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UUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU ; B ? 3 polyribonucleotide no no ;GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAG UGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU ; ;GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAG UGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU ; C ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 G n 1 2 U n 1 3 U n 1 4 U n 1 5 G n 1 6 A n 1 7 C n 1 8 C n 1 9 U n 1 10 C n 1 11 A n 1 12 A n 1 13 A n 1 14 U n 1 15 C n 1 16 A n 1 17 G n 1 18 G n 1 19 U n 1 20 A n 1 21 G n 1 22 G n 1 23 A n 1 24 G n 1 25 U n 1 26 A n 1 27 C n 1 28 C n 1 29 C n 1 30 G n 1 31 C n 1 32 U n 1 33 G n 1 34 A n 1 35 A n 1 36 C n 1 37 U n 1 38 U n 1 39 A n 1 40 A n 1 41 G n 1 42 C n 1 43 A n 1 44 U n 1 45 A n 1 46 U n 1 47 C n 1 48 A n 1 49 A n 1 50 U n 1 51 A n 1 52 A n 1 53 G n 1 54 C n 1 55 G n 1 56 G n 1 57 A n 1 58 G n 1 59 G n 1 60 A 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W303 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 PDB 1VW7 1VW7 1 ;GUUUGACCUCAAAUCAGGUAGGAGUACCCGCUGAACUUAAGCAUAUCAAUAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACCGGGAUUG CCUUAGUAACGGCGAGUGAAGCGGCAAAAGCUCAAAUUUGAAAUCUGGUACCUUCGGUGCCCGAGUUGUAAUUUGGAGAG GGCAACUUUGGGGCCGUUCCUUGUCUAUGUUCCUUGGAACAGGACGUCAUAGAGGGUGAGAAUCCCGUGUGGCGAGGAGU GCGGUUCUUUGUAAAGUGCCUUCGAAGAGUCGAGUUGUUUGGGAAUGCAGCUCUAAGUGGGUGGUAAAUUCCAUCUAAAG CUAAAUAUUGGCGAGAGACCGAUAGCGAACAAGUACAGUGAUGGAAAGAUGAAAAGAACUUUGAAAAGAGAGUGAAAAAG UACGUGAAAUUGUUGAAAGGGAAGGGCAUUUGAUCAGACAUGGUGUUUUGUGCCCUCUGCUCCUUGUGGGUAGGGGAAUC UCGCAUUUCACUGGCCAGCAUCAGUUUUGGUGGCAGGAUAAAUCCAUAGGAAUGUAGCUUGCCUCGGUAAGUAUUAUAGC CUGUGGGAAUACUGCCAGCUGGGACUGAGGACUGCGACGUAAGUCAAGGAUGCUGGCAUAAUGGUUAUAUGCCGCCCGUC UUGAAACACGGACCAAGGAGUCUAACGUCUAUGCGAGUGUUUGGGUGUAAAACCCAUACGCGUAAUGAAAGUGAACGUAG GUUGGGGCCUCGCAAGAGGUGCACAAUCGACCGAUCCUGAUGUCUUCGGAUGGAUUUGAGUAAGAGCAUAGCUGUUGGGA CCCGAAAGAUGGUGAACUAUGCCUGAAUAGGGUGAAGCCAGAGGAAACUCUGGUGGAGGCUCGUAGCGGUUCUGACGUGC AAAUCGAUCGUCGAAUUUGGGUAUAGGGGCGAAAGACUAAUCGAACCAUCUAGUAGCUGGUUCCUGCCGAAGUUUCCCUC AGGAUAGCAGAAGCUCGUAUCAGUUUUAUGAGGUAAAGCGAAUGAUUAGAGGUUCCGGGGUCGAAAUGACCUUGACCUAU UCUCAAACUUUAAAUAUGUAAGAAGUCCUUGUUACUUAAUUGAACGUGGACAUUUGAAUGAAGAGCUUUUAGUGGGCCAU UUUUGGUAAGCAGAACUGGCGAUGCGGGAUGAACCGAACGUAGAGUUAAGGUGCCGGAAUACACGCUCAUCAGACACCAC AAAAGGUGUUAGUUCAUCUAGACAGCCGGACGGUGGCCAUGGAAGUCGGAAUCCGCUAAGGAGUGUGUAACAACUCACCG GCCGAAUGAACUAGCCCUGAAAAUGGAUGGCGCUCAAGCGUGUUACCUAUACUCUACCGUCAGGGUUGAUAUGAUGCCCU GACGAGUAGGCAGGCGUGGAGGUCAGUGACGAAGCCUAGACCGUAAGGUCGGGUCGAACGGCCUCUAGUGCAGAUCUUGG UGGUAGUAGCAAAUAUUCAAAUGAGAACUUUGAAGACUGAAGUGGGGAAAGGUUCCACGUCAACAGCAGUUGGACGUGGG UUAGUCGAUCCUAAGAGAUGGGGAAGCUCCGUUUCAAAGGCCUGAUUUUAUGCAGGCCACCAUCGAAAGGGAAUCCGGUU AAGAUUCCGGAACCUGGAUAUGGAUUCUUCACGGUAACGUAACUGAAUGUGGAGACGUCGGCGCGAGCCCUGGGAGGAGU UAUCUUUUCUUCUUAACAGCUUAUCACCCCGGAAUUGGUUUAUCCGGAGAUGGGGUCUUAUGGCUGGAAGAGGCCAGCAC CUUUGCUGGCUCCGGUGCGCUUGUGACGGCCCGUGAAAAUCCACAGGAAGGAAUAGUUUUCAUGCCAGGUCGUACUGAUA ACCGCAGCAGGUCUCCAAGGUGAACAGCCUCUAGUUGAUAGAAUAAUGUAGAUAAGGGAAGUCGGCAAAAUAGAUCCGUA ACUUCGGGAUAAGGAUUGGCUCUAAGGGUCGGGUAGUGAGGGCCUUGGUCAGACGCAGCGGGCGUGCUUGUGGACUGCUU GGUGGGGCUUGCUCUGCUAGGCGGACUACUUGCGUGCCUUGUUGUAGACGGCCUUGGUAGGUCUCUUGUAGACCGUCGCU