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B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code COA3_BPPRD _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin ? _struct_ref.pdbx_db_accession P22535 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1HB9 A 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 2 1 1HB9 B 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 3 1 1HB9 C 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 4 1 1HB9 D 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 5 1 1HB9 E 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 6 1 1HB9 F 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 7 1 1HB9 G 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 8 1 1HB9 H 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 9 1 1HB9 I 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 10 1 1HB9 J 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 11 1 1HB9 K 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 12 1 1HB9 L 1 ? 394 ? P22535 1 ? 394 ? 2 395 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 720-MERIC 720 2 'icosahedral asymmetric unit' ? dodecameric 12 3 'icosahedral pentamer' ? 60-meric 60 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 72-meric 72 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? dodecameric 12 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 5 P A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 7 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 8 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 9 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 10 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 11 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 12 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 13 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 14 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 15 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 16 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 17 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 18 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 19 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 20 'point symmetry operation' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 21 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 22 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 23 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 24 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 25 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 26 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 27 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 28 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 29 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 30 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 31 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 32 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 33 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 34 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 35 'point symmetry operation' ? 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GLY E 219 ALA E 221 5 ? 3 HELX_P HELX_P30 30 ILE E 251 ? LEU E 253 ? ILE E 252 LEU E 254 5 ? 3 HELX_P HELX_P31 31 ASP E 319 ? ALA E 332 ? ASP E 320 ALA E 333 1 ? 14 HELX_P HELX_P32 32 ALA F 13 ? SER F 34 ? ALA F 14 SER F 35 1 ? 22 HELX_P HELX_P33 33 PHE F 89 ? ASN F 93 ? PHE F 90 ASN F 94 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 34 GLY F 113 ? GLY F 125 ? GLY F 114 GLY F 126 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 35 ASN F 197 ? ALA F 201 ? ASN F 198 ALA F 202 1 ? 