data_1FJF # _entry.id 1FJF # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.280 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 1FJF NDB RR0015 RCSB RCSB011639 WWPDB D_1000011639 # _pdbx_database_PDB_obs_spr.id OBSLTE _pdbx_database_PDB_obs_spr.pdb_id 1J5E _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id 1FJF _pdbx_database_PDB_obs_spr.date 2002-04-12 _pdbx_database_PDB_obs_spr.details ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.content_type PDB 1QD7 'partial model in 1QD7 is replaced by this structure' unspecified PDB 1FJG ;ribosomal subunit 30S in complex with antibiotics streptomycin, spectinomycin, and paromomycin ; unspecified # _pdbx_database_status.status_code OBS _pdbx_database_status.entry_id 1FJF _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2000-08-08 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insights from the structure of the 30S ribosomal subunit and its interactions with antibiotics' Nature 407 340 348 2000 NATUAS UK 0028-0836 0006 ? ? 10.1038/35030019 2 'Structure of a Bacterial 30S Ribosomal Subunit at 5.5 A Resolution' Nature 400 833 840 1999 NATUAS UK 0028-0836 0006 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Wimberly, B.T.' 1 primary 'Brodersen, D.E.' 2 primary 'Clemons Jr., W.M.' 3 primary 'Morgan-Warren, R.' 4 primary 'Carter, A.P.' 5 primary 'Vonrhein, C.' 6 primary 'Hartsch, T.' 7 primary 'Ramakrishnan, V.' 8 1 'Carter, A.P.' 9 1 'Clemons Jr., W.M.' 10 1 'Brodersen, D.E.' 11 1 'Wimberly, B.T.' 12 1 'Morgan-Warren, R.' 13 1 'Ramakrishnan, V.' 14 2 'Clemons Jr., W.M.' 15 2 'May, J.L.C.' 16 2 'Wimberly, B.T.' 17 2 'McCutcheon, J.P.' 18 2 'Capel, M.S.' 19 2 'Ramakrishnan, V.' 20 # _cell.entry_id 1FJF _cell.length_a 401.375 _cell.length_b 401.375 _cell.length_c 175.887 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 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;UUUGUUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGU UUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUC GGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAU CAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUG AGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCU UGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUA AUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGG GCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGAC GGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCC ACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAA CGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAG GCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUU 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VRMEAERAGMPYVNQRWLGGMLTNFKTISQRVHRLEELEALFASPEIEERPKKEQVRLKHELERLQKYLSGFRLLKRLPD AIFVVDPTKEAIAVREARKLFIPVIALADTDSDPDLVDYIIPGNDDAIRSIQLILSRAVDLIIQARGGVVEPSPSYALVQ EAEATETPEGESEVEA ; B ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MGNKIHPIGFRLGITRDWESRWYAGKKQYRHLLLEDQRIRGLLEKELYSAGLARVDIERAADNVAVTVHVAKPGVVIGRG GERIRVLREELAKLTGKNVALNVQEVQNPNLSAPLVAQRVAEQIERRFAVRRAIKQAVQRVMESGAKGAKVIVSGRIGGA EQARTEWAAQGRVPLHTLRANIDYGFALARTTYGVLGVKAYIFLGEVIGGQKPKARPELPKAEERPRRRRPAVRVKKEE ; ;MGNKIHPIGFRLGITRDWESRWYAGKKQYRHLLLEDQRIRGLLEKELYSAGLARVDIERAADNVAVTVHVAKPGVVIGRG GERIRVLREELAKLTGKNVALNVQEVQNPNLSAPLVAQRVAEQIERRFAVRRAIKQAVQRVMESGAKGAKVIVSGRIGGA EQARTEWAAQGRVPLHTLRANIDYGFALARTTYGVLGVKAYIFLGEVIGGQKPKARPELPKAEERPRRRRPAVRVKKEE ; C ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MGRYIGPVCRLCRREGVKLYLKGERCYSPKCAMERRPYPPGQHGQKRARRPSDYAVRLREKQKLRRIYGISERQFRNLFE EASKKKGVTGSVFLGLLESRLDNVVYRLGFAVSRRQARQLVRHGHITVNGRRVDLPSYRVRPGDEIAVAEKSRNLELIRQ NLEAMKGRKVGPWLSLDVEGMKGKFLRLPDREDLALPVQENLVIEFYSR ; ;MGRYIGPVCRLCRREGVKLYLKGERCYSPKCAMERRPYPPGQHGQKRARRPSDYAVRLREKQKLRRIYGISERQFRNLFE EASKKKGVTGSVFLGLLESRLDNVVYRLGFAVSRRQARQLVRHGHITVNGRRVDLPSYRVRPGDEIAVAEKSRNLELIRQ NLEAMKGRKVGPWLSLDVEGMKGKFLRLPDREDLALPVQENLVIEFYSR ; D ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MPETDFEEKMILIRRTARMQAGGRRFRFGALVVVGDRQGRVGLGFGKAPEVPLAVQKAGYYARRNMVEVPLQNGTIPHEI EVEFGASKIVLKPAAPGTGVIAGAVPRAILELAGVTDILTKELGSRNPINIAYATMEALRQLRTKADVERLRKGEAHAQA QG ; ;MPETDFEEKMILIRRTARMQAGGRRFRFGALVVVGDRQGRVGLGFGKAPEVPLAVQKAGYYARRNMVEVPLQNGTIPHEI EVEFGASKIVLKPAAPGTGVIAGAVPRAILELAGVTDILTKELGSRNPINIAYATMEALRQLRTKADVERLRKGEAHAQA QG ; E ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELR IRDNVRRVMVVKSQEPFLANA ; ;MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELR IRDNVRRVMVVKSQEPFLANA ; F ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRV GGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW ; ;MARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRV GGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW ; G ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; H ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MEQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGRFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLG IARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; ;MEQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGRFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLG IARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; I ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MPKIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRK TIEQLMTLDLPTGVEIEIKTVGGGR ; ;MPKIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRK TIEQLMTLDLPTGVEIEIKTVGGGR ; J ? 12 'polypeptide(L)' no no ;MAKKPSKKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSV DVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; ;MAKKPSKKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSV DVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; K ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MVALPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEH SVVLIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; ;MVALPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEH SVVLIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; L ? 14 'polypeptide(L)' no no ;MARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKR LMDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKKKAPRK ; ;MARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKR LMDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKKKAPRK ; M ? 15 'polypeptide(L)' no no MARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW MARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW N ? 