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Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93 9420 ? 1996 PNASA6 US 0027-8424 0040 ? 8790345 10.1073/PNAS.93.18.9420 1 'The Structure of Bovine F1-ATPase Complexed with the Antibiotic Inhibitor Aurovertin B' Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93 6913 ? 1996 PNASA6 US 0027-8424 0040 ? 8692918 10.1073/PNAS.93.14.6913 2 'Structure at 2.8 A Resolution of F1-ATPase from Bovine Heart Mitochondria' Nature 370 621 ? 1994 NATUAS UK 0028-0836 0006 ? 8065448 10.1038/370621A0 3 'Crystallization of F1-ATPase from Bovine Heart Mitochondria' J.Mol.Biol. 229 787 ? 1993 JMOBAK UK 0022-2836 0070 ? 8433373 10.1006/JMBI.1993.1081 4 'Inherent Asymmetry of the Structure of F1-ATPase from Bovine Heart Mitochondria at 6.5 A Resolution' 'Embo J.' 12 1775 ? 1993 EMJODG UK 0261-4189 0897 ? 8491170 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Abrahams, J.P.' 1 ? primary 'Buchanan, S.K.' 2 ? primary 'Van Raaij, M.J.' 3 ? primary 'Fearnley, I.M.' 4 ? primary 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ? _entity_src_gen.host_org_genus ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ ? _entity_src_gen.host_org_species ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector ? _entity_src_gen.host_org_details ? _entity_src_gen.expression_system_id ? _entity_src_gen.plasmid_name ? _entity_src_gen.plasmid_details ? _entity_src_gen.pdbx_description ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample ? ? CATTLE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? MUSCLE ? ? ? ? ? ? ? HEART MITOCHONDRION ? ? ? ? 2 1 sample ? ? CATTLE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? MUSCLE ? ? ? ? ? ? ? HEART MITOCHONDRION ? ? ? ? 3 1 sample ? ? CATTLE 'BOS TAURUS' 9913 ? ? ? MUSCLE ? ? ? ? ? ? ? HEART MITOCHONDRION ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP ATP0_BOVIN 1 ? ? P19483 ? 2 UNP ATPB_BOVIN 2 ? ? P00829 ? 3 UNP ATPG_BOVIN 3 ? ? P05631 ? 4 PDB 1EFR 4 ? ? 1EFR ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1EFR A 2 ? 510 ? P19483 45 ? 553 ? 2 510 2 1 1EFR B 2 ? 510 ? P19483 45 ? 553 ? 2 510 3 1 1EFR C 2 ? 510 ? P19483 45 ? 553 ? 2 510 4 2 1EFR D 1 ? 482 ? P00829 47 ? 528 ? -3 478 5 2 1EFR E 1 ? 482 ? P00829 47 ? 528 ? -3 478 6 2 1EFR F 1 ? 482 ? P00829 47 ? 528 ? -3 478 7 3 1EFR G 1 ? 272 ? P05631 26 ? 297 ? 1 272 8 4 1EFR Q 1 ? 17 ? 1EFR 0 ? 16 ? 0 16 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 1EFR GLY A 481 ? UNP P19483 SER 524 conflict 481 1 2 1EFR GLY B 481 ? UNP P19483 SER 524 conflict 481 2 3 1EFR GLY C 481 ? UNP P19483 SER 524 conflict 481 3 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ACE non-polymer . 'ACETYL GROUP' ? 'C2 H4 O' 44.053 ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 AIB 'L-peptide linking' n 'ALPHA-AMINOISOBUTYRIC ACID' ? 'C4 H9 N O2' 103.120 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ANP non-polymer . 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' ? 'C10 H17 N6 O12 P3' 506.196 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BAL peptide-like . BETA-ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TLX non-polymer . 'N1-(2-AMINO-4-METHYLPENTYL)OCTAHYDRO-PYRROLO[1,2-A] PYRIMIDINE' ? 'C13 H27 N3' 225.374 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 YCP 'L-peptide linking' . '(2S)-piperidine-2-carboxylic acid' ? 'C6 H11 N O2' 129.157 # _exptl.entry_id 1EFR _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.03 _exptl_crystal.density_percent_sol 54.00 _exptl_crystal.description 'THE CRYOPROTECTANT WAS 20% (W/V) GLYCEROL.' # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 8.2 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'PH 8.2' # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector 'IMAGE PLATE' _diffrn_detector.type MARRESEARCH _diffrn_detector.pdbx_collection_date 1995-05-04 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol ? _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.87 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'SRS BEAMLINE PX9.6' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SRS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline PX9.6 _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.87 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 1EFR _reflns.observed_criterion_sigma_I 0.000 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low ? _reflns.d_resolution_high ? _reflns.number_obs 68961 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 86.0 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.07900 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 2.600 # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 3.10 _reflns_shell.d_res_low 3.35 _reflns_shell.percent_possible_all 83.0 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.15200 