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WWPDB D_1000017518 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2003-11-18 2 'Structure model' 1 1 2007-10-16 3 'Structure model' 1 2 2011-07-13 4 'Structure model' 1 3 2011-11-16 5 'Structure model' 1 4 2017-06-28 6 'Structure model' 2 0 2024-10-30 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format 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_pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.content_type PDB 1D8D ;Co-Crystal Structure Of Rat Protein Farnesyltransferase Complexed With A K-Ras4B Peptide Substrate and Fpp Analog At 2.0A Resolution ; unspecified PDB 1FPP 'Protein Farnesyltransferase Complex With Farnesyl Diphosphate' unspecified PDB 1QBQ ;Structure Of Rat Farnesyl Protein Transferase Complexed With A Cvim Peptide and -Hydroxyfarnesylphosphonic Acid. ; unspecified PDB 1FT1 'Crystal Structure Of Protein Farnesyltransferase At 2.25 Angstroms Resolution' unspecified PDB 1KZO ;Protein Farnesyltransferase Complexed With Farnesylated K-Ras4B Peptide Product and Farnesyl Diphosphate Substrate Bound Simultaneously ; unspecified PDB 1KZP 'Protein Farnesyltransferase Complexed With A Farnesylated K-Ras4B Peptide Product' unspecified PDB 1DCE 'Crystal Structure Of Rab Geranylgeranyltransferase From Rat Brain' unspecified PDB 1N4P 'Geranylgeranyltransferase type-I Complexed with Geranylgeranyl Diphosphate' unspecified PDB 1N4Q 'Geranylgeranyltransferase type-I Complexed with a GGPP Analog and a KKKSKTKCVIL Peptide' unspecified PDB 1N4R ;Geranylgeranyltransferase type-I Complexed with a Geranylgeranylated KKKSKTKCVIL Peptide Product ; unspecified # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Taylor, J.S.' 1 'Reid, T.S.' 2 'Casey, P.J.' 3 'Beese, L.S.' 4 # _citation.id primary _citation.title 'Structure of mammalian protein geranylgeranyltransferase type-I' _citation.journal_abbrev 'EMBO J.' _citation.journal_volume 22 _citation.page_first 5963 _citation.page_last 5974 _citation.year 2003 _citation.journal_id_ASTM EMJODG _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0261-4189 _citation.journal_id_CSD 0897 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 14609943 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1093/emboj/cdg571 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Taylor, J.S.' 1 ? primary 'Reid, T.S.' 2 ? primary 'Terry, K.L.' 3 ? primary 'Casey, P.J.' 4 ? primary 'Beese, L.S.' 5 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha' 44098.145 6 2.5.1.58,2.5.1.59 ? ? ? 2 polymer man 'Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta' 42466.176 6 2.5.1.59 ? ? ? 3 polymer syn 'Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b' 1280.685 6 ? ? ? ? 4 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 6 ? ? ? ? 5 non-polymer syn 'CHLORIDE ION' 35.453 9 ? ? ? ? 6 non-polymer syn 'GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE' 450.443 6 ? ? ? ? 