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Biochemistry 36 4041 4046 1997 BICHAW US 0006-2960 0033 ? 9092835 10.1021/bi962818w 1 ;Large Structures at High Resolution: The 1.6 A Crystal Structure of Spinach Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase Complexed with 2-Carboxyarabinitol Bisphosphate ; J.Mol.Biol. 259 160 ? 1996 JMOBAK UK 0022-2836 0070 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Taylor, T.C.' 1 primary 'Andersson, I.' 2 1 'Andersson, I.' 3 # _cell.entry_id 1AA1 _cell.length_a 157.600 _cell.length_b 158.700 _cell.length_c 203.300 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 32 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1AA1 _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec 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LEAF ? ? ? ? ? 2 1 sample ? ? spinach 'Spinacia oleracea' 3562 Spinacia ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? LEAF ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP RBL_SPIOL 1 P00875 1 ;MSPQTETKASVGFKAGVKDYKLTYYTPEYETLDTDILAAFRVSPQPGVPPEEAGAAVAAESSTGTWTTVWTDGLTNLDRY KGRCYHIEPVAGEENQYICYVAYPLDLFEEGSVTNMFTSIVGNVFGFKALRALRLEDLRIPVAYVKTFQGPPHGIQVERD KLNKYGRPLLGCTIKPKLGLSAKNYGRAVYECLRGGLDFTKDDENVNSQPFMRWRDRFLFCAEALYKAQAETGEIKGHYL NATAGTCEDMMKRAVFARELGVPIVMHDYLTGGFTANTTLSHYCRDNGLLLHIHRAMHAVIDRQKNHGMHFRVLAKALRL SGGDHIHSGTVVGKLEGERDITLGFVDLLRDDYTEKDRSRGIYFTQSWVSTPGVLPVASGGIHVWHMPALTEIFGDDSVL QFGGGTLGHPWGNAPGAVANRVALEACVQARNEGRDLAREGNTIIREATKWSPELAAACEVWKEIKFEFPAMDTV ; ? 2 UNP RBS2_SPIOL 2 Q43832 1 ;MASSVLSSAAVATVSRTPAQASMVAPFTGLKSTVGFPATKKNDDITSLASNGGRVQCMKVWPTQNMKRYETLSYLPPLTT DQLARQVDYLLNNKWVPCLEFETDHGFVYREHHNSPGYYDGRYWTMWKLPMFGCTDPAQVLNELEECKKEYPNAFIRIIG FDSNRQVQCVSFIAYKPAGY ; ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1AA1 L 1 ? 475 ? 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UNP Q43832 GLN 64 CONFLICT 7 4 2 1AA1 LEU S 9 ? UNP Q43832 MET 66 CONFLICT 9 5 2 1AA1 LYS S 11 ? UNP Q43832 ARG 68 CONFLICT 11 6 2 1AA1 GLU S 109 ? UNP Q43832 GLN 166 CONFLICT 109 7 2 1AA1 ILE S 113 ? UNP Q43832 VAL 170 CONFLICT 113 8 3 1AA1 KCX B 201 ? UNP P00875 LYS 201 'MODIFIED RESIDUE' 201 9 4 1AA1 GLN C 2 ? UNP Q43832 LYS 59 CONFLICT 2 10 4 1AA1 ILE C 6 ? UNP Q43832 THR 63 CONFLICT 6 11 4 1AA1 LEU C 7 ? UNP Q43832 GLN 64 CONFLICT 7 12 4 1AA1 LEU C 9 ? UNP Q43832 MET 66 CONFLICT 9 13 4 1AA1 LYS C 11 ? UNP Q43832 ARG 68 CONFLICT 11 14 4 1AA1 GLU C 109 ? UNP Q43832 GLN 166 CONFLICT 109 15 4 1AA1 ILE C 113 ? UNP Q43832 VAL 170 CONFLICT 113 16 5 1AA1 KCX E 201 ? UNP P00875 LYS 201 'MODIFIED RESIDUE' 201 17 6 1AA1 GLN F 2 ? UNP Q43832 LYS 59 CONFLICT 2 18 6 1AA1 ILE F 6 ? UNP Q43832 THR 63 CONFLICT 6 19 6 1AA1 LEU F 7 ? UNP Q43832 GLN 64 CONFLICT 7 20 6 1AA1 LEU F 9 ? UNP Q43832 MET 66 CONFLICT 9 21 6 1AA1 LYS F 11 ? UNP Q43832 ARG 68 CONFLICT 11 22 6 1AA1 GLU F 109 ? 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'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 KCX 'L-peptide linking' n 'LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID' ? 'C7 H14 N2 O4' 190.197 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_restr_ncs.dom_id 1 _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details CONSTRAINTS _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position ? _refine_ls_restr_ncs.weight_position ? _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso ? _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso ? _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type . _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id . _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id 1 _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal 1 _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 8 _refine_ls_shell.d_res_high 2.2 _refine_ls_shell.d_res_low 2.3 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 10188 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.2610000 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 67.7 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.2520000 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 3. _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 293 _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 PARHCSDX.PRO TOPHCSDX.PRO 'X-RAY DIFFRACTION' 2 WAT.PARA WAT.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 3 PGA.PARA PGA.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 4 CARB.PARA CARB.