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_pdbx_database_status.SG_entry ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.content_type PDB 1YKQ 'Crystal structure of Diels-Alder ribozyme' unspecified PDB 1YKV 'Crystal structure of Diels-Alder ribozyme complexed with the reaction product' unspecified # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Serganov, A.' 1 'Keiper, S.' 2 'Malinina, L.' 3 'Tereshko, V.' 4 'Skripkin, E.' 5 'Hobartner, C.' 6 'Polonskaia, A.' 7 'Phan, A.T.' 8 'Wombacher, R.' 9 'Micura, R.' 10 'Dauter, Z.' 11 'Jaschke, A.' 12 'Patel, D.J.' 13 # _citation.id primary _citation.title 'Structural basis for Diels-Alder ribozyme-catalyzed carbon-carbon bond formation.' _citation.journal_abbrev Nat.Struct.Mol.Biol. _citation.journal_volume 12 _citation.page_first 218 _citation.page_last 224 _citation.year 2005 _citation.journal_id_ASTM ? _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 1545-9993 _citation.journal_id_CSD ? _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 15723077 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/nsmb906 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Serganov, A.' 1 ? primary 'Keiper, S.' 2 ? primary 'Malinina, L.' 3 ? primary 'Tereshko, V.' 4 ? primary 'Skripkin, E.' 5 ? primary 'Hobartner, C.' 6 ? primary 'Polonskaia, A.' 7 ? primary 'Phan, A.T.' 8 ? primary 'Wombacher, R.' 9 ? primary 'Micura, R.' 10 ? primary 'Dauter, Z.' 11 ? primary 'Jaschke, A.' 12 ? primary 'Patel, D.J.' 13 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer syn 'RNA Diels-Alder ribozyme' 3651.120 2 ? ? ? 11-mer 2 polymer syn 'RNA Diels-Alder ribozyme' 12586.280 2 ? 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The sequence was derived from the in vitro selected ribozyme catalising Diels-Alder reaction between tethered anthracene and biotinylated maleimide ; 2 1 sample ? ? ? ? ? ;This RNA was chemically synthesized. The sequence was derived from the in vitro selected ribozyme catalising Diels-Alder reaction between tethered anthracene and biotinylated maleimide ; # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CSL 'DNA linking' n "(D)-2'-METHYLSELENYL-2'-DEOXYCYTIDINE-5'-PHOSPHATE" "(D)-2'-DEOXY-2'-SE-METHYLCYTIDINE-5'-PHOSPHATE" 'C10 H16 N3 O7 P Se' 400.184 DAI non-polymer . "(3AS,9AS)-2-PENTYL-4-HYDROXYMETHYL-3A,4,9,9A-TETRAHYDRO-4,9[1',2']-BENZENO-1H-BENZ[F]ISOINDOLE-1,3(2H)-DIONE" '(11S,12S)-9-HYDROXYMETHYL-11,12-(2-PENTYL-1,3-DIOXO-2-AZAPROPANO)-9,10-DIHYDRO-9,10-ETHANOANTHRACENE' 'C24 H25 N O3' 375.460 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 UMS 'DNA linking' n "2'-METHYLSELENYL-2'-DEOXYURIDINE-5'-PHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P Se' 401.168 # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 G 1 101 101 G G A . n A 1 2 G 2 102 102 G G A . n A 1 3 A 3 103 103 A A A . n A 1 4 G 4 104 104 G G A . n A 1 5 C 5 105 105 C C A . n A 1 6 UMS 6 106 106 UMS UMS A . n A 1 7 C 7 107 107 C C A . n A 1 8 G 8 108 108 G G A . n A 1 9 C 9 109 109 C C A . n A 1 10 CSL 10 110 110 CSL CSL A . n A 1 11 C 11 111 111 C C A . n B 2 1 G 1 201 201 G G B . n B 2 2 G 2 202 202 G G B . n B 2 3 G 3 203 203 G G B . n B 2 4 CSL 4 204 204 CSL CSL B . n B 2 5 G 5 205 205 G G B . n B 2 6 A 6 206 206 A A B . n B 2 7 G 7 207 207 G G B . n B 2 8 G 8 208 208 G G B . n B 2 9 CSL 9 209 209 CSL CSL B . n B 2 10 C 10 210 210 C C B . n B 2 11 G 11 211 211 G G B . n B 2 12 U 12 212 212 U U B . n B 2 13 G 13 213 213 G G B . n B 2 14 C 14 214 214 C C B . n B 2 15 C 15 215 215 C C B . n B 2 16 G 16 216 216 G G B . n B 2 17 G 17 217 217 G G B . n B 2 18 C 18 218 218 C C B . n B 2 19 UMS 19 219 219 UMS UMS B . n B 2 20 C 20 220 220 C C B . n B 2 21 U 21 221 221 U U B . n B 2 22 UMS 22 222 222 UMS UMS B . n B 2 23 C 23 223 223 C C B . n B 2 24 G 24 224 224 G G B . n B 2 25 G 25 225 225 G G B . n B 2 26 A 26 226 226 A A B . n B 2 27 G 27 227 227 G G B . n B 2 28 C 28 228 228 C C B . n B 2 29 A 29 229 229 A A B . n B 2 30 A 30 230 230 A A B . n B 2 31 U 31 231 231 U U B . n B 2 32 A 32 232 232 A A B . n B 2 33 C 33 233 233 C C B . n B 2 34 U 34 234 234 U U B . n B 2 35 C 35 235 235 C C B . n B 2 36 G 36 236 236 G G B . n B 2 37 G 37 237 237 G G B . n B 2 38 C 38 238 238 C C B . n C 1 1 G 1 101 101 G G C . n C 1 2 G 2 102 102 G G C . n C 1 3 A 3 103 103 A A C . n C 1 4 G 4 104 104 G G C . n C 1 5 C 5 105 105 C C C . n C 1 6 UMS 6 106 106 UMS UMS C . n C 1 7 C 7 107 107 C C C . n C 1 8 G 8 108 108 G G C . n C 1 9 C 9 109 109 C C C . n C 1 10 CSL 10 110 110 CSL CSL C . n C 1 11 C 11 111 111 C C C . n D 2 1 G 1 201 201 G G D . n