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N . n # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2002-01-28 2 'Structure model' 1 1 2006-02-16 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? 2 2 'Structure model' repository Obsolete ? # _pdbx_database_remark.id 700 _pdbx_database_remark.text ; SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. ; # _pdbx_entry_details.entry_id 1GR6 _pdbx_entry_details.compound_details ;GROEL IS A HOMOOLIGOMER OF FOURTEEN SUBUNITS ARRANGED IN A DOUBLE RING STRUCTURE. ENGINEERED MUTATIONS: ARG(13)GLY, ALA(126)VAL, ALA(262)LEU ILE(267)MET. MUTATIONS ARE IN FITTED COORDINATES NOT THE MOLECULE WHICH GENERATED THE EM MAP WHICH WAS GROEL(D398A) ; _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;1DER A SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST 1DER B SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST 1DER C SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST 1DER D SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST 1DER E SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST 1DER F SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST 1DER G SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST 1DER H SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST 1DER I SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST 1DER J SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST 1DER K SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST 1DER L SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST 1DER M SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST 1DER N SWS P06139 526 - 547 NOT IN ATOMS LIST MET 1 IN ALL CHAINS HAS BEEN POST-TRANSLATIONALLY REMOVED. THE MUTATIONS AT 262 AND 267 ARE VARIANTS ORIGINALLY DERIVED FROM CONSTRUCT POF39. ; # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 1GR6 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol X-RAY _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.method 'LOCAL CORRELATION' _em_3d_fitting.details ? # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1DER _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 1GR6 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method 'MODEL-BASED ANGULAR REFINEMENT' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 1.82 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 1.94 _em_3d_reconstruction.resolution 9.7 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;THE THREE DOMAINS FROM EACH SUBUNIT (PDB 1DER) WERE FITTED SEPARATELY INTO EM DENSITY OF GROEL (D398A) + 250UM. THE MUTATIONS LISTED ARE PRESENT IN THE FITTED COORDINATES AND NOT IN THE MOLECULE WHICH GENERATED THE EM MAP. THE QUOTED RESOLUTION IS AT 3SIGMA - THE RESOLUTION AT FSC=0.5 IS 14.9A THIS ENTRY REPRESENTS THE COMPLETE BIOMOLECULE. ; _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.symmetry_type ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.name HEPES _em_buffer.specimen_id ? _em_buffer.pH ? _em_buffer.details ? # _em_image_scans.entry_id 1GR6 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images 160 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 1GR6 _em_imaging.id 1 _em_imaging.date . _em_imaging.temperature 95 _em_imaging.microscope_model CM200 _em_imaging.nominal_defocus_min 1200 _em_imaging.nominal_defocus_max 5000 _em_imaging.tilt_angle_min 0 _em_imaging.tilt_angle_max 0 _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.mode ? _em_imaging.illumination_mode 'LOW DOSE' _em_imaging.nominal_magnification 38000 _em_imaging.calibrated_magnification 36100 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.details 'HOLEY CARBON' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 1GR6 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.details 'LIQUID ETHANE' _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.cryogen_name ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 CG2 C VAL 39 ? ? O D CYS 519 ? ? 1.65 2 1 CG2 E VAL 39 ? ? O F CYS 519 ? ? 1.65 3 1 CG2 F VAL 39 ? ? O G CYS 519 ? ? 1.65 4 1 O A CYS 519 ? ? CG2 G VAL 39 ? ? 1.65 5 1 CG2 B VAL 39 ? ? O C CYS 519 ? ? 1.65 6 1 CG2 D VAL 39 ? ? O E CYS 519 ? ? 1.65 7 1 CG2 A VAL 39 ? ? O B CYS 519 ? ? 1.65 8 1 CG E PRO 47 ? ? CE F MET 69 ? ? 2.06 9 1 CE A MET 69 ? ? CG G PRO 47 ? ? 2.06 10 1 CG A PRO 47 ? ? CE B MET 69 ? ? 2.06 11 1 CG C PRO 47 ? ? CE D MET 69 ? ? 2.06 12 1 CG B PRO 47 ? ? CE C MET 69 ? ? 2.06 13 1 CG F PRO 47 ? ? CE G MET 69 ? ? 2.06 14 1 CG D PRO 47 ? ? CE E MET 69 ? ? 2.06 15 1 CB F ASP 41 ? ? O G VAL 521 ? ? 2.08 16 1 CB A ASP 41 ? ? O B VAL 521 ? ? 2.08 17 1 CB B ASP 41 ? ? O C VAL 521 ? ? 2.08 18 1 CB E ASP 41 ? ? O F VAL 521 ? ? 2.08 19 1 CB C ASP 41 ? ? O D VAL 521 ? ? 2.08 20 1 O A VAL 521 ? ? CB G ASP 41 ? ? 2.08 21 1 CB D ASP 41 ? ? O E VAL 521 ? ? 2.08 22 1 O E VAL 39 ? ? CG2 F VAL 521 ? ? 2.11 23 1 O C VAL 39 ? ? CG2 D VAL 521 ? ? 2.11 24 1 O D VAL 39 ? ? CG2 E VAL 521 ? ? 2.11 25 1 O B VAL 39 ? ? CG2 C VAL 521 ? ? 2.11 26 1 CG2 A VAL 521 ? ? O G VAL 39 ? ? 2.11 27 1 O A VAL 39 ? ? CG2 B VAL 521 ? ? 2.11 28 1 O F VAL 39 ? ? CG2 G VAL 521 ? ? 2.11 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ALA A 84 ? ? -89.47 -70.61 2 1 SER A 139 ? ? -130.70 -32.98 3 1 ASN A 153 ? ? 38.94 46.14 4 1 SER A 154 ? ? 74.97 38.05 5 1 LYS A 168 ? ? -103.63 -79.42 6 1 VAL A 169 ? ? -45.46 -18.93 7 1 PRO A 202 ? ? -66.28 -158.87 8 1 TYR A 203 ? ? 73.62 -33.48 9 1 ILE A 205 ? ? -62.33 97.61 10 1 SER A 228 ? ? -154.68 -22.70 11 1 ILE A 230 ? ? 57.91 -70.47 12 1 ALA A 243 ? ? 75.23 -85.26 13 1 ILE A 250 ? ? -107.89 74.64 14 1 ASP A 253 ? ? 174.56 144.57 15 1 ARG A 268 ? ? 78.96 -43.10 16 1 ILE A 270 ? ? 41.09 -156.10 17 1 LYS A 272 ? ? 63.27 -127.58 18 1 LYS A 311 ? ? -105.27 40.13 19 1 ASN A 326 ? ? -78.91 -169.42 20 1 ASP A 334 ? ? 54.16 92.80 21 1 GLU A 339 ? ? 51.09 -122.70 22 1 ALA A 340 ? ? -14.23 -62.77 23 1 THR A 357 ? ? -131.58 -99.79 24 1 LYS A 390 ? ? -57.54 -81.81 25 1 LYS A 392 ? ? -49.51 -73.44 26 1 ALA B 84 ? ? -89.45 -70.66 27 1 SER B 139 ? ? -130.68 -33.06 28 1 ASN B 153 ? ? 