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_refine.ls_percent_reflns_R_free 5.0 _refine.ls_number_reflns_R_free 2397 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.B_iso_mean 45.6 _refine.aniso_B[1][1] -14.67 _refine.aniso_B[2][2] 6.62 _refine.aniso_B[3][3] 8.05 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details 'FLAT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.297 _refine.solvent_model_param_bsol 24.90 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details 'Used weighted full matrix least squares procedure' _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model RESTRAINED _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'Engh & Huber' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? 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_refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 11942 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 919 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 76 _refine_hist.number_atoms_solvent 228 _refine_hist.number_atoms_total 13165 _refine_hist.d_res_high 2.70 _refine_hist.d_res_low 23.17 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.007 ? ? ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 6 _refine_ls_shell.d_res_high 2.70 _refine_ls_shell.d_res_low 2.87 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 6764 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.3220000 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 82.1 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.3620000 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.020 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 4.8 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 343 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 PROTEIN_REP.PARAM PROTEIN.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 2 DNA-RNA_REP.PARAM DNA-RNA.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ION.PARAM ? 'X-RAY DIFFRACTION' 4 WATER_REP.PARA &_1_TOPOLOGY_INFILE_4 'X-RAY DIFFRACTION' 5 ADP.PARAM ADP.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 1FW6 _struct.title 'CRYSTAL STRUCTURE OF A TAQ MUTS-DNA-ADP TERNARY COMPLEX' _struct.pdbx_descriptor 'DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS/DNA COMPLEX' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1FW6 _struct_keywords.pdbx_keywords REPLICATION/DNA _struct_keywords.text 'protein-DNA complex, multi-domain structure, kinked DNA, ABC ATPase, REPLICATION-DNA COMPLEX' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 5 ? H N N 6 ? I N N 5 ? J N N 4 ? K N N 5 ? L N N 6 ? M N N 7 ? N N N 7 ? O N N 7 ? P N N 7 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;The crystallographic dimer is the functional unit of MutS. A dimer of MutS binds a single mismatch in a heteroduplex DNA. ; _struct_biol.pdbx_parent_biol_id ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 PRO C 14 ? ASP C 25 ? PRO A 14 ASP A 25 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 2 GLY C 44 ? LEU C 54 ? GLY A 44 LEU A 54 1 ? 11 HELX_P HELX_P3 3 ALA C 77 ? LYS C 87 ? ALA A 77 LYS A 87 1 ? 11 HELX_P HELX_P4 4 GLN C 123 ? LEU C 127 ? GLN A 123 LEU A 127 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 5 SER C 162 ? ARG C 174 ? SER A 162 ARG A 174 1 ? 13 HELX_P HELX_P6 6 ALA C 181 ? ASN C 187 ? ALA A 181 ASN A 187 1 ? 7 HELX_P HELX_P7 7 ASN C 187 ? PHE C 198 ? ASN A 187 PHE A 198 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 8 PRO C 214 ? GLY C 233 ? PRO A 214 GLY A 233 1 ? 20 HELX_P HELX_P9 9 ASP C 245 ? ALA C 248 ? ASP A 245 ALA A 248 5 ? 4 HELX_P HELX_P10 10 PRO C 253 ? LEU C 260 ? PRO A 253 LEU A 260 1 ? 8 HELX_P HELX_P11 11 THR C 271 ? ASP C 277 ? THR A 271 ASP A 277 1 ? 7 HELX_P HELX_P12 12 THR C 281 ? HIS C 294 ? THR A 281 HIS A 294 1 ? 14 HELX_P HELX_P13 13 ASP C 298 ? GLU C 315 ? ASP A 298 GLU A 315 1 ? 18 HELX_P HELX_P14 14 GLU C 315 ? TYR C 327 ? GLU A 315 TYR A 327 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 15 ASP C 331 ? LEU C 341 ? ASP A 331 LEU A 341 1 ? 