D 2 2 G 2 202 202 G G D . n D 2 3 G 3 203 203 G G D . n D 2 4 CSL 4 204 204 CSL CSL D . n D 2 5 G 5 205 205 G G D . n D 2 6 A 6 206 206 A A D . n D 2 7 G 7 207 207 G G D . n D 2 8 G 8 208 208 G G D . n D 2 9 CSL 9 209 209 CSL CSL D . n D 2 10 C 10 210 210 C C D . n D 2 11 G 11 211 211 G G D . n D 2 12 U 12 212 212 U U D . n D 2 13 G 13 213 213 G G D . n D 2 14 C 14 214 214 C C D . n D 2 15 C 15 215 215 C C D . n D 2 16 G 16 216 216 G G D . n D 2 17 G 17 217 217 G G D . n D 2 18 C 18 218 218 C C D . n D 2 19 UMS 19 219 219 UMS UMS D . n D 2 20 C 20 220 220 C C D . n D 2 21 U 21 221 221 U U D . n D 2 22 UMS 22 222 222 UMS UMS D . n D 2 23 C 23 223 223 C C D . n D 2 24 G 24 224 224 G G D . n D 2 25 G 25 225 225 G G D . n D 2 26 A 26 226 226 A A D . n D 2 27 G 27 227 227 G G D . n D 2 28 C 28 228 228 C C D . n D 2 29 A 29 229 229 A A D . n D 2 30 A 30 230 230 A A D . n D 2 31 U 31 231 231 U U D . n D 2 32 A 32 232 232 A A D . n D 2 33 C 33 233 233 C C D . n D 2 34 U 34 234 234 U U D . n D 2 35 C 35 235 235 C C D . n D 2 36 G 36 236 236 G G D . n D 2 37 G 37 237 237 G G D . n D 2 38 C 38 238 238 C C D . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 DAI 1 100 100 DAI DAI A . 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_refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 1YLS _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.485 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs ? _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs ? _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free ? _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free ? _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 2106 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 69 _refine_hist.number_atoms_solvent 83 _refine_hist.number_atoms_total 2258 _refine_hist.d_res_high 3.00 _refine_hist.d_res_low 20.00 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.016 0.022 ? 2504 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_bond_other_d 0.000 0.020 ? 846 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_refined_deg 1.538 3.085 ? 3916 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_other_deg 1.440 3.000 ? 2200 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_chiral_restr 0.087 0.200 ? 496 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_refined 0.009 0.020 ? 1076 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_other 0.014 0.020 ? 16 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbd_refined 0.186 0.200 ? 598 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbd_other 0.291 0.200 ? 1243 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbtor_other 0.092 0.200 ? 612 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_xyhbond_nbd_refined 0.186 0.200 ? 50 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_xyhbond_nbd_other 0.620 0.200 ? 2 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_vdw_refined 0.171 0.200 ? 48 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_vdw_other 0.234 0.200 ? 15 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_hbond_refined 0.233 0.200 ? 15 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scbond_it 1.658 3.000 ? 2504 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scangle_it 2.377 4.500 ? 3916 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight 1 'loose positional' A 378 0.26 5.00 1 'X-RAY DIFFRACTION' 1 ? ? ? ? ? ? 1 'loose positional' B 1127 0.35 5.00 2 'X-RAY DIFFRACTION' 2 ? ? ? ? ? ? 1 'loose thermal' A 378 4.54 10.00 1 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ? ? ? ? ? ? 1 'loose thermal' B 1127 3.43 10.00 2 'X-RAY DIFFRACTION' 4 ? ? ? ? ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 3.000 _refine_ls_shell.d_res_low 3.076 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 756 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.276 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.27 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 35 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details 1 1 A 1 2 C 2 1 B 2 2 D # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 1 1 E DAI . . A C 11 . A DAI 100 A C 111 6 ? 1 2 1 M DAI . . C C 11 . C DAI 100 C C 111 6 ? 2 1 1 B G 1 . B C 38 . B G 201 B C 238 6 ? 2 2 1 D G 1 . D C 38 . D G 201 D C 238 6 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details _struct_ncs_ens.point_group 1 ? ? 