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs ? _reflns_shell.pdbx_redundancy 2.50 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 1EFR _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 54888 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.000 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 5.50 _refine.ls_d_res_high 3.10 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.177 _refine.ls_R_factor_R_free 0.220 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 1.260 _refine.ls_number_reflns_R_free 692 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ;FOR THE PURPOSES OF REFINEMENT, AMPPNP WAS MODELED AS ATP THE POSITIONS OF SIDE CHAIN ATOMS WITH TEMPERATURE FACTORS GREATER THAN 75 IS UNCERTAIN. THE MAIN CHAIN CONFORMATION IS ALSO UNCERTAIN FOR REGIONS WITH TEMPERATURE FACTORS ABOVE 60. RESIDUES A 407-408 AND B 402-409 INCLUSIVE HAVE BEEN GIVEN ZERO OCCUPANCY AS THERE WAS NO INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY IN THIS REGION. SOLVENT MOLECULES HAVE BEEN USED TO MODEL SOME FEATURES IN THE ELECTRON DENSITY THAT ARE PROBABLY DUE TO THE "MISSING" REGIONS OF THE GAMMA SUBUNIT (CHAIN G). OTHER SOLVENT MOLECULES (SOME WITH UNUSUALLY LOW B VALUES) MODEL OTHER FEATURES IN THE ELECTRON DENSITY WHICH PROBABLY REPRESENT LARGER MOLECULES (EG GLYCEROL) THAT COULD NOT BE IDENTIFIED UNAMBIGUOUSLY AT THE RESOLUTION OF THE ELECTRON DENSITY MAPS. ASP A, B, AND C 270: THE PEPTIDE BOND BETWEEN ASP 269 AND ASP 270 HAS BEEN MODELED IN A CIS CONFORMATION. RESIDUAL FEATURES IN THE ELECTRON DENSITY AND THE STRAINED STEREOCHEMISTRY OF THIS RESIDUE SUGGESTS THAT THERE IS SOME CONFORMATIONAL DISORDER IN THIS RESIDUE. ASN D, E, AND F 257: THE PEPTIDE BOND BETWEEN ASP 256 AND ASN 257 HAS BEEN MODELED IN A CIS CONFORMATION. THE POSITIONS OF SIDE CHAIN ATOMS WITH TEMPERATURE FACTORS GREATER THAN 75 IS UNCERTAIN. THE MAIN CHAIN CONFORMATION IS ALSO UNCERTAIN FOR REGIONS WITH TEMPERATURE FACTORS ABOVE 60. RESIDUES A 407-408 AND B 402 ; _refine.pdbx_starting_model 1BMF _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model TNT _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'STANDARD TNT' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 22836 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 156 _refine_hist.number_atoms_solvent 535 _refine_hist.number_atoms_total 23527 _refine_hist.d_res_high 3.10 _refine_hist.d_res_low 5.50 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function t_bond_d 0.006 ? 0.800 23333 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_angle_deg 1.750 ? 1.600 31448 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_dihedral_angle_d 16.200 ? 1.000 14267 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_incorr_chiral_ct ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_pseud_angle ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_trig_c_planes 0.006 ? 2.000 576 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_gen_planes 0.008 ? 5.000 3379 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_it 3.600 ? 0.300 23110 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_nbd 0.016 ? 15.000 525 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_omega_torsion ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_other_torsion ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_improper_torsion ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_chiral_improper_torsion ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_sum_occupancies ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_utility_distance ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_utility_angle ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_utility_torsion ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_ideal_dist_contact ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _pdbx_refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _pdbx_refine.entry_id 1EFR _pdbx_refine.R_factor_all_no_cutoff ? _pdbx_refine.R_factor_obs_no_cutoff 0.1770 _pdbx_refine.free_R_factor_no_cutoff 0.225 _pdbx_refine.free_R_error_no_cutoff ? _pdbx_refine.free_R_val_test_set_size_perc_no_cutoff 1.26 _pdbx_refine.free_R_val_test_set_ct_no_cutoff 692 _pdbx_refine.R_factor_all_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.R_factor_obs_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.free_R_factor_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.free_R_val_test_set_size_perc_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.free_R_val_test_set_ct_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.number_reflns_obs_4sig_cutoff ? # _struct.entry_id 1EFR _struct.title 'BOVINE MITOCHONDRIAL F1-ATPASE COMPLEXED WITH THE PEPTIDE ANTIBIOTIC EFRAPEPTIN' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1EFR _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE/ANTIBIOTIC _struct_keywords.text ;ANTIBIOTIC, ATP PHOSPHORYLASE, HYDROGEN ION TRANSPORT, ATP SYNTHASE, F1-ATPASE, IONOPHORE, HYDROLASE-ANTIBIOTIC COMPLEX, EFRAPEPTIN, F1-ATPASE-ANTIBIOTIC COMPLEX ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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H ACE 1 C ? ? ? 