5 HELX_P HELX_P36 36 GLY F 218 ? ALA F 220 ? GLY F 219 ALA F 221 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 37 PRO F 249 ? SER F 254 ? PRO F 250 SER F 255 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 38 ASP F 319 ? ALA F 332 ? ASP F 320 ALA F 333 1 ? 14 HELX_P HELX_P39 39 ASN G 16 ? SER G 34 ? ASN G 17 SER G 35 1 ? 19 HELX_P HELX_P40 40 PHE G 89 ? ASN G 93 ? PHE G 90 ASN G 94 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 41 GLY G 113 ? GLY G 125 ? GLY G 114 GLY G 126 1 ? 13 HELX_P HELX_P42 42 GLY G 218 ? ALA G 220 ? GLY G 219 ALA G 221 5 ? 3 HELX_P HELX_P43 43 PRO G 249 ? SER G 254 ? 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A 179.87 161.83 42 1 LEU D 281 ? ? 81.11 -38.65 43 1 PHE D 313 ? ? -152.79 5.04 44 1 SER D 314 ? ? 58.10 -160.72 45 1 ARG D 317 ? ? -166.06 63.20 46 1 THR D 334 ? ? -173.22 -175.86 47 1 LEU D 353 ? B -76.93 21.63 48 1 GLN D 354 ? B -133.77 -40.86 49 1 GLN E 12 ? ? -64.76 -105.98 50 1 ALA E 13 ? ? 54.31 1.00 51 1 HIS E 109 ? ? -111.52 -115.76 52 1 GLN E 187 ? ? -60.92 -73.70 53 1 LEU E 281 ? ? 78.84 -39.00 54 1 ALA E 311 ? ? -63.04 96.77 55 1 ASN E 312 ? ? 160.22 9.97 56 1 ARG E 317 ? ? -163.96 62.84 57 1 THR E 334 ? ? -172.93 -176.63 58 1 THR F 82 ? ? -140.97 -25.32 59 1 HIS F 109 ? ? -107.90 -116.82 60 1 PRO F 186 ? ? -34.26 -35.71 61 1 ASN F 245 ? ? 157.09 13.35 62 1 LEU F 281 ? ? -95.52 35.68 63 1 ASN F 312 ? ? -60.04 2.07 64 1 ARG F 317 ? ? -164.83 62.39 65 1 THR F 334 ? ? -171.67 -175.57 66 1 THR F 352 ? ? -57.13 -9.14 67 1 ARG G 16 ? ? 44.63 -156.02 68 1 ASN G 17 ? ? 63.58 -55.04 69 1 PRO G 49 ? ? -57.59 -9.74 70 1 HIS G 109 ? ? -111.65 -110.84 71 1 VAL G 185 ? ? -122.27 -59.81 72 1 PRO G 186 ? ? -7.53 -38.76 73 1 GLN G 187 ? ? 70.70 -60.64 74 1 GLU G 227 ? A 179.87 161.83 75 1 LEU G 281 ? ? 81.12 -38.69 76 1 PHE G 313 ? ? -152.77 4.97 77 1 SER G 314 ? ? 58.18 -160.76 78 1 ARG G 317 ? ? -166.06 63.20 79 1 THR G 334 ? ? -173.29 -175.92 80 1 LEU G 353 ? B -76.96 21.71 81 1 GLN G 354 ? B -133.81 -40.88 82 1 GLN H 12 ? ? -64.75 -105.97 83 1 ALA H 13 ? ? 54.24 1.04 84 1 HIS H 109 ? ? -111.54 -115.79 85 1 GLN H 187 ? ? -61.00 -73.67 86 1 LEU H 281 ? ? 78.89 -39.00 87 1 ALA H 311 ? ? -63.07 96.73 88 1 ASN H 312 ? ? 160.29 9.96 89 1 ARG H 317 ? ? -163.93 62.84 90 1 THR H 334 ? ? -172.96 -176.64 91 1 THR I 82 ? ? -140.97 -25.22 92 1 HIS I 109 ? ? -107.89 -116.74 93 1 PRO I 186 ? ? -34.29 -35.65 94 1 ASN I 245 ? ? 157.05 13.38 95 1 LEU I 281 ? ? -95.50 35.64 96 1 ASN I 312 ? ? -60.05 2.09 97 1 ARG I 317 ? ? -164.91 62.36 98 1 THR I 334 ? ? -171.64 -175.59 99 1 THR I 352 ? ? -57.08 -9.18 100 1 ARG J 16 ? ? 44.56 -155.98 101 1 ASN J 17 ? ? 63.55 -55.04 102 1 PRO J 49 ? ? -57.63 -9.72 103 1 HIS J 109 ? ? -111.61 -110.85 104 1 VAL J 185 ? ? -122.30 -59.73 105 1 PRO J 186 ? ? -7.51 -38.74 106 1 GLN J 187 ? ? 70.67 -60.62 107 1 GLU J 227 ? A 179.89 161.86 108 1 LEU J 281 ? ? 81.20 -38.74 109 1 PHE J 313 ? ? -152.74 4.96 110 1 SER J 314 ? ? 58.11 -160.70 111 1 ARG J 317 ? ? -166.02 63.12 112 1 THR J 334 ? ? -173.28 -175.87 113 1 LEU J 353 ? B -76.92 21.66 114 1 GLN J 354 ? B -133.76 -40.89 115 1 GLN K 12 ? ? -64.73 -105.91 116 1 ALA K 13 ? ? 54.16 1.10 117 1 HIS K 109 ? ? -111.49 -115.74 118 1 GLN K 187 ? ? -60.97 -73.64 119 1 LEU K 281 ? ? 78.84 -39.00 120 1 ALA K 311 ? ? -63.09 96.76 121 1 ASN K 312 ? ? 160.29 9.93 122 1 ARG K 317 ? ? -163.93 62.81 123 1 THR K 334 ? ? -172.89 -176.64 124 1 THR K 352 ? ? -59.96 -4.35 125 1 THR L 82 ? ? -140.96 -25.33 126 1 HIS L 109 ? ? -107.97 -116.75 127 1 PRO L 186 ? ? -34.27 -35.67 128 1 ASN L 245 ? ? 