2 ? ? # _database_PDB_matrix.entry_id 1YLS _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 1YLS _struct.title ;Crystal structure of selenium-modified Diels-Alder ribozyme complexed with the product of the reaction between N-pentylmaleimide and covalently attached 9-hydroxymethylanthracene ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1YLS _struct_keywords.pdbx_keywords RNA _struct_keywords.text 'carbon-carbon bond formation, catalytic mechanism, Diels-Alder reaction, ribozyme, RNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 4 ? J N N 4 ? K N N 4 ? L N N 4 ? M N N 3 ? N N N 4 ? O N N 4 ? P N N 4 ? Q N N 4 ? R N N 4 ? S N N 4 ? T N N 5 ? U N N 5 ? V N N 5 ? W N N 5 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 1 PDB 1YLS 1YLS ? ? ? 2 2 PDB 1YLS 1YLS ? ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1YLS A 1 ? 11 ? 1YLS 101 ? 111 ? 101 111 2 2 1YLS B 1 ? 38 ? 1YLS 201 ? 238 ? 201 238 3 1 1YLS C 1 ? 11 ? 1YLS 101 ? 111 ? 101 111 4 2 1YLS D 1 ? 38 ? 1YLS 201 ? 238 ? 201 238 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? dimeric 2 2 author_defined_assembly ? dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,T,U 2 1 C,D,M,N,O,P,Q,R,S,V,W # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_biol.id _struct_biol.pdbx_parent_biol_id _struct_biol.details 1 ? ? 2 ? ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? A C 5 "O3'" ? ? ? 1_555 A UMS 6 P ? ? A C 105 A UMS 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.579 ? ? covale2 covale both ? A UMS 6 "O3'" ? ? ? 1_555 A C 7 P ? ? A UMS 106 A C 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.589 ? ? covale3 covale both ? A C 9 "O3'" ? ? ? 1_555 A CSL 10 P ? ? A C 109 A CSL 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.582 ? ? covale4 covale both ? A CSL 10 "O3'" ? ? ? 1_555 A C 11 P ? ? A CSL 110 A C 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? ? covale5 covale both ? B G 3 "O3'" ? ? ? 1_555 B CSL 4 P ? ? B G 203 B CSL 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.621 ? ? covale6 covale both ? B CSL 4 "O3'" ? ? ? 1_555 B G 5 P ? ? B CSL 204 B G 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.580 ? ? covale7 covale both ? B G 8 "O3'" ? ? ? 1_555 B CSL 9 P ? ? B G 208 B CSL 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.588 ? ? covale8 covale both ? B CSL 9 "O3'" ? ? ? 1_555 B C 10 P ? ? B CSL 209 B C 210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.593 ? ? covale9 covale both ? B C 18 "O3'" ? ? ? 1_555 B UMS 19 P ? ? B C 218 B UMS 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.591 ? ? covale10 covale both ? B UMS 19 "O3'" ? ? ? 1_555 B C 20 P ? ? B UMS 219 B C 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.595 ? ? covale11 covale both ? B U 21 "O3'" ? ? ? 1_555 B UMS 22 P ? ? B U 221 B UMS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.589 ? ? covale12 covale both ? B UMS 22 "O3'" ? ? ? 1_555 B C 23 P ? ? B UMS 222 B C 223 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.596 ? ? covale13 covale both ? C C 5 "O3'" ? ? ? 1_555 C UMS 6 P ? ? C C 105 C UMS 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.582 ? ? covale14 covale both ? C UMS 6 "O3'" ? ? ? 1_555 C C 7 P ? ? C UMS 106 C C 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.603 ? ? covale15 covale both ? C C 9 "O3'" ? ? ? 1_555 C CSL 10 P ? ? C C 109 C CSL 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.599 ? ? covale16 covale both ? C CSL 10 "O3'" ? ? ? 1_555 C C 11 P ? ? C CSL 110 C C 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.617 ? ? covale17 covale both ? D G 3 "O3'" ? ? ? 1_555 D CSL 4 P ? ? D G 203 D CSL 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.620 ? ? covale18 covale both ? D CSL 4 "O3'" ? ? ? 1_555 D G 5 P ? ? D CSL 204 D G 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.595 ? ? covale19 covale both ? D G 8 "O3'" ? ? ? 1_555 D CSL 9 P ? ? D G 208 D CSL 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.595 ? ? covale20 covale both ? D CSL 9 "O3'" ? ? ? 1_555 D C 10 P ? ? D CSL 209 D C 210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.585 ? ? covale21 covale both ? D C 18 "O3'" ? ? ? 1_555 D UMS 19 P ? ? D C 218 D UMS 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.578 ? ? covale22 covale both ? D UMS 19 "O3'" ? ? ? 1_555 D C 20 P ? ? D UMS 219 D C 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.594 ? ? covale23 covale both ? D U 21 "O3'" ? ? ? 1_555 D UMS 22 P ? ? D U 221 D UMS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.586 ? ? covale24 covale both ? D UMS 22 "O3'" ? ? ? 