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'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MSE 'L-peptide linking' n SELENOMETHIONINE ? 'C5 H11 N O2 Se' 196.106 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 1YOX _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.53 _exptl_crystal.density_percent_sol 50.94 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp 298.0 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 8.50 _exptl_crystal_grow.pdbx_details '0.5M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 8.50' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100.0 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type SBC-3 _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2004-10-26 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'SI 111 CHANNEL' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol MAD _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # loop_ _diffrn_radiation_wavelength.id _diffrn_radiation_wavelength.wavelength _diffrn_radiation_wavelength.wt 1 0.98043 1.0 2 0.98027 1.0 3 0.96517 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'APS BEAMLINE 19-BM' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site APS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 19-BM _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 0.98043,0.98027,0.96517 # _reflns.entry_id 1YOX _reflns.observed_criterion_sigma_I -3.000 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 50.000 _reflns.d_resolution_high 2.300 _reflns.number_obs 58292 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 99.7 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.044 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 27.0300 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 8.600 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # _reflns_shell.d_res_high 2.30 _reflns_shell.d_res_low 2.38 _reflns_shell.percent_possible_all 100.0 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.48 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.930 _reflns_shell.pdbx_redundancy 8.40 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.entry_id 1YOX _refine.ls_number_reflns_obs 55340 _refine.ls_number_reflns_all 55340 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 30.00 _refine.ls_d_res_high 2.30 _refine.ls_percent_reflns_obs 99.68 _refine.ls_R_factor_obs 0.22732 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.22455 _refine.ls_R_factor_R_free 0.27896 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.1 _refine.ls_number_reflns_R_free 2952 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.938 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.913 _refine.B_iso_mean 46.133 _refine.aniso_B[1][1] 0.79 _refine.aniso_B[2][2] 0.79 _refine.aniso_B[3][3] -1.59 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details 'BABINET MODEL WITH MASK' _refine.solvent_model_param_ksol ? 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_refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 8958 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 235 _refine_hist.number_atoms_total 9193 _refine_hist.d_res_high 2.30 _refine_hist.d_res_low 30.00 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.015 0.022 ? 9104 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_bond_other_d ? ? ? ? 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THE EXPECTED BIOLOGICAL UNIT CONSISTS OF A TRIMER, OF WHICH 2 COPIES ARE FOUND IN THE ASYMMETRIC UNIT: CHAINS A,B,C AND CHAINS D,E,F. ; ? 2 ? ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASP A 106 ? GLY A 109 ? ASP A 104 GLY A 107 5 ? 4 HELX_P HELX_P2 2 PRO A 226 ? ALA A 237 ? PRO A 224 ALA A 235 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 3 THR A 238 ? GLU A 244 ? THR A 236 GLU A 242 1 ? 7 HELX_P HELX_P4 4 ASP B 106 ? GLY B 109 ? ASP B 104 GLY B 107 5 ? 4 HELX_P HELX_P5 5 PRO B 226 ? THR B 238 ? PRO B 224 THR B 236 1 ? 13 HELX_P HELX_P6 6 ASP C 106 ? GLY C 109 ? ASP C 104 GLY C 107 5 ? 4 HELX_P HELX_P7 7 GLY C 139 ? GLY C 143 ? GLY C 137 GLY C 141 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 8 PRO C 226 ? THR C 238 ? PRO C 224 THR C 236 1 ? 