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N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.77 106.40 -2.63 0.40 N 69 4 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.54 113.80 3.74 0.50 N 70 4 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.67 113.10 4.57 0.50 N 71 4 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.83 106.40 -2.57 0.40 N 72 4 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.54 113.80 3.74 0.50 N 73 4 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.56 113.80 3.76 0.50 N 74 5 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.62 113.10 4.52 0.50 N 75 5 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.75 106.40 -2.65 0.40 N 76 5 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.70 113.10 4.60 0.50 N 77 5 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.74 106.40 -2.66 0.40 N 78 5 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.73 113.10 4.63 0.50 N 79 5 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.59 106.40 -2.81 0.40 N 80 5 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.42 113.80 3.62 0.50 N 81 5 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.42 113.80 3.62 0.50 N 82 5 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.44 113.80 3.64 0.50 N 83 5 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.73 113.10 4.63 0.50 N 84 5 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.72 106.40 -2.68 0.40 N 85 5 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.68 113.10 4.58 0.50 N 86 5 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.73 106.40 -2.67 0.40 N 87 5 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.45 113.80 3.65 0.50 N 88 5 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.71 113.10 4.61 0.50 N 89 5 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.74 106.40 -2.66 0.40 N 90 5 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.67 113.80 3.87 0.50 N 91 5 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.50 113.80 3.70 0.50 N 92 6 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.65 113.10 4.55 0.50 N 93 6 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.70 106.40 -2.70 0.40 N 94 6 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.70 113.10 4.60 0.50 N 95 6 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.72 106.40 -2.68 0.40 N 96 6 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.67 113.10 4.57 0.50 N 97 6 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.65 106.40 -2.75 0.40 N 98 6 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.33 113.80 3.53 0.50 N 99 6 C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? C4 A A 12 ? ? 103.29 105.80 -2.51 0.40 N 100 6 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.32 113.80 3.52 0.50 N 101 6 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.49 113.80 3.69 0.50 N 102 6 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.60 113.10 4.50 0.50 N 103 6 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.76 106.40 -2.64 0.40 N 104 6 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.72 113.10 4.62 0.50 N 105 6 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.68 106.40 -2.72 0.40 N 106 6 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.43 113.80 3.63 0.50 N 107 6 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.74 113.10 4.64 0.50 N 108 6 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.70 106.40 -2.70 0.40 N 109 6 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.52 113.80 3.72 0.50 N 110 6 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? N9 A A 22 ? ? 117.56 113.80 3.76 0.50 N 111 7 N7 A G 1 ? ? C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? 117.68 113.10 4.58 0.50 N 112 7 C8 A G 1 ? ? N9 A G 1 ? ? C4 A G 1 ? ? 103.71 106.40 -2.69 0.40 N 113 7 N7 A G 2 ? ? C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? 117.70 113.10 4.60 0.50 N 114 7 C8 A G 2 ? ? N9 A G 2 ? ? C4 A G 2 ? ? 103.81 106.40 -2.59 0.40 N 115 7 N7 A G 10 ? ? C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? 117.79 113.10 4.69 0.50 N 116 7 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.72 106.40 -2.68 0.40 N 117 7 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.49 113.80 3.69 0.50 N 118 7 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.54 113.80 3.74 0.50 N 119 7 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.54 113.80 3.74 0.50 N 120 7 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? 