B 418 ? THR B 401 GLU B 418 1 ? 18 HELX_P HELX_P42 AE6 SER B 439 ? SER B 443 ? SER B 439 SER B 443 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP B 445 ? GLU B 456 ? ASP B 445 GLU B 456 1 ? 12 HELX_P HELX_P44 AE8 PHE B 465 ? HIS B 475 ? PHE B 465 HIS B 475 1 ? 11 HELX_P HELX_P45 AE9 GLN B 500 ? GLU B 504 ? GLN B 500 GLU B 504 1 ? 5 HELX_P HELX_P46 AF1 ARG C 10 ? LYS C 14 ? ARG C 10 LYS C 14 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 SER C 20 ? ARG C 28 ? SER C 20 ARG C 28 1 ? 9 HELX_P HELX_P48 AF3 PRO C 93 ? THR C 122 ? PRO C 93 THR C 122 1 ? 30 HELX_P HELX_P49 AF4 ASN C 123 ? GLU C 136 ? ASN C 123 GLU C 136 1 ? 14 HELX_P HELX_P50 AF5 ASN C 153 ? ALA C 155 ? ASN C 153 ALA C 155 5 ? 3 HELX_P HELX_P51 AF6 ASN C 156 ? GLY C 169 ? ASN C 156 GLY C 169 1 ? 14 HELX_P HELX_P52 AF7 SER C 186 ? ILE C 199 ? SER C 186 ILE C 199 1 ? 14 HELX_P HELX_P53 AF8 SER C 201 ? GLU C 209 ? SER C 201 GLU C 209 1 ? 9 HELX_P HELX_P54 AF9 ARG C 211 ? LEU C 215 ? ARG C 211 LEU C 215 5 ? 5 HELX_P HELX_P55 AG1 ASP C 218 ? LYS C 222 ? ASP C 218 LYS C 222 5 ? 5 HELX_P HELX_P56 AG2 ASP C 224 ? GLY C 236 ? ASP C 224 GLY C 236 1 ? 13 HELX_P HELX_P57 AG3 ASP C 254 ? TYR C 268 ? 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VAL G 597 LYS G 602 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OG1 ? 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N LEU A 404 O VAL A 598 ? O VAL A 455 AA1 2 3 N VAL A 599 ? N VAL A 456 O ILE A 630 ? O ILE A 487 AA1 3 4 O ALA A 633 ? O ALA A 490 N VAL A 515 ? N VAL A 372 AA1 4 5 N SER A 516 ? N SER A 373 O PHE A 660 ? O PHE A 517 AA2 1 2 N ASP A 774 ? N ASP A 631 O VAL A 838 ? O VAL A 695 AA2 2 3 O ARG A 839 ? O ARG A 696 N ILE A 826 ? N ILE A 683 AA3 1 2 O VAL B 359 ? O VAL B 359 N LEU B 210 ? N LEU B 210 AA3 2 3 N LEU B 209 ? N LEU B 209 O ALA B 337 ? O ALA B 337 AA3 3 4 O VAL B 336 ? O VAL B 336 N CYS B 307 ? N CYS B 307 AA3 4 5 O LEU B 306 ? O LEU B 306 N LEU B 236 ? N LEU B 236 AA3 5 6 N VAL B 237 ? N VAL B 237 O TYR C 17 ? O TYR C 17 AA4 1 2 N HIS C 175 ? N HIS C 175 O VAL C 244 ? O VAL C 244 AA4 2 3 N LEU C 247 ? N LEU C 247 O VAL C 277 ? O VAL C 277 AA4 3 4 O PHE C 278 ? O PHE C 278 N ALA C 146 ? N ALA C 146 AA4 4 5 N LEU C 147 ? N LEU C 147 O PHE C 304 ? O PHE C 304 AA5 1 2 N ILE C 608 ? N ILE C 608 O VAL C 677 ? O VAL C 677 AA5 2 3 O GLU C 678 ? O GLU C 678 N ARG C 668 ? N ARG C 668 AA6 1 2 N LEU D 135 ? N LEU D 135 O ILE D 199 ? O ILE D 199 AA6 2 3 N LEU D 200 ? N LEU D 200 O ILE D 232 ? O ILE D 232 AA6 3 4 O GLY D 233 ? O GLY D 233 N ILE D 98 ? N ILE D 98 AA6 4 5 N ILE D 97 ? N ILE D 97 O VAL D 257 ? O VAL D 257 AA7 1 2 N SER D 458 ? N SER D 458 O ARG D 485 ? O ARG D 485 AA8 1 2 N SER E 65 ? N SER E 65 O VAL E 128 ? O VAL E 128 AA8 2 3 N ILE E 127 ? N ILE E 127 O SER E 159 ? O SER E 159 AA8 3 4 O PHE E 162 ? O PHE E 162 N VAL E 41 ? N VAL E 41 AA8 4 5 N LEU E 40 ? N LEU E 40 O VAL E 180 ? O VAL E 180 AA9 1 2 N VAL E 423 ? N VAL E 423 O LYS E 437 ? O LYS E 437 AB1 1 2 N LYS G 182 ? N LYS G 182 O ILE G 246 ? O ILE G 246 AB1 2 3 N LEU G 249 ? N LEU G 249 O VAL G 280 ? O VAL G 280 AB1 3 4 O GLY G 281 ? O GLY G 281 N VAL G 155 ? N VAL G 155 AB1 4 5 N TYR G 154 ? N TYR G 154 O GLN G 304 ? O GLN G 304 AB2 1 2 N ASN G 540 ? N ASN G 540 O THR G 583 ? O THR G 583 # _pdbx_entry_details.entry_id 11SV _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 OP1 X DC 6 ? ? P X DC 6 ? ? OP2 X DC 6 ? ? 109.48 119.60 -10.12 1.50 N 2 1 "O4'" X DC 35 ? ? "C1'" X DC 35 ? ? N1 X DC 35 ? ? 110.25 108.30 1.95 0.30 N 3 1 OP1 Y DC 23 ? ? P Y DC 23 ? ? OP2 Y DC 23 ? ? 109.74 119.60 -9.86 1.50 N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LEU A 708 ? ? -90.06 50.59 2 1 LYS A 709 ? ? -131.86 -31.07 3 1 SER B 139 ? ? 