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'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PO4 non-polymer . 'PHOSPHATE ION' ? 'O4 P -3' 94.971 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 1GLF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.65 _exptl_crystal.density_percent_sol 53.6 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6.50 _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'pH 6.50' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 298.0 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector 'AREA DETECTOR' _diffrn_detector.type SDMS _diffrn_detector.pdbx_collection_date 1990-08-01 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator GRAPHITE _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.5418 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source 'ROTATING ANODE' _diffrn_source.type 'RIGAKU RU200' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ? _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ? _diffrn_source.pdbx_wavelength 1.5418 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1.5418 # _reflns.entry_id 1GLF _reflns.observed_criterion_sigma_I 2.000 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 20.000 _reflns.d_resolution_high 2.620 _reflns.number_obs 58942 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 84.0 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.0760000 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate 20.900 _reflns.pdbx_redundancy 3.000 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.entry_id 1GLF _refine.ls_number_reflns_obs 58942 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.000 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 20.0 _refine.ls_d_res_high 2.62 _refine.ls_percent_reflns_obs 84.0 _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.1460000 _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details 'TNT SOLVENT MODELING' _refine.solvent_model_param_ksol 0.80 _refine.solvent_model_param_bsol 300.0 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ;BSOL AND KSOL SET BY USER GLYCEROL KINASE EXISTS AT PHYSIOLOGICAL CONCENTRATIONS IN AN EQUILIBRIUM BETWEEN FUNCTIONAL DIMERS AND TETRAMERS. THE CRYSTAL ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A TETRAMER OF GLYCEROL KINASE WITH NEARLY EXACT 222 POINT-GROUP SYMMETRY, UNLIKE THE PREVIOUSLY SUBMITTED GLYCEROL KINASE - FACTOR IIIGLC COMPLEX IN WHICH THE 222 POINT GROUP SYMMETRY WAS CRYSTALLOGRAPHICALLY ENFORCED ; _refine.pdbx_starting_model 1GLA _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model 