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Nature 373 580 587 1995 NATUAS UK 0028-0836 0006 ? 7854413 10.1038/373580a0 1 'Location of the Redox Centers in Hydrogenase as Determined by X-Ray Crystallography at 5 Angstroms Resolution' 'Joint Ccp4 Esf-Eacbm Newsletter on Protein Crystallography' 28 30 ? 1993 ? UK ? 2097 ? ? ? 2 ;Analysis and Comparison of Nucleotide Sequences Encoding the Genes for [Nife] and [Nifese] Hydrogenases from Desulfovibrio Gigas and Desulfovibrio Baculatus ; J.Bacteriol. 171 2894 ? 1989 JOBAAY US 0021-9193 0767 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Volbeda, A.' 1 primary 'Charon, M.H.' 2 primary 'Piras, C.' 3 primary 'Hatchikian, E.C.' 4 primary 'Frey, M.' 5 primary 'Fontecilla-Camps, J.C.' 6 1 'Volbeda, A.' 7 1 'Piras, C.' 8 1 'Charon, M.H.' 9 1 'Hatchikian, E.C.' 10 1 'Frey, M.' 11 1 'Fontecilla-Camps, J.C.' 12 2 'Voordouw, G.' 13 2 'Menon, N.K.' 14 2 'Legall, J.' 15 2 'Choi, E.S.' 16 2 'Peck Junior, H.D.' 17 2 'Przybyla, A.E.' 18 # _cell.entry_id 1FRV _cell.length_a 63.600 _cell.length_b 93.900 _cell.length_c 69.200 _cell.angle_alpha 89.80 _cell.angle_beta 102.90 _cell.angle_gamma 90.80 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1FRV _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' 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n 2 432 LEU n 2 433 GLU n 2 434 ALA n 2 435 ASN n 2 436 VAL n 2 437 LYS n 2 438 ALA n 2 439 GLY n 2 440 LYS n 2 441 ASP n 2 442 ASP n 2 443 LEU n 2 444 TYR n 2 445 THR n 2 446 ASP n 2 447 TRP n 2 448 GLN n 2 449 TYR n 2 450 PRO n 2 451 THR n 2 452 GLU n 2 453 SER n 2 454 GLN n 2 455 GLY n 2 456 VAL n 2 457 GLY n 2 458 PHE n 2 459 VAL n 2 460 ASN n 2 461 ALA n 2 462 PRO n 2 463 ARG n 2 464 GLY n 2 465 MET n 2 466 LEU n 2 467 SER n 2 468 HIS n 2 469 TRP n 2 470 ILE n 2 471 VAL n 2 472 GLN n 2 473 ARG n 2 474 GLY n 2 475 GLY n 2 476 LYS n 2 477 ILE n 2 478 GLU n 2 479 ASN n 2 480 PHE n 2 481 GLN n 2 482 HIS n 2 483 VAL n 2 484 VAL n 2 485 PRO n 2 486 SER n 2 487 THR n 2 488 TRP n 2 489 ASN n 2 490 LEU n 2 491 GLY n 2 492 PRO n 2 493 ARG n 2 494 CYS n 2 495 ALA n 2 496 GLU n 2 497 ARG n 2 498 LYS n 2 499 LEU n 2 500 SER n 2 501 ALA n 2 502 VAL n 2 503 GLU n 2 504 GLN n 2 505 ALA n 2 506 LEU n 2 507 ILE n 2 508 GLY n 2 509 THR n 2 510 PRO n 2 511 ILE n 2 512 ALA n 2 513 ASP n 2 514 PRO n 2 515 LYS n 2 516 ARG n 2 517 PRO n 2 518 VAL n 2 519 GLU n 2 520 ILE n 2 521 LEU n 2 522 ARG n 2 523 THR n 2 524 VAL n 2 525 HIS n 2 526 SER n 2 527 TYR n 2 528 ASP n 2 529 PRO n 2 530 CYS n 2 531 ILE n 2 532 ALA n 2 533 CYS n 2 534 GLY n 2 535 VAL n 2 536 HIS n # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample ? ? ? 'Desulfovibrio gigas' 879 Desulfovibrio ? ? ? ? ? ? ? ? 19364 ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample ? ? ? 