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N9 A G 10 ? ? 117.79 113.10 4.69 0.50 N 134 8 C8 A G 10 ? ? N9 A G 10 ? ? C4 A G 10 ? ? 103.66 106.40 -2.74 0.40 N 135 8 N7 A A 12 ? ? C8 A A 12 ? ? N9 A A 12 ? ? 117.60 113.80 3.80 0.50 N 136 8 N7 A A 14 ? ? C8 A A 14 ? ? N9 A A 14 ? ? 117.45 113.80 3.65 0.50 N 137 8 N7 A A 15 ? ? C8 A A 15 ? ? N9 A A 15 ? ? 117.48 113.80 3.68 0.50 N 138 8 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 117.62 113.10 4.52 0.50 N 139 8 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 103.81 106.40 -2.59 0.40 N 140 8 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 117.66 113.10 4.56 0.50 N 141 8 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 103.77 106.40 -2.63 0.40 N 142 8 N7 A A 18 ? ? C8 A A 18 ? ? N9 A A 18 ? ? 117.53 113.80 3.73 0.50 N 143 8 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 117.75 113.10 4.65 0.50 N 144 8 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 103.82 106.40 -2.58 0.40 N 145 8 N7 A A 21 ? ? C8 A A 21 ? ? N9 A A 21 ? ? 117.61 113.80 3.81 0.50 N 146 8 N7 A A 22 ? ? C8 A A 22 ? ? 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N9 A A 22 ? ? 117.52 113.80 3.72 0.50 N # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 1SYZ 'double helix' 1SYZ 'a-form double helix' 1SYZ 'hairpin loop' 1SYZ 'bulge loop' 1SYZ 'mismatched base pair' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 1 1_555 A C 24 1_555 -0.927 -0.349 -0.320 -3.810 -1.769 -0.332 1 A_G1:C24_A A 1 ? A 24 ? 19 1 1 A G 2 1_555 A C 23 1_555 0.554 -0.167 -0.104 -7.602 -12.176 -3.544 2 A_G2:C23_A A 2 ? A 23 ? 19 1 1 A U 3 1_555 A A 22 1_555 0.785 -0.167 0.208 0.094 -2.685 -2.001 3 A_U3:A22_A A 3 ? A 22 ? 20 1 1 A U 4 1_555 A A 21 1_555 -0.394 -0.015 -0.329 10.832 4.333 6.308 4 A_U4:A21_A A 4 ? A 21 ? 20 1 1 A C 5 1_555 A G 20 1_555 0.644 -0.348 -0.447 6.309 14.720 -3.138 5 A_C5:G20_A A 5 ? A 20 ? 19 1 1 A C 6 1_555 A A 18 1_555 3.675 -1.156 -0.332 -0.347 -0.054 -11.308 6 A_C6:A18_A A 6 ? A 18 ? ? 1 1 A C 7 1_555 A G 17 1_555 -0.194 -0.105 0.005 4.245 -17.718 -1.336 7 A_C7:G17_A A 7 ? A 17 ? 19 1 1 A C 8 1_555 A G 16 1_555 0.465 -0.194 -0.265 1.532 -1.769 1.022 8 A_C8:G16_A A 8 ? A 16 ? 19 1 1 A U 9 1_555 A A 15 1_555 -0.865 -0.155 -1.010 9.984 -11.229 8.150 9 A_U9:A15_A A 9 ? A 15 ? 20 1 1 A G 10 1_555 A A 14 1_555 5.836 -2.582 -1.491 5.466 6.593 7.734 10 A_G10:A14_A A 10 ? A 14 ? 11 9 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 A G 1 1_555 A C 24 1_555 A G 2 1_555 A C 23 1_555 -0.971 -0.544 3.638 -0.604 20.125 41.021 -2.631 1.197 3.078 26.859 0.806 45.504 1 AA_G1G2:C23C24_AA A 1 ? A 24 ? A 2 ? A 23 ? 1 A G 2 1_555 A C 23 1_555 A U 3 1_555 A A 22 1_555 0.322 -0.524 3.797 -1.546 -7.629 33.523 0.515 -0.828 3.803 -13.009 2.636 34.390 2 AA_G2U3:A22C23_AA A 2 ? A 23 ? A 3 ? A 22 ? 1 A U 3 1_555 A A 22 1_555 A U 4 1_555 A A 21 1_555 0.963 -1.506 3.164 1.993 9.903 21.783 -6.455 -1.747 2.342 24.576 -4.946 23.985 3 AA_U3U4:A21A22_AA A 3 ? A 22 ? A 4 ? A 21 ? 1 A U 4 1_555 A A 21 1_555 A C 5 1_555 A G 20 1_555 -0.938 -1.134 3.869 3.258 6.995 35.378 -2.946 2.032 3.492 11.345 -5.283 36.184 4 AA_U4C5:G20A21_AA A 4 ? A 21 ? A 5 ? A 20 ? 1 A C 5 1_555 A G 20 1_555 A C 6 1_555 A A 18 1_555 1.753 -0.463 3.748 9.388 2.262 50.931 -0.712 -1.254 3.968 2.604 -10.805 51.778 5 AA_C5C6:A18G20_AA A 5 ? A 20 ? A 6 ? A 18 ? 1 A C 6 1_555 A A 18 1_555 A C 7 1_555 A G 17 1_555 -0.653 -1.863 2.736 7.933 35.341 15.388 -4.706 1.406 -0.708 66.093 -14.835 39.252 6 AA_C6C7:G17A18_AA A 6 ? A 18 ? A 7 ? A 17 ? 1 A C 7 1_555 A G 17 1_555 A C 8 1_555 A G 16 1_555 0.085 -0.550 4.283 -1.053 -0.545 32.984 -0.847 -0.384 4.287 -0.960 1.853 33.005 7 AA_C7C8:G16G17_AA A 7 ? A 17 ? A 8 ? A 16 ? 1 A C 8 1_555 A G 16 1_555 A U 9 1_555 A A 15 1_555 0.809 -1.445 3.886 3.194 -6.081 20.290 -0.745 -0.527 4.210 -16.658 -8.748 21.410 8 AA_C8U9:A15G16_AA A 8 ? A 16 ? A 9 ? A 15 ? 1 A U 9 1_555 A A 15 1_555 A G 10 1_555 A A 14 1_555 0.650 0.816 4.137 0.349 -1.895 62.723 0.891 -0.605 4.117 -1.820 -0.335 62.749 9 AA_U9G10:A14A15_AA A 9 ? A 15 ? A 10 ? A 14 ? #