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_exptl_crystal_grow.pH 6.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'PEG 8000, Ammonium Sulphate, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 4' _diffrn_detector.pdbx_collection_date ? _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.0 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'APS BEAMLINE 14-BM-C' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site APS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 14-BM-C _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1.0 # _reflns.entry_id 1K90 _reflns.observed_criterion_sigma_I 2.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F 1.0 _reflns.d_resolution_low 20.0 _reflns.d_resolution_high 2.75 _reflns.number_obs 81651 _reflns.number_all 81651 _reflns.percent_possible_obs 100 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ? _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate 34.9 _reflns.pdbx_redundancy ? _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.entry_id 1K90 _refine.ls_number_reflns_obs 74058 _refine.ls_number_reflns_all 81651 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 5.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF 3888975.13 _refine.ls_d_res_low 19.97 _refine.ls_d_res_high 2.75 _refine.ls_percent_reflns_obs 90.7 _refine.ls_R_factor_obs 0.215 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.215 _refine.ls_R_factor_R_free 0.286 _refine.ls_R_factor_R_free_error 0.004 _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 10.0 _refine.ls_number_reflns_R_free 6625 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 90.2 _refine.aniso_B[1][1] -6.20 _refine.aniso_B[2][2] 15.75 _refine.aniso_B[3][3] -9.55 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details 'FLAT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.260013 _refine.solvent_model_param_bsol 42.8619 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct MIR _refine.pdbx_isotropic_thermal_model RESTRAINED _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 1K90 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.33 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 0.29 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 5.0 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.47 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 0.51 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.pdbx_Luzzati_d_res_high_obs ? _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 15215 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 99 _refine_hist.number_atoms_solvent 43 _refine_hist.number_atoms_total 15357 _refine_hist.d_res_high 2.75 _refine_hist.d_res_low 19.97 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.005 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_bond_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_bond_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d 1.3 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg 1.3 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d 21.4 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d 0.66 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 6 _refine_ls_shell.d_res_high 2.75 _refine_ls_shell.d_res_low 2.97 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 9049 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.369 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 74.4 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.446 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.014 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 10.0 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 1002 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 protein_rep.param protein.top 'X-RAY DIFFRACTION' 2 water_rep.param water.top 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ion.param ion.top 'X-RAY DIFFRACTION' 4 dtp_xplor.param dtp_xplor.top 'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 1K90 _struct.title ;Crystal structure of the adenylyl cyclase domain of anthrax edema factor (EF) in complex with calmodulin and 3' deoxy-ATP ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1K90 _struct_keywords.pdbx_keywords 'TOXIN,LYASE/METAL BINDING PROTEIN' _struct_keywords.text 'oedema factor adenylyl cyclase anthrax calmodulin, TOXIN, LYASE-METAL BINDING PROTEIN COMPLEX' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 5 ? K N N 3 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 5 ? O N N 3 ? P N N 4 ? Q N N 5 ? R N N 5 ? S N N 6 ? T N N 6 ? U N N 6 ? V N N 6 ? W N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP CYAA_BACAN 1 ;DRIDVLKGEKALKASGLVPEHADAFKKIARELNTYILFRPVNKLATNLIKSGVATKGLNVHGKSSDWGPVAGYIPFDQDL SKKHGQQLAVEKGNLENKKSITEHEGEIGKIPLKLDHLRIEELKENGIILKGKKEIDNGKKYYLLESNNQVYEFRISDEN NEVQYKTKEGKITVLGEKFNWRNIEVMAKNVEGVLKPLTADYDLFALAPSLTEIKKQIPQKEWDKVVNTPNSLEKQKGVT NLLIKYGIERKPDSTKGTLSNWQKQMLDRLNEAVKYTGYTGGDVVNHGTEQDNEEFPEKDNEIFIINPEGEFILTKNWEM TGRFIEKNITGKDYLYYFNRSYNKIAPGNKAYIEWTDPITKAKINTIPTSAEFIKNLSSIRRSSNVGVYKDSGDKDEFAK KESVKKIAGYLSDYYNSANHIFSQEKKRKISIFRGIQAYNEIENVLKSKQIAPEYKNYFQYLKERITNQVQLLLTHQKSN IEFKLLYKQLNFTENETDNFEVFQKIIDEK ; 291 P40136 ? 2 UNP CALM_HUMAN 2 ;TEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEE IREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAK ; 5 P02593 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1K90 A 1 ? 510 ? P40136 291 ? 800 ? 291 800 2 1 1K90 B 1 ? 510 ? P40136 291 ? 800 ? 291 800 3 1 1K90 C 1 ? 510 ? P40136 291 ? 800 ? 291 800 4 2 1K90 D 5 ? 148 ? P02593 5 ? 148 ? 5 148 5 2 1K90 E 5 ? 148 ? P02593 5 ? 148 ? 5 148 6 2 1K90 F 5 ? 148 ? P02593 5 ? 148 ? 5 148 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PQS hexameric 6 2 software_defined_assembly PISA dimeric 2 3 software_defined_assembly PISA dimeric 2 4 software_defined_assembly PISA dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 2 'ABSA (A^2)' 6870 ? 2 MORE -65 ? 2 'SSA (A^2)' 30070 ? 3 'ABSA (A^2)' 6670 ? 3 MORE -40 ? 3 'SSA (A^2)' 30960 ? 4 'ABSA (A^2)' 5560 ? 4 MORE -63 ? 4 'SSA (A^2)' 31660 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W 2 1 A,B,G,H,I,J,S,T 3 1 E,F,O,P,Q,R,V,W 4 1 C,D,K,L,M,N,U # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.pdbx_parent_biol_id ? _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLY A 8 ? GLY A 16 ? GLY A 298 GLY A 306 1 ? 9 HELX_P HELX_P2 2 VAL A 18 ? LEU A 32 ? VAL A 308 LEU A 322 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 3 ASN A 42 ? LEU A 44 ? ASN A 332 LEU A 334 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 4 ALA A 45 ? GLY A 52 ? ALA A 335 GLY A 342 1 ? 8 HELX_P HELX_P5 5 GLN A 86 ? HIS A 104 ? GLN A 376 HIS A 394 1 ? 19 HELX_P HELX_P6 6 ASP A 116 ? ASN A 126 ? ASP A 406 ASN A 416 1 ? 11 HELX_P HELX_P7 7 SER A 210 ? LYS A 216 ? SER A 500 LYS A 506 1 ? 7 HELX_P HELX_P8 8 LYS A 221 ? ASN A 228 ? LYS A 511 ASN A 518 1 ? 8 HELX_P HELX_P9 9 SER A 232 ? GLY A 247 ? SER A 522 GLY A 537 1 ? 16 HELX_P HELX_P10 10 SER A 260 ? THR A 277 ? SER A 550 THR A 567 1 ? 18 HELX_P HELX_P11 11 THR A 289 ? ASN A 293 ? THR A 579 ASN A 583 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 12 ASN A 317 ? ILE A 329 ? ASN A 607 ILE A 619 1 ? 13 HELX_P HELX_P13 13 ASP A 357 ? ALA A 362 ? ASP A 647 ALA A 652 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 14 SER A 370 ? LYS A 375 ? SER A 660 LYS A 665 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 15 LYS A 405 ? TYR A 415 ? 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TYR F 138 ALA F 147 1 ? 10 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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