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D GLN 467 NE2 # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal CNS refinement . ? 1 DENZO 'data reduction' . ? 2 SCALEPACK 'data scaling' . ? 3 CNS phasing . ? 4 # _cell.entry_id 1K7W _cell.length_a 93.759 _cell.length_b 98.637 _cell.length_c 106.147 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 101.30 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1K7W _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 # _exptl.entry_id 1K7W _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.32 _exptl_crystal.density_percent_sol 47.10 _exptl_crystal.description ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 298 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_details '12% PEG 2000 MME, 300 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector 'IMAGE PLATE' _diffrn_detector.type MARRESEARCH _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2000-05-18 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'parabolic collimating mirror placed upstream of crystal monochromator' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.96 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'NSLS BEAMLINE X8C' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site NSLS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline X8C _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 0.96 # _reflns.entry_id 1K7W _reflns.observed_criterion_sigma_I 0 _reflns.observed_criterion_sigma_F 0 _reflns.d_resolution_low 20 _reflns.d_resolution_high 1.96 _reflns.number_obs 125073 _reflns.number_all 125073 _reflns.percent_possible_obs 94 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ? _reflns.pdbx_Rsym_value 0.0800000 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 10.9 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 16.8 _reflns.pdbx_redundancy 5.4 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 1.96 _reflns_shell.d_res_low 2.03 _reflns_shell.percent_possible_all 91.8 _reflns_shell.Rmerge_I_obs ? _reflns_shell.pdbx_Rsym_value 0.3400000 _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs ? _reflns_shell.pdbx_redundancy ? _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 1K7W _refine.ls_number_reflns_obs 125073 _refine.ls_number_reflns_all 125073 _refine.pdbx_ls_sigma_I 0.0 _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF 299780.83 _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF 0.000000 _refine.ls_d_res_low 19.81 _refine.ls_d_res_high 1.96 _refine.ls_percent_reflns_obs 92.0 _refine.ls_R_factor_obs 0.2240000 _refine.ls_R_factor_all 0.2240000 _refine.ls_R_factor_R_work 0.2070000 _refine.ls_R_factor_R_free 0.2530000 _refine.ls_R_factor_R_free_error 0.002 _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? 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_refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 1K7W _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.23 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 0.18 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 5.00 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.29 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 0.25 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.pdbx_Luzzati_d_res_high_obs ? _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 13932 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 80 _refine_hist.number_atoms_solvent 707 _refine_hist.number_atoms_total 14719 _refine_hist.d_res_high 1.96 _refine_hist.d_res_low 19.81 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.010 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg 1.3 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d 19.5 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d 0.91 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 6 _refine_ls_shell.d_res_high 1.96 _refine_ls_shell.d_res_low 2.08 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 17685 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.2570000 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 87.1 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.3010000 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.007 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 9.9 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 1951 _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 PROTEIN_REP.PARAM PROTEIN.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 2 WATER_REP.PARAM WATER_REP.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 3 CIS_PEPT.PARAM ? 'X-RAY DIFFRACTION' 4 AS_PAR.TXT AS_TOP.TXT 'X-RAY DIFFRACTION' # _database_PDB_matrix.entry_id 1K7W _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 1K7W _struct.title 'Crystal Structure of S283A Duck Delta 2 Crystallin Mutant' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1K7W _struct_keywords.pdbx_keywords LYASE _struct_keywords.text 'eye lens protein, delta 2 crystallin, argininosuccinate lyase, enzyme mechanism, LYASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code CRD2_ANAPL _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MASEARGDKLWGGRFSGSTDPIMEKLNSSIAYDQRLSEVDIQGSMAYAKALEKAGILTKTELEKILSGLEKISEEWSKGV FVVKQSDEDIHTANERRLKELIGDIAGKLHTGRSRNDQVVTDLKLFMKNSLSIISTHLLQLIKTLVERAAIEIDVILPGY THLQKAQPIRWSQFLLSHAVALTRDSERLGEVKKRINVLPLGSGALAGNPLDIDREMLRSELEFASISLNSMDAISERDF VVEFLSFATLLMIHLSKMAEDLIIYSTSEFGFLTLSDAFSTGSSLMPQKKNPDSLELIRSKAGRVFGRLASILMVLKGLP STYNKDLQEDKEAVFDVVDTLTAVLQVATGVISTLQISKENMEKALTPEMLATDLALYLVRKGVPFRQAHTASGKAVHLA ETKGITINKLSLEDLKSISPQFSSDVSQVFNFVNSVEQYTALAGTAKSSVTTQIEQLRELMKKQKEQA ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 _struct_ref.pdbx_db_accession P24058 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1K7W A 1 ? 468 ? P24058 1 ? 468 ? 1 468 2 1 1K7W B 1 ? 468 ? P24058 1 ? 468 ? 1 468 3 1 1K7W C 1 ? 468 ? P24058 1 ? 468 ? 1 468 4 1 1K7W D 1 ? 468 ? P24058 1 ? 468 ? 1 468 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 1K7W ALA A 283 ? UNP P24058 SER 283 'engineered mutation' 283 1 1 1K7W GLY A 443 ? UNP P24058 ALA 443 conflict 443 2 2 1K7W ALA B 283 ? UNP P24058 SER 283 'engineered mutation' 283 3 2 1K7W GLY B 443 ? UNP P24058 ALA 443 conflict 443 4 3 1K7W ALA C 283 ? UNP P24058 SER 283 'engineered mutation' 283 5 3 1K7W GLY C 443 ? UNP P24058 ALA 443 conflict 443 6 4 1K7W ALA D 283 ? UNP P24058 SER 283 'engineered mutation' 283 7 4 1K7W GLY D 443 ? UNP P24058 ALA 443 conflict 443 8 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 30860 ? 1 MORE -132 ? 1 'SSA (A^2)' 58130 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details 'The biological assembly is the homotetramer with four bound argininosuccinate molecules, as present in the asymmetric unit' _struct_biol.pdbx_parent_biol_id ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASP A 20 ? 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