59.73 -150.56 4 1 MET B 343 ? ? -99.95 31.68 5 1 PRO B 345 ? ? -64.20 2.64 6 1 THR C 392 ? ? -124.71 -169.93 7 1 THR D 331 ? ? -95.67 -60.81 8 1 ASN D 350 ? ? -153.09 87.51 9 1 SER E 243 ? ? 56.59 -101.06 10 1 THR G 406 ? ? 65.39 -2.39 11 1 THR G 542 ? ? -125.97 -168.83 12 1 ASP G 575 ? ? -84.58 30.17 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 11SV _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;The YlODC60bpOriA-006-WT structure was docked into the map using ChimeraX and used as a starting point, with the DNA sequence altered at the mutated sites and manual refinement in Coot used to refine the model. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details 'The initial model came from the experimental structure of YlODC60bpOriA-006-WT' _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name Other _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 11SV _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details 'Non-uniform refinement was used for the final reconstruction.' _em_3d_reconstruction.resolution 2.56 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 51222 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM ATP, 1 mM DTT' _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'ORC-Cdc6 complex of Yarrowia lipolytica bound to a 60bp DNA segment of a mutant of OriA-006 containing the CNNGGNR mutation' _em_entity_assembly.details ;Purified YlORC1-6 was mixed with glycerol-free buffer containing ATP and magnesium acetate, a 60 bp mutant OriA-006 fragment, and YlCdc6 at an ORC:DNA:Cdc6 molar ratio of 1:1.5:6 in a stepwise fashion. Final protein concentration of 1.6 mg/mL, with 0.05% lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG). Blotted using a Leica EM GP2 automatic plunge freezer. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,6,7,8,9 # _em_imaging.entry_id 11SV _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 600 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details 'ethyl acetate wash' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 11SV _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 298 _em_vitrification.instrument 'LEICA EM GP' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ;Sample was applied to a non-glow discharged Quantifoil R 1.2/1.3 300 mesh copper grid (previously washed with ethyl acetate), incubated for 10 seconds at 25C and 95% humidity, blotted for 2.7 seconds, and plunged into liquid ethane using a Leica Automatic Plunge Freezer EM GP2. ; # _em_experiment.entry_id 11SV _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -142 ? A MET 1 2 1 Y 1 A SER -141 ? A SER 2 3 1 Y 1 A ALA -140 ? A ALA 3 4 1 Y 1 A TRP -139 ? A TRP 4 5 1 Y 1 A SER -138 ? A SER 5 6 1 Y 1 A HIS -137 ? A HIS 6 7 1 Y 1 A PRO -136 ? A PRO 7 8 1 Y 1 A GLN -135 ? A GLN 8 9 1 Y 1 A PHE -134 ? A PHE 9 10 1 Y 1 A GLU -133 ? A GLU 10 11 1 Y 1 A LYS -132 ? A LYS 11 12 1 Y 1 A GLY -131 ? A GLY 12 13 1 Y 1 A GLY -130 ? A GLY 13 14 1 Y 1 A GLY -129 ? A GLY 14 15 1 Y 1 A SER -128 ? A SER 15 16 1 Y 1 A GLY -127 ? A GLY 16 17 1 Y 1 A GLY -126 ? A GLY 17 18 1 Y 1 A GLY -125 ? A GLY 18 19 1 Y 1 A SER -124 ? A SER 19 20 1 Y 1 A GLY -123 ? A GLY 20 21 1 Y 1 A GLY -122 ? A GLY 21 22 1 Y 1 A SER -121 ? A SER 22 23 1 Y 1 A ALA -120 ? A ALA 23 24 1 Y 1 A TRP -119 ? A TRP 24 25 1 Y 1 A SER -118 ? A SER 25 26 1 Y 1 A HIS -117 ? A HIS 26 27 1 Y 1 A PRO -116 ? A PRO 27 28 1 Y 1 A GLN -115 ? A GLN 28 29 1 Y 1 A PHE -114 ? A PHE 29 30 1 Y 1 A GLU -113 ? A GLU 30 31 1 Y 1 A LYS -112 ? A LYS 31 32 1 Y 1 A THR -111 ? A THR 32 33 1 Y 1 A GLY -110 ? A GLY 33 34 1 Y 1 A SER -109 ? A