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'K49I, D53A, Q56I, S57F, I58L, F64D, L109E, E112L, K113A, A116V' ? ? 2 polymer man 'Macrophage migration inhibitory factor-like protein' 13517.698 24 ? 'E18L, N19L, Q22I, V23I, A26I, D30V, K87A, E88V' ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MESVNTSFLSPSLVTIRDFDNGQFAVLRIGRTGFPADKGDIDLCLDKMIGVRAAQIFLGDDTEDGFKGPHIRIRCVDIDD KHTYNAMVYVDLIVGTGASEVERETAEEEAKLALRVALQVDIADEHSCVTQFEMKLREELLSSDSFHPDKDEYYKDFL ; ;MESVNTSFLSPSLVTIRDFDNGQFAVLRIGRTGFPADKGDIDLCLDKMIGVRAAQIFLGDDTEDGFKGPHIRIRCVDIDD KHTYNAMVYVDLIVGTGASEVERETAEEEAKLALRVALQVDIADEHSCVTQFEMKLREELLSSDSFHPDKDEYYKDFL ; A,C,E,G,I,K,M,O,Q,S,U,W,Y,a,c,e,g,i,k,m,o,q,s,u ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MPVIQTFVSTPLDHHKRLLLAIIYRIVTRVVLGKPEDLVMMTFHDSTPMHFFGSTDPVACVRVEALGGYGPSEPEKVTSI VTAAITAVCGIVADRIFVLYFSPLHCGWNGTNFLEHHHHHH ; ;MPVIQTFVSTPLDHHKRLLLAIIYRIVTRVVLGKPEDLVMMTFHDSTPMHFFGSTDPVACVRVEALGGYGPSEPEKVTSI VTAAITAVCGIVADRIFVLYFSPLHCGWNGTNFLEHHHHHH ; B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X,Z,b,d,f,h,j,l,n,p,r,t,v ? # 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'BL21(DE3)' ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? pET29b ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP B0BGB0_9BACT B0BGB0 1 ;MESVNTSFLSPSLVTIRDFDNGQFAVLRIGRTGFPADKGDIDLCLDKMKGVRDAQQSIGDDTEFGFKGPHIRIRCVDIDD KHTYNAMVYVDLIVGTGASEVERETAEELAKEKLRAALQVDIADEHSCVTQFEMKLREELLSSDSFHPDKDEYYKDFL ; 1 ? 2 UNP Q4Q413_LEIMA Q4Q413 2 ;MPVIQTFVSTPLDHHKRENLAQVYRAVTRDVLGKPEDLVMMTFHDSTPMHFFGSTDPVACVRVEALGGYGPSEPEKVTSI VTAAITKECGIVADRIFVLYFSPLHCGWNGTNF ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1VW5 A 1 ? 158 ? 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'X-RAY DIFFRACTION' . 10.8699 94.2416 6414 0.2644 94.00 0.3035 . . 711 . . . . # _struct.entry_id 1VW5 _struct.title 'Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage T33-28' _struct.pdbx_descriptor 'integron gene cassette protein, Macrophage migration inhibitory factor-like protein' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1VW5 _struct_keywords.text ;two-component, self-assembling, tetrahedron, designed protein cage, computational design, computational biology, protein engineering, multimerization, nanomaterial, nanostructure, integrons, macrophage migration-inhibitory factors, PROTEIN BINDING ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTEIN BINDING' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? Q N N 2 ? R N N 2 ? S N N 2 ? T N N 2 ? U N N 2 ? V N N 2 ? W N N 2 ? X N N 2 ? Y N N 2 ? Z N N 1 ? AA N N 1 ? BA N N 1 ? CA N N 1 ? DA N N 1 ? EA N N 1 ? FA N N 1 ? GA N N 1 ? HA N N 1 ? IA N N 1 ? JA N N 1 ? KA N N 1 ? LA N N 1 ? MA N N 1 ? NA N N 1 ? OA N N 1 ? PA N N 1 ? QA N N 1 ? RA N N 1 ? SA N N 1 ? TA N N 1 ? UA N N 1 ? VA N N 1 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;The biological assembly is a protein cage with tetrahedral point group symmetry that comprises twenty-four subunits, where twelve each are a total of four homotrimers. ; # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASP A 37 ? GLY A 59 ? ASP A 37 GLY A 59 1 ? 