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'Embo J.' 23 1234 1244 2004 EMJODG UK 0261-4189 0897 ? 15014443 10.1038/sj.emboj.7600147 1 'Identification of an archaeal 2-hydroxy acid dehydrogenase catalysing reactions involved in coenzyme biosynthesis in methanoarchaea' J.Bacteriol. 182 3688 3692 2000 JOBAAY US 0021-9193 0767 ? ? 10.1128/JB.182.13.3688-3692.2000 2 ;The first examples of (S)-2-hydroxyacid dehydrogenases catalyzing the transfer of the pro-4S hydrogen of NADH are found in the archaea ; Biochim.Biophys.Acta 1548 169 173 2001 BBACAQ NE 0006-3002 0113 ? ? '10.1016/S0167-4838(01)00220-5' # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Irimia, A.' 1 primary 'Madern, D.' 2 primary 'Vellieux, F.M.D.' 3 1 'GRAUPNER, M.' 4 1 'XU, H.' 5 1 'WHITE, R.H.' 6 2 'GRAUPNER, M.' 7 2 'WHITE, R.H.' 8 # _cell.entry_id 1RFM _cell.length_a 81.001 _cell.length_b 203.820 _cell.length_c 100.177 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 112.05 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? _cell.length_c_esd ? _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma_esd ? # _symmetry.entry_id 1RFM _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'L-sulfolactate dehydrogenase' 37831.434 8 1.1.1.272 ? 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D ALA 127 D MSE 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale56 covale ? ? D MSE 128 C ? ? ? 1_555 D ASN 129 N ? ? D MSE 128 D ASN 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale57 covale ? ? D ASP 131 C ? ? ? 1_555 D MSE 132 N ? ? D ASP 131 D MSE 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale58 covale ? ? D MSE 132 C ? ? ? 1_555 D ILE 133 N ? ? D MSE 132 D ILE 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale59 covale ? ? D ALA 143 C ? ? ? 1_555 D MSE 144 N ? ? D ALA 143 D MSE 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale60 covale ? ? D MSE 144 C ? ? ? 1_555 D ALA 145 N ? ? D MSE 144 D ALA 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale61 covale ? ? D ASP 173 C ? ? ? 1_555 D MSE 174 N ? ? D ASP 173 D MSE 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale62 covale ? ? D MSE 174 C ? ? ? 1_555 D ALA 175 N ? ? D MSE 174 D ALA 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale63 covale ? ? D GLU 234 C ? ? ? 1_555 D MSE 235 N ? ? D GLU 234 D MSE 235 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale64 covale ? ? D MSE 235 C ? ? ? 1_555 D LEU 236 N ? ? 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MET SELENOMETHIONINE 13 B MSE 132 B MSE 132 ? MET SELENOMETHIONINE 14 B MSE 144 B MSE 144 ? MET SELENOMETHIONINE 15 B MSE 174 B MSE 174 ? MET SELENOMETHIONINE 16 B MSE 235 B MSE 235 ? MET SELENOMETHIONINE 17 B MSE 273 B MSE 273 ? MET SELENOMETHIONINE 18 B MSE 312 B MSE 312 ? MET SELENOMETHIONINE 19 C MSE 1 C MSE 1 ? MET SELENOMETHIONINE 20 C MSE 94 C MSE 94 ? MET SELENOMETHIONINE 21 C MSE 128 C MSE 128 ? MET SELENOMETHIONINE 22 C MSE 132 C MSE 132 ? MET SELENOMETHIONINE 23 C MSE 144 C MSE 144 ? MET SELENOMETHIONINE 24 C MSE 174 C MSE 174 ? MET SELENOMETHIONINE 25 C MSE 235 C MSE 235 ? MET SELENOMETHIONINE 26 C MSE 273 C MSE 273 ? MET SELENOMETHIONINE 27 C MSE 312 C MSE 312 ? MET SELENOMETHIONINE 28 D MSE 1 D MSE 1 ? MET SELENOMETHIONINE 29 D MSE 94 D MSE 94 ? MET SELENOMETHIONINE 30 D MSE 128 D MSE 128 ? MET SELENOMETHIONINE 31 D MSE 132 D MSE 132 ? MET SELENOMETHIONINE 32 D MSE 144 D MSE 144 ? MET SELENOMETHIONINE 33 D MSE 174 D MSE 174 ? MET SELENOMETHIONINE 34 D MSE 235 D MSE 235 ? 