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UNP P13981 MET 239 'MODIFIED RESIDUE' 240 39 3 1RXX MSE C 280 ? UNP P13981 MET 276 'MODIFIED RESIDUE' 277 40 3 1RXX MSE C 319 ? UNP P13981 MET 315 'MODIFIED RESIDUE' 316 41 3 1RXX MSE C 410 ? UNP P13981 MET 406 'MODIFIED RESIDUE' 407 42 4 1RXX GLY D 1 ? UNP P13981 ? ? 'CLONING ARTIFACT' -2 43 4 1RXX SER D 2 ? UNP P13981 ? ? 'CLONING ARTIFACT' -1 44 4 1RXX HIS D 3 ? UNP P13981 ? ? 'CLONING ARTIFACT' 0 45 4 1RXX MSE D 4 ? UNP P13981 ? ? 'CLONING ARTIFACT' 1 46 4 1RXX MSE D 24 ? UNP P13981 MET 20 'MODIFIED RESIDUE' 21 47 4 1RXX MSE D 65 ? UNP P13981 MET 61 'MODIFIED RESIDUE' 62 48 4 1RXX MSE D 75 ? UNP P13981 MET 71 'MODIFIED RESIDUE' 72 49 4 1RXX MSE D 146 ? UNP P13981 MET 142 'MODIFIED RESIDUE' 143 50 4 1RXX MSE D 183 ? UNP P13981 MET 179 'MODIFIED RESIDUE' 180 51 4 1RXX MSE D 232 ? UNP P13981 MET 228 'MODIFIED RESIDUE' 229 52 4 1RXX MSE D 243 ? UNP P13981 MET 239 'MODIFIED RESIDUE' 240 53 4 1RXX MSE D 280 ? UNP P13981 MET 276 'MODIFIED RESIDUE' 277 54 4 1RXX MSE D 319 ? UNP P13981 MET 315 'MODIFIED RESIDUE' 316 55 4 1RXX MSE D 410 ? UNP P13981 MET 406 'MODIFIED RESIDUE' 407 56 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MSE 'L-peptide linking' n SELENOMETHIONINE ? 'C5 H11 N O2 Se' 196.106 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 1RXX _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_percent_sol 53.09 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.62 # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 298.0 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.6 _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;33% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 6% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), and 4% acetone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K ; _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 4' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2003-06-30 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'Si(111) double crystal system' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol MAD _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # loop_ _diffrn_radiation_wavelength.id _diffrn_radiation_wavelength.wavelength _diffrn_radiation_wavelength.wt 1 0.98400 1.0 2 0.96788 1.0 3 0.97925 1.0 4 0.97939 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'APS BEAMLINE 17-ID' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site APS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 17-ID _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list '0.98400, 0.96788, 0.97925, 0.97939' # _reflns.entry_id 1RXX _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.d_resolution_high 2.45 _reflns.d_resolution_low 20 _reflns.number_all ? _reflns.number_obs 74771 _reflns.percent_possible_obs 99.9 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.096 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 14.0 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy ? _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # _reflns_shell.d_res_high 2.45 _reflns_shell.d_res_low 2.55 _reflns_shell.percent_possible_all 100 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.416 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs ? _reflns_shell.pdbx_redundancy ? _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.entry_id 1RXX _refine.ls_d_res_high 2.45 _refine.ls_d_res_low 20 _refine.pdbx_ls_sigma_F 0 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.ls_number_reflns_all 74771 _refine.ls_number_reflns_obs 74675 _refine.ls_number_reflns_R_free 3802 _refine.ls_percent_reflns_obs 99.9 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.198 _refine.ls_R_factor_R_free 0.264 _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct MAD _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.pdbx_R_Free_selection_details random _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'Engh & Huber' _refine.solvent_model_details ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used ? _refine_ls_shell.d_res_high 2.45 _refine_ls_shell.d_res_low 2.47 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.281 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.344 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 73 _refine_ls_shell.number_reflns_obs 1380 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.R_factor_all ? # _struct.entry_id 1RXX _struct.title 'Structure of arginine deiminase' _struct.pdbx_descriptor 'Arginine deiminase (E.C.3.5.3.6)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1RXX _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE _struct_keywords.text ;arginine degradation pathway, L-arginine deiminase, catalytic mechanism, Structure 2 Function Project, S2F, Structural Genomics, HYDROLASE ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? # loop_ _struct_biol.id _struct_biol.details _struct_biol.pdbx_parent_biol_id 1 ;The biological assembly is a tetramer generated from the molecules A and B in the asymmetric unit by the operations: Y, X, -Z ; ? 