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'Deinococcus radiodurans' 1299 Deinococcus ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 2 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ? _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ? _pdbx_entity_src_syn.details 'The terminal C of ASM was coupled via a phosphodiester bond to the 5 OH of the N6-dimethyl moiety of puromycin' # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 1 GB AE002087 6460405 4635 ;GGUCAAGAUAGUAAGGGUCCACGGUGGAUGCCCUGGCGCUGGAGCCGAUGAAGGACGCGAUUACCUGCGAAAAGCCCCGA CGAGCUGGAGAUACGCUUUGACUCGGGGAUGUCCGAAUGGGGAAACCCACCUCGUAAGAGGUAUCCGCAAGGAUGGGAAC UCAGGGAACUGAAACAUCUCAGUACCUGAAGGAGAAGAAAGAGAAUUCGAUUCCGUUAGUAGCGGCGAGCGAACCCGGAU CAGCCCAAACCGAAACGCUUGCGUUUCGGGGUUGUAGGACCAGUUUUUAAGAUUCAACCCCUCAAGCCGAAGUGGCUGGA AAGCUACACCUCAGAAGGUGAGAGUCCUGUAGGCGAACGAGCGGUUGACUGUACUGGCACCUGAGUAGGUCGUUGUUCGU GAAACGAUGACUGAAUCCGCGCGGACCACCGCGCAAGGCUAAAUACUCCCAGUGACCGAUAGCGCAUAGUACCGUGAGGG AAAGGUGAAAAGAACCCCGGGAGGGGAGUGAAAGAGAACCUGAAACCGUGGACUUACAAGCAGUCAUGGCACCUUAUGCG UGUUAUGGCGUGCCUAUUGAAGCAUGAGCCGGCGACUUAGACCUGACGUGCGAGCUUAAGUUGAAAAACGGAGGCGGAGC GAAAGCGAGUCCGAAUAGGGCGGCAUUAGUACGUCGGGCUAGACUCGAAACCAGGUGAGCUAAGCAUGACCAGGUUGAAA CCCCCGUGACAGGGGGCGGAGGACCGAACCGGUGCCUGCUGAAACAGUCUCGGAUGAGUUGUGUUUAGGAGUGAAAAGCU AACCGAACCUGGAGAUAGCUAGUUCUCCCCGAAAUGUAUUGAGGUACAGCCUCGGAUGUUGACCAUGUCCUGUAGAGCAC UCACAAGGCUAGGGGGCCUACCAGCUUACCAAACCUUAUGAAACUCCGAAGGGGCACGCGUUUAGUCCGGGAGUGAGGCU GCGAGAGCUAACUUCCGUAGCCGAGAGGGAAACAACCCAGACCAUCAGCUAAGGUCCCUAAAUGAUCGCUCAGUGGUUAA GGAUGUGUCGUCGCAUAGACAGCCAGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCACCCUUCAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUC GAGUGACGAUGCGCCGAAAAUGAUCGGGGCUCAAGUGAUCUACCGAAGCUAUGGAUUCAACUCGCGAAGCGAGUUGUCUG GUAGGGGAGCGUUCAGUCCGCGGAGAAGCCAUACCGGAAGGAGUGGUGGAGCCGACUGAAGUGCGGAUGCCGGCAUGAGU AACGAUAAAAGAAGUGAGAAUCUUCUUCGCCGUAAGGACAAGGGUUCCUGGGGAAGGGUCGUCCGCCCAGGGAAAGUCGG GACCUAAGGUGAGGCCGAACGGCGCAGCCGAUGGACAGCAGGUCAAGAUUCCUGCACCGAUCAUGUGGAGUGAUGGAGGG ACGCAUUACGCUAUCCAAUGCCAAGCUAUGGCUAUGCUGGUUGGUACGCUCAAGGGCGAUCGGGUCAGAAAAUCUACCGG UCACAUGCCUCAGACGUAUCGGGAGCUUCCUCGGAAGCGAAGUUGGAAACGCGACGGUGCCAAGAAAAGCUUCUAAACGU UGAAACAUGAUUGCCCGUACCGCAAACCGACACAGGUGUCCGAGUGUCAAUGCACUAAGGCGCGCGAGAGAACCCUCGUU AAGGAACUUUGCAAUCUCACCCCGUAACUUCGGAAGAAGGGGUCCCCACGCUUCGCGUGGGGCGCAGUGAAUAGGCCCAG GCGACUGUUUACCAAAAUCACAGCACUCUGCCAACACGAACAGUGGACGUAUAGGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCCGGAA GGUCAAGUGGAGCGGUGCAAGCUGCGAAAUGAAGCCCCGGUGAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAA AUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAAGGCGUAACGAUCUGGGCGCUGUCUCAACGAGGGACUCGGUGAAAUU GAAUUGGCUGUAAAGAUGCGGCCUACCCGUAGCAGGACGAAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUAUAGUCUGGCAUUGGGAU UCGGGUUUCUCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGCGAAACUGGCCUUUUGGGGUCGGUGGAGGCAACGGUGAAAUACCAC CCUGAGAAACUUGGAUUUCUAACCUGAAAAAUCACUUUCGGGGACCGUGCUUGGCGGGUAGUUUGACUGGGGCGGUCGCC UCCCAAAAUGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUCACCUCAAGACGGUUGGAAAUCGUCUGUAGAGCGCAAAGGUAGAAGGUGG CUUGACUGCGAGACUGACACGUCGAGCAGGGAGGAAACUCGGGCUUAGUGAACCGGUGGUACCGUGUGGAAGGGCCAUCG AUCAACGGAUAAAAGUUACCCCGGGGAUAACAGGCUGAUCUCCCCCGAGAGUCCAUAUCGGCGGGGAGGUUUGGCACCUC GAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGAAGAAGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGCACGCGAGCUG GGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCUCUAUCCGCUACGGGCGCAGGAGAAUUGAGGGGAGUUGCUCCUAGUACGAG AGGACCGGAGUGAACGGACCGCUGGUCUCCCUGCUGUCGUACCAACGGCACAUGCAGGGUAGCUAUGUCCGGAACGGAUA ACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCAGCCCCAAGAUGAGUUCUCCCACUGUUUAUCAGGUAAGACUCCCGGAAGACC ACCGGGUUAAGAGGCCAGGCGUGCACGCAUAGCAAUGUGUUCAGCGGACUGGUGCUCAUCAGUCGAGGUCUUGACCACUC ; ? 2 3 UNP RL16_DEIRA Q9RXJ5 2 ;MLLPKRTKFRKQFRGRMTGDAKGGDYVAFGDYGLIAMEPAWIKSNQIEACRIVMSRHFRRGGKIYIRIFPDKPVTKKPAE TRMGKGKGAVEYWVSVVKPGRVMFEVAGVTEEQAKEAFRLAGHKLPIQTKMVKREVYDEAQ ; ? 3 4 UNP RL25_DEIRA Q9RX88 17 ;MELTAKPRTPKQKLDESMIAAVAYNKENNVSFALDRKAFDRAFRQQSTTGLFDITVEGGETFPALVKAVQMDKRKRAPIH VDFYMVTYGEPVEVSVPVHTTGRSQGEVQGGLVDIVVHNLQIVAPGPRRIPQELVVDVTKMNIGDHITAGDIKLPEGCTL AADPELTVVSVLPPRLTAEELEAEVQAAQVAGLVAAGELSEEAAEAVLEGDASLEEVKAEASEDNAGTDSEDNSDAQ ; ? 4 2 PDB 1NJP 1NJP ? ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1NJP 0 1 ? 2880 ? 6460405 4635 ? 1756 ? 1 2880 2 2 1NJP K 1 ? 141 ? 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N N 564 U "C1'" "H1'" sing N N 565 U N1 C2 sing N N 566 U N1 C6 sing N N 567 U C2 O2 doub N N 568 U C2 N3 sing N N 569 U N3 C4 sing N N 570 U N3 H3 sing N N 571 U C4 O4 doub N N 572 U C4 C5 sing N N 573 U C5 C6 doub N N 574 U C5 H5 sing N N 575 U C6 H6 sing N N 576 VAL N CA sing N N 577 VAL N H sing N N 578 VAL N H2 sing N N 579 VAL CA C sing N N 580 VAL CA CB sing N N 581 VAL CA HA sing N N 582 VAL C O doub N N 583 VAL C OXT sing N N 584 VAL CB CG1 sing N N 585 VAL CB CG2 sing N N 586 VAL CB HB sing N N 587 VAL CG1 HG11 sing N N 588 VAL CG1 HG12 sing N N 589 VAL CG1 HG13 sing N N 590 VAL CG2 HG21 sing N N 591 VAL CG2 HG22 sing N N 592 VAL CG2 HG23 sing N N 593 VAL OXT HXT sing N N 594 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 1NJP 'double helix' 1NJP 'a-form double helix' 1NJP 'parallel strands' 1NJP 'hairpin loop' 1NJP tetraloop 1NJP 'bulge loop' 1NJP 'mismatched base pair' 1NJP 'internal loop' 1NJP 'triple helix' 1NJP 'quadruple helix' 1NJP 'three-way 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