16 'polypeptide(L)' no no ;MPITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRA LIEKLGIRG ; ;MPITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRA LIEKLGIRG ; O ? 17 'polypeptide(L)' no no ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQEAREGA ; ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQEAREGA ; P ? 18 'polypeptide(L)' no no ;MPKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESG RMDLVEKYLIRRQNYQSLSKRGGKA ; ;MPKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESG RMDLVEKYLIRRQNYQSLSKRGGKA ; Q ? 19 'polypeptide(L)' no no ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSGKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSGKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; R ? 20 'polypeptide(L)' no no ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; S ? 21 'polypeptide(L)' no no ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAVQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAVQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; T ? 22 'polypeptide(L)' no no GKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK GKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK V ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 U n 1 2 U n 1 3 U n 1 4 G n 1 5 U n 1 6 U n 1 7 G n 1 8 G n 1 9 A n 1 10 G n 1 11 A n 1 12 G n 1 13 U n 1 14 U n 1 15 U n 1 16 G n 1 17 A n 1 18 U n 1 19 C n 1 20 C n 1 21 U n 1 22 G n 1 23 G n 1 24 C n 1 25 U n 1 26 C n 1 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21 32 ALA n 21 33 ILE n 21 34 LYS n 21 35 THR n 21 36 LEU n 21 37 SER n 21 38 LYS n 21 39 LYS n 21 40 ALA n 21 41 VAL n 21 42 GLN n 21 43 LEU n 21 44 ALA n 21 45 GLN n 21 46 GLU n 21 47 GLY n 21 48 LYS n 21 49 ALA n 21 50 GLU n 21 51 GLU n 21 52 ALA n 21 53 LEU n 21 54 LYS n 21 55 ILE n 21 56 MET n 21 57 ARG n 21 58 LYS n 21 59 ALA n 21 60 GLU n 21 61 SER n 21 62 LEU n 21 63 ILE n 21 64 ASP n 21 65 LYS n 21 66 ALA n 21 67 ALA n 21 68 LYS n 21 69 GLY n 21 70 SER n 21 71 THR n 21 72 LEU n 21 73 HIS n 21 74 LYS n 21 75 ASN n 21 76 ALA n 21 77 ALA n 21 78 ALA n 21 79 ARG n 21 80 ARG n 21 81 LYS n 21 82 SER n 21 83 ARG n 21 84 LEU n 21 85 MET n 21 86 ARG n 21 87 LYS n 21 88 VAL n 21 89 ARG n 21 90 GLN n 21 91 LEU n 21 92 LEU n 21 93 GLU n 21 94 ALA n 21 95 ALA n 21 96 GLY n 21 97 ALA n 21 98 PRO n 21 99 LEU n 21 100 ILE n 21 101 GLY n 21 102 GLY n 21 103 GLY n 21 104 LEU n 21 105 SER n 21 106 ALA n 22 1 GLY n 22 2 LYS n 22 3 GLY n 22 4 ASP n 22 5 ARG n 22 6 ARG n 22 7 THR n 22 8 ARG n 22 9 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'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 12 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 13 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 14 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 15 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 16 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 17 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 18 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 19 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 20 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 21 