'TNT BCORREL V1.0' _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'TNT PROTGEO' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 15639 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 142 _refine_hist.number_atoms_solvent 200 _refine_hist.number_atoms_total 15981 _refine_hist.d_res_high 2.62 _refine_hist.d_res_low 20.0 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function t_bond_d 0.020 ? 1.500 16103 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_angle_deg 2.990 ? 3.000 21775 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_dihedral_angle_d 20.904 ? 0.000 9535 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_incorr_chiral_ct 0.000 ? ? ? 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CG O ASP 328 ? ? OD2 O ASP 328 ? ? 124.26 118.30 5.96 0.90 N 38 1 C O LEU 351 ? ? N O GLY 352 ? ? CA O GLY 352 ? ? 107.37 122.30 -14.93 2.10 Y 39 1 CB O ASP 357 ? ? CG O ASP 357 ? ? OD1 O ASP 357 ? ? 124.54 118.30 6.24 0.90 N 40 1 CB O ASP 357 ? ? CG O ASP 357 ? ? OD2 O ASP 357 ? ? 112.63 118.30 -5.67 0.90 N 41 1 NE O ARG 389 ? ? CZ O ARG 389 ? ? NH1 O ARG 389 ? ? 123.46 120.30 3.16 0.50 N 42 1 NE O ARG 402 ? ? CZ O ARG 402 ? ? NH1 O ARG 402 ? ? 123.43 120.30 3.13 0.50 N 43 1 NE O ARG 407 ? ? CZ O ARG 407 ? ? NH2 O ARG 407 ? ? 117.17 120.30 -3.13 0.50 N 44 1 N O VAL 408 ? ? CA O VAL 408 ? ? CB O VAL 408 ? ? 97.60 111.50 -13.90 2.20 N 45 1 CB O ASP 409 ? ? CG O ASP 409 ? ? OD2 O ASP 409 ? ? 112.06 118.30 -6.24 0.90 N 46 1 NE O ARG 429 ? ? CZ O ARG 429 ? ? NH1 O ARG 429 ? ? 124.66 120.30 4.36 0.50 N 47 1 NE O ARG 432 ? ? CZ O ARG 432 ? ? NH1 O ARG 432 ? ? 124.11 120.30 3.81 0.50 N 48 1 NE O ARG 432 ? ? CZ O ARG 432 ? ? NH2 O ARG 432 ? ? 115.97 120.30 -4.33 0.50 N 49 1 CB O ASP 458 ? ? CG O ASP 458 ? ? OD2 O ASP 458 ? ? 111.39 118.30 -6.91 0.90 N 50 1 NE O ARG 468 ? ? CZ O ARG 468 ? ? NH1 O ARG 468 ? ? 123.97 120.30 3.67 0.50 N 51 1 CD O ARG 479 ? ? NE O ARG 479 ? ? CZ O ARG 479 ? ? 133.78 123.60 10.18 1.40 N 52 1 NE O ARG 479 ? ? CZ O ARG 479 ? ? NH1 O ARG 479 ? ? 127.93 120.30 7.63 0.50 N 53 1 NE O ARG 479 ? ? CZ O ARG 479 ? ? NH2 O ARG 479 ? ? 109.79 120.30 -10.51 0.50 N 54 1 CA Y THR 13 ? ? CB Y THR 13 ? ? CG2 Y THR 13 ? ? 102.54 112.40 -9.86 1.40 N 55 1 CB Y ASP 24 ? ? CG Y ASP 24 ? ? OD1 Y ASP 24 ? ? 112.66 118.30 -5.64 0.90 N 56 1 N Y GLN 32 ? ? CA Y GLN 32 ? ? CB Y GLN 32 ? ? 121.90 110.60 11.30 1.80 N 57 1 CB Y ASP 48 ? ? CG Y ASP 48 ? ? OD1 Y ASP 48 ? ? 111.04 118.30 -7.26 0.90 N 58 1 CB Y ASP 48 ? ? CG Y ASP 48 ? ? OD2 Y ASP 48 ? ? 124.67 118.30 6.37 0.90 N 59 1 CB Y ASP 68 ? ? CG Y ASP 68 ? ? OD2 Y ASP 68 ? ? 