23 HELX_P HELX_P2 2 VAL A 101 ? LEU A 118 ? VAL A 101 LEU A 118 1 ? 18 HELX_P HELX_P3 3 ASP A 151 ? LYS A 155 ? ASP A 151 LYS A 155 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 4 ASP B 13 ? VAL B 31 ? ASP B 13 VAL B 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P5 5 SER B 72 ? CYS B 89 ? SER B 72 CYS B 89 1 ? 18 HELX_P HELX_P6 6 VAL B 92 ? ASP B 94 ? VAL B 92 ASP B 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P7 7 ASP C 13 ? VAL C 31 ? ASP D 13 VAL D 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P8 8 SER C 72 ? GLY C 90 ? SER D 72 GLY D 90 1 ? 19 HELX_P HELX_P9 9 VAL C 92 ? ASP C 94 ? VAL D 92 ASP D 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P10 10 ASP D 13 ? VAL D 31 ? ASP F 13 VAL F 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P11 11 SER D 72 ? CYS D 89 ? SER F 72 CYS F 89 1 ? 18 HELX_P HELX_P12 12 VAL D 92 ? ASP D 94 ? VAL F 92 ASP F 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P13 13 ASP E 13 ? VAL E 31 ? ASP H 13 VAL H 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P14 14 SER E 72 ? GLY E 90 ? SER H 72 GLY H 90 1 ? 19 HELX_P HELX_P15 15 VAL E 92 ? ASP E 94 ? VAL H 92 ASP H 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P16 16 ASP F 13 ? VAL F 31 ? ASP J 13 VAL J 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P17 17 SER F 72 ? GLY F 90 ? SER J 72 GLY J 90 1 ? 19 HELX_P HELX_P18 18 VAL F 92 ? ASP F 94 ? VAL J 92 ASP J 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P19 19 ASP G 13 ? VAL G 31 ? ASP L 13 VAL L 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P20 20 SER G 72 ? GLY G 90 ? SER L 72 GLY L 90 1 ? 19 HELX_P HELX_P21 21 VAL G 92 ? ASP G 94 ? VAL L 92 ASP L 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P22 22 ASP H 13 ? VAL H 31 ? ASP N 13 VAL N 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P23 23 SER H 72 ? GLY H 90 ? SER N 72 GLY N 90 1 ? 19 HELX_P HELX_P24 24 VAL H 92 ? ASP H 94 ? VAL N 92 ASP N 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P25 25 ASP I 13 ? VAL I 31 ? ASP P 13 VAL P 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P26 26 SER I 72 ? GLY I 90 ? SER P 72 GLY P 90 1 ? 19 HELX_P HELX_P27 27 VAL I 92 ? ASP I 94 ? VAL P 92 ASP P 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P28 28 ASP J 13 ? VAL J 31 ? ASP R 13 VAL R 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P29 29 SER J 72 ? GLY J 90 ? SER R 72 GLY R 90 1 ? 19 HELX_P HELX_P30 30 VAL J 92 ? ASP J 94 ? VAL R 92 ASP R 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P31 31 ASP K 13 ? VAL K 31 ? ASP T 13 VAL T 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P32 32 SER K 72 ? GLY K 90 ? SER T 72 GLY T 90 1 ? 19 HELX_P HELX_P33 33 VAL K 92 ? ASP K 94 ? VAL T 92 ASP T 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P34 34 ASP L 13 ? VAL L 31 ? ASP V 13 VAL V 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P35 35 SER L 72 ? GLY L 90 ? SER V 72 GLY V 90 1 ? 