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N9 A G 6 ? ? C4 A G 6 ? ? 102.62 106.40 -3.78 0.40 N 109 3 C5 A G 8 ? ? N7 A G 8 ? ? C8 A G 8 ? ? 100.24 104.30 -4.06 0.50 N 110 3 N7 A G 8 ? ? C8 A G 8 ? ? N9 A G 8 ? ? 120.02 113.10 6.92 0.50 N 111 3 C8 A G 8 ? ? N9 A G 8 ? ? C4 A G 8 ? ? 102.69 106.40 -3.71 0.40 N 112 3 C5 A A 10 ? ? N7 A A 10 ? ? C8 A A 10 ? ? 100.15 103.90 -3.75 0.50 N 113 3 N7 A A 10 ? ? C8 A A 10 ? ? N9 A A 10 ? ? 120.12 113.80 6.32 0.50 N 114 3 C8 A A 10 ? ? N9 A A 10 ? ? C4 A A 10 ? ? 102.34 105.80 -3.46 0.40 N 115 3 C5 A G 11 ? ? N7 A G 11 ? ? C8 A G 11 ? ? 100.29 104.30 -4.01 0.50 N 116 3 N7 A G 11 ? ? C8 A G 11 ? ? N9 A G 11 ? ? 120.04 113.10 6.94 0.50 N 117 3 C8 A G 11 ? ? N9 A G 11 ? ? C4 A G 11 ? ? 102.59 106.40 -3.81 0.40 N 118 3 C5 A G 16 ? ? N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? 100.26 104.30 -4.04 0.50 N 119 3 N7 A G 16 ? ? C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? 120.14 113.10 7.04 0.50 N 120 3 C8 A G 16 ? ? N9 A G 16 ? ? C4 A G 16 ? ? 102.53 106.40 -3.87 0.40 N 121 3 C5 A G 17 ? ? N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? 100.42 104.30 -3.88 0.50 N 122 3 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 120.01 113.10 6.91 0.50 N 123 3 C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? C4 A G 17 ? ? 102.56 106.40 -3.84 0.40 N 124 3 C5 A G 20 ? ? N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? 100.15 104.30 -4.15 0.50 N 125 3 N7 A G 20 ? ? C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? 120.22 113.10 7.12 0.50 N 126 3 C8 A G 20 ? ? N9 A G 20 ? ? C4 A G 20 ? ? 102.55 106.40 -3.85 0.40 N 127 3 C5 A G 22 ? ? N7 A G 22 ? ? C8 A G 22 ? ? 100.31 104.30 -3.99 0.50 N 128 3 N7 A G 22 ? ? C8 A G 22 ? ? N9 A G 22 ? ? 119.99 113.10 6.89 0.50 N 129 3 C8 A G 22 ? ? N9 A G 22 ? ? C4 A G 22 ? ? 102.66 106.40 -3.74 0.40 N 130 3 C5 A G 23 ? ? N7 A G 23 ? ? C8 A G 23 ? ? 100.36 104.30 -3.94 0.50 N 131 3 N7 A G 23 ? ? C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? 120.31 113.10 7.21 0.50 N 132 3 C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? C4 A G 23 ? ? 102.49 106.40 -3.91 0.40 N 133 3 C5 A A 25 ? ? N7 A A 25 ? ? C8 A A 25 ? ? 100.06 103.90 -3.84 0.50 N 134 3 N7 A A 25 ? ? C8 A A 25 ? ? 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C4 A G 4 ? ? 102.60 106.40 -3.80 0.40 N 148 4 C5 A G 5 ? ? N7 A G 5 ? ? C8 A G 5 ? ? 