1_555 D C 23 P ? ? D UMS 222 D C 223 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.603 ? ? metalc1 metalc ? ? T HOH . O ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? A HOH 361 B MG 243 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? ? metalc2 metalc ? ? T HOH . O ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? A HOH 366 B MG 243 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? ? metalc3 metalc ? ? B G 13 OP1 ? ? ? 1_555 L MG . MG ? ? B G 213 B MG 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? metalc4 metalc ? ? B C 33 OP2 ? ? ? 1_555 G MG . MG ? ? B C 233 B MG 241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? ? metalc5 metalc ? ? B U 34 OP1 ? ? ? 1_555 F MG . MG ? ? B U 234 B MG 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? ? metalc6 metalc ? ? F MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 240 B HOH 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? ? metalc7 metalc ? ? F MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 240 B HOH 346 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? ? metalc8 metalc ? ? F MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 240 B HOH 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? ? metalc9 metalc ? ? F MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 240 B HOH 348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? ? metalc10 metalc ? ? F MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 240 B HOH 349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? ? metalc11 metalc ? ? G MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 241 B HOH 350 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? ? metalc12 metalc ? ? G MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 241 B HOH 351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? ? metalc13 metalc ? ? G MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 241 B HOH 352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.140 ? ? metalc14 metalc ? ? G MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 241 B HOH 353 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? ? metalc15 metalc ? ? G MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 241 B HOH 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? ? metalc16 metalc ? ? H MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 242 B HOH 355 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? ? metalc17 metalc ? ? H MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 242 B HOH 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? ? metalc18 metalc ? ? H MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 242 B HOH 357 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? ? metalc19 metalc ? ? H MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 242 B HOH 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? ? metalc20 metalc ? ? H MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 242 B HOH 359 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? ? metalc21 metalc ? ? H MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 242 B HOH 360 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? ? metalc22 metalc ? ? I MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 243 B HOH 362 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? ? metalc23 metalc ? ? I MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 243 B HOH 363 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? ? metalc24 metalc ? ? I MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 243 B HOH 364 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? ? metalc25 metalc ? ? I MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 243 B HOH 365 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? ? metalc26 metalc ? ? J MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 244 B HOH 367 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? ? metalc27 metalc ? ? J MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 244 B HOH 368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? ? metalc28 metalc ? ? J MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 244 B HOH 369 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? ? metalc29 metalc ? ? J MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 244 B HOH 370 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? ? metalc30 metalc ? ? J MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 244 B HOH 371 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? ? metalc31 metalc ? ? J MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 244 B HOH 372 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? ? metalc32 metalc ? ? K MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 245 B HOH 373 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? ? metalc33 metalc ? ? K MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 245 B HOH 374 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? ? metalc34 metalc ? ? K MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 245 B HOH 375 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? ? metalc35 metalc ? ? K MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 245 B HOH 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? ? metalc36 metalc ? ? K MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 245 B HOH 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.110 ? ? metalc37 metalc ? ? K MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 245 B HOH 378 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? ? metalc38 metalc ? ? L MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 246 B HOH 381 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? ? metalc39 metalc ? ? L MG . MG ? ? ? 1_555 U HOH . O ? ? B MG 246 B HOH 382 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.070 ? ? metalc40 metalc ? ? L MG . MG ? ? ? 1_555 D G 13 OP1 ? ? B MG 246 D G 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? ? metalc41 metalc ? ? L MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? B MG 246 D HOH 379 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? ? metalc42 metalc ? ? L MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? B MG 246 D HOH 380 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? ? metalc43 metalc ? ? U HOH . O ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? B HOH 384 D MG 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? ? metalc44 metalc ? ? U HOH . O ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? B HOH 385 D MG 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? ? metalc45 metalc ? ? U HOH . O ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? B HOH 386 D MG 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? ? metalc46 metalc ? ? U HOH . O ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? B HOH 387 D MG 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? ? metalc47 metalc ? ? U HOH . O ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? B HOH 388 D MG 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? ? metalc48 metalc ? ? V HOH . O ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? C HOH 410 D MG 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? ? metalc49 metalc ? ? D C 33 OP2 ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? D C 233 D MG 341 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? ? metalc50 metalc ? ? D U 34 OP1 ? ? ? 1_555 O MG . MG ? ? D U 234 D MG 340 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? ? metalc51 metalc ? ? N MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 247 D HOH 383 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? ? metalc52 metalc ? ? O MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 340 D HOH 389 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? ? metalc53 metalc ? ? O MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 340 D HOH 390 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? ? metalc54 metalc ? ? O MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 340 D HOH 391 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? ? metalc55 metalc ? ? O MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 340 D HOH 392 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.160 ? ? metalc56 metalc ? ? O MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 340 D HOH 393 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? ? metalc57 metalc ? ? P MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 341 D HOH 394 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? ? metalc58 metalc ? ? P MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 341 D HOH 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? ? metalc59 metalc ? ? P MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 341 D HOH 396 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? ? metalc60 metalc ? ? P MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 341 D HOH 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? ? metalc61 metalc ? ? P MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 341 D HOH 398 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.150 ? ? metalc62 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 342 D HOH 399 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? ? metalc63 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 342 D HOH 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? ? metalc64 