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UNP P0A6F3 ALA 65 'engineered mutation' 65 4 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GOL non-polymer . GLYCEROL 'GLYCERIN; PROPANE-1,2,3-TRIOL' 'C3 H8 O3' 92.094 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SO4 non-polymer . 'SULFATE ION' ? 'O4 S -2' 96.063 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 1BU6 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.65 _exptl_crystal.density_percent_sol 53.1 _exptl_crystal.description ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details 'room temp' _exptl_crystal_grow.pH 8.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;20-22% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL MR 4000 0.2 M LISO4 0.1 M TRIS PH 8.5 - 8.8 CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE., vapor diffusion - hanging drop ; _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range 8.5-8.8 # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 298 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector 'AREA DETECTOR' _diffrn_detector.type SDMS _diffrn_detector.pdbx_collection_date 1994-08-15 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator GRAPHITE _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.5418 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source 'ROTATING ANODE' _diffrn_source.type 'RIGAKU RU200' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ? _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ? _diffrn_source.pdbx_wavelength 1.5418 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.entry_id 1BU6 _reflns.observed_criterion_sigma_I 2.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 20.0 _reflns.d_resolution_high 2.37 _reflns.number_obs 69682 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 74 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.0680000 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate 32.3 _reflns.pdbx_redundancy 2 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.entry_id 1BU6 _refine.ls_number_reflns_obs 69682 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 20.0 _refine.ls_d_res_high 2.37 _refine.ls_percent_reflns_obs 74 _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.1670000 _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details 'TNT SOLVENT MODELING' _refine.solvent_model_param_ksol 0.8 _refine.solvent_model_param_bsol 300 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ;BSOL AND KSOL SET BY USER GLYCEROL KINASE EXISTS AT PHYSIOLOGICAL CONCENTRATIONS IN AN EQUILIBRIUM BETWEEN FUNCTIONAL DIMERS AND TETRAMERS. THE CRYSTAL ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A TETRAMER OF GLYCEROL KINASE WITH NEARLY EXACT 222 POINT-GROUP SYMMETRY, UNLIKE THE PREVIOUSLY SUBMITTED GLYCEROL KINASE - FACTOR IIIGLC COMPLEX IN WHICH THE 222 POINT GROUP SYMMETRY WAS CRYSTALLOGRAPHICALLY ENFORCED ; _refine.pdbx_starting_model 1GLF _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model 'TNT BCORREL V1.0' _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'TNT PROTGEO' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 15621 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 54 _refine_hist.number_atoms_solvent 140 _refine_hist.number_atoms_total 15815 _refine_hist.d_res_high 2.37 _refine_hist.d_res_low 20.0 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function t_bond_d 0.019 ? 