SER 34 35 1 Y 1 A LEU -108 ? A LEU 35 36 1 Y 1 A GLN -107 ? A GLN 36 37 1 Y 1 A ASP -106 ? A ASP 37 38 1 Y 1 A SER -105 ? A SER 38 39 1 Y 1 A GLU -104 ? A GLU 39 40 1 Y 1 A VAL -103 ? A VAL 40 41 1 Y 1 A ASN -102 ? A ASN 41 42 1 Y 1 A GLN -101 ? A GLN 42 43 1 Y 1 A GLU -100 ? A GLU 43 44 1 Y 1 A ALA -99 ? A ALA 44 45 1 Y 1 A LYS -98 ? A LYS 45 46 1 Y 1 A PRO -97 ? A PRO 46 47 1 Y 1 A GLU -96 ? A GLU 47 48 1 Y 1 A VAL -95 ? A VAL 48 49 1 Y 1 A LYS -94 ? A LYS 49 50 1 Y 1 A PRO -93 ? A PRO 50 51 1 Y 1 A GLU -92 ? A GLU 51 52 1 Y 1 A VAL -91 ? A VAL 52 53 1 Y 1 A LYS -90 ? A LYS 53 54 1 Y 1 A PRO -89 ? A PRO 54 55 1 Y 1 A GLU -88 ? A GLU 55 56 1 Y 1 A THR -87 ? A THR 56 57 1 Y 1 A HIS -86 ? A HIS 57 58 1 Y 1 A ILE -85 ? A ILE 58 59 1 Y 1 A ASN -84 ? A ASN 59 60 1 Y 1 A LEU -83 ? A LEU 60 61 1 Y 1 A LYS -82 ? A LYS 61 62 1 Y 1 A VAL -81 ? A VAL 62 63 1 Y 1 A SER -80 ? A SER 63 64 1 Y 1 A ASP -79 ? A ASP 64 65 1 Y 1 A GLY -78 ? A GLY 65 66 1 Y 1 A SER -77 ? A SER 66 67 1 Y 1 A SER -76 ? A SER 67 68 1 Y 1 A GLU -75 ? A GLU 68 69 1 Y 1 A ILE -74 ? A ILE 69 70 1 Y 1 A PHE -73 ? A PHE 70 71 1 Y 1 A PHE -72 ? A PHE 71 72 1 Y 1 A LYS -71 ? A LYS 72 73 1 Y 1 A ILE -70 ? A ILE 73 74 1 Y 1 A LYS -69 ? A LYS 74 75 1 Y 1 A LYS -68 ? A LYS 75 76 1 Y 1 A THR -67 ? A THR 76 77 1 Y 1 A THR -66 ? A THR 77 78 1 Y 1 A PRO -65 ? A PRO 78 79 1 Y 1 A LEU -64 ? A LEU 79 80 1 Y 1 A ARG -63 ? A ARG 80 81 1 Y 1 A ARG -62 ? A ARG 81 82 1 Y 1 A LEU -61 ? A LEU 82 83 1 Y 1 A MET -60 ? A MET 83 84 1 Y 1 A GLU -59 ? A GLU 84 85 1 Y 1 A ALA -58 ? A ALA 85 86 1 Y 1 A PHE -57 ? A PHE 86 87 1 Y 1 A ALA -56 ? A ALA 87 88 1 Y 1 A LYS -55 ? A LYS 88 89 1 Y 1 A ARG -54 ? A ARG 89 90 1 Y 1 A GLN -53 ? A GLN 90 91 1 Y 1 A GLY -52 ? A GLY 91 92 1 Y 1 A LYS -51 ? A LYS 92 93 1 Y 1 A GLU -50 ? A GLU 93 94 1 Y 1 A MET -49 ? A MET 94 95 1 Y 1 A ASP -48 ? A ASP 95 96 1 Y 1 A SER -47 ? A SER 96 97 1 Y 1 A LEU -46 ? A LEU 97 98 1 Y 1 A THR -45 ? A THR 98 99 1 Y 1 A PHE -44 ? 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A ILE 130 131 1 Y 1 A GLY -12 ? A GLY 131 132 1 Y 1 A GLY -11 ? A GLY 132 133 1 Y 1 A ILE -10 ? A ILE 133 134 1 Y 1 A PRO -9 ? A PRO 134 135 1 Y 1 A THR -8 ? A THR 135 136 1 Y 1 A THR -7 ? A THR 136 137 1 Y 1 A GLU -6 ? A GLU 137 138 1 Y 1 A ASN -5 ? A ASN 138 139 1 Y 1 A LEU -4 ? A LEU 139 140 1 Y 1 A TYR -3 ? A TYR 140 141 1 Y 1 A PHE -2 ? A PHE 141 142 1 Y 1 A GLN -1 ? A GLN 142 143 1 Y 1 A GLY 0 ? A GLY 143 144 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 144 145 1 Y 1 A THR 2 ? A THR 145 146 1 Y 1 A LYS 3 ? A LYS 146 147 1 Y 1 A GLU 4 ? A GLU 147 148 1 Y 1 A TYR 5 ? A TYR 148 149 1 Y 1 A THR 6 ? A THR 149 150 1 Y 1 A ALA 7 ? A ALA 150 151 1 Y 1 A ILE 8 ? A ILE 151 152 1 Y 1 A TYR 9 ? A TYR 152 153 1 Y 1 A SER 10 ? A SER 153 154 1 Y 1 A PRO 11 ? A PRO 154 155 1 Y 1 A GLU 12 ? A GLU 155 156 1 Y 1 A ALA 13 ? A ALA 156 157 1 Y 1 A LYS 14 ? A LYS 157 158 1 Y 1 A SER 15 ? A SER 158 159 1 Y 1 A ALA 16 ? A ALA 159 160 1 Y 1 A PRO 17 ? A PRO 160 161 1 Y 1 A LYS 18 ? A LYS 161 162 1 Y 1 A ASN 19 ? 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"HO3'" sing N N 149 DA "C2'" "C1'" sing N N 150 DA "C2'" "H2'" sing N N 151 DA "C2'" "H2''" sing N N 152 DA "C1'" N9 sing N N 153 DA "C1'" "H1'" sing N N 154 DA N9 C8 sing Y N 155 DA N9 C4 sing Y N 156 DA C8 N7 doub Y N 157 DA C8 H8 sing N N 158 DA N7 C5 sing Y N 159 DA C5 C6 sing Y N 160 DA C5 C4 doub Y N 161 DA C6 N6 sing N N 162 DA C6 N1 doub Y N 163 DA N6 H61 sing N N 164 DA N6 H62 sing N N 165 DA N1 C2 sing Y N 166 DA C2 N3 doub Y N 167 DA C2 H2 sing N N 168 DA N3 C4 sing Y N 169 DC OP3 P sing N N 170 DC OP3 HOP3 sing N N 171 DC P OP1 doub N N 172 DC