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# _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 11JD _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 35.10 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 11JD _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? 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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0028 ? 6041 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.4375 ? 8216 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0439 ? 934 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0038 ? 1064 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.3479 ? 2371 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # _struct.entry_id 11JD _struct.title 'RNA Vault Shoulder with ADPR bound, extended conformation, focused refinement (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 11JD _struct_keywords.text 'RNA Vault, complex, TEP1, PARP4, STRUCTURAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code MVP_HUMAN _struct_ref.pdbx_db_accession Q14764 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MATEEFIIRIPPYHYIHVLDQNSNVSRVEVGPKTYIRQDNERVLFAPMRMVTVPPRHYCTVANPVSRDAQGLVLFDVTGQ VRLRHADLEIRLAQDPFPLYPGEVLEKDITPLQVVLPNTALHLKALLDFEDKDGDKVVAGDEWLFEGPGTYIPRKEVEVV EIIQATIIRQNQALRLRARKECWDRDGKERVTGEEWLVTTVGAYLPAVFEEVLDLVDAVILTEKTALHLRARRNFRDFRG VSRRTGEEWLVTVQDTEAHVPDVHEEVLGVVPITTLGPHNYCVILDPVGPDGKNQLGQKRVVKGEKSFFLQPGEQLEQGI QDVYVLSEQQGLLLRALQPLEEGEDEEKVSHQAGDHWLIRGPLEYVPSAKVEVVEERQAIPLDENEGIYVQDVKTGKVRA VIGSTYMLTQDEVLWEKELPPGVEELLNKGQDPLADRGEKDTAKSLQPLAPRNKTRVVSYRVPHNAAVQVYDYREKRARV VFGPELVSLGPEEQFTVLSLSAGRPKRPHARRALCLLLGPDFFTDVITIETADHARLQLQLAYNWHFEVNDRKDPQETAK LFSVPDFVGDACKAIASRVRGAVASVTFDDFHKNSARIIRTAVFGFETSEAKGPDGMALPRPRDQAVFPQNGLVVSSVDV QSVEPVDQRTRDALQRSVQLAIEITTNSQEAAAKHEAQRLEQEARGRLERQKILDQSEAEKARKELLELEALSMAVESTG TAKAEAESRAEAARIEGEGSVLQAKLKAQALAIETEAELQRVQKVRELELVYARAQLELEVSKAQQLAEVEVKKFKQMTE AIGPSTIRDLAVAGPEMQVKLLQSLGLKSTLITDGSTPINLFNTAFGLLGMGPEGQPLGRRVASGPSPGEGISPQSAQAP QAPGDNHVVPVLR ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 11JD A 1 ? 893 ? Q14764 1 ? 893 ? 1 893 2 1 11JD B 1 ? 893 ? Q14764 1 ? 893 ? 1 893 3 1 11JD C 1 ? 893 ? Q14764 1 ? 893 ? 1 893 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 422 ? 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ASP C 566 SER C 585 1 ? 20 HELX_P HELX_P16 AB7 THR C 587 ? ASN C 594 ? THR C 587 ASN C 594 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN C 594 ? GLY C 605 ? ASN C 594 GLY C 605 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP C 647 ? GLN C 659 ? ASP C 647 GLN C 659 1 ? 13 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 483 A . ? GLY 483 A PRO 484 A ? PRO 484 A 1 -1.94 2 ARG 504 A . ? ARG 504 A PRO 505 A ? PRO 505 A 1 -0.37 3 GLY 519 A . ? GLY 519 A PRO 520 A ? PRO 520 A 1 1.96 4 GLY 483 B . ? GLY 483 B PRO 484 B ? PRO 484 B 1 -1.26 5 ARG 504 B . ? ARG 504 B PRO 505 B ? PRO 505 B 1 2.24 6 GLY 519 B . ? GLY 519 B PRO 520 B ? PRO 520 B 1 1.23 7 GLY 483 C . ? GLY 483 C PRO 484 C ? PRO 484 C 1 -1.60 8 ARG 504 C . ? ARG 504 C PRO 505 C ? PRO 505 C 1 -0.07 9 GLY 519 C . ? GLY 519 C PRO 520 C ? PRO 520 C 1 0.97 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 2 ? 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