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_pdbx_database_related.content_type PDB 1B43 . unspecified PDB 1A76 . unspecified PDB 1AXC . unspecified # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Sakurai, S.' 1 'Kitano, K.' 2 'Yamaguchi, H.' 3 'Hamada, K.' 4 'Okada, K.' 5 'Fukuda, K.' 6 'Uchida, M.' 7 'Ohtsuka, E.' 8 'Morioka, H.' 9 'Hakoshima, T.' 10 # _citation.id primary _citation.title 'Structural basis for recruitment of human flap endonuclease 1 to PCNA' _citation.journal_abbrev 'EMBO J.' _citation.journal_volume 24 _citation.page_first 683 _citation.page_last 693 _citation.year 2005 _citation.journal_id_ASTM EMJODG _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0261-4189 _citation.journal_id_CSD 0897 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 15616578 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/sj.emboj.7600519 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Sakurai, S.' 1 ? primary 'Kitano, K.' 2 ? primary 'Yamaguchi, H.' 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_diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1.00 # _reflns.entry_id 1UL1 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.d_resolution_high 2.9 _reflns.d_resolution_low 50 _reflns.number_all ? _reflns.number_obs 55775 _reflns.percent_possible_obs 85.0 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ? _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate 39.3 _reflns.pdbx_redundancy ? _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 1UL1 _refine.ls_d_res_high 2.9 _refine.ls_d_res_low 30 _refine.pdbx_ls_sigma_F 1.0 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs 55716 _refine.ls_number_reflns_R_free 2821 _refine.ls_percent_reflns_obs ? 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_struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1UL1 _struct_keywords.pdbx_keywords 'HYDROLASE/DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.text ;protein complex, DNA-binding protein, Flap DNA, Flap endonuclease, sliding clamp, DNA clamp, replication, DNA repair, HYDROLASE-DNA BINDING PROTEIN COMPLEX ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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K N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP FEN1_HUMAN P39748 1 ;GIQGLAKLIADVAPSAIRENDIKSYFGRKVAIDASMSIYQFLIAVRQGGDVLQNEEGETTSHLMGMFYRTIRMMENGIKP VYVFDGKPPQLKSGELAKRSERRAEAEKQLQQAQAAGAEQEVEKFTKRLVKVTKQHNDECKHLLSLMGIPYLDAPSEAEA SCAALVKAGKVYAAATEDMDCLTFGSPVLMRHLTASEAKKLPIQEFHLSRILQELGLNQEQFVDLCILLGSDYCESIRGI GPKRAVDLIQKHKSIEEIVRRLDPNKYPVPENWLHKEAHQLFLEPEVLDPESVELKWSEPNEEELIKFMCGEKQFSEERI RSGVKRLSKSRQGSTQGRLDDFFKVTGSLSSAKRKEPEPKGSTKKKAKTGAAGKFKRGK ; 2 ? 2 UNP PCNA_HUMAN P12004 2 ;MFEARLVQGSILKKVLEALKDLINEACWDISSSGVNLQSMDSSHVSLVQLTLRSEGFDTYRCDRNLAMGVNLTSMSKILK CAGNEDIITLRAEDNADTLALVFEAPNQEKVSDYEMKLMDLDVEQLGIPEQEYSCVVKMPSGEFARICRDLSHIGDAVVI SCAKDGVKFSASGELGNGNIKLSQTSNVDKEEEAVTIEMNEPVQLTFALRYLNFFTKATPLSSTVTLSMSADVPLVVEYK IADMGHLKYYLAPKIEDEEGS ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1UL1 X 1 ? 379 ? 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ASP A 11 ? GLY X 5 ASP X 12 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 2 ASP A 21 ? PHE A 26 ? ASP X 22 PHE X 27 5 ? 6 HELX_P HELX_P3 3 ALA A 34 ? ILE A 43 ? ALA X 35 ILE X 44 1 ? 