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WWPDB D_1000017516 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2003-11-18 2 'Structure model' 1 1 2007-10-16 3 'Structure model' 1 2 2011-07-13 4 'Structure model' 1 3 2017-06-28 5 'Structure model' 1 4 2024-11-06 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 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pdbx_modification_feature 13 5 'Structure model' pdbx_struct_conn_angle 14 5 'Structure model' struct_conn 15 5 'Structure model' struct_conn_type 16 5 'Structure model' struct_site # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_entity.details' 2 4 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 3 4 'Structure model' '_entity.pdbx_ec' 4 4 'Structure model' '_entity_src_gen.gene_src_common_name' 5 4 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num' 6 4 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_end_seq_num' 7 4 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene' 8 4 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_seq_type' 9 4 'Structure model' '_pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id' 10 4 'Structure model' '_pdbx_entity_src_syn.organism_common_name' 11 4 'Structure model' '_pdbx_entity_src_syn.organism_scientific' 12 4 'Structure model' 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_pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.content_type PDB 1D8D ;Co-Crystal Structure Of Rat Protein Farnesyltransferase Complexed With A K-Ras4B Peptide Substrate and Fpp Analog At 2.0A Resolution ; unspecified PDB 1FPP 'Protein Farnesyltransferase Complex With Farnesyl Diphosphate' unspecified PDB 1FT1 'Crystal Structure Of Protein Farnesyltransferase At 2.25 Angstroms Resolution' unspecified PDB 1KZO ;Protein Farnesyltransferase Complexed With Farnesylated K-Ras4B Peptide Product and Farnesyl Diphosphate Substrate Bound Simultaneously ; unspecified PDB 1KZP 'Protein Farnesyltransferase Complexed With A Farnesylated K-Ras4B Peptide Product' unspecified PDB 1QBQ 'Structure Of Rat Farnesyl Protein Transferase Complexed With A Cvim Peptide and -Hydroxyfarnesylphosphonic Acid' unspecified PDB 1DCE 'Crystal Structure Of Rab Geranylgeranyltransferase From Rat Brain' unspecified PDB 1N4P 'Geranylgeranyltransferase 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Taylor, J.S.' 1 ? primary 'Reid, T.S.' 2 ? primary 'Terry, K.L.' 3 ? primary 'Casey, P.J.' 4 ? primary 'Beese, L.S.' 5 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha' 44098.145 6 2.5.1.58,2.5.1.59 ? ? ? 2 polymer man 'Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta' 42466.176 6 2.5.1.59 ? ? ? 3 polymer syn 'Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b' 1280.685 6 ? ? ? ? 4 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 6 ? ? ? ? 5 non-polymer syn '2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE' 453.447 6 ? ? ? ? 6 non-polymer syn 'CHLORIDE ION' 35.453 7 ? ? ? ? 7 non-polymer syn 'GERAN-8-YL GERAN' 274.484 1 ? ? ? ? 8 water nat water 18.015 1117 ? ? 