123.82 118.30 5.52 0.90 N 60 1 CB Y ASP 72 ? ? CG Y ASP 72 ? ? OD2 Y ASP 72 ? ? 111.96 118.30 -6.34 0.90 N 61 1 N Y ASN 81 ? ? CA Y ASN 81 ? ? CB Y ASN 81 ? ? 99.17 110.60 -11.43 1.80 N 62 1 C Y ARG 83 ? ? N Y GLU 84 ? ? CA Y GLU 84 ? ? 105.47 121.70 -16.23 2.50 Y 63 1 NE Y ARG 107 ? ? CZ Y ARG 107 ? ? NH1 Y ARG 107 ? ? 124.67 120.30 4.37 0.50 N 64 1 NE Y ARG 107 ? ? CZ Y ARG 107 ? ? NH2 Y ARG 107 ? ? 116.45 120.30 -3.85 0.50 N 65 1 CB Y ASP 118 ? ? CG Y ASP 118 ? ? OD1 Y ASP 118 ? ? 124.40 118.30 6.10 0.90 N 66 1 CB Y ASP 118 ? ? CG Y ASP 118 ? ? OD2 Y ASP 118 ? ? 111.82 118.30 -6.48 0.90 N 67 1 CB Y ASP 122 ? ? CG Y ASP 122 ? ? OD2 Y ASP 122 ? ? 112.82 118.30 -5.48 0.90 N 68 1 NE Y ARG 125 ? ? CZ Y ARG 125 ? ? NH2 Y ARG 125 ? ? 123.95 120.30 3.65 0.50 N 69 1 CB Y ASP 146 ? ? CG Y ASP 146 ? ? OD2 Y ASP 146 ? ? 112.13 118.30 -6.17 0.90 N 70 1 CB Y ALA 155 ? ? CA Y ALA 155 ? ? C Y ALA 155 ? ? 120.00 110.10 9.90 1.50 N 71 1 N Y ALA 155 ? ? CA Y ALA 155 ? ? CB Y ALA 155 ? ? 121.33 110.10 11.23 1.40 N 72 1 NE Y ARG 156 ? ? CZ Y ARG 156 ? ? NH2 Y ARG 156 ? ? 116.95 120.30 -3.35 0.50 N 73 1 N Y THR 164 ? ? CA Y THR 164 ? ? CB Y THR 164 ? ? 124.37 110.30 14.07 1.90 N 74 1 NE Y ARG 177 ? ? CZ Y ARG 177 ? ? NH1 Y ARG 177 ? ? 126.43 120.30 6.13 0.50 N 75 1 NE Y ARG 177 ? ? CZ Y ARG 177 ? ? NH2 Y ARG 177 ? ? 116.91 120.30 -3.39 0.50 N 76 1 NE Y ARG 188 ? ? CZ Y ARG 188 ? ? NH1 Y ARG 188 ? ? 124.03 120.30 3.73 0.50 N 77 1 CB Y ASP 200 ? ? CG Y ASP 200 ? ? OD1 Y ASP 200 ? ? 105.52 118.30 -12.78 0.90 N 78 1 CB Y ASP 200 ? ? CG Y ASP 200 ? ? OD2 Y ASP 200 ? ? 124.58 118.30 6.28 0.90 N 79 1 CB Y ASP 201 ? ? CG Y ASP 201 ? ? OD1 Y ASP 201 ? ? 110.72 118.30 -7.58 0.90 N 80 1 NE Y ARG 211 ? ? CZ Y ARG 211 ? ? NH1 Y ARG 211 ? ? 124.32 120.30 4.02 0.50 N 81 1 NE Y ARG 219 ? ? CZ Y ARG 219 ? ? NH1 Y ARG 219 ? ? 124.35 120.30 4.05 0.50 N 82 1 NE Y ARG 219 ? ? CZ Y ARG 219 ? ? NH2 Y ARG 219 ? ? 117.22 120.30 -3.08 0.50 N 83 1 CB Y ASP 245 ? ? CG Y ASP 245 ? ? OD2 Y ASP 245 ? ? 111.25 118.30 -7.05 0.90 N 84 1 CB Y CYS 255 ? ? CA Y CYS 255 ? ? C Y CYS 255 ? ? 123.40 111.50 11.90 1.20 N 85 1 CB Y ASP 325 ? ? CG Y ASP 325 ? ? OD2 Y ASP 325 ? ? 111.68 118.30 -6.62 0.90 N 86 1 CB Y ASP 328 ? ? CG Y ASP 328 ? ? OD1 Y ASP 328 ? ? 111.25 118.30 -7.05 0.90 N 87 1 CB Y ASP 328 ? ? CG Y ASP 328 ? ? OD2 Y ASP 328 ? ? 125.50 118.30 7.20 0.90 N 88 1 C Y LEU 351 ? ? N Y GLY 352 ? ? CA Y GLY 352 ? ? 108.88 122.30 -13.42 2.10 Y 89 1 CB Y ASP 357 ? ? CG Y ASP 357 ? ? OD1 Y ASP 357 ? ? 