1_555 H YCP 2 N ? ? Q ACE 0 Q YCP 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.504 ? ? covale2 covale both ? H YCP 2 C ? ? ? 1_555 H AIB 3 N ? ? Q YCP 1 Q AIB 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? ? covale3 covale both ? H AIB 3 C ? ? ? 1_555 H YCP 4 N ? ? Q AIB 2 Q YCP 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? ? covale4 covale both ? H YCP 4 C ? ? ? 1_555 H AIB 5 N ? ? Q YCP 3 Q AIB 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? ? covale5 covale both ? H AIB 5 C ? ? ? 1_555 H AIB 6 N ? ? Q AIB 4 Q AIB 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.309 ? ? covale6 covale both ? H AIB 6 C ? ? ? 1_555 H LEU 7 N ? ? Q AIB 5 Q LEU 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.340 ? ? covale7 covale both ? H LEU 7 C ? ? ? 1_555 H BAL 8 N ? ? Q LEU 6 Q BAL 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? ? covale8 covale both ? H BAL 8 C ? ? ? 1_555 H GLY 9 N ? ? Q BAL 7 Q GLY 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.320 ? ? covale9 covale both ? H GLY 9 C ? ? ? 1_555 H AIB 10 N ? ? Q GLY 8 Q AIB 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? ? covale10 covale both ? H AIB 10 C ? ? ? 1_555 H AIB 11 N ? ? Q AIB 9 Q AIB 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? ? covale11 covale both ? H AIB 11 C ? ? ? 1_555 H YCP 12 N ? ? Q AIB 10 Q YCP 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? ? covale12 covale both ? H YCP 12 C ? ? ? 1_555 H AIB 13 N ? ? Q YCP 11 Q AIB 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.305 ? ? covale13 covale both ? H AIB 13 C ? ? ? 1_555 H GLY 14 N ? ? Q AIB 12 Q GLY 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? ? covale14 covale both ? H LEU 15 C ? ? ? 1_555 H AIB 16 N ? ? Q LEU 14 Q AIB 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? ? covale15 covale one ? H AIB 16 C ? ? ? 1_555 H TLX 17 "N'" ? ? Q AIB 15 Q TLX 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.340 ? ? metalc1 metalc ? ? A THR 176 OG1 ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? A THR 176 A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? ? metalc2 metalc ? ? J ANP . O2B ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? A ANP 600 A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? ? metalc3 metalc ? ? J ANP . O2G ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? A ANP 600 A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.764 ? ? metalc4 metalc ? ? I MG . MG ? ? ? 1_555 S HOH . O ? ? A MG 601 A HOH 2032 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? ? metalc5 metalc ? ? B THR 176 OG1 ? ? ? 1_555 K MG . MG ? ? B THR 176 B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? ? metalc6 metalc ? ? L ANP . O2G ? ? ? 1_555 K MG . MG ? ? B ANP 600 B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.848 ? ? metalc7 metalc ? ? L ANP . O2B ? ? ? 1_555 K MG . MG ? ? B ANP 600 B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.715 ? ? metalc8 metalc ? ? K MG . MG ? ? ? 1_555 T HOH . O ? ? B MG 601 B HOH 2055 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.979 ? ? metalc9 metalc ? ? C THR 176 OG1 ? ? ? 1_555 M MG . MG ? ? C THR 176 C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.946 ? ? metalc10 metalc ? ? N ANP . O2B ? ? ? 1_555 M MG . MG ? ? C ANP 600 C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? ? metalc11 metalc ? ? N ANP . O2G ? ? ? 1_555 M MG . MG ? ? C ANP 600 C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? ? metalc12 metalc ? ? D THR 167 OG1 ? ? ? 1_555 O MG . MG ? ? D THR 163 D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? ? metalc13 metalc ? ? P ADP . O2B ? ? ? 1_555 O MG . MG ? ? D ADP 600 D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? ? metalc14 metalc ? ? F THR 167 OG1 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? F THR 163 F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? ? metalc15 metalc ? ? R ANP . O2G ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? F ANP 600 F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? ? metalc16 metalc ? ? R ANP . O2B ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? F ANP 600 F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.712 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 269 A . ? ASP 269 A ASP 270 A ? ASP 270 A 1 -4.11 2 ARG 362 A . ? ARG 362 A PRO 363 A ? PRO 363 A 1 1.22 3 ASP 269 B . ? ASP 269 B ASP 270 B ? ASP 270 B 1 -4.21 4 ARG 362 B . ? ARG 362 B PRO 363 B ? PRO 363 B 1 1.11 5 ASP 269 C . ? ASP 269 C ASP 270 C ? ASP 270 C 1 -3.10 6 ARG 362 C . ? ARG 362 C PRO 363 C ? PRO 363 C 1 1.29 7 ASP 260 D . ? ASP 256 D ASN 261 D ? ASN 257 D 1 3.90 8 TYR 349 D . ? TYR 345 D PRO 350 D ? PRO 346 D 1 -0.90 9 ASP 260 E . ? ASP 256 E ASN 261 E ? ASN 257 E 1 -0.86 10 TYR 349 E . ? TYR 345 E PRO 350 E ? PRO 346 E 1 -0.34 11 ASP 260 F . ? ASP 256 F ASN 261 F ? ASN 257 F 1 4.62 12 TYR 349 F . ? TYR 345 F PRO 350 F ? PRO 346 F 1 0.31 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 11 ? AB ? 