P OP2 sing N N 173 DC P "O5'" sing N N 174 DC OP2 HOP2 sing N N 175 DC "O5'" "C5'" sing N N 176 DC "C5'" "C4'" sing N N 177 DC "C5'" "H5'" sing N N 178 DC "C5'" "H5''" sing N N 179 DC "C4'" "O4'" sing N N 180 DC "C4'" "C3'" sing N N 181 DC "C4'" "H4'" sing N N 182 DC "O4'" "C1'" sing N N 183 DC "C3'" "O3'" sing N N 184 DC "C3'" "C2'" sing N N 185 DC "C3'" "H3'" sing N N 186 DC "O3'" "HO3'" sing N N 187 DC "C2'" "C1'" sing N N 188 DC "C2'" "H2'" sing N N 189 DC "C2'" "H2''" sing N N 190 DC "C1'" N1 sing N N 191 DC "C1'" "H1'" sing N N 192 DC N1 C2 sing N N 193 DC N1 C6 sing N N 194 DC C2 O2 doub N N 195 DC C2 N3 sing N N 196 DC N3 C4 doub N N 197 DC C4 N4 sing N N 198 DC C4 C5 sing N N 199 DC N4 H41 sing N N 200 DC N4 H42 sing N N 201 DC C5 C6 doub N N 202 DC C5 H5 sing N N 203 DC C6 H6 sing N N 204 DG OP3 P sing N N 205 DG OP3 HOP3 sing N N 206 DG P OP1 doub N N 207 DG P OP2 sing N N 208 DG P "O5'" sing N N 209 DG OP2 HOP2 sing N N 210 DG "O5'" "C5'" sing N N 211 DG "C5'" "C4'" sing N N 212 DG "C5'" "H5'" sing N N 213 DG "C5'" "H5''" sing N N 214 DG "C4'" "O4'" sing N N 215 DG "C4'" "C3'" sing N N 216 DG "C4'" "H4'" sing N N 217 DG "O4'" "C1'" sing N N 218 DG "C3'" "O3'" sing N N 219 DG "C3'" "C2'" sing N N 220 DG "C3'" "H3'" sing N N 221 DG "O3'" "HO3'" sing N N 222 DG "C2'" "C1'" sing N N 223 DG "C2'" "H2'" sing N N 224 DG "C2'" "H2''" sing N N 225 DG "C1'" N9 sing N N 226 DG "C1'" "H1'" sing N N 227 DG N9 C8 sing Y N 228 DG N9 C4 sing Y N 229 DG C8 N7 doub Y N 230 DG C8 H8 sing N N 231 DG N7 C5 sing Y N 232 DG C5 C6 sing N N 233 DG C5 C4 doub Y N 234 DG C6 O6 doub N N 235 DG C6 N1 sing N N 236 DG N1 C2 sing N N 237 DG N1 H1 sing N N 238 DG C2 N2 sing N N 239 DG C2 N3 doub N N 240 DG N2 H21 sing N N 241 DG N2 H22 sing N N 242 DG N3 C4 sing N N 243 DT OP3 P sing N N 244 DT OP3 HOP3 sing N N 245 DT P OP1 doub N N 246 DT P OP2 sing N N 247 DT P "O5'" sing N N 248 DT OP2 HOP2 sing N N 249 DT "O5'" "C5'" sing N N 250 DT "C5'" "C4'" sing N N 251 DT "C5'" "H5'" sing N N 252 DT "C5'" "H5''" sing N N 253 DT "C4'" "O4'" sing N N 254 DT "C4'" "C3'" sing N N 255 DT "C4'" "H4'" sing N N 256 DT "O4'" "C1'" sing N N 257 DT "C3'" "O3'" sing N N 258 DT "C3'" "C2'" sing N N 259 DT "C3'" "H3'" sing N N 260 DT "O3'" "HO3'" sing N N 261 DT "C2'" "C1'" sing N N 262 DT "C2'" "H2'" sing N N 263 DT "C2'" "H2''" sing N N 264 DT "C1'" N1 sing N N 265 DT "C1'" "H1'" sing N N 266 DT N1 C2 sing N N 267 DT N1 C6 sing N N 268 DT C2 O2 doub N N 269 DT C2 N3 sing N N 270 DT N3 C4 sing N N 271 DT N3 H3 sing N N 272 DT C4 O4 doub N N 273 DT C4 C5 sing N N 274 DT C5 C7 sing N N 275 DT C5 C6 doub N N 276 DT C7 H71 sing N N 277 DT C7 H72 sing N N 278 DT C7 H73 sing N N 279 DT C6 H6 sing N N 280 GLN N CA sing N N 281 GLN N H sing N N 282 GLN N H2 sing N N 283 GLN CA C sing N N 284 GLN CA CB sing N N 285 GLN CA HA sing N N 286 GLN C O doub N N 287 GLN C OXT sing N N 288 GLN CB CG sing N N 289 GLN CB HB2 sing N N 290 GLN CB HB3 sing N N 291 GLN CG CD sing N N 292 GLN CG HG2 sing N N 293 GLN CG HG3 sing N N 294 GLN CD OE1 doub N N 295 GLN CD NE2 sing N N 296 GLN NE2 HE21 sing N N 297 GLN NE2 HE22 sing N N 298 GLN OXT HXT sing N N 299 GLU N CA sing N N 300 GLU N H sing N N 301 GLU N H2 sing N N 302 GLU CA C sing N N 303 GLU CA CB sing N N 304 GLU CA HA sing N N 305 GLU C O doub N N 306 GLU C OXT sing N N 307 GLU CB CG sing N N 308 GLU CB HB2 sing N N 309 GLU CB HB3 sing N N 310 GLU CG CD sing N N 311 GLU CG HG2 sing N N 312 GLU CG HG3 sing N N 313 GLU CD OE1 doub N N 314 GLU CD OE2 sing N N 315 GLU OE2 HE2 sing N N 316 GLU OXT HXT sing N N 317 GLY N CA sing N N 318 GLY N H sing N N 319 GLY N H2 sing N N 320 GLY CA C sing