124.26 118.30 5.96 0.90 N 90 1 CB Y ASP 357 ? ? CG Y ASP 357 ? ? OD2 Y ASP 357 ? ? 111.64 118.30 -6.66 0.90 N 91 1 CB Y ASP 390 ? ? CG Y ASP 390 ? ? OD1 Y ASP 390 ? ? 112.44 118.30 -5.86 0.90 N 92 1 CB Y ASP 398 ? ? CG Y ASP 398 ? ? OD1 Y ASP 398 ? ? 111.56 118.30 -6.74 0.90 N 93 1 NE Y ARG 402 ? ? CZ Y ARG 402 ? ? NH2 Y ARG 402 ? ? 125.08 120.30 4.78 0.50 N 94 1 CB Y ASP 409 ? ? CG Y ASP 409 ? ? OD1 Y ASP 409 ? ? 124.86 118.30 6.56 0.90 N 95 1 CB Y ASP 424 ? ? CG Y ASP 424 ? ? OD1 Y ASP 424 ? ? 124.24 118.30 5.94 0.90 N 96 1 CB Y ASP 424 ? ? CG Y ASP 424 ? ? OD2 Y ASP 424 ? ? 111.27 118.30 -7.03 0.90 N 97 1 NE Y ARG 432 ? ? CZ Y ARG 432 ? ? NH1 Y ARG 432 ? ? 123.99 120.30 3.69 0.50 N 98 1 NE Y ARG 432 ? ? CZ Y ARG 432 ? ? NH2 Y ARG 432 ? ? 117.16 120.30 -3.14 0.50 N 99 1 NE Y ARG 436 ? ? CZ Y ARG 436 ? ? NH1 Y ARG 436 ? ? 124.21 120.30 3.91 0.50 N 100 1 NE Y ARG 436 ? ? CZ Y ARG 436 ? ? NH2 Y ARG 436 ? ? 116.49 120.30 -3.81 0.50 N 101 1 CB Y ASP 458 ? ? CG Y ASP 458 ? ? OD1 Y ASP 458 ? ? 111.73 118.30 -6.57 0.90 N 102 1 NE Y ARG 468 ? ? CZ Y ARG 468 ? ? NH1 Y ARG 468 ? ? 123.95 120.30 3.65 0.50 N 103 1 NE Y ARG 479 ? ? CZ Y ARG 479 ? ? NH1 Y ARG 479 ? ? 125.15 120.30 4.85 0.50 N 104 1 NE Y ARG 479 ? ? CZ Y ARG 479 ? ? NH2 Y ARG 479 ? ? 116.91 120.30 -3.39 0.50 N 105 1 NE Y ARG 492 ? ? CZ Y ARG 492 ? ? NH1 Y ARG 492 ? ? 125.02 120.30 4.72 0.50 N 106 1 CB Y ASP 500 ? ? CG Y ASP 500 ? ? OD1 Y ASP 500 ? ? 112.72 118.30 -5.58 0.90 N 107 1 NE Z ARG 17 ? ? CZ Z ARG 17 ? ? NH2 Z ARG 17 ? ? 116.46 120.30 -3.84 0.50 N 108 1 CB Z ASP 24 ? ? CG Z ASP 24 ? ? OD2 Z ASP 24 ? ? 111.74 118.30 -6.56 0.90 N 109 1 NE Z ARG 33 ? ? CZ Z ARG 33 ? ? NH1 Z ARG 33 ? ? 124.32 120.30 4.02 0.50 N 110 1 C Z TYR 39 ? ? N Z PRO 40 ? ? CD Z PRO 40 ? ? 108.62 128.40 -19.78 2.10 Y 111 1 CB Z ASP 68 ? ? CG Z ASP 68 ? ? OD1 Z ASP 68 ? ? 112.10 118.30 -6.20 0.90 N 112 1 CB Z ASP 72 ? ? CG Z ASP 72 ? ? OD1 Z ASP 72 ? ? 112.40 118.30 -5.90 0.90 N 113 1 NE Z ARG 83 ? ? CZ Z ARG 83 ? ? NH1 Z ARG 83 ? ? 124.48 120.30 4.18 0.50 N 114 1 NE Z ARG 83 ? ? CZ Z ARG 83 ? ? NH2 Z ARG 83 ? ? 116.71 120.30 -3.59 0.50 N 115 1 C Z ARG 83 ? ? N Z GLU 84 ? ? CA Z GLU 84 ? ? 98.51 121.70 -23.19 2.50 Y 116 1 NE Z ARG 107 ? ? CZ Z ARG 107 ? ? NH1 Z ARG 107 ? ? 125.52 120.30 5.22 0.50 N 117 1 NE Z ARG 107 ? ? CZ Z ARG 107 ? ? NH2 Z ARG 107 ? ? 116.40 120.30 -3.90 0.50 N 118 1 CB Z ALA 109 ? ? CA Z ALA 109 ? ? C Z ALA 109 ? ? 119.40 110.10 9.30 1.50 N 119 1 CA Z HIS 114 ? ? CB Z HIS 114 ? ? CG Z HIS 114 ? ? 101.80 113.60 -11.80 1.70 N 120 1 NE Z ARG 117 ? ? 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