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B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code COA3_BPPRD _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin ? _struct_ref.pdbx_db_accession P22535 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1HB7 A 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 2 1 1HB7 B 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 3 1 1HB7 C 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 4 1 1HB7 D 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 5 1 1HB7 E 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 6 1 1HB7 F 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 7 1 1HB7 G 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 8 1 1HB7 H 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 9 1 1HB7 I 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 10 1 1HB7 J 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 11 1 1HB7 K 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 12 1 1HB7 L 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 720-MERIC 720 2 'icosahedral asymmetric unit' ? dodecameric 12 3 'icosahedral pentamer' ? 60-meric 60 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 72-meric 72 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? dodecameric 12 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 5 P A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 7 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 8 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 9 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 10 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 11 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 12 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 13 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 14 'point symmetry operation' ? 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NE I ARG 191 ? ? 2.10 189 1 O C ASN 184 ? ? N I SER 188 ? ? 2.10 190 1 NH1 B ARG 372 ? ? O D PRO 270 ? ? 2.10 191 1 CE D LYS 189 ? ? N G ASN 61 ? ? 2.10 192 1 CA E GLN 187 ? ? C K VAL 185 ? ? 2.11 193 1 CG2 B THR 58 ? ? C K PRO 186 ? ? 2.11 194 1 C B ASN 312 ? ? NH2 I ARG 108 ? ? 2.11 195 1 CG C PRO 186 ? ? N I SER 188 ? ? 2.11 196 1 CB B GLN 187 ? ? CG2 E VAL 185 ? ? 2.11 197 1 NH1 E ARG 372 ? ? CB J VAL 272 ? ? 2.12 198 1 CZ D ARG 108 ? ? CB I SER 314 ? ? 2.12 199 1 CG B LYS 189 ? ? CB E ASN 61 ? ? 2.13 200 1 NH2 D ARG 52 ? ? CB G GLU 43 ? ? 2.13 201 1 CG2 B VAL 272 ? ? NH1 I ARG 372 ? ? 