N N 321 GLY CA HA2 sing N N 322 GLY CA HA3 sing N N 323 GLY C O doub N N 324 GLY C OXT sing N N 325 GLY OXT HXT sing N N 326 HIS N CA sing N N 327 HIS N H sing N N 328 HIS N H2 sing N N 329 HIS CA C sing N N 330 HIS CA CB sing N N 331 HIS CA HA sing N N 332 HIS C O doub N N 333 HIS C OXT sing N N 334 HIS CB CG sing N N 335 HIS CB HB2 sing N N 336 HIS CB HB3 sing N N 337 HIS CG ND1 sing Y N 338 HIS CG CD2 doub Y N 339 HIS ND1 CE1 doub Y N 340 HIS ND1 HD1 sing N N 341 HIS CD2 NE2 sing Y N 342 HIS CD2 HD2 sing N N 343 HIS CE1 NE2 sing Y N 344 HIS CE1 HE1 sing N N 345 HIS NE2 HE2 sing N N 346 HIS OXT HXT sing N N 347 HOH O H1 sing N N 348 HOH O H2 sing N N 349 ILE N CA sing N N 350 ILE N H sing N N 351 ILE N H2 sing N N 352 ILE CA C sing N N 353 ILE CA CB sing N N 354 ILE CA HA sing N N 355 ILE C O doub N N 356 ILE C OXT sing N N 357 ILE CB CG1 sing N N 358 ILE CB CG2 sing N N 359 ILE CB HB sing N N 360 ILE CG1 CD1 sing N N 361 ILE CG1 HG12 sing N N 362 ILE CG1 HG13 sing N N 363 ILE CG2 HG21 sing N N 364 ILE CG2 HG22 sing N N 365 ILE CG2 HG23 sing N N 366 ILE CD1 HD11 sing N N 367 ILE CD1 HD12 sing N N 368 ILE CD1 HD13 sing N N 369 ILE OXT HXT sing N N 370 LEU N CA sing N N 371 LEU N H sing N N 372 LEU N H2 sing N N 373 LEU CA C sing N N 374 LEU CA CB sing N N 375 LEU CA HA sing N N 376 LEU C O doub N N 377 LEU C OXT sing N N 378 LEU CB CG sing N N 379 LEU CB HB2 sing N N 380 LEU CB HB3 sing N N 381 LEU CG CD1 sing N N 382 LEU CG CD2 sing N N 383 LEU CG HG sing N N 384 LEU CD1 HD11 sing N N 385 LEU CD1 HD12 sing N N 386 LEU CD1 HD13 sing N N 387 LEU CD2 HD21 sing N N 388 LEU CD2 HD22 sing N N 389 LEU CD2 HD23 sing N N 390 LEU OXT HXT sing N N 391 LYS N CA sing N N 392 LYS N H sing N N 393 LYS N H2 sing N N 394 LYS CA C sing N N 395 LYS CA CB sing N N 396 LYS CA HA sing N N 397 LYS C O doub N N 398 LYS C OXT sing N N 399 LYS CB CG sing N N 400 LYS CB HB2 sing N N 401 LYS CB HB3 sing N N 402 LYS CG CD sing N N 403 LYS CG HG2 sing N N 404 LYS CG HG3 sing N N 405 LYS CD CE sing N N 406 LYS CD HD2 sing N N 407 LYS CD HD3 sing N N 408 LYS CE NZ sing N N 409 LYS CE HE2 sing N N 410 LYS CE HE3 sing N N 411 LYS NZ HZ1 sing N N 412 LYS NZ HZ2 sing N N 413 LYS NZ HZ3 sing N N 414 LYS OXT HXT sing N N 415 MET N CA sing N N 416 MET N H sing N N 417 MET N H2 sing N N 418 MET CA C sing N N 419 MET CA CB sing N N 420 MET CA HA sing N N 421 MET C O doub N N 422 MET C OXT sing N N 423 MET CB CG sing N N 424 MET CB HB2 sing N N 425 MET CB HB3 sing N N 426 MET CG SD sing N N 427 MET CG HG2 sing N N 428 MET CG HG3 sing N N 429 MET SD CE sing N N 430 MET CE HE1 sing N N 431 MET CE HE2 sing N N 432 MET CE HE3 sing N N 433 MET OXT HXT sing N N 434 PHE N CA sing N N 435 PHE N H sing N N 436 PHE N H2 sing N N 437 PHE CA C sing N N 438 PHE CA CB sing N N 439 PHE CA HA sing N N 440 PHE C O doub N N 441 PHE C OXT sing N N 442 PHE CB CG sing N N 443 PHE CB HB2 sing N N 444 PHE CB HB3 sing N N 445 PHE CG CD1 doub Y N 446 PHE CG CD2 sing Y N 447 PHE CD1 CE1 sing Y N 448 PHE CD1 HD1 sing N N 449 PHE CD2 CE2 doub Y N 450 PHE CD2 HD2 sing N N 451 PHE CE1 CZ doub Y N 452 PHE CE1 HE1 sing N N 453 PHE CE2 CZ sing Y N 454 PHE CE2 HE2 sing N N 455 PHE CZ HZ sing N N 456 PHE OXT HXT sing N N 457 PRO N CA sing N N 458 PRO N CD sing N N 459 PRO N H sing N N 460 PRO CA C sing N N 461 PRO CA CB sing N N 462 PRO CA HA sing N N 463 PRO C O doub N N 464 PRO C OXT sing N N 465 PRO CB CG sing N N 466 PRO CB HB2 sing N N 467 PRO CB HB3 sing N N 468 PRO CG CD sing N N 469 PRO CG HG2 sing N N 470 PRO CG HG3 sing N N 471 PRO CD HD2 sing N N 472 PRO CD HD3 sing N N 473 PRO OXT HXT sing N N 474 SER N CA sing N N 475 SER N H sing N N 