100.38 104.30 -3.92 0.50 N 149 4 N7 A G 5 ? ? C8 A G 5 ? ? N9 A G 5 ? ? 120.22 113.10 7.12 0.50 N 150 4 C8 A G 5 ? ? N9 A G 5 ? ? C4 A G 5 ? ? 102.53 106.40 -3.87 0.40 N 151 4 C5 A G 6 ? ? N7 A G 6 ? ? C8 A G 6 ? ? 100.21 104.30 -4.09 0.50 N 152 4 N7 A G 6 ? ? C8 A G 6 ? ? N9 A G 6 ? ? 120.09 113.10 6.99 0.50 N 153 4 C8 A G 6 ? ? N9 A G 6 ? ? C4 A G 6 ? ? 102.59 106.40 -3.81 0.40 N 154 4 C5 A G 8 ? ? N7 A G 8 ? ? C8 A G 8 ? ? 100.30 104.30 -4.00 0.50 N 155 4 N7 A G 8 ? ? C8 A G 8 ? ? N9 A G 8 ? ? 119.99 113.10 6.89 0.50 N 156 4 C8 A G 8 ? ? N9 A G 8 ? ? C4 A G 8 ? ? 102.63 106.40 -3.77 0.40 N 157 4 C5 A A 10 ? ? N7 A A 10 ? ? C8 A A 10 ? ? 100.10 103.90 -3.80 0.50 N 158 4 N7 A A 10 ? ? C8 A A 10 ? ? N9 A A 10 ? ? 120.00 113.80 6.20 0.50 N 159 4 C8 A A 10 ? ? N9 A A 10 ? ? C4 A A 10 ? ? 102.49 105.80 -3.31 0.40 N 160 4 C5 A G 11 ? ? N7 A G 11 ? ? 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N9 A A 25 ? ? 120.02 113.80 6.22 0.50 N 227 5 C8 A A 25 ? ? N9 A A 25 ? ? C4 A A 25 ? ? 102.49 105.80 -3.31 0.40 N 228 5 C5 A A 27 ? ? N7 A A 27 ? ? C8 A A 27 ? ? 100.14 103.90 -3.76 0.50 N 229 5 N7 A A 27 ? ? C8 A A 27 ? ? N9 A A 27 ? ? 120.00 113.80 6.20 0.50 N 230 5 C8 A A 27 ? ? N9 A A 27 ? ? C4 A A 27 ? ? 102.50 105.80 -3.30 0.40 N # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 1EBQ 'double helix' 1EBQ 'a-form double helix' 1EBQ tetraloop 1EBQ 'bulge loop' 1EBQ 'mismatched base pair' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 1 1_555 A C 29 1_555 -1.018 -0.453 0.050 -4.567 -4.217 -2.029 1 A_G1:C29_A A 1 ? A 29 ? 19 1 1 A G 2 1_555 A C 28 1_555 -0.977 -0.429 0.026 -0.344 -4.998 -2.037 2 A_G2:C28_A A 2 ? A 28 ? 19 1 1 A U 3 1_555 A A 27 1_555 0.014 -0.111 0.121 0.452 -9.438 -1.526 3 A_U3:A27_A A 3 ? A 27 ? 20 1 1 A G 4 1_555 A C 26 1_555 -0.073 -0.148 0.145 -4.288 -13.462 -3.024 4 A_G4:C26_A A 4 ? A 26 ? 19 1 1 A G 5 1_555 A A 25 1_555 -0.083 1.467 0.226 1.853 -5.427 -18.152 5 A_G5:A25_A A 5 ? A 25 ? 8 ? 1 A G 6 1_555 A G 23 1_555 1.212 1.661 -0.167 -6.254 3.224 -175.383 6 A_G6:G23_A A 6 ? A 23 ? 3 ? 1 A C 7 1_555 A G 22 1_555 -0.436 -0.090 0.073 5.313 -5.155 -0.843 7 A_C7:G22_A A 7 ? A 22 ? 19 1 1 A G 8 1_555 A C 21 1_555 -0.422 -0.174 0.011 -0.647 -4.576 -1.521 8 A_G8:C21_A A 8 ? A 21 ? 19 1 1 A C 9 1_555 A G 20 1_555 0.777 -0.319 -0.174 0.073 -6.078 -0.745 9 A_C9:G20_A A 9 ? A 20 ? 19 1 1 A A 10 1_555 A U 19 1_555 0.126 -0.089 0.213 7.662 0.872 0.565 10 A_A10:U19_A A 10 ? A 19 ? 