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DMLENQCDNKEDILNKALELCEILAKEKDTIRKEYWRYIGRSLQSKHSRESDIPASV ; ;MAATEGVGESAPGGEPGQPEQPPPPPPPPPAQQPQEEEMAAEAGEAAASPMDDGFLSLDSPTYVLYRDRAEWADIDPVPQ NDGPSPVVQIIYSEKFRDVYDYFRAVLQRDERSERAFKLTRDAIELNAANYTVWHFRRVLLRSLQKDLQEEMNYIIAIIE EQPKNYQVWHHRRVLVEWLKDPSQELEFIADILNQDAKNYHAWQHRQWVIQEFRLWDNELQYVDQLLKEDVRNNSVWNQR HFVISNTTGYSDRAVLEREVQYTLEMIKLVPHNESAWNYLKGILQDRGLSRYPNLLNQLLDLQPSHSSPYLIAFLVDIYE DMLENQCDNKEDILNKALELCEILAKEKDTIRKEYWRYIGRSLQSKHSRESDIPASV ; A,C,E,G,I,K ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MAATEDDRLAGSGEGERLDFLRDRHVRFFQRCLQVLPERYSSLETSRLTIAFFALSGLDMLDSLDVVNKDDIIEWIYSLQ VLPTEDRSNLDRCGFRGSSYLGIPFNPSKNPGTAHPYDSGHIAMTYTGLSCLIILGDDLSRVDKEACLAGLRALQLEDGS FCAVPEGSENDMRFVYCASCICYMLNNWSGMDMKKAISYIRRSMSYDNGLAQGAGLESHGGSTFCGIASLCLMGKLEEVF SEKELNRIKRWCIMRQQNGYHGRPNKPVDTCYSFWVGATLKLLKIFQYTNFEKNRNYILSTQDRLVGGFAKWPDSHPDAL HAYFGICGLSLMEESGICKVHPALNVSTRTSERLRDLHQSWKTKDSKQCSDNVHISS ; ;MAATEDDRLAGSGEGERLDFLRDRHVRFFQRCLQVLPERYSSLETSRLTIAFFALSGLDMLDSLDVVNKDDIIEWIYSLQ VLPTEDRSNLDRCGFRGSSYLGIPFNPSKNPGTAHPYDSGHIAMTYTGLSCLIILGDDLSRVDKEACLAGLRALQLEDGS FCAVPEGSENDMRFVYCASCICYMLNNWSGMDMKKAISYIRRSMSYDNGLAQGAGLESHGGSTFCGIASLCLMGKLEEVF SEKELNRIKRWCIMRQQNGYHGRPNKPVDTCYSFWVGATLKLLKIFQYTNFEKNRNYILSTQDRLVGGFAKWPDSHPDAL HAYFGICGLSLMEESGICKVHPALNVSTRTSERLRDLHQSWKTKDSKQCSDNVHISS ; B,D,F,H,J,L ? 3 'polypeptide(L)' no no KKKSKTKCVIL KKKSKTKCVIL M,N,O,P,Q,R ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 4 'ZINC ION' ZN 5 '2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE' MGM 6 'CHLORIDE ION' CL 7 'GERAN-8-YL GERAN' GER 8 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ALA n 1 4 THR n 1 5 GLU n 1 6 GLY n 1 7 VAL n 1 8 GLY n 1 9 GLU n 1 10 SER n 1 11 ALA n 1 12 PRO n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 GLU n 1 16 PRO n 1 17 GLY n 1 18 GLN n 1 19 PRO n 1 20 GLU n 1 21 GLN n 1 22 PRO n 1 23 PRO n 1 24 PRO n 1 25 PRO n 1 26 PRO n 1 27 PRO n 1 28 PRO n 1 29 PRO n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 GLN n 1 33 GLN n 1 34 PRO n 1 35 GLN n 1 36 GLU n 1 37 GLU n 1 38 GLU n 1 39 MET n 1 40 ALA n 1 41 ALA n 1 42 GLU n 1 43 ALA n 1 44 GLY n 1 45 GLU n 1 46 ALA n 1 47 ALA n 1 48 ALA n 1 49 SER n 1 50 PRO n 1 51 MET n 1 52 ASP n 1 53 ASP n 1 54 GLY n 1 55 PHE n 1 56 LEU n 1 57 SER n 1 58 LEU n 1 59 ASP n 1 60 SER n 1 61 PRO n 1 62 THR n 1 63 TYR n 1 64 VAL n 1 65 LEU n 1 66 TYR n 1 67 ARG n 1 68 ASP n 1 69 ARG n 1 70 ALA n 1 71 GLU n 1 72 TRP n 1 73 ALA n 1 74 ASP n 1 75 ILE n 1 76 ASP n 1 77 PRO n 1 78 VAL n 1 79 PRO n 1 80 GLN n 1 81 ASN n 1 82 ASP n 1 83 GLY n 1 84 PRO n 1 85 SER n 1 86 PRO n 1 87 VAL n 1 88 VAL n 1 89 GLN n 1 90 ILE n 1 91 ILE n 1 92 TYR n 1 93 SER n 1 94 GLU n 1 95 LYS n 1 96 PHE n 1 97 ARG n 1 98 ASP n 1 99 VAL n 1 100 TYR n 1 101 ASP n 1 102 TYR n 1 103 PHE n 1 104 ARG n 1 105 ALA n 1 106 VAL n 1 107 LEU n 1 108 GLN n 1 109 ARG n 1 110 ASP n 1 111 GLU n 1 112 ARG n 1 113 SER n 1 114 GLU n 1 115 ARG n 1 116 ALA n 1 117 PHE n 1 118 LYS n 1 119 LEU n 1 120 THR n 1 121 ARG n 1 122 ASP n 1 123 ALA n 1 124 ILE n 1 125 GLU n 1 126 LEU n 1 127 ASN n 1 128 ALA n 1 129 ALA n 1 130 ASN n 1 131 TYR n 1 132 THR n 1 133 VAL n 1 134 TRP n 1 135 HIS n 1 136 PHE n 1 137 ARG n 1 138 ARG n 1 139 VAL n 1 140 LEU n 1 141 LEU n 1 142 ARG n 1 143 SER n 1 144 LEU n 1 145 GLN n 1 146 LYS n 1 147 ASP n 1 148 LEU n 1 149 GLN n 1 150 GLU n 1 151 GLU n 1 152 MET n 1 153 ASN n 1 154 TYR n 1 155 ILE n 1 156 ILE n 1 157 ALA n 1 158 ILE n 1 159 ILE n 1 160 GLU n 1 161 GLU n 1 162 GLN n 1 163 PRO n 1 164 LYS n 1 165 ASN n 1 166 TYR n 1 167 GLN n 1 168 VAL n 1 169 TRP n 1 170 HIS n 1 171 HIS n 1 172 ARG n 1 173 ARG n 1 174 VAL n 1 175 LEU n 1 176 VAL n 1 177 GLU n 1 178 TRP n 1 179 LEU n 1 180 LYS n 1 181 ASP n 1 182 PRO n 1 183 SER n 1 184 GLN n 1 185 GLU n 1 186 LEU n 1 187 GLU n 1 188 PHE n 1 189 ILE n 1 190 ALA n 1 191 ASP n 1 192 ILE n 1 193 LEU n 1 194 ASN n 1 195 GLN n 1 196 ASP n 1 197 ALA n 1 198 LYS n 1 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L LYS 362 NZ # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal DENZO 'data reduction' . ? 