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 342 D HOH 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? ? metalc65 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 342 D HOH 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? ? metalc66 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 342 D HOH 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? ? metalc67 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 342 D HOH 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? ? metalc68 metalc ? ? R MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 343 D HOH 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? ? metalc69 metalc ? ? R MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 343 D HOH 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? metalc70 metalc ? ? R MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 343 D HOH 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? ? metalc71 metalc ? ? R MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 343 D HOH 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? ? metalc72 metalc ? ? R MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 343 D HOH 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? ? metalc73 metalc ? ? S MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 344 D HOH 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? ? metalc74 metalc ? ? S MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 344 D HOH 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? ? metalc75 metalc ? ? S MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 344 D HOH 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? ? metalc76 metalc ? ? S MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 344 D HOH 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? ? metalc77 metalc ? ? S MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 344 D HOH 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? ? metalc78 metalc ? ? S MG . MG ? ? ? 1_555 W HOH . O ? ? D MG 344 D HOH 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? ? hydrog1 hydrog ? ? A G 1 N1 ? ? ? 1_555 B C 15 N3 ? ? A G 101 B C 215 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? A G 1 N2 ? ? ? 1_555 B C 15 O2 ? ? A G 101 B C 215 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? A G 1 O6 ? ? ? 1_555 B C 15 N4 ? ? A G 101 B C 215 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? A G 2 N1 ? ? ? 1_555 B C 14 N3 ? ? A G 102 B C 214 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? A G 2 N2 ? ? ? 1_555 B C 14 O2 ? ? A G 102 B C 214 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? A G 2 O6 ? ? ? 1_555 B C 14 N4 ? ? A G 102 B C 214 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? A A 3 N1 ? ? ? 1_555 B U 34 N3 ? ? A A 103 B U 234 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? A A 3 N6 ? ? ? 1_555 B U 34 O4 ? ? A A 103 B U 234 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? A G 4 N1 ? ? ? 1_555 B C 33 N3 ? ? A G 104 B C 233 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? A G 4 N2 ? ? ? 1_555 B C 33 O2 ? ? A G 104 B C 233 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? A G 4 O6 ? ? ? 1_555 B C 33 N4 ? ? A G 104 B C 233 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? A C 5 N3 ? ? ? 1_555 B G 7 N1 ? ? A C 105 B G 207 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? A C 5 N4 ? ? ? 1_555 B G 7 O6 ? ? A C 105 B G 207 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? A C 5 O2 ? ? ? 1_555 B G 7 N2 ? ? A C 105 B G 207 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? A UMS 6 N3 ? ? ? 1_555 B A 6 N1 ? ? A UMS 106 B A 206 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? A UMS 6 O4 ? ? ? 1_555 B A 6 N6 ? ? A UMS 106 B A 206 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? A C 7 N3 ? ? ? 1_555 B G 5 N1 ? ? A C 107 B G 205 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? A C 7 N4 ? ? ? 1_555 B G 5 O6 ? ? A C 107 B G 205 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? A C 7 O2 ? ? ? 1_555 B G 5 N2 ? ? A C 107 B G 205 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? A G 8 N1 ? ? ? 1_555 B CSL 4 N3 ? ? A G 108 B CSL 204 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? A G 8 N2 ? ? ? 1_555 B CSL 4 O2 ? ? A G 108 B CSL 204 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? A G 8 O6 ? ? ? 1_555 B CSL 4 N4 ? ? A G 108 B CSL 204 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? A C 9 N3 ? ? ? 1_555 B G 3 N1 ? ? A C 109 B G 203 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? A C 9 N4 ? ? ? 