1.5 15982 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_angle_deg 2.928 ? 3.0 21620 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_dihedral_angle_d 20.528 ? 0.0 9529 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_incorr_chiral_ct 0 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_pseud_angle ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_trig_c_planes 0.018 ? 2.2 417 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_gen_planes 0.019 ? 7.7 2327 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_it 9.34 ? 1.0 15938 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_nbd 0.032 ? 20.0 742 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _struct.entry_id 1BU6 _struct.title ;CRYSTAL STRUCTURES OF ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE AND THE MUTANT A65T IN AN INACTIVE TETRAMER: CONFORMATIONAL CHANGES AND IMPLICATIONS FOR ALLOSTERIC REGULATION ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1BU6 _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE _struct_keywords.text 'ALLOSTERY, COOPERATIVITY, GLYCEROL KINASE, TRANSFERASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 3 ? M N N 2 ? N N N 3 ? O N N 4 ? P N N 4 ? Q N N 4 ? R N N 4 ? # _struct_biol.id 1 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASP A 48 ? ALA A 67 ? ASP O 48 ALA O 67 1 ? 20 HELX_P HELX_P2 2 SER A 70 ? ASP A 72 ? SER O 70 ASP O 72 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 3 THR A 108 ? ASP A 118 ? THR O 108 ASP O 118 1 ? 11 HELX_P HELX_P4 4 LEU A 120 ? THR A 128 ? LEU O 120 THR O 128 1 ? 9 HELX_P HELX_P5 5 PHE A 136 ? VAL A 148 ? PHE O 136 VAL O 148 1 ? 13 HELX_P HELX_P6 6 GLY A 150 ? GLY A 158 ? GLY O 150 GLY O 158 1 ? 9 HELX_P HELX_P7 7 THR A 164 ? THR A 174 ? THR O 164 THR O 174 1 ? 11 HELX_P HELX_P8 8 ASP A 182 ? SER A 187 ? ASP O 182 SER O 187 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 9 ASP A 200 ? ASP A 208 ? ASP O 200 ASP O 208 1 ? 9 HELX_P HELX_P10 10 ASP A 245 ? GLN A 253 ? ASP O 245 GLN O 253 1 ? 9 HELX_P HELX_P11 11 ALA A 309 ? GLU A 319 ? ALA O 309 GLU O 319 1 ? 11 HELX_P HELX_P12 12 TYR A 327 ? THR A 334 ? TYR O 327 THR O 334 1 ? 8 HELX_P HELX_P13 13 ASN A 372 ? GLY A 400 ? ASN O 372 GLY O 400 1 ? 29 HELX_P HELX_P14 14 GLY A 410 ? ALA A 414 ? GLY O 410 ALA O 414 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 15 ASN A 415 ? GLY A 427 ? ASN O 415 GLY O 427 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 16 GLU A 437 ? VAL A 451 ? GLU O 437 VAL O 451 1 ? 15 HELX_P HELX_P17 17 ASN A 456 ? GLU A 462 ? ASN O 456 GLU O 462 1 ? 7 HELX_P HELX_P18 18 GLU A 475 ? MET A 494 ? GLU O 475 MET O 494 1 ? 20 HELX_P HELX_P19 19 ASP B 48 ? ASP B 68 ? 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GLY Y 410 ALA Y 414 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 34 ASN B 415 ? GLY B 427 ? ASN Y 415 GLY Y 427 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 35 GLU B 437 ? ALA B 450 ? GLU Y 437 ALA Y 450 1 ? 