11 HELX_P HELX_P16 16 SER C 345 ? GLY C 367 ? SER A 345 GLY A 367 1 ? 23 HELX_P HELX_P17 17 GLU C 368 ? GLY C 371 ? GLU A 368 GLY A 371 5 ? 4 HELX_P HELX_P18 18 LEU C 375 ? ALA C 384 ? LEU A 375 ALA A 384 1 ? 10 HELX_P HELX_P19 19 ASP C 405 ? THR C 433 ? ASP A 405 THR A 433 1 ? 29 HELX_P HELX_P20 20 PRO C 455 ? VAL C 460 ? PRO A 455 VAL A 460 5 ? 6 HELX_P HELX_P21 21 LEU C 478 ? ARG C 512 ? LEU A 478 ARG A 512 1 ? 35 HELX_P HELX_P22 22 GLN C 513 ? GLY C 541 ? GLN A 513 GLY A 541 1 ? 29 HELX_P HELX_P23 23 VAL C 560 ? THR C 565 ? VAL A 560 THR A 565 5 ? 6 HELX_P HELX_P24 24 GLY C 588 ? GLN C 604 ? GLY A 588 GLN A 604 1 ? 17 HELX_P HELX_P25 25 SER C 637 ? ALA C 653 ? SER A 637 ALA A 653 1 ? 17 HELX_P HELX_P26 26 SER C 669 ? ARG C 688 ? SER A 669 ARG A 688 1 ? 20 HELX_P HELX_P27 27 TYR C 697 ? LEU C 703 ? TYR A 697 LEU A 703 1 ? 7 HELX_P HELX_P28 28 TYR C 737 ? ALA C 745 ? TYR A 737 ALA A 745 1 ? 9 HELX_P HELX_P29 29 PRO C 748 ? ALA C 764 ? PRO A 748 ALA A 764 1 ? 17 HELX_P HELX_P30 30 PRO D 14 ? ASP D 25 ? PRO B 1014 ASP B 1025 1 ? 12 HELX_P HELX_P31 31 GLY D 44 ? GLY D 55 ? GLY B 1044 GLY B 1055 1 ? 12 HELX_P HELX_P32 32 ALA D 77 ? MSE D 88 ? ALA B 1077 MSE B 1088 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 33 GLN D 123 ? LEU D 127 ? GLN B 1123 LEU B 1127 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 34 SER D 162 ? ARG D 174 ? SER B 1162 ARG B 1174 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 35 ALA D 181 ? ASN D 187 ? ALA B 1181 ASN B 1187 1 ? 7 HELX_P HELX_P36 36 ASN D 187 ? PHE D 198 ? ASN B 1187 PHE B 1198 1 ? 12 HELX_P HELX_P37 37 PRO D 214 ? GLN D 232 ? PRO B 1214 GLN B 1232 1 ? 19 HELX_P HELX_P38 38 ASP D 245 ? PHE D 249 ? ASP B 1245 PHE B 1249 5 ? 5 HELX_P HELX_P39 39 PRO D 253 ? LEU D 260 ? PRO B 1253 LEU B 1260 1 ? 8 HELX_P HELX_P40 40 THR D 271 ? ASP D 277 ? THR B 1271 ASP B 1277 1 ? 7 HELX_P HELX_P41 41 THR D 281 ? HIS D 294 ? THR B 1281 HIS B 1294 1 ? 14 HELX_P HELX_P42 42 ASP D 298 ? GLU D 315 ? ASP B 1298 GLU B 1315 1 ? 18 HELX_P HELX_P43 43 GLU D 315 ? LEU D 326 ? GLU B 1315 LEU B 1326 1 ? 12 HELX_P HELX_P44 44 ASP D 331 ? LEU D 341 ? ASP B 1331 LEU B 1341 1 ? 11 HELX_P HELX_P45 45 SER D 345 ? GLY D 367 ? SER B 1345 GLY B 1367 1 ? 23 HELX_P HELX_P46 46 LEU D 375 ? LEU D 386 ? LEU B 1375 LEU B 1386 1 ? 12 HELX_P HELX_P47 47 ASP D 405 ? GLY D 434 ? ASP B 1405 GLY B 1434 1 ? 30 HELX_P HELX_P48 48 PRO D 455 ? VAL D 460 ? PRO B 1455 VAL B 1460 5 ? 6 HELX_P HELX_P49 49 LEU D 478 ? MSE D 481 ? LEU B 1478 MSE B 1481 5 ? 4 HELX_P HELX_P50 50 LYS D 482 ? ARG D 512 ? LYS B 1482 ARG B 1512 1 ? 31 HELX_P HELX_P51 51 GLN D 513 ? GLY D 541 ? GLN B 1513 GLY B 1541 1 ? 29 HELX_P HELX_P52 52 VAL D 560 ? THR D 565 ? VAL B 1560 THR B 1565 5 ? 6 HELX_P HELX_P53 53 GLY D 588 ? GLN D 604 ? GLY B 1588 GLN B 1604 1 ? 17 HELX_P HELX_P54 54 SER D 637 ? ALA D 653 ? SER B 1637 ALA B 1653 1 ? 17 HELX_P HELX_P55 55 SER D 669 ? ARG D 688 ? SER B 1669 ARG B 1688 1 ? 20 HELX_P HELX_P56 56 TYR D 697 ? ALA D 702 ? TYR B 1697 ALA B 1702 1 ? 6 HELX_P HELX_P57 57 TYR D 737 ? GLY D 746 ? TYR B 1737 GLY B 1746 1 ? 10 HELX_P HELX_P58 58 PRO D 748 ? MSE D 762 ? PRO B 1748 MSE B 1762 1 ? 15 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale1 covale ? ? C MSE 1 C ? ? ? 1_555 C GLU 2 N ? ? A MSE 1 A GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale2 covale ? ? C GLY 3 C ? ? ? 1_555 C MSE 4 N ? ? A GLY 3 A MSE 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale3 covale ? ? C MSE 4 C ? ? ? 1_555 C LEU 5 N ? ? A MSE 4 A LEU 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale4 covale ? ? C PRO 69 C ? ? ? 1_555 C MSE 70 N ? ? A PRO 69 A MSE 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale5 covale ? ? C MSE 70 C ? ? ? 1_555 C ALA 71 N ? ? A MSE 70 A ALA 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale6 covale ? ? C LYS 87 C ? ? ? 1_555 C MSE 88 N ? ? A LYS 87 A MSE 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale7 covale ? ? C MSE 88 C ? ? ? 