19 HELX_P HELX_P36 36 VAL L 92 ? ASP L 94 ? VAL V 92 ASP V 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 37 ASP M 13 ? VAL M 31 ? ASP X 13 VAL X 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P38 38 SER M 72 ? GLY M 90 ? SER X 72 GLY X 90 1 ? 19 HELX_P HELX_P39 39 VAL M 92 ? ASP M 94 ? VAL X 92 ASP X 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P40 40 ASP N 13 ? VAL N 31 ? ASP Z 13 VAL Z 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P41 41 SER N 72 ? GLY N 90 ? SER Z 72 GLY Z 90 1 ? 19 HELX_P HELX_P42 42 VAL N 92 ? ASP N 94 ? VAL Z 92 ASP Z 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P43 43 ASP O 13 ? VAL O 31 ? ASP b 13 VAL b 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P44 44 SER O 72 ? GLY O 90 ? SER b 72 GLY b 90 1 ? 19 HELX_P HELX_P45 45 VAL O 92 ? ASP O 94 ? VAL b 92 ASP b 94 5 ? 3 HELX_P HELX_P46 46 ASP P 13 ? VAL P 31 ? ASP d 13 VAL d 31 1 ? 19 HELX_P HELX_P47 47 SER P 72 ? CYS P 89 ? SER d 72 CYS d 89 1 ? 18 HELX_P HELX_P48 48 VAL P 92 ? ASP P 94 ? 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anti-parallel H 2 3 ? parallel H 3 4 ? anti-parallel H 4 5 ? parallel H 5 6 ? anti-parallel H 6 7 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? parallel I 3 4 ? anti-parallel I 4 5 ? parallel I 5 6 ? anti-parallel I 6 7 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? parallel J 4 5 ? anti-parallel J 5 6 ? parallel J 6 7 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel K 3 4 ? parallel K 4 5 ? anti-parallel K 5 6 ? parallel K 6 7 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? parallel L 3 4 ? anti-parallel L 4 5 ? parallel L 5 6 ? anti-parallel L 6 7 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel M 3 4 ? parallel M 4 5 ? anti-parallel M 5 6 ? parallel M 6 7 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? parallel N 3 4 ? anti-parallel N 4 5 ? parallel N 5 6 ? anti-parallel N 6 7 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? parallel O 3 4 ? anti-parallel O 4 5 ? parallel O 5 6 ? anti-parallel O 6 7 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel P 3 4 ? parallel P 4 5 ? anti-parallel P 5 6 ? parallel P 6 7 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? anti-parallel Q 3 4 ? parallel Q 4 5 ? anti-parallel Q 5 6 ? parallel Q 6 7 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel R 2 3 ? parallel R 3 4 ? anti-parallel R 4 5 ? parallel R 5 6 ? anti-parallel R 6 7 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel S 3 4 ? parallel S 4 5 ? anti-parallel S 5 6 ? parallel S 6 7 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? parallel T 3 4 ? anti-parallel T 4 5 ? parallel T 5 6 ? anti-parallel T 6 7 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? parallel U 3 4 ? anti-parallel U 4 5 ? parallel U 5 6 ? anti-parallel U 6 7 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? anti-parallel V 3 4 ? parallel V 4 5 ? anti-parallel V 5 6 ? parallel V 6 7 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel W 2 3 ? anti-parallel W 3 4 ? parallel W 4 5 ? anti-parallel W 5 6 ? parallel W 6 7 