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 22 1 sample ? ? bacteria 'THERMUS THERMOPHILUS' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code 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GCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUU ACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUG GCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUC GGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCC UGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCC AGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUA CGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGG CGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU CU ; ? 2 5 SWS RS4_THETH P80373 1 ;MGRYIGPVCRLCRREGVKLYLKGERCYSPKCAMERRPYPPGQHGQKRARRPSDYAVRLREKQKLRRIYGISERQFRNLFE EASKKKGVTGSVFLGLLESRLDNVVYRLGFAVSRRQARQLVRHGHITVNGRRVDLPSYRVRPGDEIAVAEKSRNLELIRQ NLEAMKGRKVGPWLSLDVEGMKGKFLRLPDREDLALPVNEQLVIEFYSR ; ? 3 6 SWS RS5_THETH P27152 1 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;MVALPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEH SVVLIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; ? 10 14 GB BAA75546 4519420 1 ;MARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKR LMDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKKKAPRK ; ? 11 15 SWS RS14_THETH P24320 1 MARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW ? 12 16 SWS RS15_THETH P80378 1 ;MPITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRA LIEKLGIRG ; ? 13 18 EMBL CAA85419 673503 1 ;MPKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESG RMDLVEKYLIRRQNYQSLSKRGGKA ; ? 14 19 GB AAF27297 6739549 1 ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSGKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; ? 15 20 SWS RS19_THETH P80381 1 ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; ? 16 22 SWS RSHX_THETH P32193 1 GKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1FJF A 1 ? 1522 ? 155076 646 ? 2167 ? 0 1544 2 2 1FJF D 1 ? 209 ? 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'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 N 'RNA linking' . ;ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE ; "1-DEOXY-RIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE" 'C5 H11 O7 P' 214.110 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 UNX non-polymer . 'UNKNOWN ATOM OR ION' ? ? ? VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.entry_id 1FJF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 6 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas 4.167 _exptl_crystal.density_percent_sol 70.51 _exptl_crystal.density_Matthews 4.51 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.pH 6.5 _exptl_crystal_grow.temp 277 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? # loop_ _exptl_crystal_grow_comp.crystal_id _exptl_crystal_grow_comp.id _exptl_crystal_grow_comp.sol_id _exptl_crystal_grow_comp.name _exptl_crystal_grow_comp.conc _exptl_crystal_grow_comp.volume _exptl_crystal_grow_comp.details 1 1 1 NH4Cl ? ? ? 1 2 1 KCl ? ? ? 1 3 1 CaCl2 ? ? ? 1 4 1 'magnesium acetate' ? ? ? 1 5 1 'sodium cacodylate' ? ? ? 1 6 1 MPD ? ? ? 1 7 2 NH4Cl ? ? ? 1 8 2 KCl ? ? ? 