14 HELX_P HELX_P36 36 ASN B 456 ? GLN B 461 ? ASN Y 456 GLN Y 461 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 37 GLU B 475 ? MET B 494 ? GLU Y 475 MET Y 494 1 ? 20 HELX_P HELX_P38 38 ASP C 48 ? ASP C 68 ? ASP Z 48 ASP Z 68 1 ? 21 HELX_P HELX_P39 39 SER C 70 ? ASP C 72 ? SER Z 70 ASP Z 72 5 ? 3 HELX_P HELX_P40 40 THR C 108 ? ASP C 118 ? THR Z 108 ASP Z 118 1 ? 11 HELX_P HELX_P41 41 LEU C 120 ? GLY C 129 ? LEU Z 120 GLY Z 129 1 ? 10 HELX_P HELX_P42 42 PHE C 136 ? VAL C 148 ? PHE Z 136 VAL Z 148 1 ? 13 HELX_P HELX_P43 43 SER C 151 ? ARG C 157 ? SER Z 151 ARG Z 157 1 ? 7 HELX_P HELX_P44 44 VAL C 165 ? THR C 174 ? VAL Z 165 THR Z 174 1 ? 10 HELX_P HELX_P45 45 TYR C 183 ? SER C 187 ? TYR Z 183 SER Z 187 1 ? 5 HELX_P HELX_P46 46 ASP C 200 ? LEU C 207 ? ASP Z 200 LEU Z 207 1 ? 8 HELX_P HELX_P47 47 PRO C 210 ? LEU C 214 ? PRO Z 210 LEU Z 214 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 48 ASP C 245 ? GLY C 252 ? ASP Z 245 GLY Z 252 1 ? 8 HELX_P HELX_P49 49 ALA C 309 ? GLU C 319 ? ALA Z 309 GLU Z 319 1 ? 11 HELX_P HELX_P50 50 TYR C 327 ? THR C 334 ? TYR Z 327 THR Z 334 1 ? 8 HELX_P HELX_P51 51 ASN C 372 ? GLY C 400 ? ASN Z 372 GLY Z 400 1 ? 29 HELX_P HELX_P52 52 ALA C 412 ? ALA C 414 ? ALA Z 412 ALA Z 414 5 ? 3 HELX_P HELX_P53 53 ASN C 415 ? GLY C 427 ? ASN Z 415 GLY Z 427 1 ? 13 HELX_P HELX_P54 54 GLU C 437 ? VAL C 451 ? GLU Z 437 VAL Z 451 1 ? 15 HELX_P HELX_P55 55 ASN C 456 ? GLN C 461 ? ASN Z 456 GLN Z 461 5 ? 6 HELX_P HELX_P56 56 GLU C 475 ? MET C 494 ? GLU Z 475 MET Z 494 1 ? 20 HELX_P HELX_P57 57 ASP D 48 ? ASP D 68 ? ASP X 48 ASP X 68 1 ? 21 HELX_P HELX_P58 58 SER D 70 ? ASP D 72 ? SER X 70 ASP X 72 5 ? 3 HELX_P HELX_P59 59 THR D 108 ? ASP D 118 ? THR X 108 ASP X 118 1 ? 11 HELX_P HELX_P60 60 LEU D 120 ? GLY D 129 ? LEU X 120 GLY X 129 1 ? 10 HELX_P HELX_P61 61 PHE D 136 ? VAL D 148 ? 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AA ? 7 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? parallel A 4 5 ? parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel C 1 2 ? parallel D 1 2 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel F 3 4 ? anti-parallel F 4 5 ? parallel F 5 6 ? parallel F 6 7 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? parallel H 4 5 ? parallel H 5 6 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel K 1 2 ? parallel L 1 2 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel M 3 4 ? anti-parallel M 4 5 ? parallel M 5 6 ? parallel M 6 7 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel N 3 4 ? parallel N 4 5 ? parallel O 1 2 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel Q 1 2 ? parallel R 1 2 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? anti-parallel T 3 4 ? anti-parallel T 4 5 ? parallel T 5 6 ? parallel T 6 7 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? anti-parallel U 3 4 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? anti-parallel V 3 4 ? parallel V 4 5 ? parallel V 5 6 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? anti-parallel Y 1 2 ? parallel Z 1 2 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AA 3 4 ? anti-parallel AA 4 5 ? parallel AA 5 6 ? parallel AA 6 7 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 LEU D 287 ? 