'Desulfovibrio gigas' 879 Desulfovibrio ? ? ? ? ? ? ? ? 19364 ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP PHNS_DESGI 1 P12943 1 ;MKFCTAVAVAMGMGPAFAPKVAEALTAKKRPSVVYLHNAECTGCSESLLRTVDPYVDELILDVISMDYHETLMAGAGHAV EEALHEAIKGDFVCVIEGGIPMGDGGYWGKVGRRNMYDICAEVAPKAKAVIAIGTCATYGGVQAAKPNPTGTVGVNEALG KLGVKAINIAGCPPNPMNFVGTVVHLLTKGMPELDKQGRPVMFFGETVHDNCPRLKHFEAGEFATSFGSPEAKKGYCLYE LGCKGPDTYNNCPKQLFNQVNWPVQAGHPCIACSEPNFWDLYSPFYSA ; ? 2 UNP PHNL_DESGI 2 P12944 1 ;SEMQGNKIVVDPITRIEGHLRIEVEVEGGKIKNAWSMSTLFRGLEMILKGRDPRDAQHFTQRACGVCTYVHALASVRAVD NCVGVKIPENATLMRNLTMGAQYMHDHLVHFYHLHALDWVNVANALNADPAKAARLANDLSPRKTTTESLKAVQAKVKAL VESGQLGIFTNAYFLGGHPAYVLPAEVDLIATAHYLEALRVQVKAARAMAIFGAKNPHTQFTVVGGCTNYDSLRPERIAE FRKLYKEVREFIEQVYITDLLAVAGFYKNWAGIGKTSNFLTCGEFPTDEYDLNSRYTPQGVIWGNDLSKVDDFNPDLIEE HVKYSWYEGADAHHPYKGVTKPKWTEFHGEDRYSWMKAPRYKGEAFEVGPLASVLVAYAKKHEPTVKAVDLVLKTLGVGP EALFSTLGRTAARGIQCLTAAQEVEVWLDKLEANVKAGKDDLYTDWQYPTESQGVGFVNAPRGMLSHWIVQRGGKIENFQ HVVPSTWNLGPRCAERKLSAVEQALIGTPIADPKRPVEILRTVHSYDPCIACGVHVIDPESNQVHKFRIL ; ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1FRV A 1 ? 264 ? P12943 25 ? 288 ? 1 264 2 2 1FRV B 2 ? 536 ? P12944 1 ? 535 ? 2 536 3 1 1FRV C 1 ? 264 ? P12943 25 ? 288 ? 1 264 4 2 1FRV D 2 ? 536 ? P12944 1 ? 535 ? 2 536 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 F3S non-polymer . 'FE3-S4 CLUSTER' ? 'Fe3 S4' 295.795 FEL non-polymer . 'HYDRATED FE' ? 'Fe H6 O3 3' 109.891 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NI non-polymer . 'NICKEL (II) ION' ? 'Ni 2' 58.693 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SF4 non-polymer . 'IRON/SULFUR CLUSTER' ? 'Fe4 S4' 351.640 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 1FRV _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.28 _exptl_crystal.density_percent_sol 46.08 _exptl_crystal.description ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6.6 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'pH 6.6' # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 293 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector 'IMAGE PLATE' _diffrn_detector.type ? _diffrn_detector.pdbx_collection_date 1992-09-23 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol ? _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.9 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'LURE BEAMLINE DW32' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site LURE _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline DW32 _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.9 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.entry_id 1FRV _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 23.5 _reflns.d_resolution_high 2.85 _reflns.number_obs 31053 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 85.5 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.086 