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EMD-76626 'consensus EM volume' EMDB . 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_citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana VIM1 in complex with hemi-methylated CG nucleosome-1' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Chen, X.' 1 0000-0002-3381-863X primary 'Song, J.' 2 0000-0002-4958-1032 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'E3 ubiquitin-protein ligase ORTHRUS 2' 52943.523 1 2.3.2.27 ? ? ? 2 polymer man 'Histone H2A' 14109.436 2 ? ? ? ? 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PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; B,C ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,E ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; F,G ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; H,I ? 6 polydeoxyribonucleotide no yes ;(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(5CM)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) (DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA) (DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA) ; ;TATGCGTCGCAACGACGACGACGTCGAGCGACGTCCTGTGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCT 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A ARG 433 CD 61 1 Y 1 A ARG 563 ? NE ? A ARG 433 NE 62 1 Y 1 A ARG 563 ? CZ ? A ARG 433 CZ 63 1 Y 1 A ARG 563 ? NH1 ? A ARG 433 NH1 64 1 Y 1 A ARG 563 ? NH2 ? A ARG 433 NH2 65 1 Y 1 A ARG 565 ? CG ? A ARG 435 CG 66 1 Y 1 A ARG 565 ? CD ? A ARG 435 CD 67 1 Y 1 A ARG 565 ? NE ? A ARG 435 NE 68 1 Y 1 A ARG 565 ? CZ ? A ARG 435 CZ 69 1 Y 1 A ARG 565 ? NH1 ? A ARG 435 NH1 70 1 Y 1 A ARG 565 ? NH2 ? A ARG 435 NH2 71 1 Y 1 A LYS 566 ? CG ? A LYS 436 CG 72 1 Y 1 A LYS 566 ? CD ? A LYS 436 CD 73 1 Y 1 A LYS 566 ? CE ? A LYS 436 CE 74 1 Y 1 A LYS 566 ? NZ ? A LYS 436 NZ 75 1 Y 1 A GLU 596 ? CG ? A GLU 466 CG 76 1 Y 1 A GLU 596 ? CD ? A GLU 466 CD 77 1 Y 1 A GLU 596 ? OE1 ? A GLU 466 OE1 78 1 Y 1 A GLU 596 ? OE2 ? A GLU 466 OE2 79 1 Y 1 A LYS 599 ? CG ? A LYS 469 CG 80 1 Y 1 A LYS 599 ? CD ? A LYS 469 CD 81 1 Y 1 A LYS 599 ? CE ? A LYS 469 CE 82 1 Y 1 A LYS 599 ? NZ ? A LYS 469 NZ 83 1 Y 1 G LYS 37 ? CG ? G LYS 38 CG 84 1 Y 1 G LYS 37 ? CD ? G LYS 38 CD 85 1 Y 1 G LYS 37 ? CE ? G LYS 38 CE 86 1 Y 1 G LYS 37 ? NZ ? G LYS 38 NZ 87 1 Y 1 G HIS 39 ? CG ? G HIS 40 CG 88 1 Y 1 G HIS 39 ? ND1 ? G HIS 40 ND1 89 1 Y 1 G HIS 39 ? CD2 ? G HIS 40 CD2 90 1 Y 1 G HIS 39 ? CE1 ? G HIS 40 CE1 91 1 Y 1 G HIS 39 ? NE2 ? G HIS 40 NE2 92 1 Y 1 G ARG 40 ? CG ? G ARG 41 CG 93 1 Y 1 G ARG 40 ? CD ? G ARG 41 CD 94 1 Y 1 G ARG 40 ? NE ? G ARG 41 NE 95 1 Y 1 G ARG 40 ? CZ ? G ARG 41 CZ 96 1 Y 1 G ARG 40 ? NH1 ? G ARG 41 NH1 97 1 Y 1 G ARG 40 ? NH2 ? G ARG 41 NH2 98 1 Y 1 H ARG 23 ? CG ? H ARG 24 CG 99 1 Y 1 H ARG 23 ? CD ? H ARG 24 CD 100 1 Y 1 H ARG 23 ? NE ? H ARG 24 NE 101 1 Y 1 H ARG 23 ? CZ ? H ARG 24 CZ 102 1 Y 1 H ARG 23 ? NH1 ? H ARG 24 NH1 103 1 Y 1 H ARG 23 ? NH2 ? 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# _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 12OF _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 12OF _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 3.8 _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? 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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.671 ? 24381 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 28.820 ? 4941 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.036 ? 2746 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 1956 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 12OF _struct.title 'Cryo-EM structure of Arabidopsis VIM1 in complex with hemi-methylated CG-containing nucleosome 1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 12OF _struct_keywords.text 'E3 ubiquitin ligase, Structural protein-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'Structural protein/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 8 ? M N N 8 ? N N N 8 ? O N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ORTH2_ARATH Q8VYZ0 ? 1 ;NPNLDVLSALGDNLMCSFCMQLPERPVTKPCGHNACLKCFEKWMGQGKRTCGKCRSIIPEKMAKNPRINSSLVAAIRLAK VSKSAAATTSKVFHFISNQDRPDKAFTTERAKKTGKANAASGKIYVTIPPDHFGPIPAENDPVRNQGLLVGESWEDRLEC RQWGAHFPHVAGIAGQSTYGAQSVALSGGYKDDEDHGEWFLYTGSGGRDLSGNKRTNKEQSFDQKFEKSNAALKLSCKLG YPVRVVRSHKEKRSAYAPEEGVRYDGVYRIEKCWRKVGVQGSFKVCRYLFVRCDNEPAPWTSDENGDRPRPIPNIPELNM ATDLFERKETPSWDFDEGEGCWKWMKPPPASKKSVNVLAPEERKNLRKAIKAAHSNTMRARLLKEFKCQICQQVLTLPVT TPCAHNFCKACLEAKFAGKTLVRERSTGGRTLRSRKNVLNCPCCPTDISDFLQNPQVNREVAEVIEKLKTQE ; 131 2 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 2 ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 1 3 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 3 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 4 UNP H32_XENLA P84233 ? 4 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 5 UNP H4_XENBO P62798 ? 5 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 6 PDB 12OF 12OF ? 6 ? 1 7 PDB 12OF 12OF ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 12OF A 1 ? 472 ? 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