157.05 13.36 129 1 LEU L 281 ? ? -95.50 35.66 130 1 ASN L 312 ? ? -60.09 2.10 131 1 ARG L 317 ? ? -164.86 62.48 132 1 THR L 334 ? ? -171.60 -175.56 133 1 THR L 352 ? ? -56.97 -9.19 # _pdbx_point_symmetry.entry_id 1HB9 _pdbx_point_symmetry.Schoenflies_symbol I # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 1HB9 _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space RECIPROCAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria R-factor _em_3d_fitting.details ;METHOD--THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE MAJOR COAT PROTEIN P3 (PDB FILE 1HX6) WAS PLACED INTO THE CRYO-EM DENSITY MAP. THE CAPSID PROTEIN WAS FIRST MANUALLY POSITIONED INTO THE CRYO-EM DENSITY CORRESPONDING TO POSITIONS OF THE FOUR INDEPENDENT TRIMERS IN THE ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT. THESE POSITIONS WERE THEN REFINED BY RIGID BODY REFINEMENT IN RECIPROCAL SPACE WITH THE PROGRAM XPLOR. QUALITY OF THE FIT R- FACTOR= 0.360, CROSS-CORRELATI0N COEFFICIENT 0.880, ATOMS OUTSIDE DENSITY PER ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT 801 (2.3%), ATOM CLASHES PER ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT 69 (0.2%) REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY REFINEMENT ; _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1HX6 _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 1HX6 # _em_3d_reconstruction.entry_id 1HB9 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 1800 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ICOSAHEDRAL _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 3.68 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 3.42 _em_3d_reconstruction.resolution 25.0 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ;THE PIXEL SIZE OF THE CRYO-EM MAP WAS OBTAINED USING THE X-RAY STRUCTURE OF THE P3 TRIMER AS A REFERENCE. AFTER AN INITIAL FITTING USING THE NOMINAL PIXEL SIZE, THE P3 TRIMERS IN THE ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT WERE GRADUALLY TRANSLATED TOWARDS THE CENTER OF THE PARTICLE UNTIL THE CRYSTALLOGRAPHIC R-FACTOR WAS MINIMISED. ; _em_3d_reconstruction.details ;THE ORIENTATIONS WERE REFINED BY THE CROSS COMMON LINES LINES METHOD (SIMPLEX) AND THE POLAR FOURIER TRANSFORM METHOD. MODEL-BASED, POLAR-FOURIER-TRANSFORM (FULLER ET AL. 1996, J.STRUC.BIOL. 116, 48-55; BAKER AND CHENG, 1996, J.STRUC.BIOL. 116, 120-130) MODEL-BASED CROSS COMMON LINES SEARCH AND REFINEMENT (CROWTHER ET AL. 1970, NATURE (LONDON) 226, 421-425; FULLER ET AL. 1996, J.STRUC.BIOL. 116, 48-55; FERLENGHI ET AL. 1998, J.MOL.BIOL. 283, 71-81). THE EFFECTIVE RESOLUTION OF THE FINAL RECONSTRUCTED DENSITY WAS DETERMINED TO BE AT LEAST 25 ANGSTROMS, AS MEASURED BY RANDOMLY SPLITTING THE PARTICLES INTO TWO SETS AND CALCULATING THE FOURIER SHELL CORRELATION OBTAINED FROM SEPARATE RECONSTRUCTIONS (HARAUZ AND VAN HEEL 1986, OPTIK 73, 146-156). THE EIGENVALUE SPECTRUM GAVE AN INDICATION OF THE RANDOMNESS OF THE DATA THAT WAS INCLUDED IN THE RECONSTRUCTION. THE COMPLETENESS OF THE DATA WAS VERIFIED IN THAT ALL EIGENVALUES EXCEEDED 100. THE COORDINATES ARE IN THE P, Q, R FRAME IN ANGSTROM UNITS AND CORRESPOND TO ICOSAHEDRAL SYMMETRY AXES. THE ORIGIN IS CHOSEN AT THE CENTER OF THE VIRUS WITH P, Q AND R ALONG MUTUALLY PERPENDICULAR TWO-FOLD AXES OF THE ICOSAHEDRON. THEY SHOULD REMAIN IN THAT FRAME FOR THE EASE OF THE USER IN CREATING THE BIOLOGICALLY SIGNIFICANT VIRAL COMPLEX PARTICLE USING THE 60 ICOSAHEDRAL SYMMETRY OPERATORS. RESIDUES NOT VISIBLE IN THE ORIGINAL CRYSTAL STRUCTURES ARE NOT INCLUDED IN THE