476 SER N H2 sing N N 477 SER CA C sing N N 478 SER CA CB sing N N 479 SER CA HA sing N N 480 SER C O doub N N 481 SER C OXT sing N N 482 SER CB OG sing N N 483 SER CB HB2 sing N N 484 SER CB HB3 sing N N 485 SER OG HG sing N N 486 SER OXT HXT sing N N 487 THR N CA sing N N 488 THR N H sing N N 489 THR N H2 sing N N 490 THR CA C sing N N 491 THR CA CB sing N N 492 THR CA HA sing N N 493 THR C O doub N N 494 THR C OXT sing N N 495 THR CB OG1 sing N N 496 THR CB CG2 sing N N 497 THR CB HB sing N N 498 THR OG1 HG1 sing N N 499 THR CG2 HG21 sing N N 500 THR CG2 HG22 sing N N 501 THR CG2 HG23 sing N N 502 THR OXT HXT sing N N 503 TRP N CA sing N N 504 TRP N H sing N N 505 TRP N H2 sing N N 506 TRP CA C sing N N 507 TRP CA CB sing N N 508 TRP CA HA sing N N 509 TRP C O doub N N 510 TRP C OXT sing N N 511 TRP CB CG sing N N 512 TRP CB HB2 sing N N 513 TRP CB HB3 sing N N 514 TRP CG CD1 doub Y N 515 TRP CG CD2 sing Y N 516 TRP CD1 NE1 sing Y N 517 TRP CD1 HD1 sing N N 518 TRP CD2 CE2 doub Y N 519 TRP CD2 CE3 sing Y N 520 TRP NE1 CE2 sing Y N 521 TRP NE1 HE1 sing N N 522 TRP CE2 CZ2 sing Y N 523 TRP CE3 CZ3 doub Y N 524 TRP CE3 HE3 sing N N 525 TRP CZ2 CH2 doub Y N 526 TRP CZ2 HZ2 sing N N 527 TRP CZ3 CH2 sing Y N 528 TRP CZ3 HZ3 sing N N 529 TRP CH2 HH2 sing N N 530 TRP OXT HXT sing N N 531 TYR N CA sing N N 532 TYR N H sing N N 533 TYR N H2 sing N N 534 TYR CA C sing N N 535 TYR CA CB sing N N 536 TYR CA HA sing N N 537 TYR C O doub N N 538 TYR C OXT sing N N 539 TYR CB CG sing N N 540 TYR CB HB2 sing N N 541 TYR CB HB3 sing N N 542 TYR CG CD1 doub Y N 543 TYR CG CD2 sing Y N 544 TYR CD1 CE1 sing Y N 545 TYR CD1 HD1 sing N N 546 TYR CD2 CE2 doub Y N 547 TYR CD2 HD2 sing N N 548 TYR CE1 CZ doub Y N 549 TYR CE1 HE1 sing N N 550 TYR CE2 CZ sing Y N 551 TYR CE2 HE2 sing N N 552 TYR CZ OH sing N N 553 TYR OH HH sing N N 554 TYR OXT HXT sing N N 555 VAL N CA sing N N 556 VAL N H sing N N 557 VAL N H2 sing N N 558 VAL CA C sing N N 559 VAL CA CB sing N N 560 VAL CA HA sing N N 561 VAL C O doub N N 562 VAL C OXT sing N N 563 VAL CB CG1 sing N N 564 VAL CB CG2 sing N N 565 VAL CB HB sing N N 566 VAL CG1 HG11 sing N N 567 VAL CG1 HG12 sing N N 568 VAL CG1 HG13 sing N N 569 VAL CG2 HG21 sing N N 570 VAL CG2 HG22 sing N N 571 VAL CG2 HG23 sing N N 572 VAL OXT HXT sing N N 573 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2026-03-11 _em_admin.deposition_site RCSB _em_admin.entry_id 11SV _em_admin.last_update 2026-09-30 _em_admin.map_release_date 2026-09-30 _em_admin.title 'Cryo-EM map of Yarrowia lipolytica ORC-Cdc6 bound to 60bp segment of OriA-006 mutant CNNGGNR DNA' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 50 mM ? 1 HEPES 1 150 mM KOAc 2 'potassium acetate' 1 10 mM MgOAc 3 'magnesium acetate' 1 1 mM ATP 4 'adenosine triphosphate' 1 1 mM DTT 5 dithiothreitol 1 0.05 % ? 6 'lauryl maltose neopentyl glycol' # _em_ctf_correction.details ;Patch CTF correction was carried out in cryoSPARC using the default settings, and was optimized during the refinements/reconstruction of the map in cryoSPARC. ; _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 NO 1 MEGADALTONS 0.4895 1 NO 2 MEGADALTONS 0.384 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 4952 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Yarrowia lipolytica' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 7108 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Spodoptera frugiperda' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid 'DH10 MultiBac' _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 54.8 _em_image_recording.details ;Cryo-electron microscopy data were collected using an FEI/ThermoFisher Titan Krios TEM operating at 300 keV. A Gatan K3 direct electron detector equipped with a BioQuantum energy filter was utilized to semi-automatically collect dose-fractionated movies with ThermoFisher EPU data collection software. FYlODC60bpOri-A006-CNNGGNR data collection included 8428 exposures from a single session, with 40 frames per movie, a dose rate of 1.37 e/A^2 per frame, and a cumulative dose of 54.8 e/A^2. ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 8428 # _em_particle_selection.details ;8,428 movies were imported into cryoSPARC and underwent patch motion correction and patch CTF corrections to generate corrected micrographs. Template picking of micrographs commenced using representative 2D class averages of the particles used in the final YlODC60bpOri-A006-WT refinement, resulting in 4,708,382 particles being picked. Micrographs and respective particles were then analyzed using the Micrograph Junk Detector job, and after exposure and particle curation resulted in 2,710,398 particles from 7,330 micrographs. Particles were then extracted with a box size of 432 px and Fourier cropped to 128 px. ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 2710398 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version _em_software.reference_DOI 'PARTICLE SELECTION' 'cryoSPARC was used for template picking of particles.' 1 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? 'MODEL REFINEMENT' ? 2 ? ? ? PHENIX 2.0_5885 ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 3 1 1 1 ? ? ? MASKING ? 4 1 1 1 ? ? ? 'CTF CORRECTION' ;cryoSPARC Patch CTF Refinement and final CTF refinement in the Non-Uniform refinement job provided final CTF estimation/corrections. ; 5 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? 'LAYERLINE INDEXING' ? 6 1 1 1 ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 7 1 1 1 ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 8 1 1 1 ? ? ? OTHER ? 9 1 1 1 ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' 'cryoSPARC heterogeneous refinement was used for initial angular assignment' 10 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? CLASSIFICATION 'Non-uniform refinement was carried out for the final reconstruction.' 12 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? cryoSPARC 4.7.1 ? # _em_specimen.concentration 1.6 _em_specimen.details 'Pre-incubated in assembly buffer (50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM ATP, 1 mM DTT) for 10 minutes.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 11SV 'double helix' 11SV 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 J DC 6 1_555 K DG 55 1_555 0.180 -0.176 0.414 0.204 -4.158 -0.784 1 X_DC6:DG55_Y X 6 ? Y 55 ? 19 1 1 J DC 7 1_555 K DG 54 1_555 0.200 -0.154 0.159 -3.516 -3.531 -0.064 2 X_DC7:DG54_Y X 7 ? Y 54 ? 19 1 1 J DC 8 1_555 K DG 53 1_555 0.189 -0.148 -0.079 -1.782 -0.350 -0.267 3 X_DC8:DG53_Y X 8 ? Y 53 ? 19 1 1 J DA 9 1_555 K DT 52 1_555 0.093 -0.127 0.021 1.880 -2.112 1.303 4 X_DA9:DT52_Y X 9 ? Y 52 ? 20 1 1 J DA 10 1_555 K DT 51 1_555 0.071 -0.108 0.110 0.686 -8.371 0.459 5 X_DA10:DT51_Y X 10 ? Y 51 ? 20 1 1 J DT 11 1_555 K DA 50 1_555 -0.045 -0.144 -0.032 0.531 -8.666 5.006 6 X_DT11:DA50_Y X 11 ? Y 50 ? 20 1 1 J DA 12 1_555 K DT 49 1_555 0.033 0.179 -0.030 -10.616 -12.811 16.668 7 X_DA12:DT49_Y X 12 ? Y 49 ? 20 1 1 J DT 13 1_555 K DA 48 1_555 -0.082 -0.130 -0.279 -2.725 -5.151 2.140 8 X_DT13:DA48_Y X 13 ? Y 48 ? 20 1 1 J DG 14 1_555 K DC 47 1_555 -0.224 -0.142 -0.315 -7.211 -4.689 1.625 9 X_DG14:DC47_Y X 14 ? Y 47 ? 19 1 1 J DC 15 1_555 K DG 46 1_555 0.215 -0.144 -0.160 -1.764 0.908 0.130 10 X_DC15:DG46_Y X 15 ? Y 46 ? 