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MET SELENOMETHIONINE 57 G MSE 128 G MSE 128 ? MET SELENOMETHIONINE 58 G MSE 132 G MSE 132 ? MET SELENOMETHIONINE 59 G MSE 144 G MSE 144 ? MET SELENOMETHIONINE 60 G MSE 174 G MSE 174 ? MET SELENOMETHIONINE 61 G MSE 235 G MSE 235 ? MET SELENOMETHIONINE 62 G MSE 273 G MSE 273 ? MET SELENOMETHIONINE 63 G MSE 312 G MSE 312 ? MET SELENOMETHIONINE 64 H MSE 1 H MSE 1 ? MET SELENOMETHIONINE 65 H MSE 94 H MSE 94 ? MET SELENOMETHIONINE 66 H MSE 128 H MSE 128 ? MET SELENOMETHIONINE 67 H MSE 132 H MSE 132 ? MET SELENOMETHIONINE 68 H MSE 144 H MSE 144 ? MET SELENOMETHIONINE 69 H MSE 174 H MSE 174 ? MET SELENOMETHIONINE 70 H MSE 235 H MSE 235 ? MET SELENOMETHIONINE 71 H MSE 273 H MSE 273 ? MET SELENOMETHIONINE 72 H MSE 312 H MSE 312 ? MET SELENOMETHIONINE # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 2 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 3 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 4 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 G,H,O,P,W,X 2 1 A,B,I,J,Q,R 3 1 E,F,M,N,U,V 4 1 C,D,K,L,S,T # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 8820 ? 1 MORE -72 ? 1 'SSA (A^2)' 25920 ? 2 'ABSA (A^2)' 8930 ? 2 MORE -70 ? 2 'SSA (A^2)' 25710 ? 3 'ABSA (A^2)' 8890 ? 3 MORE -73 ? 3 'SSA (A^2)' 26040 ? 4 'ABSA (A^2)' 8870 ? 4 MORE -71 ? 4 'SSA (A^2)' 25720 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2004-03-16 2 'Structure model' 1 1 2009-12-15 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? 2 2 'Structure model' repository Obsolete ? # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal CNS refinement 1.1 ? 1 MAR 'data reduction' . ? 2 XDS 'data scaling' . ? 3 SHAKE-N-BAKE phasing . ? 4 MLPHARE phasing . ? 5 # _pdbx_database_remark.id 300 _pdbx_database_remark.text ;BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). PLEASE NOTE THAT ROOM TEMPERATURE GEL-FILTERATION, ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION AND SMALL ANGLE NEUTRON DIFFRACTION (THE LATTER ALSO AT 56 DEGREES C) ALL INDICATE THE PRESENCE OF A HOMO-DIMER. HOWEVER, SINCE THE PHYSIOLOGICAL TEMPERATURE OF THE SOURCE ORGANISM FOR THIS PROTEIN IS 85 DEGREE C, THE BIOLOGICAL UNIT FOR THIS PROTEIN MAY BE A HIGHER OLIGOMERIC COMPLEX. ; # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 OD1 A ASP 201 ? ? O A ASP 203 ? ? 1.81 2 1 O H HOH 5072 ? ? O H HOH 5476 ? ? 1.95 3 1 N G GLY 222 ? ? O G HOH 5443 ? ? 1.97 4 1 NH1 G ARG 48 ? ? 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O H HOH 5453 ? ? 2.19 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CB B MSE 1 ? ? 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