1 9 2 CaCl2 ? ? ? 1 10 2 'magnesium acetate' ? ? ? 1 11 2 'sodium cacodylate' ? ? ? 1 12 2 MPD ? ? ? # loop_ _diffrn.id _diffrn.ambient_temp _diffrn.ambient_temp_details _diffrn.crystal_id 1 100.0 ? 1 2 100.0 ? 1 # loop_ _diffrn_detector.diffrn_id _diffrn_detector.detector _diffrn_detector.type _diffrn_detector.pdbx_collection_date _diffrn_detector.details 1 CCD SBC2 2000-06-02 ? 2 CCD 'ADSC QUANTUM 4' 2000-05-05 ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # loop_ _diffrn_radiation_wavelength.id _diffrn_radiation_wavelength.wavelength _diffrn_radiation_wavelength.wt 1 1.14017 1.0 2 0.93930 1.0 # loop_ _diffrn_source.diffrn_id _diffrn_source.source _diffrn_source.type _diffrn_source.pdbx_wavelength _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1 SYNCHROTRON 'APS BEAMLINE 19ID' 1.14017 APS 19ID ? 2 SYNCHROTRON 'ESRF BEAMLINE ID14-4' 0.93930 ESRF ID14-4 ? # _reflns.entry_id 1FJF _reflns.observed_criterion_sigma_I 0.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F 0.0 _reflns.d_resolution_low 59.761 _reflns.d_resolution_high 3.050 _reflns.number_obs 254610 _reflns.number_all 254610 _reflns.percent_possible_obs 94.0 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ? _reflns.pdbx_Rsym_value 0.132 _reflns.pdbx_netI_over_av_sigmaI 8.1 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 68.711 _reflns.pdbx_redundancy 2.7 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? # _reflns_shell.d_res_high 3.05 _reflns_shell.d_res_low 3.16 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.percent_possible_all 90.3 _reflns_shell.Rmerge_I_obs ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 1.40 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value 0.612 _reflns_shell.pdbx_redundancy 2.1 _reflns_shell.number_unique_all 24241 _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 1FJF _refine.ls_number_reflns_obs 238205 _refine.ls_number_reflns_all 238205 _refine.pdbx_ls_sigma_I 0.0 _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.ls_d_res_low 59.761 _refine.ls_d_res_high 3.05 _refine.ls_percent_reflns_obs 94.0 _refine.ls_R_factor_obs 0.212 _refine.ls_R_factor_all 0.213 _refine.ls_R_factor_R_work 0.208 _refine.ls_R_factor_R_free 0.252 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5 _refine.ls_number_reflns_R_free 12036 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.B_iso_mean 70.536 _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details 'CNS MASK MODE' _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol 29.77 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;ML target with phase restraints used in the first couple of cycles, then ML refinement against amplitudes only. Metal ions (residues UNX) were refined as Cobalt cations but some of them might be magnesium cations ; _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct MIRAS _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'proteins: Engh & Huber, RNA: Parkinson at al.' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 1FJF _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.39 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 0.57 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 5.0 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.45 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 0.62 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.pdbx_Luzzati_d_res_high_obs ? _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 19229 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 32508 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 190 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 51927 _refine_hist.d_res_high 3.05 _refine_hist.d_res_low 59.761 _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.006 ? ? ? 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'X-RAY DIFFRACTION' 3 ion.param ? 'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 1FJF _struct.title 'STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT' _struct.pdbx_descriptor '30S RIBOSOMAL SUBUNIT' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1FJF _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text '30S RIBOSOMAL SUBUNIT, RIBOSOME' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 17 ? R N N 18 ? S N N 19 ? T N N 20 ? U N N 21 ? V N N 22 ? W N N 23 ? X N N 23 ? Y N N 24 ? Z N N 24 ? AA N N 24 ? BA N N 24 ? CA N N 24 ? DA N N 24 ? EA N N 24 ? FA N N 24 ? GA N N 24 ? HA N N 24 ? IA N N 24 ? JA N N 24 ? KA N N 24 ? LA N N 24 ? MA N N 24 ? NA N N 24 ? OA N N 24 ? PA N N 24 ? QA N N 24 ? RA N N 24 ? SA N N 24 ? TA N N 24 ? UA N N 24 ? VA N N 24 ? WA N N 24 ? XA N N 24 ? YA N N 24 ? ZA N N 24 ? AB N N 24 ? BB N N 24 ? CB N N 24 ? DB N N 24 ? EB N N 24 ? FB N N 24 ? GB N N 24 ? HB N N 24 ? IB N N 24 ? JB N N 24 ? KB N N 24 ? LB N N 24 ? MB N N 24 ? NB N N 24 ? OB N N 24 ? PB N N 24 ? QB N N 24 ? RB N N 24 ? SB N N 24 ? TB N N 24 ? UB N N 24 ? VB N N 24 ? WB N N 24 ? XB N N 24 ? YB N N 24 ? ZB N N 24 ? AC N N 24 ? BC N N 24 ? CC N N 24 ? DC N N 24 ? EC N N 24 ? FC N N 24 ? GC N N 24 ? HC N N 24 ? IC N N 24 ? JC N N 24 ? KC N N 24 ? LC N N 24 ? MC N N 24 ? NC N N 24 ? OC N N 24 ? PC N N 24 ? QC N N 24 ? RC N N 24 ? SC N N 24 ? TC N N 24 ? UC N N 24 ? VC N N 24 ? WC N N 24 ? XC N N 24 ? YC N N 24 ? ZC N N 24 ? AD N N 24 ? BD N N 24 ? CD N N 24 ? DD N N 24 ? ED N N 24 ? FD N N 24 ? GD N N 24 ? HD N N 24 ? ID N N 24 ? JD N N 24 ? KD N N 24 ? LD N N 24 ? MD N N 24 ? ND N N 24 ? OD N N 24 ? PD N N 24 ? QD N N 24 ? RD N N 24 ? SD N N 24 ? TD N N 24 ? UD N N 24 ? VD N N 24 ? WD N N 24 ? XD N N 24 ? YD N N 24 ? ZD N N 24 ? AE N N 24 ? BE N N 24 ? CE N N 24 ? DE N N 24 ? EE N N 24 ? FE N N 24 ? GE N N 24 ? HE N N 24 ? IE N N 24 ? JE N N 24 ? KE N N 24 ? LE N N 24 ? ME N N 24 ? NE N N 24 ? OE N N 24 ? PE N N 24 ? QE N N 24 ? RE N N 24 ? SE N N 24 ? TE N N 24 ? UE N N 24 ? VE N N 24 ? WE N N 24 ? XE N N 24 ? YE N N 24 ? ZE N N 24 ? AF N N 24 ? BF N N 24 ? CF N N 24 ? DF N N 24 ? EF N N 24 ? FF N N 24 ? GF N N 24 ? HF N N 24 ? IF N N 24 ? JF N N 24 ? KF N N 24 ? LF N N 24 ? MF N N 24 ? NF N N 24 ? OF N N 24 ? PF N N 24 ? QF N N 24 ? RF N N 24 ? SF N N 24 ? TF N N 24 ? UF N N 24 ? VF N N 24 ? WF N N 24 ? XF N N 24 ? YF N N 24 ? ZF N N 24 ? AG N N 24 ? BG N N 24 ? CG N N 24 ? DG N N 24 ? EG N N 24 ? FG N N 24 ? GG N N 24 ? HG N N 24 ? IG N N 24 ? JG N