1_555 B G 3 O6 ? ? A C 109 B G 203 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? A C 9 O2 ? ? ? 1_555 B G 3 N2 ? ? A C 109 B G 203 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? A CSL 10 N3 ? ? ? 1_555 B G 2 N1 ? ? A CSL 110 B G 202 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? A CSL 10 N4 ? ? ? 1_555 B G 2 O6 ? ? A CSL 110 B G 202 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? A CSL 10 O2 ? ? ? 1_555 B G 2 N2 ? ? A CSL 110 B G 202 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? A C 11 N3 ? ? ? 1_555 B G 1 N1 ? ? A C 111 B G 201 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? A C 11 N4 ? ? ? 1_555 B G 1 O6 ? ? A C 111 B G 201 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? A C 11 O2 ? ? ? 1_555 B G 1 N2 ? ? A C 111 B G 201 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? B G 8 N1 ? ? ? 1_555 B C 38 N3 ? ? B G 208 B C 238 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? B G 8 N2 ? ? ? 1_555 B C 38 O2 ? ? B G 208 B C 238 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog34 hydrog ? ? B G 8 O6 ? ? ? 1_555 B C 38 N4 ? ? B G 208 B C 238 1_555 ? ? ? ? ? ? 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U HOH . ? B HOH 368 ? 1_555 179.5 ? 77 O ? U HOH . ? B HOH 367 ? 1_555 MG ? J MG . ? B MG 244 ? 1_555 O ? U HOH . ? B HOH 369 ? 1_555 89.6 ? 78 O ? U HOH . ? B HOH 368 ? 1_555 MG ? J MG . ? B MG 244 ? 1_555 O ? U HOH . ? B HOH 369 ? 1_555 90.8 ? 79 O ? U HOH . ? B HOH 367 ? 1_555 MG ? J MG . ? B MG 244 ? 1_555 O ? U HOH . ? B HOH 370 ? 1_555 89.8 ? 80 O ? U HOH . ? B HOH 368 ? 1_555 MG ? J MG . ? B MG 244 ? 1_555 O ? U HOH . ? B HOH 370 ? 1_555 89.9 ? 81 O ? U HOH . ? B HOH 369 ? 1_555 MG ? J MG . ? B MG 244 ? 1_555 O ? U HOH . ? B HOH 370 ? 1_555 179.2 ? 82 O ? U HOH . ? B HOH 367 ? 1_555 MG ? J MG . ? B MG 244 ? 1_555 O ? U HOH . ? B HOH 371 ? 1_555 91.0 ? 83 O ? U HOH . ? B HOH 368 ? 1_555 MG ? J MG . ? B MG 244 ? 1_555 O ? U HOH . ? B HOH 371 ? 1_555 88.7 ? 84 O ? U HOH . ? B HOH 369 ? 1_555 MG ? J MG . ? B MG 244 ? 1_555 O ? U HOH . ? B HOH 371 ? 1_555 90.4 ? 85 O ? U HOH . ? B HOH 370 ? 1_555 MG ? J MG . ? B MG 244 ? 1_555 O ? U HOH . ? B HOH 371 ? 1_555 90.1 ? 86 O ? U HOH . ? 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U D 234 . ? 1_555 ? # loop_ _pdbx_validate_rmsd_bond.id _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag 1 1 P A G 101 ? ? OP3 A G 101 ? ? 1.490 1.607 -0.117 0.012 N 2 1 "O5'" B G 207 ? ? "C5'" B G 207 ? ? 1.362 1.420 -0.058 0.009 N 3 1 "O5'" B C 220 ? ? "C5'" B C 220 ? ? 1.346 1.420 -0.074 0.009 N 4 1 "O5'" B A 232 ? ? "C5'" B A 232 ? ? 1.334 1.420 -0.086 0.009 N 5 1 P C G 101 ? ? OP3 C G 101 ? ? 1.491 1.607 -0.116 0.012 N 6 1 "O3'" D C 233 ? ? "C3'" D C 233 ? ? 1.330 1.417 -0.087 0.014 N 7 1 "O5'" D C 235 ? ? "C5'" D C 235 ? ? 1.362 1.420 -0.058 0.009 N # loop_ _pdbx_struct_mod_residue.id _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.PDB_ins_code _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.details 1 A UMS 6 A UMS 106 ? DU ? 2 A CSL 10 A CSL 110 ? DC ? 3 B CSL 4 B CSL 204 ? DC ? 4 B CSL 9 B CSL 209 ? DC ? 5 B UMS 19 B UMS 219 ? DU ? 6 B UMS 22 B UMS 222 ? DU ? 7 C UMS 6 C UMS 106 ? DU ? 8 C CSL 10 C CSL 110 ? DC ? 9 D CSL 4 D CSL 204 ? DC ? 10 D CSL 9 D CSL 209 ? DC ? 11 D UMS 19 D UMS 219 ? DU ? 12 D UMS 22 D UMS 222 ? DU ? # loop_ _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id _pdbx_refine_tls.id _pdbx_refine_tls.details _pdbx_refine_tls.method _pdbx_refine_tls.origin_x _pdbx_refine_tls.origin_y _pdbx_refine_tls.origin_z _pdbx_refine_tls.T[1][1] _pdbx_refine_tls.T[2][2] _pdbx_refine_tls.T[3][3] _pdbx_refine_tls.T[1][2] _pdbx_refine_tls.T[1][3] _pdbx_refine_tls.T[2][3] _pdbx_refine_tls.L[1][1] _pdbx_refine_tls.L[2][2] _pdbx_refine_tls.L[3][3] _pdbx_refine_tls.L[1][2] _pdbx_refine_tls.L[1][3] _pdbx_refine_tls.L[2][3] _pdbx_refine_tls.S[1][1] _pdbx_refine_tls.S[2][2] _pdbx_refine_tls.S[3][3] _pdbx_refine_tls.S[1][2] _pdbx_refine_tls.S[1][3] _pdbx_refine_tls.S[2][3] _pdbx_refine_tls.S[2][1] _pdbx_refine_tls.S[3][1] _pdbx_refine_tls.S[3][2] 'X-RAY DIFFRACTION' 1 ? refined 28.2510 25.8487 34.3796 0.2853 -0.1981 -0.1066 -0.0384 0.0863 0.0824 6.3090 1.0208 12.2174 0.3788 -8.6290 -1.1619 -0.0716 0.1875 -0.1159 -0.0082 0.4296 0.5867 0.3200 0.4763 -0.2084 'X-RAY DIFFRACTION' 2 ? refined 37.8259 26.7203 19.8009 -0.1931 -0.1836 -0.2629 0.0438 -0.0899 0.0975 0.7599 5.4798 3.8721 0.1486 -0.8162 1.6958 0.1538 0.2261 -0.3800 0.1842 0.1580 -0.0812 -0.2534 0.3377 -0.1656 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ? refined 66.2736 33.7915 34.0015 0.1144 -0.2401 0.3023 0.0064 -0.2839 -0.1986 8.4682 0.6273 