1 SCALEPACK 'data scaling' . ? 2 CNS refinement . ? 3 CNS phasing . ? 4 # _cell.entry_id 1N4Q _cell.length_a 271.055 _cell.length_b 268.033 _cell.length_c 184.971 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 131.73 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? _cell.length_c_esd ? _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma_esd ? # _symmetry.entry_id 1N4Q _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? # _exptl.entry_id 1N4Q _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 4.75 _exptl_crystal.density_percent_sol 74.13 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 290 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6.3 _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'ammonium sulfate, sodium citrate, dithiothreitol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 4' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2001-03-17 _diffrn_detector.details 'Bent conical Si-mirror (Rh coating)' # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'Bent Ge(111)' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.00000 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'APS BEAMLINE 14-BM-C' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site APS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 14-BM-C _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1.00000 # _reflns.entry_id 1N4Q _reflns.observed_criterion_sigma_I -3 _reflns.observed_criterion_sigma_F 0 _reflns.d_resolution_low 33.12 _reflns.d_resolution_high 2.4 _reflns.number_obs 356309 _reflns.number_all 356309 _reflns.percent_possible_obs 92.9 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ? _reflns.pdbx_Rsym_value 0.056 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 14.0 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 45.8 _reflns.pdbx_redundancy 2.8 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 2.40 _reflns_shell.d_res_low 2.49 _reflns_shell.percent_possible_all 87.1 _reflns_shell.Rmerge_I_obs ? _reflns_shell.pdbx_Rsym_value 0.35 _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.1 _reflns_shell.pdbx_redundancy ? _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 1N4Q _refine.ls_number_reflns_obs 354809 _refine.ls_number_reflns_all 355317 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 2 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.ls_d_res_low 29.99 _refine.ls_d_res_high 2.40 _refine.ls_percent_reflns_obs 92.8 _refine.ls_R_factor_obs 0.214 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.214 _refine.ls_R_factor_R_free 0.234 _refine.ls_R_factor_R_free_error 0.002 _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.0 _refine.ls_number_reflns_R_free 17766 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 58.3 _refine.aniso_B[1][1] -5.41 _refine.aniso_B[2][2] 10.11 _refine.aniso_B[3][3] -4.70 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] -3.47 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details 'FLAT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.373144 _refine.solvent_model_param_bsol 60.2596 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;GGTase-I initially solved at 2.7 A resolution in an I222 space group using SIRAS. This model was then used for molecular replacement in the C2 space group. NCS restraints employed during refinement of the c2 structure. ; _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model RESTRAINED _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'Engh & Huber' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 