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 3.7 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 2.85 _reflns_shell.d_res_low 3.0 _reflns_shell.percent_possible_all 47.6 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.207 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs ? _reflns_shell.pdbx_redundancy 1.6 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 1FRV _refine.ls_number_reflns_obs 29660 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0. _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 8.0 _refine.ls_d_res_high 2.85 _refine.ls_percent_reflns_obs 85.3 _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.B_iso_mean 19.0 _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ;ALTHOUGH THE TWO HYDROGENASE MOLECULES WERE REFINED INDEPENDENTLY, DUE TO THE LIMITED RESOLUTION OF THE DATA IT CANNOT BE CONCLUDED THAT, APART FROM LATTICE CONTACT REGIONS, ANY DIFFERENCES BETWEEN THE TWO MODELS ARE REAL. THERE IS NO ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 1 - 2 OF THE SMALL SUBUNIT AND RESIDUES 2 - 6 OF THE LARGE SUBUNIT. MET 1 OF THE LARGE SUBUNIT IS ABSENT FROM THE SWISSPROT ENTRY. THE DEPOSITORS KEPT IT SINCE IT WAS INCLUDED IN THE SEQUENCE PUBLICATION (REF. 2), AND DELETING IT WOULD NECESSITATE A RENUMBERING OF ALL RESIDUES. INCIDENTALLY, THE APPARENT ABSENCE OF MET 1 IN THE LARGE SUBUNIT REDUCES THE MENTIONED DISCREPANCY BETWEEN CALCULATED AND OBSERVED MOLECULAR WEIGHT (FOUND BY MASS SPECTROMETRY, SEE NATURE REFERENCE) FROM 245 TO 114 DALTON, WHICH, HOWEVER, STILL IMPLIES A FEW MINOR SEQUENCE ERRORS. ; _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MIR WITH AVERAGING' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 1FRV _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.3 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs ? _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs ? _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free ? _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free ? _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 12288 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 56 _refine_hist.number_atoms_solvent 22 _refine_hist.number_atoms_total 12366 _refine_hist.d_res_high 2.85 _refine_hist.d_res_low 8.0 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function p_bond_d 0.012 0.020 ? ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _pdbx_refine.entry_id 1FRV _pdbx_refine.R_factor_all_no_cutoff ? _pdbx_refine.R_factor_obs_no_cutoff 0.178 _pdbx_refine.free_R_factor_no_cutoff ? _pdbx_refine.free_R_val_test_set_size_perc_no_cutoff ? _pdbx_refine.free_R_val_test_set_ct_no_cutoff ? _pdbx_refine.R_factor_all_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.R_factor_obs_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.free_R_factor_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.free_R_val_test_set_size_perc_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.free_R_val_test_set_ct_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.number_reflns_obs_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _pdbx_refine.free_R_error_no_cutoff ? # _struct_ncs_oper.id 1 _struct_ncs_oper.code given _struct_ncs_oper.details ? _struct_ncs_oper.matrix[1][1] -0.534696 _struct_ncs_oper.matrix[1][2] 0.843915 _struct_ncs_oper.matrix[1][3] -0.043675 _struct_ncs_oper.matrix[2][1] -0.753169 _struct_ncs_oper.matrix[2][2] -0.499361 _struct_ncs_oper.matrix[2][3] -0.428223 _struct_ncs_oper.matrix[3][1] -0.383194 _struct_ncs_oper.matrix[3][2] -0.196074 _struct_ncs_oper.matrix[3][3] 0.902617 _struct_ncs_oper.vector[1] -66.01600 _struct_ncs_oper.vector[2] 132.58299 _struct_ncs_oper.vector[3] 4.10600 # _struct.entry_id 1FRV _struct.title 'CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXIDIZED FORM OF NI-FE HYDROGENASE' _struct.pdbx_descriptor 'HYDROGENASE, IRON/SULFUR CLUSTER, FE3-S4 CLUSTER, HYDRATED FE' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1FRV _struct_keywords.pdbx_keywords OXIDOREDUCTASE _struct_keywords.text 'NI-FE HYDROGENASE, OXIDOREDUCTASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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NI ? ? ? 1_555 D CYS 68 SG ? ? D NI 538 D CYS 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc27 metalc ? ? B CYS 530 SG ? ? ? 1_555 H NI . NI ? ? B CYS 530 B NI 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc28 metalc ? ? B CYS 533 SG ? ? ? 1_555 H NI . NI ? ? B CYS 533 B NI 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? metalc29 metalc ? ? D CYS 65 SG ? ? ? 1_555 M NI . NI ? ? D CYS 65 D NI 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.510 ? metalc30 metalc ? ? D CYS 530 SG ? ? ? 1_555 M NI . NI ? ? D CYS 530 D NI 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? metalc31 metalc ? ? D CYS 533 SG ? ? ? 1_555 M NI . NI ? ? D CYS 533 D NI 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc32 metalc ? ? A CYS 228 SG ? ? ? 1_555 F F3S . FE4 ? ? A CYS 228 A F3S 266 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.320 ? metalc33 metalc ? ? C CYS 228 SG ? ? ? 1_555 K F3S . FE4 ? ? C CYS 228 C F3S 266 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 LYS 122 A . ? LYS 122 A PRO 123 A ? PRO 123 A 1 -1.34 2 CYS 148 A . ? CYS 148 A PRO 149 A ? PRO 149 A 1 -2.03 3 SER 259 A . ? SER 259 A PRO 260 A ? PRO 260 A 1 3.98 4 ASP 12 B . ? ASP 12 B PRO 13 B ? PRO 13 B 1 3.46 5 ASN 217 B . ? ASN 217 B PRO 218 B ? PRO 218 B 1 2.83 6 LYS 122 C . ? LYS 122 C PRO 123 C ? PRO 123 C 1 1.70 7 CYS 148 C . ? CYS 148 C PRO 149 C ? PRO 149 C 1 1.09 8 SER 259 C . ? SER 259 C PRO 260 C ? PRO 260 C 1 -0.07 9 ASP 12 D . ? ASP 12 D PRO 13 D ? PRO 13 D 1 1.83 10 ASN 217 D . ? ASN 217 D PRO 218 D ? PRO 218 D 1 0.50 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 5 ? B ? 