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These regions were not included in the model due to the absence of well-defined cryo-EM density. ; 2 polymer nat Prothrombin 70562.930 1 3.4.21.5 ? ? ;The modeled prothrombin (FII) corresponds to the N-terminal Gla domain, whereas the signal peptide, propeptide, and the remaining domains (including the kringle domains and serine protease domain) are not included due to lack of interpretable cryo-EM density. The modeled region contains gamma-carboxyglutamic acid (Gla) residues involved in calcium coordination. ; 3 non-polymer syn 'CALCIUM ION' 40.078 7 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'CP-H,Protein II' 2 'Coagulation factor II' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MATPSMMPQWSYMHISGQDASEYLSPGLVQFARATETYFSLNNKFRNPTVAPTHDVTTDRSQRLTLRFIPVDREDTAYSY KARFTLAVGDNRVLDMASTYFDIRGVLDRGPTFKPYSGTAYNALAPKGAPNSCEWEQNETAQVDAQELDEEENEANEAQA REQEQAKKTHVYAQAPLSGIKITKEGLQIGTADATVAGAGKEIFADKTFQPEPQVGESQWNEADATAAGGRVLKKTTPMK PCYGSYARPTNSNGGQGVMVEQNGKLESQVEMQFFSTSTNATNEVNNIQPTVVLYSEDVNMETPDTHLSYKPKMGDKNAK VMLGQQAMPNRPNYIAFRDNFIGLMYYNSTGNMGVLAGQASQLNAVVDLQDRNTELSYQLLLDSIGDRTRYFSMWNQAVD 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_pdbx_entity_nonpoly.entity_id 3 _pdbx_entity_nonpoly.name 'CALCIUM ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id CA # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 THR n 1 4 PRO n 1 5 SER n 1 6 MET n 1 7 MET n 1 8 PRO n 1 9 GLN n 1 10 TRP n 1 11 SER n 1 12 TYR n 1 13 MET n 1 14 HIS n 1 15 ILE n 1 16 SER n 1 17 GLY n 1 18 GLN n 1 19 ASP n 1 20 ALA n 1 21 SER n 1 22 GLU n 1 23 TYR n 1 24 LEU n 1 25 SER n 1 26 PRO n 1 27 GLY n 1 28 LEU n 1 29 VAL n 1 30 GLN n 1 31 PHE n 1 32 ALA n 1 33 ARG n 1 34 ALA n 1 35 THR n 1 36 GLU n 1 37 THR n 1 38 TYR n 1 39 PHE n 1 40 SER n 1 41 LEU n 1 42 ASN n 1 43 ASN n 1 44 LYS n 1 45 PHE n 1 46 ARG n 1 47 ASN n 1 48 PRO n 1 49 THR n 1 50 VAL n 1 51 ALA n 1 52 PRO n 1 53 THR n 1 54 HIS n 1 55 ASP n 1 56 VAL n 1 57 THR n 1 58 THR n 1 59 ASP n 1 60 ARG n 1 61 SER n 1 62 GLN n 1 63 ARG n 1 64 LEU n 1 65 THR n 1 66 LEU n 1 67 ARG n 1 68 PHE n 1 69 ILE n 1 70 PRO n 1 71 VAL n 1 72 ASP n 1 73 ARG 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_refine.ls_d_res_high 3.22 _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? 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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.499 ? 31354 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 10.204 ? 8390 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.044 ? 3341 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 4129 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 13ER _struct.title 'Cryo-EM structure of HAdV-C6 hexon trimer in complex with prothrombin (FII)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 13ER _struct_keywords.text 'adenovirus, hexon, coagulation factor II, virus-host interaction, cryo-EM, virus capsid, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP B2ZWX4_ADE06 B2ZWX4 ? 1 ;MATPSMMPQWSYMHISGQDASEYLSPGLVQFARATETYFSLNNKFRNPTVAPTHDVTTDRSQRLTLRFIPVDREDTAYSY KARFTLAVGDNRVLDMASTYFDIRGVLDRGPTFKPYSGTAYNALAPKGAPNSCEWEQNETAQVDAQELDEEENEANEAQA REQEQAKKTHVYAQAPLSGIKITKEGLQIGTADATVAGAGKEIFADKTFQPEPQVGESQWNEADATAAGGRVLKKTTPMK PCYGSYARPTNSNGGQGVMVEQNGKLESQVEMQFFSTSTNATNEVNNIQPTVVLYSEDVNMETPDTHLSYKPKMGDKNAK VMLGQQAMPNRPNYIAFRDNFIGLMYYNSTGNMGVLAGQASQLNAVVDLQDRNTELSYQLLLDSIGDRTRYFSMWNQAVD SYDPDVRIIENHGTEDELPNYCFPLGGIGITDTFQAVKTTAANGDQGNTTWQKDSTFAERNEIGVGNNFAMEINLNANLW RNFLYSNIALYLPDKLKYNPTNVEISDNPNTYDYMNKRVVAPGLVDCYINLGARWSLEYMDNVNPFNHHRNAGLRYRSML LGNGRYVPFHIQVPQKFFAIKNLLLLPGSYTYEWNFRKDVNMVLQSSLGNDLRVDGASIKFDSICLYATFFPMAHNTAST LEAMLRNDTNDQSFNDYLSAANMLYPIPANATNVPISIPSRNWAAFRGWAFTRLKTKETPSLGSGYDPYYTYSGSIPYLD GTFYLNHTFKKVAITFDSSVSWPGNDRLLTPNEFEIKRSVDGEGYNVAQCNMTKDWFLVQMLANYNIGYQGFYIPESYKD RMYSFFRNFQPMSRQVVDDTKYKDYQQVGIIHQHNNSGFVGYLAPTMREGQAYPANVPYPLIGKTAVDSITQKKFLCDRT LWRIPFSSNFMSMGALTDLGQNLLYANSAHALDMTFEVDPMDEPTLLYVLFEVFDVVRVHQPHRGVIETVYLRTPFSAGN ATT ; 1 2 UNP THRB_HUMAN P00734 ? 