7 non-polymer syn 'GERAN-8-YL GERAN' 274.484 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;MAATEDDRLAGSGEGERLDFLRDRHVRFFQRCLQVLPERYSSLETSRLTIAFFALSGLDMLDSLDVVNKDDIIEWIYSLQ VLPTEDRSNLDRCGFRGSSYLGIPFNPSKNPGTAHPYDSGHIAMTYTGLSCLIILGDDLSRVDKEACLAGLRALQLEDGS FCAVPEGSENDMRFVYCASCICYMLNNWSGMDMKKAISYIRRSMSYDNGLAQGAGLESHGGSTFCGIASLCLMGKLEEVF SEKELNRIKRWCIMRQQNGYHGRPNKPVDTCYSFWVGATLKLLKIFQYTNFEKNRNYILSTQDRLVGGFAKWPDSHPDAL HAYFGICGLSLMEESGICKVHPALNVSTRTSERLRDLHQSWKTKDSKQCSDNVHISS ; B,D,F,H,J,L ? 3 'polypeptide(L)' no no KKKSKTKCVIL KKKSKTKCVIL M,N,O,P,Q,R ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 4 'ZINC ION' ZN 5 'CHLORIDE ION' CL 6 'GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE' GRG 7 'GERAN-8-YL GERAN' GER 8 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ALA n 1 4 THR n 1 5 GLU n 1 6 GLY n 1 7 VAL n 1 8 GLY n 1 9 GLU n 1 10 SER n 1 11 ALA n 1 12 PRO n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 GLU n 1 16 PRO n 1 17 GLY n 1 18 GLN n 1 19 PRO n 1 20 GLU n 1 21 GLN n 1 22 PRO n 1 23 PRO n 1 24 PRO n 1 25 PRO n 1 26 PRO n 1 27 PRO n 1 28 PRO n 1 29 PRO n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 GLN n 1 33 GLN n 1 34 PRO n 1 35 GLN n 1 36 GLU n 1 37 GLU n 1 38 GLU n 1 39 MET n 1 40 ALA n 1 41 ALA n 1 42 GLU n 1 43 ALA n 1 44 GLY n 1 45 GLU n 1 46 ALA n 1 47 ALA n 1 48 ALA n 1 49 SER n 1 50 PRO n 1 51 MET n 1 52 ASP n 1 53 ASP n 1 54 GLY n 1 55 PHE n 1 56 LEU n 1 57 SER n 1 58 LEU n 1 59 ASP n 1 60 SER n 1 61 PRO n 1 62 THR n 1 63 TYR n 1 64 VAL n 1 65 LEU n 1 66 TYR n 1 67 ARG n 1 68 ASP n 1 69 ARG n 1 70 ALA n 1 71 GLU n 1 72 TRP n 1 73 ALA n 1 74 ASP n 1 75 ILE n 1 76 ASP n 1 77 PRO n 1 78 VAL n 1 79 PRO n 1 80 GLN n 1 81 ASN n 1 82 ASP n 1 83 GLY n 1 84 PRO n 1 85 SER n 1 86 PRO n 1 87 VAL n 1 88 VAL n 1 89 GLN n 1 90 ILE n 1 91 ILE n 1 92 TYR n 1 93 SER n 1 94 GLU n 1 95 LYS n 1 96 PHE n 1 97 ARG n 1 98 ASP n 1 99 VAL n 1 100 TYR n 1 101 ASP n 1 102 TYR n 1 103 PHE n 1 104 ARG n 1 105 ALA n 1 106 VAL n 1 107 LEU n 1 108 GLN n 1 109 ARG n 1 110 ASP n 1 111 GLU n 1 112 ARG n 1 113 SER n 1 114 GLU n 1 115 ARG n 1 116 ALA n 1 117 PHE n 1 118 LYS n 1 119 LEU n 1 120 THR n 1 121 ARG n 1 122 ASP n 1 123 ALA n 1 124 ILE n 1 125 GLU n 1 126 LEU n 1 127 ASN n 1 128 ALA n 1 129 ALA n 1 130 ASN n 1 131 TYR n 1 132 THR n 1 133 VAL n 1 134 TRP n 1 135 HIS n 1 136 PHE n 1 137 ARG n 1 138 ARG n 1 139 VAL n 1 140 LEU n 1 141 LEU n 1 142 ARG n 1 143 SER n 1 144 LEU n 1 145 GLN n 1 146 LYS n 1 147 ASP n 1 148 LEU n 1 149 GLN n 1 150 GLU n 1 151 GLU n 1 152 MET n 1 153 ASN n 1 154 TYR n 1 155 ILE n 1 156 ILE n 1 157 ALA n 1 158 ILE n 1 159 ILE n 1 160 GLU n 1 161 GLU n 1 162 GLN n 1 163 PRO n 1 164 LYS n 1 165 ASN n 1 166 TYR n 1 167 GLN n 1 168 VAL n 1 169 TRP n 1 170 HIS n 1 171 HIS n 1 172 ARG n 1 173 ARG n 1 174 VAL n 1 175 LEU n 1 176 VAL n 1 177 GLU n 1 178 TRP n 1 179 LEU n 1 180 LYS n 1 181 ASP n 1 182 PRO n 1 183 SER n 1 184 GLN n 1 185 GLU n 1 186 LEU n 1 187 GLU n 1 188 PHE n 1 189 ILE n 1 190 ALA n 1 191 ASP n 1 192 ILE n 1 193 LEU n 1 194 ASN n 1 195 GLN n 1 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KB N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP FNTA_RAT Q04631 ? 