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.details _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] 1 given ? 0.000700 1.000000 -0.000314 -0.999999 0.000700 0.001214 0.001214 0.000314 0.999999 -37.64820 37.54010 0.08400 2 given ? -0.999977 -0.000876 0.006737 0.000890 -0.999997 0.002166 0.006735 0.002172 0.999975 -0.25490 75.21330 0.02420 3 given ? -0.001857 -0.999994 0.002990 0.999998 -0.001858 -0.000389 0.000395 0.002990 0.999995 37.43440 37.78800 -0.11720 # _struct_ncs_dom.id 1 _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 _struct_ncs_dom.details ? # _struct_ncs_ens.id 1 _struct_ncs_ens.details ? # _struct.entry_id 1AA1 _struct.title 'ACTIVATED SPINACH RUBISCO IN COMPLEX WITH THE PRODUCT 3-PHOSPHOGLYCERATE' _struct.pdbx_descriptor 'RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE, 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1AA1 _struct_keywords.pdbx_keywords OXIDOREDUCTASE _struct_keywords.text 'OXIDOREDUCTASE, LYASE (CARBON-CARBON)' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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L MG 476 L KCX 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 LYS 175 A . ? LYS 175 L PRO 176 A ? PRO 176 L 1 0.01 2 LYS 175 C . ? LYS 175 B PRO 176 C ? PRO 176 B 1 0.00 3 LYS 175 E . ? LYS 175 E PRO 176 E ? 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O ALA L 132 N SER A 43 ? N SER L 43 LA 2 3 O ILE A 36 ? O ILE L 36 N TYR A 103 ? N TYR L 103 LA 3 4 O ILE A 98 ? O ILE L 98 N GLU A 88 ? N GLU L 88 LB 1 2 O GLY A 237 ? O GLY L 237 N THR A 200 ? N THR L 200 LB 2 3 O PHE A 199 ? O PHE L 199 N CYS A 172 ? N CYS L 172 LB 3 4 O LEU A 169 ? O LEU L 169 N LEU A 400 ? N LEU L 400 LB 4 5 O VAL A 399 ? O VAL L 399 N PRO A 376 ? N PRO L 376 LB 5 6 O LEU A 375 ? O LEU L 375 N ILE A 326 ? N ILE L 326 LC 1 2 O VAL A 265 ? O VAL L 265 N LEU A 290 ? N LEU L 290 SD 1 2 O THR B 68 ? O THR S 68 N PHE B 44 ? N PHE S 44 SD 2 3 O VAL B 39 ? O VAL S 39 N PHE B 104 ? N PHE S 104 SD 3 4 O ILE B 99 ? O ILE S 99 N TYR B 118 ? N TYR S 118 BA 1 2 O ALA C 132 ? O ALA B 132 N SER C 43 ? N SER B 43 BA 2 3 O ILE C 36 ? O ILE B 36 N TYR C 103 ? N TYR B 103 BA 3 4 O ILE C 98 ? O ILE B 98 N GLU C 88 ? N GLU B 88 BB 1 2 O GLY C 237 ? O GLY B 237 N THR C 200 ? N THR B 200 BB 2 3 O PHE C 199 ? O PHE B 199 N CYS C 172 ? N CYS B 172 BB 3 4 O LEU C 169 ? 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AA 5 HOH 156 634 192 HOH HOH H . AA 5 HOH 157 635 193 HOH HOH H . AA 5 HOH 158 636 195 HOH HOH H . AA 5 HOH 159 637 196 HOH HOH H . AA 5 HOH 160 638 197 HOH HOH H . AA 5 HOH 161 639 198 HOH HOH H . AA 5 HOH 162 640 199 HOH HOH H . AA 5 HOH 163 641 200 HOH HOH H . AA 5 HOH 164 642 201 HOH HOH H . AA 5 HOH 165 643 203 HOH HOH H . AA 5 HOH 166 644 205 HOH HOH H . AA 5 HOH 167 645 207 HOH HOH H . AA 5 HOH 168 646 208 HOH HOH H . AA 5 HOH 169 647 209 HOH HOH H . AA 5 HOH 170 648 210 HOH HOH H . AA 5 HOH 171 649 211 HOH HOH H . AA 5 HOH 172 650 212 HOH HOH H . AA 5 HOH 173 651 213 HOH HOH H . AA 5 HOH 174 652 214 HOH HOH H . AA 5 HOH 175 653 215 HOH HOH H . AA 5 HOH 176 654 219 HOH HOH H . AA 5 HOH 177 655 221 HOH HOH H . AA 5 HOH 178 656 222 HOH HOH H . AA 5 HOH 179 657 224 HOH HOH H . AA 5 HOH 180 658 225 HOH HOH H . AA 5 HOH 181 659 226 HOH HOH H . AA 5 HOH 182 660 227 HOH HOH H . AA 5 HOH 183 661 231 HOH HOH H . AA 5 HOH 184 662 234 HOH HOH H . AA 5 HOH 185 663 235 HOH HOH H . 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LYS 'LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID' # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA,PQS _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 16 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 102510 ? 1 MORE -473 ? 1 'SSA (A^2)' 116560 ? # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 2 'crystal symmetry operation' 3_555 -x,y,-z+1/2 -1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 -1.0000000000 101.6500000000 # loop_ _pdbx_struct_special_symmetry.id _pdbx_struct_special_symmetry.PDB_model_num _pdbx_struct_special_symmetry.auth_asym_id _pdbx_struct_special_symmetry.auth_comp_id _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id _pdbx_struct_special_symmetry.PDB_ins_code _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id _pdbx_struct_special_symmetry.label_comp_id _pdbx_struct_special_symmetry.label_seq_id 1 1 B HOH 488 ? 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