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CYS Y 269 ASN Y 274 M 4 MET B 260 ? TYR B 265 ? MET Y 260 TYR Y 265 M 5 ALA B 405 ? ASP B 409 ? ALA Y 405 ASP Y 409 M 6 ARG B 429 ? ARG B 432 ? ARG Y 429 ARG Y 432 M 7 ARG B 468 ? PHE B 470 ? ARG Y 468 PHE Y 470 N 1 ILE C 27 ? GLU C 34 ? ILE Z 27 GLU Z 34 N 2 SER C 15 ? ASP C 22 ? SER Z 15 ASP Z 22 N 3 TYR C 5 ? GLN C 11 ? TYR Z 5 GLN Z 11 N 4 ILE C 74 ? ASN C 81 ? ILE Z 74 ASN Z 81 N 5 ALA C 243 ? GLY C 244 ? ALA Z 243 GLY Z 244 O 1 GLU C 46 ? HIS C 47 ? GLU Z 46 HIS Z 47 O 2 ALA C 100 ? ILE C 101 ? ALA Z 100 ILE Z 101 P 1 THR C 86 ? GLU C 90 ? THR Z 86 GLU Z 90 P 2 LEU C 160 ? THR C 164 ? LEU Z 160 THR Z 164 Q 1 VAL C 180 ? ASP C 182 ? VAL Z 180 ASP Z 182 Q 2 GLU C 216 ? ARG C 218 ? GLU Z 216 ARG Z 218 R 1 PHE C 192 ? ASN C 193 ? PHE Z 192 ASN Z 193 R 2 ASP C 198 ? TRP C 199 ? ASP Z 198 TRP Z 199 S 1 GLY C 225 ? THR C 227 ? GLY Z 225 THR Z 227 S 2 ILE C 237 ? ILE C 239 ? ILE Z 237 ILE Z 239 T 1 LEU C 287 ? CYS C 292 ? LEU Z 287 CYS Z 292 T 2 VAL C 298 ? VAL C 306 ? 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O ARG X 33 N SER D 16 ? N SER X 16 V 2 3 O MET D 21 ? O MET X 21 N ILE D 6 ? N ILE X 6 V 3 4 O TYR D 5 ? O TYR X 5 N ALA D 75 ? N ALA X 75 V 4 5 N ILE D 77 ? N ILE X 77 O PRO D 238 ? O PRO X 238 V 5 6 N ILE D 239 ? N ILE X 239 O GLY D 225 ? O GLY X 225 W 1 2 O HIS D 47 ? O HIS X 47 N ALA D 100 ? N ALA X 100 X 1 2 O LYS D 95 ? O LYS X 95 N GLU D 90 ? N GLU X 90 X 2 3 O TRP D 89 ? O TRP X 89 N LEU D 161 ? N LEU X 161 Y 1 2 N THR D 181 ? N THR X 181 O GLU D 216 ? O GLU X 216 Z 1 2 N ASN D 193 ? N ASN X 193 O ASP D 198 ? O ASP X 198 AA 1 2 N THR D 289 ? N THR X 289 O ALA D 301 ? O ALA X 301 AA 2 3 O VAL D 306 ? O VAL X 306 N CYS D 269 ? N CYS X 269 AA 3 4 O LEU D 272 ? O LEU X 272 N LYS D 262 ? N LYS X 262 AA 4 5 N ASN D 263 ? N ASN X 263 O ARG D 407 ? O ARG X 407 AA 5 6 N LEU D 406 ? N LEU X 406 O GLU D 431 ? O GLU X 431 AA 6 7 N ARG D 432 ? N ARG X 432 O ARG D 468 ? O ARG X 468 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details SO4 Author ? ? ? ? 1 ;SULPHATE BINDING SITE. RESIDUES 230 - 236: THIS REGION IS DISORDERED IN PREVIOUSLY SOLVED CRYSTAL STRUCTURES OF GLYCEROL KINASE, BUT IS ORDERED IN THIS STRUCTURE AND FORMS A SULPHATE BINDING SITE AT THE 2-FOLD DIMER-DIMER INTERFACE. THIS SITE IS PROPOSED TO BE PART OF THE BINDING SITE FOR THE ALLOSTERIC EFFECTOR FBP (SEE REF. FOR THIS STRUCTURE). ; AC1 Software O SO4 502 ? 10 'BINDING SITE FOR RESIDUE SO4 O 502' AC2 Software Z SO4 502 ? 7 'BINDING SITE FOR RESIDUE SO4 Z 502' AC3 Software O SO4 503 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE SO4 O 503' AC4 Software Y SO4 502 ? 6 'BINDING SITE FOR RESIDUE SO4 Y 502' AC5 Software Z SO4 503 ? 6 'BINDING SITE FOR RESIDUE SO4 Z 503' AC6 Software X SO4 502 ? 8 'BINDING SITE FOR RESIDUE SO4 X 502' AC7 Software O GOL 504 ? 6 'BINDING SITE FOR RESIDUE GOL O 504' AC8 Software Y GOL 503 ? 9 'BINDING SITE FOR RESIDUE GOL Y 503' AC9 Software Z GOL 504 ? 8 'BINDING SITE FOR RESIDUE GOL Z 504' BC1 Software X GOL 503 ? 