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C ARG 540 NH2 # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal HKL-2000 'data collection' . ? 1 SCALEPACK 'data scaling' . ? 2 CNS refinement . ? 3 HKL-2000 'data reduction' . ? 4 CNS phasing . ? 5 # _cell.entry_id 1Q32 _cell.length_a 64.163 _cell.length_b 82.207 _cell.length_c 98.442 _cell.angle_alpha 89.39 _cell.angle_beta 85.81 _cell.angle_gamma 67.12 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? _cell.length_c_esd ? _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma_esd ? # _symmetry.entry_id 1Q32 _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.cell_setting triclinic _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? # _exptl.entry_id 1Q32 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 2 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_Matthews 2.35 _exptl_crystal.density_percent_sol 47.2 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method EVAPORATION _exptl_crystal_grow.temp 291.15 _exptl_crystal_grow.pH 7.8 _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'PEG 4000, Hepes, LiSO4, DTT, 1.6.Hexanediol , pH 7.8, EVAPORATION, temperature 291.15K' _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # loop_ _diffrn.id _diffrn.ambient_temp _diffrn.ambient_temp_details _diffrn.crystal_id 1 100.0 ? 1 2 100.0 ? 1 # loop_ _diffrn_detector.diffrn_id _diffrn_detector.detector _diffrn_detector.type _diffrn_detector.pdbx_collection_date _diffrn_detector.details 1 CCD 'ADSC QUANTUM 4' 2001-10-24 ? 2 CCD MARRESEARCH 2002-12-11 ? # loop_ _diffrn_radiation.diffrn_id _diffrn_radiation.wavelength_id _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l _diffrn_radiation.monochromator _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type 1 1 M 'Si (111)' MAD x-ray 2 1 M 'Si (220)' 'SINGLE WAVELENGTH' x-ray # loop_ _diffrn_radiation_wavelength.id _diffrn_radiation_wavelength.wavelength _diffrn_radiation_wavelength.wt 1 0.9789 1.0 2 0.9796 1.0 3 0.9637 1.0 4 1.02466 1.0 # loop_ _diffrn_source.diffrn_id _diffrn_source.source _diffrn_source.type _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline _diffrn_source.pdbx_wavelength _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1 SYNCHROTRON 'NSLS BEAMLINE X12B' NSLS X12B ? '0.9789, 0.9796, 0.9637' 2 SYNCHROTRON 'APS BEAMLINE 22-ID' APS 22-ID ? 1.02466 # _reflns.entry_id 1Q32 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.observed_criterion_sigma_I -3 _reflns.d_resolution_high 1.80 _reflns.d_resolution_low 50.0 _reflns.number_all 155815 _reflns.number_obs 155815 _reflns.percent_possible_obs 90.4 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.067 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 3.4 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1,2 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 1.80 _reflns_shell.d_res_low 1.86 _reflns_shell.percent_possible_all 54.3 _reflns_shell.Rmerge_I_obs ? _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs ? _reflns_shell.pdbx_redundancy ? _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 1Q32 _refine.ls_d_res_high 2.03 _refine.ls_d_res_low 30 _refine.pdbx_ls_sigma_F 0 _refine.pdbx_ls_sigma_I 0 _refine.ls_number_reflns_all 110179 _refine.ls_number_reflns_obs 110179 _refine.ls_number_reflns_R_free 10979 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_all 0.21411 _refine.ls_R_factor_obs 0.21411 _refine.ls_R_factor_R_work 0.2141 _refine.ls_R_factor_R_free 0.2414 _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct MAD _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'Engh & Huber' _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.details ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 13656 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 862 _refine_hist.number_atoms_total 14518 _refine_hist.d_res_high 2.03 _refine_hist.d_res_low 30 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcbond_it 1.444 1.5 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcangle_it 2.380 2.0 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scbond_it 1.954 2.0 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scangle_it 2.937 2.5 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _struct.entry_id 1Q32 _struct.title 'Crystal Structure Analysis of the Yeast Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1Q32 _struct_keywords.pdbx_keywords REPLICATION,TRANSCRIPTION,HYDROLASE _struct_keywords.text 'Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase; TDP; DNA repair, REPLICATION, TRANSCRIPTION, HYDROLASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code TYDP1_YEAST _struct_ref.pdbx_db_accession P38319 _struct_ref.pdbx_align_begin 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MSRETNFNGTKRKRSDVAEKVAQRWKSVRYSAEMENMAPVNSNNDSDDCVIVSESKIIDLTNQEQDLSERIETNDTAKGA VFKLMKSDFYEREDFMGEVEDMITLKDIFGTETLKRSILFSFQYELDFLLRQFHQNVENITIVGQKGTIMPIEARAMDAT LAVILKKVKLIEITMPPFASHHTKLIINFYDNGECKIFLPSNNFTSMETNLPQQVCWCSPLLKIGKEGLPVPFKRSLIEY LNSYHLKDIDELITKSVEEVNFAPLSELEFVYSTPSKFQSSGLLSFYNKLEKLSAGTSASDTAKHYLCQTSSIGTSLSRA RDENLWTHLMIPLFTGIMSPPAKDTAGRKKAEILPTNSLINEYSQRKIKPYIIFPTEQEFVTSPLKWSSSGWFHFQYLQK KSYYEMLRNKFKVFYKQDPAMVTRRRGTTPAHSKFYMHCATNSAGPCDASQVFKELEWCLYTSANLSQTAWGTVSRKPRN YEAGVLYHSRRLANTRKVTCRTFTRDRRGCAGNPTHVAVPFTLPVIPYDLAEDECFCLARHEND ; _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1Q32 A 1 ? 544 ? P38319 1 ? 544 ? 1 544 2 1 1Q32 B 1 ? 544 ? P38319 1 ? 544 ? 1 544 3 1 1Q32 C 1 ? 544 ? P38319 1 ? 544 ? 1 544 4 1 1Q32 D 1 ? 544 ? P38319 1 ? 544 ? 1 544 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? monomeric 1 2 author_defined_assembly ? monomeric 1 3 author_defined_assembly ? monomeric 1 4 author_defined_assembly ? monomeric 1 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,E 2 1 B,F 3 1 C,G 4 1 D,H # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_biol.id _struct_biol.details _struct_biol.pdbx_parent_biol_id 1 'There are 4 biological assemblies in the asymmetric unit. Each is a monomer, labeled A, B, C, or D.' ? 2 ? ? 3 ? ? 4 ? ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 THR A 104 ? GLY A 110 ? THR A 104 GLY A 110 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 2 LEU A 126 ? ARG A 131 ? LEU A 126 ARG A 131 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 3 GLU A 153 ? MET A 157 ? GLU A 153 MET A 157 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 4 ASP A 158 ? LYS A 166 ? ASP A 158 LYS A 166 1 ? 