1_555 C GLY 89 N ? ? A MSE 88 A GLY 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale8 covale ? ? C VAL 200 C ? ? ? 1_555 C MSE 201 N ? ? A VAL 200 A MSE 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale9 covale ? ? C MSE 201 C ? ? ? 1_555 C LEU 202 N ? ? A MSE 201 A LEU 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale10 covale ? ? C PHE 249 C ? ? ? 1_555 C MSE 250 N ? ? A PHE 249 A MSE 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale11 covale ? ? C MSE 250 C ? ? ? 1_555 C ARG 251 N ? ? A MSE 250 A ARG 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale12 covale ? ? C GLU 480 C ? ? ? 1_555 C MSE 481 N ? ? A GLU 480 A MSE 481 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale13 covale ? ? C MSE 481 C ? ? ? 1_555 C LYS 482 N ? ? A MSE 481 A LYS 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale14 covale ? ? C GLU 573 C ? ? ? 1_555 C MSE 574 N ? ? A GLU 573 A MSE 574 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale15 covale ? ? C MSE 574 C ? ? ? 1_555 C ALA 575 N ? ? A MSE 574 A ALA 575 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale16 covale ? ? C ASN 585 C ? ? ? 1_555 C MSE 586 N ? ? A ASN 585 A MSE 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale17 covale ? ? C MSE 586 C ? ? ? 1_555 C ALA 587 N ? ? A MSE 586 A ALA 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale18 covale ? ? C PHE 639 C ? ? ? 1_555 C MSE 640 N ? ? A PHE 639 A MSE 640 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale19 covale ? ? C MSE 640 C ? ? ? 1_555 C VAL 641 N ? ? A MSE 640 A VAL 641 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale20 covale ? ? C GLU 642 C ? ? ? 1_555 C MSE 643 N ? ? A GLU 642 A MSE 643 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale21 covale ? ? C MSE 643 C ? ? ? 1_555 C GLU 644 N ? ? A MSE 643 A GLU 644 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale22 covale ? ? C ALA 743 C ? ? ? 1_555 C MSE 744 N ? ? A ALA 743 A MSE 744 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale23 covale ? ? C MSE 744 C ? ? ? 1_555 C ALA 745 N ? ? A MSE 744 A ALA 745 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale24 covale ? ? C ALA 761 C ? ? ? 1_555 C MSE 762 N ? ? A ALA 761 A MSE 762 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale25 covale ? ? C MSE 762 C ? ? ? 1_555 C ALA 763 N ? ? A MSE 762 A ALA 763 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? metalc1 metalc ? ? E MG . MG ? ? ? 1_555 P HOH . O ? ? A MG 851 B HOH 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? metalc2 metalc ? ? E MG . MG ? ? ? 1_555 O HOH . O ? ? A MG 851 A HOH 1917 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? metalc3 metalc ? ? E MG . MG ? ? ? 1_555 O HOH . O ? ? A MG 851 A HOH 1915 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? metalc4 metalc ? ? E MG . MG ? ? ? 1_555 H ADP . O3B ? ? A MG 851 A ADP 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc5 metalc ? ? E MG . MG ? ? ? 1_555 H ADP . O1B ? ? A MG 851 A ADP 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc6 metalc ? ? E MG . MG ? ? ? 1_555 C SER 590 OG ? ? A MG 851 A SER 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? covale26 covale ? ? D MSE 1 C ? ? ? 1_555 D GLU 2 N ? ? B MSE 1001 B GLU 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale27 covale ? ? D GLY 3 C ? ? ? 1_555 D MSE 4 N ? ? B GLY 1003 B MSE 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale28 covale ? ? D MSE 4 C ? ? ? 1_555 D LEU 5 N ? ? B MSE 1004 B LEU 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale29 covale ? ? D PRO 69 C ? ? ? 1_555 D MSE 70 N ? ? B PRO 1069 B MSE 1070 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale30 covale ? ? D MSE 70 C ? ? ? 1_555 D ALA 71 N ? ? B MSE 1070 B ALA 1071 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale31 covale ? ? D LYS 87 C ? ? ? 1_555 D MSE 88 N ? ? 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D 1952 ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 4 'MAGNESIUM ION' MG 5 'SULFATE ION' SO4 6 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP 7 water HOH #