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WWPDB D_1000000396 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2000-01-30 2 'Structure model' 1 1 2007-10-16 3 'Structure model' 1 2 2011-07-13 4 'Structure model' 1 3 2012-10-24 5 'Structure model' 1 4 2023-12-27 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Derived calculations' 3 3 'Structure model' 'Version format compliance' 4 4 'Structure model' 'Non-polymer description' 5 5 'Structure model' 'Data collection' 6 5 'Structure model' 'Database references' 7 5 'Structure model' 'Derived calculations' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 5 'Structure model' chem_comp_atom 2 5 'Structure model' chem_comp_bond 3 5 'Structure model' database_2 4 5 'Structure model' pdbx_struct_conn_angle 5 5 'Structure model' struct_conn 6 5 'Structure model' struct_site # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 2 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 3 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id' 4 5 'Structure 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_pdbx_database_status.deposit_site BNL _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_sf REL _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Shibata, N.' 1 'Masuda, J.' 2 'Tobimatsu, T.' 3 'Toraya, T.' 4 'Suto, K.' 5 'Morimoto, Y.' 6 'Yasuoka, N.' 7 # _citation.id primary _citation.title 'A new mode of B12 binding and the direct participation of a potassium ion in enzyme catalysis: X-ray structure of diol dehydratase.' _citation.journal_abbrev 'Structure Fold.Des.' _citation.journal_volume 7 _citation.page_first 997 _citation.page_last 1008 _citation.year 1999 _citation.journal_id_ASTM FODEFH _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0969-2126 _citation.journal_id_CSD 1263 _citation.book_publisher 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AMDSVKLANMLCDPNVKRSEIVPLTTAMTPAKIVEVVSHMNVVEMMMAMQKMRARRTPSQQAHVTNVKDNPVQIAADAAE GAWRGFDEQETTVAVARYAPFNAIALLVGSQVGRPGVLTQCSLEEATELKLGMLGHTCYAETISVYGTEPVFTDGDDTPW SKGFLASSYASRGLKMRFTSGSGSEVQMGYAEGKSMLYLEARCIYITKAAGVQGLQNGSVSCIGVPSAVPSGIRAVLAEN LICSSLDLECASSNDQTFTHSDMRRTARLLMQFLPGTDFISSGYSAVPNYDNMFAGSNEDAEDFDDYNVIQRDLKVDGGL RPVREEDVIAIRNKAARALQAVFAGMGLPPITDEEVEAATYAHGSKDMPERNIVEDIKFAQEIINKNRNGLEVVKALAQG GFTDVAQDMLNIQKAKLTGDYLHTSAIIVGDGQVLSAVNDVNDYAGPATGYRLQGERWEEIKNIPGALDPNEID ; A,L ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MEINEKLLRQIIEDVLSEMKGSDKPVSFNAPAASAAPQATPPAGDGFLTEVGEARQGTQQDEVIIAVGPAFGLAQTVNIV GIPHKSILREVIAGIEEEGIKARVIRCFKSSDVAFVAVEGNRLSGSGISIGIQSKGTTVIHQQGLPPLSNLELFPQAPLL TLETYRQIGKNAARYAKRESPQPVPTLNDQMARPKYQAKSAILHIKETKYVVTGKNPQELRVAL ; ;MEINEKLLRQIIEDVLSEMKGSDKPVSFNAPAASAAPQATPPAGDGFLTEVGEARQGTQQDEVIIAVGPAFGLAQTVNIV GIPHKSILREVIAGIEEEGIKARVIRCFKSSDVAFVAVEGNRLSGSGISIGIQSKGTTVIHQQGLPPLSNLELFPQAPLL TLETYRQIGKNAARYAKRESPQPVPTLNDQMARPKYQAKSAILHIKETKYVVTGKNPQELRVAL ; B,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MNTDAIESMVRDVLSRMNSLQGEAPAAAPAAGGASRSARVSDYPLANKHPEWVKTATNKTLDDFTLENVLSNKVTAQDMR ITPETLRLQASIAKDAGRDRLAMNFERAAELTAVPDDRILEIYNALRPYRSTKEELLAIADDLESRYQAKICAAFVREAA TLYVERKKLKGDD ; ;MNTDAIESMVRDVLSRMNSLQGEAPAAAPAAGGASRSARVSDYPLANKHPEWVKTATNKTLDDFTLENVLSNKVTAQDMR ITPETLRLQASIAKDAGRDRLAMNFERAAELTAVPDDRILEIYNALRPYRSTKEELLAIADDLESRYQAKICAAFVREAA