data_1FKA # _entry.id 1FKA # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.385 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 1FKA pdb_00001fka 10.2210/pdb1fka/pdb NDB RR0017 ? ? RCSB RCSB011667 ? ? 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'Cell(Cambridge,Mass.)' 102 615 623 2000 CELLB5 US 0092-8674 0998 ? 11007480 '10.1016/S0092-8674(00)00084-2' 1 ;Refining the overall structure and subdomain orientation of ribosomal protein S4 delta 41 with dipolar couplings measured by nmr in uniaxial liquid crystalline phases ; J.Mol.Biol. 292 375 387 1999 JMOBAK UK 0022-2836 0070 ? ? 10.1006/jmbi.1999.3061 2 'The structure of ribosomal protein s5 reveals sites of interaction with 16S rRNA' Nature 358 768 771 1992 NATUAS UK 0028-0836 0006 ? ? 10.1038/358768a0 3 'Crystal structure of the ribosomal protein S6 from Thermus thermophilus' 'Embo J.' 13 1249 1254 1994 EMJODG UK 0261-4189 0897 ? ? ? 4 'The structure of ribosomal protein S7 at 1.9 A resolution reveals a beta-hairpin motif that binds double-stranded nucleic acids' Structure 15 1187 1198 1997 STRUE6 UK 0969-2126 2005 ? ? '10.1016/S0969-2126(97)00269-4' 5 ;Crystal structure of ribosomal protein S8 from Thermus thermophilus reveals a high degree of structural conservation of a specific RNA binding site ; J.Mol.Biol. 279 233 244 1998 JMOBAK UK 0022-2836 0070 ? ? 10.1006/jmbi.1998.1758 6 'Conformational variability of the N-terminal helix in the structure of ribosomal protein S15' Structure 6 429 438 1998 STRUE6 UK 0969-2126 2005 ? ? '10.1016/S0969-2126(98)00045-8' 7 'Structure of the S15, S6, S18-rRNA complex: assembly of the 30S ribosome central domain' Science 288 107 113 2000 SCIEAS US 0036-8075 0038 ? ? 10.1126/science.288.5463.107 8 'Solution structure of the ribosomal protein S19 from Thermus thermophilus' J.Mol.Biol. 292 1071 1081 1999 JMOBAK UK 0022-2836 0070 ? ? 10.1006/jmbi.1999.3122 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Schluenzen, F.' 1 ? primary 'Tocilj, A.' 2 ? primary 'Zarivach, R.' 3 ? primary 'Harms, J.' 4 ? primary 'Gluehmann, M.' 5 ? primary 'Janell, D.' 6 ? primary 'Bashan, A.' 7 ? primary 'Bartels, H.' 8 ? primary 'Agmon, I.' 9 ? primary 'Franceschi, F.' 10 ? primary 'Yonath, A.' 11 ? 1 'MARKUS, M.A.' 12 ? 1 'GERSTNER, R.B.' 13 ? 1 'DRAPER, D.E.' 14 ? 1 'Torchia, D.A.' 15 ? 2 'RAMAKRISHNAN, V.' 16 ? 2 'WHITE, S.W.' 17 ? 3 'LINDAHL, M.' 18 ? 3 'SVENSSON, L.A.' 19 ? 3 'LILJAS, A.' 20 ? 3 'SEDELNIKOVA, S.E.' 21 ? 3 'ELISEIKINA, I.A.' 22 ? 3 'FOMENKOVA, N.P.' 23 ? 3 'NEVSKAYA, N.' 24 ? 3 'NIKONOV, S.V.' 25 ? 3 'GARBER, M.B.' 26 ? 3 'MURANOVA, T.A.' 27 ? 3 'RYKONOVA, A.I.' 28 ? 4 'WIMBERLY, B.T.' 29 ? 4 'WHITE, S.W.' 30 ? 4 'RAMAKRISHNAN, V.' 31 ? 5 'NEVSKAYA, N.' 32 ? 5 'TISHCHENKO, S.' 33 ? 5 'NIKULIN, A.' 34 ? 5 'AL-KARADAGHI, S.' 35 ? 5 'LILJAS, A.' 36 ? 5 'EHRESMANN, B.' 37 ? 5 'EHRESMANN, C.' 38 ? 5 'GARBER, M.B.' 39 ? 5 'NIKONOV, S.' 40 ? 6 'CLEMONS, W.M.' 41 ? 6 'DAVIES, C.' 42 ? 6 'WHITE, S.W.' 43 ? 6 'RAMAKRISHNAN, V.' 44 ? 7 'AGALAROV, S.C.' 45 ? 7 'PRASAD, G.S.' 46 ? 7 'FUNKE, P.M.' 47 ? 7 'STOUT, C.D.' 48 ? 7 'WILLIAMSON, J.R.' 49 ? 8 'HELGSTRAND, M.' 50 ? 8 'RAK, A.V.' 51 ? 8 'ALLARD, P.' 52 ? 8 'DAVYDOVA, N.' 53 ? 8 'GARBER, M.B.' 54 ? 8 'HARD, T.' 55 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat '16S 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XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX K ? 