N 24 ? KG N N 24 ? LG N N 24 ? MG N N 24 ? NG N N 24 ? OG N N 24 ? PG N N 24 ? QG N N 24 ? RG N N 24 ? SG N N 24 ? TG N N 24 ? UG N N 24 ? VG N N 24 ? WG N N 24 ? XG N N 24 ? YG N N 24 ? ZG N N 24 ? AH N N 24 ? BH N N 24 ? CH N N 24 ? DH N N 24 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details 'The biological assembly is a multimer constructed from chains A through U' _struct_biol.pdbx_parent_biol_id ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 LEU C 11 ? VAL C 15 ? LEU B 11 VAL B 15 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 2 ASN C 25 ? ARG C 30 ? ASN B 25 ARG B 30 5 ? 6 HELX_P HELX_P3 3 ASP C 43 ? ARG C 64 ? 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P A G 1258 ? ? 1.61 1161 1 O3* A C 1030 ? ? P A G 1030A A ? 1.61 1162 1 O3* A A 1251 ? ? P A A 1252 ? ? 1.61 1163 1 O3* A G 183 ? ? P A G 184 ? ? 1.61 1164 1 O3* A G 1233 ? ? P A C 1234 ? ? 1.61 1165 1 O3* A C 1412 ? ? P A A 1413 ? ? 1.61 1166 1 O3* A C 489 ? ? P A G 490 ? ? 1.61 1167 1 O3* A G 1316 ? ? P A C 1317 ? ? 1.61 1168 1 O3* A A 935 ? ? P A C 936 ? ? 1.61 1169 1 O3* A G 1042 ? ? P A C 1043 ? ? 1.61 1170 1 O3* A G 1021 ? ? P A G 1022 ? ? 1.61 1171 1 O3* A C 435 ? ? P A C 436 ? ? 1.61 1172 1 O3* A G 1081 ? ? P A G 1082 ? ? 1.61 1173 1 O3* A G 1030A A ? P A C 1030B B ? 1.61 1174 1 O3* A U 1528 ? ? P A G 1529 ? ? 1.61 1175 1 O3* A G 1487 ? ? P A G 1488 ? ? 1.61 1176 1 O3* A C 1237 ? ? P A A 1238 ? ? 1.61 1177 1 O3* A A 1333 ? ? P A G 1334 ? ? 1.61 1178 1 O3* A G 763 ? ? P A C 764 ? ? 1.61 1179 1 O3* A A 1287 ? ? P A A 1288 ? ? 1.61 1180 1 O3* A A 101 ? ? P A G 102 ? ? 1.61 1181 1 O3* A G 1013 ? ? P A A 1014 ? ? 1.61 1182 1 O3* A C 1210 ? ? P A U 1211 ? ? 1.61 1183 1 O3* A G 963 ? ? P A A 964 ? ? 1.61 1184 1 O3* A C 269 ? ? P A A 270 ? ? 1.61 1185 1 O3* A G 1309 ? ? P A G 1310 ? ? 1.61 1186 1 O3* A G 682 ? ? P A G 683 ? ? 1.61 1187 1 O3* A U 1390 ? ? P A U 1391 ? ? 1.61 1188 1 O3* A C 556 ? ? P A G 557 ? ? 1.61 1189 1 O3* A G 306 ? ? P A C 307 ? ? 1.61 1190 1 O3* A U 1532 ? ? P A C 1533 ? ? 1.61 1191 1 O3* A G 68 ? ? P A G 69 ? ? 1.61 1192 1 O3* A G 987 ? ? P A G 988 ? ? 1.61 1193 1 O3* A C 217 ? ? P A C 218 ? ? 1.61 1194 1 O3* A G 147 ? ? P A G 148 ? ? 1.61 1195 1 O3* A G 709 ? ? P A G 710 ? ? 1.61 1196 1 O3* A A 1030D D ? P A G 1031 ? ? 1.61 1197 1 O3* A C 615 ? ? P A G 616 ? ? 1.61 1198 1 O3* A C 924 ? ? P A G 925 ? ? 1.61 1199 1 O3* A A 632 ? ? P A G 633 ? ? 1.61 1200 1 O3* A G 97 ? ? P A U 98 ? ? 1.61 1201 1 O3* A G 755 ? ? P A C 756 ? ? 1.61 1202 1 O3* A G 752 ? ? P A A 753 ? ? 1.61 1203 1 O3* A C 1038 ? ? P A C 1039 ? ? 1.61 1204 1 O3* A C 999 ? ? P A U 1000 ? ? 1.61 1205 1 O3* A G 1294 ? ? 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P A G 1081 ? ? 1.61 1252 1 O3* A G 1265 ? ? P A G 1266 ? ? 1.61 1253 1 O3* A G 1258 ? ? P A C 1259 ? ? 1.61 1254 1 O3* A U 531 ? ? P A A 532 ? ? 1.61 1255 1 O3* A G 265 ? ? P A G 266 ? ? 1.61 1256 1 O3* A U 239 ? ? P A C 240 ? ? 1.61 1257 1 O3* A A 946 ? ? P A G 947 ? ? 1.61 1258 1 O3* A C 519 ? ? P A A 520 ? ? 1.61 1259 1 O3* A A 684 ? ? P A G 685 ? ? 1.61 1260 1 O3* A C 190A A ? P A C 190B B ? 1.61 1261 1 O3* A G 190I I ? P A U 190J J ? 