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C8 A G 20 ? ? 100.35 104.30 -3.95 0.50 N 122 3 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 120.02 113.10 6.92 0.50 N 123 3 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 102.57 106.40 -3.83 0.40 N 124 3 C5 A G 22 ? ? N7 A G 22 ? ? C8 A G 22 ? ? 100.36 104.30 -3.94 0.50 N 125 3 N7 A G 22 ? ? C8 A G 22 ? ? N9 A G 22 ? ? 119.98 113.10 6.88 0.50 N 126 3 C8 A G 22 ? ? N9 A G 22 ? ? C4 A G 22 ? ? 102.59 106.40 -3.81 0.40 N 127 3 C5 A G 23 ? ? N7 A G 23 ? ? C8 A G 23 ? ? 100.29 104.30 -4.01 0.50 N 128 3 N7 A G 23 ? ? C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? 120.23 113.10 7.13 0.50 N 129 3 C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? C4 A G 23 ? ? 102.67 106.40 -3.73 0.40 N 130 3 "C3'" A A 25 ? ? "C2'" A A 25 ? ? "C1'" A A 25 ? ? 106.36 101.50 4.86 0.80 N 131 3 C5 A A 25 ? ? N7 A A 25 ? ? C8 A A 25 ? ? 100.19 103.90 -3.71 0.50 N 132 3 N7 A A 25 ? ? C8 A A 25 ? ? N9 A A 25 ? ? 119.99 113.80 6.19 0.50 N 133 3 C8 A A 25 ? ? N9 A A 25 ? ? C4 A A 25 ? ? 102.50 105.80 -3.30 0.40 N 134 3 C5 A A 27 ? ? N7 A A 27 ? ? 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N9 A G 5 ? ? C4 A G 5 ? ? 102.77 106.40 -3.63 0.40 N 149 4 C5 A G 6 ? ? N7 A G 6 ? ? C8 A G 6 ? ? 100.29 104.30 -4.01 0.50 N 150 4 N7 A G 6 ? ? C8 A G 6 ? ? N9 A G 6 ? ? 119.97 113.10 6.87 0.50 N 151 4 C8 A G 6 ? ? N9 A G 6 ? ? C4 A G 6 ? ? 102.64 106.40 -3.76 0.40 N 152 4 C5 A G 8 ? ? N7 A G 8 ? ? C8 A G 8 ? ? 100.28 104.30 -4.02 0.50 N 153 4 N7 A G 8 ? ? C8 A G 8 ? ? N9 A G 8 ? ? 120.15 113.10 7.05 0.50 N 154 4 C8 A G 8 ? ? N9 A G 8 ? ? C4 A G 8 ? ? 102.56 106.40 -3.84 0.40 N 155 4 C5 A A 10 ? ? N7 A A 10 ? ? C8 A A 10 ? ? 100.17 103.90 -3.73 0.50 N 156 4 N7 A A 10 ? ? C8 A A 10 ? ? N9 A A 10 ? ? 119.99 113.80 6.19 0.50 N 157 4 C8 A A 10 ? ? N9 A A 10 ? ? C4 A A 10 ? ? 102.50 105.80 -3.30 0.40 N 158 4 C5 A G 11 ? ? N7 A G 11 ? ? C8 A G 11 ? ? 100.29 104.30 -4.01 0.50 N 159 4 N7 A G 11 ? ? C8 A G 11 ? ? N9 A G 11 ? ? 119.89 113.10 6.79 0.50 N 160 4 C8 A G 11 ? ? N9 A G 11 ? ? C4 A G 11 ? ? 102.71 106.40 -3.69 0.40 N 161 4 C5 A G 16 ? ? N7 A G 16 ? ? 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C4 A A 27 ? ? 102.33 105.80 -3.47 0.40 N # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 1EBS 'double helix' 1EBS 'a-form double helix' 1EBS tetraloop 1EBS 'bulge loop' 1EBS 'mismatched base pair' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 1 1_555 A C 29 1_555 -0.817 -0.370 0.310 0.635 -1.608 -2.070 1 A_G1:C29_A A 1 ? A 29 ? 