13 HELX_P HELX_P9 9 ASP D 106 ? GLY D 109 ? ASP D 104 GLY D 107 5 ? 4 HELX_P HELX_P10 10 PRO D 226 ? THR D 238 ? PRO D 224 THR D 236 1 ? 13 HELX_P HELX_P11 11 ASP E 106 ? GLY E 109 ? ASP E 104 GLY E 107 5 ? 4 HELX_P HELX_P12 12 GLY E 139 ? GLY E 143 ? GLY E 137 GLY E 141 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 13 PRO E 226 ? THR E 238 ? PRO E 224 THR E 236 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 14 PRO F 226 ? THR F 238 ? PRO F 224 THR F 236 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 15 THR F 238 ? GLU F 243 ? THR F 236 GLU F 241 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale1 covale ? ? A SER 16 C ? ? ? 1_555 A MSE 17 N ? ? A SER 14 A MSE 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale2 covale ? ? A MSE 17 C ? ? ? 1_555 A GLN 18 N ? ? A MSE 15 A GLN 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale3 covale ? ? A ALA 36 C ? ? ? 1_555 A MSE 37 N ? ? A ALA 34 A MSE 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale4 covale ? ? A MSE 37 C ? ? ? 1_555 A ASN 38 N ? ? A MSE 35 A ASN 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale5 covale ? ? A TYR 39 C ? ? ? 1_555 A MSE 40 N ? ? A TYR 37 A MSE 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale6 covale ? ? A MSE 40 C ? ? ? 1_555 A THR 41 N ? ? A MSE 38 A THR 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale7 covale ? ? A MSE 77 C ? ? ? 1_555 A THR 78 N ? ? A MSE 75 A THR 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale8 covale ? ? B SER 16 C ? ? ? 1_555 B MSE 17 N ? ? B SER 14 B MSE 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale9 covale ? ? B MSE 17 C ? ? ? 1_555 B GLN 18 N ? ? B MSE 15 B GLN 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale10 covale ? ? B ALA 36 C ? ? ? 1_555 B MSE 37 N ? ? B ALA 34 B MSE 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale11 covale ? ? B MSE 37 C ? ? ? 1_555 B ASN 38 N ? ? B MSE 35 B ASN 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale12 covale ? ? B TYR 39 C ? ? ? 1_555 B MSE 40 N ? ? B TYR 37 B MSE 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale13 covale ? ? B MSE 40 C ? ? ? 1_555 B THR 41 N ? ? B MSE 38 B THR 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale14 covale ? ? B MSE 77 C ? ? ? 1_555 B THR 78 N ? ? B MSE 75 B THR 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale15 covale ? ? C SER 16 C ? ? ? 1_555 C MSE 17 N ? ? C SER 14 C MSE 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale16 covale ? ? C MSE 17 C ? ? ? 1_555 C GLN 18 N ? ? C MSE 15 C GLN 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale17 covale ? ? C ALA 36 C ? ? ? 1_555 C MSE 37 N ? ? C ALA 34 C MSE 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale18 covale ? ? C MSE 37 C ? ? ? 1_555 C ASN 38 N ? ? C MSE 35 C ASN 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale19 covale ? ? C TYR 39 C ? ? ? 1_555 C MSE 40 N ? ? C TYR 37 C MSE 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale20 covale ? ? C MSE 40 C ? ? ? 1_555 C THR 41 N ? ? C MSE 38 C THR 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale21 covale ? ? C MSE 77 C ? ? ? 1_555 C THR 78 N ? ? C MSE 75 C THR 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale22 covale ? ? D SER 16 C ? ? ? 1_555 D MSE 17 N ? ? D SER 14 D MSE 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale23 covale ? ? D MSE 17 C ? ? ? 1_555 D GLN 18 N ? ? D MSE 15 D GLN 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale24 covale ? ? D ALA 36 C ? ? ? 1_555 D MSE 37 N ? ? D ALA 34 D MSE 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale25 covale ? ? D MSE 37 C ? ? ? 1_555 D ASN 38 N ? ? D MSE 35 D ASN 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale26 covale ? ? D TYR 39 C ? ? ? 1_555 D MSE 40 N ? ? D TYR 37 D MSE 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale27 covale ? ? D MSE 40 C ? ? ? 1_555 D THR 41 N ? ? D MSE 38 D THR 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale28 covale ? ? D MSE 77 C ? ? ? 1_555 D THR 78 N ? ? 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