1.61 1262 1 O3* A G 144 ? ? P A G 145 ? ? 1.61 1263 1 O3* A U 1083 ? ? P A G 1084 ? ? 1.61 1264 1 O3* A A 1169 ? ? P A G 1171 ? ? 1.61 1265 1 O3* A G 1120 ? ? P A U 1121 ? ? 1.61 1266 1 O3* A C 34 ? ? P A G 35 ? ? 1.61 1267 1 O3* A G 1175 ? ? P A A 1176 ? ? 1.61 1268 1 O3* X N 1 ? ? P X N 2 ? ? 1.61 1269 1 O3* A U 705 ? ? P A A 706 ? ? 1.61 1270 1 O3* A U 1065 ? ? P A C 1066 ? ? 1.61 1271 1 O3* A G 44 ? ? P A U 45 ? ? 1.61 1272 1 O3* A G 292 ? ? P A G 293 ? ? 1.61 1273 1 O3* A G 1221 ? ? P A G 1222 ? ? 1.61 1274 1 O3* A A 864 ? ? 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P A C 1118 ? ? 1.62 1459 1 O3* A A 353 ? ? P A G 354 ? ? 1.62 1460 1 O3* A G 112 ? ? P A G 113 ? ? 1.62 1461 1 O3* A G 575 ? ? P A G 576 ? ? 1.62 1462 1 O3* A A 1250 ? ? P A A 1251 ? ? 1.62 1463 1 O3* A C 840 ? ? P A U 841 ? ? 1.62 1464 1 O3* A A 452 ? ? P A A 453 ? ? 1.62 1465 1 O3* A U 1049 ? ? P A G 1050 ? ? 1.62 1466 1 O3* A A 975 ? ? P A G 976 ? ? 1.62 1467 1 O3* A C 701 ? ? P A A 702 ? ? 1.62 1468 1 O3* A U 421 ? ? P A C 422 ? ? 1.62 1469 1 O3* A A 279 ? ? P A C 280 ? ? 1.62 1470 1 O3* A G 231 ? ? P A G 232 ? ? 1.62 1471 1 O3* A C 618 ? ? P A U 619 ? ? 1.62 1472 1 O3* A A 792 ? ? P A U 793 ? ? 1.62 1473 1 O3* A G 438 ? ? P A A 439 ? ? 1.62 1474 1 O3* A G 428 ? ? P A U 429 ? ? 1.62 1475 1 O3* A G 727 ? ? P A A 728 ? ? 1.63 1476 1 O3* A G 1182 ? ? P A A 1183 ? ? 1.63 1477 1 O3* A A 965 ? ? P A G 966 ? ? 1.63 1478 1 O3* A A 344 ? ? P A C 345 ? ? 1.63 1479 1 O3* A C 1397 ? ? P A A 1398 ? ? 1.63 1480 1 O3* A U 1281 ? ? P A C 1282 ? ? 1.63 1481 1 O3* A G 115 ? ? 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"C3'" ? A C 1511 "C3'" 16564 1 Y 1 A C 1533 ? "O3'" ? A C 1511 "O3'" 16565 1 Y 1 A C 1533 ? "C2'" ? A C 1511 "C2'" 16566 1 Y 1 A C 1533 ? "O2'" ? A C 1511 "O2'" 16567 1 Y 1 A C 1533 ? "C1'" ? A C 1511 "C1'" 16568 1 Y 1 A A 1534 ? OP1 ? A A 1512 OP1 16569 1 Y 1 A A 1534 ? OP2 ? A A 1512 OP2 16570 1 Y 1 A A 1534 ? "O5'" ? A A 1512 "O5'" 16571 1 Y 1 A A 1534 ? "C5'" ? A A 1512 "C5'" 16572 1 Y 1 A A 1534 ? "C4'" ? A A 1512 "C4'" 16573 1 Y 1 A A 1534 ? "O4'" ? A A 1512 "O4'" 16574 1 Y 1 A A 1534 ? "C3'" ? A A 1512 "C3'" 16575 1 Y 1 A A 1534 ? "O3'" ? A A 1512 "O3'" 16576 1 Y 1 A A 1534 ? "C2'" ? A A 1512 "C2'" 16577 1 Y 1 A A 1534 ? "O2'" ? A A 1512 "O2'" 16578 1 Y 1 A A 1534 ? "C1'" ? A A 1512 "C1'" 16579 1 Y 1 X U 4 ? OP1 ? B U 4 OP1 16580 1 Y 1 X U 4 ? OP2 ? B U 4 OP2 16581 1 Y 1 X U 4 ? "O5'" ? B U 4 "O5'" 16582 1 Y 1 X U 4 ? "C5'" ? B U 4 "C5'" 16583 1 Y 1 X U 4 ? "C4'" ? B U 4 "C4'" 16584 1 Y 1 X U 4 ? "O4'" ? B U 4 "O4'" 16585 1 Y 1 X U 4 ? "C3'" ? B U 4 "C3'" 16586 1 Y 1 X U 4 ? 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V LYS 26 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 1FJF 'double helix' 1FJF 'a-form double helix' 1FJF 'parallel strands' 1FJF 'hairpin loop' 1FJF tetraloop 1FJF 'bulge loop' 1FJF 'mismatched base pair' 1FJF 'internal loop' 1FJF 'triple helix' 1FJF 'quadruple helix' 1FJF 'three-way junction' 1FJF 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 8 1_555 A U 544 1_555 4.778 1.196 0.877 33.853 8.046 -75.563 1 A_G7:U560_A A 7 ? 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