11.8898 -1.2512 9.6246 -0.7734 0.0726 0.5020 -0.5746 0.2644 -0.3790 -0.1671 0.7569 -0.9149 0.3368 'X-RAY DIFFRACTION' 4 ? refined 56.4476 32.9545 19.7550 -0.3749 -0.0460 0.0714 0.0325 -0.0727 -0.1142 0.6086 3.8487 5.0442 -0.5803 1.7416 -1.2152 -0.0397 0.3054 -0.2657 0.3768 -0.1419 -0.5462 -0.3315 -0.3858 0.3971 # loop_ _pdbx_refine_tls_group.pdbx_refine_id _pdbx_refine_tls_group.id _pdbx_refine_tls_group.refine_tls_id _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id _pdbx_refine_tls_group.selection_details _pdbx_refine_tls_group.beg_label_asym_id _pdbx_refine_tls_group.beg_label_seq_id _pdbx_refine_tls_group.end_label_asym_id _pdbx_refine_tls_group.end_label_seq_id _pdbx_refine_tls_group.selection 'X-RAY DIFFRACTION' 1 1 A 101 A 111 ? . . . . ? 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THE LINKER IS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. ; # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_ordinal A OP3 O N N 1 A P P N N 2 A OP1 O N N 3 A OP2 O N N 4 A "O5'" O N N 5 A "C5'" C N N 6 A "C4'" C N R 7 A "O4'" O N N 8 A "C3'" C N S 9 A "O3'" O N N 10 A "C2'" C N R 11 A "O2'" O N N 12 A "C1'" C N R 13 A N9 N Y N 14 A C8 C Y N 15 A N7 N Y N 16 A C5 C Y N 17 A C6 C Y N 18 A N6 N N N 19 A N1 N Y N 20 A C2 C Y N 21 A N3 N Y N 22 A C4 C Y N 23 A HOP3 H N N 24 A HOP2 H N N 25 A "H5'" H N N 26 A "H5''" H N N 27 A "H4'" H N N 28 A "H3'" H N N 29 A "HO3'" H N N 30 A "H2'" H N N 31 A "HO2'" H N N 32 A "H1'" H N N 33 A H8 H N N 34 A H61 H N N 35 A H62 H N N 36 A H2 H N N 37 C OP3 O N N 38 C P P N N 39 C OP1 O N N 40 C OP2 O N N 41 C "O5'" O N N 42 C "C5'" C N N 43 C "C4'" C N R 44 C "O4'" O N N 45 C "C3'" C N S 46 C "O3'" O N N 47 C "C2'" C N R 48 C "O2'" O N N 49 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OP3 O N N 164 G P P N N 165 G OP1 O N N 166 G OP2 O N N 167 G "O5'" O N N 168 G "C5'" C N N 169 G "C4'" C N R 170 G "O4'" O N N 171 G "C3'" C N S 172 G "O3'" O N N 173 G "C2'" C N R 174 G "O2'" O N N 175 G "C1'" C N R 176 G N9 N Y N 177 G C8 C Y N 178 G N7 N Y N 179 G C5 C Y N 180 G C6 C N N 181 G O6 O N N 182 G N1 N N N 183 G C2 C N N 184 G N2 N N N 185 G N3 N N N 186 G C4 C Y N 187 G HOP3 H N N 188 G HOP2 H N N 189 G "H5'" H N N 190 G "H5''" H N N 191 G "H4'" H N N 192 G "H3'" H N N 193 G "HO3'" H N N 194 G "H2'" H N N 195 G "HO2'" H N N 196 G "H1'" H N N 197 G H8 H N N 198 G H1 H N N 199 G H21 H N N 200 G H22 H N N 201 HOH O O N N 202 HOH H1 H N N 203 HOH H2 H N N 204 MG MG MG N N 205 U OP3 O N N 206 U P P N N 207 U OP1 O N N 208 U OP2 O N N 209 U "O5'" O N N 210 U "C5'" C N N 211 U "C4'" C N R 212 U "O4'" O N N 213 U "C3'" C N S 214 U "O3'" O N N 215 U "C2'" C N R 216 U "O2'" O N N 217 U "C1'" C N R 218 U N1 N N N 219 U C2 C N N 220 U O2 O N N 221 U N3 N N N 222 U C4 C N N 223 U O4 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_chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal A OP3 P sing N N 1 A OP3 HOP3 sing N N 2 A P OP1 doub N N 3 A P OP2 sing N N 4 A P "O5'" sing N N 5 A OP2 HOP2 sing N N 6 A "O5'" "C5'" sing N N 7 A "C5'" "C4'" sing N N 8 A "C5'" "H5'" sing N N 9 A "C5'" "H5''" sing N N 10 A "C4'" "O4'" sing N N 11 A "C4'" "C3'" sing N N 12 A "C4'" "H4'" sing N N 13 A "O4'" "C1'" sing N N 14 A "C3'" "O3'" sing N N 15 A "C3'" "C2'" sing N N 16 A "C3'" "H3'" sing N N 17 A "O3'" "HO3'" sing N N 18 A "C2'" "O2'" sing N N 19 A "C2'" "C1'" sing N N 20 A "C2'" "H2'" sing N N 21 A "O2'" "HO2'" sing N N 22 A "C1'" N9 sing N N 23 A "C1'" "H1'" sing N N 24 A N9 C8 sing Y N 25 A N9 C4 sing Y N 26 A C8 N7 doub Y N 27 A C8 H8 sing N N 28 A N7 C5 sing Y N 29 A C5 C6 sing Y N 30 A C5 C4 doub Y N 31 A C6 N6 sing N N 32 A C6 N1 doub Y N 33 A N6 H61 sing N N 34 A N6 H62 sing N N 35 A N1 C2 sing 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UMS C2 N3 sing N N 279 UMS N3 C4 sing N N 280 UMS N3 H3 sing N N 281 UMS C4 O4 doub N N 282 UMS C4 C5 sing N N 283 UMS C5 C6 doub N N 284 UMS C5 H5 sing N N 285 UMS C6 H6 sing N N 286 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 1YLS 'double helix' 1YLS 'a-form double helix' 1YLS tetraloop 1YLS 'bulge loop' 1YLS 'mismatched base pair' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 B C 14 1_555 A G 2 1_555 0.126 -0.065 -0.200 9.493 -17.256 -3.154 1 B_C214:G102_A B 214 ? 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D 232 ? 24 4 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 B C 14 1_555 A G 2 1_555 B C 15 1_555 A G 1 1_555 0.423 -1.631 3.439 -6.432 4.195 36.928 -3.077 -1.499 3.128 6.536 10.022 37.691 1 BB_C214C215:G101G102_AA B 214 ? 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