8 'BINDING SITE FOR RESIDUE GOL X 503' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 SO4 1 ARG A 236 ? ARG O 236 . ? 1_555 ? 2 AC1 10 ASN A 228 ? ASN O 228 . ? 1_555 ? 3 AC1 10 GLY A 233 ? GLY O 233 . ? 1_555 ? 4 AC1 10 GLY A 234 ? GLY O 234 . ? 1_555 ? 5 AC1 10 ARG A 236 ? ARG O 236 . ? 1_555 ? 6 AC1 10 HOH O . ? HOH O 505 . ? 1_555 ? 7 AC1 10 GLY D 233 ? GLY X 233 . ? 1_555 ? 8 AC1 10 GLY D 234 ? GLY X 234 . ? 1_555 ? 9 AC1 10 ARG D 236 ? ARG X 236 . ? 1_555 ? 10 AC1 10 HOH R . ? HOH X 506 . ? 1_555 ? 11 AC1 10 ARG C 236 ? ARG Z 236 . ? 1_556 ? 12 AC2 7 ARG A 236 ? ARG O 236 . ? 1_554 ? 13 AC2 7 GLY B 233 ? GLY Y 233 . ? 1_555 ? 14 AC2 7 GLY B 234 ? GLY Y 234 . ? 1_555 ? 15 AC2 7 ARG B 236 ? ARG Y 236 . ? 1_555 ? 16 AC2 7 GLY C 233 ? GLY Z 233 . ? 1_555 ? 17 AC2 7 GLY C 234 ? GLY Z 234 . ? 1_555 ? 18 AC2 7 ARG C 236 ? ARG Z 236 . ? 1_555 ? 19 AC3 5 GLY A 12 ? GLY O 12 . ? 1_555 ? 20 AC3 5 THR A 13 ? THR O 13 . ? 1_555 ? 21 AC3 5 THR A 14 ? THR O 14 . ? 1_555 ? 22 AC3 5 ARG A 17 ? ARG O 17 . ? 1_555 ? 23 AC3 5 THR A 267 ? THR O 267 . ? 1_555 ? 24 AC4 6 GLY B 12 ? 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CZ Y ARG 211 ? ? NH2 Y ARG 211 ? ? 116.97 120.30 -3.33 0.50 N 73 1 NE Y ARG 219 ? ? CZ Y ARG 219 ? ? NH1 Y ARG 219 ? ? 123.34 120.30 3.04 0.50 N 74 1 CB Y ASP 245 ? ? CG Y ASP 245 ? ? OD1 Y ASP 245 ? ? 124.83 118.30 6.53 0.90 N 75 1 CB Y ASP 245 ? ? CG Y ASP 245 ? ? OD2 Y ASP 245 ? ? 110.93 118.30 -7.37 0.90 N 76 1 CB Y ALA 249 ? ? CA Y ALA 249 ? ? C Y ALA 249 ? ? 119.99 110.10 9.89 1.50 N 77 1 CB Y ASP 318 ? ? CG Y ASP 318 ? ? OD1 Y ASP 318 ? ? 125.81 118.30 7.51 0.90 N 78 1 CB Y ASP 318 ? ? CG Y ASP 318 ? ? OD2 Y ASP 318 ? ? 109.73 118.30 -8.57 0.90 N 79 1 CB Y ASP 325 ? ? CG Y ASP 325 ? ? OD2 Y ASP 325 ? ? 111.06 118.30 -7.24 0.90 N 80 1 CB Y ASP 328 ? ? CG Y ASP 328 ? ? OD1 Y ASP 328 ? ? 124.86 118.30 6.56 0.90 N 81 1 CB Y ASP 328 ? ? CG Y ASP 328 ? ? OD2 Y ASP 328 ? ? 112.42 118.30 -5.88 0.90 N 82 1 CA Y VAL 345 ? ? CB Y VAL 345 ? ? CG2 Y VAL 345 ? ? 100.34 110.90 -10.56 1.50 N 83 1 C Y LEU 351 ? ? N Y GLY 352 ? ? CA Y GLY 352 ? ? 102.94 122.30 -19.36 2.10 Y 84 1 N Y ALA 353 ? ? CA Y ALA 353 ? ? CB Y ALA 353 ? ? 122.91 110.10 12.81 1.40 N 85 1 CB Y ASP 357 ? ? CG Y ASP 357 ? ? OD1 Y ASP 357 ? ? 123.89 118.30 5.59 0.90 N 86 1 NE Y ARG 369 ? ? CZ Y ARG 369 ? ? NH2 Y ARG 369 ? ? 116.69 120.30 -3.61 0.50 N 87 1 NE Y ARG 402 ? ? CZ Y ARG 402 ? ? NH1 Y ARG 402 ? ? 125.00 120.30 4.70 0.50 N 88 1 CB Y HIS 404 ? ? CA Y HIS 404 ? ? C Y HIS 404 ? ? 122.56 110.40 12.16 2.00 N 89 1 NE Y ARG 407 ? ? CZ Y ARG 407 ? ? NH1 Y ARG 407 ? ? 124.19 120.30 3.89 0.50 N 90 1 NE Y ARG 407 ? ? CZ Y ARG 407 ? ? NH2 Y ARG 407 ? ? 115.13 120.30 -5.17 0.50 N 91 1 CB Y ASP 409 ? ? CG Y ASP 409 ? ? OD1 Y ASP 409 ? ? 123.96 118.30 5.66 0.90 N 92 1 CB Y ASP 409 ? ? CG Y ASP 409 ? ? OD2 Y ASP 409 ? ? 112.69 118.30 -5.61 0.90 N 93 1 CB Y ASP 424 ? ? CG Y ASP 424 ? ? OD2 Y ASP 424 ? ? 112.57 118.30 -5.73 0.90 N 94 1 NE Y ARG 432 ? ? CZ Y ARG 432 ? ? NH2 Y ARG 432 ? ? 117.01 120.30 -3.29 0.50 N 95 1 CB Y ASP 458 ? ? CG Y ASP 458 ? ? OD1 Y ASP 458 ? ? 123.85 118.30 5.55 0.90 N 96 1 CB Y ASP 458 ? ? 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