38.99 46.09 29 1 SER B 154 ? ? 74.96 38.08 30 1 LYS B 168 ? ? -103.54 -79.47 31 1 VAL B 169 ? ? -45.48 -18.88 32 1 PRO B 202 ? ? -66.31 -158.89 33 1 TYR B 203 ? ? 73.66 -33.52 34 1 ILE B 205 ? ? -62.27 97.55 35 1 SER B 228 ? ? -154.64 -22.68 36 1 ILE B 230 ? ? 57.93 -70.46 37 1 ALA B 243 ? ? 75.21 -85.23 38 1 ILE B 250 ? ? -107.91 74.64 39 1 ASP B 253 ? ? 174.57 144.60 40 1 ARG B 268 ? ? 78.94 -43.10 41 1 ILE B 270 ? ? 41.12 -156.10 42 1 LYS B 272 ? ? 63.22 -127.58 43 1 LYS B 311 ? ? -105.27 40.11 44 1 ASN B 326 ? ? -78.92 -169.44 45 1 ASP B 334 ? ? 54.16 92.77 46 1 GLU B 339 ? ? 51.14 -122.73 47 1 ALA B 340 ? ? -14.22 -62.78 48 1 THR B 357 ? ? -131.61 -99.75 49 1 LYS B 390 ? ? -57.55 -81.76 50 1 LYS B 392 ? ? -49.47 -73.44 51 1 ALA C 84 ? ? -89.50 -70.60 52 1 SER C 139 ? ? -130.73 -32.92 53 1 ASN C 153 ? ? 38.96 46.12 54 1 SER C 154 ? ? 74.95 38.10 55 1 LYS C 168 ? ? -103.57 -79.45 56 1 VAL C 169 ? ? -45.47 -18.93 57 1 PRO C 202 ? ? -66.32 -158.87 58 1 TYR C 203 ? ? 73.66 -33.50 59 1 ILE C 205 ? ? -62.29 97.58 60 1 SER C 228 ? ? -154.66 -22.68 61 1 ILE C 230 ? ? 57.89 -70.47 62 1 ALA C 243 ? ? 75.26 -85.31 63 1 ILE C 250 ? ? -107.91 74.64 64 1 ASP C 253 ? ? 174.54 144.58 65 1 ARG C 268 ? ? 78.94 -43.07 66 1 ILE C 270 ? ? 41.09 -156.11 67 1 LYS C 272 ? ? 63.31 -127.58 68 1 LYS C 311 ? ? -105.30 40.12 69 1 ASN C 326 ? ? -78.93 -169.46 70 1 ASP C 334 ? ? 54.19 92.79 71 1 GLU C 339 ? ? 51.08 -122.72 72 1 ALA C 340 ? ? -14.20 -62.78 73 1 THR C 357 ? ? -131.59 -99.76 74 1 LYS C 390 ? ? -57.57 -81.81 75 1 LYS C 392 ? ? -49.46 -73.44 76 1 ALA D 84 ? ? -89.52 -70.63 77 1 SER D 139 ? ? -130.71 -32.98 78 1 ASN D 153 ? ? 38.95 46.09 79 1 SER D 154 ? ? 74.92 38.11 80 1 LYS D 168 ? ? -103.57 -79.49 81 1 VAL D 169 ? ? -45.46 -18.89 82 1 PRO D 202 ? ? -66.29 -158.85 83 1 TYR D 203 ? ? 73.60 -33.46 84 1 ILE D 205 ? ? -62.35 97.62 85 1 SER D 228 ? ? -154.69 -22.74 86 1 ILE D 230 ? ? 57.93 -70.50 87 1 ALA D 243 ? ? 75.24 -85.30 88 1 ILE D 250 ? ? -107.83 74.67 89 1 ASP D 253 ? ? 174.55 144.58 90 1 ARG D 268 ? ? 78.93 -43.08 91 1 ILE D 270 ? ? 41.12 -156.08 92 1 LYS D 272 ? ? 63.32 -127.60 93 1 LYS D 311 ? ? -105.26 40.12 94 1 ASN D 326 ? ? -78.92 -169.43 95 1 ASP D 334 ? ? 54.25 92.75 96 1 GLU D 339 ? ? 51.01 -122.66 97 1 ALA D 340 ? ? -14.26 -62.77 98 1 THR D 357 ? ? -131.58 -99.75 99 1 LYS D 390 ? ? -57.56 -81.81 100 1 LYS D 392 ? ? -49.48 -73.43 101 1 ALA E 84 ? ? -89.51 -70.61 102 1 SER E 139 ? ? -130.73 -32.98 103 1 ASN E 153 ? ? 38.99 46.10 104 1 SER E 154 ? ? 74.95 38.11 105 1 LYS E 168 ? ? -103.59 -79.43 106 1 VAL E 169 ? ? -45.49 -18.89 107 1 PRO E 202 ? ? -66.25 -158.85 108 1 TYR E 203 ? ? 73.54 -33.41 109 1 ILE E 205 ? ? -62.33 97.59 110 1 SER E 228 ? ? -154.66 -22.78 111 1 ILE E 230 ? ? 57.92 -70.53 112 1 ALA E 243 ? ? 75.22 -85.30 113 1 ILE E 250 ? ? -107.87 74.63 114 1 ASP E 253 ? ? 174.60 144.59 115 1 ARG E 268 ? 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