2.13 202 1 NH2 E ARG 191 ? ? NE2 K GLN 40 ? ? 2.14 203 1 C B GLN 187 ? ? CA E VAL 185 ? ? 2.14 204 1 CA B THR 58 ? ? O K GLN 187 ? ? 2.14 205 1 O A ASN 271 ? ? OE2 K GLU 261 ? ? 2.14 206 1 N C PRO 186 ? ? CA I GLN 187 ? ? 2.14 207 1 CB C ASN 61 ? ? NZ I LYS 189 ? ? 2.15 208 1 C A ALA 311 ? ? O K THR 384 ? ? 2.15 209 1 O B VAL 185 ? ? CD E PRO 186 ? ? 2.16 210 1 C C ALA 60 ? ? NZ I LYS 189 ? ? 2.17 211 1 OD1 E ASN 61 ? ? CB K PRO 186 ? ? 2.17 212 1 OD1 D ASN 51 ? ? O G THR 46 ? ? 2.18 213 1 CA B GLN 187 ? ? O E ASN 184 ? ? 2.18 214 1 CD C PRO 186 ? ? N I GLN 187 ? ? 2.18 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CA B LEU 162 ? ? CB B LEU 162 ? ? CG B LEU 162 ? ? 130.10 115.30 14.80 2.30 N 2 1 CA E LEU 162 ? ? CB E LEU 162 ? ? CG E LEU 162 ? ? 130.08 115.30 14.78 2.30 N 3 1 CA H LEU 162 ? ? CB H LEU 162 ? ? CG H LEU 162 ? ? 130.08 115.30 14.78 2.30 N 4 1 CA K LEU 162 ? ? CB K LEU 162 ? ? CG K LEU 162 ? ? 130.14 115.30 14.84 2.30 N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ARG A 16 ? ? -68.92 14.48 2 1 HIS A 109 ? ? -112.78 -110.59 3 1 VAL A 185 ? ? -53.05 -162.59 4 1 PRO A 186 ? ? -34.21 161.47 5 1 GLN A 244 ? ? -56.85 -70.54 6 1 LEU A 281 ? ? 83.42 -37.73 7 1 PHE A 313 ? ? -174.30 10.79 8 1 SER A 314 ? ? 50.73 -161.29 9 1 ARG A 317 ? ? -166.30 64.36 10 1 THR A 334 ? ? -172.78 -175.82 11 1 LEU A 353 ? ? 85.24 -27.80 12 1 THR A 384 ? ? 45.89 -159.50 13 1 ALA B 14 ? ? 68.50 -13.81 14 1 HIS B 109 ? ? -110.44 -116.30 15 1 ALA B 183 ? ? -112.07 79.90 16 1 GLN B 187 ? ? 87.04 -4.23 17 1 LEU B 281 ? ? 79.06 -40.04 18 1 THR B 310 ? ? -87.55 43.51 19 1 ALA B 311 ? ? 55.26 -147.27 20 1 ASN B 312 ? ? 36.91 32.71 21 1 PHE B 313 ? ? 39.10 63.24 22 1 ARG B 317 ? ? -164.53 61.22 23 1 THR B 334 ? ? -172.16 -175.96 24 1 TYR B 355 ? ? -147.52 -0.66 25 1 THR C 82 ? ? -141.24 -24.58 26 1 HIS C 109 ? ? -109.87 -115.24 27 1 GLN C 187 ? ? 84.45 1.68 28 1 ASN C 245 ? ? 144.92 16.63 29 1 ALA C 279 ? ? -69.96 51.76 30 1 ASN C 280 ? ? 18.57 157.98 31 1 LEU C 281 ? ? 76.91 -32.90 32 1 ALA C 311 ? ? -60.88 99.15 33 1 ASN C 312 ? ? 153.97 3.49 34 1 PHE C 313 ? ? 57.73 16.31 35 1 ARG C 317 ? ? -164.15 62.51 36 1 THR C 334 ? ? -172.08 -175.43 37 1 LEU C 353 ? ? 97.04 -5.59 38 1 TYR C 355 ? ? -166.10 58.28 39 1 THR C 384 ? ? 69.00 -54.24 40 1 ARG D 16 ? ? -68.82 14.41 41 1 HIS D 109 ? ? -112.83 -110.60 42 1 VAL D 185 ? ? -53.07 -162.70 43 1 PRO D 186 ? ? -34.09 161.44 44 1 GLN D 244 ? ? -56.96 -70.51 45 1 LEU D 281 ? ? 83.29 -37.68 46 1 PHE D 313 ? ? -174.24 10.88 47 1 SER D 314 ? ? 