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? parallel X 3 4 ? anti-parallel X 4 5 ? parallel X 5 6 ? anti-parallel X 6 7 ? anti-parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? anti-parallel Y 3 4 ? parallel Y 4 5 ? anti-parallel Y 5 6 ? parallel Y 6 7 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel Z 2 3 ? anti-parallel Z 3 4 ? parallel Z 4 5 ? anti-parallel Z 5 6 ? parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AA 3 4 ? parallel AA 4 5 ? anti-parallel AA 5 6 ? parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? anti-parallel AB 3 4 ? parallel AB 4 5 ? anti-parallel AB 5 6 ? parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AC 3 4 ? parallel AC 4 5 ? anti-parallel AC 5 6 ? parallel AD 1 2 ? anti-parallel AD 2 3 ? anti-parallel AD 3 4 ? parallel AD 4 5 ? anti-parallel AD 5 6 ? parallel AE 1 2 ? anti-parallel AE 2 3 ? anti-parallel AE 3 4 ? parallel AE 4 5 ? anti-parallel AE 5 6 ? parallel AF 1 2 ? anti-parallel AF 2 3 ? anti-parallel AF 3 4 ? parallel AF 4 5 ? anti-parallel AF 5 6 ? parallel AG 1 2 ? anti-parallel AG 2 3 ? anti-parallel AG 3 4 ? parallel AG 4 5 ? anti-parallel AG 5 6 ? parallel AH 1 2 ? anti-parallel AH 2 3 ? anti-parallel AH 3 4 ? parallel AH 4 5 ? anti-parallel AH 5 6 ? parallel AI 1 2 ? anti-parallel AI 2 3 ? anti-parallel AI 3 4 ? parallel AI 4 5 ? anti-parallel AI 5 6 ? parallel AJ 1 2 ? anti-parallel AJ 2 3 ? anti-parallel AJ 3 4 ? parallel AJ 4 5 ? anti-parallel AJ 5 6 ? parallel AK 1 2 ? anti-parallel AK 2 3 ? anti-parallel AK 3 4 ? parallel AK 4 5 ? anti-parallel AK 5 6 ? parallel AL 1 2 ? anti-parallel AL 2 3 ? anti-parallel AL 3 4 ? parallel AL 4 5 ? anti-parallel AL 5 6 ? parallel AM 1 2 ? anti-parallel AM 2 3 ? anti-parallel AM 3 4 ? parallel AM 4 5 ? anti-parallel AM 5 6 ? parallel AN 1 2 ? anti-parallel AN 2 3 ? anti-parallel AN 3 4 ? parallel AN 4 5 ? anti-parallel AN 5 6 ? parallel AO 1 2 ? anti-parallel AO 2 3 ? anti-parallel AO 3 4 ? parallel AO 4 5 ? anti-parallel AO 5 6 ? parallel AP 1 2 ? anti-parallel AP 2 3 ? anti-parallel AP 3 4 ? parallel AP 4 5 ? anti-parallel AP 5 6 ? parallel AQ 1 2 ? anti-parallel AQ 2 3 ? anti-parallel AQ 3 4 ? parallel AQ 4 5 ? 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2 3 'Structure model' repository Obsolete ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id _pdbx_refine_tls.id _pdbx_refine_tls.details _pdbx_refine_tls.method _pdbx_refine_tls.origin_x _pdbx_refine_tls.origin_y _pdbx_refine_tls.origin_z _pdbx_refine_tls.T[1][1] _pdbx_refine_tls.T[2][2] _pdbx_refine_tls.T[3][3] _pdbx_refine_tls.T[1][2] _pdbx_refine_tls.T[1][3] _pdbx_refine_tls.T[2][3] _pdbx_refine_tls.L[1][1] _pdbx_refine_tls.L[2][2] _pdbx_refine_tls.L[3][3] _pdbx_refine_tls.L[1][2] _pdbx_refine_tls.L[1][3] _pdbx_refine_tls.L[2][3] _pdbx_refine_tls.S[1][1] _pdbx_refine_tls.S[1][2] _pdbx_refine_tls.S[1][3] _pdbx_refine_tls.S[2][1] _pdbx_refine_tls.S[2][2] _pdbx_refine_tls.S[2][3] _pdbx_refine_tls.S[3][1] _pdbx_refine_tls.S[3][2] _pdbx_refine_tls.S[3][3] 'X-RAY DIFFRACTION' 1 ? 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