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THE STRUCTURES WERE CALCULATED BY USING RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS WITH EXPLICIT SOLVENT, AND APPLYING THE PARTICLE MESH EWALD METHOD ; _pdbx_nmr_refine.software_ordinal 1 # _pdbx_nmr_ensemble.entry_id 1SSJ _pdbx_nmr_ensemble.conformers_calculated_total_number 10 _pdbx_nmr_ensemble.conformers_submitted_total_number 10 _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria 'all calculated structures submitted' _pdbx_nmr_ensemble.average_constraints_per_residue ? _pdbx_nmr_ensemble.average_constraint_violations_per_residue ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.average_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_upper_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_lower_distance_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.distance_constraint_violation_method ? _pdbx_nmr_ensemble.maximum_torsion_angle_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.average_torsion_angle_constraint_violation ? _pdbx_nmr_ensemble.torsion_angle_constraint_violation_method ? # _pdbx_nmr_representative.entry_id 1SSJ _pdbx_nmr_representative.conformer_id 3 _pdbx_nmr_representative.selection_criteria 'lowest energy' # loop_ _pdbx_nmr_software.name _pdbx_nmr_software.version _pdbx_nmr_software.classification _pdbx_nmr_software.authors _pdbx_nmr_software.ordinal DYANA 5.1 'structure solution' 'Gunter P., et al.' 1 MARDIGRAS 5.2 'iterative matrix relaxation' 'James, T.L., et al.' 2 AMBER 5.0 refinement 'Kollman P., et al.' 3 XWINNMR 1.3 collection BRUKER 4 XEASY 1.0 'data analysis' 'Bartels, et al.' 5 # _exptl.entry_id 1SSJ _exptl.method 'SOLUTION NMR' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.density_Matthews ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _struct.entry_id 1SSJ _struct.title 'A DNA DUPLEX CONTAINING A CHOLESTEROL ADDUCT (BETA-ANOMER)' _struct.pdbx_descriptor "5'-D(*CP*CP*AP*CP*(HOB)P*GP*GP*AP*AP*C)-3'/5'-D(GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*G)-3'" _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1SSJ _struct_keywords.pdbx_keywords DNA _struct_keywords.text 'DOUBLE HELIX, MODIFIED DNA, CHOLESTEROL ADDUCT, DNA LESION, DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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N6 A DA 9 ? ? 114.69 118.60 -3.91 0.60 N 128 5 "O4'" A DC 10 ? ? "C1'" A DC 10 ? ? N1 A DC 10 ? ? 112.00 108.30 3.70 0.30 N 129 5 "O4'" B DG 11 ? ? "C1'" B DG 11 ? ? N9 B DG 11 ? ? 113.34 108.30 5.04 0.30 N 130 5 "O4'" B DT 12 ? ? "C4'" B DT 12 ? ? "C3'" B DT 12 ? ? 