1 ;MAATEGVGESAPGGEPGQPEQPPPPPPPPPAQQPQEEEMAAEAGEAAASPMDDGFLSLDSPTYVLYRDRAEWADIDPVPQ NDGPSPVVQIIYSEKFRDVYDYFRAVLQRDERSERAFKLTRDAIELNAANYTVWHFRRVLLRSLQKDLQEEMNYIIAIIE EQPKNYQVWHHRRVLVEWLKDPSQELEFIADILNQDAKNYHAWQHRQWVIQEFRLWDNELQYVDQLLKEDVRNNSVWNQR HFVISNTTGYSDRAVLEREVQYTLEMIKLVPHNESAWNYLKGILQDRGLSRYPNLLNQLLDLQPSHSSPYLIAFLVDIYE DMLENQCDNKEDILNKALELCEILAKEKDTIRKEYWRYIGRSLQSKHSRESDIPASV ; 1 2 UNP PGTB1_RAT P53610 ? 2 ;MAATEDDRLAGSGEGERLDFLRDRHVRFFQRCLQVLPERYSSLETSRLTIAFFALSGLDMLDSLDVVNKDDIIEWIYSLQ VLPTEDRSNLDRCGFRGSSYLGIPFNPSKNPGTAHPYDSGHIAMTYTGLSCLIILGDDLSRVDKEACLAGLRALQLEDGS FCAVPEGSENDMRFVYCASCICYMLNNWSGMDMKKAISYIRRSMSYDNGLAQGAGLESHGGSTFCGIASLCLMGKLEEVF SEKELNRIKRWCIMRQQNGYHGRPNKPVDTCYSFWVGATLKLLKIFQYTNFEKNRNYILSTQDRLVGGFAKWPDSHPDAL HAYFGICGLSLMEESGICKVHPALNVSTRTSERLRDLHQSWKTKDSKQCSDNVHISS ; 1 3 PDB 1N4S 1N4S ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1N4S A 1 ? 377 ? 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P53610 1 ? 377 ? 1 377 13 3 1N4S M 1 ? 11 ? 1N4S 101 ? 111 ? 101 111 14 3 1N4S N 1 ? 11 ? 1N4S 201 ? 211 ? 201 211 15 3 1N4S O 1 ? 11 ? 1N4S 301 ? 311 ? 301 311 16 3 1N4S P 1 ? 11 ? 1N4S 401 ? 411 ? 401 411 17 3 1N4S Q 1 ? 11 ? 1N4S 501 ? 511 ? 501 511 18 3 1N4S R 1 ? 11 ? 1N4S 601 ? 611 ? 601 611 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? trimeric 3 2 author_defined_assembly ? trimeric 3 3 author_defined_assembly ? trimeric 3 4 author_defined_assembly ? trimeric 3 5 author_defined_assembly ? trimeric 3 6 author_defined_assembly ? trimeric 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,M,S,T,U,NA,TA,UA,FB 2 1 C,D,N,V,W,X,Y,OA,VA,WA,GB 3 1 E,F,O,Z,AA,BA,PA,XA,YA,HB 4 1 G,H,P,CA,DA,EA,FA,QA,ZA,AB,IB 5 1 I,J,Q,GA,HA,IA,RA,BB,CB,JB 6 1 K,L,R,JA,KA,LA,MA,SA,DB,EB,KB # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 LEU A 65 ? 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SER A 308 ASN A 325 1 ? 18 HELX_P HELX_P16 16 ASN A 329 ? GLU A 347 ? ASN A 329 GLU A 347 1 ? 19 HELX_P HELX_P17 17 ASP A 349 ? ILE A 351 ? ASP A 349 ILE A 351 5 ? 3 HELX_P HELX_P18 18 ARG A 352 ? SER A 365 ? ARG A 352 SER A 365 1 ? 14 HELX_P HELX_P19 19 LEU B 21 ? GLN B 34 ? LEU B 21 GLN B 34 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 20 PRO B 37 ? THR B 45 ? PRO B 37 THR B 45 5 ? 9 HELX_P HELX_P21 21 SER B 46 ? LEU B 61 ? SER B 46 LEU B 61 1 ? 16 HELX_P HELX_P22 22 SER B 63 ? VAL B 67 ? SER B 63 VAL B 67 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 23 ASN B 68 ? LEU B 79 ? ASN B 68 LEU B 79 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 24 ASN B 89 ? CYS B 93 ? ASN B 89 CYS B 93 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 25 HIS B 121 ? LEU B 135 ? HIS B 121 LEU B 135 1 ? 15 HELX_P HELX_P26 26 ASP B 143 ? GLN B 155 ? ASP B 143 GLN B 155 1 ? 13 HELX_P HELX_P27 27 ASP B 171 ? LEU B 185 ? ASP B 171 LEU B 185 1 ? 15 HELX_P HELX_P28 28 ASN B 187 ? MET B 191 ? ASN B 187 MET B 191 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 29 ASP B 192 ? SER B 203 ? ASP B 192 SER B 203 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 30 HIS B 219 ? GLY B 234 ? HIS B 219 GLY B 234 1 ? 