TLYVERKKLKGDD ; G,M ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 4 'POTASSIUM ION' K 5 S-1,2-PROPANEDIOL PGO 6 COBALAMIN B12 7 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ARG n 1 3 SER n 1 4 LYS n 1 5 ARG n 1 6 PHE n 1 7 GLU n 1 8 ALA n 1 9 LEU n 1 10 ALA n 1 11 LYS n 1 12 ARG n 1 13 PRO n 1 14 VAL n 1 15 ASN n 1 16 GLN n 1 17 ASP n 1 18 GLY n 1 19 PHE n 1 20 VAL n 1 21 LYS n 1 22 GLU n 1 23 TRP n 1 24 ILE n 1 25 GLU n 1 26 GLU n 1 27 GLY n 1 28 PHE n 1 29 ILE n 1 30 ALA n 1 31 MET n 1 32 GLU n 1 33 SER n 1 34 PRO 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_refine.pdbx_method_to_determine_struct MIR _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B 7.38 _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 13322 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 194 _refine_hist.number_atoms_solvent 396 _refine_hist.number_atoms_total 13912 _refine_hist.d_res_high 2.2 _refine_hist.d_res_low 10 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function p_bond_d 0.014 0.020 ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.details _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] 1 given ? -0.971830 -0.234980 -0.018090 -0.234900 0.959620 0.154770 -0.019010 0.154660 -0.987790 160.06094 -10.86044 380.73428 2 given ? -0.969570 -0.242940 -0.030200 -0.244670 0.957390 0.153420 -0.008360 0.156140 -0.987700 161.98659 -9.81904 379.76443 3 given ? -0.969380 -0.243580 -0.031240 -0.245490 0.957840 0.149240 -0.006430 0.152340 -0.988310 162.42407 -8.96189 379.74799 # _database_PDB_matrix.entry_id 1DIO _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 1DIO _struct.title 'DIOL DEHYDRATASE-CYANOCOBALAMIN COMPLEX FROM KLEBSIELLA OXYTOCA' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1DIO _struct_keywords.pdbx_keywords LYASE _struct_keywords.text 'COENZYME B12, PROPANEDIOL, POTASSIUM ION, TIM BARREL, LYASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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Q59470 1 ? 554 ? 1 554 5 2 1DIO E 1 ? 224 ? Q59471 1 ? 224 ? 1 224 6 3 1DIO M 1 ? 173 ? 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ALA A 10 ? LYS A 4 ALA A 10 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 H2 PRO A 13 ? GLN A 16 ? PRO A 13 GLN A 16 1 ? 4 HELX_P HELX_P3 H3 ILE A 24 ? GLU A 26 ? ILE A 24 GLU A 26 4 ? 3 HELX_P HELX_P4 H4 SER A 57 ? ASP A 58 ? SER A 57 ASP A 58 4 ? 2 HELX_P HELX_P5 H5 LEU A 61 ? TYR A 69 ? LEU A 61 TYR A 69 1 ? 9 HELX_P HELX_P6 H6 LEU A 73 ? MET A 80 ? LEU A 73 MET A 80 1 ? 8 HELX_P HELX_P7 H7 SER A 84 ? CYS A 92 ? SER A 84 CYS A 92 1 ? 9 HELX_P HELX_P8 H8 ARG A 98 ? THR A 105 ? ARG A 98 THR A 105 1 ? 8 HELX_P HELX_P9 H9 PRO A 110 ? VAL A 117 ? PRO A 110 VAL A 117 1 ? 8 HELX_P HELX_P10 H10 VAL A 122 ? MET A 132 ? VAL A 122 MET A 132 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 H11 PRO A 151 ? ARG A 164 ? PRO A 151 ARG A 164 1 ? 14 HELX_P HELX_P12 H14 GLU A 205 ? MET A 213 ? GLU A 205 MET A 213 1 ? 9 HELX_P HELX_P13 H15 GLU A 229 ? ASP A 234 ? GLU A 229 ASP A 234 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 H16 PRO A 239 ? SER A 251 ? PRO A 239 SER A 251 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 H17 SER A 264 ? GLN A 267 ? 