UGCUACAAUUAACGAUCAACUUAGAACUGGUACGGACAAGGGGAAUCUGACUGUCUAAUUAAAACAUAGCAUUGCGAUGG UCAGAAAGUGAUGUUGACGCAAUGUGAUUUCUGCCCAGUGCUCUGAAUGUCAAAGUGAAGAAAUUCAACCAAGCGCGGGU AAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAUCUAAUUAGUGACGCGCAUGAAUGGAUUAA CGAGAUUCCCACUGUCCCUAUCUACUAUCUAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCUUGGCAGAAUCAGCGGGGAAAGA AGACCCUGUUGAGCUUGACUCUAGUUUGACAUUGUGAAGAGACAUAGAGGGUGUAGAAUAAGUGGGAGCUUCGGCGCCAG UGAAAUACCACUACCUUUAUAGUUUCUUUACUUAUUCAAUGAAGCGGAGCUGGAAUUCAUUUUCCACGUUCUAGCAUUCA AGGUCCCAUUCGGGGCUGAUCCGGGUUGAAGACAUUGUCAGGUGGGGAGUUUGGCUGGGGCGGCACAUCUGUUAAACGAU AACGCAGAUGUCCUAAGGGGGGCUCAUGGAGAACAGAAAUCUCCAGUAGAACAAAAGGGUAAAAGCCCCCUUGAUUUUGA UUUUCAGUGUGAAUACAAACCAUGAAAGUGUGGCCUAUCGAUCCUUUAGUCCCUCGGAAUUUGAGGCUAGAGGUGCCAGA AAAGUUACCACAGGGAUAACUGGCUUGUGGCAGUCAAGCGUUCAUAGCGACAUUGCUUUUUGAUUCUUCGAUGUCGGCUC UUCCUAUCAUACCGAAGCAGAAUUCGGUAAGCGUUGGAUUGUUCACCCACUAAUAGGGAACGUGAGCUGGGUUUAGACCG UCGUGAGACAGGUUAGUUUUACCCUACUGAUGAAUGUUACCGCAAUAGUAAUUGAACUUAGUACGAGAGGAACAGUUCAU UCGGAUAAUUGGUUUUUGCGGCUGUCUGAUCAGGCAUUGCCGCGAAGCUACCAUCCGCUGGAUUAUGGCUGAACGCCUCU AAGUCAGAAUCCAUGCUAGAACGCGGUGAUUUCUUUGCUCCACACAAUAUAGAUGGAUACGAAUAAGGCGUCCUUGUGGC GUCGCUGAACCAUAGCAGGCUAGCAACGGUGCACUUGGCGGAAAGGCCUUGGGUGCUUGCUGGCGAAUUGCAAUGUCAUU UUGCGUGGGGAUAAAUCAUUUGUAUACGACUUAGAUGUACAACGGGGUAUUGUAAGCAGUAGAGUAGCCUUGUUGUUACG AUCUGCUGAGAUUAAGCCUUUGUUGUCUGAUUUGU ; 1 ? 2 PDB 1VW7 1VW7 2 ;AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAA UUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU ; 1 ? 3 PDB 1VW7 1VW7 3 ;GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAG UGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1VW7 A 1 ? 3395 ? 1VW7 1 ? 3396 ? 1 3396 2 2 1VW7 B 1 ? 158 ? 1VW7 1 ? 158 ? 1 158 3 3 1VW7 C 1 ? 121 ? 1VW7 1 ? 121 ? 1 121 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 # _exptl.entry_id 1VW7 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 76676 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 76676 _refine_hist.d_res_high . _refine_hist.d_res_low . # _struct.entry_id 1VW7 _struct.title ;S. cerevisiae 80S ribosome bound with Taura syndrome virus (TSV) IRES, 5 degree rotation (Class II). This entry contains the large subunit ribosomal RNA. ; _struct.pdbx_descriptor 'PROTEIN/RNA Complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1VW7 _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text 'translation initiation, RIBOSOME, intergenic IRES, TSV IRES' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order hydrog1 hydrog ? ? 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A C 10 B G 148 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog11 hydrog ? ? A C 10 N4 ? ? ? 1_555 B G 148 O6 ? ? A C 10 B G 148 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog12 hydrog ? ? A C 10 O2 ? ? ? 1_555 B G 148 N2 ? ? A C 10 B G 148 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog13 hydrog ? ? A A 11 N1 ? ? ? 1_555 B U 147 N3 ? ? A A 11 B U 147 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog14 hydrog ? ? A A 11 N6 ? ? ? 1_555 B U 147 O4 ? ? A A 11 B U 147 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog15 hydrog ? ? A A 12 N1 ? ? ? 1_555 B U 145 N3 ? ? A A 12 B U 145 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog16 hydrog ? ? A A 12 N6 ? ? ? 