19 1 1 A G 2 1_555 A C 28 1_555 -0.842 -0.352 0.076 -0.654 -2.398 -1.921 2 A_G2:C28_A A 2 ? A 28 ? 19 1 1 A U 3 1_555 A A 27 1_555 0.170 -0.138 0.019 4.043 -2.949 0.628 3 A_U3:A27_A A 3 ? A 27 ? 20 1 1 A G 4 1_555 A C 26 1_555 -0.519 -0.186 -0.309 -7.617 -11.262 0.301 4 A_G4:C26_A A 4 ? A 26 ? 19 1 1 A G 5 1_555 A A 25 1_555 0.089 1.445 -0.054 2.600 -1.274 -12.234 5 A_G5:A25_A A 5 ? A 25 ? 8 1 1 A G 6 1_555 A G 23 1_555 -1.281 -1.247 -0.189 3.705 -1.729 176.551 6 A_G6:G23_A A 6 ? A 23 ? 3 ? 1 A C 7 1_555 A G 22 1_555 -0.670 -0.163 0.268 6.780 -7.265 -1.284 7 A_C7:G22_A A 7 ? A 22 ? 19 1 1 A G 8 1_555 A C 21 1_555 -0.672 -0.280 0.240 2.833 -4.612 -1.225 8 A_G8:C21_A A 8 ? A 21 ? 19 1 1 A C 9 1_555 A G 20 1_555 0.381 -0.178 -0.166 1.218 -8.566 0.059 9 A_C9:G20_A A 9 ? A 20 ? 19 1 1 A A 10 1_555 A U 19 1_555 0.054 -0.087 -0.011 1.658 -6.400 0.205 10 A_A10:U19_A A 10 ? A 19 ? 20 1 1 A G 11 1_555 A C 18 1_555 0.060 -0.097 -0.316 -5.069 -5.956 -0.062 11 A_G11:C18_A A 11 ? A 18 ? 19 1 1 A C 12 1_555 A G 17 1_555 1.053 -0.552 -0.127 -5.616 -3.607 -2.616 12 A_C12:G17_A A 12 ? A 17 ? 19 1 1 A U 13 1_555 A G 16 1_555 0.196 -5.244 0.337 -2.106 -11.924 -116.421 13 A_U13:G16_A A 13 ? A 16 ? ? 2 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 A G 1 1_555 A C 29 1_555 A G 2 1_555 A C 28 1_555 0.018 -0.983 3.466 -1.157 18.474 32.034 -4.030 -0.184 2.543 30.505 1.910 36.875 1 AA_G1G2:C28C29_AA A 1 ? 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A 22 ? 1 A C 7 1_555 A G 22 1_555 A G 8 1_555 A C 21 1_555 0.105 -1.012 3.308 -2.506 26.335 30.840 -4.170 -0.410 1.897 41.289 3.930 40.421 7 AA_C7G8:C21G22_AA A 7 ? A 22 ? A 8 ? A 21 ? 1 A G 8 1_555 A C 21 1_555 A C 9 1_555 A G 20 1_555 0.171 -0.622 3.364 2.380 17.781 39.479 -2.583 0.000 2.848 24.827 -3.323 43.216 8 AA_G8C9:G20C21_AA A 8 ? A 21 ? A 9 ? A 20 ? 1 A C 9 1_555 A G 20 1_555 A A 10 1_555 A U 19 1_555 0.007 -1.060 3.124 0.085 15.966 29.420 -4.173 -0.001 2.266 28.910 -0.154 33.389 9 AA_C9A10:U19G20_AA A 9 ? A 20 ? A 10 ? A 19 ? 1 A A 10 1_555 A U 19 1_555 A G 11 1_555 A C 18 1_555 0.082 -1.113 3.538 0.715 17.256 31.622 -4.281 -0.030 2.607 29.111 -1.206 35.925 10 AA_A10G11:C18U19_AA A 10 ? A 19 ? A 11 ? A 18 ? 1 A G 11 1_555 A C 18 1_555 A C 12 1_555 A G 17 1_555 -0.248 -0.831 3.438 -0.975 18.361 36.409 -3.238 0.249 2.736 27.348 1.452 40.647 11 AA_G11C12:G17C18_AA A 11 ? A 18 ? A 12 ? 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