10 HELX_P HELX_P4 4 THR A 60 ? ASN A 76 ? THR X 61 ASN X 77 1 ? 17 HELX_P HELX_P5 5 HIS A 136 ? GLY A 148 ? HIS X 137 GLY X 149 1 ? 13 HELX_P HELX_P6 6 GLU A 157 ? GLY A 169 ? GLU X 158 GLY X 170 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 7 MET A 179 ? PHE A 184 ? MET X 180 PHE X 185 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 8 LEU A 208 ? GLY A 216 ? LEU X 209 GLY X 217 1 ? 9 HELX_P HELX_P9 9 ASN A 218 ? SER A 231 ? ASN X 219 SER X 232 1 ? 14 HELX_P HELX_P10 10 GLY A 241 ? HIS A 252 ? GLY X 242 HIS X 253 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 11 SER A 254 ? ARG A 260 ? SER X 255 ARG X 261 1 ? 7 HELX_P HELX_P12 12 LEU A 274 ? GLU A 284 ? LEU X 275 GLU X 285 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 13 ASP A 289 ? VAL A 293 ? ASP X 290 VAL X 294 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 14 ASN A 301 ? MET A 309 ? ASN X 302 MET X 310 1 ? 9 HELX_P HELX_P15 15 SER A 316 ? GLN A 332 ? 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SER Y 255 LEU Y 263 1 ? 9 HELX_P HELX_P30 30 LYS B 276 ? PHE B 282 ? LYS Y 277 PHE Y 283 1 ? 7 HELX_P HELX_P31 31 ASN B 301 ? LYS B 307 ? ASN Y 302 LYS Y 308 1 ? 7 HELX_P HELX_P32 32 SER B 316 ? ARG B 331 ? SER Y 317 ARG Y 332 1 ? 16 HELX_P HELX_P33 33 GLY C 4 ? ALA C 13 ? GLY Z 5 ALA Z 14 1 ? 10 HELX_P HELX_P34 34 ASP C 21 ? PHE C 26 ? ASP Z 22 PHE Z 27 5 ? 6 HELX_P HELX_P35 35 ALA C 34 ? ILE C 43 ? ALA Z 35 ILE Z 44 1 ? 10 HELX_P HELX_P36 36 THR C 60 ? GLU C 75 ? THR Z 61 GLU Z 76 1 ? 16 HELX_P HELX_P37 37 LYS C 92 ? LEU C 96 ? LYS Z 93 LEU Z 97 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 38 ARG C 103 ? LYS C 108 ? ARG Z 104 LYS Z 109 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 39 HIS C 136 ? GLY C 148 ? HIS Z 137 GLY Z 149 1 ? 13 HELX_P HELX_P40 40 GLU C 157 ? ALA C 168 ? GLU Z 158 ALA Z 169 1 ? 12 HELX_P HELX_P41 41 ASP C 178 ? LEU C 182 ? ASP Z 179 LEU Z 183 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 42 LEU C 208 ? GLY C 216 ? LEU Z 209 GLY Z 217 1 ? 9 HELX_P HELX_P43 43 ASN C 218 ? SER C 231 ? 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LYS C 217 SER C 222 5 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? E CYS 135 SG ? ? ? 1_555 E CYS 162 SG ? ? B CYS 135 B CYS 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? ? metalc1 metalc ? ? A GLU 157 OE1 ? ? ? 1_555 H MG . MG ? ? X GLU 158 X MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? ? metalc2 metalc ? ? A GLU 159 OE2 ? ? ? 1_555 G MG . MG ? ? X GLU 160 X MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.055 ? ? metalc3 metalc ? ? A GLU 159 OE1 ? ? ? 1_555 H MG . MG ? ? X GLU 160 X MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? ? metalc4 metalc ? ? B GLU 159 OE2 ? ? ? 1_555 J MG . MG ? ? Y GLU 160 Y MG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.097 ? ? metalc5 metalc ? ? B ASP 180 OD1 ? ? ? 1_555 J MG . MG ? ? Y ASP 181 Y MG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.973 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OE1 ? A GLU 157 ? X GLU 158 ? 1_555 MG ? H MG . ? X MG 1002 ? 1_555 OE1 ? A GLU 159 ? X GLU 160 ? 1_555 87.2 ? 2 OE2 ? B GLU 159 ? Y GLU 160 ? 1_555 MG ? J MG . ? Y MG 1004 ? 1_555 OD1 ? B ASP 180 ? Y ASP 181 ? 1_555 78.2 ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 7 ? B ? 2 ? C ? 7 ? D ? 2 ? E ? 7 ? F ? 2 ? G ? 