12 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; ;XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX ; L ? 13 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX M ? 14 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX N ? 15 'polypeptide(L)' no no ;MPITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRE IVEKLGLRG ; ;MPITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRE IVEKLGLRG ; O ? 16 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX P ? 17 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; ;XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXX ; Q ? 18 'polypeptide(L)' no no ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSGKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSGKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; R ? 19 'polypeptide(L)' no no ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; S ? 20 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; ;XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXX ; T ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 21 _pdbx_entity_nonpoly.name 'OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id WO2 # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 U n 1 2 U n 1 3 U n 1 4 G n 1 5 U n 1 6 U n 1 7 G n 1 8 G n 1 9 A n 1 10 G n 1 11 A n 1 12 G n 1 13 U n 1 14 U n 1 15 U n 1 16 G n 1 17 A n 1 18 U n 1 19 C n 1 20 C n 1 21 U n 1 22 G n 1 23 G n 1 24 C n 1 25 U n 1 26 C n 1 27 A n 1 28 G n 1 29 G n 1 30 G n 1 31 U n 1 32 G n 1 33 A n 1 34 A n 1 35 C n 1 36 G n 1 37 C n 1 38 U n 1 39 G n 1 40 G n 1 41 C n 1 42 G n 1 43 G n 1 44 C n 1 45 G n 1 46 U n 1 47 G n 1 48 C n 1 49 C n 1 50 U n 1 51 A n 1 52 A n 1 53 G n 1 54 A n 1 55 C n 1 56 A n 1 57 U n 1 58 G n 1 59 C n 1 60 A n 1 61 A n 1 62 G n 1 63 U n 1 64 C n 1 65 G n 1 66 U n 1 67 G n 1 68 C n 1 69 G n 1 70 G n 1 71 G n 1 72 C n 1 73 C n 1 74 G n 1 75 C n 1 76 G n 1 77 G n 1 78 G n 1 79 G n 1 80 U n 1 81 U n 1 82 U n 1 83 U n 1 84 A n 1 85 C n 1 86 U n 1 87 C n 1 88 C n 1 89 G n 1 90 U n 1 91 G n 1 92 G n 1 93 U n 1 94 C n 1 95 A n 1 96 G n 1 97 C n 1 98 G n 1 99 G n 1 100 C n 1 101 G n 1 102 G n 1 103 A n 1 104 C n 1 105 G n 1 106 G n 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1 207 G n 1 208 C n 1 209 U n 1 210 U n 1 211 U n 1 212 G n 1 213 C n 1 214 C n 1 215 C n 1 216 G n 1 217 C n 1 218 U n 1 219 U n 1 220 C n 1 221 C n 1 222 G n 1 223 G n 1 224 A n 1 225 U n 1 226 G n 1 227 G n 1 228 G n 1 229 C n 1 230 C n 1 231 C n 1 232 G n 1 233 C n 1 234 G n 1 235 U n 1 236 C n 1 237 C n 1 238 C n 1 239 A n 1 240 U n 1 241 C n 1 242 A n 1 243 G n 1 244 C n 1 245 U n 1 246 A n 1 247 G n 1 248 U n 1 249 U n 1 250 G n 1 251 G n 1 252 U n 1 253 G n 1 254 G n 1 255 G n 1 256 G n 1 257 U n 1 258 A n 1 259 A n 1 260 U n 1 261 G n 1 262 G n 1 263 C n 1 264 C n 1 265 C n 1 266 A n 1 267 C n 1 268 C n 1 269 A n 1 270 A n 1 271 G n 1 272 G n 1 273 C n 1 274 G n 1 275 A n 1 276 C n 1 277 G n 1 278 A n 1 279 C n 1 280 G n 1 281 G n 1 282 G n 1 283 U n 1 284 A n 1 285 G n 1 286 C n 1 287 C n 1 288 G n 1 289 G n 1 290 U n 1 291 C n 1 292 U n 1 293 G n 1 294 A n 1 295 G n 1 296 A n 1 297 G n 1 298 G n 1 299 A n 1 300 U n 1 301 G n 1 302 G n 1 303 C n 1 304 C n 1 305 G n 1 306 G n 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AA WO2 1 OP8 # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal SHARP phasing . ? 