50.63 -161.39 48 1 ARG D 317 ? ? -166.31 64.29 49 1 THR D 334 ? ? -172.90 -175.80 50 1 LEU D 353 ? ? 85.24 -27.71 51 1 THR D 384 ? ? 45.86 -159.32 52 1 ALA E 14 ? ? 68.38 -13.72 53 1 HIS E 109 ? ? -110.35 -116.25 54 1 ALA E 183 ? ? -112.06 79.84 55 1 GLN E 187 ? ? 86.99 -4.13 56 1 LEU E 281 ? ? 79.00 -39.93 57 1 THR E 310 ? ? -87.54 43.51 58 1 ALA E 311 ? ? 55.24 -147.25 59 1 ASN E 312 ? ? 36.76 32.80 60 1 PHE E 313 ? ? 39.02 63.35 61 1 ARG E 317 ? ? -164.52 61.18 62 1 THR E 334 ? ? -172.27 -176.05 63 1 TYR E 355 ? ? -147.42 -0.66 64 1 THR F 82 ? ? -141.23 -24.56 65 1 HIS F 109 ? ? -109.93 -115.35 66 1 GLN F 187 ? ? 84.36 1.69 67 1 ASN F 245 ? ? 144.87 16.55 68 1 ASN F 280 ? ? 18.57 157.83 69 1 LEU F 281 ? ? 77.18 -33.10 70 1 ALA F 311 ? ? -60.82 99.17 71 1 ASN F 312 ? ? 154.02 3.48 72 1 PHE F 313 ? ? 57.88 16.10 73 1 ARG F 317 ? ? -164.18 62.53 74 1 THR F 334 ? ? -172.09 -175.44 75 1 LEU F 353 ? ? 97.12 -5.73 76 1 TYR F 355 ? ? -165.99 58.32 77 1 THR F 384 ? ? 68.97 -54.07 78 1 ARG G 16 ? ? -68.90 14.53 79 1 HIS G 109 ? ? -112.65 -110.58 80 1 VAL G 185 ? ? -52.98 -162.59 81 1 PRO G 186 ? ? -34.22 161.43 82 1 GLN G 244 ? ? -56.93 -70.61 83 1 LEU G 281 ? ? 83.38 -37.78 84 1 PHE G 313 ? ? -174.19 10.90 85 1 SER G 314 ? ? 50.72 -161.47 86 1 ARG G 317 ? ? -166.36 64.31 87 1 THR G 334 ? ? -172.88 -175.79 88 1 LEU G 353 ? ? 85.21 -27.83 89 1 THR G 384 ? ? 46.05 -159.50 90 1 ALA H 14 ? ? 68.56 -13.90 91 1 HIS H 109 ? ? -110.46 -116.33 92 1 ALA H 183 ? ? -112.12 79.86 93 1 GLN H 187 ? ? 87.07 -4.28 94 1 LEU H 281 ? ? 78.98 -40.03 95 1 THR H 310 ? ? -87.64 43.53 96 1 ALA H 311 ? ? 55.21 -147.31 97 1 ASN H 312 ? ? 36.93 32.72 98 1 PHE H 313 ? ? 39.13 63.23 99 1 ARG H 317 ? ? -164.52 61.20 100 1 THR H 334 ? ? -172.35 -176.06 101 1 TYR H 355 ? ? -147.49 -0.61 102 1 THR I 82 ? ? -141.28 -24.49 103 1 HIS I 109 ? ? -109.97 -115.30 104 1 GLN I 187 ? ? 84.54 1.57 105 1 ASN I 245 ? ? 144.88 16.69 106 1 ASN I 280 ? ? 18.53 157.95 107 1 LEU I 281 ? ? 76.98 -32.96 108 1 ALA I 311 ? ? -60.75 99.16 109 1 ASN I 312 ? ? 153.99 3.44 110 1 PHE I 313 ? ? 57.90 16.08 111 1 ARG I 317 ? ? -164.12 62.44 112 1 THR I 334 ? ? -172.19 -175.45 113 1 LEU I 353 ? ? 97.03 -5.63 114 1 TYR I 355 ? ? -166.09 58.33 115 1 THR I 384 ? ? 68.98 -54.14 116 1 ARG J 16 ? ? -68.94 14.43 117 1 HIS J 109 ? ? -112.80 -110.55 118 1 VAL J 185 ? ? -53.06 -162.60 119 1 PRO J 186 ? ? -34.13 161.42 120 1 GLN J 244 ? ? -56.89 -70.60 121 1 LEU J 281 ? ? 83.39 -37.75 122 1 PHE J 313 ? ? -174.15 10.88 123 1 SER J 314 ? ? 