1N4Q _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.33 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 0.42 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 5.00 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.37 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 0.45 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.pdbx_Luzzati_d_res_high_obs ? _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 32222 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 207 _refine_hist.number_atoms_solvent 1117 _refine_hist.number_atoms_total 33546 _refine_hist.d_res_high 2.40 _refine_hist.d_res_low 29.99 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.006 ? ? ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 6 _refine_ls_shell.d_res_high 2.40 _refine_ls_shell.d_res_low 2.55 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 52992 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.326 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 87.8 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.349 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.007 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 5.0 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 2797 _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 PROTEIN_REP.PARAM PROTEIN.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 2 WATER_REP.PARAM WATER_REP.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ION.PARAM AGP.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 4 AGP.PAR ION.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 5 GG-CYS.PAR GG-CYS.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' # _database_PDB_matrix.entry_id 1N4Q _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 1N4Q _struct.title 'Protein Geranylgeranyltransferase type-I Complexed with a GGPP Analog and a KKKSKTKCVIL Peptide' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1N4Q _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE _struct_keywords.text 'protein geranylgeranyltransferase type-I, GGTase, geranylgeranyl, protein prenylation, CaaX, lipid modification, rap2b, TRANSFERASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 1 ? J N N 2 ? K N N 1 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? S N N 4 ? T N N 5 ? U N N 6 ? V N N 4 ? W N N 6 ? X N N 5 ? Y N N 4 ? Z N N 6 ? AA N N 5 ? BA N N 6 ? CA N N 4 ? DA N N 6 ? EA N N 5 ? FA N N 4 ? GA N N 6 ? HA N N 5 ? IA N N 6 ? JA N N 4 ? KA N N 5 ? LA N N 7 ? MA N N 8 ? NA N N 8 ? OA N N 8 ? PA N N 8 ? QA N N 8 ? RA N N 8 ? SA N N 8 ? TA N N 8 ? UA N N 8 ? VA N N 8 ? WA N N 8 ? XA N N 8 ? YA N N 8 ? ZA N N 8 ? AB N N 8 ? BB N N 8 ? CB N N 8 ? 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P53610 1 ? 377 ? 1 377 13 3 1N4Q M 1 ? 11 ? 1N4Q 101 ? 111 ? 101 111 14 3 1N4Q N 1 ? 11 ? 1N4Q 201 ? 211 ? 201 211 15 3 1N4Q O 1 ? 11 ? 1N4Q 301 ? 311 ? 301 311 16 3 1N4Q P 1 ? 11 ? 1N4Q 401 ? 411 ? 401 411 17 3 1N4Q Q 1 ? 11 ? 1N4Q 501 ? 511 ? 501 511 18 3 1N4Q R 1 ? 11 ? 1N4Q 601 ? 611 ? 601 611 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? trimeric 3 2 author_defined_assembly ? trimeric 3 3 author_defined_assembly ? trimeric 3 4 author_defined_assembly ? trimeric 3 5 author_defined_assembly ? trimeric 3 6 author_defined_assembly ? trimeric 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,M,S,T,MA,NA,YA 2 1 C,D,N,U,V,W,X,OA,PA,ZA 3 1 E,F,O,Y,Z,AA,QA,RA,AB 4 1 G,H,P,BA,CA,DA,EA,SA,TA,BB 5 1 I,J,Q,FA,GA,HA,UA,VA,CB 6 1 K,L,R,IA,JA,KA,LA,WA,XA,DB # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 LEU A 65 ? 