1_555 B U 145 O4 ? ? A A 12 B U 145 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog17 hydrog ? ? A C 15 N3 ? ? ? 1_555 B G 144 N1 ? ? A C 15 B G 144 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog18 hydrog ? ? A C 15 N4 ? ? ? 1_555 B G 144 O6 ? ? A C 15 B G 144 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog19 hydrog ? ? A C 15 O2 ? ? ? 1_555 B G 144 N2 ? ? A C 15 B G 144 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog20 hydrog ? ? A A 16 N1 ? ? ? 1_555 B U 143 N3 ? ? A A 16 B U 143 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog21 hydrog ? ? A A 16 N6 ? ? ? 1_555 B U 143 O4 ? ? A A 16 B U 143 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog22 hydrog ? ? A G 18 N1 ? ? ? 1_555 B C 141 O2 ? ? A G 18 B C 141 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? hydrog23 hydrog ? ? A G 18 N2 ? ? ? 1_555 B C 142 O2 ? ? A G 18 B C 142 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? hydrog24 hydrog ? ? A U 19 O2 ? ? ? 1_555 B G 140 N1 ? ? A U 19 B G 140 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? hydrog25 hydrog ? ? A A 20 N1 ? ? ? 1_555 B U 139 N3 ? ? A A 20 B U 139 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog26 hydrog ? ? A A 20 N6 ? ? ? 1_555 B U 139 O4 ? ? A A 20 B U 139 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog27 hydrog ? ? A G 21 N1 ? ? ? 1_555 B A 138 N1 ? ? A G 21 B A 138 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? hydrog28 hydrog ? ? A G 22 N1 ? ? ? 1_555 B C 35 O2 ? ? A G 22 B C 35 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? hydrog29 hydrog ? ? 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'C-A MISPAIR' ? ? hydrog2762 hydrog ? ? C C 36 N3 ? ? ? 1_555 C G 41 N1 ? ? C C 36 C G 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog2763 hydrog ? ? C C 36 N4 ? ? ? 1_555 C G 41 O6 ? ? C C 36 C G 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog2764 hydrog ? ? C C 36 O2 ? ? ? 1_555 C G 41 N2 ? ? C C 36 C G 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog2765 hydrog ? ? C G 37 N2 ? ? ? 1_555 C U 43 O4 ? ? C G 37 C U 43 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-U MISPAIR' ? ? hydrog2766 hydrog ? ? C G 67 O6 ? ? ? 1_555 C U 111 N3 ? ? C G 67 C U 111 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-U MISPAIR' ? ? hydrog2767 hydrog ? ? C C 68 N3 ? ? ? 1_555 C G 110 N1 ? ? C C 68 C G 110 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog2768 hydrog ? ? C C 68 N4 ? ? ? 1_555 C G 110 O6 ? ? C C 68 C G 110 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog2769 hydrog ? ? C C 68 O2 ? ? ? 1_555 C G 110 N2 ? ? C C 68 C G 110 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog2770 hydrog ? ? C C 69 N3 ? ? ? 1_555 C G 109 N1 ? ? C C 69 C G 109 1_555 ? ? ? ? ? ? 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G 87 87 87 G G C . n C 3 88 G 88 88 88 G G C . n C 3 89 G 89 89 89 G G C . n C 3 90 U 90 90 90 U U C . n C 3 91 G 91 91 91 G G C . n C 3 92 A 92 92 92 A A C . n C 3 93 C 93 93 93 C C C . n C 3 94 C 94 94 94 C C C . n C 3 95 A 95 95 95 A A C . n C 3 96 U 96 96 96 U U C . n C 3 97 A 97 97 97 A A C . n C 3 98 C 98 98 98 C C C . n C 3 99 G 99 99 99 G G C . n C 3 100 C 100 100 100 C C C . n C 3 101 G 101 101 101 G G C . n C 3 102 A 102 102 102 A A C . n C 3 103 A 103 103 103 A A C . n C 3 104 A 104 