110.87 106.00 4.87 0.60 N 131 5 C6 B DT 12 ? ? C5 B DT 12 ? ? C7 B DT 12 ? ? 117.88 122.90 -5.02 0.60 N 132 5 C6 B DT 13 ? ? C5 B DT 13 ? ? C7 B DT 13 ? ? 117.85 122.90 -5.05 0.60 N 133 5 "O4'" B DC 14 ? ? "C1'" B DC 14 ? ? N1 B DC 14 ? ? 110.25 108.30 1.95 0.30 N 134 5 N3 B DC 14 ? ? C2 B DC 14 ? ? O2 B DC 14 ? ? 117.31 121.90 -4.59 0.70 N 135 5 N3 B DC 15 ? ? C2 B DC 15 ? ? O2 B DC 15 ? ? 117.63 121.90 -4.27 0.70 N 136 5 "C4'" B DG 17 ? ? "C3'" B DG 17 ? ? "C2'" B DG 17 ? ? 97.93 102.20 -4.27 0.70 N 137 5 "O4'" B DT 18 ? ? "C1'" B DT 18 ? ? "C2'" B DT 18 ? ? 100.09 105.90 -5.81 0.80 N 138 5 C6 B DT 18 ? ? C5 B DT 18 ? ? C7 B DT 18 ? ? 117.10 122.90 -5.80 0.60 N 139 5 "O4'" B DG 19 ? ? "C1'" B DG 19 ? ? N9 B DG 19 ? ? 113.87 108.30 5.57 0.30 N 140 6 N3 A DC 1 ? ? C2 A DC 1 ? ? O2 A DC 1 ? ? 117.17 121.90 -4.73 0.70 N 141 6 N3 A DC 2 ? ? C2 A DC 2 ? ? O2 A DC 2 ? ? 116.70 121.90 -5.20 0.70 N 142 6 C4 A DA 3 ? ? C5 A DA 3 ? ? C6 A DA 3 ? ? 112.76 117.00 -4.24 0.50 N 143 6 C5 A DA 3 ? ? C6 A DA 3 ? ? N1 A DA 3 ? ? 121.19 117.70 3.49 0.50 N 144 6 N1 A DA 3 ? ? C6 A DA 3 ? ? N6 A DA 3 ? ? 112.29 118.60 -6.31 0.60 N 145 6 "O4'" A DC 4 ? ? "C1'" A DC 4 ? ? "C2'" A DC 4 ? ? 100.44 105.90 -5.46 0.80 N 146 6 "O4'" A DC 4 ? ? "C1'" A DC 4 ? ? N1 A DC 4 ? ? 114.91 108.30 6.61 0.30 N 147 6 N3 A DC 4 ? ? C2 A DC 4 ? ? O2 A DC 4 ? ? 116.89 121.90 -5.01 0.70 N 148 6 C4 A DA 8 ? ? C5 A DA 8 ? ? C6 A DA 8 ? ? 113.69 117.00 -3.31 0.50 N 149 6 C5 A DA 8 ? ? C6 A DA 8 ? ? N1 A DA 8 ? ? 120.84 117.70 3.14 0.50 N 150 6 N1 A DA 8 ? ? C6 A DA 8 ? ? N6 A DA 8 ? ? 113.53 118.60 -5.07 0.60 N 151 6 C4 A DA 9 ? ? C5 A DA 9 ? ? C6 A DA 9 ? ? 113.60 117.00 -3.40 0.50 N 152 6 C5 A DA 9 ? ? C6 A DA 9 ? ? N1 A DA 9 ? ? 121.64 117.70 3.94 0.50 N 153 6 "O4'" A DC 10 ? ? "C1'" A DC 10 ? ? N1 A DC 10 ? ? 113.43 108.30 5.13 0.30 N 154 6 "O4'" B DG 11 ? ? "C1'" B DG 11 ? ? N9 B DG 11 ? ? 113.49 108.30 5.19 0.30 N 155 6 "O4'" B DT 12 ? ? "C4'" B DT 12 ? ? "C3'" B DT 12 ? ? 110.49 106.00 4.49 0.60 N 156 6 C6 B DT 12 ? ? C5 B DT 12 ? ? C7 B DT 12 ? ? 117.22 122.90 -5.68 0.60 N 157 6 C6 B DT 13 ? ? C5 B DT 13 ? ? C7 B DT 13 ? ? 118.61 122.90 -4.29 0.60 N 158 6 N3 B DC 15 ? ? C2 B DC 15 ? ? O2 B DC 15 ? ? 117.51 121.90 -4.39 0.70 N 159 6 "O4'" B DT 18 ? ? "C1'" B DT 18 ? ? "C2'" B DT 18 ? ? 100.24 105.90 -5.66 0.80 N 160 6 C4 B DT 18 ? ? C5 B DT 18 ? ? C7 B DT 18 ? ? 123.13 119.00 4.13 0.60 N 161 6 C6 B DT 18 ? ? C5 B DT 18 ? ? C7 B DT 18 ? ? 115.60 122.90 -7.30 0.60 N 162 6 "O4'" B DG 19 ? ? "C1'" B DG 19 ? ? N9 B DG 19 ? ? 112.04 108.30 3.74 0.30 N 163 7 N3 A DC 1 ? ? C2 A DC 1 ? ? O2 A DC 1 ? ? 