3 ? C ? 2 ? D ? 3 ? E ? 4 ? F ? 3 ? G ? 2 ? H ? 2 ? 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ILE A 145 ? ILE A 143 ILE A 145 A 2 ALA A 105 ? ILE A 109 ? ALA A 105 ILE A 109 A 3 PHE A 68 ? GLU A 73 ? PHE A 68 GLU A 73 A 4 SER A 8 ? HIS A 13 ? SER A 8 HIS A 13 A 5 MET A 42 ? HIS A 45 ? MET A 42 HIS A 45 B 1 LYS B 8 ? VAL B 11 ? LYS B 8 VAL B 11 B 2 LEU B 21 ? GLU B 26 ? LEU B 21 GLU B 26 B 3 TRP B 36 ? SER B 39 ? TRP B 36 SER B 39 C 1 PHE B 280 ? THR B 282 ? PHE B 280 THR B 282 C 2 GLY B 301 ? ILE B 303 ? GLY B 301 ILE B 303 D 1 GLU B 452 ? ALA B 461 ? GLU B 452 ALA B 461 D 2 GLY B 464 ? ARG B 473 ? GLY B 464 ARG B 473 D 3 LYS B 476 ? VAL B 483 ? LYS B 476 VAL B 483 E 1 VAL C 9 ? HIS C 13 ? VAL C 9 HIS C 13 E 2 VAL C 69 ? GLU C 73 ? VAL C 69 GLU C 73 E 3 ALA C 105 ? ILE C 109 ? ALA C 105 ILE C 109 E 4 ILE C 143 ? ILE C 145 ? ILE C 143 ILE C 145 F 1 LYS D 8 ? VAL D 11 ? LYS D 8 VAL D 11 F 2 LEU D 21 ? GLU D 26 ? LEU D 21 GLU D 26 F 3 TRP D 36 ? SER D 39 ? TRP D 36 SER D 39 G 1 PHE D 280 ? THR D 282 ? PHE D 280 THR D 282 G 2 GLY D 301 ? ILE D 303 ? GLY D 301 ILE D 303 H 1 GLU D 320 ? HIS D 322 ? GLU D 320 HIS D 322 H 2 ALA D 359 ? ARG D 361 ? ALA D 359 ARG D 361 I 1 GLU D 452 ? ALA D 461 ? GLU D 452 ALA D 461 I 2 GLY D 464 ? ARG D 473 ? GLY D 464 ARG D 473 I 3 LYS D 476 ? VAL D 483 ? LYS D 476 VAL D 483 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id A 1 2 O ILE A 143 ? O ILE A 143 N ALA A 108 ? N ALA A 108 A 2 3 O ALA A 105 ? O ALA A 105 N CYS A 70 ? N CYS A 70 A 3 4 O VAL A 69 ? O VAL A 69 N SER A 8 ? N SER A 8 A 4 5 O VAL A 9 ? O VAL A 9 N ASP A 43 ? N ASP A 43 B 1 2 O ILE B 9 ? O ILE B 9 N VAL B 25 ? N VAL B 25 B 2 3 O ARG B 22 ? O ARG B 22 N MET B 38 ? N MET B 38 C 1 2 O PHE B 280 ? O PHE B 280 N ILE B 303 ? N ILE B 303 D 1 2 O SER B 453 ? O SER B 453 N GLN B 472 ? N GLN B 472 D 2 3 O SER B 467 ? O SER B 467 N VAL B 483 ? N VAL B 483 E 1 2 O VAL C 10 ? O VAL C 10 N VAL C 69 ? N VAL C 69 E 2 3 O CYS C 70 ? O CYS C 70 N ALA C 105 ? N ALA C 105 E 3 4 O ALA C 108 ? O ALA C 108 N ILE C 143 ? N ILE C 143 F 1 2 O ILE D 9 ? O ILE D 9 N VAL D 25 ? N VAL D 25 F 2 3 O ARG D 22 ? O ARG D 22 N MET D 38 ? N MET D 38 G 1 2 O PHE D 280 ? O PHE D 280 N ILE D 303 ? N ILE D 303 H 1 2 O GLU D 320 ? O GLU D 320 N ARG D 361 ? N ARG D 361 I 1 2 O SER D 453 ? O SER D 453 N GLN D 472 ? N GLN D 472 I 2 3 O SER D 467 ? O SER D 467 N VAL D 483 ? N VAL D 483 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details CT1 Unknown ? ? ? ? 