2 ? AC ? 8 ? AD ? 2 ? BA ? 11 ? BB ? 2 ? BC ? 6 ? BD ? 7 ? BE ? 2 ? CA ? 11 ? CB ? 2 ? CC ? 8 ? DA ? 2 ? DB ? 8 ? EA ? 2 ? EB ? 7 ? FA ? 2 ? FB ? 8 ? FC ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? parallel AA 2 3 ? anti-parallel AA 3 4 ? anti-parallel AA 4 5 ? anti-parallel AA 5 6 ? parallel AA 6 7 ? parallel AA 7 8 ? anti-parallel AA 8 9 ? anti-parallel AA 9 10 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AC 1 2 ? parallel AC 2 3 ? parallel AC 3 4 ? parallel AC 4 5 ? parallel AC 5 6 ? parallel AC 6 7 ? parallel AC 7 8 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel BA 1 2 ? parallel BA 2 3 ? anti-parallel BA 3 4 ? anti-parallel BA 4 5 ? anti-parallel BA 5 6 ? parallel BA 6 7 ? parallel BA 7 8 ? anti-parallel BA 8 9 ? anti-parallel BA 9 10 ? anti-parallel BB 1 2 ? anti-parallel BC 1 2 ? parallel BC 2 3 ? parallel BC 3 4 ? parallel BC 4 5 ? parallel BC 5 6 ? anti-parallel BD 1 2 ? parallel BD 2 3 ? parallel BD 3 4 ? parallel BD 4 5 ? parallel BD 5 6 ? parallel BD 6 7 ? parallel BE 1 2 ? anti-parallel CA 1 2 ? parallel CA 2 3 ? anti-parallel CA 3 4 ? anti-parallel CA 4 5 ? anti-parallel CA 5 6 ? parallel CA 6 7 ? parallel CA 7 8 ? anti-parallel CA 8 9 ? anti-parallel CA 9 10 ? anti-parallel CB 1 2 ? anti-parallel CC 1 2 ? parallel CC 2 3 ? parallel CC 3 4 ? parallel CC 4 5 ? parallel CC 5 6 ? parallel CC 6 7 ? parallel CC 7 8 ? anti-parallel DA 1 2 ? anti-parallel DB 1 2 ? parallel DB 2 3 ? parallel DB 3 4 ? parallel DB 4 5 ? parallel DB 5 6 ? parallel DB 6 7 ? parallel DB 7 8 ? anti-parallel EA 1 2 ? anti-parallel EB 1 2 ? parallel EB 2 3 ? parallel EB 3 4 ? parallel EB 4 5 ? parallel EB 5 6 ? parallel EB 6 7 ? parallel FA 1 2 ? anti-parallel FB 1 2 ? parallel FB 2 3 ? parallel FB 3 4 ? parallel FB 4 5 ? parallel FB 5 6 ? parallel FB 6 7 ? parallel FB 7 8 ? anti-parallel FC 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA 1 THR A 28 ? GLY A 35 ? THR A 28 GLY A 35 AA 2 ILE A 87 ? ARG A 90 ? ILE A 87 ARG A 90 AA 3 MET A 52 ? PHE A 55 ? MET A 52 PHE A 55 AA 4 LYS A 60 ? GLU A 67 ? LYS A 60 GLU A 67 AA 5 THR E 14 ? ILE E 21 ? THR E 10 ILE E 17 AA 6 VAL E 24 ? GLN E 28 ? VAL E 20 GLN E 24 AA 7 THR E 61 ? ALA E 66 ? THR E 57 ALA E 62 AA 8 VAL E 50 ? HIS E 56 ? VAL E 46 HIS E 52 AA 9 ALA E 39 ? VAL E 42 ? ALA E 35 VAL E 38 AA 10 LYS E 78 ? ASP E 81 ? LYS E 74 ASP E 77 AA 11 THR A 28 ? GLY A 35 ? THR A 28 GLY A 35 AB 1 ASP A 96 ? PRO A 98 ? ASP A 96 PRO A 98 AB 2 ARG A 126 ? ARG A 128 ? ARG A 126 ARG A 128 AC 1 VAL A 107 ? VAL A 108 ? VAL A 107 VAL A 108 AC 2 THR A 229 ? ALA A 234 ? THR A 229 ALA A 234 AC 3 TYR A 200 ? ILE A 206 ? TYR A 200 ILE A 206 AC 4 HIS A 263 ? ASP A 269 ? HIS A 263 ASP A 269 AC 5 SER A 320 ? GLU A 328 ? SER A 320 GLU A 328 AC 6 LEU A 166 ? GLY A 169 ? LEU A 166 GLY A 169 AC 7 GLY A 348 ? LEU A 352 ? GLY A 348 LEU A 352 AC 8 VAL A 371 ? SER A 372 ? VAL A 371 SER A 372 AD 1 PRO A 145 ? MET A 146 ? 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VAL B 107 ASP B 109 BD 2 THR B 229 ? ALA B 234 ? THR B 229 ALA B 234 BD 3 TYR B 200 ? ILE B 206 ? TYR B 200 ILE B 206 BD 4 HIS B 263 ? ASP B 269 ? HIS B 263 ASP B 269 BD 5 SER B 320 ? GLU B 328 ? SER B 320 GLU B 328 BD 6 LEU B 166 ? GLY B 169 ? LEU B 166 GLY B 169 BD 7 GLN B 349 ? PHE B 351 ? GLN B 349 PHE B 351 BE 1 ALA B 310 ? LYS B 311 ? ALA B 310 LYS B 311 BE 2 SER B 320 ? GLU B 328 ? SER B 320 GLU B 328 CA 1 THR C 28 ? GLY C 35 ? THR C 28 GLY C 35 CA 2 ILE C 87 ? ARG C 90 ? ILE C 87 ARG C 90 CA 3 MET C 52 ? PHE C 55 ? MET C 52 PHE C 55 CA 4 LYS C 60 ? GLU C 67 ? LYS C 60 GLU C 67 CA 5 THR D 14 ? ILE D 21 ? THR D 10 ILE D 17 CA 6 VAL D 24 ? GLN D 28 ? VAL D 20 GLN D 24 CA 7 THR D 61 ? ALA D 66 ? THR D 57 ALA D 62 CA 8 VAL D 50 ? HIS D 56 ? VAL D 46 HIS D 52 CA 9 ALA D 39 ? VAL D 42 ? ALA D 35 VAL D 38 CA 10 LYS D 78 ? ASP D 81 ? LYS D 74 ASP D 77 CA 11 THR C 28 ? GLY C 35 ? THR C 28 GLY C 35 CB 1 ASP C 96 ? VAL C 99 ? ASP C 96 VAL C 99 CB 2 ALA C 125 ? ARG C 128 ? ALA C 125 ARG C 128 CC 1 ARG C 106 ? VAL C 108 ? ARG C 106 VAL C 108 CC 2 THR C 229 ? ALA C 234 ? THR C 229 ALA C 234 CC 3 TYR C 200 ? ILE C 206 ? TYR C 200 ILE C 206 CC 4 HIS C 263 ? ASP C 269 ? HIS C 263 ASP C 269 CC 5 SER C 320 ? GLU C 328 ? SER C 320 GLU C 328 CC 6 LEU C 166 ? GLY C 169 ? LEU C 166 GLY C 169 CC 7 GLY C 348 ? LEU C 352 ? GLY