50.64 -161.33 124 1 ARG J 317 ? ? -166.37 64.38 125 1 THR J 334 ? ? -172.79 -175.83 126 1 LEU J 353 ? ? 85.31 -27.86 127 1 THR J 384 ? ? 45.98 -159.42 128 1 ALA K 14 ? ? 68.46 -13.78 129 1 HIS K 109 ? ? -110.48 -116.42 130 1 ALA K 183 ? ? -112.10 79.89 131 1 GLN K 187 ? ? 86.92 -4.16 132 1 LEU K 281 ? ? 79.19 -40.10 133 1 THR K 310 ? ? -87.54 43.45 134 1 ALA K 311 ? ? 55.31 -147.20 135 1 ASN K 312 ? ? 36.79 32.78 136 1 PHE K 313 ? ? 39.07 63.31 137 1 ARG K 317 ? ? -164.53 61.11 138 1 THR K 334 ? ? -172.19 -175.98 139 1 TYR K 355 ? ? -147.43 -0.63 140 1 THR L 82 ? ? -141.23 -24.64 141 1 HIS L 109 ? ? -109.83 -115.35 142 1 GLN L 187 ? ? 84.43 1.65 143 1 ASN L 245 ? ? 144.85 16.56 144 1 ALA L 279 ? ? -69.99 51.92 145 1 ASN L 280 ? ? 18.57 157.84 146 1 LEU L 281 ? ? 77.09 -33.05 147 1 ALA L 311 ? ? -60.77 99.17 148 1 ASN L 312 ? ? 153.97 3.49 149 1 PHE L 313 ? ? 57.85 16.03 150 1 ARG L 317 ? ? -164.14 62.44 151 1 THR L 334 ? ? -172.11 -175.44 152 1 LEU L 353 ? ? 96.93 -5.62 153 1 TYR L 355 ? ? -166.13 58.43 154 1 THR L 384 ? ? 68.89 -54.20 # _pdbx_point_symmetry.entry_id 1HB7 _pdbx_point_symmetry.Schoenflies_symbol I # _pdbx_database_remark.id 700 _pdbx_database_remark.text ; SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. ; # _pdbx_entry_details.entry_id 1HB7 _pdbx_entry_details.compound_details ;THE PRD1 SUS1 MUTANT LACKS THE PACKAGING PROTEIN P9 AND PRODUCES ONLY EMPTY PARTICLES, WHICH REPRESENT AN ASSEMBLY INTERMEDIATE (MINDICH, L. ET AL., J. VIROL 44, 1013-1020 (1982); MINDICH, L. ET AL., J. VIROL 44, 1021-1030 (1982)). ; _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 1HB7 _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space RECIPROCAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria R-factor _em_3d_fitting.details ;METHOD--THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE MAJOR COAT PROTEIN P3 (PDB FILE 1HX6) WAS PLACED INTO THE CRYO-EM DENSITY MAP. THE CAPSID PROTEIN WAS FIRST MANUALLY POSITIONED INTO THE CRYO-EM DENSITY CORRESPONDING TO POSITIONS OF THE FOUR INDEPENDENT TRIMERS IN THE ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT. THESE POSITIONS WERE THEN REFINED BY RIGID BODY REFINEMENT IN RECIPROCAL SPACE WITH THE PROGRAM XPLOR. QUALITY OF THE FIT R- FACTOR= 0.339, CROSS-CORRELATI0N COEFFICIENT 0.915, ATOMS OUTSIDE DENSITY PER ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT 527 (1.5%), ATOM CLASHES PER ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT 115 (0.3%) REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY REFINEMENT ; _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1HX6 _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 1HX6 # _em_3d_reconstruction.entry_id 1HB7 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 1800 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ICOSAHEDRAL _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 3.68 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 3.44 _em_3d_reconstruction.resolution 14.0 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ;THE PIXEL SIZE OF THE CRYO-EM MAP WAS OBTAINED USING THE X-RAY STRUCTURE OF THE P3 TRIMER AS A REFERENCE. AFTER AN INITIAL FITTING USING THE NOMINAL PIXEL SIZE, THE P3 TRIMERS IN THE ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT WERE GRADUALLY TRANSLATED TOWARDS THE CENTER OF THE PARTICLE UNTIL THE CRYSTALLOGRAPHIC R-FACTOR WAS MINIMISED. ; _em_3d_reconstruction.details ;THE ORIENTATIONS WERE REFINED BY THE CROSS COMMON LINES LINES METHOD (SIMPLEX) AND THE POLAR FOURIER TRANSFORM METHOD. MODEL-BASED, POLAR-FOURIER-TRANSFORM (FULLER ET AL. 1996, J.STRUC.BIOL. 116, 48-55; BAKER AND CHENG, 1996, J.STRUC.BIOL. 116, 120-130) MODEL-BASED CROSS COMMON LINES SEARCH AND REFINEMENT (CROWTHER ET AL. 1970, NATURE (LONDON) 226, 421-425; FULLER ET AL. 1996, J.STRUC.BIOL. 116, 48-55; FERLENGHI ET AL. 1998, J.MOL.BIOL. 283, 71-81). THE EFFECTIVE RESOLUTION OF THE FINAL RECONSTRUCTED DENSITY WAS DETERMINED TO BE AT LEAST 25 ANGSTROMS, AS MEASURED BY RANDOMLY SPLITTING THE PARTICLES INTO TWO SETS AND CALCULATING THE FOURIER SHELL CORRELATION OBTAINED FROM SEPARATE RECONSTRUCTIONS (HARAUZ AND VAN HEEL 1986, OPTIK 73, 146-156). THE EIGENVALUE SPECTRUM GAVE AN INDICATION OF THE RANDOMNESS OF THE DATA THAT WAS INCLUDED IN THE RECONSTRUCTION. THE COMPLETENESS OF THE DATA WAS VERIFIED IN THAT ALL EIGENVALUES EXCEEDED 100. THE COORDINATES ARE IN THE P, Q, R FRAME IN ANGSTROM UNITS AND CORRESPOND TO ICOSAHEDRAL SYMMETRY AXES. THE ORIGIN IS CHOSEN AT THE CENTER OF THE VIRUS WITH P, Q AND R ALONG MUTUALLY PERPENDICULAR TWO-FOLD AXES OF THE ICOSAHEDRON. THEY SHOULD REMAIN IN THAT FRAME FOR THE EASE OF THE USER IN CREATING THE BIOLOGICALLY SIGNIFICANT VIRAL COMPLEX PARTICLE USING THE 60 ICOSAHEDRAL SYMMETRY OPERATORS. RESIDUES NOT VISIBLE IN THE ORIGINAL CRYSTAL STRUCTURES ARE NOT INCLUDED IN THE CRYO-EM STRUCTURE MODEL. ; _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.pH 7.2 _em_buffer.details ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'BACTERIOPHAGE PRD1 SUS1 MUTANT' _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details '400 MESH COPPER GLOW DISCHARGE SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE' _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 1HB7 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 29 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 1HB7 _em_imaging.id 1 _em_imaging.microscope_model 'FEI/PHILIPS CM200FEG' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode OTHER _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 1998-06-15 _em_imaging.temperature 95 _em_imaging.nominal_defocus_min 1300 _em_imaging.nominal_defocus_max 4100 _em_imaging.tilt_angle_min 0 _em_imaging.tilt_angle_max 0 _em_imaging.nominal_cs 2 _em_imaging.nominal_magnification 36000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.details 'SAMPLES WERE MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURES IN THE MICROSCOPE WITH A GATAN 626-0300 CRYOTRANSFER HOLDER' _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'HOLEY CARBON' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 1HB7 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details 'PLUNGE VITRIFICATION' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 1HB7 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 1HB7 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry I _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A ALA 2 ? A ALA 1 2 1 Y 1 A GLN 3 ? A GLN 2 3 1 Y 1 A VAL 4 ? A VAL 3 4 1 Y 1 A GLN 5 ? A GLN 4 5 1 Y 1 A GLN 6 ? A GLN 5 6 1 Y 1 A LEU 7 ? A LEU 6 7 1 Y 1 A THR 8 ? A THR 7 8 1 Y 1 A PRO 9 ? A PRO 8 9 1 Y 1 A ALA 10 ? A ALA 9 10 1 Y 1 A GLN 11 ? A GLN 10 11 1 Y 1 A GLN 12 ? A GLN 11 12 1 Y 1 A ALA 13 ? A ALA 12 13 1 Y 1 A ALA 14 ? A ALA 13 14 1 Y 1 A LEU 386 ? A LEU 385 15 1 Y 1 A VAL 387 ? A VAL 386 16 1 Y 1 A ASN 388 ? A ASN 387 17 1 Y 1 A ALA 389 ? A ALA 388 18 1 Y 1 A GLY 390 ? A GLY 389 19 1 Y 1 A THR 391 ? A THR 390 20 1 Y 1 A ILE 392 ? A ILE 391 21 1 Y 1 A SER 393 ? A SER 392 22 1 Y 1 A THR 394 ? A THR 393 23 1 Y 1 A THR 395 ? A THR 394 24 1 Y 1 B ALA 2 ? B ALA 1 25 1 Y 1 B GLN 3 ? B GLN 2 26 1 Y 1 B VAL 4 ? B VAL 3 27 1 Y 1 B GLN 5 ? B GLN 4 28 1 Y 1 B GLN 6 ? B GLN 5 29 1 Y 1 B LEU 7 ? B LEU 6 30 1 Y 1 B THR 8 ? B THR 7 31 1 Y 1 B PRO 9 ? B PRO 8 32 1 Y 1 B ALA 10 ? B ALA 9 33 1 Y 1 B GLN 11 ? B GLN 10 34 1 Y 1 B GLN 12 ? B GLN 11 35 1 Y 1 B LEU 386 ? B LEU 385 36 1 Y 1 B VAL 387 ? B VAL 386 37 1 Y 1 B ASN 388 ? B ASN 387 