1 CNS refinement 0.9 ? 2 DENZO 'data reduction' . ? 3 SCALEPACK 'data scaling' . ? 4 # _cell.entry_id 1FKA _cell.length_a 406.300 _cell.length_b 406.300 _cell.length_c 173.100 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1FKA _symmetry.space_group_name_H-M 'P 41 21 2' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting tetragonal _symmetry.Int_Tables_number 92 # _exptl.entry_id 1FKA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_percent_sol 76.09 _exptl_crystal.density_Matthews 5.14 _exptl_crystal.description ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.pH 7.7 _exptl_crystal_grow.temp 291.0 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'MPD, Spermidine, MgCl2, NH4Cl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? # loop_ _exptl_crystal_grow_comp.crystal_id _exptl_crystal_grow_comp.id _exptl_crystal_grow_comp.sol_id _exptl_crystal_grow_comp.name _exptl_crystal_grow_comp.conc _exptl_crystal_grow_comp.volume _exptl_crystal_grow_comp.details 1 1 1 NH4Cl ? ? ? 1 2 1 MgCl2 ? ? ? 1 3 1 spermidine ? ? ? 1 4 1 MPD ? ? ? 1 5 2 MPD ? ? ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 95.0 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 4' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2000-06-15 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.9330 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ESRF BEAMLINE ID14-2' _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.9330 _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ESRF _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ID14-2 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? 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_struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1FKA _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text '30S RIBOSOMAL SUBUNIT, PROTEIN-RNA COMPLEX, ribosome' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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A C 1292 O2 ? ? ? 1_555 A G 1301 N2 ? ? A C 1292 A G 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog554 hydrog ? ? A U 1326 N3 ? ? ? 1_555 A A 1353 N7 ? ? A U 1326 A A 1353 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? ? hydrog555 hydrog ? ? A U 1329 O2 ? ? ? 1_555 A G 1350 N2 ? ? A U 1329 A G 1350 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? ? hydrog556 hydrog ? ? A C 1332 O2 ? ? ? 1_555 A G 1347 N2 ? ? A C 1332 A G 1347 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-G PAIR' ? ? ? hydrog557 hydrog ? ? A G 1333 N1 ? ? ? 1_555 A C 1346 N3 ? ? A G 1333 A C 1346 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog558 hydrog ? ? A G 1334 N1 ? ? ? 1_555 A C 1345 N3 ? ? A G 1334 A C 1345 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog559 hydrog ? ? A C 1374 O2 ? ? ? 1_555 A G 1380 N1 ? ? A C 1374 A G 1380 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-G PAIR' ? ? ? hydrog560 hydrog ? ? A C 1382 O2 ? ? ? 1_555 A A 1474 N6 ? ? A C 1382 A A 1474 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-A MISPAIR' ? ? ? hydrog561 hydrog ? ? A G 1384 N2 ? ? ? 1_555 A C 1470 O2 ? ? A G 1384 A C 1470 1_555 ? ? ? ? ? ? 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