C 348 LEU C 352 CC 8 VAL C 371 ? SER C 372 ? VAL C 371 SER C 372 DA 1 ARG D 87 ? VAL D 90 ? ARG D 83 VAL D 86 DA 2 GLN D 116 ? ALA D 119 ? GLN D 112 ALA D 115 DB 1 ILE D 98 ? MET D 99 ? ILE D 94 MET D 95 DB 2 VAL D 219 ? GLY D 224 ? VAL D 215 GLY D 220 DB 3 TYR D 184 ? VAL D 190 ? TYR D 180 VAL D 186 DB 4 VAL D 255 ? ASP D 260 ? VAL D 251 ASP D 256 DB 5 ILE D 308 ? TYR D 315 ? ILE D 304 TYR D 311 DB 6 LYS D 155 ? GLY D 160 ? LYS D 151 GLY D 156 DB 7 ALA D 335 ? VAL D 338 ? ALA D 331 VAL D 334 DB 8 THR D 358 ? SER D 359 ? THR D 354 SER D 355 EA 1 ARG E 87 ? PRO E 89 ? ARG E 83 PRO E 85 EA 2 PHE E 117 ? ALA E 119 ? PHE E 113 ALA E 115 EB 1 ILE E 98 ? MET E 99 ? ILE E 94 MET E 95 EB 2 VAL E 219 ? GLN E 225 ? VAL E 215 GLN E 221 EB 3 SER E 185 ? GLU E 192 ? SER E 181 GLU E 188 EB 4 ASP E 254 ? ASP E 260 ? ASP E 250 ASP E 256 EB 5 SER E 307 ? ALA E 313 ? SER E 303 ALA E 309 EB 6 LYS E 155 ? PHE E 159 ? LYS E 151 PHE E 155 EB 7 ALA E 335 ? VAL E 338 ? ALA E 331 VAL E 334 FA 1 ARG F 87 ? VAL F 90 ? ARG F 83 VAL F 86 FA 2 GLN F 116 ? ALA F 119 ? GLN F 112 ALA F 115 FB 1 ILE F 98 ? MET F 99 ? ILE F 94 MET F 95 FB 2 VAL F 219 ? GLY F 224 ? VAL F 215 GLY F 220 FB 3 TYR F 184 ? VAL F 190 ? TYR F 180 VAL F 186 FB 4 VAL F 255 ? ASP F 260 ? VAL F 251 ASP F 256 FB 5 ILE F 308 ? TYR F 315 ? ILE F 304 TYR F 311 FB 6 LYS F 155 ? GLY F 160 ? LYS F 151 GLY F 156 FB 7 ALA F 335 ? VAL F 338 ? ALA F 331 VAL F 334 FB 8 THR F 358 ? SER F 359 ? THR F 354 SER F 355 FC 1 ILE F 136 ? LEU F 137 ? ILE F 132 LEU F 133 FC 2 TYR F 150 ? ALA F 151 ? TYR F 146 ALA F 147 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA 1 2 N GLY A 29 ? N GLY A 29 O VAL A 88 ? O VAL A 88 AA 2 3 N LYS A 89 ? N LYS A 89 O GLU A 54 ? O GLU A 54 AA 3 4 N VAL A 53 ? N VAL A 53 O GLY A 61 ? O GLY A 61 AA 4 5 N LEU A 66 ? N LEU A 66 O VAL E 20 ? O VAL E 16 AA 5 6 N ILE E 21 ? N ILE E 17 O VAL E 24 ? O VAL E 20 AA 6 7 N VAL E 27 ? N VAL E 23 O VAL E 62 ? O VAL E 58 AA 7 8 N ILE E 65 ? N ILE E 61 O GLU E 52 ? O GLU E 48 AA 8 9 N LEU E 51 ? N LEU E 47 O LEU E 40 ? O LEU E 36 AA 9 10 N GLU E 41 ? N GLU E 37 O LEU E 80 ? O LEU E 76 AB 1 2 N VAL A 97 ? N VAL A 97 O ARG A 127 ? O ARG A 127 AC 1 2 N VAL A 108 ? N VAL A 108 O VAL A 231 ? O VAL A 231 AC 2 3 N ILE A 230 ? N ILE A 230 O CYS A 201 ? O CYS A 201 AC 3 4 N TYR A 200 ? N TYR A 200 O HIS A 263 ? O HIS A 263 AC 4 5 N ALA A 264 ? N ALA A 264 O SER A 320 ? O SER A 320 AC 5 6 N ILE A 327 ? N ILE A 327 O ILE A 167 ? O ILE A 167 AC 6 7 N LEU A 166 ? N LEU A 166 O GLY A 348 ? O GLY A 348 AC 7 8 N GLN A 349 ? N GLN A 349 O VAL A 371 ? O VAL A 371 AD 1 2 N MET A 146 ? N MET A 146 O ILE A 159 ? O ILE A 159 BA 1 2 N GLY B 29 ? N GLY B 29 O VAL B 88 ? O VAL B 88 BA 2 3 N LYS B 89 ? N LYS B 89 O GLU B 54 ? O GLU B 54 BA 3 4 N VAL B 53 ? N VAL B 53 O GLY B 61 ? O GLY B 61 BA 4 5 N LEU B 66 ? N LEU B 66 O VAL F 20 ? O VAL F 16 BA 5 6 N ILE F 21 ? N ILE F 17 O VAL F 24 ? O VAL F 20 BA 6 7 N VAL F 27 ? N VAL F 23 O VAL F 62 ? O VAL F 58 BA 7 8 N ILE F 65 ? N ILE F 61 O GLU F 52 ? O GLU F 48 BA 8 9 N LEU F 51 ? N LEU F 47 O LEU F 40 ? O LEU F 36 BA 9 10 N GLU F 41 ? N GLU F 37 O LEU F 80 ? O LEU F 76 BB 1 2 N VAL B 99 ? N VAL B 99 O ALA B 125 ? O ALA B 125 BC 1 2 N VAL B 108 ? N VAL B 108 O VAL B 231 ? O VAL B 231 BC 2 3 N ILE B 230 ? N ILE B 230 O CYS B 201 ? O CYS B 201 BC 3 4 N TYR B 200 ? N TYR B 200 O HIS B 263 ? O HIS B 263 BC 4 5 N ALA B 264 ? N ALA B 264 O SER B 320 ? O SER B 320 BC 5 6 N LEU B 321 ? N LEU B 321 O ALA B 310 ? O ALA B 310 BD 1 2 N VAL B 108 ? N VAL B 108 O VAL B 231 ? O VAL B 231 BD 2 3 N ILE B 230 ? N ILE B 230 O CYS B 201 ? O CYS B 201 BD 3 4 N TYR B 200 ? N TYR B 200 O HIS B 263 ? O HIS B 263 BD 4 5 N ALA B 264 ? N ALA B 264 O SER B 320 ? O SER B 320 BD 5 6 N ILE B 327 ? N ILE B 327 O ILE B 167 ? O ILE B 167 BD 6 7 N ILE B 168 ? N ILE B 168 O ILE B 350 ? O ILE B 350 BE 1 2 N ALA B 310 ? N ALA B 310 O LEU B 321 ? O LEU B 321 CA 1 2 N GLY C 29 ? N GLY C 29 O VAL C 88 ? O VAL C 88 CA 2 3 N LYS C 89 ? N LYS C 89 O GLU C 54 ? O GLU C 54 CA 3 4 N VAL C 53 ? N VAL C 53 O GLY C 61 ? O GLY C 61 CA 4 5 N LEU C 66 ? N LEU C 66 O VAL D 20 ? O VAL D 16 CA 5 6 N ILE D 21 ? N ILE D 17 O VAL D 24 ? O VAL D 20 CA 6 7 N VAL D 27 ? N VAL D 23 O VAL D 62 ? O VAL D 58 CA 7 8 N ILE D 65 ? N ILE D 61 O GLU D 52 ? O GLU D 48 CA 8 9 N LEU D 51 ? N LEU D 47 O LEU D 40 ? O LEU D 36 CA 9 10 N GLU D 41 ? N GLU D 37 O LEU D 80 ? O LEU D 76 CB 1 2 N VAL C 99 ? N VAL C 99 O ALA C 125 ? O ALA C 125 CC 1 2 N VAL C 108 ? N VAL C 108 O VAL C 231 ? O VAL C 231 CC 2 3 N ILE C 230 ? N ILE C 230 O CYS C 201 ? O CYS C 201 CC 3 4 N TYR C 200 ? N TYR C 200 O HIS C 263 ? O HIS C 263 CC 4 5 N ALA C 264 ? N ALA C 264 O SER C 320 ? O SER C 320 CC 5 6 N ILE C 327 ? N ILE C 327 O ILE C 167 ? O ILE C 167 CC 6 7 N LEU C 166 ? N LEU C 166 O GLY C 348 ? O GLY