38 1 Y 1 B ALA 389 ? B ALA 388 39 1 Y 1 B GLY 390 ? B GLY 389 40 1 Y 1 B THR 391 ? B THR 390 41 1 Y 1 B ILE 392 ? B ILE 391 42 1 Y 1 B SER 393 ? B SER 392 43 1 Y 1 B THR 394 ? B THR 393 44 1 Y 1 B THR 395 ? B THR 394 45 1 Y 1 C ALA 2 ? C ALA 1 46 1 Y 1 C GLN 3 ? C GLN 2 47 1 Y 1 C VAL 4 ? C VAL 3 48 1 Y 1 C GLN 5 ? C GLN 4 49 1 Y 1 C GLN 6 ? C GLN 5 50 1 Y 1 C LEU 7 ? C LEU 6 51 1 Y 1 C THR 8 ? C THR 7 52 1 Y 1 C PRO 9 ? C PRO 8 53 1 Y 1 C ALA 10 ? C ALA 9 54 1 Y 1 C GLN 11 ? C GLN 10 55 1 Y 1 C GLN 12 ? C GLN 11 56 1 Y 1 C ALA 13 ? C ALA 12 57 1 Y 1 C LEU 386 ? C LEU 385 58 1 Y 1 C VAL 387 ? C VAL 386 59 1 Y 1 C ASN 388 ? C ASN 387 60 1 Y 1 C ALA 389 ? C ALA 388 61 1 Y 1 C GLY 390 ? C GLY 389 62 1 Y 1 C THR 391 ? C THR 390 63 1 Y 1 C ILE 392 ? C ILE 391 64 1 Y 1 C SER 393 ? C SER 392 65 1 Y 1 C THR 394 ? C THR 393 66 1 Y 1 C THR 395 ? C THR 394 67 1 Y 1 D ALA 2 ? D ALA 1 68 1 Y 1 D GLN 3 ? D GLN 2 69 1 Y 1 D VAL 4 ? D VAL 3 70 1 Y 1 D GLN 5 ? D GLN 4 71 1 Y 1 D GLN 6 ? D GLN 5 72 1 Y 1 D LEU 7 ? D LEU 6 73 1 Y 1 D THR 8 ? D THR 7 74 1 Y 1 D PRO 9 ? D PRO 8 75 1 Y 1 D ALA 10 ? D ALA 9 76 1 Y 1 D GLN 11 ? D GLN 10 77 1 Y 1 D GLN 12 ? D GLN 11 78 1 Y 1 D ALA 13 ? D ALA 12 79 1 Y 1 D ALA 14 ? D ALA 13 80 1 Y 1 D LEU 386 ? D LEU 385 81 1 Y 1 D VAL 387 ? D VAL 386 82 1 Y 1 D ASN 388 ? D ASN 387 83 1 Y 1 D ALA 389 ? D ALA 388 84 1 Y 1 D GLY 390 ? D GLY 389 85 1 Y 1 D THR 391 ? D THR 390 86 1 Y 1 D ILE 392 ? D ILE 391 87 1 Y 1 D SER 393 ? D SER 392 88 1 Y 1 D THR 394 ? D THR 393 89 1 Y 1 D THR 395 ? D THR 394 90 1 Y 1 E ALA 2 ? E ALA 1 91 1 Y 1 E GLN 3 ? E GLN 2 92 1 Y 1 E VAL 4 ? E VAL 3 93 1 Y 1 E GLN 5 ? E GLN 4 94 1 Y 1 E GLN 6 ? E GLN 5 95 1 Y 1 E LEU 7 ? E LEU 6 96 1 Y 1 E THR 8 ? E THR 7 97 1 Y 1 E PRO 9 ? E PRO 8 98 1 Y 1 E ALA 10 ? E ALA 9 99 1 Y 1 E GLN 11 ? E GLN 10 100 1 Y 1 E GLN 12 ? E GLN 11 101 1 Y 1 E LEU 386 ? E LEU 385 102 1 Y 1 E VAL 387 ? E VAL 386 103 1 Y 1 E ASN 388 ? E ASN 387 104 1 Y 1 E ALA 389 ? E ALA 388 105 1 Y 1 E GLY 390 ? E GLY 389 106 1 Y 1 E THR 391 ? E THR 390 107 1 Y 1 E ILE 392 ? E ILE 391 108 1 Y 1 E SER 393 ? E SER 392 109 1 Y 1 E THR 394 ? E THR 393 110 1 Y 1 E THR 395 ? E THR 394 111 1 Y 1 F ALA 2 ? F ALA 1 112 1 Y 1 F GLN 3 ? F GLN 2 113 1 Y 1 F VAL 4 ? F VAL 3 114 1 Y 1 F GLN 5 ? F GLN 4 115 1 Y 1 F GLN 6 ? F GLN 5 116 1 Y 1 F LEU 7 ? F LEU 6 117 1 Y 1 F THR 8 ? F THR 7 118 1 Y 1 F PRO 9 ? F PRO 8 119 1 Y 1 F ALA 10 ? F ALA 9 120 1 Y 1 F GLN 11 ? F GLN 10 121 1 Y 1 F GLN 12 ? F GLN 11 122 1 Y 1 F ALA 13 ? F ALA 12 