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SER L 264 GLN L 267 1 ? 4 HELX_P HELX_P58 H66 MET D 276 ? ALA D 290 ? MET L 276 ALA L 290 1 ? 15 HELX_P HELX_P59 H67 VAL D 300 ? CYS D 302 ? VAL L 300 CYS L 302 4 ? 3 HELX_P HELX_P60 H68 PRO D 306 ? ALA D 308 ? PRO L 306 ALA L 308 4 ? 3 HELX_P HELX_P61 H69 GLY D 312 ? SER D 325 ? GLY L 312 SER L 325 1 ? 14 HELX_P HELX_P62 H70 ASP D 342 ? PHE D 353 ? ASP L 342 PHE L 353 1 ? 12 HELX_P HELX_P63 H71 ASN D 369 ? ASP D 371 ? ASN L 369 ASP L 371 4 ? 3 HELX_P HELX_P64 H72 ALA D 381 ? GLU D 382 ? ALA L 381 GLU L 382 4 ? 2 HELX_P HELX_P65 H73 PHE D 384 ? LEU D 394 ? PHE L 384 LEU L 394 1 ? 11 HELX_P HELX_P66 H74 GLU D 405 ? GLY D 425 ? GLU L 405 GLY L 425 1 ? 21 HELX_P HELX_P67 H75 ASP D 433 ? THR D 440 ? ASP L 433 THR L 440 1 ? 8 HELX_P HELX_P68 H76 SER D 445 ? ASP D 447 ? SER L 445 ASP L 447 4 ? 3 HELX_P HELX_P69 H77 ILE D 453 ? ASN D 465 ? ILE L 453 ASN L 465 1 ? 13 HELX_P HELX_P70 H78 GLY D 470 ? GLY D 480 ? GLY L 470 GLY L 480 1 ? 11 HELX_P HELX_P71 H79 THR D 483 ? THR D 498 ? THR L 483 THR L 498 1 ? 16 HELX_P HELX_P72 H80 ASP D 500 ? LEU D 502 ? ASP L 500 LEU L 502 4 ? 3 HELX_P HELX_P73 H81 GLY D 535 ? LYS D 542 ? GLY L 535 LYS L 542 1 ? 8 HELX_P HELX_P74 H82 HIS E 84 ? GLU E 96 ? HIS E 84 GLU E 96 1 ? 13 HELX_P HELX_P75 H83 VAL E 113 ? ARG E 122 ? VAL E 113 ARG E 122 1 ? 10 HELX_P HELX_P76 H84 ALA E 157 ? LEU E 159 ? ALA E 157 LEU E 159 4 ? 3 HELX_P HELX_P77 H85 LEU E 162 ? ALA E 176 ? LEU E 162 ALA E 176 1 ? 15 HELX_P HELX_P78 H86 ALA E 192 ? THR E 208 ? ALA E 192 THR E 208 1 ? 17 HELX_P HELX_P79 H87 VAL F 40 ? ASP F 42 ? VAL M 40 ASP M 42 4 ? 3 HELX_P HELX_P80 H88 LEU F 45 ? LYS F 48 ? LEU M 45 LYS M 48 1 ? 4 HELX_P HELX_P81 H90 LEU F 61 ? ASP F 63 ? LEU M 61 ASP M 63 4 ? 3 HELX_P HELX_P82 H92 PRO F 83 ? ASP F 95 ? PRO M 83 ASP M 95 1 ? 13 HELX_P HELX_P83 H93 ASP F 99 ? LEU F 111 ? ASP M 99 LEU M 111 1 ? 13 HELX_P HELX_P84 H94 ASP F 116 ? LEU F 126 ? ASP M 116 LEU M 126 1 ? 11 HELX_P HELX_P85 H95 LYS F 133 ? SER F 145 ? 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L PGO 602 L K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OE1 ? 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A GLU 221 ? 1_555 K ? G K . ? A K 603 ? 1_555 OE1 ? A GLN 296 ? A GLN 296 ? 1_555 82.4 ? 11 OE1 ? A GLN 141 ? A GLN 141 ? 1_555 K ? G K . ? A K 603 ? 1_555 O ? A SER 362 ? A SER 362 ? 1_555 71.1 ? 12 OE1 ? A GLU 170 ? A GLU 170 ? 1_555 K ? G K . ? A K 603 ? 1_555 O ? A SER 362 ? A SER 362 ? 1_555 111.6 ? 13 OE2 ? A GLU 170 ? A GLU 170 ? 1_555 K ? G K . ? A K 603 ? 1_555 O ? A SER 362 ? A SER 362 ? 1_555 145.5 ? 14 OE1 ? A GLU 221 ? A GLU 221 ? 1_555 K ? G K . ? A K 603 ? 1_555 O ? A SER 362 ? A SER 362 ? 1_555 136.6 ? 15 OE1 ? A GLN 296 ? A GLN 296 ? 1_555 K ? G K . ? A K 603 ? 1_555 O ? A SER 362 ? A SER 362 ? 1_555 83.7 ? 16 OE1 ? A GLN 141 ? A GLN 141 ? 1_555 K ? G K . ? A K 603 ? 1_555 O2 ? H PGO . ? A PGO 602 ? 1_555 127.8 ? 17 OE1 ? A GLU 170 ? A GLU 170 ? 1_555 K ? G K . ? A K 603 ? 1_555 O2 ? H PGO . ? A PGO 602 ? 1_555 81.5 ? 18 OE2 ? A GLU 170 ? A GLU 170 ? 1_555 K ? G K . ? A K 603 ? 1_555 O2 ? H PGO . ? A PGO 602 ? 1_555 84.8 ? 19 OE1 ? A GLU 221 ? A GLU 221 ? 1_555 K ? 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