16 HELX_P HELX_P31 31 LYS B 235 ? PHE B 240 ? LYS B 235 PHE B 240 1 ? 6 HELX_P HELX_P32 32 SER B 241 ? MET B 254 ? SER B 241 MET B 254 1 ? 14 HELX_P HELX_P33 33 CYS B 271 ? LEU B 283 ? CYS B 271 LEU B 283 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 34 ILE B 285 ? THR B 289 ? ILE B 285 THR B 289 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 35 ASN B 290 ? THR B 301 ? ASN B 290 THR B 301 1 ? 12 HELX_P HELX_P36 36 ASP B 318 ? MET B 332 ? ASP B 318 MET B 332 1 ? 15 HELX_P HELX_P37 37 THR B 348 ? LYS B 362 ? THR B 348 LYS B 362 1 ? 15 HELX_P HELX_P38 38 LEU C 65 ? ALA C 73 ? LEU C 65 ALA C 73 5 ? 9 HELX_P HELX_P39 39 SER C 93 ? ARG C 109 ? SER C 93 ARG C 109 1 ? 17 HELX_P HELX_P40 40 SER C 113 ? ASN C 127 ? SER C 113 ASN C 127 1 ? 15 HELX_P HELX_P41 41 ASN C 130 ? LEU C 144 ? ASN C 130 LEU C 144 1 ? 15 HELX_P HELX_P42 42 ASP C 147 ? GLN C 162 ? ASP C 147 GLN C 162 1 ? 16 HELX_P HELX_P43 43 ASN C 165 ? LYS C 180 ? ASN C 165 LYS C 180 1 ? 16 HELX_P HELX_P44 44 GLN C 184 ? ASP C 196 ? GLN C 184 ASP C 196 1 ? 13 HELX_P HELX_P45 45 ASN C 199 ? PHE C 213 ? ASN C 199 PHE C 213 1 ? 15 HELX_P HELX_P46 46 ASN C 218 ? ASP C 230 ? ASN C 218 ASP C 230 1 ? 13 HELX_P HELX_P47 47 ASN C 233 ? ASN C 246 ? ASN C 233 ASN C 246 1 ? 14 HELX_P HELX_P48 48 ASP C 252 ? VAL C 270 ? ASP C 252 VAL C 270 1 ? 19 HELX_P HELX_P49 49 ASN C 273 ? GLN C 285 ? ASN C 273 GLN C 285 1 ? 13 HELX_P HELX_P50 50 GLY C 288 ? ARG C 291 ? GLY C 288 ARG C 291 5 ? 4 HELX_P HELX_P51 51 TYR C 292 ? ASP C 301 ? TYR C 292 ASP C 301 1 ? 10 HELX_P HELX_P52 52 SER C 308 ? ASN C 325 ? SER C 308 ASN C 325 1 ? 18 HELX_P HELX_P53 53 ASN C 329 ? GLU C 347 ? ASN C 329 GLU C 347 1 ? 19 HELX_P HELX_P54 54 ASP C 349 ? ILE C 351 ? ASP C 349 ILE C 351 5 ? 3 HELX_P HELX_P55 55 ARG C 352 ? SER C 365 ? ARG C 352 SER C 365 1 ? 14 HELX_P HELX_P56 56 LEU D 21 ? LEU D 33 ? LEU D 21 LEU D 33 1 ? 13 HELX_P HELX_P57 57 PRO D 37 ? THR D 45 ? PRO D 37 THR D 45 5 ? 9 HELX_P HELX_P58 58 SER D 46 ? LEU D 61 ? SER D 46 LEU D 61 1 ? 16 HELX_P HELX_P59 59 SER D 63 ? VAL D 67 ? SER D 63 VAL D 67 5 ? 5 HELX_P HELX_P60 60 ASN D 68 ? SER D 78 ? ASN D 68 SER D 78 1 ? 11 HELX_P HELX_P61 61 ASN D 89 ? CYS D 93 ? ASN D 89 CYS D 93 5 ? 5 HELX_P HELX_P62 62 HIS D 121 ? LEU D 135 ? HIS D 121 LEU D 135 1 ? 15 HELX_P HELX_P63 63 ASP D 143 ? GLN D 155 ? ASP D 143 GLN D 155 1 ? 13 HELX_P HELX_P64 64 ASP D 171 ? LEU D 185 ? ASP D 171 LEU D 185 1 ? 15 HELX_P HELX_P65 65 ASN D 187 ? MET D 191 ? ASN D 187 MET D 191 5 ? 5 HELX_P HELX_P66 66 ASP D 192 ? SER D 203 ? ASP D 192 SER D 203 1 ? 12 HELX_P HELX_P67 67 HIS D 219 ? GLY D 234 ? HIS D 219 GLY D 234 1 ? 16 HELX_P HELX_P68 68 LYS D 235 ? PHE D 240 ? LYS D 235 PHE D 240 1 ? 6 HELX_P HELX_P69 69 SER D 241 ? MET D 254 ? SER D 241 MET D 254 1 ? 14 HELX_P HELX_P70 70 CYS D 271 ? LEU D 283 ? CYS D 271 LEU D 283 1 ? 13 HELX_P HELX_P71 71 ILE D 285 ? THR D 289 ? 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