2 ;The biological assembly is a tetramer generated from the molecules C and D in the asymmetric unit by the operations: -Y, -X, -Z+1/2 ; ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLY A 29 ? ARG A 34 ? GLY A 26 ARG A 31 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 2 CYS A 40 ? LEU A 44 ? CYS A 37 LEU A 41 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 3 TRP A 50 ? GLU A 67 ? TRP A 47 GLU A 64 1 ? 18 HELX_P HELX_P4 4 MSE A 75 ? ILE A 83 ? MSE A 72 ILE A 80 1 ? 9 HELX_P HELX_P5 5 ASN A 85 ? ILE A 97 ? ASN A 82 ILE A 94 1 ? 13 HELX_P HELX_P6 6 THR A 98 ? GLY A 103 ? THR A 95 GLY A 100 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 7 LEU A 106 ? SER A 116 ? LEU A 103 SER A 113 1 ? 11 HELX_P HELX_P8 8 GLU A 118 ? GLY A 129 ? GLU A 115 GLY A 126 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 9 ASP A 133 ? LEU A 135 ? ASP A 130 LEU A 132 5 ? 3 HELX_P HELX_P10 10 SER A 138 ? LEU A 151 ? SER A 135 LEU A 148 1 ? 14 HELX_P HELX_P11 11 LEU A 161 ? PHE A 166 ? LEU A 158 PHE A 163 5 ? 6 HELX_P HELX_P12 12 TRP A 185 ? ALA A 187 ? TRP A 182 ALA A 184 5 ? 3 HELX_P HELX_P13 13 ARG A 188 ? HIS A 202 ? ARG A 185 HIS A 199 1 ? 15 HELX_P HELX_P14 14 HIS A 202 ? ASN A 207 ? HIS A 199 ASN A 204 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 15 GLU A 227 ? GLY A 229 ? 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A MSE 180 A TYR 181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? covale11 covale ? ? A VAL 231 C ? ? ? 1_555 A MSE 232 N ? ? A VAL 228 A MSE 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale12 covale ? ? A MSE 232 C ? ? ? 1_555 A PRO 233 N ? ? A MSE 229 A PRO 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale13 covale ? ? A GLY 242 C ? ? ? 1_555 A MSE 243 N ? ? A GLY 239 A MSE 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale14 covale ? ? A MSE 243 C ? ? ? 1_555 A GLY 244 N ? ? A MSE 240 A GLY 241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale15 covale ? ? A ALA 279 C ? ? ? 1_555 A MSE 280 N ? ? A ALA 276 A MSE 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale16 covale ? ? A MSE 280 C ? ? ? 1_555 A HIS 281 N ? ? A MSE 277 A HIS 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? covale17 covale ? ? A GLY 318 C ? ? ? 1_555 A MSE 319 N ? ? A GLY 315 A MSE 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale18 covale ? ? A MSE 319 C ? ? ? 1_555 A ASN 320 N ? ? A MSE 316 A ASN 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale19 covale ? ? A CYS 409 C ? ? ? 1_555 A MSE 410 N ? ? 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D . n # _pdbx_SG_project.id 1 _pdbx_SG_project.project_name ? _pdbx_SG_project.full_name_of_center 'Structure 2 Function Project' _pdbx_SG_project.initial_of_center S2F # loop_ _pdbx_struct_mod_residue.id _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.PDB_ins_code _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.details 1 A MSE 24 A MSE 21 ? MET SELENOMETHIONINE 2 A MSE 65 A MSE 62 ? MET SELENOMETHIONINE 3 A MSE 75 A MSE 72 ? MET SELENOMETHIONINE 4 A MSE 146 A MSE 143 ? MET SELENOMETHIONINE 5 A MSE 183 A MSE 180 ? MET SELENOMETHIONINE 6 A MSE 232 A MSE 229 ? MET SELENOMETHIONINE 7 A MSE 243 A MSE 240 ? MET SELENOMETHIONINE 8 A MSE 280 A MSE 277 ? MET SELENOMETHIONINE 9 A MSE 319 A MSE 316 ? MET SELENOMETHIONINE 10 A MSE 410 A MSE 407 ? MET SELENOMETHIONINE 11 B MSE 24 B MSE 21 ? MET SELENOMETHIONINE 12 B MSE 65 B MSE 62 ? MET SELENOMETHIONINE 13 B MSE 75 B MSE 72 ? MET SELENOMETHIONINE 14 B MSE 146 B MSE 143 ? MET SELENOMETHIONINE 15 B MSE 183 B MSE 180 ? MET SELENOMETHIONINE 16 B MSE 232 B MSE 229 ? MET SELENOMETHIONINE 17 B MSE 243 B MSE 240 ? MET SELENOMETHIONINE 18 B MSE 280 B MSE 277 ? MET SELENOMETHIONINE 19 B MSE 319 B MSE 316 ? MET SELENOMETHIONINE 20 B MSE 410 B MSE 407 ? MET SELENOMETHIONINE 21 C MSE 24 C MSE 21 ? MET SELENOMETHIONINE 22 C MSE 65 C MSE 62 ? MET SELENOMETHIONINE 23 C MSE 75 C MSE 72 ? MET SELENOMETHIONINE 24 C MSE 146 C MSE 143 ? MET SELENOMETHIONINE 25 C MSE 183 C MSE 180 ? MET SELENOMETHIONINE 26 C MSE 232 C MSE 229 ? MET SELENOMETHIONINE 27 C MSE 243 C MSE 240 ? MET SELENOMETHIONINE 28 C MSE 280 C MSE 277 ? MET SELENOMETHIONINE 29 C MSE 319 C MSE 316 ? MET SELENOMETHIONINE 30 C MSE 410 C MSE 407 ? MET SELENOMETHIONINE 31 D MSE 24 D MSE 21 ? MET SELENOMETHIONINE 32 D MSE 65 D MSE 62 ? 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