C 348 CC 7 8 N GLN C 349 ? N GLN C 349 O VAL C 371 ? O VAL C 371 DA 1 2 N VAL D 90 ? N VAL D 86 O GLN D 116 ? O GLN D 112 DB 1 2 N MET D 99 ? N MET D 95 O LEU D 221 ? O LEU D 217 DB 2 3 N ALA D 220 ? N ALA D 216 O SER D 185 ? O SER D 181 DB 3 4 N VAL D 186 ? N VAL D 182 O LEU D 256 ? O LEU D 252 DB 4 5 N LEU D 257 ? N LEU D 253 O THR D 309 ? O THR D 305 DB 5 6 N GLN D 312 ? N GLN D 308 O ILE D 156 ? O ILE D 152 DB 6 7 N GLY D 157 ? N GLY D 153 O ALA D 335 ? O ALA D 331 DB 7 8 N THR D 336 ? N THR D 332 O THR D 358 ? O THR D 354 EA 1 2 N ILE E 88 ? N ILE E 84 O ALA E 118 ? O ALA E 114 EB 1 2 N MET E 99 ? N MET E 95 O LEU E 221 ? O LEU E 217 EB 2 3 N ALA E 220 ? N ALA E 216 O SER E 185 ? O SER E 181 EB 3 4 N VAL E 186 ? N VAL E 182 O LEU E 256 ? O LEU E 252 EB 4 5 N VAL E 255 ? N VAL E 251 O SER E 307 ? O SER E 303 EB 5 6 N GLN E 312 ? N GLN E 308 O ILE E 156 ? O ILE E 152 EB 6 7 N GLY E 157 ? N GLY E 153 O ALA E 335 ? O ALA E 331 FA 1 2 N VAL F 90 ? N VAL F 86 O GLN F 116 ? O GLN F 112 FB 1 2 N MET F 99 ? N MET F 95 O LEU F 221 ? O LEU F 217 FB 2 3 N ALA F 220 ? N ALA F 216 O SER F 185 ? O SER F 181 FB 3 4 N VAL F 186 ? N VAL F 182 O LEU F 256 ? O LEU F 252 FB 4 5 N LEU F 257 ? N LEU F 253 O THR F 309 ? O THR F 305 FB 5 6 N GLN F 312 ? N GLN F 308 O ILE F 156 ? O ILE F 152 FB 6 7 N GLY F 157 ? N GLY F 153 O ALA F 335 ? O ALA F 331 FB 7 8 N THR F 336 ? N THR F 332 O THR F 358 ? O THR F 354 FC 1 2 N LEU F 137 ? N LEU F 133 O TYR F 150 ? O TYR F 146 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details PLP Author ? ? ? ? 6 'THE RESIDUE LISTED IS THE LYSINE WITHIN THE P-LOOP (PHOSPHATE BINDING) MOTIF, GXXXXGKT/S.' CAT Author ? ? ? ? 6 ;THE CARBOXYLATE GROUP OF THE GLUTAMIC ACID RESIDUE IS BELIEVED TO ACTIVATE A WATER MOLECULE FOR INLINE ATTACK ON THE GAMMA PHOSPHATE DURING ATP HYDROLYSIS. THE ARGININE RESIDUE (WHICH IS LOCATED ON AN ADJACENT ALPHA SUBUNIT) COULD HELP TO STABLIZE THE NEGATIVE CHARGE THAT DEVELOPS ON THE TERMINAL PHOSPHATE IN THE PUTATIVE PENTACOORDINATED TRANSITION STATE. ; AC1 Software A MG 601 ? 3 'BINDING SITE FOR RESIDUE MG A 601' AC2 Software B MG 601 ? 3 'BINDING SITE FOR RESIDUE MG B 601' AC3 Software C MG 601 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE MG C 601' AC4 Software D MG 601 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE MG D 601' AC5 Software F MG 601 ? 3 'BINDING SITE FOR RESIDUE MG F 601' AC6 Software A ANP 600 ? 17 'BINDING SITE FOR RESIDUE ANP A 600' AC7 Software B ANP 600 ? 13 'BINDING SITE FOR RESIDUE ANP B 600' AC8 Software C ANP 600 ? 19 'BINDING SITE FOR RESIDUE ANP C 600' AC9 Software D ADP 600 ? 17 'BINDING SITE FOR RESIDUE ADP D 600' BC1 Software F ANP 600 ? 18 'BINDING SITE FOR RESIDUE ANP F 600' BC2 Software ? ? ? ? 19 'BINDING SITE FOR CHAIN Q OF EFRAPEPTIN C' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 PLP 6 LYS A 175 ? LYS A 175 . ? 1_555 ? 2 PLP 6 LYS B 175 ? LYS B 175 . ? 1_555 ? 3 PLP 6 LYS C 175 ? LYS C 175 . ? 1_555 ? 4 PLP 6 LYS D 166 ? LYS D 162 . ? 1_555 ? 5 PLP 6 LYS E 166 ? LYS E 162 . ? 1_555 ? 6 PLP 6 LYS F 166 ? LYS F 162 . ? 1_555 ? 7 CAT 6 GLU D 192 ? GLU D 188 . ? 1_555 ? 8 CAT 6 ARG C 373 ? ARG C 373 . ? 1_555 ? 9 CAT 6 GLU E 192 ? GLU E 188 . ? 1_555 ? 10 CAT 6 ARG A 373 ? ARG A 373 . ? 1_555 ? 11 CAT 6 GLU F 192 ? GLU F 188 . ? 1_555 ? 12 CAT 6 ARG B 373 ? ARG B 373 . ? 1_555 ? 13 AC1 3 THR A 176 ? THR A 176 . ? 1_555 ? 14 AC1 3 ANP J . ? ANP A 600 . ? 1_555 ? 15 AC1 3 HOH S . ? HOH A 2032 . ? 1_555 ? 16 AC2 3 THR B 176 ? THR B 176 . ? 1_555 ? 17 AC2 3 ANP L . ? ANP B 600 . ? 1_555 ? 18 AC2 3 HOH T . ? HOH B 2055 . ? 1_555 ? 19 AC3 2 THR C 176 ? THR C 176 . ? 1_555 ? 20 AC3 2 ANP N . ? ANP C 600 . ? 1_555 ? 21 AC4 4 THR D 167 ? THR D 163 . ? 1_555 ? 22 AC4 4 GLU D 192 ? GLU D 188 . ? 1_555 ? 23 AC4 4 ARG D 193 ? ARG D 189 . ? 1_555 ? 24 AC4 4 ADP P . ? ADP D 600 . ? 1_555 ? 25 AC5 3 THR F 167 ? THR F 163 . ? 1_555 ? 26 AC5 3 GLU F 192 ? GLU F 188 . ? 1_555 ? 27 AC5 3 ANP R . ? ANP F 600 . ? 1_555 ? 28 AC6 17 ASP A 170 ? ASP A 170 . ? 1_555 ? 29 AC6 17 ARG A 171 ? ARG A 171 . ? 1_555 ? 30 AC6 17 GLN A 172 ? GLN A 172 . ? 1_555 ? 31 AC6 17 THR A 173 ? THR A 173 . ? 1_555 ? 32 AC6 17 GLY A 174 ? GLY A 174 . ? 1_555 ? 33 AC6 17 LYS A 175 ? LYS A 175 . ? 1_555 ? 34 AC6 17 THR A 176 ? THR A 176 . ? 1_555 ? 35 AC6 17 SER A 177 ? SER A 177 . ? 1_555 ? 36 AC6 17 PHE A 357 ? PHE A 357 . ? 1_555 ? 37 AC6 17 ARG A 362 ? ARG A 362 . ? 1_555 ? 38 AC6 17 PRO A 363 ? PRO A 363 . ? 1_555 ? 39 AC6 17 GLN A 430 ? GLN A 430 . ? 1_555 ? 40 AC6 17 GLN A 432 ? GLN A 432 . ? 1_555 ? 41 AC6 17 MG I . ? MG A 601 . ? 1_555 ? 42 AC6 17 HOH S . ? HOH A 2065 . ? 1_555 ? 43 AC6 17 HOH S . ? HOH A 2087 . ? 1_555 ? 44 AC6 17 HOH S . ? HOH A 2088 . ? 1_555 ? 45 AC7 13 ARG B 171 ? ARG B 171 . ? 1_555 ? 46 AC7 13 GLN B 172 ? GLN B 172 . ? 1_555 ? 