6 ;THE ACTIVE SITE CONTAINS TWO METALS: NI AND (PROBABLY) FE. THE LATTER ASSIGNMENT HAS BEEN CONFIRMED BY AN ANOMALOUS DIFFERENCE MAP AND BY A METAL ANALYSIS. THE PUTATIVE FE HAS 3 NON-PROTEIN LIGANDS (L) OF YET UNKNOWN IDENTITY. THESE LIGANDS WERE MODELED AS WATER DURING REFINEMENT. THE USED CRYSTALS MOST LIKELY CONTAIN A MIXTURE OF SEVERAL ACTIVE SITE REDOX STATES (SEE NATURE PUBLICATION). THE ACTUAL OXIDATION STATE OF THE NI AND PUTATIVE FE IN EACH OF THESE STATES IS STILL A MATTER OF INVESTIGATION. THE RESIDUES OF THE ACTIVE SITE ARE LISTED IN THE *SITE* RECORDS BELOW. ; CT2 Unknown ? ? ? ? 6 ;THE ACTIVE SITE CONTAINS TWO METALS: NI AND (PROBABLY) FE. THE LATTER ASSIGNMENT HAS BEEN CONFIRMED BY AN ANOMALOUS DIFFERENCE MAP AND BY A METAL ANALYSIS. THE PUTATIVE FE HAS 3 NON-PROTEIN LIGANDS (L) OF YET UNKNOWN IDENTITY. THESE LIGANDS WERE MODELED AS WATER DURING REFINEMENT. THE USED CRYSTALS MOST LIKELY CONTAIN A MIXTURE OF SEVERAL ACTIVE SITE REDOX STATES (SEE NATURE PUBLICATION). THE ACTUAL OXIDATION STATE OF THE NI AND PUTATIVE FE IN EACH OF THESE STATES IS STILL A MATTER OF INVESTIGATION. THE RESIDUES OF THE ACTIVE SITE ARE LISTED IN THE *SITE* RECORDS BELOW. ; AC1 Software ? ? ? ? 6 'BINDING SITE FOR RESIDUE NI B 538' AC2 Software ? ? ? ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE NI D 538' AC3 Software ? ? ? ? 9 'BINDING SITE FOR RESIDUE SF4 A 265' AC4 Software ? ? ? ? 11 'BINDING SITE FOR RESIDUE F3S A 266' AC5 Software ? ? ? ? 9 'BINDING SITE FOR RESIDUE SF4 A 267' AC6 Software ? ? ? ? 7 'BINDING SITE FOR RESIDUE FEL B 537' AC7 Software ? ? ? ? 7 'BINDING SITE FOR RESIDUE SF4 C 265' AC8 Software ? ? ? ? 10 'BINDING SITE FOR RESIDUE F3S C 266' AC9 Software ? ? ? ? 8 'BINDING SITE FOR RESIDUE SF4 C 267' BC1 Software ? ? ? ? 8 'BINDING SITE FOR RESIDUE FEL D 537' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 CT1 6 CYS B 65 ? CYS B 65 . ? 1_555 ? 2 CT1 6 CYS B 68 ? CYS B 68 . ? 1_555 ? 3 CT1 6 CYS B 530 ? CYS B 530 . ? 1_555 ? 4 CT1 6 CYS B 533 ? CYS B 533 . ? 1_555 ? 5 CT1 6 FEL I . ? FEL B 537 . ? 1_555 ? 6 CT1 6 NI H . ? NI B 538 . ? 1_555 ? 7 CT2 6 CYS D 65 ? CYS D 65 . ? 1_555 ? 8 CT2 6 CYS D 68 ? CYS D 68 . ? 1_555 ? 9 CT2 6 CYS D 530 ? CYS D 530 . ? 1_555 ? 10 CT2 6 CYS D 533 ? CYS D 533 . ? 1_555 ? 11 CT2 6 FEL N . ? FEL D 537 . ? 1_555 ? 12 CT2 6 NI M . ? NI D 538 . ? 1_555 ? 13 AC1 6 CYS B 65 ? CYS B 65 . ? 1_555 ? 14 AC1 6 VAL B 67 ? VAL B 67 . ? 1_555 ? 15 AC1 6 CYS B 68 ? CYS B 68 . ? 1_555 ? 16 AC1 6 CYS B 530 ? CYS B 530 . ? 1_555 ? 17 AC1 6 CYS B 533 ? CYS B 533 . ? 1_555 ? 18 AC1 6 FEL I . ? FEL B 537 . ? 1_555 ? 19 AC2 5 CYS D 65 ? CYS D 65 . ? 1_555 ? 20 AC2 5 CYS D 68 ? CYS D 68 . ? 1_555 ? 21 AC2 5 CYS D 530 ? CYS D 530 . ? 1_555 ? 22 AC2 5 CYS D 533 ? CYS D 533 . ? 1_555 ? 23 AC2 5 FEL N . ? FEL D 537 . ? 1_555 ? 24 AC3 9 VAL A 184 ? VAL A 184 . ? 1_555 ? 25 AC3 9 HIS A 185 ? 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