116.21 121.90 -5.69 0.70 N 164 7 N3 A DC 2 ? ? C2 A DC 2 ? ? O2 A DC 2 ? ? 117.18 121.90 -4.72 0.70 N 165 7 "C3'" A DC 2 ? ? "O3'" A DC 2 ? ? P A DA 3 ? ? 126.97 119.70 7.27 1.20 Y 166 7 C4 A DA 3 ? ? C5 A DA 3 ? ? C6 A DA 3 ? ? 112.29 117.00 -4.71 0.50 N 167 7 C5 A DA 3 ? ? C6 A DA 3 ? ? N1 A DA 3 ? ? 121.31 117.70 3.61 0.50 N 168 7 C6 A DA 3 ? ? C5 A DA 3 ? ? N7 A DA 3 ? ? 136.90 132.30 4.60 0.70 N 169 7 N1 A DA 3 ? ? C6 A DA 3 ? ? N6 A DA 3 ? ? 112.57 118.60 -6.03 0.60 N 170 7 "O4'" A DC 4 ? ? "C1'" A DC 4 ? ? N1 A DC 4 ? ? 116.17 108.30 7.87 0.30 N 171 7 N3 A DC 4 ? ? C2 A DC 4 ? ? O2 A DC 4 ? ? 117.48 121.90 -4.42 0.70 N 172 7 "O4'" A DG 6 ? ? "C4'" A DG 6 ? ? "C3'" A DG 6 ? ? 110.13 106.00 4.13 0.60 N 173 7 C4 A DA 8 ? ? C5 A DA 8 ? ? C6 A DA 8 ? ? 113.87 117.00 -3.13 0.50 N 174 7 C5 A DA 8 ? ? C6 A DA 8 ? ? N1 A DA 8 ? ? 120.80 117.70 3.10 0.50 N 175 7 N1 A DA 8 ? ? C6 A DA 8 ? ? N6 A DA 8 ? ? 113.47 118.60 -5.13 0.60 N 176 7 C4 A DA 9 ? ? C5 A DA 9 ? ? C6 A DA 9 ? ? 112.83 117.00 -4.17 0.50 N 177 7 C5 A DA 9 ? ? C6 A DA 9 ? ? N1 A DA 9 ? ? 121.25 117.70 3.55 0.50 N 178 7 N1 A DA 9 ? ? C6 A DA 9 ? ? N6 A DA 9 ? ? 113.89 118.60 -4.71 0.60 N 179 7 "O4'" A DC 10 ? ? "C1'" A DC 10 ? ? N1 A DC 10 ? ? 112.04 108.30 3.74 0.30 N 180 7 N3 A DC 10 ? ? C4 A DC 10 ? ? N4 A DC 10 ? ? 113.51 118.00 -4.49 0.70 N 181 7 "O4'" B DG 11 ? ? "C1'" B DG 11 ? ? N9 B DG 11 ? ? 112.13 108.30 3.83 0.30 N 182 7 "O4'" B DT 12 ? ? "C4'" B DT 12 ? ? "C3'" B DT 12 ? ? 109.99 106.00 3.99 0.60 N 183 7 "O4'" B DT 12 ? ? "C1'" B DT 12 ? ? N1 B DT 12 ? ? 111.29 108.30 2.99 0.30 N 184 7 C6 B DT 12 ? ? C5 B DT 12 ? ? C7 B DT 12 ? ? 117.79 122.90 -5.11 0.60 N 185 7 C6 B DT 13 ? ? C5 B DT 13 ? ? C7 B DT 13 ? ? 117.82 122.90 -5.08 0.60 N 186 7 N3 B DC 14 ? ? C2 B DC 14 ? ? O2 B DC 14 ? ? 117.19 121.90 -4.71 0.70 N 187 7 N3 B DC 15 ? ? C2 B DC 15 ? ? O2 B DC 15 ? ? 117.45 121.90 -4.45 0.70 N 188 7 "C4'" B DG 17 ? ? "C3'" B DG 17 ? ? "C2'" B DG 17 ? ? 97.77 102.20 -4.43 0.70 N 189 7 "O4'" B DT 18 ? ? "C1'" B DT 18 ? ? "C2'" B DT 18 ? ? 99.84 105.90 -6.06 0.80 N 190 7 C6 B DT 18 ? ? C5 B DT 18 ? ? C7 B DT 18 ? ? 117.14 122.90 -5.76 0.60 N 191 7 "O4'" B DG 19 ? ? "C1'" B DG 19 ? ? N9 B DG 19 ? ? 113.11 108.30 4.81 0.30 N 192 8 "O4'" A DC 1 ? ? "C1'" A DC 1 ? ? N1 A DC 1 ? ? 111.13 108.30 2.83 0.30 N 193 8 N3 A DC 1 ? ? C2 A DC 1 ? ? O2 A DC 1 ? ? 117.46 121.90 -4.44 0.70 N 194 8 N3 A DC 2 ? ? C2 A DC 2 ? ? O2 A DC 2 ? ? 117.37 121.90 -4.53 0.70 N 195 8 C4 A DA 3 ? ? C5 A DA 3 ? ? C6 A DA 3 ? ? 112.96 117.00 -4.04 0.50 N 196 8 N1 A DA 3 ? ? C6 A DA 3 ? ? N6 A DA 3 ? ? 112.60 118.60 -6.00 0.60 N 197 8 "O4'" A DC 4 ? ? "C1'" A DC 4 ? ? "C2'" A DC 4 ? ? 