2 ;MAHVRGLQLPGCLALAALCSLVHSQHVFLAPQQARSLLQRVRRANTFLEEVRKGNLERECVEETCSYEEAFEALESSTAT DVFWAKYTACETARTPRDKLAACLEGNCAEGLGTNYRGHVNITRSGIECQLWRSRYPHKPEINSTTHPGADLQENFCRNP DSSTTGPWCYTTDPTVRRQECSIPVCGQDQVTVAMTPRSEGSSVNLSPPLEQCVPDRGQQYQGRLAVTTHGLPCLAWASA QAKALSKHQDFNSAVQLVENFCRNPDGDEEGVWCYVAGKPGDFGYCDLNYCEEAVEEETGDGLDEDSDRAIEGRTATSEY QTFFNPRTFGSGEADCGLRPLFEKKSLEDKTERELLESYIDGRIVEGSDAEIGMSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRW VLTAAHCLLYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNIEKISMLEKIYIHPRYNWRENLDRDIALMKLKKPVAFSDYIHP VCLPDRETAASLLQAGYKGRVTGWGNLKETWTANVGKGQPSVLQVVNLPIVERPVCKDSTRIRITDNMFCAGYKPDEGKR GDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDQFGE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 13ER A 1 ? 963 ? 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P00734 1 ? 622 ? -42 579 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 MET A 6 ? MET A 13 ? MET A 6 MET A 13 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 19 ? TYR A 23 ? ASP A 19 TYR A 23 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 25 ? ALA A 32 ? SER A 25 ALA A 32 1 ? 8 HELX_P HELX_P4 AA4 LEU A 41 ? PHE A 45 ? LEU A 41 PHE A 45 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA A 97 ? THR A 99 ? ALA A 97 THR A 99 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 AA6 SER A 278 ? VAL A 285 ? SER A 278 VAL A 285 1 ? 8 HELX_P HELX_P7 AA7 LYS A 320 ? GLN A 325 ? LYS A 320 GLN A 325 5 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP A 339 ? ILE A 342 ? ASP A 339 ILE A 342 5 ? 4 HELX_P HELX_P9 AA9 ASN A 373 ? ILE A 385 ? ASN A 373 ILE A 385 1 ? 13 HELX_P HELX_P10 AB1 ASP A 403 ? ILE A 408 ? ASP A 403 ILE A 408 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 ASN A 474 ? ILE A 488 ? ASN A 474 ILE A 488 1 ? 15 HELX_P HELX_P12 AB3 ALA A 489 ? LEU A 492 ? ALA A 489 LEU A 492 5 ? 4 HELX_P HELX_P13 AB4 PRO A 493 ? LYS A 497 ? PRO A 493 LYS A 497 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 THR A 511 ? LYS A 517 ? THR A 511 LYS A 517 1 ? 7 HELX_P HELX_P15 AB6 ALA A 521 ? ASP A 526 ? ALA A 521 ASP A 526 5 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 ASN A 551 ? GLY A 562 ? ASN A 551 GLY A 562 1 ? 12 HELX_P HELX_P17 AB8 PHE A 577 ? ASN A 582 ? PHE A 577 ASN A 582 1 ? 6 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP A 599 ? VAL A 603 ? ASP A 599 VAL A 603 1 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 ALA A 634 ? ARG A 646 ? ALA A 634 ARG A 646 1 ? 13 HELX_P HELX_P20 AC2 ILE A 716 ? GLY A 721 ? ILE A 716 GLY A 721 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 THR A 773 ? ASN A 786 ? THR A 773 ASN A 786 1 ? 14 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY A 829 ? GLN A 833 ? GLY A 829 GLN A 833 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 THR A 897 ? ASN A 902 ? THR A 897 ASN A 902 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU A 903 ? SER A 908 ? LEU A 903 SER A 908 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 PRO B 8 ? MET B 13 ? PRO B 8 MET B 13 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 AC8 ASP B 19 ? LEU B 24 ? ASP B 19 LEU B 24 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 AC9 SER B 25 ? THR B 35 ? SER B 25 THR B 35 1 ? 11 HELX_P HELX_P28 AD1 LEU B 41 ? PHE B 45 ? LEU B 41 PHE B 45 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 AD2 ALA B 97 ? THR B 99 ? 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GLU G 48 ARG G 51 5 ? 4 HELX_P HELX_P72 AH9 PRO D 96 ? LEU D 104 ? PRO G 53 LEU G 61 1 ? 9 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? 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