9 ? H ? 9 ? I ? 9 ? J ? 6 ? K ? 9 ? L ? 9 ? M ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? parallel A 4 5 ? parallel A 5 6 ? parallel A 6 7 ? parallel B 1 2 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? parallel C 4 5 ? parallel C 5 6 ? parallel C 6 7 ? parallel D 1 2 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? parallel E 4 5 ? parallel E 5 6 ? parallel E 6 7 ? parallel F 1 2 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel G 4 5 ? anti-parallel G 5 6 ? anti-parallel G 6 7 ? anti-parallel G 7 8 ? anti-parallel G 8 9 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? anti-parallel H 4 5 ? anti-parallel H 5 6 ? anti-parallel H 6 7 ? anti-parallel H 7 8 ? anti-parallel H 8 9 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel I 3 4 ? anti-parallel I 4 5 ? anti-parallel I 5 6 ? anti-parallel I 6 7 ? anti-parallel I 7 8 ? anti-parallel I 8 9 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel J 4 5 ? anti-parallel J 5 6 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel K 3 4 ? anti-parallel K 4 5 ? anti-parallel K 5 6 ? anti-parallel K 6 7 ? anti-parallel K 7 8 ? anti-parallel K 8 9 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? anti-parallel L 3 4 ? anti-parallel L 4 5 ? anti-parallel L 5 6 ? anti-parallel L 6 7 ? anti-parallel L 7 8 ? anti-parallel L 8 9 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 GLU A 19 ? 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LEU E 251 ? GLY B 245 LEU B 251 K 6 LEU E 235 ? ILE E 241 ? LEU B 235 ILE B 241 K 7 THR E 224 ? MET E 229 ? THR B 224 MET B 229 K 8 CYS E 135 ? PRO E 140 ? CYS B 135 PRO B 140 K 9 THR E 196 ? MET E 199 ? THR B 196 MET B 199 L 1 ALA F 67 ? VAL F 70 ? ALA C 67 VAL C 70 L 2 ALA F 26 ? ASP F 29 ? ALA C 26 ASP C 29 L 3 GLY F 34 ? MET F 40 ? GLY C 34 MET C 40 L 4 SER F 46 ? ARG F 53 ? SER C 46 ARG C 53 L 5 GLY F 245 ? LEU F 251 ? GLY C 245 LEU C 251 L 6 LEU F 235 ? ILE F 241 ? LEU C 235 ILE C 241 L 7 THR F 224 ? MET F 229 ? THR C 224 MET C 229 L 8 CYS F 135 ? PRO F 140 ? CYS C 135 PRO C 140 L 9 THR F 196 ? MET F 199 ? THR C 196 MET C 199 M 1 ALA F 157 ? ILE F 160 ? ALA C 157 ILE C 160 M 2 LEU F 205 ? ALA F 208 ? LEU C 205 ALA C 208 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id A 1 2 N ASN A 20 ? N ASN X 21 O ILE A 203 ? O ILE X 204 A 2 3 O GLN A 204 ? O GLN X 205 N ARG A 191 ? N ARG X 192 A 3 4 O MET A 190 ? O MET X 191 N ALA A 174 ? N ALA X 175 A 4 5 O ALA A 175 ? O ALA X 176 N ALA A 31 ? N ALA X 32 A 5 6 N ILE A 32 ? N ILE X 33 O VAL A 83 ? O VAL X 84 A 6 7 N PHE A 84 ? N PHE X 85 O LEU A 152 ? O LEU X 153 B 1 2 N LEU A 349 ? N LEU X 350 O VAL D 123 ? O VAL A 123 C 1 2 N ARG B 18 ? N ARG Y 19 O GLU B 205 ? O GLU Y 206 C 2 3 O GLN B 204 ? O GLN Y 205 N ARG B 191 ? N ARG Y 192 C 3 4 O MET B 190 ? O MET Y 191 N ALA B 174 ? N ALA Y 175 C 4 5 O ALA B 175 ? O ALA Y 176 N ALA B 31 ? N ALA Y 32 C 5 6 N ILE B 32 ? N ILE Y 33 O VAL B 81 ? O VAL Y 82 C 6 7 N PHE B 84 ? N PHE Y 85 O LEU B 152 ? O LEU Y 153 D 1 2 N LEU B 349 ? N LEU Y 350 O VAL E 123 ? O VAL B 123 E 1 2 N ARG C 18 ? N ARG Z 19 O GLU C 205 ? O GLU Z 206 E 2 3 O PHE C 206 ? O PHE Z 207 N LEU C 189 ? N LEU Z 190 E 3 4 O MET C 190 ? O MET Z 191 N ALA C 174 ? N ALA Z 175 E 4 5 O ALA C 175 ? O ALA Z 176 N ALA C 31 ? 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