104 104 A A C . n C 3 105 C 105 105 105 C C C . n C 3 106 U 106 106 106 U U C . n C 3 107 C 107 107 107 C C C . n C 3 108 A 108 108 108 A A C . n C 3 109 G 109 109 109 G G C . n C 3 110 G 110 110 110 G G C . n C 3 111 U 111 111 111 U U C . n C 3 112 G 112 112 112 G G C . n C 3 113 C 113 113 113 C C C . n C 3 114 U 114 114 114 U U C . n C 3 115 G 115 115 115 G G C . n C 3 116 C 116 116 116 C C C . n C 3 117 A 117 117 117 A A C . n C 3 118 A 118 118 118 A A C . n C 3 119 U 119 119 119 U U C . n C 3 120 C 120 120 120 C C C . n C 3 121 U 121 121 121 U U C . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 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(2) The 80S-IRES complex was refined against the map, using stereochemically restrained real-space refinement in RSRef. ; # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id 1 1 3U5B ? 2 1 3U5C ? 3 1 3U5D ? 4 1 3U5E ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 1VW7 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method 'Projection Matching' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 1.0595 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 1.0595 _em_3d_reconstruction.resolution 6.1 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details '(Single particle--Applied symmetry: C1)' _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143' _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 52444 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.symmetry_type ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id ? _em_buffer.name '45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin' _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.details '45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin' # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 RIBOSOME '80S Ribosome' ? ? ? ? 2 'NUCLEIC ACID' 'Internal Ribosome Entry Site' ? ? ? ? # _em_image_scans.entry_id 1VW7 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images 11498 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 1VW7 _em_imaging.id 1 _em_imaging.date 2012-12-26 _em_imaging.temperature ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.nominal_defocus_min 1150 _em_imaging.nominal_defocus_max 6530 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 0.01 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 133333 _em_imaging.calibrated_magnification 132138 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.citation_id ? 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# _pdbx_validate_close_contact.id 1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 N4 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 A _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 C _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 1227 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 O6 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 A _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 G _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 1282 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_close_contact.dist 2.17 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_bond.id _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag 1 1 N1 A C 485 ? 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