47 AC7 13 THR B 173 ? THR B 173 . ? 1_555 ? 48 AC7 13 GLY B 174 ? GLY B 174 . ? 1_555 ? 49 AC7 13 LYS B 175 ? LYS B 175 . ? 1_555 ? 50 AC7 13 THR B 176 ? THR B 176 . ? 1_555 ? 51 AC7 13 SER B 177 ? SER B 177 . ? 1_555 ? 52 AC7 13 PHE B 357 ? PHE B 357 . ? 1_555 ? 53 AC7 13 ARG B 362 ? ARG B 362 . ? 1_555 ? 54 AC7 13 GLN B 430 ? GLN B 430 . ? 1_555 ? 55 AC7 13 GLN B 432 ? GLN B 432 . ? 1_555 ? 56 AC7 13 MG K . ? MG B 601 . ? 1_555 ? 57 AC7 13 HOH T . ? HOH B 2032 . ? 1_555 ? 58 AC8 19 ASP C 170 ? ASP C 170 . ? 1_555 ? 59 AC8 19 ARG C 171 ? ARG C 171 . ? 1_555 ? 60 AC8 19 GLN C 172 ? GLN C 172 . ? 1_555 ? 61 AC8 19 THR C 173 ? THR C 173 . ? 1_555 ? 62 AC8 19 GLY C 174 ? GLY C 174 . ? 1_555 ? 63 AC8 19 LYS C 175 ? LYS C 175 . ? 1_555 ? 64 AC8 19 THR C 176 ? THR C 176 . ? 1_555 ? 65 AC8 19 SER C 177 ? SER C 177 . ? 1_555 ? 66 AC8 19 PHE C 357 ? PHE C 357 . ? 1_555 ? 67 AC8 19 GLN C 430 ? GLN C 430 . ? 1_555 ? 68 AC8 19 GLY C 431 ? GLY C 431 . ? 1_555 ? 69 AC8 19 GLN C 432 ? 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Y 8 HOH 7 2007 2007 HOH HOH G . # _pdbx_molecule_features.prd_id PRD_000186 _pdbx_molecule_features.name 'EFRAPEPTIN C' _pdbx_molecule_features.type Polypeptide _pdbx_molecule_features.class Antimicrobial _pdbx_molecule_features.details ;EFRAPEPTIN C IS A LINEAR PEPTIDE, WITH ACETYLATED (ACE) PIPECOLIC ACID (YCP) AT THE N-TERMINUS AND A MODIFIED LEUCINE AT THE C-TERM (TLX) ; # _pdbx_molecule.instance_id 1 _pdbx_molecule.prd_id PRD_000186 _pdbx_molecule.asym_id H # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 39290 ? 1 MORE -198.6 ? 1 'SSA (A^2)' 101930 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OG1 ? A THR 176 ? A THR 176 ? 1_555 MG ? I MG . ? A MG 601 ? 1_555 O2B ? J ANP . ? A ANP 600 ? 1_555 84.0 ? 2 OG1 ? A THR 176 ? A THR 176 ? 1_555 MG ? I MG . ? A MG 601 ? 1_555 O2G ? J ANP . ? A ANP 600 ? 1_555 157.1 ? 3 O2B ? J ANP . ? A ANP 600 ? 1_555 MG ? I MG . ? A MG 601 ? 1_555 O2G ? J ANP . ? A ANP 600 ? 1_555 107.4 ? 4 OG1 ? A THR 176 ? A THR 176 ? 1_555 MG ? I MG . ? A MG 601 ? 1_555 O ? S HOH . ? A HOH 2032 ? 1_555 52.9 ? 5 O2B ? J ANP . ? A ANP 600 ? 1_555 MG ? I MG . ? A MG 601 ? 1_555 O ? S HOH . ? A HOH 2032 ? 1_555 88.5 ? 6 O2G ? J ANP . ? A ANP 600 ? 1_555 MG ? I MG . ? A MG 601 ? 1_555 O ? S HOH . ? A HOH 2032 ? 1_555 106.5 ? 7 OG1 ? B THR 176 ? B THR 176 ? 1_555 MG ? K MG . ? B MG 601 ? 1_555 O2G ? L ANP . ? B ANP 600 ? 1_555 134.8 ? 8 OG1 ? B THR 176 ? B THR 176 ? 1_555 MG ? K MG . ? B MG 601 ? 1_555 O2B ? L ANP . ? B ANP 600 ? 1_555 77.7 ? 9 O2G ? L ANP . ? B ANP 600 ? 1_555 MG ? K MG . ? B MG 601 ? 1_555 O2B ? L ANP . ? B ANP 600 ? 1_555 58.0 ? 10 OG1 ? B THR 176 ? B THR 176 ? 1_555 MG ? K MG . ? B MG 601 ? 1_555 O ? T HOH . ? B HOH 2055 ? 1_555 110.1 ? 11 O2G ? L ANP . ? B ANP 600 ? 1_555 MG ? K MG . ? B MG 601 ? 1_555 O ? T HOH . ? B HOH 2055 ? 1_555 81.7 ? 12 O2B ? L ANP . ? B ANP 600 ? 1_555 MG ? K MG . ? B MG 601 ? 1_555 O ? T HOH . ? B HOH 2055 ? 1_555 92.0 ? 13 OG1 ? C THR 176 ? C THR 176 ? 1_555 MG ? M MG . ? C MG 601 ? 1_555 O2B ? N ANP . ? C ANP 600 ? 1_555 98.7 ? 14 OG1 ? C THR 176 ? C THR 176 ? 1_555 MG ? M MG . ? C MG 601 ? 1_555 O2G ? N ANP . ? C ANP 600 ? 1_555 165.2 ? 15 O2B ? N ANP . ? C ANP 600 ? 1_555 MG ? M MG . ? C MG 601 ? 1_555 O2G ? N ANP . ? C ANP 600 ? 1_555 66.5 ? 16 OG1 ? D THR 167 ? D THR 163 ? 1_555 MG ? O MG . ? D MG 601 ? 1_555 O2B ? P ADP . ? D ADP 600 ? 1_555 78.1 ? 17 OG1 ? F THR 167 ? F THR 163 ? 1_555 MG ? Q MG . ? F MG 601 ? 1_555 O2G ? R ANP . ? F ANP 600 ? 1_555 150.7 ? 18 OG1 ? F THR 167 ? F THR 163 ? 1_555 MG ? Q MG . ? F MG 601 ? 1_555 O2B ? R ANP . ? F ANP 600 ? 1_555 72.9 ? 19 O2G ? R ANP . ? F ANP 600 ? 1_555 MG ? Q MG . ? F MG 601 ? 1_555 O2B ? R ANP . ? F ANP 600 ? 1_555 78.7 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 1997-02-12 2 'Structure model' 1 1 2011-06-14 3 'Structure model' 1 2 2011-07-13 4 'Structure model' 1 3 2011-07-27 5 'Structure model' 1 4 2012-12-12 6 'Structure model' 1 5 2017-11-01 7 'Structure model' 1 6 2023-08-09 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Version format compliance' 3 4 'Structure model' 'Atomic model' 4 4 'Structure model' 'Database references' 5 4 'Structure model' 'Derived calculations' 6 4 'Structure model' 'Non-polymer description' 7 4 'Structure model' 'Structure summary' 8 5 'Structure model' Other 9 6 'Structure model' Advisory 10 6 'Structure model' 'Derived calculations' 11 6 'Structure model' Other 12 7 'Structure model' Advisory 13 7 'Structure model' 'Database references' 14 7 'Structure model' 'Derived calculations' 15 7 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 6 'Structure model' pdbx_database_status 2 6 'Structure model' pdbx_struct_assembly 3 6 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_residues 4 7 'Structure