9 HELX_P HELX_P5 5 THR A 205 ? LEU A 211 ? THR A 205 LEU A 211 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 6 VAL A 231 ? SER A 243 ? VAL A 231 SER A 243 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 7 LEU A 246 ? ILE A 253 ? LEU A 246 ILE A 253 1 ? 8 HELX_P HELX_P8 8 ILE A 253 ? GLU A 259 ? ILE A 253 GLU A 259 1 ? 7 HELX_P HELX_P9 9 PHE A 262 ? SER A 266 ? PHE A 262 SER A 266 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 10 SER A 281 ? LEU A 293 ? SER A 281 LEU A 293 1 ? 13 HELX_P HELX_P11 11 ASN A 324 ? LEU A 329 ? ASN A 324 LEU A 329 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 12 LEU A 329 ? GLY A 336 ? LEU A 329 GLY A 336 1 ? 8 HELX_P HELX_P13 13 PRO A 355 ? LYS A 367 ? PRO A 355 LYS A 367 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 14 GLU A 377 ? VAL A 381 ? GLU A 377 VAL A 381 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 15 LEU A 385 ? PHE A 393 ? LEU A 385 PHE A 393 5 ? 9 HELX_P HELX_P16 16 TYR A 397 ? GLN A 399 ? TYR A 397 GLN A 399 5 ? 3 HELX_P HELX_P17 17 LYS A 400 ? LYS A 410 ? LYS A 400 LYS A 410 1 ? 11 HELX_P HELX_P18 18 SER A 467 ? GLY A 472 ? SER A 467 GLY A 472 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 19 ARG A 490 ? LEU A 492 ? ARG A 490 LEU A 492 5 ? 3 HELX_P HELX_P20 20 THR A 504 ? ASP A 506 ? THR A 504 ASP A 506 5 ? 3 HELX_P HELX_P21 21 THR B 104 ? GLY B 110 ? THR B 104 GLY B 110 1 ? 7 HELX_P HELX_P22 22 LEU B 126 ? ARG B 131 ? LEU B 126 ARG B 131 1 ? 6 HELX_P HELX_P23 23 ASP B 158 ? LYS B 166 ? ASP B 158 LYS B 166 1 ? 9 HELX_P HELX_P24 24 THR B 205 ? LEU B 211 ? THR B 205 LEU B 211 1 ? 7 HELX_P HELX_P25 25 VAL B 231 ? SER B 243 ? VAL B 231 SER B 243 1 ? 13 HELX_P HELX_P26 26 LEU B 246 ? ILE B 253 ? LEU B 246 ILE B 253 1 ? 8 HELX_P HELX_P27 27 ILE B 253 ? GLU B 259 ? ILE B 253 GLU B 259 1 ? 7 HELX_P HELX_P28 28 PHE B 262 ? SER B 266 ? PHE B 262 SER B 266 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 29 SER B 281 ? SER B 294 ? SER B 281 SER B 294 1 ? 14 HELX_P HELX_P30 30 ASN B 324 ? LEU B 329 ? ASN B 324 LEU B 329 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 31 LEU B 329 ? GLY B 336 ? LEU B 329 GLY B 336 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 32 PRO B 355 ? LYS B 367 ? PRO B 355 LYS B 367 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 33 GLU B 377 ? VAL B 381 ? GLU B 377 VAL B 381 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 34 LEU B 385 ? PHE B 393 ? LEU B 385 PHE B 393 5 ? 9 HELX_P HELX_P35 35 TYR B 397 ? GLN B 399 ? TYR B 397 GLN B 399 5 ? 3 HELX_P HELX_P36 36 LYS B 400 ? LYS B 410 ? LYS B 400 LYS B 410 1 ? 11 HELX_P HELX_P37 37 SER B 467 ? GLY B 472 ? SER B 467 GLY B 472 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 38 ARG B 490 ? LEU B 492 ? ARG B 490 LEU B 492 5 ? 3 HELX_P HELX_P39 39 THR B 504 ? ASP B 506 ? THR B 504 ASP B 506 5 ? 3 HELX_P HELX_P40 40 THR C 104 ? GLY C 110 ? THR C 104 GLY C 110 1 ? 7 HELX_P HELX_P41 41 LEU C 126 ? ARG C 131 ? LEU C 126 ARG C 131 1 ? 6 HELX_P HELX_P42 42 ASP C 158 ? LYS C 166 ? ASP C 158 LYS C 166 1 ? 9 HELX_P HELX_P43 43 THR C 205 ? LEU C 211 ? THR C 205 LEU C 211 1 ? 7 HELX_P HELX_P44 44 VAL C 231 ? SER C 243 ? VAL C 231 SER C 243 1 ? 13 HELX_P HELX_P45 45 LEU C 246 ? ILE C 253 ? LEU C 246 ILE C 253 1 ? 8 HELX_P HELX_P46 46 ILE C 253 ? GLU C 259 ? ILE C 253 GLU C 259 1 ? 7 HELX_P HELX_P47 47 PHE C 262 ? SER C 266 ? 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