19 1 1 J DC 16 1_555 K DG 45 1_555 0.206 -0.161 -0.126 0.906 1.530 0.539 11 X_DC16:DG45_Y X 16 ? Y 45 ? 19 1 1 J DC 17 1_555 K DG 44 1_555 0.220 -0.189 -0.205 -0.257 2.055 -0.327 12 X_DC17:DG44_Y X 17 ? Y 44 ? 19 1 1 J DC 18 1_555 K DG 43 1_555 0.221 -0.158 -0.072 0.640 0.479 0.504 13 X_DC18:DG43_Y X 18 ? Y 43 ? 19 1 1 J DT 19 1_555 K DA 42 1_555 -0.048 -0.203 0.110 2.146 -2.458 3.090 14 X_DT19:DA42_Y X 19 ? Y 42 ? 20 1 1 J DG 20 1_555 K DC 41 1_555 -0.229 -0.179 0.193 -1.346 4.644 0.564 15 X_DG20:DC41_Y X 20 ? Y 41 ? 19 1 1 J DG 21 1_555 K DC 40 1_555 -0.217 -0.143 0.219 1.779 4.774 0.861 16 X_DG21:DC40_Y X 21 ? Y 40 ? 19 1 1 J DA 22 1_555 K DT 39 1_555 0.104 -0.143 0.210 4.201 -2.429 1.461 17 X_DA22:DT39_Y X 22 ? Y 39 ? 20 1 1 J DA 23 1_555 K DT 38 1_555 0.138 -0.086 0.210 4.996 -9.299 -0.094 18 X_DA23:DT38_Y X 23 ? Y 38 ? 20 1 1 J DT 24 1_555 K DA 37 1_555 -0.059 -0.136 0.065 3.053 -11.451 2.784 19 X_DT24:DA37_Y X 24 ? Y 37 ? 20 1 1 J DC 25 1_555 K DG 36 1_555 0.234 -0.141 -0.058 -3.721 -12.367 1.701 20 X_DC25:DG36_Y X 25 ? Y 36 ? 19 1 1 J DC 26 1_555 K DG 35 1_555 0.242 -0.169 -0.096 -3.224 -7.546 1.745 21 X_DC26:DG35_Y X 26 ? Y 35 ? 19 1 1 J DA 27 1_555 K DT 34 1_555 0.026 -0.164 -0.281 -9.938 -7.916 4.372 22 X_DA27:DT34_Y X 27 ? Y 34 ? 20 1 1 J DG 28 1_555 K DC 33 1_555 -0.248 -0.114 -0.228 -7.228 -5.846 1.988 23 X_DG28:DC33_Y X 28 ? Y 33 ? 19 1 1 J DC 29 1_555 K DG 32 1_555 0.202 -0.137 0.099 -3.710 -2.843 0.417 24 X_DC29:DG32_Y X 29 ? Y 32 ? 19 1 1 J DT 30 1_555 K DA 31 1_555 -0.116 -0.089 0.095 1.781 -1.140 -2.902 25 X_DT30:DA31_Y X 30 ? Y 31 ? 20 1 1 J DC 31 1_555 K DG 30 1_555 0.197 -0.177 0.136 -0.366 -2.120 -0.458 26 X_DC31:DG30_Y X 31 ? Y 30 ? 19 1 1 J DC 32 1_555 K DG 29 1_555 0.198 -0.139 0.142 -0.972 -3.921 -0.081 27 X_DC32:DG29_Y X 32 ? Y 29 ? 19 1 1 J DT 33 1_555 K DA 28 1_555 -0.099 -0.110 0.205 0.489 -7.011 -2.121 28 X_DT33:DA28_Y X 33 ? Y 28 ? 20 1 1 J DA 34 1_555 K DT 27 1_555 -0.002 -0.125 0.045 -3.823 -3.781 3.091 29 X_DA34:DT27_Y X 34 ? Y 27 ? 20 1 1 J DC 35 1_555 K DG 26 1_555 0.260 -0.126 0.369 0.968 -1.800 1.778 30 X_DC35:DG26_Y X 35 ? Y 26 ? 19 1 1 J DA 36 1_555 K DT 25 1_555 -0.011 -0.189 -0.086 -4.515 -9.252 6.350 31 X_DA36:DT25_Y X 36 ? Y 25 ? 20 1 1 J DA 37 1_555 K DT 24 1_555 0.045 -0.145 -0.483 -6.487 -9.489 4.809 32 X_DA37:DT24_Y X 37 ? Y 24 ? 20 1 1 J DG 38 1_555 K DC 23 1_555 -0.230 -0.199 -0.662 -2.829 -5.613 2.794 33 X_DG38:DC23_Y X 38 ? Y 23 ? 19 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 J DC 6 1_555 K DG 55 1_555 J DC 7 1_555 K DG 54 1_555 -0.111 -0.270 3.401 0.133 -0.658 38.195 -0.326 0.187 3.405 -1.005 -0.203 38.201 1 XX_DC6DC7:DG54DG55_YY X 6 ? Y 55 ? X 7 ? Y 54 ? 1 J DC 7 1_555 K DG 54 1_555 J DC 8 1_555 K DG 53 1_555 -0.095 -0.194 3.315 -0.095 4.125 32.416 -1.066 0.153 3.266 7.352 0.169 32.671 2 XX_DC7DC8:DG53DG54_YY X 7 ? Y 54 ? X 8 ? Y 53 ? 1 J DC 8 1_555 K DG 53 1_555 J DA 9 1_555 K DT 52 1_555 0.291 0.523 3.260 -0.042 6.569 31.223 -0.259 -0.537 3.298 12.037 0.077 31.890 3 XX_DC8DA9:DT52DG53_YY X 8 ? Y 53 ? X 9 ? Y 52 ? 1 J DA 9 1_555 K DT 52 1_555 J DA 10 1_555 K DT 51 1_555 -0.404 -0.429 3.255 -3.493 3.611 33.941 -1.291 0.140 3.218 6.145 5.942 34.300 4 XX_DA9DA10:DT51DT52_YY X 9 ? Y 52 ? X 10 ? Y 51 ? 1 J DA 10 1_555 K DT 51 1_555 J DT 11 1_555 K DA 50 1_555 0.353 -1.091 3.374 1.611 2.871 31.802 -2.510 -0.344 3.278 5.222 -2.930 31.968 5 XX_DA10DT11:DA50DT51_YY X 10 ? Y 51 ? X 11 ? Y 50 ? 1 J DT 11 1_555 K DA 50 1_555 J DA 12 1_555 K DT 49 1_555 0.671 -1.101 3.282 2.381 17.885 29.336 -4.457 -0.792 2.300 31.808 -4.235 34.336 6 XX_DT11DA12:DT49DA50_YY X 11 ? Y 50 ? X 12 ? 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