model' database_2 5 7 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model 6 7 'Structure model' pdbx_struct_conn_angle 7 7 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_residues 8 7 'Structure model' struct_conn 9 7 'Structure model' struct_conn_type 10 7 'Structure model' struct_ref_seq 11 7 'Structure model' struct_ref_seq_dif 12 7 'Structure model' struct_site # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 6 'Structure model' '_pdbx_database_status.process_site' 2 6 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly.method_details' 3 7 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 4 7 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 5 7 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id' 6 7 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id' 7 7 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id' 8 7 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id' 9 7 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id' 10 7 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id' 11 7 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id' 12 7 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id' 13 7 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id' 14 7 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id' 15 7 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id' 16 7 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id' 17 7 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.value' 18 7 'Structure model' '_struct_conn.conn_type_id' 19 7 'Structure model' '_struct_conn.id' 20 7 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 21 7 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag' 22 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 23 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id' 24 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 25 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 26 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id' 27 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id' 28 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_seq_id' 29 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 30 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id' 31 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 32 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 33 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_atom_id' 34 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_comp_id' 35 7 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_seq_id' 36 7 'Structure model' '_struct_conn_type.id' 37 7 'Structure model' '_struct_ref_seq.db_align_beg' 38 7 'Structure model' '_struct_ref_seq.db_align_end' 39 7 'Structure model' '_struct_ref_seq_dif.details' 40 7 'Structure model' '_struct_site.pdbx_auth_asym_id' 41 7 'Structure model' '_struct_site.pdbx_auth_comp_id' 42 7 'Structure model' '_struct_site.pdbx_auth_seq_id' # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal CCP4 'model building' . ? 1 TNT refinement . ? 2 MOSFLM 'data reduction' . ? 3 CCP4 'data scaling' '(SCALA)' ? 4 CCP4 phasing . ? 5 # _pdbx_database_remark.id 700 _pdbx_database_remark.text ; SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. ; # _pdbx_entry_details.entry_id 1EFR _pdbx_entry_details.compound_details ;THE F1-ATPASE MOLECULE HAS THREE COPIES OF THE NON-CATALYTIC ALPHA SUBUNIT AND THREE COPIES OF THE CATALYTIC BETA SUBUNIT. IN THE FIRST REFERENCE (ABRAHAMS ET AL., 1994), THE BETA SUBUNITS WERE LABELLED ACCORDING TO THE BOUND NUCLEOTIDE, AS BETA(DP) (BINDS ADP), BETA(E) (NO BOUND NUCLEOTIDE) AND BETA(TP) (AMPPNP BOUND). THE ALPHA SUBUNITS (WHICH ALL BIND AMPPNP) CONTRIBUTE TO THE CATALYTIC SITES OF THE BETA SUBUNITS, AND HAVE BEEN LABELLED ACCORDINGLY. THUS ALPHA (DP) CONTRIBUTES TO THE CATALYTIC SITE ON BETA(DP), ALPHA (TP) TO THE SITE ON BETA(TP) AND ALPHA(E) TO THE SITE ON BETA(E). ATP SYNTHASE IS AN MULTI-SUBUNIT PROTEIN WHICH CAN BE READILY DISSOCIATED INTO A SOLUBLE FRAGMENT WITH ATPASE ACTIVITY (F1-ATPASE) AND A MEMBRANE BOUND FRAGMENT (FO) WHICH CONTAINS A PROTON CHANNEL. EFRAPEPTIN C IS A MEMBER OF CLOSELY RELATED LINEAR AMPHIPHILIC PEPTIDE ANTIBIOTICS. MEMBERS OF THIS FAMILY HAVE AN ACETYLATED PIPECOLIC AT THE N-TERM AND AT THE C-TERM A MODIFIED LEUCINE WITH AN ATTACHED HETEROCYCLIC RING STRUCTURE. HERE, EFRAPEPTIN C IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) ; _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # loop_ _pdbx_validate_rmsd_bond.id _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag 1 1 CD C GLU 355 ? ? OE2 C GLU 355 ? ? 1.322 1.252 0.070 0.011 N 2 1 C Q ACE 0 ? ? N Q YCP 1 ? ? 1.504 1.336 0.168 0.023 Y # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CB A ASP 24 ? ? 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