123 1 Y 1 F LEU 386 ? F LEU 385 124 1 Y 1 F VAL 387 ? F VAL 386 125 1 Y 1 F ASN 388 ? F ASN 387 126 1 Y 1 F ALA 389 ? F ALA 388 127 1 Y 1 F GLY 390 ? F GLY 389 128 1 Y 1 F THR 391 ? F THR 390 129 1 Y 1 F ILE 392 ? F ILE 391 130 1 Y 1 F SER 393 ? F SER 392 131 1 Y 1 F THR 394 ? F THR 393 132 1 Y 1 F THR 395 ? F THR 394 133 1 Y 1 G ALA 2 ? G ALA 1 134 1 Y 1 G GLN 3 ? G GLN 2 135 1 Y 1 G VAL 4 ? G VAL 3 136 1 Y 1 G GLN 5 ? G GLN 4 137 1 Y 1 G GLN 6 ? G GLN 5 138 1 Y 1 G LEU 7 ? G LEU 6 139 1 Y 1 G THR 8 ? G THR 7 140 1 Y 1 G PRO 9 ? G PRO 8 141 1 Y 1 G ALA 10 ? G ALA 9 142 1 Y 1 G GLN 11 ? G GLN 10 143 1 Y 1 G GLN 12 ? G GLN 11 144 1 Y 1 G ALA 13 ? G ALA 12 145 1 Y 1 G ALA 14 ? G ALA 13 146 1 Y 1 G LEU 386 ? G LEU 385 147 1 Y 1 G VAL 387 ? G VAL 386 148 1 Y 1 G ASN 388 ? G ASN 387 149 1 Y 1 G ALA 389 ? G ALA 388 150 1 Y 1 G GLY 390 ? G GLY 389 151 1 Y 1 G THR 391 ? G THR 390 152 1 Y 1 G ILE 392 ? G ILE 391 153 1 Y 1 G SER 393 ? G SER 392 154 1 Y 1 G THR 394 ? G THR 393 155 1 Y 1 G THR 395 ? G THR 394 156 1 Y 1 H ALA 2 ? H ALA 1 157 1 Y 1 H GLN 3 ? H GLN 2 158 1 Y 1 H VAL 4 ? H VAL 3 159 1 Y 1 H GLN 5 ? H GLN 4 160 1 Y 1 H GLN 6 ? H GLN 5 161 1 Y 1 H LEU 7 ? H LEU 6 162 1 Y 1 H THR 8 ? H THR 7 163 1 Y 1 H PRO 9 ? H PRO 8 164 1 Y 1 H ALA 10 ? H ALA 9 165 1 Y 1 H GLN 11 ? H GLN 10 166 1 Y 1 H GLN 12 ? H GLN 11 167 1 Y 1 H LEU 386 ? H LEU 385 168 1 Y 1 H VAL 387 ? H VAL 386 169 1 Y 1 H ASN 388 ? H ASN 387 170 1 Y 1 H ALA 389 ? H ALA 388 171 1 Y 1 H GLY 390 ? H GLY 389 172 1 Y 1 H THR 391 ? H THR 390 173 1 Y 1 H ILE 392 ? H ILE 391 174 1 Y 1 H SER 393 ? H SER 392 175 1 Y 1 H THR 394 ? H THR 393 176 1 Y 1 H THR 395 ? H THR 394 177 1 Y 1 I ALA 2 ? I ALA 1 178 1 Y 1 I GLN 3 ? I GLN 2 179 1 Y 1 I VAL 4 ? I VAL 3 180 1 Y 1 I GLN 5 ? I GLN 4 181 1 Y 1 I GLN 6 ? I GLN 5 182 1 Y 1 I LEU 7 ? I LEU 6 183 1 Y 1 I THR 8 ? I THR 7 184 1 Y 1 I PRO 9 ? I PRO 8 185 1 Y 1 I ALA 10 ? I ALA 9 186 1 Y 1 I GLN 11 ? I GLN 10 187 1 Y 1 I GLN 12 ? I GLN 11 188 1 Y 1 I ALA 13 ? I ALA 12 189 1 Y 1 I LEU 386 ? I LEU 385 190 1 Y 1 I VAL 387 ? I VAL 386 191 1 Y 1 I ASN 388 ? I ASN 387 192 1 Y 1 I ALA 389 ? I ALA 388 193 1 Y 1 I GLY 390 ? I GLY 389 194 1 Y 1 I THR 391 ? I THR 390 195 1 Y 1 I ILE 392 ? I ILE 391 196 1 Y 1 I SER 393 ? I SER 392 197 1 Y 1 I THR 394 ? I THR 393 198 1 Y 1 I THR 395 ? I THR 394 199 1 Y 1 J ALA 2 ? J ALA 1 200 1 Y 1 J GLN 3 ? J GLN 2 201 1 Y 1 J VAL 4 ? J VAL 3 202 1 Y 1 J GLN 5 ? J GLN 4 203 1 Y 1 J GLN 6 ? 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