CRYO-EM STRUCTURE MODEL. ; _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.pH 7.2 _em_buffer.details ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'BACTERIOPHAGE PRD1' _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details '400 MESH COPPER GLOW DISCHARGE SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE' _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 1HB9 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 12 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 1HB9 _em_imaging.id 1 _em_imaging.microscope_model 'FEI/PHILIPS CM200FEG' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode OTHER _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 1998-06-15 _em_imaging.temperature 95 _em_imaging.nominal_defocus_min 1300 _em_imaging.nominal_defocus_max 4100 _em_imaging.tilt_angle_min 0 _em_imaging.tilt_angle_max 0 _em_imaging.nominal_cs 2 _em_imaging.nominal_magnification 36000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.details 'SAMPLES WERE MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURES IN THE MICROSCOPE WITH A GATAN 626-0300 CRYOTRANSFER HOLDER' _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'HOLEY CARBON' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 1HB9 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details 'PLUNGE VITRIFICATION' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 1HB9 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 1HB9 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry I _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A ALA 2 ? A ALA 1 2 1 Y 1 A GLN 3 ? A GLN 2 3 1 Y 1 A VAL 4 ? A VAL 3 4 1 Y 1 A GLN 5 ? A GLN 4 5 1 Y 1 A GLN 6 ? A GLN 5 6 1 Y 1 A LEU 7 ? A LEU 6 7 1 Y 1 A THR 8 ? A THR 7 8 1 Y 1 A PRO 9 ? A PRO 8 9 1 Y 1 A ALA 10 ? A ALA 9 10 1 Y 1 A GLN 11 ? A GLN 10 11 1 Y 1 A GLN 12 ? A GLN 11 12 1 Y 1 A ALA 13 ? A ALA 12 13 1 Y 1 A ALA 14 ? A ALA 13 14 1 Y 1 A GLU 385 ? A GLU 384 15 1 Y 1 A LEU 386 ? A LEU 385 16 1 Y 1 A VAL 387 ? A VAL 386 17 1 Y 1 A ASN 388 ? A ASN 387 18 1 Y 1 A ALA 389 ? A ALA 388 19 1 Y 1 A GLY 390 ? A GLY 389 20 1 Y 1 A THR 391 ? A THR 390 21 1 Y 1 A ILE 392 ? A ILE 391 22 1 Y 1 A SER 393 ? A SER 392 23 1 Y 1 A THR 394 ? A THR 393 24 1 Y 1 A THR 395 ? A THR 394 25 1 Y 1 B ALA 2 ? B ALA 1 26 1 Y 1 B GLN 3 ? B GLN 2 27 1 Y 1 B VAL 4 ? B VAL 3 28 1 Y 1 B GLN 5 ? B GLN 4 29 1 Y 1 B GLN 6 ? B GLN 5 30 1 Y 1 B LEU 7 ? B LEU 6 31 1 Y 1 B THR 8 ? B THR 7 32 1 Y 1 B PRO 9 ? B PRO 8 33 1 Y 1 B ALA 10 ? B ALA 9 34 1 Y 1 B GLU 385 ? B GLU 384 35 1 Y 1 B LEU 386 ? B LEU 385 36 1 Y 1 B VAL 387 ? B VAL 386 37 1 Y 1 B ASN 388 ? B ASN 387 38 1 Y 1 B ALA 389 ? B ALA 388 39 1 Y 1 B GLY 390 ? B GLY 389 40 1 Y 1 B THR 391 ? B THR 390 41 1 Y 1 B ILE 392 ? B ILE 391 42 1 Y 1 B SER 393 ? B SER 392 43 1 Y 1 B THR 394 ? B THR 393 44 1 Y 1 B THR 395 ? B THR 394 45 1 Y 1 C ALA 2 ? C ALA 1 46 1 Y 1 C GLN 3 ? C GLN 2 47 1 Y 1 C VAL 4 ? C VAL 3 48 1 Y 1 C GLN 5 ? C GLN 4 49 1 Y 1 C GLN 6 ? C GLN 5 50 1 Y 1 C LEU 7 ? C LEU 6 51 1 Y 1 C THR 8 ? C THR 7 52 1 Y 1 C PRO 9 ? C PRO 8 53 1 Y 1 C ALA 10 ? C ALA 9 54 1 Y 1 C GLN 11 ? C GLN 10 55 1 Y 1 C GLN 12 ? C GLN 11 56 1 Y 1 C ALA 13 ? C ALA 12 57 1 Y 1 C GLU 385 ? C GLU 384 58 1 Y 1 C LEU 386 ? C LEU 385 59 1 Y 1 C VAL 387 ? C VAL 386 60 1 Y 1 C ASN 388 ? C ASN 387 61 1 Y 1 C ALA 389 ? C ALA 388 62 1 Y 1 C GLY 390 ? C GLY 389 63 1 Y 1 C THR 391 ? C THR 390 64 1 Y 1 C ILE 392 ? C ILE 391 65 1 Y 1 C SER 393 ? C SER 392 66 1 Y 1 C THR 394 ? C THR 393 67 1 Y 1 C THR 395 ? C THR 394 68 1 Y 1 D ALA 2 ? 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