100.83 105.90 -5.07 0.80 N 198 8 "O4'" A DC 4 ? ? "C1'" A DC 4 ? ? N1 A DC 4 ? ? 115.32 108.30 7.02 0.30 N 199 8 N3 A DC 4 ? ? C2 A DC 4 ? ? O2 A DC 4 ? ? 116.69 121.90 -5.21 0.70 N 200 8 C4 A DA 8 ? ? C5 A DA 8 ? ? C6 A DA 8 ? ? 113.68 117.00 -3.32 0.50 N 201 8 C5 A DA 8 ? ? C6 A DA 8 ? ? N1 A DA 8 ? ? 121.15 117.70 3.45 0.50 N 202 8 N1 A DA 8 ? ? C6 A DA 8 ? ? N6 A DA 8 ? ? 113.75 118.60 -4.85 0.60 N 203 8 "O4'" A DA 9 ? ? "C1'" A DA 9 ? ? N9 A DA 9 ? ? 110.36 108.30 2.06 0.30 N 204 8 C4 A DA 9 ? ? C5 A DA 9 ? ? C6 A DA 9 ? ? 113.53 117.00 -3.47 0.50 N 205 8 C5 A DA 9 ? ? C6 A DA 9 ? ? N1 A DA 9 ? ? 121.67 117.70 3.97 0.50 N 206 8 N1 A DA 9 ? ? C6 A DA 9 ? ? N6 A DA 9 ? ? 114.21 118.60 -4.39 0.60 N 207 8 "O4'" A DC 10 ? ? "C1'" A DC 10 ? ? N1 A DC 10 ? ? 111.85 108.30 3.55 0.30 N 208 8 "O4'" B DG 11 ? ? "C1'" B DG 11 ? ? N9 B DG 11 ? ? 111.90 108.30 3.60 0.30 N 209 8 "C4'" B DT 12 ? ? "C3'" B DT 12 ? ? "C2'" B DT 12 ? ? 97.99 102.20 -4.21 0.70 N 210 8 "O4'" B DT 12 ? ? "C1'" B DT 12 ? ? N1 B DT 12 ? ? 111.41 108.30 3.11 0.30 N 211 8 C6 B DT 12 ? ? C5 B DT 12 ? ? C7 B DT 12 ? ? 117.61 122.90 -5.29 0.60 N 212 8 C6 B DT 13 ? ? C5 B DT 13 ? ? C7 B DT 13 ? ? 118.10 122.90 -4.80 0.60 N 213 8 N3 B DC 14 ? ? C2 B DC 14 ? ? O2 B DC 14 ? ? 117.42 121.90 -4.48 0.70 N 214 8 N3 B DC 15 ? ? C2 B DC 15 ? ? 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O2 A DC 4 ? ? 117.59 121.90 -4.31 0.70 N 227 9 "O4'" A DG 6 ? ? "C1'" A DG 6 ? ? N9 A DG 6 ? ? 110.39 108.30 2.09 0.30 N 228 9 C4 A DA 8 ? ? C5 A DA 8 ? ? C6 A DA 8 ? ? 113.26 117.00 -3.74 0.50 N 229 9 C5 A DA 8 ? ? C6 A DA 8 ? ? N1 A DA 8 ? ? 121.23 117.70 3.53 0.50 N 230 9 N1 A DA 8 ? ? C6 A DA 8 ? ? N6 A DA 8 ? ? 112.75 118.60 -5.85 0.60 N 231 9 C4 A DA 9 ? ? C5 A DA 9 ? ? C6 A DA 9 ? ? 113.24 117.00 -3.76 0.50 N 232 9 C5 A DA 9 ? ? C6 A DA 9 ? ? N1 A DA 9 ? ? 121.43 117.70 3.73 0.50 N 233 9 N1 A DA 9 ? ? C6 A DA 9 ? ? N6 A DA 9 ? ? 113.32 118.60 -5.28 0.60 N 234 9 "O4'" A DC 10 ? ? "C1'" A DC 10 ? ? N1 A DC 10 ? ? 112.69 108.30 4.39 0.30 N 235 9 "O4'" B DG 11 ? ? "C4'" B DG 11 ? ? "C3'" B DG 11 ? ? 109.99 106.00 3.99 0.60 N 236 9 "O4'" B DG 11 ? ? "C1'" B DG 11 ? ? N9 B DG 11 ? ? 112.49 108.30 4.19 0.30 N 237 9 "O4'" B DT 12 ? ? "C4'" B DT 12 ? ? "C3'" B DT 12 ? ? 111.15 106.00 5.15 0.60 N 238 9 "O4'" B DT 12 ? ? "C1'" B DT 12 ? ? 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B 12 ? 1 A DA 9 1_555 B DT 2 1_555 A DC 10 1_555 B DG 1 1_555 0.382 -1.640 3.510 -3.360 -1.867 36.125 -2.349 -1.120 3.539 -3.000 5.399 36.322 7 AA_DA9DC10:DG11DT12_BB A 9 ? B 12 ? A 10 ? B 11 ? #