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HIS H 341 ? VAL H 340 HIS H 341 L 2 VAL H 346 ? SER H 347 ? VAL H 346 SER H 347 M 1 GLN I 89 ? ILE I 90 ? GLN I 89 ILE I 90 M 2 VAL J 35 ? LEU J 36 ? VAL J 35 LEU J 36 N 1 GLN J 80 ? VAL J 81 ? GLN J 80 VAL J 81 N 2 GLY J 94 ? PHE J 95 ? GLY J 94 PHE J 95 O 1 VAL J 340 ? HIS J 341 ? VAL J 340 HIS J 341 O 2 VAL J 346 ? SER J 347 ? VAL J 346 SER J 347 P 1 GLN K 89 ? ILE K 90 ? GLN K 89 ILE K 90 P 2 VAL L 35 ? LEU L 36 ? VAL L 35 LEU L 36 Q 1 GLN L 80 ? VAL L 81 ? GLN L 80 VAL L 81 Q 2 GLY L 94 ? PHE L 95 ? GLY L 94 PHE L 95 R 1 VAL L 340 ? HIS L 341 ? VAL L 340 HIS L 341 R 2 VAL L 346 ? SER L 347 ? VAL L 346 SER L 347 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id A 1 2 N GLN A 89 ? N GLN A 89 O LEU B 36 ? O LEU B 36 B 1 2 N VAL B 81 ? N VAL B 81 O GLY B 94 ? O GLY B 94 C 1 2 N HIS B 341 ? N HIS B 341 O VAL B 346 ? O VAL B 346 D 1 2 N GLN C 89 ? N GLN C 89 O LEU D 36 ? O LEU D 36 E 1 2 N VAL D 81 ? N VAL D 81 O GLY D 94 ? O GLY D 94 F 1 2 N HIS D 341 ? N HIS D 341 O VAL D 346 ? O VAL D 346 G 1 2 N GLN E 89 ? N GLN E 89 O LEU F 36 ? O LEU F 36 H 1 2 N VAL F 81 ? N VAL F 81 O GLY F 94 ? O GLY F 94 I 1 2 N HIS F 341 ? N HIS F 341 O VAL F 346 ? O VAL F 346 J 1 2 N GLN G 89 ? N GLN G 89 O LEU H 36 ? O LEU H 36 K 1 2 N VAL H 81 ? N VAL H 81 O GLY H 94 ? O GLY H 94 L 1 2 N HIS H 341 ? N HIS H 341 O VAL H 346 ? O VAL H 346 M 1 2 N GLN I 89 ? N GLN I 89 O LEU J 36 ? O LEU J 36 N 1 2 N VAL J 81 ? N VAL J 81 O GLY J 94 ? O GLY J 94 O 1 2 N HIS J 341 ? N HIS J 341 O VAL J 346 ? O VAL J 346 P 1 2 N GLN K 89 ? N GLN K 89 O LEU L 36 ? O LEU L 36 Q 1 2 N VAL L 81 ? N VAL L 81 O GLY L 94 ? O GLY L 94 R 1 2 N HIS L 341 ? N HIS L 341 O VAL L 346 ? O VAL L 346 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software B ZN 378 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE ZN B 378' AC2 Software D ZN 378 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE ZN D 378' AC3 Software C CL 1301 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE CL C 1301' AC4 Software D CL 1306 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE CL D 1306' AC5 Software F ZN 378 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE ZN F 378' AC6 Software F CL 1309 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE CL F 1309' AC7 Software H ZN 378 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE ZN H 378' AC8 Software G CL 1311 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE CL G 1311' AC9 Software H CL 1312 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE CL H 1312' BC1 Software J ZN 378 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE ZN J 378' BC2 Software J CL 1315 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE CL J 1315' BC3 Software L ZN 378 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE ZN L 378' BC4 Software K CL 1317 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE CL K 1317' BC5 Software R GER 1300 ? 10 'BINDING SITE FOR RESIDUE GER R 1300' BC6 Software B MGM 1401 ? 15 'BINDING SITE FOR RESIDUE MGM B 1401' BC7 Software D MGM 1402 ? 15 'BINDING SITE FOR RESIDUE MGM D 1402' BC8 Software F MGM 1403 ? 14 'BINDING SITE FOR RESIDUE MGM F 1403' BC9 Software H MGM 1404 ? 14 'BINDING SITE FOR RESIDUE MGM H 1404' CC1 Software J MGM 1405 ? 14 'BINDING SITE FOR RESIDUE MGM J 1405' CC2 Software L MGM 1406 ? 12 'BINDING SITE FOR RESIDUE MGM L 1406' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 4 ASP B 269 ? 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