20 1 1 A G 11 1_555 A C 18 1_555 -0.206 -0.130 -0.463 -4.620 -0.048 -0.894 11 A_G11:C18_A A 11 ? A 18 ? 19 1 1 A C 12 1_555 A G 17 1_555 0.992 -0.461 -0.243 -1.618 5.668 -1.781 12 A_C12:G17_A A 12 ? A 17 ? 19 1 1 A U 13 1_555 A G 16 1_555 0.719 -4.630 0.166 -1.794 -7.048 -107.297 13 A_U13:G16_A A 13 ? A 16 ? ? 2 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 A G 1 1_555 A C 29 1_555 A G 2 1_555 A C 28 1_555 -0.262 -0.842 3.338 -4.220 14.826 33.758 -3.276 -0.143 2.755 24.036 6.842 37.017 1 AA_G1G2:C28C29_AA A 1 ? A 29 ? A 2 ? A 28 ? 1 A G 2 1_555 A C 28 1_555 A U 3 1_555 A A 27 1_555 -0.103 -0.701 3.316 -0.748 13.946 37.745 -2.578 0.066 2.891 20.709 1.111 40.158 2 AA_G2U3:A27C28_AA A 2 ? A 28 ? A 3 ? A 27 ? 1 A U 3 1_555 A A 27 1_555 A G 4 1_555 A C 26 1_555 0.015 -0.778 3.337 0.610 17.116 35.225 -3.172 0.050 2.691 26.441 -0.942 39.049 3 AA_U3G4:C26A27_AA A 3 ? A 27 ? A 4 ? A 26 ? 1 A G 4 1_555 A C 26 1_555 A G 5 1_555 A A 25 1_555 -0.444 -0.381 3.300 2.183 3.335 36.244 -1.071 1.012 3.222 5.341 -3.496 36.455 4 AA_G4G5:A25C26_AA A 4 ? A 26 ? A 5 ? A 25 ? 1 A G 5 1_555 A A 25 1_555 A G 6 1_555 A G 23 1_555 -1.626 -0.335 3.288 13.359 17.407 98.029 -0.488 1.269 3.039 11.426 -8.769 99.837 5 AA_G5G6:G23A25_AA A 5 ? A 25 ? A 6 ? A 23 ? 1 A G 6 1_555 A G 23 1_555 A C 7 1_555 A G 22 1_555 0.486 0.956 4.236 -0.789 15.961 -41.190 -3.155 0.555 3.650 -21.727 -1.075 -44.056 6 AA_G6C7:G22G23_AA A 6 ? A 23 ? A 7 ? A 22 ? 1 A C 7 1_555 A G 22 1_555 A G 8 1_555 A C 21 1_555 0.184 -0.929 3.473 -1.031 24.267 30.819 -4.252 -0.397 2.193 38.967 1.655 39.056 7 AA_C7G8:C21G22_AA A 7 ? A 22 ? A 8 ? A 21 ? 1 A G 8 1_555 A C 21 1_555 A C 9 1_555 A G 20 1_555 0.136 -0.662 3.383 1.465 14.192 38.562 -2.498 -0.034 2.972 20.648 -2.131 41.022 8 AA_G8C9:G20C21_AA A 8 ? A 21 ? A 9 ? A 20 ? 1 A C 9 1_555 A G 20 1_555 A A 10 1_555 A U 19 1_555 0.119 -1.243 3.001 -2.100 14.103 28.219 -4.468 -0.545 2.139 26.865 4.000 31.551 9 AA_C9A10:U19G20_AA A 9 ? A 20 ? A 10 ? A 19 ? 1 A A 10 1_555 A U 19 1_555 A G 11 1_555 A C 18 1_555 -0.037 -1.714 3.847 1.730 16.931 26.727 -6.390 0.399 2.362 32.746 -3.346 31.603 10 AA_A10G11:C18U19_AA A 10 ? A 19 ? A 11 ? A 18 ? 1 A G 11 1_555 A C 18 1_555 A C 12 1_555 A G 17 1_555 -0.357 -1.165 3.404 -2.216 18.147 35.711 -3.723 0.276 2.561 27.486 3.357 39.982 11 AA_G11C12:G17C18_AA A 11 ? A 18 ? A 12 ? 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